1O1J | Genus

Total Genus 114

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	114
sequence length	283
structure length	283
Chain Sequence	MLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEAFERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGQGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYRGVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEAFERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGQGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__341762517770035__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__341762517770035__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1O1J/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__341762517770035__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"341762517770035","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1O1J/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__341762517770035__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen storage/transport
source organism	Homo sapiens
publication title	Genetically Crosslinked Hemoglobin: A Structural Study doi rcsb
molecule keywords	Hemoglobin Alpha chain
total genus	114
structure length	283
sequence length	283
ec nomenclature
pdb deposition date	2002-11-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	1o1jA02
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	1o1jA01

2XKIA 1KD2B 1NPFA 4FH7A 1CG5A 1OUUA 3O89A 1CH9A 4WCHD 1BIJA 2QMBB 2GDMA 4F6JA 2EKUA 1XY0A 1ITHA 3MKBB 4N7NA 2GTLB 4NI1B 3PIAB 1J7SA 1YHRB 2ZLXB 5JDOE 3WCPB 1IRDA 3E4NA 1MWBA 1YHUC 1QXDA 1XZUA 1LFYB 2HCOA 3D4XB 3PT7B 1HGCB 4XS0A 5EUIB 4F69A 5HU6B 4HRTB 1RVWA 3UHRA 1L2KA 3QJCB 1GCVA 4M4BB 5F0BA 1MKOA 3D7OA 3VREB 1GDIA 1NEJA 2LH3A 4FWYA 1MLFA 4UIQA 3NMMA 1URYA 3E5IA 1HACA 1RSEA 2D2MD 2Z6SA 4F6DA 3IXFA 3SZKA 3QM6A 3A9MA 1G0BA 4PQCA 4MQJB 2VYWA 2HBDB 3WFTA 1JDOA 3AQ9A 3KUOA 3W4UB 1TU9A 3ECXA 1UFJA 1NWIA 1EWAA 1RQ4B 