1MYH | Genus

Total Genus 65

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	65
sequence length	153
structure length	153
Chain Sequence	GLSDGEWQLVLNVWGKVEADVAGHGQEVLIRLFKGHPETLEKFDRFKHLKSEDEMKASEDLKKHGNTVLTALGGILKKKGHHEAELTPLAQSHATKHKIPVKYLEFISEAIIQVLQSKHPGDFGADAQGAMSKALELFRNDMAAKYKELGFQG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__10422099784061167__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__10422099784061167__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1MYH/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__10422099784061167__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"10422099784061167","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1MYH/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__10422099784061167__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen storage
source organism	Sus scrofa
publication title	High-resolution X-ray structures of pig metmyoglobin and two CD3 mutants: Mb(Lys45----Arg) and Mb(Lys45----Ser). pubmed doi rcsb
molecule keywords	MYOGLOBIN
total genus	65
structure length	153
sequence length	153
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	1992-02-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	1myhA00

1Y35A 2LH7A 1DWRA 3VREB 1Y4GB 1MLUA 3SDNA 2Z8AA 3WCVB 1DXCA 3MJUB 3BJ1B 2BLIA 1OUTB 4NK1A 2R4YA 2ZT1A 1MLQA 1BZ6A 1YENB 1GBUB 1GJNA 1U7SA 4HHBA 3VRFB 1VXAA 3PELB 1V4WB 3D17B 4ROMA 1YCBA 1Y5FA 5ILEA 1CLSA 2VRYA 1V07A 1A01B 2ZSYA 1FAWB 1FHJA 1TESA 4O2GA 1HGBA 3QQQA 4F6BA 1Y8IB 2ZS1B 2ZS0B 2B7HA 1IT3A 1L2KA 1VRFA 1YHUD 1J7SB 4L7YB 4QAUA 3G4RA 1G9VB 1Y5JB 1LFQB 4OF9A 2V1EA 1NZ5A 4M4BB 2ZT2A 1SPEA 3ARJA 3NMMA 3UHIA 1M9PB 5C6EB 3HYUB 4NXAA 1YHEA 1JY7A 2HCOA 2VYWA 1GCVA 1SDKA 1S6AA 5CN4A 1MLHA 3UHUA 4U8UD 2RI4B 5CN5A 2HBDA 4MU5A 1COHA 1VREA 2ZSTA 5AB8A 4H2LA 2QSSA 1Y7CA 3K8BB 1Y09B 2ZLXA 2DN2A 1GLIA 1HBBA 1GDJA 