The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
50
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sequence length |
146
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structure length |
146
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Chain Sequence |
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Characterization of hemoglobin bassett (alpha94Asp-->Ala), a variant with very low oxygen affinity
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxygen transport
|
| molecule keywords |
Hemoglobin alpha chain
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| total genus |
50
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| structure length |
146
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| sequence length |
146
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-09-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5F0B A; 3ZJJ A; 1VXG A; 1YEN B; 1HBB A; 2ZSO A; 3HYU A; 4MQI A; 1Y0A A; 2QLS A; 1UMO A; 2QSS B; 3OO4 A; 5MBN A; 5C6E A; 3QM7 A; 2W6X A; 1HBB B; 4F6B A; 1A0U A; 1HDS B; 1LHS A; 3EOK A; 2ZSY A; 3GKV A; 4NS2 A; 2D2M C; 1Q1F A; 1CG8 B; 3BJ1 A; 1HGB B; 2RAO A; 3RJN B; 3LB1 A; 1OJ6 A; 4O1T A; 2V1I A; 2BMM A; 1RQ3 B; 2MGK A; 2QFK A; 1Y4F B; 5HY8 A; 4N7P A; 1YGF B; 3ODQ B; 4NI1 B; 1H97 A; 2HBD B; 3DHR B; 2V1F A; 3D1A B; 1THB B; 3UHX A; 1A4F B; 3PIA A; 5CNG A; 1MGN A; 1UX9 A; 1Y8I B; 1F63 A; 3WTG A; 3WCP A; 3UHG A; 1LJW A; 4AVE A; 1BZ0 A; 3WCW A; 3PI4 A; 3HHB A; 5SW7 A; 3E5I A; 4GZG A; 1QSI A; 3WCW C; 2LH5 A; 1COH A; 1Y0T A; 1IT2 A; 1YEU A; 3WTG B; 5CND A; 2R80 B; 1B0B A; 3QJD B; 1C7D A; 1A01 A; 1NS9 A; 1SDK A; 2Z6N A; 2QMB B; 1NS6 A; 3ZJS A; 1LFV A; 4WJG A; 109M A; 2QSP B; 3WFX A; 2W72 A; 1Y31 A; 5EU2 A; 2ZLX B; 3PI1 A; 3MJP B; 1FN3 A; 2W72 C; 4MQC B; 2XKG A; 1S6A A; 1KFR A; 3G46 A; 1B86 A; 1MKO B; 2ZSR A; 4MU5 A; 1BUW B; 4H2L B; 1HAB B; 1BZR A; 3HEO A; 111M A; 4MQG A; 2VM0 A; 3TM3 A; 2HHE B; 1YEV B; 2V1H A; 1Y09 A; 3OO5 A; 2D5X B; 1OUT B; 1S5Y A; 110M A; 1XZ4 B; 1GLI B; 1IOP A; 2DN1 B; 1CLS B; 1UIW A; 2O58 X; 1HBR A; 3BOM A; 4YU3 A; 3ZH0 A; 1IRD B; 1RQA B; 2VLX A; 1QXD B; 2D60 A; 5KER A; 1V75 A; 5JGG A; 3ASE A; 4MXL A; 1Y0W A; 4U8U D; 3D7O B; 1UX8 A; 1MLR A; 1A0Z B; 3ZJI A; 1MYT A; 5KER B; 3OVU C; 3AQ8 A; 1O1P B; 1YFF B; 4FC3 A; 1LFQ B; 2EB8 A; 3M3A A; 1MOB A; 1YVQ B; 1JEB A; 1J3Z A; 2Z6S A; 1R1X A; 1QI8 A; 3ZJP A; 1Y0D B; 1JZL A; 1MOD A; 4G51 B; 2ZS1 D; 3KUO A; 1JEB B; 1SPG B; 2B7H B; 3OGB A; 1G0B B; 