2LH6A 2OHAA 3WCUB 3DHRB 4F6FA 3TLDA 1COHB 1Y8HA 1HGAA 2BLJM 5E83A 3WTGA 3ZJJA 1Y4RB 2HBCB 2R4ZA 4F6BA 1MBOA 1S56A 2BLHA 4WJG1 2NSRA 1JZMA 3MN0A 1F5PA 1J41A 1T1NB 2BLIA 2D2MA 2R4XA 3ARJA 1Y4GB 1UX8A 1Y22B 2HHBA 3HEPA 2D5ZA 2D5XB 2HBEA 1JPBA 3AQ7A 2WTHA 3S66B 4AVDA 2AA1A 1HBRA 2MYCA 4IROB 3WR1B 2MBWA 2DC3A 2R80A 1C7BB 1SDKA 3WI8A 3UHXA 1FSLA 2ZT2A 4GZGA 4HRRB 2ZT4A 1Y45A 2D2ND 4O1TA 3LB2A 1CMYB 1SDLB 1HDAA 1LH6A 6HBWB 3QJBA 3G4WA 3GYSB 3OZUA 1S5XA 1LJWA 4NI0A 2ZWJA 1VWTB 1YEUB 3IA3B 1CG8A 3OGBA 3A59B 1O1PA 1UFPA 1AJ9B 3P5QB 1Y4BA 3UI0A 1BABA 3BJ2B 1J3YB 3PT8A 3PI4A 3AT5A 1YENB 1YCBA 3BCQA 3GQRA 2GNVA 1NIHB 2HBFB 3WCVD 3CIUB 1XZ7A 1H1XA 3WFXA 1DUKA 1LHSA 2D2NA 2NRLA 1BBBB 1YGFA 1G09A 3A5BA 1Y4FA 3ARLA 1A6GA 1ABYB 1A0ZA 1O16A 4ILZA 3DUTA 4MXKA 1BIJB 3HHBA 2PGHA 1G0AA 4N7NB 5ILPA 4YU3B 1J7SB 1NZ3A 1YIHB 3S1IA 1HLBA 1B86A 2D2MC 2ZLTA 3HF4B 1CH7A 1C40A 2MGEA 1QXDB 1XZUB 2HCOB 5AZQA 1VXFA 1MLOA 2V1GA 3UHZA 1YZIA 4XS0B 1XZVA 1V75A 2LH1A 1GZXA 1RVWB 1G08A 3S48C 1GCVB 1QSIA 1CQXA 1MKOB 3D7OB 2NX0A 3G4RA 4MQCA 1A9WA 2O5TX 1NEJB 3GKVA 1NS6A 5JDOD 2ZS1B 2R50A 1RPSA 1YOIA 1HACB 2DN3B 1KFRA 3PI8A 2V1IA 4ZVBA 2ZT1A 1C7CA 2DN1A 3SZKB 2ZSZA 1Y85B 1YIEA 1DUOA 1O1IA 2MYEA 1EBCA 1WMUB 3K8BA 2XYKA 3KMFA 2MGBA 2GRFA 2DXMA 1H97A 3HYUA 1NWNA 1Y8HB 1HGAB 5E83B 2M6ZA 3H57A 5ILMA 5ILEA 2D2NC 3ECLA 3M38A 3WCWD 1NZ2A 5E29A 1W92A 1CLSA 1J41B 3UGZA 1Y4PA 2D2MB 2AV0A 1MWCA 4MAXA 2HHEA 1A6MA 1SI4A 1S0HA 2HHBB 1EMYA 2VYZA 2HBEB 1LFQB 3GK9A 2PEGB 2MGFA 2FRJX 1Y8IA 2QFKA 2NRMA 1CBMA 2AA1B 1HBRB 2R80B 1UVXA 1SDKB 2OH9A 1N9XA 3U3EA 1Y45B 1Y4VA 1ABSA 2G0ZA 4IT8A 3ODQB 1HDAB 1YEQA 110MA 1HABA 1SHRB 2V1EA 2XKGA 3QJBB 4PQ6A 1MLUA 1S5XB 1LJWB 4NI0B 2ZLWB 2QLSA 2IG3A 1CIOA 1OUTA 1MYGA 1O1PB 1GVHA 2ZS0D 1CH4A 1Y4BB 1BABB 1K0YA 3PT8B 4MQHA 1Y0AA 3AT5B 1MCYA 1MOAA 1G9VB 1O1MA 3EOKA 3GQRB 3MVCA 1YHEA 4TWUA 2D2NB 1GLIA 1YGFB 3KMFC 3QJEA 1YOGA 4NK2A 1A6NA 3A5AA 1A0ZB 3MBAA 2FRFA 3GOUB 1SPEA 