The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
59
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sequence length |
141
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structure length |
141
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Chain Sequence |
MLTEDDKQLIQHVWEKVLEHQEDFGAEALERMFIVYPSTKTYFPHFDLHHDSEQIRHHGKKVVGALGDAVKHIDNLSATLSELSNLHAYNLRVDPVNFKLLSHCFQVVLGAHLGREYTPQVQVAYDKFLAAVSAVLAEKYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of Hemoglobin D from the Aldabra Giant Tortoise, Geochelone gigantea, at 1.65 A resolution
rcsb |
| molecule keywords |
Hemoglobin D alpha chain
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| molecule tags |
Oxygen storage/transport
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| total genus |
59
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| structure length |
141
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| sequence length |
141
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-07-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1KR7 A; 1Y7C A; 1MNH A; 1ECD A; 2VLX A; 1BIJ B; 3KUN A; 2YRS B; 1CH7 A; 2ZT4 A; 4GZG A; 109M A; 5HY8 B; 1J52 A; 3P5Q A; 4U8U D; 2ZS0 C; 1BUW A; 3BOM B; 3FS4 B; 2AA1 A; 1YGF B; 5JDO F; 3ASE A; 1SHR A; 3UBV A; 3MJP A; 2D2N B; 5CN7 A; 2ZS1 B; 1QPW A; 4WJG A; 1MOA A; 5D1V A; 1VWT B; 2HBC B; 2HBD A; 5HAV A; 1A0Z A; 1JL7 A; 1GBU A; 1JY7 A; 1QSH A; 1R1X B; 1S5Y B; 2W31 A; 2OHA A; 1NIH B; 2QLS B; 1CH2 A; 1EBT A; 102M A; 3ZH0 A; 1JF4 A; 3VAU A; 1A6M A; 5SW7 A; 1Y7C B; 1UC3 A; 3DUT B; 3CIU B; 2FRK X; 2G0S A; 1DWT A; 2LH6 A; 2V1G A; 2GLN A; 3P5Q B; 1BUW B; 2DN1 B; 3WHM A; 1N9H A; 3MJP B; 2EVK A; 1JDO A; 1HV4 A; 3H58 A; 1GDJ A; 1QPW B; 3UHH A; 3WCV A; 1Y0T A; 3ARJ A; 2W6V A; 1MDN A; 2D2N D; 4O4Z A; 1COH A; 1O1L B; 1HBR B; 1NWI A; 4N7N A; 1GVH A; 2HBD B; 2AV3 A; 1J7S A; 2ZT1 A; 1GBU B; 1F65 A; 3WCT C; 1JY7 B; 1J3Y A; 4DC7 A; 2H35 A; 1MYG A; 3WFX A; 2SPN A; 1EMY A; 3A0G B; 1XZV B; 3GYS B; 3WTG B; 2ZWJ A; 5ILM A; 5SW7 B; 1VXG A; 3EOK A; 4KJT A; 1GJN A; 2B7H B; 1URY A; 1Z8U B; 1MWC A; 2D6C A; 3HYU A; 1DO1 A; 1H1X A; 3A2G A; 5JDO D; 1RPS A; 1YEN A; 2MGE A; 1LFZ A; 2ZFO C; 3WHM B; 3ZJQ A; 1XYE B; 3WCV B; 2W6V B; 4N7N B; 1XCH A; 3SDH A; 1VXA A; 3G4U A; 3QMA A; 1J7S B; 1J7Y B; 110M A; 3AQ5 A; 1Y0W A; 3GLN A; 3MN0 A; 1MNI A; 