The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
146
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structure length |
146
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Chain Sequence |
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGKALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The high salt (phosphate) crystal structure of CO Hemoglobin E (Glu26Lys) at physiological pH (pH 7.35)
rcsb |
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Hemoglobin alpha chain
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| total genus |
58
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| structure length |
146
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| sequence length |
146
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-02-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1JDO A; 1Y4V B; 1VXB A; 3DR9 A; 2HHB B; 1MTI A; 2GTL A; 5CMV A; 109M A; 1HBS A; 1DM1 A; 1OUT B; 5MBN A; 4LPI A; 1A3O A; 4F6I A; 3TM3 A; 1A3N A; 3VRE A; 5HAV A; 3G4R A; 3OO4 A; 4G1V A; 1YH9 B; 3OO5 B; 4MQC B; 5E6E A; 5ILM A; 1Y7G A; 5ILP A; 1MOB A; 1NWN A; 4MAX A; 1YFF A; 1B86 A; 1SDL A; 4NI1 B; 2ZS1 C; 1J7W A; 3UHD A; 1C7D A; 2D5Z B; 3HYU A; 1HJT A; 1VXA A; 1Y0C B; 3HEN A; 3DHT B; 2EVK A; 1CLS B; 2YRS B; 2EVP A; 1M6C A; 1NXF A; 1Y35 A; 3QJD B; 2HBC A; 1L2K A; 4FH6 A; 5EE4 C; 3R5I B; 2AA1 A; 3WTG B; 4L7Y A; 4F69 A; 1JP8 A; 1CQX A; 1NWI A; 108M A; 1IBE B; 1RQA A; 1RQ4 A; 3K3U A; 1XY0 A; 2NSR A; 2DN2 A; 1UIW A; 1YZI B; 4MU5 A; 1GCW A; 3G4U A; 3ORD A; 2MHB B; 1ABY B; 3D1K A; 1Y8K A; 2W72 A; 1AZI A; 1O1P A; 1DO3 A; 2LH6 A; 1MOH A; 1SI4 A; 1NZ2 A; 3PIA B; 3ZH0 A; 2AUR A; 1QSI A; 3WCT D; 1JW8 A; 4X0L B; 2ZLX A; 1RPS A; 1V4W B; 1K1K B; 4HBI A; 1KD2 B; 1BIJ A; 1YE2 A; 5HBI A; 4ODC B; 2QMB B; 1H97 A; 1MLF A; 2D2N D; 1XZ7 B; 3NFE B; 3LB2 A; 1NAZ A; 1Y4F A; 3LHB A; 4L2M A; 2GDM A; 1LA6 B; 1MOC A; 3ZJR A; 2H35 A; 2G3H A; 4MXL A; 5CN7 A; 1Y83 A; 2LH5 A; 3WCW C; 3QJC A; 1T1N B; 2R1H B; 3MJP B; 1HV4 B; 1Y8H B; 2ZLU A; 4BJA A; 1RVW A; 1YGD A; 2NX0 A; 3H58 A; 1IDR A; 3S66 B; 1Y85 A; 2BMM A; 2IN4 A; 5HLX A; 1GLI B; 3BCQ A; 1Y09 A; 3GOU B; 1A6M A; 4F6J A; 3K8B B; 1ECA A; 1HCO A; 1I3D A; 1BZ0 A; 4NXA A; 1LFL B; 2MB5 A; 4ILZ A; 4FWY A; 1EWA A; 3D4X A; 1MNI A; 4N7P B; 110M A; 2GTL