1SPG | Genus

Total Genus 54

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	54
sequence length	143
structure length	143
Chain Sequence	SLSATDKARVKALWDKIEGKSAELGAEALGRMLVSFPQTKIYFSEWGQDLGPQTPQVRNHGAVIMAAVGKAVKSIDNLVGGLSQLSELHAFKLRVDPANFKILAHNIILVISMYFPGDFTPEVHLSVDKFLACLALALSEKYR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

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loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__1401680075411487__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__1401680075411487__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1SPG/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__1401680075411487__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"1401680075411487","bgcolor":"white" }

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Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__1401680075411487__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen transport
publication title	Structural basis for the root effect in haemoglobin. pubmed doi rcsb
molecule keywords	HEMOGLOBIN
total genus	54
structure length	143
sequence length	143
ec nomenclature
pdb deposition date	1996-02-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	1spgA00

3CIUA 1J41B 1NXFA 1EW6A 4N8TB 4PNJA 1DXVA 3S65B 1MWBA 1VXHA 1C40B 1A9WE 3D1AB 3ZJLA 1Y2ZB 1G09B 3UH6A 3UHKA 3AQ8A 2B7HB 2IN4A 3GQRB 3IC0B 4O1TA 1O1LA 5CN9A 1VRFA 1X9FC 1FHJA 1MYFA 1VHBA 2HCOA 2MYDA 3D4XA 4N7OB 3UHBA 3MJUA 1S0HA 4UIQA 2BW9M 1Y8KA 5HU6B 1CG8A 1MOHA 2W31A 1MGNA 1O1JA 1Y0WA 1CH5A 1S5YB 1MLFA 1R1XB 3B75B 2ZFOD 3BCQB 5EYJA 3GYSB 1K0YA 1YIHB 2FRFA 1SPGA 1Y31A 1JZLA 2RI4A 1GVHA 1K1KB 1OUUB 4O4TA 2CMMA 2ZLXB 4N7PA 2G12A 1VREA 1O1OB 2G10A 2XKGA 2ZLVB 1MTJA 3NG6B 1SHRA 4XS0A 5CN7A 2PEGA 1IWHA 1MKOB 2GRFA 1DWSA 3FH9B 5JDOC 1AZIA 1ECAA 1HBIA 1GLIB 5EETA 2R4XA 3P5QA 2ZSXA 1BZZA 2QSPB 1A0ZA 2H8DA 2HHEB 2NRMA 3BJ2B 1H97A 1Z8UB 3SZKB 