1LFQ | Genus

Total Genus 48

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	48
sequence length	146
structure length	146
Chain Sequence	VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__675579819192193__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__675579819192193__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1LFQ/B/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__675579819192193__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"675579819192193","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1LFQ/B/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__675579819192193__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen storage/transport
publication title	Structures of human oxy- and deoxyhaemoglobin at different levels of humidity: variability in the T state. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Hemoglobin alpha chain
total genus	48
structure length	146
sequence length	146
ec nomenclature
pdb deposition date	2002-04-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	1lfqB00

3M39A 3G4QA 1G09B 1ASHA 3ZJPA 3PI3A 1C40A 4ILZA 5EQMA 5MBAA 5ILEA 1GCVA 2Z85A 3OO5A 1MLGA 1J3FA 2PEGB 1QPWA 2O5OX 1A00A 1J3YB 2WTGA 2ZLTA 3QJBB 4NI1A 4WJGA 1YE0B 3LB1A 1LH1A 5EE4D 1BABB 1OUUA 2HHBA 2O5LX 3MN0A 1SI4B 1A3NB 1MLFA 1ECDA 1O1KA 1OFKA 1Y7ZB 3IC2A 1XCHA 3HEOA 3UBCA 1J7YB 1Y46A 3QM6A 2V1EA 111MA 1V4WA 3EDAA 2YRSB 2QU0A 3VAUA 2MBWA 1V4XA 1MLNA 1BZRA 1OFJA 1XZ4B 1VXAA 3LR7A 1H97A 1MDNA 2HBCA 3PT7A 4HBIA 3WI8A 2GNVA 2GTLC 1MNKA 1HBIA 4BJAA 1UX9A 2QMBB 1PBXA 4O4ZA 1YG5B 103MA 1YHRB 3UH7A 3OK5A 4MQGA 1RQAA 1YMAA 3ASEA 1LUEA 1NGKA 2W6WA 4MQHA 1RTXA 1YE2B 2D2NA 2W72C 2QSPB 3S1JA 1O1PB 1BIJA 1DXVB 2JHOA 4OODA 3A59B 1WMUA 3GQPB 4FC3A 2AA1A 1VXEA 2ZFBB 1Y0AB 2D5ZA 1YH9B 5IKSA 1X46A 3UHHA 1Y0WB 1ECNA 3D17A 3PT8A 1LH7A 5C6EB 1DXCA 4B4YA 2V1FA 3OZUA 3MJUA 2G0RA 2GLNA 4L7YA 105MA 3HXNA 1JZLA 3QQQA 1HBRB 5SW7A 4KJTA 3NG6A 1Y4RB 2D5XA 6HBIA 2DN1A 3LR9A 1QSIB 3G4VA 4NZIA 1AJGA 3UHNA 3UHTA 1RVWB 2R1HA 4U8UD 2GDMA 3MJPB 5JDOE 3NMLA 2HBFA 3G4RA 3D4XB 3LHBA 1EWAA 4DWTA 5EV5A 3WCUA 2O5TX 1CH9A 2W6VA 