1J3Y | Genus

Total Genus 59

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	59
sequence length	146
structure length	146
Chain Sequence	VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5457158086757303__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5457158086757303__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1J3Y/B/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5457158086757303__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5457158086757303","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1J3Y/B/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5457158086757303__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen storage/transport
publication title	Direct observation of photolysis-induced tertiary structural changes in hemoglobin pubmed doi rcsb
molecule keywords	Hemoglobin alpha Chain
total genus	59
structure length	146
sequence length	146
chains with identical sequence	D, F, H
ec nomenclature
pdb deposition date	2003-02-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	1j3yB00

1ASHA 3PT8A 5CN5A 1YHUB 2MYEA 1N9XA 5KDQB 3DUTA 2G0XA 3GK9A 1J41A 1MLGA 5EYSA 1SPGA 1RPSA 1RTEA 1YDZA 2QSSB 1BZ6A 3W4UA 3WCVD 1DO1A 1GBVA 3LR7A 4L2MA 1JZKA 1YEUA 1Y8KA 3HRWA 1YG5A 1XZ2A 3DHTB 3E5IA 2NRLA 1CIOA 2R1HA 3ZJHA 3BOMA 4M4BB 1MLOA 3GDJA 3RJ6A 1QPWB 1N9FA 3HHBA 1YENB 3QJDA 5F2AA 5C6EA 3S48C 3GQRA 2EB8A 3G4VA 1HJTA 1G09A 1Y46B 3WI8A 3ZJJA 2EVPA 1COHB 1Y8IB 2HBCB 3CIUA 1Y7CB 3NL7A 2EB9A 1DUOA 1KFRA 5KERB 1G0AA 3PI8A 3K3UA 1Y8HB 3AG0A 3MVCA 1SWMA 1J3ZB 1YHUC 1IT3A 107MA 1QXEA 2WTHA 1CQ2A 1NIHB 1B86A 3WCVB 1DUKA 1HDBA 1QSHA 4N7OB 2VLXA 2ZFOA 1S5XB 1LJWA 3QJCA 1XZ5B 5E29A 1GCWA 2VLYA 1A9WA 1CMYA 2O5TX 4MQCB 2IG3A 1O1KB 3O89A 1A0ZA 1Y22A 3GQGB 3OZVA 1R1XA 1NEJA 1THBB 1Y85A 1SDLB 1MTIA 3LR9A 4H07A 1XZ7B 4NI0B 5JDOD 3ARJA 1LHTA 2PGHB 