1O1M | Genus

Total Genus 116

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	116
sequence length	285
structure length	282
Chain Sequence	MLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEAFERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGQGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYRVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEAFERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGQGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__648318646419059__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__648318646419059__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1O1M/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__648318646419059__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"648318646419059","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1O1M/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__648318646419059__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen storage/transport
source organism	Homo sapiens
publication title	Genetically Crosslinked Hemoglobin: A Structural Study doi rcsb
molecule keywords	Hemoglobin Alpha chain
total genus	116
structure length	282
sequence length	285
ec nomenclature
pdb deposition date	2002-11-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	1o1mA02
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	1o1mA01

2NX0A 3S66A 1IWHA 4G51A 1MOBA 1MLSA 2HBDB 5EUIA 1LH7A 1ECNA 4IROA 4BJAA 1A3NA 1A0UA 3IA3B 6HBWB 1JPBA 1DWRA 2D2NB 2ZLVB 1Y4VB 1IT3A 3AQ9A 1LFTA 4MQHB 1GCVB 2OHBA 1K0YB 1Y8HA 4MPMA 3V2ZA 1Y5FB 1YEQB 4XDIA 3UHVA 2V1KA 1VHBA 3PT7A 1HACB 1V4XA 2AUPA 2DHBB 1LFVA 1QSIB 2VYZA 1JF4A 2ZSRA 1S61A 1S5YA 2BW9M 5JGGA 2R1HB 1PMBA 2MGKA 1MDNA 2DN1A 1VXAA 1LH5A 1ECDA 1Y0DA 5CNBA 3WCUD 4MQIA 3ARLA 1GDKA 4F6JA 1A3OB 3NMMB 5B85A 4HSXA 1Y2ZA 1DO1A 1BIJA 1BBBB 1F5PA 3WCUC 4H2LA 1J7SA 4B4YA 1KR7A 5HY8B 3ZOLA 1MNOA 1X9FC 5SW7B 3WR1B 