1JPB | Genus

Total Genus 63

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	63
sequence length	151
structure length	151
Chain Sequence	VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGY

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

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JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__197159931854332__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__197159931854332__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1JPB/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__197159931854332__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"197159931854332","bgcolor":"white" }

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Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

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Access: ALL

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appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__197159931854332__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen storage/transport
publication title	Probing substates in sperm whale myoglobin using high-pressure crystallography. pubmed doi rcsb
molecule keywords	myoglobin
total genus	63
structure length	151
sequence length	151
ec nomenclature
pdb deposition date	2001-08-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	1jpbA00

1LH2A 1RTXA 2D2MC 5KDQA 3HXNB 5HY8A 3AT6A 4ESAB 3NMLA 3ASEA 2D2ND 2MGLA 3QM7A 1RTEA 3CIUA 2QSPA 1DO3A 1NGKA 2Z6NB 1Y4RB 2ZSRA 4ODCA 3M3AA 3GQGA 3EOKA 6HBWA 1YHUA 2W72A 1Y45B 3H57A 3WCWD 1GZXB 5ILMA 1HV4B 1Y2ZB 1Y46A 1NZ4A 1CIOA 4HSXA 1BABB 4NI1B 1LH7A 1MLLA 2D2NC 3CY5B 1DXVA 2BMMA 2R80A 1YE0B 3WR1B 4FH6A 1HACA 2O5SX 1MNHA 3UGYA 1YMAA 5EUIB 1Y7ZB 3GKTA 1YHRB 1YEUB 2G0VA 3A5BA 2V1JA 1VREA 2HBEA 1Y83A 5HU6A 2PEGB 2GL3A 1J3ZB 2FRJX 1J7WB 1N9IA 4U8UB 1O1NB 1QSHA 1DXTB 1YH9A 3HF4B 3UH5A 5CN8A 3VREA 5HLXA 2PGHA 2LH3A 1VHBA 5EV5A 1CO8A 1MKOA 1F63A 3QMAA 