1XY0A 3A0GA 3VREA 2OH9A 1LFLB 1COHA 1UVYA 3B75A 2AUPA 3WFTA 5EOHA 1MKOB 1YVTB 4MQKA 4F6JA 1LFYB 2GRFA 2R50A 1CG5B 1FLPA 2W31A 1C7DA 4FH6A 2VEEA 3UHGA 1IRDB 3PELB 1YMCA 4MQJA 1B0BA 3GQRB 3DUTA 1YEUB 5KDQA 2H35A 1HBHB 1U7SA 1Y0TB 4H2LB 3AQ6A 1BZ1B 1YIHA 1GDJA 1OR6A 3ZJHA 1NS6A 2H8DA 5CHQA 1UIWB 1NWNA 1YCAA 1O1IA 2MGKA 1A9WE 2QSSA 3AT6A 1LH6A 1MCYA 1G08A 3WCPA 1Y8IA 3AG0A 2BWHA 3BJ2A 4MQIB 4ROMB 2ZFOB 5CN5A 1Y2ZA 3S65A 2DXMA 4YU4B 1J52A 1HLBA 1GDIA 3MJPA 1SDKA 1MLHA 1G0AA 3ONZA 3A5GA 3WFXA 1NZ3A 5HLQA 1RTEA 2HCOA 4L2MA 1O1MA 5JGGA 1FAWB 3VRGA 3NMMA 1KFRA 2MHBA 1YFFB 3PI4A 1C7BB 1S5XB 3K8BA 2O5BX 2MGIA 3G46A 4O35A 4DC8A 2SPOA 1Y5FA 3AQ9A 3G4YA 1UVXA 1CP0A 3LQDB 3H58A 1J40B 2D2MD 3WHMB 1BVDA 1MBCA 1MNJA 1DO4A 1LTWA 1Y35B 3D1AB 1BUWA 1VXGA 6HBWA 1GJNA 1Y7GA 3UHRA 3WCWD 1G9VB 1GLIB 1HDSB 1I3DA 5HBIA 1IT2A 4MBNA 1HCOB 1K1KB 1Y4BA 1Y7DB 1M6CA 3UBVA 1CBLA 1IWHA 1VWTA 3QM5A 3UHWA 3SZKB 3UHVA 2MGJA 1Y7CA 3HRWA 3QM7A 2B7HA 2CMMA 2G14A 4SDHA 1QXDB 1NQPB 1DUOA 3ECLA 1T1NA 3GKVB 4O2GA 3G52A 1GCWA 1NEJA 2G0ZA 5E83A 2MYEA 1MNHA 1S61A 1V5HA 4AVEA 2OHAA 2ZT1A 3FS4A 3PI8A 2PGHA 1HBAA 2Z8AA 1CIKA 1NS9A 3EU1B 1NZ4A 1X9FB 1YIEA 3WCVB 4N8TA 1L2KA 5CNFA 1YHUB 1LJWA 1N9XA 3UHIA 1A0UA 3ZJMA 1LH3A 1RPSA 5B84A 1CMYB 2FRFA 3HYUB 2SPMA 1YGDA 1RQ4B 3PIAB 2EB9A 2OHBA 2HHDB 3MKBA 3EDBA 4IT8A 3ZOMA 1DO1A 1HDBB 2LHBA 2GRHA 2ZS0C 2VEBA 5ILRA 1DWTA 1Y22A 2ZS1D 3UHKA 3EOKA 2ZFOC 5AZQA 2MYCA 3QM8A 3DHTA 1HLMA 1XZ2A 1SPGA 1CP5A 1UC3A 2MGCA 2NX0A 1Y4GA 5JOMA 4FWZA 109MA 3PI2A 1C40B 1GCVB 3OO5B 2XKIA 1QPWB 2ZSSA 1YENA 4KMVA 1A00B 3G4WA 2R4ZA 2ZLTB 2ZWJA 4NI1B 1CO8A 1ABYA 1Y0CA 1JDOA 1YOGA 1MBIA 3UH5A 1IRCA 1OUUB 4HSWA 4X0LB 1ABSA 4U8UA 1M9PA 1O1OA 2FRKX 1O1KB 4NS2A 5E6EA 1V9QA 3IC2B 2R80A 3AT5A 2FRJX 2G10A 4ESAA 1Y46B 1MTJA 1V4WB 4PQCA 2QU0B 1Y5JA 1V4XB 1HACA 1MLRA 1JP6A 5EYSA 1NXFA 5AZRA 1LFVA 1URVA 2HBCB 3PT7B 1MYFA 2ZLUA 1JY7A 3R5IB 1Z8UB 5EETA 1GBUA 1O1LA 1PBXB 1XZUA 1IDRA 5D5RA 3IXFA 4MQGB 1RQAB 4M4BA 2EB8A 2FAMA 4MQHB 1MLUA 1OR4A 4N7OA 1BINA 2D2NB 5KERA 3HHBA 2MGFA 1F5PA 1BIJB 7HBIA 2HBEA 1NZ5A 3P5QA 1YOIA 3UHUA 3ZJSA 1WMUB 4FC3B 3RJ6A 3O7NA 4X0LA 1X9FC 2AA1B 4MQCA 