D; 4HSX A; 4PQC A; 1O1J A; 3IC2 A; 2DN1 A; 2O5S X; 4U8U B; 1G0B A; 3ONZ A; 5JOM A; 5F0B A; 2ZSY A; 2ZS0 D; 1HBR A; 3ZJP A; 2G10 A; 2ZS1 B; 1BZZ A; 1O16 A; 2V1J A; 5KER A; 1Y0D B; 3NG6 B; 2PGH B; 3NL7 A; 2R4Y A; 1C7B B; 1GDJ A; 3CIU B; 4KJT A; 1MBI A; 1YHU C; 1Y8I A; 3H57 A; 1Y7D A; 1QXE A; 1YG5 A; 1WMU A; 1O1O B; 1V75 B; 4IRO B; 1BUW B; 2ZSR A; 2XKG A; 3HEP A; 2DXM A; 1V9Q A; 1A00 A; 1Y5J B; 2ZWJ A; 104M A; 3WCU D; 1Y4B A; 1JEB B; 1YE0 B; 3BJ2 A; 3IC0 A; 1Y5F B; 2ZT2 A; 2ZFB A; 1Y7Z A; 5HU6 B; 4M4B B; 3WFW A; 2VYZ A; 4JYQ A; 3WI8 A; 2BWH A; 1JPB A; 3UGZ A; 2VEB A; 5EU2 A; 1V4X B; 1ECD A; 1MLS A; 4NS2 A; 1BZ1 A; 2G0R A; 2PEG A; 4O4T A; 1LJW B; 2HHE A; 4YU3 A; 5AZQ A; 3UHY A; 3RJN B; 1GBV B; 1UFJ A; 107M A; 1HAB B; 3S1J A; 1G08 A; 1X9F A; 4MQK A; 1VXC A; 3WR1 B; 3UHC A; 1LFQ A; 3VAU A; 1G09 B; 4N7O B; 1QPW B; 2R4Z A; 1FSX A; 3AQ7 A; 3ED9 A; 3B75 B; 1HBH A; 2SPO A; 4SDH A; 3PEL A; 2LH1 A; 3GQP A; 1QSH B; 2MGM A; 1DWR A; 3WFX A; 2D60 B; 3BJ3 B; 1CG8 B; 1LFT A; 3EU1 B; 1PMB A; 2BLJ M; 2MYB A; 3LB1 A; 1J40 A; 1UX8 A; 1GZX B; 3E55 A; 1URY A; 2RI4 B; 1J7Y B; 1FSL A; 2DN3 A; 1DWS A; 1MBS A; 2HBD B; 3OZU A; 3MKB A; 2XYK A; 4N7N A; 2HZ3 A; 3VHB A; 3SDN A; 1THB A; 1HHO B; 4F4O A; 1MCY A; 1VWT A; 2M6Z A; 5HLQ A; 3SZK A; 2EKU A; 1GCV B; 1Y4Q B; 3NML A; 1O1N B; 1HRM A; 5SW7 B; 3WCP A; 1JZK A; 2HHD B; 3PI3 A; 3AG0 A; 1R1X B; 1CH4 A; 3WCV B; 2ZSO A; 3E5O A; 3GKV A; 1K0Y A; 2RAO B; 2OHB A; 1MBA A; 3OZV A; 4XS0 B; 1SHR A; 1CH3 A; 1FDH A; 1NEJ B; 3HHB B; 2AV0 A; 2VYW A; 3U3E A; 1Y4G B; 3DUT A; 4G51 A; 3FH9 B; 3PT7 A; 3WCT C; 3S65 A; 3GQG A; 1Y31 B; 1NIH B; 1LFY A; 1XYE B; 2GRH A; 1Y45 A; 1LH2 A; 3PT8 A; 2SPM A; 1HDB B; 3ODQ B; 1NS9 A; 2V1K A; 4F6G A; 2D2N C; 3NMM B; 1CIO A; 1CP0 A; 2G0S A; 1MLQ A; 2HBF B; 3PI2 A; 1Y7C A; 2D2M A; 1Y0A A; 4NI0 B; 3MN0 A; 1MLM A; 1SPG B; 4H2L A; 1XZ2 B; 1Y5K A; 2O5B X; 5KDQ B; 3OVU C; 1DXC A; 3HRW B; 1EW6 A; 2ZT4 A; 1Y0T B; 4MQG A; 1CMY B; 1J3Y B; 1X3K A; 2SPL A; 3WHM B; 1NQP A; 2WTG A; 4NZI A; 2MGH A; 3UH7 A; 1FAW A; 1C40 B; 1YOG A; 4N8T A; 3LR7 A; 1HBG A; 1DUK A; 2EKT A; 1COH B; 4YU4 B; 1Y4V A; 2HHB A; 1YEU B; 3RGK A; 3ZJQ A; 3O7N A; 1OUT A; 1N9F A; 1R1Y B; 1X9F D; 1JZL A; 2H8F B; 1JP6 A; 1CH5 A; 3UHV A; 4MQI B; 1HBA B; 2V1H A; 2GKN A; 1Y46 B; 1YH9 A; 3OO5 A; 3UHR A; 4MQC