4HBIA 2DHBA 5CNGA 4NS2A 4MQGB 1UVXA 2W6VB 1GDKA 1YEVB 3GYSA 4G1BA 1Y4FA 1C7CB 5C6EA 1MLNA 1G0BA 2XKGA 3K3UA 3P5QB 3HRWB 1Y35B 1YHEB 1MYZA 3WCWA 2ZS0B 5KKKA 2EB8A 4HHBB 4M4BA 1VXEA 3ZJIA 3HEOA 3PI8B 4MQJB 5JGGB 5F0BA 4PQ6A 2OHAA 3BJ2A 1Y8IB 1HDSA 1K0YA 1CG8A 2V1HA 5JDOD 2V1EA 1RVWA 4N8TA 1MGNA 1J3YA 2ZSXA 3UHHA 5SW7A 1VXAA 2M6ZB 2V1KA 3NL7A 1V75B 1V4XB 2Z6TA 3SZKB 3R5IA 3ZJHA 1YFFB 1XYEA 1VXBA 4VHBA 2HZ2A 3RGKA 2AV0A 3EDBA 1B86B 3PELA 1FAWA 1YG5B 1H1XA 1A6NA 1Y8HB 1MNIA 3DR9A 1GDJA 3WCTB 3PI1A 3OGBA 3GOUB 1BZ6A 1Q1FA 2BK9A 1VXGA 4LPIA 1Y7DB 2HBCA 2SPOA 3UHTA 1S6AA 1J41A 3DHRB 2HHBA 1A01A 1LFQA 4IROB 1RSEA 1A6MA 1HBSA 3D1KA 2GRFA 2QU0B 2ZSQA 1GBUA 1O16A 3QJBA 3KUOA 1MYTA 1DM1A 5KDQB 2G0SA 3BOMB 4BJAA 2ZSPA 1X9FC 1ABYA 4ILZA 2ZFOA 3D17B 4DC7A 1RQAA 4F6IA 2G14A 3ED9A 1HSYA 3GQGB 3EOKB 2BW9M 3ORDA 4SDHA 2MGMA 1V4UA 7HBIA 3HENA 1XZ5A 1ECAA 1XZUA 3LR9A 4F68A 4UZVA 2R4XA 2ZT3A 1LFLA 3QM6A 2HZ3A 5CNEA 4G1VA 3GKVB 3OO5A 2FAMA 1QPWA 1DXVB 2SPNA 2W31A 1B0BA 4F6FA 1O1IA 1NS9A 3IC0B 1UIWB 3K8BA 1HGAA 3NFEA 3G4QA 4QAUA 3D1AB 5F2AA 2O5BX 2AUPA 2ZLWA 2IN4A 3UHUA 1C40B 1MLFA 1ASHA 1IBEA 1YZIB 1HLBA 3BJ1A 3V2VA 1QSHB 1Y31A 1YH9B 2OLPA 3O89A 2G12A 3VREB 2MYAA 4U8UC 1HCOA 1YVTB 3WTGA 4ZVAA 2DN3B 1J7SA 3AT5A 5CNFA 3ZJQA 2ZWJA 3GYSB 3BJ3B 1Y5KA 1Y8KB 1HBHA 1JY7B 2XKHA 1G0BB 1YDZA 4MQCA 2QLSA 2VEBA 2MGIA 3PI2A 3WFUA 4MXLA 5KERA 1I3EA 1OR6A 3WHMB 1FDHA 1TESA 2BLIA 2VEEA 1DXUA 1PMBA 4M4BB 1HBAA 1VXDA 1Y22A 1LH5A 3EU1A 3PI9B 4UURA 1MLRA 3HHBA 2AUOA 3LQDA 1Y85A 2ZS0C 5AZQA 1M6CA 1MBCA 4MQKA 3BJ2B 1O1JB 4ROLA 4OODA 1CG8B 1ITHA 2ZLUA 4NXCA 4N8TB 2EVKA 1MLHA 1Y5JB 1DLWA 1LFZA 2H35B 3WCUA 3G4WA 3R5IB 1MBOA 4JACA 2D60A 3ZJLA 1V9QA 1MWBA 1OUTB 2H8DB 2NSSA 5B84A 3S66A 2KSCA 4MQHA 1NQPA 3PELB 1O1KB 2V1FA 2QFNA 3WCVB 1J40A 1Y7CA 2HHEA 4H0BA 2B7HA 1T1NA 1V4WB 2ZS1A 3WI8A 1HBBA 1A00A 1HRMA 2LH7A 1S5XB 1J41B 2MGGA 2VLZA 103MA 2WY4A 2HHBB 2WTGA 4N7PB 1MYJA 2MGBA 3D1KB 1CH9A 1GBUB 5JOMA 1JEBA 4DC8A 3UHCA 3QJBB 2ZFBB 