5CN4A 1BZZA 5JDOC 1S6AA 4KJTA 3LR9A 1G0AB 1NQPA 4UZVA 3GDJA 1O1NA 2ZS0A 2FRKX 1Y5JA 2ZT3A 1IBEA 3OO5A 2QU0B 1C40B 3NL7B 3QJDB 5EE4C 3D17A 1FCSA 2W6VA 1A4FA 1JEBA 1DO1A 2QRWA 1FLPA 2R1HA 3HENA 1YZIB 1V75B 1GZXB 1FDHA 1UIWA 3LQDA 1B0BA 1A0UB 1QSIB 4HSXA 4N7OB 2VRYA 2ZSNA 3M39A 1VXGA 5HBIA 1GCWA 1GBVA 3GKVB 1HDBA 3WCWC 1CPWA 1BZ0A 1JZLA 2BMMA 1RPSB 2H8DA 1MBDA 1HBGA 1CO9A 3PI8B 1BVCA 1A6KA 3UHHA 1HBSB 1J3ZA 2DN1B 4FC3A 2C0KA 3R5IA 1YIEB 1HCOB 3V2ZA 1SWMA 3RJNB 1LFVB 3VRGA 1C7DA 1O1IB 1YE2A 2BWHA 2KSCA 3K8BB 1XZ2A 4F6IA 4FWXA 2MGHA 5AB8A 5HLXA 102MA 3EU1A 2ZLUA 4ROLA 3UHSA 1WLAA 3HYUB 2M6ZB 3G52A 2SPNA 1Y8WA 5B84A 1A3NB 2ZFBA 1MLJA 2O5OX 1CH3A 1HBIA 3OVUC 1NXFA 1OR6A 3OK5A 1S5YA 1SPGB 1CLSB 3UHGA 1Y4PB 5CNEA 2HHEB 1UC3A 2W6YA 1VXBA 1SI4B 5CNFA 1S0HB 1XZ4A 2ZS0C 1AJHA 5CNDA 1QSHA 1O1OA 4JYQA 105MA 1LTWA 1MLGA 5CNBA 2Z85A 3UHEA 3R0GA 1CBLA 1JF3A 3EDAA 2QSSA 3G4YA 4O2GA 3ZHWA 1RQAB 107MA 2G12A 1WVPA 3NFEA 3V2VA 1Y4VB 1JP6A 106MA 1Y0TA 1YEQB 5CMVA 1MNOA 5EOHA 4OF9A 2RI4B 4C0NA 2GKMA 1YEVB 3GQPB 4UURA 3ZJIA 2QLSB 2GRZA 2LHBA 1OUTB 2BW9M 3S1JA 1K0YB 2ZSRA 4MQHB 4YU4A 1O1MB 1HHOA 3PI3A 5HY8B 3EOKB 1YHEB 1GLIB 1XYEA 3MJUA 3QJEB 1V5HA 1RTEA 5C6EB 3OZWA 2DN2A 2DHBA 3UHYA 1YHUB 2OIFA 1UMOA 2YRSB 4F68A 4X0LA 3QM8A 1X46A 1BZZB 5CN6A 1Y83B 2LH2A 1DKEA 5EETA 3LHBA 1HDSB 2ZS0B 3NG6A 1YFFB 4ROMA 2ZT0A 1VXEA 4HHBA 1IBEB 3OO5B 2O5LX 3D17B 2W6VB 1A4FB 1JEBB 3WHMB 4O35A 1DXTB 1DM1A 2R1HB 1DO4A 2VEEA 3ZJQA 3UH5A 1S69A 3D1KA 1MTJA 2AUQA 3A5GA 3HXNB 3B75A 3ARKA 3K3UA 2ZLVA 5C6YA 1GCWB 1GBVB 1HDBB 3IC2A 3UHVA 1BZ0B 2MHBA 2H8DB 2V1FA 4MBAA 3M3AA 2Z8AA 1GBUA 3ZH0A 2MGDA 1O1LA 1DLYA 1GDJA 1Y46B 2QFNA 1Y5FA 1J3ZB 2W31A 4FC3B 3M3BA 1MNHA 5SW7A 1Y2ZA 1R1XB 1PBXA 5IKSA 4JACA 1Y7DA 4L7YB 1DWTA 1YE2B 3MOUA 2G11A 3AQ8A 1HBAA 1MLNA 2SPMA 1CG5B 1CH5A 2OLPA 4OODA 1OUUB 101MA 2ZLUB 103MA 2D60A 1XY0B 1Y8WB 1DO7A 1IRDB 1J3FA 4N8TA 5D5RA 1I3DA 1MLSA 3IC0A 1BZ1A 3UHDA 2H35A 1HV4A 1MBIA 2HHDA 