1CPWA 3QM5A 1HCOB 1LFVA 3UHWA 2HBEB 5KERA 3O89A 2Z85A 4N8TB 1JEBA 1BVDA 3O7NA 1YGFA 1J7YA 1MOCA 3U3EA 4NS2A 5C6YA 1NS9A 4XS0A 1CG5A 1HDBA 3OZWA 3A59A 1FSXA 1MBIA 1CH5A 1HBRB 2VLYA 3VRGA 2HBCA 1HABA 2XKGA 3VHBA 1QPWB 1CMYA 1J3ZA 1A9WA 4N7NA 2QU0B 3W4UB 109MA 1O1OB 2HZ1A 3OZVA 1XZUB 3LB4A 108MA 1A3NA 1BZZA 5ILPA 2AV0A 1LFTA 1XQ5B 1LFZB 2LH1A 3WFWA 1A0UB 3ZJPA 2D6CA 1VWTA 4F4OA 1NPGA 3GQPA 4N7PA 3S65A 1LA6A 1HDAB 2EKTA 2W6WA 5B85A 3ZHWA 2W31A 3UHYA 1IBEA 1ABWA 2GRZA 1MLMA 2GTLD 2HHEB 1O1MB 2H8FA 2D5XB 3ASEA 3D7OA 1Y0DB 1YEVB 5M3SA 3VREA 1GCWB 1Y4GA 1YMBA 1O1KA 2HZ2A 3A5AA 3WCVA 1ITHA 3AT6A 4FC3A 3ODQB 3CIUB 3G53A 4U8UB 3SZKA 3OZUA 2W6VA 4M4AA 2CMMA 1YENA 3AT5B 7HBIA 3VRFA 3QJDA 3MBAA 1V4WA 110MA 3D4XB 1MOBA 2O58X 1AJ9B 3MYMA 3E4NA 1J41B 2MYEA 2HZ3A 3ZJIA 1NZ3A 4GZGA 1HACA 1XZ7A 1Y8IA 2MYAA 2R4WA 1ECAA 4IROB 2ZS1A 4MBAA 3DHTA 2V1JA 2R4ZA 2AUQA 5HU6B 2QMBA 4KMWA 3OO4B 1RVWB 4MXKA 1C7CA 1MBOA 1Y4FA 4L7YA 1HJTA 1LFQA 1DXTA 2G3HA 2H35B 4KN3A 1J40B 4FWXA 1LH6A 3UH6A 1UFJA 1YOGA 1LHTA 1DXVB 1M9PA 5C6EA 1CO8A 2NSSA 3UHSA 5HY8B 5CNCA 2RI4A 3HHBA 2V1FA 1YE0A 3BOMA 3HRWB 3UBCA 2GLNA 1A6KA 1Y85B 3BA2A 3K8BA 1Y09A 6HBWB 2BWHA 4MQGB 2O5SX 2GTLB 3TM9A 2HBEA 3EDAA 1K0YB 4O4TA 1ABYB 1DWTA 1UC3A 1BIJA 3GKTA 1Y4RB 4FH7A 2O5LX 5EV5A 2QFNA 2MGEA 2MGCA 1QPWA 1PBXB 4YU4A 1HV4B 4NZIA 1K1KB 3MOUA 3IXFA 1CH7A 1Y46B 5CNGA 2VHBA 1WMUB 2EB9A 1HDSB 1JZKA 2OHBA 4KJTA 1MWCA 1MYTA 1RQAB 1C7DA 5EYJA 1XQ5A 1LFZA 3MKBA 1Y8KB 5E83B 2HHBA 1O1PB 2D2MD 1Y7ZB 2M6ZB 1A6NA 1YIEB 3HF4B 1DLWA 3QM7A 3QJEA 2BW9M 1MYMA 1RTEA 3UHTA 1NXFA 1Y0AA 1LFLA 2G0RA 3ED9A 1Y0DA 1LJWA 5ILMA 2YRSB 1GCWA 1CBLA 1N9XA 1THBA 1DUKA 1DWSA 2VM0A 3ODQA 3CIUA 1H97A 2QSPB 1SI4B 101MA 1Y45A 2H8DB 1OJ6A 1A0ZB 1CH4A 3AT5A 3ZJJA 4FH6A 1VXHA 4JACA 1XZ2B 3D4XA 1QSHB 1BUWB 1ECNA 2HBFB 1AJ9A 1NQPA 4MQKB 3EU1A 3NMLA 5JDOE 3UH5A 1DTMA 3A5BA 5EE4D 1Y4PB 2MGJA 2OH9A 4ILZA 3WR1A 1MTJA 3PT8B 1W92A 