1J3Y B; 4HRT B; 1MLR A; 1YHE B; 2XYK A; 4MBA A; 2NX0 A; 1A9W A; 1Y2Z B; 1HBH B; 1Y31 B; 1Y35 A; 1X9F A; 1YEQ A; 1S0H A; 4NI1 B; 1A0U B; 4NXC A; 3CY5 A; 3A9M A; 1YMC A; 4M4A A; 3UGZ A; 2GDM A; 3BJ1 A; 1T1N A; 3HYU B; 1MOC A; 3LB2 A; 2H8F A; 2WTG A; 1BZ1 B; 1XZ7 B; 1MLO A; 3PI4 A; 1LFL B; 1HGA B; 1JP9 A; 2QU0 A; 1MOH A; 1B0B A; 2HZ1 A; 1DUO A; 1O1N A; 2FRF A; 1HDA A; 3WCV D; 2ZS0 B; 1MTK A; 1HGB A; 2V1J A; 4G51 A; 1YMB A; 5F2A A; 1YVQ A; 1Y4B A; 1HAB B; 2ZSQ A; 1CBL A; 1Y35 B; 1G9V B; 1X9F B; 3M3B A; 1YEQ B; 2D5X A; 3PT8 B; 1S0H B; 3OO5 A; 1YIH A; 2ZLT A; 3CY5 B; 3LHB A; 3UH3 A; 4M4A B; 1YZI A; 1JZK A; 2QSS A; 3BJ1 B; 1VXB A; 4HSX A; 3S65 B; 1I3D A; 3KUO A; 1Y7D B; 1YH9 A; 4FH7 A; 4N8T A; 1JZL A; 3UHI A; 2H8F B; 3QJC B; 1FDH A; 3ECZ A; 1GCV A; 2V1F A; 4FWZ A; 2Z8A A; 3LR9 A; 3G4W A; 1DXD A; 3R5I A; 4KMW A; 1Y0C A; 1HCO B; 2QU0 B; 1Y5J A; 1O1N B; 1HDA B; 2BLJ M; 1LH5 A; 1DTM A; 1RVW A; 3V2Z A; 3ZJN A; 1HGB B; 2XKH A; 1NS9 A; 1K1K B; 1Y4P A; 3HRW A; 3A5B A; 1MYM A; 1XZ2 A; 3ZJH A; 1VRE A; 1FAW A; 4F6D A; 1FDH G; 1A3O A; 4MPM A; 1V4X A; 2D5X B; 1X3K A; 1CP5 A; 1GZX A; 1LHT A; 3OO5 B; 2ZLT B; 1MBS A; 1X9F D; 1VXH A; 1LFT A; 2QSS B; 2GRH A; 1YH9 B; 1JEB A; 5CNB A; 1O1M B; 1A00 A; 3ONZ A; 4N8T B; 3QM6 A; 1CH9 A; 5CN4 A; 1AZI A; 3PT7 A; 1TES A; 3R5I B; 3E55 A; 3M39 A; 1Y0C B; 5M3S A; 1CH4 A; 5IKS A; 1CLS A; 1Y5J B; 2R4W A; 1YVT B; 2G14 A; 5C6Y A; 1YOG A; 3S1I A; 5JDO C; 1NS9 B; 5CN8 A; 3UHQ A; 1HBG A; 1Y0D A; 1C7D A; 1B86 B; 2QFK A; 1Y4P B; 2CMM A; 1G08 A; 3HRW B; 3ZJP A; 1RQ3 A; 4L7Y B; 1YIE B; 3UH7 A; 1FAW B; 3E5I A; 5EUI A; 2BKM A; 1A3O B; 1GZX B; 1MLS A; 2MGD A; 3BJ3 A; 1MKO A; 3GQR A; 5E6E B; 5KDQ A; 1LFT B; 3ODQ A; 1AJG A; 2AUR A; 4ROL A; 1NZ5 A; 2GKM A; 1DXC A; 4TWV A; 1NXF A; 2AUQ A; 3LB1 A; 1JEB B; 2H8D A; 2O5T X; 1Y01 B; 3DR9 A; 1Y83 A; 1LUE A; 1LH1 A; 2ZSY A; 2MGK A; 2AV0 A; 1BZ6 A; 3PT7 B; 1JL6 A; 3UHR A; 1RTX A; 2BW9 M; 1MTJ A; 2JHO A; 1YHR A; 1CLS B; 1O1K A; 1U7R A; 4DC8 A; 2MGI A; 1F5O A; 1J3F A; 2NSS A; 1O1J B; 2YRS A; 1Y0D B; 1C7D B; 1G08 B; 1RQ3 B; 3BOM A; 3FS4 A; 2HBE B; 2Z6S A; 5EUI B; 1C7C A; 2D2N A; 1MKO B; 1ECN A; 2ZS1 A; 3GQR B; 5ILE A; 5KDQ B; 3ODQ B; 4ILZ A; 1YEO A; 2LH1 A; 2R80 A; 4ROL B; 2Z6N A; 2HBC A; 1XZ4 B; 3G4R A; 4KN3 A; 1J40 A; 2C0K A; 1BZP A; 2H8D B; 103M A; 2ZLU A; 3D1A A; 3D17 A; 3IXF A; 2ZT3 A; 3QQQ A; 2SPM