3WCVC 2D5ZB 2NRLA 4F6DA 3QJEA 2WY4A 1MBAA 3ECXA 1YHUC 3D17B 2V1JA 4HRTA 3PT8B 5HAVA 2E2YA 1Y4VA 1NPFA 3GOUA 1XYEA 2ZLXA 3KMFA 3IA3B 2Z6TA 3MJUB 1FSLA 4L7YB 3HXNB 1A6KA 2ZS0D 2NSRA 1MLKA 1MLJA 5SW7B 3WTGA 3NG6B 2C0KA 2D5XB 1DO3A 4B3WA 3V2ZA 2DN1B 1Y31A 4PQBA 3NFEA 4NK1A 2R1HB 5M3SA 1HJTA 1MYMA 3R5IA 4G1BA 1CH4A 2EVKA 2HBFB 3UHBA 1SDLA 2D2MA 2AURA 3WCUB 2W6VB 1XY0B 5CN9A 1Y8KA 3A0GB 3VREB 3HF4A 1COHB 3B75B 4ZVAA 3WCTD 2RAOA 1MYTA 1KR7A 3GK9A 3WCWA 1JL6A 2V1HA 2LH2A 1G0BA 4MQKB 3VRFA 3ARLA 3LB4A 1YVQA 1C7DB 3ZHWA 4MBAA 1MTKA 5EYJA 3ZJJA 5JDOD 2ZSTA 3UHSA 1HV4A 4MQJB 3DUTB 5KDQB 1S5YA 2H35B 108MA 4N7PA 1UT0A 1MLLA 1EBCA 1RSEA 1A6MA 1YIHB 3MBAA 2MGAA 1J41A 1YEVA 1NPGA 1NS6B 4YU3B 2H8DB 3MYNA 5F0BA 1O1NA 1O1IB 3GQGA 2QSSB 3AT6B 4F4OA 3K9ZA 1G08B 3WCPB 3ED9A 1C7CA 1Y8IB 2R4WA 3BJ2B 1HHOA 3GDJB 2BLIA 3ARJA 1URYA 1Y2ZB 1XZ7A 3S65B 2DXMB 2DN3A 1SDKB 5EU2A 1G0AB 3ONZB 1BBBB 1DM1A 2MGBA 1AJ9A 2NSSA 2D2NC 1H1XA 2HCOB 1UX8A 1O1MB 1MOAA 5CNDA 5JGGB 1LFQA 2ZT0A 3VRGB 3NMMB 2Z6NA 3UHEA 1IT3A 1SHRA 3M3BA 2MHBB 3WR1A 3BJ1A 4IROA 1MOHA 5CNGA 3D1KA 1MYJA 3K8BB 1DO7A 2LH5A 2ZS1A 2GL3A 1EBTA 1MBOA 1JZKA 1Y5FB 3NL7A 1V75A 1JEBA 1MODA 5HU6B 1MGNA 1MOBA 2LH3A 102MA 2ZSPA 3ORDA 4MXKA 1Y4FA 3MOUA 1MLOA 2FALA 1JWNA 1YDZA 3S66B 1J3ZA 2MGMA 1BUWB 2AV0A 6HBWB 4ODCA 5KKKA 1HGAA 1Y7GB 4YU3A 5EUIA 106MA 2EKTA 1R1YA 1I3EA 1KD2A 2GTLD 3U3EA 1Y4BB 3QZXA 1IWHB 1VWTB 2HZ2A 5B85A 3GDJA 1OBMA 3OO4A 3QJCA 1Y7CB 1FHJA 3HRWB 2HBSA 4M4AA 4C0NA 2B7HB 3WCUC 2HBDA 1J7WA 1A3OA 1BZZA 1UMOA 4XDIA 1SPEA 5CN7A 1T1NB 1A0ZA 1BBBA 2GRZA 1FDHG 1GCWB 1NEJB 5E83B 4ROLA 3ZOLA 4F6GA 1Q1FA 1THBA 3FS4B 3PI8B 2PGHB 1HBAB 2LH7A 1NS9B 3UHZA 1YEQA 1YIEB 1Y01B 4N8TB 3ZJQA 1NIHA 2VLXA 4DWUA 1LJWB 1U7RA 1A0UB 1FSXA 1VXDA 1RPSB 3UHDA 5HU6A 104MA 1YZIB 2ZLWA 2HZ1A 2MGEA 2BKMA 1YGDB 4FWXA 112MA 1ITHA 1UFPA 3S66A 2LH1A 3MKBB 1LFTA 3OZVA 1ECAA 5JDOF 1Y5KA 1Y45A 1D8UA 3ZJLA 1A01A 2DHBA 2WTHA 1LFZA 1Y22B 3CY5A 3QJDA 2H8FA 3ZJRA 2FRIX 3QZZA 1GBVA 3EOKB 5CNEA 2SPLA 3DHTB 1LH5A 1XZ2B 1SPGB 2D60A 5AB8A 1Y4GB 2VYYA 4NI0A 1NWIA 1J7SA 1JPBA 1YOHA 3TLDA 1YENB 4JYQA 4F6FA 3BCQB 5CN6A 2MB5A 1ABYB 2ZSRA 1Y0CB 2OH8A 3K3UA 