1DTIA 1AJGA 3WCVA 1YE0A 3MYNA 1N9FA 1F63A 1Z8UB 1J52A 2FALA 3PI1A 1BZRA 1UVYA 3BJ3A 1QSHB 1MOCA 2ZSOA 1O1OB 2XKHA 1HBBA 1Y7GA 3UGYA 5AZRA 4DWUA 1U7RA 3VRFA 2O58X 1V9QA 1Y8KA 2QSSB 4DWTA 4G51A 2MYAA 1Y7ZA 1IT3A 3BOMA 1MZ0A 3ZJMA 5KERA 3NMMB 3NFEB 1MYIA 1VXAA 3CY5A 5CHQA 1Y0TB 4KMVA 1TESA 4ESAA 2MGAA 2GTLD 3UHTA 1G0BB 1HRMA 1J40A 1K1KA 1VXHA 3ASEA 1ASHA 1FSXA 1NZ5A 5EQMA 1V4WA 3LR7A 4N7PA 2O5QX 2AV3A 4YU4B 2GRHA 4NS2A 1HHOB 1MBCA 3WTGB 2GLNA 2RAOA 5HLUA 3UHKA 4LPIA 1FAWA 111MA 1DXUA 1KD2A 1MLQA 1XYEB 3MJUB 1LH2A 4G1VA 1NZ4A 2DN2B 1PMBA 2IN4A 1MDNA 3MKBA 4X0LB 5F2AA 2ZLXA 1CO8A 1LFLA 3WCPA 2D5ZB 1GDKA 2HBSA 1DKEB 1N9IA 1IT2A 1MYZA 1MBSA 3ZJHA 5D1VA 4ROMB 2EB9A 3HC9A 4HHBB 1LH5A 3D4XA 3WCVC 1M9PA 1NGKA 1HGCA 5HU6A 2B7HA 1V4UA 2ZSYA 1DO3A 3QJCA 1YGDA 1XZ5A 2G3HA 3QQRA 3WCWA 1BZPA 1DXCA 3HRWA 3O7NA 4MQKA 3UHBA 1MBNA 3B75B 3S65A 1CG8B 1MLRA 2ZLVB 1HGBA 3OJ1A 1MNJA 2V1HA 3FS4A 3HEOA 2MYBA 3MJPA 2D6CA 3QQQA 2HZ2A 3BCQB 2EVPA 1Y5FB 1XXTA 3AG0A 1XZ7B 2MGMA 5SW7B 2ZSPA 1MLKA 1PBXB 1Y7DB 2EVKA 3QZZA 1MYJA 3OO4A 1G09B 3D1AA 3QMAA 1GJNA 1MTIA 1Y4FB 3G4VA 1HBAB 1MODA 1LA6A 1JW8A 1J7YA 5CN5A 3BJ1A 3DUTB 1X3KA 3GLNA 3HHBB 2PGHB 3A2GA 1BJEA 1AZIA 2AUOA 4N8TB 1B86B 4O4ZA 2ZLTB 1BZ1B 3IC0B 7HBIA 1HV4B 1V07A 2HHDB 4NZIA 1MOHA 1Y22A 3WCVB 1YE0B 3UBVA 1OBMA 1Y4QA 1XZVB 1YMAA 3AQ6A 1MTKA 1G08B 5EV5A 3G4UA 1XCHA 1THBA 1Q1FA 3EDBA 1HBBB 2VLXA 1Y5KA 1Y7GB 2R4YA 4MQCB 3VRFB 3OZVA 5MBAA 3ZOLA 1A01A 1NS6B 4G51B 4H0BA 1RQ3A 1CMYA 2HZ3A 3BOMB 2OH8A 5KERB 6HBWA 4HSWA 2G0RA 3WFWA 1YEUA 1VHBA 2LH7A 1C7CB 1LFTA 1A9WE 2WY4A 3DR9A 1HBHA 3P5QA 3MYMA 1YEOA 1IOPA 2O5SX 4TYXA 1J40B 3A0GA 1K1KB 1UX9A 4HBIA 3KUNA 1FSXB 1V4WB 4N7PB 1O1KA 1NIHA 1HJTA 3UH7A 1DXVA 2R4WA 2DXMB 2V1KA 2VM0A 3CIUA 2E2YA 1BBBA 3UHQA 1FAWB 1DXUB 1VRFA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1O1JA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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