A; 4PQ6 A; 1DO1 A; 3UHS A; 5E83 B; 1LHS A; 1YIE B; 2QFK A; 2GTL C; 1MWC A; 1Y4P B; 1PBX A; 4NI1 A; 2ZLV B; 3AQ8 A; 2D5Z A; 5HY8 A; 1Y0C A; 3IA3 B; 5EET A; 3GKT A; 3DHT A; 3LQD B; 3FS4 A; 1CLS A; 1CQ2 A; 3UH6 A; 2YRS A; 2LH7 A; 3P5Q B; 1NPG A; 3WTG A; 1QXD B; 2HBS B; 4QAU A; 3ZJN A; 1IBE A; 1BBB B; 1A4F A; 1YZI A; 2R80 B; 1DWT A; 2OH9 A; 3GQR B; 2MHB A; 1ABY A; 1B0B A; 4NK1 A; 1HGC B; 2XKI A; 3R0G A; 3G53 A; 3A2G A; 3PIA A; 1J41 B; 4IT8 A; 1FHJ B; 4X0L A; 4M4A B; 1V4W A; 1K1K A; 1XZ5 B; 1KD2 A; 2QLS B; 3WCU C; 4TWU A; 1U7S A; 1RQ3 B; 4ODC A; 1J7S B; 3O89 A; 2QMB A; 3QJE B; 1XZ7 A; 6HBW B; 3ZJS A; 2NRL A; 3ZHW A; 2G11 A; 1LA6 A; 3SDH A; 1YOI A; 1LH6 A; 4OOD A; 1YGF B; 2D2N B; 2QSS A; 3HEO A; 1Y22 B; 1T1N A; 2R1H A; 1CG5 A; 3MJP A; 1HV4 A; 1O1I B; 2D2M D; 2Z6S A; 1Y8H A; 1XXT B; 3KUN A; 1MYJ A; 3HF4 B; 1CH7 A; 1Q1F A; 5MBA A; 2FRI X; 1G0A B; 3S66 A; 1GLI A; 5CNB A; 3GOU A; 2GNV A; 3K8B A; 1DXD A; 1V5H A; 1YHR B; 1LFL A; 1UX9 A; 2Z6T A; 2HZ2 A; 5E29 A; 3A0G B; 4MBN A; 4N7P A; 1EBC A; 1DO4 A; 2GRZ A; 3VRG B; 3M3A A; 1XZ4 B; 1SWM A; 1IWH B; 1OR4 A; 4U8U A; 2ZLT A; 105M A; 1HAC B; 2GTL B; 1NGK A; 3BJ1 B; 3ZJL A; 3AQ6 A; 4H07 A; 4AVE A; 1MWD A; 1Y0D A; 2BNL A; 3NG6 A; 2PGH A; 1C7B A; 3CIU A; 3S1I A; 1MKO B; 1CIK A; 1YEO B; 2OLP A; 2ZS0 B; 1DLY A; 1OR6 A; 1KFR A; 1C7D B; 1O1O A; 1UMO A; 1V75 A; 3QJB B; 1BAB B; 1N9X A; 4IRO A; 2ZFO B; 1BUW A; 1YIH A; 3ZJO A; 2D5X B; 3G46 A; 1BIN A; 5CN4 A; 1JF3 A; 1YMA A; 1Y5J A; 1JEB A; 1YE0 A; 1RQ4 B; 1ABS A; 1Y5F A; 5HU6 A; 4M4B A; 1MTK A; 1RSE A; 1U7R A; 3WCU B; 1A6G A; 2Z6N B; 3QM5 A; 4DWU A; 5EUI B; 1F5P A; 3PI9 B; 1X46 A; 2LH2 A; 2ZLX B; 1V4X A; 4MPM A; 2O5M X; 4HRT A; 2W6X A; 1FCS A; 1S5Y B; 2GLN A; 5JDO D; 1LJW A; 3HXN B; 1XQ5 B; 1GBV A; 1XZV A; 1HAB A; 2EF2 A; 1HDS B; 2Z8A A; 2B7H B; 1OUU B; 1YMB A; 2MYA A; 3A5A A; 3WR1 A; 2VLX A; 1Y4R B; 3UBC A; 2VYY A; 4N7O A; 1G09 A; 1QPW A; 101M A; 3G4W A; 4F6F A; 1MYT A; 4MXK A; 1DXU B; 1X9F C; 1QSH A; 3CY5 B; 2AV3 A; 3OZW A; 2D60 A; 3BJ3 A; 1CG8 A; 2ZSQ A; 3WFT A; 3EU1 A; 2QFN A; 1S61 A; 4ZVA A; 1GZX A; 2AUP A; 1A01 B; 2RI4 A; 1J7Y A; 1NZ5 A; 3QM6 A; 1M6M A; 5JGG B; 5JDO E; 3BCQ B; 2HBD A; 1WVP A; 4KMW A; 1V4U B; 3QZZ A; 3VRF B; 1HHO A; 1F65 A; 2ZT0 A; 5EQM A; 1MYF A; 1GCV A; 3MYN A; 4U8U D; 1Y4Q A; 1CH9 A; 2NSS