2HBFB 2OH8A 3GK9A 3HENA 1MOHA 5CN5A 1MWBA 2WTGA 1J7WA 5C6EB 1MBNA 2H35B 2QLSB 4C0NA 2DN2B 3WHMB 1C7DB 3GQRB 2MHBA 1SDKA 1C7BB 2BK9A 2H8DB 2HHDA 3OK5A 1YMAA 2R4YA 1Y8IA 3WCWD 1NS6B 2ZSQA 1DWTA 1AZIA 1XQ5B 4FC3A 2MGJA 1GLIA 1NPFA 3R5IA 1F65A 1HDSB 1NXFA 5AB8A 1MBIA 5ILPA 1JL6A 1MNHA 4ROMB 1VXFA 3IC0A 3OO5A 1J40A 1WMUB 3WCWC 3G46A 4M4BA 1GCWA 1O1LA 4ESAB 3D1AB 1Y4GB 4ROLA 3WCWA 1SHRB 3ECLA 3PI3A 3QM8A 1PBXA 5JOMA 2R4ZA 1YZIA 1CH4A 2W6XA 4ILZA 3O89A 2Z6NB 5CNEA 1A01A 2R80B 1NS9B 1N9FA 3UH6A 2OHAA 1SPEA 2GRHA 1FSLA 1OUTB 2IN4A 4YU4B 3VHBA 1YGDB 3QJEB 2HBDA 1HCOB 2BNLA 1Y35B 4FH7A 4HHBA 1DTMA 1CG5B 6HBIA 5HLUA 1XZ5A 3K8BB 2SPNA 2ZSTA 6HBWA 2MGMA 2D2NA 2ZLVA 1FDHA 1Y4VA 1V75A 1RTEA 2FRIX 4O4TA 4MQHA 1GCVA 1CQ2A 1Y5FA 1YEQA 3MVCA 3UHXA 1R1XA 1BJEA 1J7YB 1HACA 1YHEB 2QFKA 2D2MB 2DHBA 4JACA 2O5OX 4G1VA 4VHBA 1TU9A 3MOUA 1I3DA 1OFJA 2G0ZA 1BZ1B 2W6YA 2SPLA 1ABSA 2OH9A 1URVA 1FSXB 1RQAB 1W92A 2HHEB 3PIAB 3VRFB 1LFYB 1Y22A 3QJCB 1K1KB 1A3OA 3NMMA 3ZJSA 5M3SA 2MGAA 1BBBA 1YENA 1ABWB 5HY8A 1BZPA 1MBAA 1DXCA 3HXNB 1MNJA 1WLAA 5SW7A 1NZ4A 1G9VB 3WR1A 2HBFA 1YHUB 1Y4QB 4N7PA 1DXUB 1F63A 1UVXA 4KMWA 2MGCA 1TESA 3VAUA 1YCBA 5EE4D 5C6EA 2NSSA 1Y83B 2QLSA 1Z8UB 4MBNA 1UMOA 3WHMA 1C7DA 3DUTB 1C7BA 1Y0CA 1Y0WB 2BLHA 3PI4A 5E83B 2H8DA 2LH1A 1HBHB 2BKMA 1ABYB 1MLNA 5HU6A 1SWMA 1Y5JB 2LH2A 1YGFB 4G51B 1DKEA 1BZ6A 1JP8A 5EUIB 1GZXB 5EU2A 4IROB 3A9MA 2BMMA 1FLPA 4ROMA 1A0UB 1JDOA 3PI8B 4MXLA 1MZ0A 2AA1B 4ESAA 3LR9A 3D1AA 1X3KA 1Y4GA 1SHRA 1OFKA 3ZH0A 3NL7B 1LFTB 1HBIA 3D1KA 4QAUA 3A5BA 1UIWB 1O1IB 2Z6NA 3E5IA 1V4XB 2DN3B 1MBDA 5JGGB 1OUTA 2DN1B 109MA 3UHHA 1DXTB 4UIQA 3QJEA 2O5BX 1HCOA 3M3BA 3IXFA 1Y31A 5E6EA 1JP6A 3ZJOA 1Y01B 2GRFA 3P5QA 1MYZA 2RI4A 3K8BA 1MLGA 1HBSA 3UHUA 5B84A 2HBSB 5E29A 2EB9A 2R4XA 3A5GA 3OO4B 3EU1B 3U3EA 1CLSB 3WCUB 4LPIA 1XXTB 1U7RA 4MQGA 1O1NA 1X9FB 1YHEA 102MA 2D2MA 4UZVA 2MYAA 4F69A 2SPMA 5CNDA 1O1OB 1Y4BB 5CNGA 3WI8A 3LQDB 4ZVAA 1RQ3A 2QSSA 