A; 4F6I A; 2VHB A; 3GQP A; 1MLG A; 2QLS A; 3VRE A; 2OHB A; 108M A; 3UHU A; 112M A; 2MGC A; 2LHB A; 5EE4 C; 2EKT A; 4H2L A; 4F6B A; 2QFN A; 2AUP A; 1MZ0 A; 1MBA A; 3BA2 A; 3A59 B; 1Y45 A; 2BMM A; 1G09 B; 4H07 A; 3PI1 A; 3DUT A; 1URV A; 2PGH B; 3CIU A; 4ZVB A; 1DXU A; 3SDN A; 3K8B B; 3FH9 A; 2GL3 A; 1Y8W B; 3EU1 B; 1MWD A; 2VYW A; 2NRM A; 2DN2 A; 1XY0 B; 2R1H B; 2EB8 A; 1HDB A; 2R4Z A; 1C7C B; 4SDH A; 2DN1 A; 4NK1 A; 5KKK A; 3PEL B; 1JW8 A; 2ZST A; 4ODC B; 3IC0 B; 3KMF C; 2VYY A; 3UHX A; 1YEO B; 1CG5 A; 1O1L A; 1HBR A; 2R80 B; 1THB B; 1NZ2 A; 2Z6N B; 3ZJJ A; 3ZOL A; 2D60 B; 4X0L A; 1GDL A; 2G10 A; 1J40 B; 3HHB B; 3MVC A; 3OO4 B; 2ZLU B; 3BJ2 A; 3D1A B; 3D17 B; 1MNK A; 1IT3 A; 3MOU A; 1RQA B; 4PQ6 A; 1Y5K B; 3GQP B; 3VRE B; 3A0G A; 3S66 A; 5E83 B; 3NFE A; 2D2M C; 5JGG A; 1V9Q A; 1XZ5 B; 4H2L B; 1XZV A; 1A01 B; 1MLU A; 3GYS A; 3WTG A; 4YU3 A; 1Y45 B; 1HGC B; 1YHU A; 1LH6 A; 2MYE A; 2B7H A; 1DXU B; 1G0B A; 3FH9 B; 1MNO A; 5ILP A; 4MQH B; 2XKI A; 3QJE B; 4TYX A; 1XXT A; 2DN2 B; 1HDB B; 2FAL A; 2MGG A; 5CN6 A; 2G0R A; 1XYE A; 2O5S X; 3D4X A; 2ZSX A; 1CG5 B; 4UZV A; 3NL7 B; 1UFJ A; 2ZS1 D; 4X0L B; 3UH5 A; 4B4Y A; 1J7Y A; 1Y09 B; 1GLI B; 4HRT A; 3BJ2 B; 1RQ4 B; 1YHE A; 2GTL C; 4C44 A; 3G52 A; 3NG6 A; 1Y2Z A; 1HBH A; 1S56 A; 1Y31 A; 3S66 B; 3G53 A; 3NFE B; 2R50 A; 5JGG B; 1HRM A; 4F4O B; 5CMV A; 4NI1 A; 1A0U A; 4YU3 B; 2IG3 A; 5CNF A; 3AT5 B; 1WLA A; 1YOH A; 1Y5F B; 1YHU B; 3HEP A; 1YOI A; 1DO4 A; 1G0B B; 3DHR B; 3LB3 A; 3QJD A; 1L2K A; 5CND A; 1XXT B; 1V4U B; 1BZ1 A; 3AQ7 A; 1XZ7 A; 2W72 A; 1MWB A; 1QSI B; 2XKG A; 1NQP A; 1HGA A; 1LFL A; 1MLN A; 1DLY A; 2HHD B; 3G4V A; 3UHW A; 3GKV A; 3D4X B; 1MBN A; 1FN3 B; 2ZS0 A; 1ASH A; 3E5O A; 1OBM A; 2EB9 A; 3BCQ B; 2HCO A; 2PEG B; 4MQG B; 5KER A; 3VRG B; 3WCW B; 1FHJ A; 3NG6 B; 1HAB A; 1Y7G A; 4QAU A; 2HBS A; 1NPG A; 1G9V A; 4MQC B; 3PT8 A; 1IRD B; 2QMB A; 2SPO A; 3GQG B; 1W92 A; 3IC2 A; 3VRF A; 3RJ6 A; 3WCU B; 2VLY A; 1M6C A; 4AVE A; 1GCW B; 1BJE A; 3S65 A; 3QJD B; 1Y7D A; 1RSE A; 1YHU D; 1OUT A; 1CMY A; 1FLP A; 2OLP A; 5CHR A; 2W72 B; 6HBW B; 3QJC A; 2R4X A; 1YGD A; 1MOB A; 2G0Z A; 1NQP B; 4N7O A; 1Y4V A; 4HRR A; 1BAB A; 1CBM A; 3GKV B; 1HCO A; 1PBX B; 1MOD A; 4FC3 A; 4MQI A; 1AJ9 A; 1IBE A; 1V4W A; 3UI0 A; 1BZR A; 1MGN A; 2BLH A; 4U8U C; 1HBA A; 1K1K A; 2BK9 A; 3ZJO A; 2HCO B; 2ZT2 A; 1Y8I B; 2ZSS