1HV4B 1Y8WA 1G0BA 1HBBB 3G4RA 1DO7A 1AJHA 1Y45A 2BNLA 1JF3A 2FALA 2Z6NA 2ZS1D 1PMBA 3A5AA 1UVXA 3D7OB 4WCHD 2GL3A 2AV3A 1HACA 3PI9A 4X0LA 3ECXA 1K1KB 1QSIA 2VEEA 3S66A 1JP9A 2ZSTA 2MGJA 3WCVC 1O1IA 1X9FA 4M4AB 1DXVA 2BWHA 1LFTB 2MGEA 2ZSOA 4O4TA 1VXFA 2Z8AA 1J7WA 1YE0B 1MTKA 1BJEA 1JY7A 101MA 3VRGB 3A59A 1UFPA 5M3SA 1N9IA 4UURA 1RQAA 3IXFA 1XY0A 1YFFA 1YEOA 1DTMA 1Y0CA 2D5XA 3PT8B 1RTXA 1GZXB 3V2ZA 1MODA 1XXTB 4MPMA 3LB2A 2PEGB 2XKIA 1HABA 3M3AA 1J41B 1BZ0A 1SPGB 1JWNA 1RPSB 1GCVA 1QXDB 1YDZB 3W4UB 3MBAA 1GBVB 1YEUB 1Y8KB 3HRWB 1XZ2B 2W72A 2ZFOD 5EQMA 2R1HB 4F6IA 102MA 1HGCA 1A6MA 1XQ5A 2LH2A 2R4WA 2V1HA 3HHBB 3UGZA 3WFTA 1UC3A 1IWHA 3QJDB 5C6EB 2OH9A 3GQRB 2DHBA 1YE2A 1MLFA 1RVWA 1G09B 2VYZA 1SDKA 3CIUB 5E6EA 4C44A 4U8UA 1J7SB 1G0AB 1LH5A 3PI8B 2ZT1A 5F0BA 4NK2A 3EU1B 4ILZA 1YMAA 2DXMA 4N7PB 1QXEB 2D6CA 1VXGA 1B86B 1HDBB 1TU9A 1LH7A 1QSHB 2FRFA 3UHIA 2ZFOB 5HU6A 1O1PA 1GBUB 1LJWB 3QJCB 3WCUD 5E29B 1Y0TA 2XYKA 1GCWB 1JW8A 1CLSA 1K0YA 1OUUA 4FWYA 4C0NA 4F6JA 1URYA 3SZKA 2G14A 3IC0A 1R1XB 3G4WA 1NEJB 3PIAA 1EBTA 1T1NA 3MYNA 1VXAA 4PNJA 3S1JA 1C40A 2G0VA 2GNWA 4MQGA 1GDKA 3QM5A 1KR7A 1Y8WB 1G0BB 2QSPA 5D1VA 2H8FB 5CNEA 3EDBA 1X46A 1CO9A 3IC2A 1OUTA 2MGGA 2Z6NB 3G53A 5C6YA 1HACB 1WLAA 3PI9B 4X0LB 1HHOA 4WJGA 5JOMA 1O1IB 1X9FB 3PI3A 1DXVB 2ZFOC 1XCHA 1SI4A 2QFKA 2O5LX 2MGBA 2MGFA 2DN3A 1YVTA 2VYWA 1Y0AA 1ITHA 1W92A 1LH6A 1NQPA 3HEOA 4IROA 1JY7B 1J3YA 1DLWA 3TLDA 5AZRA 3A59B 3EOKA 4DWUA 4OODA 1MDNA 1VXCA 2MGAA 4MBNA 1RQAB 1XY0B 1YEOB 2NSRA 4B4YA 2GRHA 1Y0CB 2LH6A 4TYXA 2D5XB 2D60A 1IDRA 1O1OA 2QSSA 4G51A 1OR6A 1YMCA 1LFYA 3QJBA 5CMVA 6HBIA 4FWXA 1MNHA 5HY8A 2QFNA 2LH1A 1YEQA 3M38A 1MLMA 2MGMA 3V2VA 1BZ0B 1GCVB 3OZUA 1YENA 1MZ0A 4MXLA 1HCOA 3SDHA 2W72B 1MOHA 1Y4QB 4UIQA 3GKTA 2G0SA 1HGCB 1XQ5B 3MJPA 1V4WA 3IA3B 1MYJA 2HBCA 1GLIA 1X9FC 2NSSA 3E5OA 1MLRA 2XKGA 1F5PA 2QU0A 1NGKA 