1YHE | Genus

Total Genus 56

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	56
sequence length	146
structure length	146
Chain Sequence	VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__539599469792481__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__539599469792481__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1YHE/B/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__539599469792481__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"539599469792481","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1YHE/B/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__539599469792481__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transport protein
publication title	Crystallographic evidence for a new ensemble of ligand-induced allosteric transitions in hemoglobin: the T-to-T(high) quaternary transitions. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Hemoglobin alpha chain
total genus	56
structure length	146
sequence length	146
chains with identical sequence	D
ec nomenclature
pdb deposition date	2005-01-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	1yheB00

1YHRA 1FSXA 3GKTA 1NS6A 1BABB 4IROB 5ILEA 4B3WA 1PBXB 1Y0CB 5ILRA 5D1VA 3ZJHA 2GKNA 2FRIX 1Y8WB 2V1JA 3PI3A 1KD2A 4MQHA 1YIHA 1XZ4B 3DUTB 1XZVA 1XQ5B 1O1NB 3S1JA 1HDAA 3D17B 1UIWB 1HBBB 1YDZA 3UHTA 1ABYA 2OHAA 3WCTA 1MLKA 2SPOA 1BIJB 4FH6A 2MGIA 5EYJA 1A0UB 2RI4B 4NI1B 2VEEA 2G0XA 1A9WE 3SZKA 1NPFA 1YMCA 3KUNA 2MYCA 1BINA 2M6ZA 1SPGB 1CH1A 2HCOA 1HGBB 1Y4RA 3ARLA 5AZRA 4MQIB 3ZJMA 3GQGB 3OGBA 3CY5A 1HGAA 4N7PB 4IT8A 2C0KA 1BZ1A 2H8DA 5E83B 1V9QA 1CH4A 3OO5B 2V1KA 5CNFA 4ROLA 4UIQA 4ESAA 2VRYA 5ILPA 5HU6B 3ZOMA 1IRDA 3MJUA 5SW7B 3BJ2B 1CP0A 2E2YA 1YHEA 1S5YB 2JHOA 2ZSOA 1ECNA 2EB9A 1YGFA 1Y46A 1F65A 2LH2A 3SDNA 2ZT1A 3G4RA 1RQ4A 1AJ9A 1EBTA 3BCQA 3GK9A 1HBAA 5E6EA 4FWYA 1UX8A 5HLQA 1O1LA 3UHDA 3PIAB 2Z85A 1SPEA 3LB2A 2VM0A 1X3KA 3UBCA 2MGAA 1MLQA 4M4AA 1KR7A 1M6CA 1Y0WB 3ZJJA 3UHQA 1GVHA 1DXVA 1SI4A 4NS2A 2ZFOC 1HABB 1OFJA 1CP5A 2ZS0A 2ZSYA 4HRTB 2GLNA 1YE2A 1VXGA 1O1KB 2GNVA 4O4ZA 3BOMB 1BZPA 2LH7A 1S61A 2D2NC 1IRCA 3LR7A 1O1JA 2ZT2A 1JY7B 