1BZ1A 1M6CA 4DWTA 2LHBA 1MNIA 1FSXA 3AT5A 1DM1A 2MHBB 1SDKB 2HHEA 2ZSXA 1I3EA 3HYUB 5C6YA 1MCYA 1YE0B 3VRFA 4H0BA 1Y7DB 1EW6A 3OJ1A 1DO7A 1Y8IB 2MYDA 1ECAA 2MYBA 1CH3A 5EOHA 1CMYB 2ZWJA 3HXNA 1LH3A 1HBRA 3ARJA 1J40B 3ONZB 1Y4QA 1DXUA 106MA 1HDAA 4XS0B 4KMVA 2R4WA 3WCWB 4B3WA 3GQGA 1MOCA 4PQ6A 2ZLXB 1A6MA 2Z85A 1Y83A 1YZIB 4F68A 2VLZA 1VREA 1HLBA 1CG8A 5CN7A 1CP5A 2G0XA 2MYCA 1Y0WA 2O5QX 5E83A 105MA 3A0GB 3UHBA 5KERB 3EOKB 3PT8A 5IKSA 2ZS0D 1HBHA 1ABYA 1Y5JA 3RGKA 1YFFB 1YGFA 5AZRA 3UGYA 2D6CA 1GZXA 2ZT0A 2VYYA 1LTWA 1YE2B 4HHBB 3ODQA 2EVKA 2AURA 3OZUA 3G53A 2MB5A 1YIHA 2ZS0C 4DC7A 4SDHA 1XZ5B 2PGHB 3PI8A 1A4FB 2AA1A 3LHBA 3QM6A 1V75B 1EBCA 3NL7A 1O16A 5HBIA 2D5ZB 1MLFA 1UIWA 2O5LX 1A00B 1O1IA 1R1XB 1HDBB 1Y09A 3UH3A 3MYMA 1JZLA 2DN3A 3BCQB 4NK2A 2G0SA 2V1JA 3UH5A 2EVPA 1LFQB 1YOGA 1DXTA 2OIFA 1C7CA 2HHBB 3ED9A 2D5XB 1COHA 3BJ3B 1Y22B 1X9FD 4HRTB 2RAOA 4HRRB 1BUWA 2VEBA 3ECZA 3S48C 2HBSA 4L7YB 1LJWB 4N8TB 4X0LB 1YENB 3OO4A 1ECOA 4NI1B 2AV3A 2VYWA 3EU1A 1CLSA 3CY5B 1NGKA 1LH1A 3WCUA 1XXTA 1GBUA 3UHKA 1RTXA 3G4WA 4N7PB 1X9FA 1DUKA 2OLPA 4N7OB 1VXBA 1O1OA 1Y4BA 3WTGA 3LQDA 1S5XA 1MTJA 1XCHA 1A9WA 2GKMA 3UHDA 1QI8A 1QPWA 1G09B 1Y0CB 3HYUA 4KN3A 1YE0A 2C0KA 3KUOA 3QZZA 3UHCA 1MYJA 5HU6B 1Y7DA 2KSCA 3A2GA 4F6IA 2VEEA 2V1FA 4NXAA 1DKEB 1CMYA 3HF4A 3FH9B 1SI4B 2ZFBA 2HZ2A 4WJGA 1MWCA 1YG5B 1HBAA 3ZJPA 3ONZA 4XS0A 2G11A 3G52A 1SDLB 3S65A 3SDNA 3A5AA 4DC8A 2FALA 3D1KB 2ZLXA 2MBWA 3NG6A 5D5RA 4N7NB 1G0BB 4ODCA 3A0GA 5KERA 1IBEB 3EOKA 1QSHA 5JDOD 1HBGA 1YFFA 1XZUB 1Y4FB 1Y7CB 1DXDA 1YCAA 1YE2A 1Y31B 1DXVB 5E6EB 1MYHA 1Y7ZB 3P5QB 3D7OB 5JDOC 4HBIA 2MGDA 2RI4B 2PGHA 1HBSB 1A4FA 5KDQB 1UC3A 1ASHA 5E29B 2VHBA 3AQ5A 3QM7A 3ZJHA 5HLXA 3S1IA 3ZJMA 1U7SA 5CN8A 1NZ5A 5ILMA 1YOIA 2ZSZA 2V1IA 2VM0A 2D5ZA 1A00A 1VXDA 1HDBA 4MQGB 1HGAB 1O1NB 2XKIA 1HSYA 1GVHA 1GBVB 5ILRA 3BCQA 1XZVA 1VRFA 1BABB 1CO9A 2ZSYA 1RQ3B 2QSSB 1RVWB 1LFQA 4TWVA 3E55A 3AT5B 2HHBA 3ZJJA 2M6ZB 1BINA 