The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
56
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sequence length |
146
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structure length |
146
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Chain Sequence |
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Intersubunit interactions associated with tyr42alpha stabilize the quaternary-T tetramer but are not major quaternary constraints in deoxyhemoglobin
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Hemoglobin alpha chain
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| molecule tags |
Transport protein
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
56
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| structure length |
146
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| sequence length |
146
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-11-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1CBL A; 1MYM A; 4FWZ A; 1DXV B; 2R50 A; 1HGA B; 1MOD A; 3WCW D; 3QJE A; 1MYH A; 3A59 B; 1YGD A; 1A0Z B; 1A9W A; 4FWY A; 1DO7 A; 1RQA A; 1GCV A; 1CH2 A; 2BLI A; 5AZR A; 5HLQ A; 1MOH A; 3BCQ B; 3DHT A; 4MQC A; 2W6V B; 1O1L A; 1THB A; 1BUW A; 1YHE A; 1VWT A; 2QU0 B; 3PT7 A; 1ECO A; 4IT8 A; 3VRF B; 1C7B A; 1V07 A; 3G4R A; 1MYJ A; 1Y5J B; 1HBA A; 1Y7D B; 2HHD A; 1DXU B; 1ASH A; 1GDL A; 3O89 A; 107M A; 1MLN A; 1QSH B; 1RTX A; 1JF3 A; 5CHR A; 5B85 A; 1YVT A; 3MYN A; 4ZVB A; 1CQX A; 1WMU B; 1CLS A; 2ZLV B; 2ZLX A; 3WR1 B; 2HCO B; 1YZI B; 2FRK X; 3H57 A; 4MAX A; 1COH B; 1BZZ A; 3UHK A; 4YU4 A; 1CH9 A; 2VM0 A; 1SDK A; 1YE2 B; 2GRF A; 1DXD A; 4F6D A; 2DN2 B; 2PEG A; 1Y0W B; 1HCO A; 1O1O A; 1MGN A; 1Y5F A; 3ECX A; 2ZLW A; 1HAB B; 1V9Q A; 3LQD B; 3UHW A; 2SPL A; 4HSX A; 1MOB A; 1R1X B; 2HBC B; 1BBB B; 3S65 A; 1AJG A; 2FAL A; 1NS6 B; 2ZS1 A; 1Y8I B; 1XZV A; 1YHU A; 2DHB B; 1NIH A; 1LFZ A; 1NZ2 A; 3VRG B; 1JDO A; 3OO4 B; 2VEB A; 1Y4Q A; 1S56 A; 1FSX A; 3P5Q B; 1TES A; 1CH7 A; 1XZ7 B; 1C40 B; 3MBA A; 1MBD A; 4M4A A; 3AT5 A; 