2BLIA 3MYMA 1MLNA 2RAOB 4PQBA 1NAZA 2D5ZB 2ZS1C 3QM5A 1FDHA 1G0BB 3IXFA 5JOMA 3VRFB 2YRSB 3GYSB 1BABA 1JZKA 1LH7A 110MA 1A00B 3QQRA 2ZLUB 1Y7ZB 3S65A 3GQPA 1S56A 3D7OB 1JF3A 4N8TB 1MLGA 2WY4A 1XZ4A 1IBEB 2R50A 3G4WA 3DUTA 3QMAA 1A3OB 2O5TX 4HRRA 1XQ5A 1O1NA 1X46A 1XY0B 1A4FA 3D17A 2FALA 1UIWA 1HBBA 1QSHB 1GCVB 1S0HB 1YG5A 3ZJRA 2XKHA 1YH9B 5ILMA 1BIJA 1FAWB 1DUKA 4NI1A 5AZQA 1MBNA 1G9VA 1MYJA 3PI4A 1NGKA 1SPGA 4UURA 3MJPB 1Y4PB 1RPSA 2H8FA 3WCVD 4O4TA 4MQIA 1A01B 3QM9A 4N7PA 1AZIA 1VRFA 1J3FA 4XS0B 1JP6A 3AT6A 1J3ZB 3WTGB 1OUTB 1DXTB 1BVDA 1OUUA 1J7SB 1XZ5B 3CIUA 2D60B 3B75B 5HU6A 2QSSB 3UGZA 109MA 4GZGA 3FS4B 1LA6B 2IG3A 4X0LB 1YEUA 3NL7B 1DWRA 1S5YA 1ABSA 2HBDB 1R1XA 2BNLA 2GRHA 1C40B 1Y5FA 3WCUA 1HBHA 2MGBA 4FC3B 1N9XA 1DKEB 5EE4C 3VRGA 2ZSTA 2EVPA 3PIAA 3BJ3B 3WCVB 1SHRB 4QAUA 2MYAA 1HDBB 1Y0TA 2VYYA 1JPBA 2AUQA 1DXDA 3NMLA 3ODQA 3M38A 4DC8A 1Y5JB 4HRTA 3ONZB 1FCSA 1Y7CB 1O1KA 4MQKB 4U8UC 3GQRB 2BWHA 2R4WA 2HBCA 3BJ1B 5JGGB 1X9FC 3PI1A 3UH5A 2DHBA 3UHNA 1XXTB 1NQPB 2V1EA 4PNJA 2O5QX 1DWSA 1THBB 1JY7A 1OR6A 1CMYB 2D5ZA 1G0BA 2R4ZA 2HZ1A 2O5SX 1J3YA 3WCTD 1V75B 1Y22B 1YCBA 2YRSA 3VRFA 2DXMB 1GZXB 2GDMA 1MKOB 3D4XB 1AJHA 6HBWB 4MAXA 1BUWB 1A00A 2QSPB 3S66A 2IN4A 3K8BA 4N8TA 1A3OA 3LB3A 1NZ5A 1COHB 1W92A 108MA 4NZIA 3OVUC 1GCVA 4MQHB 3M39A 5C6YA 2SPMA 1VXFA 1XZVB 1HDAB 2ZLXB 2VYWA 3AQ7A 1URYA 1Y4VB 1YDZB 1RVWB 1ABYB 1HACA 1NZ4A 1IT3A 1HBSB 1RTEA 3MJPA 1Y4PA 3QJDB 2LH1A 3S1IA 2R1HA 3SZKB 1TESA 2MYBA 1BZ0A 1SDKA 3QM8A 3WTGA 1DXTA 1CBMA 4F4OA 1GLIB 1J7SA 2M6ZB 1V5HA 4B4YA 2D60A 1Y4RB 2W72A 4N7NB 3HC9A 1NIHB 1ABWB 2QSSA 2V1GA 1JL6A 3ZOLA 1FN3B 2H8DB 4X0LA 1YGDB 1FHJA 2NSRA 2HBDA 1Y09B 4ROLB 2ZS0D 1UMOA 1C40A 4ESAB 4FC3A 2HZ3A 2HBGA 4F6JA 3O89A 2GTLC 5IKSA 1MLMA 1MLHA 3RJNB 1YHEB 3BJ3A 1O1OA 1SHRA 1Y7DA 1YGFB 1Y46B 1F63A 1G08B 1V4XA 3EOKA 3G46A 3UHZA 3BCQB 1JP9A 1YVQA 5E6EB 2MYDA 2ZSPA 1O1LB 2MGLA 3UHUA 1LFYB 1UVXA 4O35A 1GDKA 1NWIA 2B7HA 4MQKA 3HHBB 1G09B 3GQRA 4C44A 1MYIA 1NEJA 4MQGA 1CIOA 1DXVB 1XXTA 1SI4B 1NQPA 1S6AA 5KERA 1UT0A 1YE2B 1WLAA 3S48C 1CMYA 1Y4GB 1V75A 1Y22A 1MYFA 1MBDA 1J40B 1J7WB 1MKOA 2DC3A 6HBWA 2FRFA 1BUWA 2QSPA 1O1JB 106MA 5CN7A 