1DWTA 2HZ3A 1Y4RA 4XDIA 2DN1A 3WCTA 1YE2B 4HRTA 2ZSXA 2MYBA 1NIHA 4N8TA 1BZZA 3ZJOA 4VHBA 1SDKB 2OHAA 4U8UB 2OLPA 1VXHA 1XZ5A 2O5SX 2AURA 1MTJA 3VRFA 4F4OB 5HLUA 1MYIA 4MQCA 2BLIA 1Y7DA 5AB8A 1XZVB 1SPEA 4JYQA 1A4FA 2V1KA 3GQGA 1MWBA 1DXCA 3VHBA 1THBA 5HU6B 1HBHB 3CY5A 3UHCA 1Y5KA 1NS6A 1XZ7A 3ONZA 4NS2A 1CLSB 1K0YB 1OUUB 1HV4A 2W72C 1UX9A 3SZKB 3IC0B 1HBBA 1ECOA 2ZSNA 3K8BA 3PIAB 1EWAA 1T1NB 4PQCA 1V4XA 1YOHA 1C40B 5CN4A 4MQGB 3UHVA 2CMMA 1K1KA 3QM8A 2M6ZA 2W6VA 1X3KA 1OUTB 3IC2B 2HCOA 4U8UC 3PI2A 1G9VA 108MA 2D2ND 1HHOB 1HRMA 3QM6A 1YE0A 1CG5B 2ZWJA 1MWDA 3VRGA 4MQHB 3VAUA 1MNIA 2C0KA 1SI4B 2MGDA 1Y4BA 2DN3B 1HLMA 1YVTB 1Y0AB 2ZS1A 1FAWA 1FDHA 1GZXA 1NQPB 4IROB 5B84A 1J3YB 1MLLA 1A00A 1XXTA 3EOKB 4FWZA 2PEGA 2DC3A 1UFJA 1YH9A 3WCTD 3NG6A 2V1JA 3NMMA 1QXDA 2D60B 1O1OB 4G51B 1Y4VA 3ZJSA 5B85A 3A5BA 1LFYB 3QJBB 2D2NB 3A0GA 5HY8B 1YEQB 2GKNA 3LB1A 4HSXA 3UBCA 1H1XA 1MYGA 1DO3A 3LB3A 5HLQA 3UHSA 1HCOB 4QAUA 1CP5A 3U3EA 1CBLA 3MJPB 1OR4A 1V4WB 1VXDA 1GLIB 3ZOMA 1J7SA 4HRRA 2QU0B 5CNDA 2YRSA 1LFVA 1Y4RB 3EU1A 1GDIA 2DN1B 3WCTB 1BZRA 4N7PA 5ILRA 4HRTB 1S0HB 4N8TB 1BZZB 3UHUA 1FSXA 2FRKX 2AV0A 1GBUA 2QMBA 4MAXA 5EV5A 2MB5A 3VRFB 1HSYA 3RJNB 1Y7DB 2ZSRA 1A4FB 4NXCA 1NPGA 1MBNA 1A01A 1V5HA 5CN8A 3AQ7A 3CY5B 1Y5KB 5CN9A 1S69A 1NS6B 1DXTA 2V1FA 3ONZB 3UHYA 1S61A 4JACA 2V1GA 1A6NA 4F68A 1V4UB 4MQIB 2H8FA 3K8BB 1V4XB 1YGDA 2HZ1A 1DWSA 1NZ2A 3UHGA 3WCUA 4F6FA 3WCTC 2LHBA 2ZS0A 2MGKA 1FHJB 2M6ZB 2W6VB 2HBSB 1DM1A 2HCOB 1JEBA 4PQ6A 1YEVA 1G9VB 5JDOE 3GQPA 2AUOA 4FH6A 3ED9A 1I3DA 1YCAA 1CH9A 1CQXA 1D8UA 112MA 3OJ1A 5E83B 2ZLWA 1UX8A 1Y4BB 2ZS1B 1FAWB 4MQKA 3A9MA 1MYFA 1YHRA 2BMMA 1Y5FB 1JZLA 3LHBA 1A00B 3G4YA 3BJ1B 1YH9B 1Y7ZA 3NG6B 3NMMB 4ROMA 1IRCA 1C7BA 2MYAA 1Y4VB 1AJ9A 1OFJA 1VRFA 4XS0A 1Y4QA 1RQ4A 2JHOA 3A0GB 5CNFA 3MKBA 2BLJM 1MYMA 1Y0WA 1Z8UB 1NPFA 2ZSPA 5EETA 3LB4A 1Y83A 1MLQA 