3GQR B; 1UX8 A; 1S6A A; 2SPN A; 3PI3 A; 1G9V A; 3GOU B; 1SWM A; 2EVK A; 1YOG A; 1URV A; 2DC3 A; 3W4U B; 1MLJ A; 1Y7G A; 3UHT A; 1DXT A; 1XZ5 B; 3CY5 B; 3A59 A; 3G53 A; 1MLF A; 3UHR A; 4ESA B; 1J7S B; 3PI9 A; 2OH9 A; 3GQG B; 4O1T A; 1YVQ B; 1MCY A; 6HBW B; 1RSE A; 5E6E B; 3BJ3 A; 2MBW A; 4MBA A; 3BCQ A; 3R0G A; 1XZ2 A; 4WJG A; 1CG5 B; 1J40 A; 1VXC A; 2H8F A; 2QU0 A; 2QSS B; 2ZT0 A; 1KFR A; 3VRF A; 4N7P B; 1J7W A; 1CMY A; 1URY A; 5EET A; 4KN3 A; 1DXU A; 1Y4G A; 2ZSR A; 4N7N B; 3ZJM A; 2ZLU A; 3ONZ A; 1HGB A; 2DN3 B; 2G0R A; 1O16 A; 2LH7 A; 4G1V A; 1BIJ B; 3QJB B; 1RQ3 B; 2R80 B; 1M9P A; 1MLQ A; 5KDQ B; 1DUO A; 4HRR A; 3WCP B; 1N9X A; 2W6X A; 4IRO A; 3PIA B; 1MYG A; 2GL3 A; 4F4O A; 1Y0C B; 1Y8K A; 2QMB A; 1MLG A; 2W72 B; 1NS6 A; 2VYZ A; 5EUI B; 3MN0 A; 2MHB B; 2HBE A; 4PQB A; 1FDH A; 3S66 A; 4G51 B; 1F65 A; 1OR4 A; 2ZSQ A; 3UHQ A; 1LTW A; 1JZK A; 1QPW B; 4L2M A; 3UHB A; 5D1V A; 2BMM A; 1NZ5 A; 2NX0 A; 1Y09 A; 3BA2 A; 4ZVA A; 1MYI A; 1BVD A; 1QI8 A; 2MGF A; 3U3E A; 2GTL D; 2QFK A; 1B0B A; 4O2G A; 1IWH A; 2ZS0 A; 3G4W A; 1Y2Z B; 4L7Y B; 4PQC A; 1HBB B; 1A00 A; 3PI8 B; 1VXA A; 1MWB A; 3QZZ A; 1RPS A; 1GDJ A; 1YE0 A; 2D2N B; 3A5G A; 1YEN A; 1G0B B; 3FS4 B; 3LHB A; 3CY5 A; 3KMF C; 1DKE A; 3D4X B; 5JDO C; 1Y7Z B; 2M6Z B; 2H8D B; 2ZFO D; 1G08 B; 2NRM A; 4ROL A; 2NSR A; 2QLS A; 4NI0 A; 3V2V A; 3A0G B; 1A3O B; 1SPG A; 1HGC B; 2D2N C; 2ZSP A; 1XZU A; 1Y46 B; 3M3B A; 3WCU A; 1LFL A; 4M4B B; 1HJT A; 3IC2 A; 3RJ6 A; 2QSP A; 2DXM B; 2LH3 A; 2HZ3 A; 1JEB A; 1FHJ B; 1G09 A; 2LHB A; 2Z6N B; 1YEO B; 2V1F A; 4UZV A; 2MGI A; 4ODC B; 1C7D B; 1A01 A; 2R1H B; 4F6F A; 4F69 A; 5KDQ A; 2Z6T A; 1NPG A; 2O5S X; 5EE4 D; 1LFQ B; 4NXC A; 1XYE B; 3HF4 A; 4ILZ A; 1Y4F A; 5SW7 A; 1Y0T B; 2MGM A; 2XKH A; 1MBO A; 3G4U A; 4XDI A; 1QXE B; 1SHR A; 3BOM B; 1M6C A; 2R4X A; 2E2Y A; 1ABY B; 1V75 B; 3UGZ A; 1F5O A; 2W72 A; 1B86 B; 1IT3 A; 1OUT B; 2V1I A; 1CO9 A; 2WY4 A; 3QZX A; 3PEL B; 1CBM A; 3IXF A; 5CMV A; 2AV0 A; 1GDI A; 1O1J A; 1QXD B; 3PI2 A; 1BJE A; 1UVX A; 1VRE A; 3LB1 A; 1SDL A; 1V4W A; 1A3N B; 