1ITHA 2GRZA 1VXCA 1NS9B 4AVDA 1T1NB 3VREA 1YEQA 2G0ZA 1MBAA 2MBWA 1COHA 1DO7A 1U7SA 1MOCA 2KSCA 3S65B 2PEGA 5JDOC 3GQPB 1YMBA 1HRMA 1CH9A 2W31A 1O16A 1Y4QB 104MA 2O5LX 1O1PB 4HRRB 1JZMA 1A4FB 2ZLXA 1Y4VA 1S69A 1RVWA 1Y7GB 2ZSNA 1YG5B 1HBSA 2Z6TA 3QJDA 2QRWA 107MA 1DXUB 3KUOA 5CHQA 1G9VB 1Y2ZA 3WCUD 2R4YA 1HSYA 1Y4FB 5F2AA 3WCPA 1GLIA 4ZVAA 1MLLA 4DWTA 1RPSB 2H8FB 1Y31B 4N7NA 1NIHA 1ABWA 1O1IA 2VLZA 2PGHB 3W4UB 1FN3A 1YOIA 3ECLA 5B84A 1GJNA 3AT6B 1YGDA 3G4VA 2W6WA 1OUUB 1A6KA 1D8UA 3CIUB 3UH7A 1Y09A 4MU5A 3V2ZA 3UHVA 4DWUA 2LH6A 4F6IA 1N9HA 1CG8B 101MA 1CQXA 3ASEA 1JF4A 4TYXA 2NSSA 1UFPA 1YEUB 5EU2A 3PI8A 1R1XB 1G08A 1DTIA 2EVKA 1Y5FB 2Z6NB 3WCUB 1HBHB 1RQAA 2XKIA 1LH3A 3VRGB 105MA 1LFYA 4ILZA 4YU4A 3OZUA 1QI8A 3UHSA 1XYEA 3HHBA 1MYMA 2ZFOA 2MGEA 1Y0TB 1G09A 2QFKA 3ED9A 1LH1A 3K9ZA 3ODQB 2ZLVB 1X9FB 1Y4BA 3ZJNA 3ZJLA 2ZT0A 2D2NA 3M3BA 1CQ2A 3WCWC 1Y4GA 3UHGA 2HBCB 2BLJM 3UHCA 1QXDA 2DHBB 1J7WA 1J40A 1MWCA 1V07A 1HJTA 3U3EA 1VREA 1HHOB 1NS9A 1T1NA 4O2GA 3UGYA 1J3YB 1CG5B 3IC0A 2DN1B 4BJAA 1N9FA 3UH6A 2VLXA 3ORDA 1YZIB 3D1KB 1BZZB 1JWNA 3AQ6A 3S66B 1MCYA 4FWXA 5EETA 2MHBB 5CNCA 3K8BB 1YHUC 1Y8KA 4H2LB 1Y4QA 1O1PA 1NPGA 1NZ2A 3R0GA 2BMMA 2D2MC 1JP8A 1Y7GA 1LFQB 3QJCB 4MQJA 3UHXA 4PQCA 1F5OA 3LQDB 2WTHA 1B86B 1DXUA 3H58A 1Y4FA 1DWTA 1HACB 1CLSB 1JEBB 3MOUA 4H07A 1Y31A 2ZSSA 2FAMA 1OR4A 1KFRA 2R1HB 1EWAA 2PGHA 3W4UA 3AQ5A 1K1KA 1BZ0B 1SDKB 3UH3A 4F4OB 2QLSB 1DM1A 3UHBA 2W72B 2O5OX 3SDHA 1Y83A 1CG8A 3QZXA 1YFFB 5EV5A 3NFEA 3LHBA 2QU0A 1ASHA 4HHBA 1FHJB 4KJTA 3ECZA 5KKKA 1YMAA 1Y45A 4MBNA 2Z6NA 111MA 3UHIA 1HBGA 1WVPA 1O1OB 1HDSB 1Y7DB 4HBIA 2G11A 1V4XB 3EOKB 2AA1B 1ECOA 3MVCA 4N7OB 4U8UA 3BA2A 1YVQB 4WCHD 1IOPA 5CMVA 2O58X 1MOAA 2ZLVA 4HSWA 1SWMA 1X9FA 3ARJA 5CNDA 2B7HB 3UHRA 4JYQA 1IT2A 2ZLWB 4OODA 2DN3A 3OZWA 1CH2A 3WFTA 1HCOB 3PI9B 2NRMA 1NEJB 4MQGB 2EKUA 1EMYA 4MXKA 3QM6A 3OO4A 5KERB 1QSIA 3A9MA 1C7CA 1HHOA 2BKMA 1H97A 3OK5A 1V4WA 1CBLA 1CG5A 2HHEB 1Y0DA 3ZH0A 1QXEA 2DN1A 3E55A 2SPLA 1YZIA 3G53A 3D1KA 3FH9A 1Y01B 1BZZA 1Y5KB 1VWTB 3TM9A 4F69A 2MHBA 3AT5B 3K3UA 4PQ6A 1V4UA 4YU3B 1JDOA 1SDLA 1MZ0A 4H2LA 4ROMB 3VREB 1S5XB 1HV4A 1YEQB 3R5IA 1HBRB 3UHYA 