5ILRA 3B75A 2VHBA 2Z85A 4MAXA 3WFXA 1CMYA 4KJTA 5CHQA 2MGJA 1YIHB 1NWNA 4YU4A 2ZSYA 1CBMA 3MJUA 1ABYB 3UHZA 3LB2A 1O1OB 2ZFOB 1RQAB 1CG5B 2NX0A 1A6GA 3R0GA 1V4UB 4WJGA 4PNJA 1XZUB 1AJ9B 3QJCA 1MTIA 1LFLB 1YIEA 1CP0A 3FH9A 5CNCA 3OO5B 1GLIA 1VXHA 3AQ5A 2AV3A 1S0HA 1Y4QB 2XYKA 2R1HB 1JPBA 1NZ2A 1O1IB 1NIHA 1MYIA 4AVDA 3GK9A 2MBWA 3A0GA 1C7DB 1DWSA 3K8BB 1HGAB 1JZMA 1Y5FA 3NFEB 1S56A 4FC3B 5AB8A 3ZJSA 1CH1A 2HBSB 1QXEB 4MU5A 1LTWA 1JP6A 1Y01B 3E55A 5CN9A 2HHDA 1QSIA 3M38A 2ZLWB 1O1MA 2R4WA 1G9VA 1J7YB 1Y4VB 1SPEA 1IBEB 3D7OA 3OZVA 3PT8A 4NI0A 111MA 3BJ1B 6HBIA 1EBCA 4FH7A 3UHSA 1A3OA 4M4AB 1Y8WA 4MQIA 2GTLD 2EF2A 3D4XB 2G11A 5E83A 3WTGB 1EMYA 3TM3A 4L7YA 2ZT0A 2CMMA 2LH6A 3UHXA 2GRHA 3AT5B 1BBBB 2HBGA 2MGEA 1Y4BA 1Y5KB 2ZLVA 3G52A 3GDJA 3A5AA 4MQCB 3W4UA 2QLSB 1CH3A 1LFTA 4AVEA 5CN6A 1I3DA 2GTLC 5KERB 2HBDA 3ZJRA 4IT8A 108MA 1MNKA 3MJPB 2D2MA 1HDAB 2ZLXB 1XXTB 4F69A 1A4FA 1HBAB 3EU1B 1Y4GA 3HHBB 1BUWA 1LA6B 3UHNA 1F65A 3LQDB 1MOCA 1THBB 3BCQA 5D1VA 1ABWB 4F4OA 2GNWA 5ILPA 4ROLB 3ZJPA 1UFJA 1O1PA 1RPSB 4N7NA 2ZLUB 3QJDB 3ZJOA 1A0UB 1A0ZB 3NMMA 2QSSA 2ZLTA 1LFZB 1A3NB 3WCUB 1HGCB 3E5IA 1TU9A 2AA1A 1OR4A 3HEPA 1BVCA 1MTJA 2VYWA 3HC9A 2D2NA 1LH6A 4X0LA 2DN1A 4MQHB 4TWUA 3OVUC 2V1IA 1WMUA 1MBDA 1Y7CB 3S1JA 3UH3A 2VLYA 1ECOA 2B7HB 1NZ3A 3SDHA 2D5ZA 1XQ5B 2ZS1B 1XZ4A 3WCVC 4YU3B 1S5YB 1A00B 1Y0AB 2ZSTA 1Y09A 5CMVA 1YVQB 2DN2B 4MPMA 3S65A 2XKIA 1YEQA 1OFJA 1DLYA 4KMWA 1JEBB 3DHTB 3PI3A 1BZZA 1SI4A 2AURA 3B75B 1JF4A 1LHSA 3ECXA 1MOBA 1YE2A 3ZJMA 4NXAA 1CMYB 1MLUA 2ZSNA 1XZ7A 3QQQA 2ZSZA 4YU4B 3MJUB 3FS4A 4PQCA 1RQ3A 1YENA 1WLAA 1MTKA 1DXDA 1EW6A 2SPMA 2ZFOC 1S61A 1BZRA 2EKUA 3WCPB 3FH9B 1MWCA 1QI8A 1JZLA 1X9FD 1LJWA 3PIAA 1GLIB 1Y0CA 1MBNA 1S0HB 1YGDA 4HRRB 4XS0A 3G4VA 1Y5FB 1Y0DA 3UHWA 1LFVA 2V1GA 1O1LA 1OUUA 2LH5A 5HY8B 1RQ4A 2OH8A 2HHDB 1QSIB 1HBIA 1O1MB 3AT6B 1CO9A 3IC2A 1CLSA 3CIUB 2QSPB 1AJHA 1COHA 5ILEA 4ODCB 1A3OB 1MODA 4MQIB 1Y0WA 6HBWB 1YHUB 2W72B 1FDHG 1MOAA 1Y46B 4L7YB 4NK2A 