3NG6 B; 4MQJ B; 3HC9 A; 3M38 A; 2XKI A; 4NK2 A; 1V4X B; 5CNC A; 4FC3 A; 4MQH A; 2VEE A; 4F6I A; 1YGD B; 1DUK A; 3ZHW A; 3FS4 A; 2D5X B; 3UBC A; 1GCV B; 1J7Y A; 2G3H A; 2H8D A; 2R4Z A; 3DR9 A; 3ZJS A; 3DHT B; 2MYE A; 4MQC B; 1J3F A; 1O1L B; 1THB B; 1ABW A; 1BUW B; 1VWT B; 4O4Z A; 1A3O A; 3PT7 B; 1C7B B; 1HBA B; 3AG0 A; 3ZJJ A; 2HHD B; 4ROM A; 4B4Y A; 5HAV A; 5CN6 A; 1U7S A; 1FAW B; 4M4B A; 3WCV A; 1ECA A; 1C7C B; 4NZI A; 4XS0 A; 2R4W A; 5B84 A; 1CLS B; 1VXB A; 2ZLX B; 1YFF A; 4MQK A; 1BZZ B; 3ASE A; 1RQ4 A; 1LFQ A; 2GLN A; 4VHB A; 4O35 A; 2MGA A; 1HBR A; 1XYE A; 3OZV A; 2PEG B; 3QQR A; 2ZSN A; 1HCO B; 3PI1 A; 1O1O B; 2JHO A; 1Y5F B; 3GYS B; 2ZLW B; 1OJ6 A; 4KJT A; 1XCH A; 3LB3 A; 2FAM A; 3S65 B; 4DC7 A; 2ZS1 B; 3GDJ A; 1ABY A; 1XZV B; 3MVC A; 3WCT D; 1HAC B; 1B86 A; 1FLP A; 5CHQ A; 1YHU B; 1G0A A; 1OUT A; 1YDZ B; 1LFZ B; 1LJW B; 1YIE A; 4U8U B; 2OH8 A; 3TM9 A; 4X0L A; 2MGB A; 1I3E A; 2MGD A; 1Y4Q B; 2ZSX A; 1IRD A; 1GBU B; 1FSX B; 1QXD A; 1Y01 B; 3GK9 A; 2ZS1 C; 1GJN A; 1JP6 A; 2W31 A; 1CIO A; 1HV4 B; 3HRW A; 1A6N A; 2MGK A; 1DO1 A; 1YHU C; 3DHR A; 3NG6 A; 4M4A B; 3AT5 B; 3ODQ A; 3HEO A; 1MTK A; 2V1G A; 1V4X A; 1G9V B; 4AVD A; 1HDB A; 5CNB A; 3MOU A; 4OF9 A; 2MGJ A; 3AQ6 A; 2ZFB A; 1Y7G B; 2AV3 A; 1DXT B; 1CIK A; 5CN5 A; 2H35 A; 1AJH A; 1LH2 A; 1HSY A; 2ZSY A; 3PI9 B; 2EB8 A; 2D5X A; 5C6Y A; 1S0H B; 4MXL A; 3BJ3 B; 3UHY A; 1XZ2 B; 3TM3 A; 1UFJ A; 1J40 B; 4N7O A; 1UC3 A; 1OFJ A; 2H8F B; 1Y0A A; 3K3U A; 1YCA A; 1J7W B; 5ILP A; 1CMY B; 2OLP A; 1Y4G B; 2ZLU B; 1FAW A; 3ONZ B; 1HGB B; 3QJC A; 1MNI A; 3M3A A; 1HHO A; 1C7C A; 2BW9 M; 2W6W A; 4O4T A; 2D2M B; 2BKM A; 1M9P B; 3G4Q A; 1LA6 B; 1K0Y A; 4HRR B; 1MBI A; 2AUR A; 4IRO B; 4DWU A; 112M A; 3GYS A; 4F4O B; 2NRL A; 1Y8H A; 1Y8K B; 1X3K A; 3QMA A; 3SDH A; 2QMB B; 1HBI A; 5ILE A; 2RI4 A; 1VRF A; 1HAC A; 1V5H A; 1MTJ A; 2HZ2 A; 2V1E A; 2HBE B; 1MLO A; 3VRE A; 1YDZ A; 1LJW A; 1JL7 A; 1HDA A; 4U8U A; 5JDO D; 1Y4R A; 3S66 B; 3ZJI A; 1X46 A; 3OK5 A; 1JPB A; 3BJ1 A; 3ZJQ A; 1A6K A; 1GBU A; 2GRZ A; 1K1K A; 1Y09 B; 1HLM A; 