3ZJSA 1HHOB 3ECLA 1YHRB 1DWTA 2R80B 1FDHG 2QRWA 1QSHA 2MGLA 3UHSA 3MKBB 4MXKA 3UHHA 1X3KA 4WJGA 2DN1A 3RJ6A 1Y5KB 3VRGB 1Y8WB 7HBIA 1GBUA 6HBWB 2MGEA 2D60B 5CNEA 1BIJA 5SW7A 2QFKA 2ZS0C 108MA 1MYHA 3GKVB 3NL7A 1RQAA 1OFKA 3QM5A 1BZPA 4U8UD 1LFVA 1LFYB 2MGAA 3R0GA 4NK1A 1GBVB 2R4WA 5E6EB 2E2YA 3UHGA 3A5BA 4C0NA 1NS9A 3ZJIA 4F4OA 1Y0AA 1JWNA 3EU1A 3WI8A 1HV4A 3MJPA 3HHBA 1Y7ZB 1HBHB 1YHUC 3IXFA 1BZ1B 5HLUA 2HBEB 2C0KA 1J40B 1J7YB 3HF4A 1YOGA 4DWUA 3AT6B 2MGBA 1UC3A 1MNHA 3QQQA 1XYEA 3V2ZA 1A3OA 3WR1B 1XQ5A 2ZFOB 3UH7A 2G0VA 3QJDB 4FC3B 3UHWA 1LFLA 3UHRA 1DWRA 2MHBA 5KERB 4YU4B 2BLIA 3A2GA 2BLHA 3CY5A 3M3BA 1G08A 1OR6A 2W72B 1MOCA 4WJG1 1WLAA 1YMCA 4KMWA 3ZJMA 2AA1A 1MBAA 1J41A 4G51B 1FAWA 1B0BA 1Y4VA 1OUTB 1YE0A 1G0BA 3MYNA 3S65A 3ZOLA 3VREA 1THBB 3PELA 1HACA 1C7BB 2QLSB 4MQCB 3ONZA 5C6YA 1G09A 1QPWA 2VEBA 2ZT4A 1Y7DA 4ODCA 4FWZA 3S1IA 3GQRA 2RAOA 2FAMA 1L2KA 3OO4A 1MYTA 1YE2B 2SPOA 2YRSB 2OIFA 1LTWA 4F6GA 2LHBA 1RQ3A 2D5XA 4N7OA 1Y4RA 2HBDA 1J7SB 2FRIX 1BBBA 1HBGA 2PGHA 2D5ZA 2ZS1D 1VWTA 1MBDA 1NPFA 1YGFB 1ECNA 2D2NA 1GCVA 3A59A 1DLYA 1O1KB 1LJWB 1Y7CA 2W6XA 1XZVA 3WCWD 4U8UB 1KD2B 2HBFA 4HBIA 1A01B 3RGKA 1K1KA 5CN4A 1MYJA 1A4FA 1UX8A 2ZSZA 1JW8A 1Y0TB 3G4QA 1A6KA 2MGGA 3ORDA 1VXBA 3H58A 4TYXA 1IT2A 1MLLA 3K8BA 4FWYA 110MA 2AV3A 5CN6A 1HABB 1MLMA 2GKMA 1MKOA 3S66B 2ZSRA 3HYUA 1ABYA 1JL7A 1NWIA 3W4UB 4MQGA 4MPMA 3WFTA 1HGBA 2LH7A 1MLRA 2H35B 5D5RA 4UZVA 3SZKA 1I3DA 2G3HA 3ZHWA 3NFEB 1YHRA 2DN2A 3BJ3B 1VXGA 2HHDB 3ZJQA 1QXDA 2WTHA 3G4UA 1URVA 1JZKA 1CH7A 1FN3A 3LB1A 1MBNA 2O5MX 4ILZA 1CMYB 3WHMA 2BWHA 1Y5JB 1Y4PA 2ZSTA 3GKVA 1LH2A 1NQPB 1CBMA 1N9IA 1BZRA 5ILEA 1F65A 3ZJOA 5JGGB 4F6FA 1Y8IB 1Y4FA 2ZLWA 4WCHD 1A6GA 2QMBA 1LHSA 112MA 3A9MA 1JY7A 1Y7ZA 2MB5A 1Y4GB 2R1HB 3G4VA 1SPEA 1BZ1A 3GQGB 3D17A 2XYKA 1YFFB 5EV5A 1JEBA 5EU2A 2EKTA 1MLSA 5C6EA 2ZS1B 2MYCA 4M4AA 2NSRA 1J3YB 1V07A 1CP0A 2Z6NB 101MA 4L7YB 1CH1A 2G11A 2MYAA 2R4ZA 3QQRA 4NI0B 3WCWB 1YENB 