The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
67
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sequence length |
172
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structure length |
171
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Chain Sequence |
MLDAFAKVVAQADARGEFLTNAQFDALSNLVKEGNKRLDAVNRITSNASTIVANAARALFAEQPQLIQPGGAYTNRRMAACLRDMEIILRYVTYAILAGDSSVLDDRCLNGLRETYQALGTPGSSVAVAIQKMKDAAIAIANDPNGITPGDCSALMSEIAGYFDRAAAAVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Refined structure of c-phycocyanin from the cyanobacterium Synechococcus vulcanus at 1.6 A: insights into the role of solvent molecules in thermal stability and co-factor structure
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
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| molecule tags |
Photosynthesis
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| source organism |
Thermosynechococcus vulcanus
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| total genus |
67
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| structure length |
171
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| sequence length |
172
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-01-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00502 | Phycobilisome | Phycobilisome protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Phycocyanins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1GH0 B; 1ON7 A; 3V58 A; 1HA7 A; 2VJT B; 2UUL D; 4F0U A; 3MWN A; 4Q70 B; 4L1E A; 1XF6 C; 2VML A; 4H0M A; 1CPC A; 1KTP B; 4ZIZ B; 4F0T B; 3O18 B; 1LIA A; 4YJJ A; 1ALL A; 2C7J A; 2BV8 B; 4GXE B; 4XXI A; 2UUM X; 4N6S A; 5AQD M; 3V57 A; 2J96 A; 4LM6 B; 2UUM B; 4YJJ B; 1JBO B; 5FVB M; 2UUN A; 1EYX B; 1XG0 C; 2UUL H; 2UUL A; 1I7Y B; 2VJR B; 1PHN B; 2VJH A; 1F99 B; 1KN1 A; 1ON7 B; 3O2C A; 3V58 B; 1HA7 B; 4PO5 A; 2C7L A; 1QGW C; 4F0U B; 4L1E B; 4GY3 A; 2VML B; 3L0F A; 2C7K A; 4H0M B; 1CPC B; 2V8A A; 1B33 A; 1LIA B; 1ALL B; 2C7J B; 3BRP A; 5B13 A; 4Z8K A; 3KVS A; 4RMP A; 4N6S B; 3V57 B; 1GH0 A; 2VJT A; 5FVB A; 5B13 G; 2UUN B; 4Q70 A; 2UUL B; 1KTP A; 4ZIZ A; 3DBJ A; 4RMP B; 3O18 A; 4F0T A; 2VJH B; 