1JZMA 3A2GA 4U8UB 1BVCA 1M9PB 1O1OB 4H07A 1XZVA 1BZ6A 1FN3A 1MNOA 5E6EB 1QSHA 2MGGA 2R80B 1OUTA 3AT5B 1Y85A 3E55A 3HEPA 4ESAB 3WCTA 2R4XA 1R1XA 1GZXA 1Y5JB 2MGHA 2ZSNA 1YZIA 1HACB 2W6YA 1SWMA 1Y8WA 3VHBA 2V1GA 1LFVB 5EE4C 2ZLUB 3DHRA 1JY7B 3AQ5A 3E5IA 2AUQA 1GBUB 1O1LB 1XZUB 5D1VA 2KSCA 3M38A 3BJ3B 5MBNA 2VHBA 3LB3A 1MYGA 2NRMA 4M4BB 2XKGA 1MYZA 1YMBA 1VXFA 2QRWA 5HLUA 3CIUA 1PMBA 4N7OB 1N9IA 5KERB 1MTIA 3HHBB 3BA2A 2HBEB 2VYZA 1CG8A 3P5QB 2AV3A 3BCQA 1GDKA 2QFNA 1HBBA 3ODQA 3KUOA 1HGCA 2G0SA 4MQCB 1HBGA 1Y8HA 2ZT3A 2VLYA 2MGLA 3QJEB 3SDNA 4HRTB 1XXTA 1Y09A 1Y4VB 1CH3A 3GOUB 3MYMA 1XYEB 2ZLXB 1HABA 1RQ3A 4OF9A 3WFWA 1CLSA 4F68A 2BW9M 4QAUA 1MWDA 1A9WA 5E29A 1QI8A 3WTGB 1UFJA 2HZ3A 4F6BA 4UIQA 1MYHA 4N7NA 1A4FA 2RI4A 1JL7A 1Y31B 2XYKA 3NFEB 1GDLA 1Y83A 2ZLVA 4FWYA 3V2VA 1YHEA 2QLSA 1A6GA 1SDLB 3BJ3A 2D2MB 1BZPA 2G3HA 1XZ5A 1Y8KB 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3M39 A;  3G4Q A;  1ON7 A;  1G09 B;  1ASH A;  3L0F B;  3ZJP A;  3PI3 A;  1C40 A;  4ILZ A;  5EQM A;  5MBA A;  5ILE A;  1GCV A;  4RMP B;  2Z85 A;  3OO5 A;  1MLG A;  1J3F A;  2PEG B;  1QPW A;  2O5O X;  1A00 A;  1J3Y B;  2WTG A;  2ZLT A;  3QJB B;  4NI1 A;  4WJG A;  1YE0 B;  3LB1 A;  1LH1 A;  5EE4 D;  1BAB B;  1OUU A;  2HHB A;  2O5L X;  3MN0 A;  1SI4 B;  1A3N B;  1MLF A;  2C7J B;  1ECD A;  1O1K A;  1OFK A;  1Y7Z B;  3IC2 A;  1XCH A;  3HEO A;  3UBC A;  1J7Y B;  1Y46 A;  3QM6 A;  2V1E A;  3BRP A;  111M A;  4F0U A;  1V4W A;  3EDA A;  2YRS B;  2QU0 A;  3VAU A;  2MBW A;  1V4X A;  1MLN A;  1BZR A;  1OFJ A;  1XZ4 B;  2VJR A;  1VXA A;  3LR7 A;  1H97 A;  1MDN A;  2HBC A;  3PT7 A;  4F0T B;  4HBI A;  1XDT T;  3WI8 A;  2GNV A;  2GTL C;  4Q70 B;  1MNK A;  1HBI A;  1DDT A;  4BJA A;  1UX9 A;  2QMB B;  1PBX A;  4O4Z A;  1YG5 B;  103M A;  4GY3 B;  1YHR B;  1UVM A;  3UH7 A;  3OK5 A;  4MQG A;  1RQA A;  1YMA A;  3ASE A;  1LUE A;  1NGK A;  2W6W A;  4MQH A;  1RTX A;  1YE2 B;  2D2N A;  2W72 C;  2QSP B;  3S1J A;  2BV8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1LFQB

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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