2FRKX 1DKEB 1HDSB 1SWMA 2O5LX 1XZ7B 1ABWB 5CNCA 1KR7A 3LR9A 4F6JA 3QJCB 1JP9A 2ZSSA 1CLSB 2D2MA 3D7OB 4HRTA 3DHRB 3WCVA 3AQ5A 1XY0B 4ESAB 3PT7B 2GTLA 1Y4BA 2G0RA 2O5QX 1DO4A 1O1MA 1ITHA 2GNVA 1YEQA 1XZ5B 1HGCB 3QZZA 1GDJA 1YIEA 2EKUA 3MOUA 3KUOA 1YVTA 3PT8B 1Y09B 2KSCA 4G1VA 3WFWA 1YEUB 1F5PA 5E29A 1J52A 1OR4A 1V4WB 1HSYA 3G52A 1QSIA 2G14A 3UHXA 5JDOD 1DXCA 4FH7A 1LFZB 5EQMA 3UH3A 1C7DB 1YZIA 1YCAA 1YGDA 1S5XA 1Y0CB 1IRCA 2HBSB 5HLXA 1HBRB 3PI9B 3QJEB 1HBAB 1HBSA 1MBCA 1PBXA 1Y4QB 1MLQA 2D2NC 1J3ZB 1MTIA 2M6ZA 5JOMA 2QU0A 1FSXA 2O5SX 4MBAA 3WCUA 1HDAB 2MGCA 3A0GA 3HRWA 1TU9A 3GDJB 1O1NB 3GQPA 2V1GA 1UIWA 2ZSNA 5KDQA 5EE4C 1S61A 4DWTA 1MNIA 1LH1A 3UHIA 4MQIA 1DO3A 3VHBA 3G4YA 2OLPA 1Y35B 5AZRA 1VXEA 1MYGA 3OZUA 1O1IA 5JDOE 1YEVA 1O16A 3DUTB 1COHB 1NZ3A 1VXAA 2HHBB 1MWDA 1DTIA 1QXEB 1R1YB 2HBCB 1CG5B 3UH5A 2ZLTA 1Y5FB 2LH3A 2ZLUA 102MA 2GLNA 1Y85A 3ASEA 1C7CA 3GOUA 3UHQA 1XCHA 4VHBA 1Y83B 3E5OA 5AB8A 105MA 1Y8HB 1YDZB 2V1IA 1UFPA 3QM8A 1U7RA 1IDRA 3NMMB 1CQXA 3AQ9A 3E5IA 1XZ4A 3DHTA 3WCPA 2SPMA 3AT5B 1CH2A 5E83A 4OODA 4MQHA 1YH9A 3LR7A 3OK5A 2VYWA 4MQKA 104MA 3R5IA 2H8FB 3G46A 3UHCA 4KMVA 3VRFA 2FALA 2DN3A 1GJNA 1Y4GA 2OH8A 1Y22A 3GQGA 5JDOF 1DXUB 1V75B 1HCOB 3LQDA 4ROLA 3D1KB 1BVDA 1NZ4A 1HDBB 3EOKA 1IT3A 1M6CA 1NEJB 1NIHB 1HRMA 3KMFA 1B86A 4NXCA 1CH3A 1SDKB 3UGYA 2OH9A 3QM7A 2V1EA 1HBBA 1Y01B 3WCTA 1XXTB 1SDLB 1SI4B 1NPGA 4MBNA 3HEOA 1GZXA 1O1PB 4N7NA 3TLDA 1DXTA 1Y46B 2EB9A 4ROMB 2ZSYA 1XZUB 3ODQA 1LH6A 3UHUA 2V1FA 3AQ6A 1A3NA 4IROB 3O7NA 1V4XB 1J7WA 1JP8A 1LH3A 4PQBA 3OVUC 4H2LB 1M9PA 2OHBA 2LH5A 1MLOA 5EUIB 2D2MC 5IKSA 3BJ1A 1RPSB 3WCVC 2GL3A 3NMLA 4C44A 2FRJX 1A0UA 2IG3A 1GCWB 2GTLC 1YHEB 4X0LB 3OO5B 2ZFBA 4O2GA 4YU3B 3BOMB 2DXMB 1LA6A 3PI4A 3U3EA 2MGJA 1IRDA 1MCYA 5HY8B 3UHDA 1IBEB 1BABB 2VYZA 3FS4A 2BNLA 2R4YA 5ILRA 2W6VB 1BUWB 2AUOA 3UGZA 4N8TA 1CO9A 1DXDA 1C7DA 3SDHA 5D1VA 2HZ3A 5EYSA 1YVQB 1C40A 4HHBB 5CNBA 3KUNA 1T1NB 3D1AA 1YOIA 1Y2ZA 