2LH5 A; 1QI8 B; 2D2N D; 3NMM A; 1HV4 A; 2D60 A; 1IWH B; 2ZS0 B; 1X9F A; 2HBD A; 1L2K A; 1A00 B; 1FDH G; 1A9W E; 103M A; 3R5I A; 5JDO F; 1GCW A; 1RPS B; 3BJ2 A; 1YE0 B; 1J3Y B; 1BZ1 B; 1HRM A; 1YEN B; 1O1N A; 4NI1 B; 2HHE B; 5E29 A; 1O1I A; 4YU3 A; 5HLU A; 1DKE B; 2ZS0 C; 3O7N A; 2VYY A; 3S48 C; 1MBC A; 2ZT1 A; 1S0H A; 3AQ7 A; 4ROL B; 2QLS B; 4NI0 B; 5EOH A; 3A9M A; 4N8T A; 5E83 A; 1SPG B; 1F5P A; 5CNE A; 1S5Y A; 1XZU B; 1DWT A; 1JY7 A; 5CNF A; 2SPO A; 1LFL B; 3WCU B; 1UFP A; 2AUO A; 3IC2 B; 2QSP B; 1SPE A; 105M A; 1JEB B; 7HBI A; 1G09 B; 1O1K B; 3WTG B; 3HEN A; 3WCW B; 2D2M A; 4NXA A; 2VLZ A; 1A01 B; 4F68 A; 3WCU C; 2FRF A; 108M A; 2BWH A; 1SI4 A; 2ZLT A; 5AB8 A; 1LA6 A; 5KER B; 3HF4 B; 1RTE A; 1AJ9 A; 1Y4F B; 1GZX A; 5SW7 B; 3UHH A; 3EU1 A; 1YOI A; 1IBE A; 1SHR B; 2OHB A; 3G52 A; 2C0K A; 2EB9 A; 1EMY A; 1PMB A; 1MWC A; 2EF2 A; 1FSL A; 1Y22 A; 1UIW B; 5D5R A; 101M A; 5JGG B; 1Y45 A; 3G46 A; 2IG3 A; 5F0B A; 4NK1 A; 3M39 A; 110M A; 1JP8 A; 1O1J B; 1GDK A; 1MWD A; 1TU9 A; 1SDL B; 2W72 C; 1V4W B; 3D1A A; 2G12 A; 2HZ1 A; 1YGF A; 2HBS B; 102M A; 1Q1F A; 5EU2 A; 1LHS A; 1CPW A; 1UMO A; 5AZQ A; 5HU6 A; 1CP0 A; 1Y5K A; 2GRH A; 3NML A; 1NQP A; 4FC3 B; 4MQH B; 1J3Y A; 1BZ1 A; 3AQ9 A; 1CQ2 A; 3WCT A; 4C0N A; 3GQP B; 1NXF A; 4NI1 A; 1Y4V A; 2HHE A; 4TWU A; 1J7Y B; 2MYB A; 2ZT4 A; 4SDH A; 5JOM A; 2OIF A; 3UHE A; 1ABW B; 1NEJ A; 3D17 B; 2IN4 A; 5M3S A; 4H07 A; 1MYT A; 2BK9 A; 2G14 A; 3K8B B; 2VLY A; 3WHM B; 4ROM B; 2GNW A; 2XYK A; 106M A; 3SZK B; 1BVC A; 2ZWJ A; 5ILM A; 3OJ1 A; 3UHN A; 1KR7 A; 1PBX A; 3WCV B; 1N9I A; 2O5M X; 4XS0 B; 1O1K A; 3ECL A; 1Y35 A; 3WTG A; 3WCW A; 5IKS A; 1YFF B; 4MQK B; 1CG8 B; 3ED9 A; 3AQ8 A; 3PT8 A; 4TWV A; 1RQ4 B; 2ZS1 D; 5KER A; 1HBR B; 3WCV C; 5HY8 A; 2R4Y A; 1NS9 A; 1YG5 B; 3HHB B; 1YHU D; 2YRS A; 1YEQ A; 2AA1 A; 1A6G A; 1YHR A; 1Y8W B; 3GDJ B; 2LH2 A; 1MYZ A; 1A0U B; 1Y83 A; 3IA3 B; 2V1K A; 1G0A B; 1O1M B; 1GLI B; 3EOK B; 1YIE B; 1UIW A; 2HBF A; 2V1J A; 3ZJR A; 3HXN A; 5JGG A; 4X0L B; 4F6B A; 1OBM A; 1JL6 A; 1IRD B; 1MBA A; 3TLD A; 3GLN A; 1EBC