1A3NA 2PEGB 1LFQA 3QJCA 1Y8HB 3TM3A 5HY8A 3LQDA 1B86A 102MA 4NK1A 2Z8AA 1G0AA 4F6DA 2W6YA 1VXDA 3DHTB 1CLSA 1BBBA 1WMUB 1JEBA 1L2KA 1YENB 2HHBA 2ZLTB 3GKVB 4F6GA 3RJ6A 1Y2ZB 1N9IA 3LR9A 1XZ2B 2AV0A 3WCPB 2QLSA 1OJ6A 4MXLA 1MYZA 2ZSXA 3UHHA 1YFFA 2G10A 2NX0A 3G4QA 1O1IB 1Y85B 2ZFOD 1GDLA 1Y0AA 5EUIB 3E5IA 1XCHA 2HHDA 2GRFA 2GTLA 1CH7A 2D2ND 3MYNA 2R80B 2ZSQA 3ZHWA 3IC2B 1LUEA 3M3AA 1MNKA 2VLYA 3WFXA 1HDSA 2ZFBB 1MLFA 3MN0A 3PI8B 1QPWB 3ECXA 1B0BA 2AA1A 2V1FA 4N7OA 2ZSRA 4UZVA 1UC3A 1RQAB 1J41A 1FLPA 103MA 4YU4B 1QI8B 1FDHG 4KMVA 1XYEB 1JW8A 1CH3A 2ZLWA 2ZFOB 6HBIA 1HCOA 3PI9A 2SPNA 1O1MB 1VXAA 3WCVC 2XYKA 1MNIA 1IDRA 5CHRA 1GCWA 5CN6A 3MKBA 1LFZA 2ZT4A 3P5QA 3WCWB 2HBFB 1Z8UB 1Y4BB 5EQMA 3LB4A 3WHMB 2OIFA 3UHKA 2D2NB 1Y35A 1LHSA 2MGJA 1YEVA 2LH3A 2HHEA 2ZS1B 1RSEA 1QXDB 2O5BX 3WR1B 1UX9A 4L7YA 1Y5KA 1VWTA 1MOHA 3KMFC 3AT5A 3VHBA 4YU3A 1MBCA 3WFUA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YHR A;  1FSX A;  3GKT A;  1NS6 A;  1BAB B;  4IRO B;  5ILE A;  4B3W A;  1PBX B;  1Y0C B;  5ILR A;  5D1V A;  3ZJH A;  2GKN A;  2FRI X;  1Y8W B;  2V1J A;  3PI3 A;  1KD2 A;  4MQH A;  1YIH A;  1XZ4 B;  3DUT B;  1XZV A;  1XQ5 B;  1O1N B;  3S1J A;  1HDA A;  3D17 B;  1UIW B;  1HBB B;  1YDZ A;  3UHT A;  1ABY A;  2OHA A;  3WCT A;  1MLK A;  2SPO A;  1BIJ B;  4FH6 A;  2MGI A;  5EYJ A;  1A0U B;  2RI4 B;  4NI1 B;  2VEE A;  2G0X A;  1A9W E;  3SZK A;  1NPF A;  1YMC A;  3KUN A;  2MYC A;  1BIN A;  2M6Z A;  1SPG B;  1CH1 A;  2HCO A;  1HGB B;  1Y4R A;  3ARL A;  5AZR A;  4MQI B;  3ZJM A;  3GQG B;  3OGB A;  3CY5 A;  1HGA A;  4N7P B;  4IT8 A;  2C0K A;  1BZ1 A;  2H8D A;  5E83 B;  1V9Q A;  1CH4 A;  3OO5 B;  2V1K A;  5CNF A;  4ROL A;  4UIQ A;  4ESA A;  2VRY A;  5ILP A;  5HU6 B;  3ZOM A;  1IRD A;  3MJU A;  5SW7 B;  3BJ2 B;  1CP0 A;  2E2Y A;  1YHE A;  1S5Y B;  2JHO A;  2ZSO A;  1ECN A;  2EB9 A;  1YGF A;  1Y46 A;  1F65 A;  2LH2 A;  3SDN A;  2ZT1 A;  3G4R A;  1RQ4 A;  1AJ9 A;  1EBT A;  3BCQ A;  3GK9 A;  1HBA A;  5E6E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1YHEB

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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