5JDOC 3H57A 1LH2A 1GDLA 3M39A 3M3BA 3OZWA 4HRRB 2YRSB 1LFVB 1XYEA 4DWTA 4F4OA 1VREA 2ZS1C 2EVKA 1XZVA 3OO4A 2HBEB 1SHRA 1FSXB 2ZFBA 1HBHA 2QMBB 4G1BA 3WCWA 3TM3A 1YVQA 1XZUA 2ZS0D 2O5BX 5SW7A 1YOIA 1A3NA 3BA2A 3G52A 1MBCA 3B75A 2GLNA 1MWCA 5CNBA 5EYJA 1VWTA 1A01B 1O16A 1GDJA 1PBXB 1DXTB 3UHZA 2WY4A 3HENA 4TWVA 2Z6SA 1J7YB 1DLYA 4KJTA 1HDSA 1MKOA 2O5QX 3ARLA 3UH6A 2MGIA 1MBIA 1MLSA 1YGDB 3QZZA 1YZIA 1UIWA 3WCUB 2R4ZA 1CG5A 2ZS0B 5JDOF 2AUPA 5IKSA 4MQHA 3ZJRA 4MXKA 1JEBB 3VREB 1YEVB 4G1VA 1HBGA 3GQPB 4ODCA 4SDHA 1ABWA 1YHEB 1RSEA 5HBIA 4WJG1 3WCPA 1MBSA 1S5YA 1DKEB 2ZLWB 4NK1A 1UT0A 5EE4D 2MYDA 3D4XA 3P5QA 2QRWA 1F5OA 1ABSA 1Y2ZB 4MQKB 1MCYA 1YHRB 3G4QA 4MBAA 1HDAB 2D2NA 2ZT3A 1C7CA 3NFEA 2ZLUA 4NXAA 1IOPA 1Y7ZB 3ORDA 4ROMB 1MYZA 1Y4FA 3ZJIA 2GTLA 2GKMA 1C7BB 1AJ9B 4XS0B 1MBDA 1Y4PB 1RQ4B 3WCUC 3QMAA 4YU4A 2H35A 2G12A 2R4XA 3WCWD 2ZS0C 2ZSZA 3MKBB 3UHDA 1U7RA 1Y0WB 1IRDA 1WVPA 3WR1A 3WTGB 1HBRA 1R1YA 1LFZA 1NWNA 1UVYA 3R5IB 1MBOA 3QJEA 4ESAA 3GKVB 1Y83B 4H2LA 2SPOA 1S0HA 2VHBA 1MLUA 2V1IA 1NZ5A 2GDMA 1LH3A 3ZHWA 1HBIA 2BLHA 1XYEB 2NRMA 3O7NA 1MLNA 1CO8A 2FRIX 3PT7B 2ZT0A 5EUIB 3OO4B 1F65A 2ZLVB 1BZPA 2ZT4A 1SHRB 2ZFBB 1JZMA 3WCWB 1YVQB 1XZUB 5SW7B 1BABA 2G10A 1A3NB 2WTGA 106MA 3B75B 1C7DA 1LHSA 4KMVA 1V4UA 1VWTB 3PELA 4MQIA 3GYSA 3MOUA 2LH5A 1FN3A 1L2KA 3KMFA 3FS4A 3ECLA 1MYTA 3UHNA 2OIFA 4NI1A 2O58X 1NXFA 1H97A 1KD2A 3QQQA 5EE4C 1O1JA 1HDSB 1J52A 1MGNA 2GNVA 3HF4A 4F6BA 3D1AA 1FHJA 1CPWA 3OGBA 1HLBA 1MKOB 2HBSA 6HBWA 1CG8A 5HAVA 2VLZA 4KMWA 1TESA 4FC3B 1YZIB 1UIWB 3DHRA 1A6GA 1DWRA 1O1NA 1Y5JA 3UGYA 3LQDB 2GTLD 1WMUA 1CP0A 3ZOLA 4F6GA 1DTIA 5E83A 1FLPA 3WCWC 5CNGA 1M9PB 4ODCB 2IN4A 1MYHA 3E55A 1Y5FA 1MLKA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1J3YB

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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