4DC8 A; 1M9P A; 1AJ9 A; 3A2G A; 2CMM A; 2SPO A; 1EMY A; 2ZLV B; 4NI0 A; 2OH9 A; 3MYN A; 3UHY A; 3FH9 B; 3LR9 A; 1WMU B; 1YE0 A; 3BA2 A; 1YH9 B; 2DC3 A; 1HV4 B; 1BVD A; 3SDH A; 1FHJ B; 1MYJ A; 3UHH A; 1X9F A; 2ZFO A; 3GQP B; 1S5X A; 3ONZ A; 1X9F C; 2ZFO C; 1HBS A; 1O1N B; 2R1H B; 5AB8 A; 1S5X B; 2HBE B; 1Y7G A; 4DWU A; 3IXF A; 4N7O B; 1O1J A; 1BIJ B; 1HDB B; 4NK2 A; 2WY4 A; 4B4Y A; 2AA1 B; 2H8D B; 2OLP A; 2HCO A; 1MLH A; 4ROL A; 3IC0 B; 4L7Y A; 3G53 A; 4ODC B; 3GQR A; 3FS4 A; 1J7Y A; 1Y5F B; 1BZ1 B; 2MGG A; 3WCV A; 1QPW A; 2ZFB A; 1C40 A; 3LB2 A; 3KUN A; 3SZK B; 1Y2Z A; 1HHO A; 1YIH A; 1BZZ A; 1J7Y B; 2ZS0 B; 3WCV B; 2V1E A; 4HRT B; 3BJ3 B; 1XZ2 A; 4L2M A; 5HBI A; 4X0L B; 2MYA A; 1D8U A; 1C7B A; 1OUU A; 1JW8 A; 104M A; 1V4X B; 2EVK A; 1NWN A; 2IG3 A; 1JY7 A; 2ZT1 A; 1LFL A; 112M A; 2V1J A; 2HBC B; 2R4Y A; 2D5Z A; 1R1Y A; 1UVY A; 3GKT A; 1UFP A; 3MKB B; 4NZI A; 1IDR A; 2D5Z B; 1MLL A; 3EU1 A; 1NGK A; 1O1M B; 1DWT A; 2R50 A; 3NMM B; 1PBX B; 3WCT D; 1JP8 A; 1HGA B; 1QSH A; 2ZSN A; 1VWT B; 2EB9 A; 4FH7 A; 1OR4 A; 3S1J A; 1CH7 A; 3DR9 A; 3GYS A; 3G4V A; 5ILP A; 1Y4R A; 2R4Z A; 3GOU B; 4DC7 A; 3MN0 A; 2DXM B; 1YHU A; 6HBW A; 1Y4P B; 4F6D A; 5E83 A; 1HGC A; 1YHU C; 1MBC A; 4ROM B; 5EE4 D; 1HRM A; 3VRF B; 3S65 B; 2PGH B; 1CP0 A; 103M A; 1XXT A; 1AJH A; 2PEG B; 2G10 A; 1XZ7 A; 1NWI A; 1Y4B A; 3DHT A; 1HCO A; 1Y7C A; 1UC3 A; 1NQP A; 2HZ2 A; 1Y4G A; 1CH9 A; 1MLM A; 3WCT B; 3DHT B; 5HLQ A; 2O5S X; 1Y85 B; 1Y45 A; 1HBH B; 3G4Y A; 3UH6 A; 5E6E B; 1YZI B; 1CH5 A; 3S66 B; 1YOG A; 3QM8 A; 1Y4Q A; 4UUR A; 4FWY A; 2D2N A; 2GRZ A; 2H8F A; 2D2N C; 1JP6 A; 2H35 A; 4MQJ A; 2MGE A; 5D1V A; 3AQ5 A; 2BNL A; 1J40 A; 2O5Q X; 5F2A A; 1BBB A; 1G08 B; 2H35 B; 2MHB A; 1YHR B; 3IA3 B; 1BJE A; 5CHR A; 1V5H A; 1ABW B; 3UHT A; 1YOI A; 5CNB A; 3MJU B; 1YHE A; 3D17 B; 1S0H B; 3ECL A; 2O5M X; 1IBE B; 1J3Y A; 1YMB A; 1NIH A; 1N9H A; 1YHE B; 1MYH A; 1N9I A; 2VYZ A; 1J3Y B; 1VRE A; 2YRS A; 4MBN A; 1XQ5 A; 3LB3 A; 2IN4 A; 3HXN B; 1Y8W A; 3QZZ A; 1Y5J B; 3P5Q B; 3UHI A; 101M A; 1DXU A; 1Y8W B; 4G1B A; 5CNE A; 1A6K A; 1YIE B; 5EOH A; 2GKN A; 1ITH A; 3HRW B; 3B75 B; 1YMA A; 3NG6 A; 1DXU B; 2GTL B; 4F4O A; 2G0V A; 1Y01 B; 1K1K A; 1MOC A; 1DLY A; 1V4W A; 2Z6T A; 2HHB A; 2G0Z A; 1N9X A; 2QU0 B; 1UVX A; 1CMY A; 3ZJN A; 2FRJ X; 1O1I A; 1NAZ A; 3WCU A; 1RPS B; 1DUK A; 1QXE B; 4MPM A; 4F6I A; 3K9Z A; 4UIQ A; 1LFZ A; 5EYS A; 1XZ5 B; 2BW9 M; 1CIK A; 3CIU B; 6HBI A; 3QM9 A; 3QJC B; 5ILE A; 1EWA A; 1IT3 A; 1YDZ A; 4WCH D; 