1KN1 B; 1B8D A; 2BV8 A; 3O2C B; 4GXE A; 4PO5 B; 2C7L B; 3DBJ B; 4GY3 B; 3L0F B; 2UUM A; 1JBO A; 2C7K B; 4LMS B; 5AQD A; 2V8A B; 1B33 B; 1B8D B; 2UUL C; 1EYX A; 4XXK A; 1I7Y A; 2VJR A; 3BRP B; 4Z8K B; 1PHN A; 3KVS B; 1F99 A; 4LMX B; 2UUN D; #chains in the Genus database with same CATH topology 4C0N A; 1A9W A; 1DXV B; 1H97 A; 2BLH A; 2Z6N A; 3ZJJ A; 1RQ4 B; 2EKU A; 1LUE A; 1A3O A; 2C7J A; 2OH8 A; 1K0Y B; 5CN8 A; 3K8B B; 1YIH B; 1MCY A; 1JEB B; 4N7O A; 1LFZ A; 3AQ5 A; 3EOK B; 2MYD A; 1DXU B; 1EYX B; 2GKN A; 1J3Y B; 2DXM A; 2DN2 A; 4NZI A; 1OFK A; 6HBW B; 1QXD B; 1ON7 B; 2O58 X; 1AJ9 B; 1GCW A; 2HHE A; 4KJT A; 1TES A; 4KMV A; 2FAM A; 1M9P B; 4F4O A; 3E4N A; 1YEQ B; 2R4X A; 1C7D B; 2RAO A; 1LIA B; 2NRM A; 1Y4G A; 3A0G B; 3FS4 A; 1CG8 A; 1GLI A; 2G10 A; 1JF3 A; 3D7O B; 1WVP A; 1YGF A; 4MXK A; 1V5H A; 1O1I B; 1VXH A; 1A00 B; 1YVT A; 2HBS A; 1XZ4 A; 1LH3 A; 4F0T A; 2H8F A; 2VLY A; 1O1M A; 1BUW B; 1NWI A; 1B8D A; 1G0A A; 2ZLT B; 5HLU A; 1JP6 A; 1ASH A; 1RVW B; 3DBJ B; 2UUM A; 3MBA A; 1JBO A; 1HDA B; 2ZSP A; 1A6K A; 1BVD A; 3UHR A; 1UT0 A; 1ABY A; 1MLR A; 4FWZ A; 2GLN A; 3MN0 A; 2QMB B; 1XQ5 B; 3MYM A; 2XKG A; 2GTL A; 1HDS A; 1UIW B; 5CND A; 3NL7 B; 1DTM A; 2GDM A; 1GZX B; 1OUU B; 4B3W A; 4OOD A; 1Y7C A; 4M4A A; 3WCW B; 2MHB B; 3QZZ A; 1HDB A; 4UIQ A; 2GNV A; 1Y0C B; 3D1K B; 1CH9 A; 1UFP A; 5KKK A; 5KER A; 2Z6N B; 2D2M A; 3NG6 A; 1DKE A; 4ROL B; 1CO9 A; 3MKB A; 1DTI A; 3HC9 A; 2X4A A; 2VJH A; 2MGC A; 4N7O B; 3OJ1 A; 1LFZ B; 1XZ2 A; 2HBD B; 5EE4 C; 1MWD A; 2O5T X; 1MNO A; 1QGW C; 3GUQ A; 1SPE A; 1GCV A; 1CPC B; 1BVC A; 4NI0 A; 3OO4 B; 1C7B B; 1X9F D; 2ZSO A; 2ZS1 A; 1S0H B; 2MGD A; 3ZJN A; 3GYS A; 4Q70 A; 1HRM A; 2V1F A; 1KN1 B; 1XZV B; 3M38 A; 2SPN A; 1Y83 A; 1LFQ B; 2LH6 A; 3ZJO A; 3PI9 A; 1XZ4 B; 4HBI A; 3CY5 A; 3KUO A; 2LH7 A; 3UHV A; 1ITH A; 1B8D B; 2D2N A; 3QJC B; 3MJP A; 1DO7 A; 3WI8 A; 3K9Z A; 5CN5 A; 3BA2 A; 2ZLV B; 4PQ6 A; 3GIO A; 1HI0 P; 3S48 C; 3A9M A; 1T1N A; 3UHG A; 4DWT A; 4F0U A; 1J7S B; 3HRW B; 3HF4 A; 1A6N A; 2HHB A; 2VML A; 2MGI A; 2V1E A; 3OVU C; 3BCQ B; 3LQD A; 1Y0D B; 3PI3 A; 2XKI A; 3A5A A; 2BV8 B; 2ZFO C; 1V4X A; 4TWV A; 1HCO A; 1MWC A; 4NI1 A; 2J96 A; 3MJU B; 1LFT A; 