1XZ2B 1YEOB 3A5GA 2B7HA 1MBOA 3UHYA 1AJHA 3IC0A 4MQJB 4DC7A 5HBIA 1V4UB 4M4BB 1Y4QA 3G53A 5CNFA 2QSSB 1AJ9B 3WFXA 3LB3A 5HU6A 2NX0A 1WMUB 1RQ4B 1BZ0B 2DHBB 3IC2B 1Y45B 4PQCA 2AUPA 3PI8B 3PIAB 2EF2A 1I3EA 1N9XA 4TWUA 1RSEA 1S5YA 1OJ6A 1R1XA 3B75A 1A00B 3BCQA 4HRRB 3GYSA 1YIHA 3WCUC 2ZT2A 2Z6TA 5CNGA 3CIUB 4AVDA 1NS6B 1NZ5A 4NS2A 1OUUA 1DXVB 3IA3B 3QJBB 1EBCA 2ZLXA 1O1OA 3OGBA 3O89A 3G4WA 2ZLVA 1X46A 1O1LB 1A9WA 3NG6A 4TWVA 1FHJB 1Y83A 2HCOB 4XDIA 3D4XB 2R50A 1MDNA 1NWNA 3MJUB 1S0HB 3PI3A 1V9QA 3EDAA 3FH9A 1Y8KB 1GLIA 1CIKA 1CG8B 3UI0A 1O1JB 2ZSOA 2OHAA 1Y0WB 4BJAA 2QSPA 2AUQA 1LH7A 3BJ2A 2HHEA 3OZVA 1JZMA 1G0AB 3UBCA 1K0YB 1HHOA 1MYZA 1YMAA 2R80A 1ABSA 3UHZA 4KN3A 3MKBA 1N9FA 2H8FA 1Y31B 2RI4B 4ZVBA 3VRGA 1Y5KA 1Y8WA 1RTXA 6HBWA 2D60A 1HCOA 1PMBA 3D1KA 1HDBA 2GRZA 1DLWA 1JP6A 1NEJA 1SHRB 3BA2A 4XS0B 3K9ZA 1LH5A 3ZJRA 3S48C 1LFYA 1W92A 3UHNA 2PEGB 1GBVA 2MBWA 5E6EA 2GDMA 3ARKA 3UHEA 1G9VB 1FSLA 3P5QB 2V1JA 1BZZB 2MGIA 1A0ZB 1HBHA 1MLGA 2G0ZA 2H8DB 5B84A 1MLHA 3M3AA 2HBEA 1J40A 1J7YA 3KMFC 4MXLA 1ASHA 3AT6A 1QSHB 1V4XA 2EVPA 3WCTC 3H57A 2DN1B 4FWXA 2Z85A 1MTKA 3WR1A 2ZFOA 1GBUB 2VYYA 1DUOA 3K3UA 2ZSQA 3VAUA 2D2ND 1X9FD 3QJDA 4FC3A 5SW7B 5ILMA 3NL7B 1RQAB 4PQ6A 2O5OX 1LFVB 1MLKA 4X0LA 5CN8A 3HC9A 4YU3A 5KERA 4YU4A 2D6CA 1NS9B 4F4OB 2W72A 1Y0AB 3EU1B 1YOHA 1HV4B 3MJPB 3HHBB 3V2VA 3ED9A 4G51A 2EB8A 1MNKA 1OUTA 2BK9A 3HF4B 3UBVA 1THBA 1C7BA 2QLSA 4MQCA 1AJGA 2ZWJA 1GDLA 1XYEB 1A3OB 1XQ5B 1YE2A 1UMOA 2YRSA 2BLJM 5M3SA 1VXCA 1JPBA 1Y7GB 1J7SA 1RQ4A 1LFLB 1YG5B 3MN0A 2SPNA 1CH4A 3WTGB 1UT0A 3PI8A 2MHBB 1NZ2A 1YGFA 3CY5B 3HEPA 1A00A 1G08B 5HAVA 1V5HA 4NZIA 1EBTA 2AA1B 2SPLA 1O1KA 1LJWA 1FAWB 2G0XA 3OZWA 3AG0A 4U8UA 1Y4VB 1KD2A 1NS6A 1A01A 1YE0B 3DR9A 1G0BB 3HXNB 3VREB 3PELB 3QJBA 1HACB 1Y0TA 4F6DA 3ONZB 1RTEA 5EOHA 3E55A 1QPWB 4ODCB 1Y7DB 2ZS0D 1FLPA 3A5AA 4O4ZA 2RAOB 1EMYA 3OO4B 2MGDA 3LHBA 1HABA 2NSSA 1RQ3B 2D5XB 1HGAB 1Y4RB 3S66A 2HBDB 3EDBA 4MAXA 