The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
146
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structure length |
146
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Chain Sequence |
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGKALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The high salt (phosphate) crystal structure of CO Hemoglobin E (Glu26Lys) at physiological pH (pH 7.35)
rcsb |
| molecule keywords |
Hemoglobin alpha chain
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| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
58
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| structure length |
146
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| sequence length |
146
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-02-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NZ4 A; 2H35 A; 1LJW B; 1V4W A; 2BW9 M; 1F5O A; 4MQJ A; 1A6N A; 2OLP A; 1YVT B; 3MJP B; 1DLY A; 1QXE A; 1RVW B; 1BVD A; 1BZR A; 1MLJ A; 3PI8 B; 3BJ3 A; 1J3F A; 3QJC B; 3MJU B; 4NI1 B; 2ZSR A; 2DC3 A; 1O1N A; 1CLS B; 1LFY A; 3WCU B; 5CMV A; 2ZFO B; 2ZLW A; 3HXN B; 1O1J B; 5KKK A; 1M6M A; 1PBX A; 1Y0C A; 1XZ5 A; 1Y85 A; 4MPM A; 1HGC B; 3OJ1 A; 1JW8 A; 4OF9 A; 1Y09 B; 1MYM A; 1V75 A; 4MAX A; 1HDA A; 1VXG A; 3WFT A; 4F6F A; 3UI0 A; 1MYI A; 2MYC A; 1UX8 A; 3ZJQ A; 2VLX A; 1S0H A; 1S5Y B; 4F6J A; 4L7Y A; 1IRC A; 1HDS A; 1LFQ A; 1G08 B; 4MQK A; 2EF2 A; 4IT8 A; 4B3W A; 3QZX A; 1TES A; 3PEL A; 3UHB A; 4NK2 A; 1CP0 A; 101M A; 1WLA A; 1Z8U B; 3UGY A; 1MLK A; 4M4B A; 3RGK A; 2JHO A; 1Y31 A; 1BIJ B; 1GBV B; 1YIE B; 2AUP A; 1SI4 B; 3ZJR A; 2G0V A; 3WCU C; 4M4A A; 3QM7 A; 1CIK A; 1YGD A; 1Y5K A; 1FCS A; 1U7S A; 3HYU A; 3NL7 A; 1LHT A; 3VAU A; 2G0X A; 2ZSO A; 1XZ7 B; 1UT0 A; 3M3A A; 2ZLT B; 3DHR A; 4GZG A; 1HBG A; 2G3H A; 2GNW A; 1LH5 A; 1JL7 A; 1GDJ A; 2H8D A; 1FDH G; 2LH3 A; 1J41 B; 3G4Y A; 3OZV A; 1VXC A; 4HRR B; 6HBW B; 1GJN A; 1DO4 A; 1MOH A; 3ORD A; 3D7O B; 4MQH B; 1XZV A; 3AT6 A; 2ZT3 A; 4MBN A; 3WI8 A; 1HBB A; 1C40 A; 3UHY A; 1WMU A; 1VXH A; 3EOK B; 3S1J A; 1V4X B; 2DN1 A; 1XZ4 B; 3GDJ B; 3G4U A; 1SDL B; 1TU9 A; 1IDR A; 1NAZ A; 2BKM A; 1SPG B; 1NS6 A; 2MYB A; 2VLZ A; 3ZJM A; 1MGN A; 4HHB A; 1EW6 A; 3VHB A; 2HZ2 A; 1Y7D A; 3OO4 A; 1G0B B; 5EU2 A; 3BOM B; 5HY8 A; 