1NS6 A; 1B86 B; 1J41 A; 1J3F A; 2DKA A; 2DHB B; 1CO8 A; 1MYT A; 4DWU A; 1VXD A; 4QAU A; 2ZT4 A; 1A4F A; 1EBT A; 1O1J B; 5KER B; 109M A; 1A9W E; 3KMF C; 1V4U B; 3WCT D; 2VRY A; 1YHR A; 2VYW A; 3MKB B; 1NWN A; 3M39 A; 1Y5J A; 1HA7 B; 1HGA A; 2MGF A; 3L0F A; 1MNJ A; 1MDT A; 2QLS A; 3BJ3 A; 3ZOM A; 1GBV A; 1VXB A; 1HBR B; 2G12 A; 2HZ3 A; 1CH7 A; 1YMB A; 3AG0 A; 2MGL A; 1Y46 B; 1SDK B; 2YRS B; 3VRE B; 2G0S A; 3M3B A; 2MGA A; 4N7P B; 4H2L A; 1UVJ A; 1YOH A; 1MOB A; 5AZQ A; 1UVX A; 3P5Q A; 1LA6 B; 4O4Z A; 1NZ3 A; 3GYS B; 4LPI A; 2ZST A; 4MQI B; 1Y8K B; 1CP5 A; 2D60 B; 1CQ2 A; 1IRD A; 3NMM B; 2MGJ A; 3BJ1 B; 1FN3 B; 2VJR A; 3G4Y A; 5ILM A; 1XZ5 A; 1YEU B; 4O2G A; 5E29 B; 3KVS B; 1DM1 A; 1SPG B; 1GDL A; 3S65 A; 3MJP B; 1KR7 A; 2O5B X; 3LR7 A; 1ABS A; 2PGH A; 3D1A B; 3VHB A; 1UX8 A; 2ZLW B; 4H0M A; 1EBC A; 1VHB A; 5JGG A; 1NAZ A; 2BLI A; 1FHJ B; 5CN9 A; 2QSP A; 1YEV B; 1IT3 A; 1HBH B; 1FSX A; 2FAL A; 5FVB M; 1MLM A; 3ZJS A; 1K1K A; 1Y09 A; 4MQJ B; 2ZLU B; 3FH9 A; 2Z6T A; 4MXL A; 3WFX A; 1QPW A; 1VXE A; 1Y4P B; 2FRK X; 1A4F B; 3UHT A; 3WCU B; 2G0X A; 1AZI A; 1OR4 A; 1MLH A; 1BZP A; 2C7K A; 3KMF A; 1R1X A; 1G09 A; 1HGC B; 4AE0 A; 1ALL B; 4H0B A; 2B7H A; 3DUT A; 2AUR A; 2W6W A; 5HLX A; 3NFE A; 1J7W A; 1DXD A; 3BJ3 B; 2R80 B; 1F5O A; 1GBV B; 5EQM A; 2UUN B; 4DC8 A; 1O1O A; 3UHK A; 3PT7 B; 1MBN A; 4MQK B; 2HZ2 A; 3WTG A; 4HRT B; 1NQP A; 1LH6 A; 3VRG A; 5HU6 A; 4H2L B; 1LHS A; 1MLK A; 3ODQ B; 1VXA A; 2V8A B; 4F6G A; 1IDR A; 1VXG A; 5HAV A; 1YFF A; 2EKT A; 1S5X B; 2D2M D; 2W72 B; 3BRP B; 3D4X B; 3PT8 B; 1ECA A; 1QXE B; 1BBB A; 1PHN A; 2OH9 A; 4F68 A; 2ZLX A; 2G0Z A; 104M A; 1HHS A; 3WHM A; 3LQ9 A; 1GH0 B; 1LFL A; 3LR9 A; 4VHB A; 3UHW A; 5EET A; 1YEN B; 2AA1 B; 3ASE A; 1HBG A; 3ONZ B; 4ODC A; 1RPS B; 4FC3 A; 3AT6 B; 4YU4 B; 5CHR A; 3HXN A; 4X0L B; 1Y4R A; 2ZSS A; 1DO4 A; 2ZS1 D; 1YVQ B; 3WCW C; 2QSP B; 1YG5 A; 1A6G A; 5EU2 A; 1HBB B; 1M6M A; 1V4W B; 1ABW B; 5HY8 B; 5AZR A; 3UBC A; 4ESA B; 4A8O A; 1O1K B; 1HBS B; 4A8F A; 1YHU B; 1MYI A; 1B0B A; 3PIA B; 1IWH A; 2LH1 A; 1BZ0 B; 1A0Z A; 1YH9 A; 4NXA A; 1C40 A; 1Y7G B; 4RMP A; 4N6S B; 3GQG B; 2D2N D; 1CLS A; 3TM3 A; 1NZ5 A; 1MZ0 A; 1MYZ A; 3A2G A; 3NFE