3BA2A 1XY0A 3KMFC 2Z8AA 3NG6A 1HABA 1YGFA 2ZLVB 5CN7A 2R80B 3RJNB 2VM0A 1XCHA 4GZGA 1HACB 1MLGA 4U8UD 3IA3B 1MBAA 4KMVA 1IT2A 1A9WA 2D2MB 2HBEB 1Y83B 5HU6B 1MLMA 1Y0TA 3VRFA 1QXDA 2GDMA 1FN3A 4F6DA 1OBMA 1X9FA 4ZVBA 1U7RA 2BLHA 3UBVA 1KFRA 3HXNA 2NRLA 1D8UA 2FRKX 3UH7A 1UX8A 3AG0A 1CQXA 2PGHB 1O1PB 1EWAA 1HBRA 1MKOB 4ESAA 2G10A 2DHBB 1HBGA 3UHYA 1Y7GA 1Y4FB 1F5OA 2HCOA 3ZOLA 1HDBA 5C6EB 3SDNA 2D2NB 2ZS0D 1HV4A 5EE4C 5B85A 4F6GA 2DN1B 1Y2ZA 3UHDA 2Z6SA 2JHOA 1G08A 1Y4PA 4PQBA 3MYMA 4NI1A 4O2GA 3WCWB 1NPFA 3UHVA 3MYNA 1BZPA 1OFKA 2E2YA 3LHBA 3WR1A 4MBAA 1BINA 1FLPA 3EDAA 1MZ0A 3ARJA 1Y7ZA 1FSLA 4UIQA 1YEUA 3ONZA 1HDSB 1K0YB 2PEGA 1FHJA 2HBFA 1RVWB 1YEQB 1J3YB 4U8UA 2NRMA 5SW7B 1SI4B 2FRIX 1O1NA 3NL7B 3WFWA 1J3FA 3K9ZA 1XYEB 1HHOA 1XZ7B 4TWVA 3GQRA 1YCBA 2VRYA 3WCTD 1NZ5A 2W6WA 4C0NA 1RQ3B 1YENB 1ECDA 105MA 1FAWB 4MQGA 3M3BA 1MDNA 2W6VA 2WTHA 5HAVA 1YEVA 3RJ6A 4DWUA 1MYMA 1C7CA 1IDRA 1G0AA 3P5QA 2GRZA 2BWHA 2HBCB 1Y35A 2LHBA 2GKNA 5CN5A 1QI8B 3WCTC 1YHEA 1LJWB 1Y0CB 3S48C 3QJEA 2ZS0A 1A01B 1LFQB 2ZT1A 2H8FA 3U3EA 1HBSB 2MYBA 4XS0B 1DUKA 4HHBA 3QM5A 3QZZA 1ABSA 3UI0A 1CIKA 1LFVB 1DUOA 1O1LB 3PI8A 1NXFA 1RQ4B 1Y8IA 1PBXA 4WJG1 2BKMA 1MLSA 1VWTA 3IC2B 1CLSB 2AUQA 2BLJM 2ZSOA 1CQ2A 5C6YA 3SZKA 3LB4A 2R4YA 1Y0WB 3QQRA 3VAUA 1MLQA 3MKBA 1XZ5B 1DXCA 2MHBA 1YEOA 5JDOE 1XY0B 1B86A 2O5MX 1XZ2A 1Y8HA 1YHUC 2W72C 2ZSSA 3NG6B 1N9FA 3G4YA 1QPWB 1GDLA 3HYUA 2MGHA 1NS9B 1FSXA 1U7SA 3QZXA 1Y7DA 1NEJA 4H07A 1MLOA 1KD2A 1M9PA 2G0XA 1ECNA 1DO7A 3DHRA 4NZIA 1K1KA 1Y0TB 3VRFB 1QXDB 2QMBA 2G0ZA 1A9WE 2QU0A 1M6MA 2QRWA 2O5LX 1Y31B 2G0RA 3E4NA 2EKTA 1HBRB 3BOMA 2QFKA 1HCOB 5IKSA 1C7BA 1JDOA 3D17A 1IT3A 1J7SB 5HLQA 1Y7GB 4O1TA 2HCOB 2YRSA 1BVDA 1HDBB 1HBHB 1SPGA 2MGKA 3OZUA 1YDZB 4N7OA 1NAZA 1LFYA 1G08B 1Y4PB 3GKVA 3UHIA 1DXUB 3UHEA 1IWHA 2IG3A 5HLUA 1Y22B 3IC0A 1UIWA 1MOHA 1MYGA 2GKMA 4ROMA 1UT0A 3ECZA 2O5QX 1Y85B 1CH5A 3WCWC 3UBCA 4MQKB 3D1AA 3ONZB 3PT7A 1FHJB 1F5PA 2MB5A 3ZJJA 2HBFB 2G3HA 3QM9A 2VLXA 