2MB5 A; 3G4V A; 2ZWJ A; 3WTG A; 1OBM A; 4F6B A; 1CG5 B; 2HBD A; 3NMM A; 1Y2Z A; 3GQR A; 1O1M A; 2W31 A; 1YEV B; 3GQG B; 1NS9 B; 1SDK A; 1NZ5 A; 102M A; 1LFZ A; 1ABY B; 3PI9 A; 109M A; 1YE0 A; 1QPW B; 1YDZ B; 4N7P B; 2EB9 A; 3KMF A; 1ECD A; 3O7N A; 1MWD A; 1CH1 A; 1MWC A; 3TLD A; 3GOU A; 2SPL A; 3IC0 B; 1CH3 A; 1QXD B; 2ZLX A; 1Y5J A; 2HBG A; 3MKB B; 1LH6 A; 1RQA A; 1YEN A; 2QSS B; 3VRF B; 4XDI A; 1EMY A; 5CNC A; 2H35 B; 2BWH A; 4N8T A; 2G10 A; 1V4W B; 1YMB A; 3UHD A; 4MQJ B; 3UBC A; 2M6Z A; 4LPI A; 5CNG A; 3UHW A; 1YEO B; 4O4T A; 3HC9 A; 3WFX A; 1SPE A; 1DUK A; 1A6K A; 3IC2 B; 2MGK A; 5HU6 A; 2PEG A; 1DKE A; 3K8B B; 1O1N B; 4UUR A; 3K9Z A; 1IT3 A; 1MLF A; 4YU4 B; 1Y5F B; 4FC3 A; 4O2G A; 5EUI B; 4ROL B; 1CQX A; 2Z6T A; 5CN8 A; 1XQ5 A; 2R50 A; 1Y4G A; 2V1G A; 1Y85 B; 2V1E A; 1HHO B; 3GQP A; 1V75 B; 3BCQ B; 1BBB A; 2R80 B; 3PT7 B; 2V1F A; 2ZLV A; 1D8U A; 2HBE B; 3ECZ A; 4ODC B; 1UC3 A; 2AUR A; 4MU5 A; 1Y45 A; 4F6G A; 3WCT A; 4HBI A; 2SPO A; 2AA1 A; 1N9I A; 1NEJ A; 1QI8 B; 1LFL B; 1WVP A; 1ECN A; 1Y0T B; 2HHE A; 4L7Y B; 5E29 A; 1VWT A; 1HDS B; 1LFQ B; 3HHB A; 3SZK A; 3G4R A; 3QJE A; 1J7S A; 3CIU B; 3LR9 A; 3ECL A; 1JZL A; 5D5R A; 2ZS1 A; 4YU3 B; 4M4B B; 1MOA A; 1J7Y A; 3G4W A; 3V2V A; 2ZLU A; 1Y31 B; 1Y8W A; 4H07 A; 1C7C A; 4KMV A; 1HBS A; 1RTX A; 2MGJ A; 1GBU B; 1CH5 A; 1BIN A; 2DN2 A; 1MLL A; 1MOC A; 3G52 A; 3QM6 A; 5JGG A; 1MOD A; 3BJ2 A; 3W4U A; 1YEQ A; 1YIH A; 1A0U A; 2SPN A; 1Y4F A; 4TYX A; 3R5I B; 3HYU B; 1ITH A; 1GDK A; 1B86 B; 1U7R A; 5D1V A; 2LH1 A; 3S65 B; 1G0A A; 2HHD B; 3EDA A; 1YEU A; 1JY7 A; 2H8D B; 1O1L A; 3QJD B; 1CH7 A; 3UHV A; 4WCH D; 4B4Y A; 2MYE A; 5CHR A; 3AT6 B; 1Y01 B; 1MYH A; 1J7W A; 1C40 B; 4ZVA A; 1WMU B; 1GVH A; 1R1X B; 2HHB A; 3D4X A; 1CH4 A; 1OR6 A; 5C6E A; 1MYJ A; 2DN1 B; 1Y4B B; 2GDM A; 3PI4 A; 1BZ0 A; 1Y0D A; 3WFU A; 1YZI A; 2DN3 B; 2D60 A; 1J40 A; 4IRO A; 1DUO A; 5HY8 B; 3LHB A; 3BJ1 B; 3WTG B; 3OO5 A; 4F68 A; 3FH9 A; 1MNH A; 2HBD B; 1HBR A; 3NMM B; 5CN7 A; 2BNL A; 2GKN A; 3WR1 B; 1YHR A; 2MYD A; 1IBE A; 1CO9 A; 1LFZ B; 3UH7 A; 3PI9 B; 5KDQ A; 4DWT A; 1YE0 B; 3UBV A; 1H97 A; 1ABW A; 2ZST A; 1XZU B; 1K1K B; 1DTM A; 3ODQ B; 5SW7 A; 1A9W E; 1THB B; 2ZLX B; 2D2N B; 105M A; 1MTI A; 1J3Y A; 3A5A A; 4ROM A; 1BZ1 A; 2EB8 A; 2D5Z A; 1JPB A; 1CG8 B; 1CPW A; 2VYW A; 