A; 2MYE A; 2WTH A; 1UVY A; 1MBO A; 1O1N A; 5SW7 A; 3QQR A; 1S5X B; 3BOM A; 2HCO A; 1YVT B; 4MQJ B; 2HHD A; 4PNJ A; 1GVH A; 4O35 A; 2G0V A; 3WCW B; 1MOD A; 2VRY A; 1R1X A; 1DXV B; 3WCV A; 3AT5 B; 1YEQ B; 3UI0 A; 1JY7 B; 1HDA B; 1MDN A; 2RAO A; 3ECX A; 2GRF A; 2R50 A; 4UZV A; 3D7O B; 1JF4 A; 4XS0 A; 4DC8 A; 1MYM A; 1QI8 B; 3NL7 B; 3HHB A; 1NS6 B; 1Y4G A; 3A5B A; 5IKS A; 1O1L B; 1HSY A; 2R4X A; 3K9Z A; 1Y31 A; 1NIH A; 1MYH A; 1QXE B; 1XYE A; 2VM0 A; 5HLU A; 1HDB A; 3ODQ A; 2VHB A; 4MQH B; 1V07 A; 3NMM A; 2HBF A; 3HC9 A; 1CH2 A; 3DHR B; 4NI0 A; 4FC3 B; 4XDI A; 1N9H A; 5EOH A; 4B4Y A; 1SPG A; 1XZ2 A; 4TWV A; 5KDQ A; 3D17 B; 3LR9 A; 3EDA A; 3HRW A; 5CHQ A; 1Y0T A; 1DTM A; 2QU0 B; 1J3Z B; 3KMF A; 3ZJH A; 2D2M C; 1CMY A; 1J3Y A; 1GDL A; 1LH3 A; 3UHE A; 1I3E A; 1MLN A; 3WHM A; 1O1K B; 112M A; 1C40 A; 3KUO A; 1COH A; 3ZJJ A; 4YU4 A; 1YHU B; 1C7C B; 2OHA A; 2QSP B; 1HBB B; 1EBT A; 1YEU A; 4O2G A; 5CN8 A; 1R1Y A; 2H8F A; 5CNC A; 2ZSP A; 1IOP A; 2GL3 A; 2OIF A; 3G4Y A; 1HBA A; 3LB3 A; 3EOK B; 1YCA A; 6HBI A; 5E83 A; 1YIE A; 3QZX A; 1Y4P A; 2VLY A; 3MBA A; 3GYS B; 2QRW A; 4ZVB A; 2GKM A; 4B3W A; 1D8U A; 4JAC A; 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2ZST A; 1EMY A; 2W72 C; 1S0H B; 1XZ4 A; 5M3S A; 1IWH A; 3MJU B; 3NFE A; 3WCT B; 4ESA B; 1HAC A; 2V1F A; 1WLA A; 5AZR A; 1YHE B; 4VHB A; 1LFZ B; 1YEV B; 3BJ1 A; 1Y8W B; 1J52 A; 3PI8 B; 3GDJ B; 1MBN A; 2MGA A; 1IRC A; 1IT3 A; 4U8U C; 1N9I A; 3QM7 A; 1MKO A; 1MNO A; 1YEO A; 2ZS0 A; 1FN3 B; 1PBX B; 1ABW B; 1O1M B; 1DLW A; 1YEN B; 3A59 B; 102M A; 5HY8 B; 2MGD A; 1LHT A; 1ASH A; 2O5L X; 3TLD A; 1G9V B; 3FS4 B; 3QJB A; 1BAB A; 1JZM A; 3UHX A; 2ZFO A; 3M39 A; 2D5X A; 4ROL B; 2W31 A; 3G52 A; 2O58 X; 3AT6 B; 1MGN A; 3ARK A; 2MGE A; 1A4F B; 2CMM A; 4HRR B; 1HGB B; 5CN5 A; 1AJ9 B; 3WCU A; 3UHU A; 2O5O X; 2Z6N A; 1MTJ A; 3IXF A; 5EUI A; 1JWN A; 3PI9 A; 1HBS B; 2E2Y A; 1A3O B; 3M3B A; 2G0Z A; 1A3N B; 2ZS1 A; 4HSW A; 1BJE A; 3VRE B; 1J3F A; 1MLH A; 3OO4 B; 1S5Y A; 5E6E B; 1Y7G B; 1MYI A; 1AJH A; 3HXN A; 1XQ5 A; 1YFF B; 2BLI A; 4F6B A; 2G14 A; 1OFK A; 1B86 B; 1LH5 A; 1SDL B; 3UHH A; 1HDS A; 2B7H A; 1J7W B; 1OUU A; 1VXH A; 5EYJ A; 3HYU B; 1OFJ A; 1Y4R A; 2V1E A; 2QSS B; 2FAM A; 1CG5 B; 1Y35 B; 1DXU A; 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