B; 4L7Y A; 3S66 A; 1Y4F B; 3HHB B; 2EB9 A; 2WTH A; 4MBA A; 1DLW A; 5CN6 A; 1Y4V A; 3G4V A; 4ETV A; 2DN1 B; 3G4W A; 1VXF A; 4JYQ A; 4IRO A; 5HBI A; 1CH2 A; 4O1T A; 4ETU A; 4G51 A; 1BIJ A; 4H07 A; 4Z8K B; 2LH2 A; 3W4U B; 4U8U A; 1F99 A; 1Y35 A; 2JLG A; 3EDA A; 4BS9 A; 1R1Y A; 3DR9 A; 3IC2 B; 4L1E A; 1FSL A; 1HI1 A; 2W6V A; 2RI4 A; 2WY4 A; 3DHR A; 1A87 A; 4YJJ A; 3D17 B; 4GXE B; 3QM5 A; 4YU3 B; 1RQA A; 1CH5 A; 1X9F B; 3UH5 A; 1Y85 B; 4ODC B; 2R1H B; 3A59 B; 2UUL A; 3ARJ A; 3BJ2 B; 2FRF A; 3QQQ A; 4MQC A; 2AUQ A; 3SZK A; 3WCV A; 3CIU A; 1NPF A; 3UH3 A; 3LB1 A; 1COH B; 4GY3 A; 2D5Z A; 2HCO B; 2QSS A; 1O1N A; 1CMY A; 3WCP A; 3ED9 A; 3G4R A; 3EU1 B; 1QI8 B; 2ZS0 C; 3UH7 A; 3GK9 A; 2X49 A; 2O5M X; 2ZWJ A; 3ZJI A; 5JDO E; 1UVN A; 1GDI A; 2SPL A; 1O1L B; 5FVB A; 4JAC A; 1O1P B; 1XZU A; 2VYY A; 2ZSN A; 1KTP A; 4RMP B; 1RQ3 B; 1X46 A; 3HYU B; 3GKV B; 1Y8H A; 1SGK A; 3O2C B; 1YDZ A; 1CQX A; 1J7Y A; 3UHX A; 1MTI A; 3OZW A; 111M A; 1HAC B; 2FRI X; 4XS0 B; 1CIO A; 1CIK A; 2GNW A; 1Y0A A; 1NEJ B; 3G53 A; 1HAB B; 3QJE A; 4ZVA A; 1YOG A; 3DHT B; 2O5Q X; 1QSH A; 1HBA B; 1MYG A; 5JDO D; 1Y4B A; 1YHU D; 3WCT B; 1SI4 A; 1AJH A; 1GBU B; 2O5S X; 1YOI A; 3OO5 A; 2VM0 A; 2MYB A; 5C6E A; 3O18 B; 5MBA A; 1XXT A; 1S5Y A; 4A8K A; 1JL6 A; 3GDJ A; 2M6Z A; 5F0B A; 5M3S A; 3V57 A; 2LH5 A; 3UHQ A; 1Y8W A; 4YJJ B; 1FDH G; 4UUR A; 1O16 A; 3AQ8 A; 3U3E A; 3IC0 A; 2QU0 B; 1CH4 A; 2PEG A; 4ILZ A; 1FAW B; 3QJE B; 1YE2 A; 3UGZ A; 4PO5 A; 4MQG A; 1A3O B; 1Y7D A; 2OHA A; 2ZT3 A; 2GRH A; 2KSC A; 2C7J B; 1VWT A; 3CIU B; 3AT5 A; 1MNI A; 4HSX A; 1HLM A; 4F6F A; 1MYJ A; 1UVM A; 5D5R A; 2D5Z B; 2GL3 A; 2QSS B; 4FWX A; 3WCU C; 1HSY A; 2VJT A; 3O89 A; 1BZZ A; 1G9V A; 2D6C A; 2MGG A; 5B13 G; 2DXM B; 2ZS0 A; 2DN2 B; 1NS9 A; 1CH1 A; 3ECZ A; 3A5B A; 1UMO A; 1MOH A; 1GCW B; 4WJG 1; 3GQR A; 1Y0T A; 2HHE B; 1Y2Z A; 1Y7Z A; 4F4O B; 1XY0 A; 1CII A; 2RAO B; 1Y5F A; 3GOU A; 5E6E A; 4UZV A; 1Y4G B; 2BMM A; 1YDZ B; 1TU9 A; 1COL A; 4XXK A; 3FS4 B; 3WR1 A; 1CG8 B; 1GLI B; 1WAC A; 1LTW A; 1Y5K A; 3ZH0 A; 2OIF A; 5JOM A; 4M4B A; 1YGF B; 1J3Z A; 1LH5 A; 3PEL A; 1V75 A; 4FH6 A; 1YVT B; 2HBS B; 2ZSQ A; 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