104MA 1WVPA 2D5XA 1HV4B 3BJ3A 3MJUB 4HRTA 1NIHB 5D1VA 4HRRA 1MLKA 1LA6B 3MJPB 3LB4A 1HJTA 3GYSA 3ASEA 3AT6A 4L7YA 3EDBA 1MODA 1LJWA 4N8TA 1BZZA 4X0LA 1Y4RA 1LUEA 4NI1A 1A0ZB 1NWIA 1OUUB 3CY5A 2O5MX 1GJNA 1HBRB 2HBCA 3G4YA 1DO3A 3WCPA 3ZOMA 2HBGA 2JHOA 1HDAB 1Y45A 4N7OA 2ZSOA 1IRDB 3GQGB 4TWUA 103MA 2Z6TA 4C44A 1M6MA 2GRZA 1CG8B 3AQ8A 1HGBA 1VXHA 1RSEA 3BJ2B 1G09A 1G0AA 1UT0A 1JZKA 2Z8AA 2GKNA 3PT8B 3ZHWA 1YEVA 2LH5A 3ZJIA 4MBAA 1Y46B 2MGFA 1V4WB 3IC2A 4NI0B 3TM3A 3UGZA 1YDZB 3FH9A 1SI4A 3ODQB 3KMFC 2O5SX 1HABA 1BZ0B 1MTKA 5F0BA 1YIHB 1Y0TB 3KMFA 1CH2A 1MWDA 1V4UA 1YG5A 3TM9A 2ZS0B 2ZLUB 4JYQA 2G12A 5CHQA 1SDLA 4OODA 1IDRA 3NFEB 3B75B 1MYIA 3BOMB 3SDHA 1OR4A 1XYEA 4F6FA 4N7NA 1Y09B 1GDLA 1CH9A 1G0BA 1Y4PA 1MLJA 1IBEA 1GDJA 2B7HA 1MYGA 1XZUA 3QQQA 4NZIA 1JEBA 5CNCA 1Y4FA 1FCSA 1Y7CA 4AVDA 1C7CB 1DO4A 1DXVA 1VXGA 3GQPB 4TYXA 1COHB 2E2YA 1IT2A 1JW8A 1Y8WB 1Y7ZA 4MXKA 3ECXA 2RAOB 4F6DA 3D7OA 1QXDB 1JWNA 1NEJB 1BUWB 2AUOA 5KDQA 3QM5A 3NMLA 3UHYA 3ORDA 1Q1FA 1CBMA 3M39A 1S69A 1J41B 2HZ3A 2QU0B 1GBUB 2EKUA 3G4VA 1HGAA 4FWXA 3GDJB 1GBVA 1NQPA 1Y8KB 3LB3A 3WTGB 4F6GA 4MQCB 1BABA 3HHBA 3QJBB 1URYA 1S5XB 1RVWA 1LHTA 1HHOB 3D17A 1QI8B 3UBVA 3VRGA 1QPWB 1HBBB 2M6ZA 5ILEA 1DWSA 1HV4A 1B0BA 1F5OA 1JP9A 3MJUA 3OZWA 1NIHA 2AV0A 1LA6A 1NPGA 3MJPA 2GLNA 3WCTB 1H1XA 1YVQB 3UH7A 2MGLA 2O58X 1B86B 1N9IA 1YVTB 3PI9A 1N9XA 1YIEB 3HF4B 4L2MA 1FAWA 1EBTA 1A0ZA 1MNKA 1RQ4A 2W72C 1OUUA 2ZFBB 1O1PB 3TLDA 2W72A 1HBAB 1UVYA 1XY0A 3ZJNA 1S0HB 1HGCB 3UHIA 3WFUA 1EMYA 1GDIA 1IRDA 3S65B 3WCVD 2MYEA 3PELA 3GKVA 1KFRA 1NZ2A 2MGBA 3GKTA 2YRSB 3NG6B 5EV5A 3O7NA 1D8UA 1YMBA 3BJ2A 3QMAA 4ODCB 5CMVA 3WCVC 1QSHB 3FS4B 3V2VA 1FHJB 2VRYA 1Y46A 3WCVA 2QFNA 1V4WA 3LB1A 1MBCA 3WFTA 4NI0A 1YDZA 4F4OB 1DLYA 1CIOA 2BLIA 1MBOA 1BZ0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1O1MA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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