2O5BX 1G0BA 1VXGA 1A6MA 1UIWB 3ZJLA 4F68A 1Y4QA 1YVQB 3A2GA 1YDZB 4NXCA 5HU6A 1LH7A 2LHBA 1UMOA 3OO4A 1IRDB 1MLJA 1YVTA 1TU9A 1YGDB 5B84A 4H07A 2ZSPA 1A4FB 3UH3A 3G46A 3QQRA 1YFFB 4MBNA 2C0KA 1HBHA 1I3EA 1GBVA 4UURA 3PT7A 1J7WA 2D2NA 2FRKX 1RQ4B 1J3YA 2DXMB 3WCWC 3ZH0A 3BCQB 2D2MB 1I3DA 1MLFA 2GRFA 1Y85A 3EOKB 1JP6A 1VHBA 2Z6SA 2AV3A 1X3KA 1R1XA 1Y0TA 5EUIB 6HBWA 3AG0A 3QM8A 4MQGA 2MHBB 2AA1B 103MA 3BJ3A 3UHEA 1EBCA 3QZZA 1K0YA 3A0GB 1HLMA 4ESAB 1O1IA 3B75A 4F6IA 1Y22B 1BBBA 1IWHB 3NL7B 2AUPA 4PNJA 3S66B 2PEGA 1DXDA 2D5ZB 3UHXA 3PI2A 3ZJRA 2W72B 1HV4A 3G4YA 3UHHA 2RAOB 1K1KA 1NZ2A 2G0XA 1Y46A 3UHVA 4MQJB 1HDSA 3GLNA 1ABSA 3HXNA 1CH9A 2V1KA 1NGKA 3QZXA 1Y8KA 5E83A 1Y4VB 1CIKA 1O1PA 3ZJNA 4F6JA 3WCUB 1Y7ZA 2DN1B 3ONZA 1HLBA 1IDRA 1Y7GA 4NI0B 3WCWD 1GDKA 3HF4A 3QJCA 2O5TX 1X9FC 1CIOA 5F2AA 3ZOMA 1CP0A 2GKNA 3G52A 3H58A 1JP9A 2ZLWB 3UI0A 3PI8B 1CH1A 1YE2B 1HHOA 3GK9A 1MBAA 2G0VA 4MQHB 2AUOA 4NI1B 1BZ1A 1NEJA 2ZFOD 1MLKA 1YEQA 3IC0A 2YRSA 3OGBA 2MYDA 1HSYA 1MKOA 1MOAA 1YEOB 3DHRB 2G11A 2QSPA 3GDJB 1A00A 1SI4A 1Y4BA 1MNKA 3IC2A 3HC9A 4XDIA 4AVEA 2D2NC 2HBSA 1A0ZA 3K9ZA 1S69A 1DO7A 2ZT0A 1Y0WB 5HLUA 1XZ2A 1DKEA 1V75B 2AURA 3PI9B 1BUWA 1F63A 2HBFA 4C44A 1F65A 2FRFA 5HAVA 2D60B 1Y5KB 2MGKA 1A3OB 2FAMA 3WCTC 1XY0A 1KD2A 3FH9B 2HHDA 5CN7A 1MNJA 1UIWA 1YVQA 1NAZA 1YDZA 1XZVA 1CH3A 1YGDA 1S5XA 1OBMA 1X9FD 3E55A 3H57A 1XZ5A 2EVPA 1Y8WB 3GQGB 4MQIB 1JL6A 1G09A 1BZ0B 1Y2ZA 1JWNA 1RQ4A 1YEUB 3WHMA 1V4XA 3BCQA 1YG5B 3VAUA 1Y8HA 3ECLA 1O1NB 5JGGB 4MQCB 5EUIA 1YHUB 2DHBB 3LQDB 5IKSA 5CN9A 1UX9A 1Y7DB 5MBNA 3R5IB 1UFPA 2ZFOB 3ECZA 1MLSA 1CG8B 1YIHB 1FDHG 111MA 3IA3B 1MLGA 3NL7A 3WCTD 1QSIB 3MJUA 3BJ1A 1OUUB 1OUTA 1MLLA 1EMYA 3G4WA 2W72A 1MBCA 2MGHA 2RAOA 3UHBA 1GBUA 1GVHA 1XZ4B 4UZVA 1MBDA 3TM3A 3WFTA 2SPNA 3PELA 3D17A 1BVCA 2NRLA 1MYJA 2FRIX 1A01A 2ZFBB 1FAWA 1Y4VA 1MOHA 1XYEB 3QMAA 5JOMA 3WCUA 4ZVAA 3V2VA 1UX8A 2ZS0A 3WCPB 1FSLA 