1C40A 2R4ZA 1YZIA 4O4ZA 1IRDA 3AQ8A 2D60B 3GQPA 3ZJNA 1YCAA 3WCVD 1HHOB 3GQRB 1IRCA 1YMBA 4XDIA 1HJTA 1SWMA 1DWRA 1NPGA 3KUNA 1LH1A 1MBSA 1YVTA 3S66B 1MCYA 3VRGA 5MBNA 4HSWA 1NQPB 109MA 2DN3A 3OO4A 2LH1A 3OJ1A 1V5HA 3DUTA 2FALA 2GTLA 3ODQA 1J40B 3BJ3A 1YOGA 1Y8KA 5D5RA 2HHEB 1JY7A 1T1NB 1G0AB 3A9MA 3UHQA 3ARLA 2MGCA 1XZVA 1UFPA 1HBBB 1UMOA 3AQ9A 1R1YA 3WHMA 1JL7A 1GCWA 3QJEB 1BZ0A 1MNJA 1SDLA 5EOHA 2SPLA 2H8FB 3M39A 1GBVA 1SDKA 1NS6A 3PI9A 2ZFOD 102MA 3MOUA 1R1XA 2RAOA 1O1JA 1PBXB 1CH4A 1JZKA 1N9HA 1VWTB 101MA 1Y5JA 2DXMA 1MYHA 2H35A 1G09A 1YOHA 3UHRA 3OK5A 1VXCA 5E6EA 1Z8UB 3PI4A 1OUTA 1SHRA 3MKBB 4HRTA 1BIJA 2H8DA 2MHBB 3QJCB 1YEOB 1YIEB 1O1KA 1DTIA 2RI4A 5JDOC 5HBIA 1XZ2B 3WCVA 107MA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3G4U A;  4HRT B;  1BIJ B;  1JL6 A;  3FEW X;  1CII A;  2RI4 B;  3HRW A;  3E5O A;  3PIA B;  3S1I A;  1HHT P;  1GDI A;  1YGD B;  4F6J A;  4XXI A;  1GJN A;  1XQ5 A;  4A8Y A;  1Y0D B;  4YU3 A;  1S5Y A;  1OUU B;  4MQJ A;  5JGG A;  1GCV B;  1ON7 A;  1HI8 A;  1Y0A A;  3A59 B;  3UGZ A;  4JYQ A;  1BZ1 B;  1HGB B;  1YVQ A;  4H2L B;  2DN2 A;  1YHU D;  2OH9 A;  1JBO A;  2D5X B;  3ZHW A;  3DHT A;  1HLM A;  1COH B;  1AZI A;  2M6Z A;  3O7N A;  3MVC A;  1V75 A;  1V4X A;  1LUE A;  1YFF A;  4YJJ B;  3G4R A;  2EVP A;  1H97 A;  3UHK A;  1JP9 A;  3OZW A;  3ZH0 A;  1ALL B;  4F0T B;  1YG5 A;  4G51 B;  1HAB B;  1KR7 A;  1YGF B;  2MGD A;  3WCT A;  2O58 X;  3GOU A;  2GLN A;  2W6X A;  2D2M D;  1MNO A;  2VJH B;  1COL A;  5CN4 A;  4TYX A;  4WCH D;  4FWY A;  4O35 A;  3G46 A;  3A2G A;  4GXE B;  5AZR A;  5E29 B;  3WCP A;  1DO1 A;  3QM8 A;  5EU2 A;  3G53 A;  1JWN A;  4FWX A;  3H58 A;  4IRO A;  2UUN B;  2ZT2 A;  2MYE A;  1L2K A;  1LH3 A;  4HRR A;  2LH2 A;  104M A;  1J52 A;  4C44 A;  1LHT A;  1DKE B;  1FN3 B;  1X9F B; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1JPBA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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