A; 3HRW B; 3DHR B; 3UHX A; 3QM9 A; 2HBS A; 1JF4 A; 3ODQ B; 3LB2 A; 3A2G A; 5KKK A; 1HDB B; 2PGH A; 3CIU A; 1CO8 A; 2ZFB B; 1FCS A; 1YH9 A; 3UGY A; 2H35 B; 3G4V A; 3GQP A; 1N9H A; 1HDS A; 2VYW A; 2ZT2 A; 3UHD A; 3MJP B; 1MBS A; 5EV5 A; 4N7O B; 5ILR A; 3UBV A; 3D17 A; 1LH1 A; 1Y0A B; 1LFT A; 5HBI A; 5C6E A; 3K8B A; 2G0Z A; 1R1Y A; 3D7O A; 2EKT A; 3WHM A; 2B7H A; 3HEP A; 2BLH A; 3UH6 A; 3SZK A; 1U7R A; 2KSC A; 1GBV B; 1BAB A; 3QJC B; 1KD2 A; 2FRI X; 1HHO B; 4DWT A; 3ZJH A; 1DTI A; 3AQ5 A; 1A4F A; 3EDB A; 1XY0 B; 1CG8 A; 1K0Y B; 2WTG A; 1IOP A; 3HHB A; 1YG5 A; 5CND A; 6HBI A; 3NFE A; 3UH5 A; 5CN9 A; 1BIN A; 2EKU A; 2G0V A; 1Y8H B; 1BZ0 B; 3GKT A; 1WVP A; 4PQ6 A; 1Y8W A; 4HRT A; 1VXH A; 2RI4 B; 3EDA A; 1VXD A; 1S61 A; 104M A; 1A0U A; 1YMB A; 2D5Z B; 2GKM A; 1O1M A; 1HLB A; 1GLI A; 3EOK A; 3VRE B; 2ZS0 D; 1HDA B; 1EWA A; 1Y4R B; 1JP9 A; 3QQQ A; 1O1P A; 3B75 A; 3BJ1 B; 1EW6 A; 1MLL A; 1K1K B; 1MLR A; 1HBG A; 3NMM B; 3MJU B; 3LB4 A; 2D60 B; 1UVY A; 1YEV B; 4U8U C; 1ABS A; 1X9F B; 1HBS A; 2HBD B; 1ECN A; 3QJD A; 3ORD A; 3OVU C; 3R5I B; 3E5I A; 1GCW B; 3FH9 B; 3BJ2 B; 1V4U A; 1MLM A; 3ZJN A; 1O1N B; 5E29 B; 1O1I B; 4YU3 B; 1XXT A; 1AZI A; 2RAO A; 3WCU D; 3D1K A; 1X9F C; 5EYJ A; 1J3Z A; 2W6Y A; 2MYC A; 3WFX A; 3UHG A; 3OZW A; 1NWI A; 5EYS A; 3MJP A; 2BLJ M; 4N8T B; 5E83 B; 3S1J A; 2VHB A; 4F6J A; 1S5Y B; 3MKB A; 1RVW A; 1JY7 B; 2GTL A; 1XQ5 A; 4FH6 A; 3GKV B; 1Z8U B; 2SPM A; 1MZ0 A; 3WFU A; 5MBA A; 1Y4P B; 1GBV A; 3OO5 A; 1ECD A; 4BJA A; 2DN1 A; 3WI8 A; 5HLX A; 2ZSS A; 1DM1 A; 1MNH A; 1XY0 A; 4H0B A; 1SI4 B; 4WCH D; 4WJG 1; 2ZLT B; 4MQG B; 2ZFO A; 1AJ9 B; 3WFW A; 1GZX B; 1DTM A; 3E5O A; 2ZSO A; 3RJN B; 1MOA A; 1MNO A; 2XKG A; 3EU1 B; 3E55 A; 1IBE B; 2D2M C; 1Y7C A; 2G0S A; 2GKN A; 3UH3 A; 3DUT B; 1BZ0 A; 1YMA A; 3KUO A; 1CH5 A; 2Z85 A; 3OGB A; 1MNJ A; 1Y31 A; 4G1B A; 1Y22 B; 2D5Z A; 1Y45 B; 3NL7 A; 3HYU A; 4H2L A; 1QSI B; 2O5T X; 3AT6 A; 1MBN A; 1MTI A; 4HHB A; 3D1A B; 5CN4 A; 3MYM A; 3MJU A; 3UHZ A; 1YGF B; 1IRC A; 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