1S5YB 2VLZA 4NI0A 5CHQA 2O5MX 1KR7A 1J7SA 4UIQA 1Y01B 1SHRB 1G9VA 3E5IA 1Y5JA 4NI1A 1YHRB 5MBAA 1NS6B 3KUNA 4M4BA 3WI8A 2V1GA 3PI1A 1S0HB 3HYUA 1YEOA 2R50A 2MGBA 1BZPA 3GDJA 2OHAA 1Y0CB 5SW7B 1RSEA 5JDOC 1DM1A 1T1NB 4ODCB 2LH6A 4YU3B 3ORDA 1XXTB 3PI9A 1V5HA 1IRCA 2MGMA 1MYGA 1HCOA 4L2MA 1LH5A 2D60A 1Y5KA 1ASHA 3UBVA 4O1TA 4N8TA 2PGHB 1VXEA 3KMFA 4LPIA 2DN3B 3GQRB 1YZIB 2BMMA 3AQ8A 3OO5B 3LR7A 1HBRA 4HRTB 3S48C 3KUOA 1EWAA 3WTGB 3UHKA 2R1HB 3NG6B 3QJBB 3CY5B 3WCVC 4HSXA 1R1YB 2QU0A 3W4UA 1Y35B 1FLPA 1YCAA 1O1OA 1YH9B 1XZUA 1Z8UB 3UHCA 4MQIA 1LHSA 1BZ0A 5ILRA 2O5OX 1BZRA 1SDLB 1MNHA 1YEUA 1A0UA 1YG5A 1BINA 5CMVA 2MGFA 4PQBA 1OR6A 4WJG1 1HBSB 3LB3A 4DC8A 3SDHA 3K3UA 1O1NA 1JF4A 1HDAA 5JGGA 4HHBB 3ZOLA 2ZT3A 2BLHA 1Y83B 1YHUA 2DHBA 4ROMB 106MA 2ZS1C 1Y5FB 2FALA 1GZXB 1CLSB 2ZS0C 1Y7DA 1FHJB 1JZMA 2HHEA 1LUEA 3G4UA 1Y31B 1O1MA 2D5XA 6HBIA 1YEVA 1MCYA 1CG8A 1RPSB 4DWTA 1YMAA 1HGAB 3QM6A 2MGLA 4ZVBA 2IN4A 2XKIA 4F69A 1OUUA 4U8UA 1N9HA 3WFUA 2VEBA 1MNIA 2VYYA 5HLQA 2Z6NB 112MA 3NMMB 3WCVD 1YHEB 1JY7B 2HCOB 1NWNA 1GCVB 1J41A 3UHZA 1DO1A 1X46A 3E5OA 3EDBA 3A5GA 2ZSSA 4IROA 3WCPA 2MGAA 2QSSB 3RGKA 3RJ6A 1GLIB 1FDHA 1HBBB 2GNVA 1RVWA 1LFVB 2JHOA 2KSCA 1JEBB 2EVKA 1J7YB 1B0BA 2H35A 2ZS1D 1YHRA 1J40A 1NS6A 1NS9B 4XS0B 1CG5B 1HDBB 2R4XA 3ZJMA 3DUTB 1DXVA 3ARKA 2LH2A 2HBCB 4MAXA 5KKKA 1HABB 1G0AB 1B86B 5JDOF 3AQ6A 1N9IA 1Y0CA 5HY8A 5SW7A 1T1NA 3HRWA 4ROLB 3BJ2B 4YU3A 5CNBA 3UGYA 2LH5A 2QFKA 1XXTA 1A3NB 1BZZB 1EW6A 1LFTB 5E29B 3M38A 1MBNA 1HBIA 1C7BB 2ZLUB 2GTLA 1RQ3B 1SWMA 4G51B 1URYA 4PQCA 2MBWA 2E2YA 2PGHA 3TLDA 1VXBA 1V9QA 1ABYA 3MN0A 1LA6B 1YMCA 4HSWA 3S1JA 4B4YA 1YZIA 2XYKA 4WCHD 1M6CA 1Y4RA 4HRTA 2EB8A 1LH3A 1IBEB 3ZJQA 104MA 1LFYB 2GL3A 3WTGA 5D5RA 1AJGA 1PBXA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1MYHA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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