A; 3A5G A; 4ESA A; 5KER B; 1BZZ B; 1FHJ B; 1PMB A; 1NPF A; 1Y7G B; 2HBS B; 3EDA A; 3QM9 A; 1V75 A; 2SPL A; 2QMB B; 3QJB B; 4LPI A; 1O1I A; 2MHB A; 2W6X A; 3IC2 B; 3VRF B; 2VYZ A; 3AT6 B; 5B85 A; 1JF3 A; 2D2M B; 1O1M A; 1CMY B; 1OUT B; 1FSL A; 3WR1 B; 1N9X A; 5HLX A; 1NZ4 A; 5CN5 A; 3PI8 A; 1YGD B; 1HAC B; 1OR4 A; 2FRJ X; 2BNL A; 2G3H A; 4N7O B; 1Y4V B; 4HRR B; 1BAB B; 3UHC A; 1HBB B; 1OFK A; 3K3U A; 4NI0 A; 4FC3 B; 4MQI B; 1YVT A; 4NXA A; 2RI4 A; 1AJ9 B; 1IBE B; 1V4W B; 1YG5 B; 1ABS A; 5E29 A; 2GKN A; 2ZFO A; 1QXD A; 1HBA B; 2ZS0 D; 1MYF A; 1B86 A; 3UHZ A; 3RGK A; 1DO3 A; 101M A; 4ESA B; 5HBI A; 2VRY A; 4L7Y A; 1YIE A; 2MGL A; 4IRO A; 1V75 B; 3PI9 A; 2D2N C; 1BZ0 B; 1D8U A; 1MYI A; 3SZK A; 1O1I B; 2MHB B; 1MBO A; 5EQM A; 3WCT B; 1YEV B; 5E6E A; 3QZZ A; 2ZSN A; 1SPG B; 3LR7 A; 4F6F A; 3QQR A; 5C6E B; 2HHE A; 3DHT A; 4JYQ A; 3ARL A; 5ILR A; 3PI8 B; 2O5O X; 1GDI A; 1CO9 A; 2DXM A; 4F6G A; 4UUR A; 4NI0 B; 5CNC A; 2RI4 B; 1S69 A; 3W4U A; 1DXV A; 3HEN A; 5E29 B; 2ZFO B; 1QXD B; 1NEJ A; 1YE2 A; 1HDS B; 1O1J A; 1Y4F B; 1MBD A; 1JP8 A; 1YDZ A; 5CNG A; 4ZVA A; 1C40 A; 4MAX A; 2HBE A; 3QM8 A; 4IRO B; 3PI9 B; 1Y22 A; 1YCB A; 2WTH A; 2HBF A; 3SZK B; 2O5L X; 2W6Y A; 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4M4B B; 1XZ5 A; 1A01 A; 2EVP A; 4KMV A; 1LFV B; 1LH7 A; 1Y8H B; 4HHB B; 1HGC A; 4BJA A; 3QM5 A; 1HBS B; 1SI4 A; 1YE0 B; 2MYA A; 1O1P A; 1A4F B; 4MQH A; 1HSY A; 3QJE A; 1IT2 A; 3B75 B; 3V2V A; 3UHK A; 3TM3 A; 3PIA A; 1BIN A; 3NML A; 1LH3 A; 1GBV B; 1OJ6 A; 1VRF A; 3OGB A; 4G1V A; 1UMO A; 3D1K B; 1HHO A; 1ABW B; 3HXN B; 1ECO A; 2DN3 B; 3MYN A; 3NL7 A; 2ZSR A; 1A6G A; 3WFW A; 1JZM A; 1O1O A; 3PI3 A; 1Y46 A; 1QI8 B; 1Y09 A; 1GLI A; 1RQ4 A; 1NS6 A; 4MXK A; 2ZLX B; 1NGK A; 1X9F C; 4MQK A; 3WCP A; 1MBI A; 4F4O A; 5D5R A; 1Y4G A; 2ZFB B; 3G4Q A; 2HBG A; 3AT5 A; 3ZHW A; 1Y5F A; 1FCS A; 1SI4 B; 3DHR A; 3OK5 A; 3O89 A; 4HSW A; 1S5X B; 1O1P B; 3LB4 A; 1DKE B; 1V4U A; 3PIA B; 1MLL A; 1QSI A; 1Y4Q A; 3HF4 A; 1CPW A; 1GDK A; 1QXE A; 2HHD A; 1HHO B; 1N9I A; 4VHB A; 3UHT A; 4MQJ A; 1F5P A; 3U3E A; 1MCY A; 1UVX A; 3M3A A; 1FN3 A; 4UIQ A; 2AA1 B; 1O1O B; 1SHR B; 1YFF A; 1Y46 B; 1NZ3 A; 1MYJ A; 1CO8 A; 3BCQ A; 2MGA A; 2PEG A; 6HBI A; 1NS6 B; 4MQG A; 5JDO E; 3VRG A; 3WCW A; 2GNW A; 1YEU A; 3UHS A; 3GKT A; 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