2W72 A; 2LH5 A; 5E83 B; 1HGA A; 3SDN A; 1CH9 A; 2HBC A; 2O5O X; 2ZS0 A; 2O5M X; 2XYK A; 3OZU A; 2HZ1 A; 4O35 A; 3WHM A; 1NZ3 A; 3ARJ A; 1LHS A; 1YHU B; 1GLI A; 1CBL A; 2Z6N A; 4TWV A; 3AT5 A; 1DXD A; 1LH1 A; 1MDN A; 6HBI A; 1Y4P B; 1Y4Q B; 4HSX A; 5EV5 A; 1YMA A; 1XQ5 B; 1K0Y A; 5B84 A; 4JYQ A; 3ZJP A; 1NIH A; 3ZJI A; 5IKS A; 1OUT B; 1Y4R B; 3GQP B; 1G09 A; 1A01 A; 1V4U A; 4NXC A; 2D2N D; 3AQ9 A; 3NFE A; 1FSX B; 1JEB A; 2MGB A; 2VYZ A; 3DUT B; 4F4O A; 3HF4 A; 3S48 C; 1DXV A; 1LA6 A; 3D1K A; 4H2L B; 3WCT B; 2D2N C; 2AA1 B; 4BJA A; 3EU1 A; 4ESA A; 3QM8 A; 3NG6 B; 2HHE B; 1VWT B; 2XKH A; 4HRT B; 3HHB B; 3SZK B; 2R1H B; 3QJE B; 1RQ3 A; 1AJG A; 2ZS1 B; 1JZK A; 1J7Y B; 1MBS A; 1YHU D; 1Y8W B; 1H1X A; 3CY5 B; 3GK9 A; 2EKT A; 2AV3 A; 1XZ2 A; 1YHU C; 5ILM A; 3ZOL A; 1IOP A; 4NI0 A; 2DN2 B; 2QSP A; 5EYS A; 1Y7C A; 5JGG B; 1O1I A; 1A9W A; 4QAU A; 5KER B; 1JL6 A; 1YHE A; 2LH7 A; 1A00 A; 3QJB A; 1O1P A; 3WCP B; 3W4U B; 2BLJ M; 1YOG A; 3WCU D; 3UHK A; 3UH3 A; 2ZFO D; 1YIH B; 2R4W A; 1A0U B; 1Y0W B; 2VRY A; 2R4Y A; 1W92 A; 1DXU B; 2D2M A; 2EKU A; 2ZFO C; 1VXD A; 1FAW B; 1CMY A; 2D5X A; 5M3S A; 3WCT D; 1M9P A; 1F5P A; 1T1N A; 1YH9 A; 1SHR A; 1Y7G A; 2DHB B; 3PIA A; 3WCT C; 1PMB A; 2MGF A; 4XS0 A; 1Y7Z A; 4N7O A; 1HAC B; 1MOB A; 3DHT B; 1JP8 A; 3M38 A; 1O1O A; 2ZT1 A; 4DC7 A; 3LQD B; 1HSY A; 3GKT A; 1YE2 A; 1QSH B; 107M A; 2FAM A; 2OH9 A; 2O5T X; 2ZS1 C; 1DWS A; 1A4F A; 3LR7 A; 4U8U B; 1MNI A; 3WCW B; 1GCW A; 1LFV A; 3D4X B; 3P5Q B; 1UIW A; 3OK5 A; 3AQ6 A; 1Y0D B; 110M A; 1YVQ A; 2ZSN A; 3HRW A; 1X9F A; 1YZI B; 1N9H A; 2D60 B; 2H8F B; 1J40 B; 4KMW A; 1LH3 A; 1DM1 A; 2GKM A; 1MBN A; 1A6M A; 3VRG B; 2RI4 A; 3GKV B; 1Y8K B; 3OO5 B; 1MKO B; 1Y0A A; 1MLH A; 1HGB A; 2GL3 A; 3A0G B; 1JP9 A; 3ECX A; 1NPF A; 2FRI X; 1HDB A; 3FS4 A; 2VM0 A; 4NS2 A; 1YHR B; 3S66 A; 1IBE B; 1ASH A; 2Z85 A; 2QLS A; 5KDQ B; 1HBH A; 4KN3 A; 2GRF A; 1LFT B; 1VRE A; 1C7D A; 3IXF A; 2NRL A; 4U8U D; 4X0L A; 3WCW D; 4MQC B; 4UIQ A; 4U8U C; 3UHN A; 1MLO A; 2YRS A; 7HBI A; 3WCW C; 2O5B X; 1G9V B; 2NSR A; 5MBN A; 1J3Y B; 1KD2 A; 1O16 A; 5EE4 D; 1S56 A; 4ILZ A; 1BZ1 B; 1GZX B; 2D5Z B; 1Y46 B; 1Y8I B; 1CP5 A; 5EE4 C; 1HGA B; 4F69 A; 2MGL A; 4MQI B; 3WCV B; 4DC8 A; 1Y83 A; 1A3O A; 1IRD A; 3GYS B; 2MGH A; 1HBA A; 1RSE A; 2EVK A; 1KR7 A; 4C44 A; 