1MNOA 1A6NA 1DM1A 1BBBB 107MA 3W4UA 2G0SA 2D5ZB 2PGHB 2VLXA 1VWTB 5CNDA 2D2NB 3HENA 1X9FB 1YHUD 1GCVB 3RJNB 3A59B 2H35A 2LH1A 1G0AA 3NFEA 3BJ3A 2HHDA 4HSWA 1Y7CB 1XZVB 2O5BX 2HBFB 2VRYA 1BZ6A 1VXFA 4NI1B 2VM0A 1YCBA 1A4FB 1CH9A 3PI2A 5B85A 1CMYA 1IOPA 2D2MD 1Y5JA 1MLNA 3GKTA 3WCVD 3K8BB 1NQPA 2O58X 2GTLD 2W6YA 6HBIA 5JGGA 4GZGA 3HYUB 1Y8IA 2LH2A 2MGHA 1ABYB 1G9VA 1Q1FA 2MYEA 1DTMA 2ZT3A 1Y0DB 4MQGB 3SDNA 1HGBB 2GRHA 3MVCA 3ARLA 2R1HA 1M6MA 1LHTA 1LFTB 1YFFA 2DN2B 1JL6A 111MA 1QXDB 3ECZA 2ZS1A 1FN3B 1J3YA 1MOAA 4HSXA 1GDIA 1JF4A 1UVXA 109MA 2Z6NA 1CIOA 4L7YA 3WHMB 4NI0A 3WCWA 2MGFA 1OBMA 1Y4PB 1YENA 3QZXA 2O5TX 1DKEA 1HDSA 4UURA 5ILPA 2ZFOC 1XZ7A 1ABWA 4B3WA 2VLYA 2XKHA 3QJCA 1Y4FB 2ZLWB 4JACA 1CLSA 2ZS0B 3D7OA 1CO8A 2QMBB 3WCUD 3DHRA 1RVWB 1JY7B 1XY0A 1QI8B 4QAUA 3PT7A 4ESAA 1MLJA 2VLZA 1XZ5A 1HGCA 3D17B 2QFNA 1JEBB 2W72C 1MNJA 5CHRA 5C6EB 1ECDA 4M4AB 3QMAA 3PT8A 1Y09A 2HZ2A 106MA 1YHUB 1YEUA 3ZJHA 1MZ0A 4JYQA 3G4RA 1V4WA 3TM9A 3MYMA 3ZJPA 1S6AA 1Y7GA 1YG5A 1LFQB 1BJEA 3WTGA 1LFZA 4KJTA 1JF3A 1HLMA 2XKIA 1Y0CA 2D2MB 4HRTB 2HBSA 4B4YA 1MBSA 3WCVB 4SDHA 1NGKA 1HBRA 3E4NA 3PI9A 3QJEA 2GTLB 1HBAA 1Y4BB 2HZ1A 1O1MB 3TM3A 1YEQB 1KFRA 3HXNA 1J3ZA 4H0BA 1YIEB 4G1BA 3GLNA 1HDAA 1CPWA 2HBGA 1YVTB 2MGMA 3GDJA 2VHBA 4U8UC 1O1NA 5E29B 4OF9A 3PI1A 1MYIA 2V1HA 1HGAA 1QSIB 1S69A 1Y35A 1YMBA 1TESA 3M38A 3DUTA 1COHA 2ZT1A 1MYMA 3ZJJA 1UX9A 1MLUA 3ZJNA 1X9FA 1YZIB 2HHBA 1YGDB 4FH6A 1S5XB 2W6WA 1QXEA 1R1YA 2HBCA 1CG5A 2LH6A 3WFUA 2BKMA 5KKKA 1Y5FA 2MGKA 3WCTD 1BINA 1HBSB 1PBXB 4NI1A 3LB4A 2M6ZB 2QU0B 1FSXB 1WVPA 3WCUB 3A0GB 1HJTA 3HRWB 1Y8HA 4LPIA 1YDZA 1N9HA 3GK9A 1NAZA 3AQ7A 2NRLA 3NMMA 3S1JA 3GQPB 3M39A 1UIWB 4NK2A 5KDQB 4DC8A 2ZT0A 4MQIB 3AT5A 1CP5A 2WY4A 4L2MA 5F2AA 2Z8AA 3LB2A 1O1IB 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1SPGA

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Chain Sequence

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