3HEN A; 3WHM B; 3GLN A; 1GLI B; 1MBA A; 4N7N A; 1A3N A; 3AT5 B; 3M3B A; 2MBW A; 3O89 A; 2V1I A; 4PQC A; 1QXE B; 4G1V A; 1UX9 A; 3ZOM A; 1DLW A; 3BJ3 B; 3TM3 A; 4O1T A; 1BZP A; 1FSL A; 3A59 A; 1LFY B; 1S5X A; 3UHX A; 4C0N A; 2ZLW B; 1BUW A; 1RPS A; 1A01 B; 1V4U B; 1PBX B; 1LJW A; 1NWN A; 1MTJ A; 1Y0C B; 2HZ3 A; 1XXT A; 1XZ5 B; 5ILR A; 4F4O B; 1CIO A; 3NML A; 1LA6 B; 1FHJ A; 2GTL A; 4G51 A; 3EU1 B; 1YVT A; 1HDA B; 3MYN A; 3WCV D; 2LH6 A; 1C7B A; 3PI8 A; 3H58 A; 3QJC A; 1S0H B; 3MJU A; 4NI1 A; 3WCV C; 4SDH A; 2W6Y A; 1Y8H A; 5ILP A; 1CLS A; 2PGH A; 1XY0 A; 2MYA A; 3G46 A; 4MQK B; 3HXN A; 3R0G A; 1EWA A; 3PEL B; 2EVP A; 1XZ2 B; 1CO8 A; 1HAB A; 2VYY A; 1DO7 A; 1FN3 A; 4NI0 B; 1F63 A; 1HGC A; 3ZJO A; 1N9F A; 1YHE B; 1O1P B; 3UGZ A; 2ZSX A; 2OHB A; 3MOU A; 3ONZ A; 2ZT0 A; 4KJT A; 1COH A; 2QU0 A; 2D2M B; 2HBF A; 4M4A B; 1CMY B; 5AZQ A; 1M9P B; 1JDO A; 1YGD B; 1AJ9 A; 2VHB A; 1BVC A; 1Y5K B; 3HEP A; 1T1N B; 1SHR B; 1MLS A; 3AQ7 A; 3NL7 B; 5HLU A; 1Y7Z B; 1J3Z A; 1HCO A; 3LB4 A; 1RTE A; 1OFK A; 5JDO F; 1UFP A; 1YE2 B; 3UHH A; 1BIJ A; 1GBV A; 3DHR B; 3UHQ A; 1HJT A; 2DXM A; 1GCW B; 3LB3 A; 1MLG A; 3ZJS A; 2XKI A; 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1CQ2 A; 3KMF C; 3E5I A; 3UHS A; 1YEO A; 1BBB B; 2ZLV B; 4NK1 A; 1C7B B; 2NRM A; 1IWH A; 1MNJ A; 3IC2 A; 2QMB A; 1Y45 B; 5E6E A; 5JDO E; 1QSI A; 1NEJ B; 1Y8H B; 3K8B A; 5E29 B; 2PGH B; 3AG0 A; 1XY0 B; 2GRZ A; 4YU4 A; 2BLI A; 2XKG A; 1J7S B; 1Y5F A; 2MHB A; 3UHR A; 5EUI A; 3BA2 A; 4ROL A; 1HAB B; 2LH2 A; 1FN3 B; 1NPG A; 1MZ0 A; 1HHO A; 3TM9 A; 4ZVB A; 3BCQ A; 2R80 A; 2ZLU B; 3PT7 A; 3RJ6 A; 1C7C B; 1CH2 A; 1HBS B; 2HBE A; 4ODC A; 3ONZ B; 2WY4 A; 1COH B; 2QU0 B; 3G4Q A; 1VXE A; 1MTK A; 3AQ5 A; 2HBF B; 1QI8 A; 1GDI A; 1LFL A; 1Y0T A; 2GTL D; 4F6D A; 1AJ9 B; 3BJ2 B; 3CIU A; 3B75 A; 1YEQ B; 4FWZ A; 2GTL C; 1URV A; 1Y4F B; 1ECO A; 3VRE A; 1MWB A; 1JP6 A; 4YU3 A; 1J3Z B; 2V1H A; 3A5B A; 1Y35 A; 1DWT A; 2LHB A; 3LB1 A; 1HCO B; 2ZSZ A; 1BJE A; 1G0A B; 3PI3 A; 5B85 A; 3ZJJ A; 1YEU B; 2FRJ X; 5CNF A; 1JY7 B; 3ZH0 A; 1GBU A; 3PI2 A; 2DXM B; 1O1L B; 2WTH A; 1NXF A; 2ZS1 D; 1GCV A; 2W6W A; 2RAO B; 1VRF A; 1LTW A; 3KUO A; 1URY A; 1HV4 A; 3A5G A; 1VXF A; 1NQP B; 1DXC A; 1J7W B; 3D1A A; 3R5I A; 106M A; 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