1LH2 A; 3HYU B; 3PT8 A; 4MQI B; 1Y0A B; 2QLS B; 3A5B A; 3OO4 B; 2W31 A; 1SDL A; 1Y7Z A; 3DUT A; 1NZ2 A; 1YDZ B; 2D2M A; 5C6E B; 1ECA A; 1DLW A; 1A0U B; 2ZT3 A; 3BCQ A; 3UHQ A; 3EOK B; 3GKV B; 2RI4 A; 1GBU A; 5EQM A; 3BJ1 B; 3BCQ B; 2RAO B; 3GLN A; 1LFT A; 3LR7 A; 1RTX A; 2O5O X; 2V1K A; 4HSW A; 1MLN A; 3UI0 A; 2SPM A; 2SPN A; 1XY0 A; 4AVD A; 3BJ2 A; 1OFJ A; 5HY8 B; 3IC2 A; 4N7P B; 5JDO D; 4M4A A; 2HZ3 A; 5C6Y A; 2FAM A; 4MXK A; 3ZHW A; 2HHD A; 3PIA B; 1RVW A; 4M4B A; 2MGI A; 5IKS A; 3CY5 A; 4PQ6 A; 3WCP B; 1LJW B; 1MBA A; 1VXH A; 1BZ0 B; 3WCW B; 3HHB B; 1JDO A; 5SW7 B; 4XS0 A; 1QSI B; 1COH B; 1GDI A; 1Y0T B; 1YEU B; 1FLP A; 2W6Y A; 1XZU A; 1O1O A; 1C7D B; 1JPB A; 1A01 B; 1NS9 B; 1SDK B; 2Z6N B; 1NS6 B; 2G14 A; 1LFV B; 1JWN A; 2MYB A; 1A3N A; 3OZV A; 1MLQ A; 2DN2 A; 2W72 B; 1Y31 B; 1Y46 A; 1FN3 B; 3UBV A; 1VHB A; 2GRH A; 1MBN A; 3O7N A; 1LUE A; 1B86 B; 4MQK A; 1LHT A; 3UH7 A; 1CO8 A; 1BIN A; 3HF4 A; 1NZ4 A; 3UHC A; 3NFE A; 3AG0 A; 2GLN A; 4MQG B; 1HJT A; 2VLZ A; 3QM5 A; 3PT7 A; 1SI4 A; 3ZJL A; 1GBV A; 1DKE A; 2BK9 A; 1Y09 B; 1DXV A; 3OO5 B; 1S5Y B; 1HLB A; 3AT5 A; 2FAL A; 1UIW B; 1HBR B; 1NZ3 A; 3BOM B; 4ZVB A; 4YU3 B; 2AV0 A; 2G0X A; 4N7N A; 4NK1 A; 1LH6 A; 4TWV A; 1I3E A; 1VXF A; 2D60 B; 5AZQ A; 1V75 B; 5JGG B; 2VHB A; 1Y0W B; 1J7W A; 1YGD A; 2M6Z A; 1Y4V A; 1AJG A; 2XKI A; 2W6V A; 1J52 A; 3QM6 A; 1J7W B; 1MDN A; 4KMV A; 4FC3 B; 2O5L X; 3QJB A; 3LQD A; 2W6W A; 1G09 A; 2GNW A; 3ORD A; 3UHB A; 1BAB A; 2HBS A; 3RJ6 A; 3UBC A; 1J3Z B; 1R1X B; 1QI8 B; 1Y83 A; 1AZI A; 3W4U A; 3UHR A; 2GRF A; 3M3B A; 1TU9 A; 5MBA A; 3G4Q A; 3UHE A; 1ECD A; 1Y83 B; 1VXA A; 3UHV A; 3QMA A; 1M9P B; 3PEL A; 1AJ9 B; 4U8U A; 4U8U C; 5HLX A; 4NI0 B; 1A6N A; 3AT6 A; 1HSY A; 3ZJQ A; 1S69 A; 4KN3 A; 2HBG A; 2ZS0 D; 3WCV D; 1YE0 B; 1DXC A; 1MNI A; 2ZSX A; 3RGK A; 102M A; 1X9F B; 1Y35 A; 2ZFO B; 3V2V A; 3ONZ B; 3UHZ A; 1HBS B; 2ZS1 C; 1WLA A; 3S48 C; 2HBF A; 3ARK A; 2LH3 A; 1MZ0 A; 1Y7G B; 4JYQ A; 1O1J B; 3A9M A; 1YMC A; 2HCO B; 1Y8K A; 3R5I A; 4ROL B; 4L7Y B; 1CIO A; 2GL3 A; 1G9V A; 3GQR B; 1A00 A; 1CQ2 A; 3FS4 B; 3WFT A; 1QPW B; 1PMB A; 2ZFB B; 5AZR A; 1C40 B; 4YU4 A; 3D1K A; 3GQG A; 1Y2Z B; 1MTJ A; 1HHO B; 5ILM A; 1YIH B; 2NX0 A; 1BZZ B; 2NSS A; 1IWH A; 1LH1 A; 1XZ2 B; 3HC9 A; 1CQX A; 3UHU A; 5CN7 A; 1C7B B; 4WJG 1; 1OUU B; 1Y7D A; 1FCS A; 1YE2 A; 4FWZ A; 1V4U A; 1JY7 B; 1MBI A; 2ZLW A; 1O16 A; 1LFL B; 2ZLU A; 1WVP A; 1YHU D; 1V4U B; 2MGC A; 3PI8 A; 1T1N A; 1Y5K A; 3UGY A; 1R1Y B; 1O1K A; 1LA6 A; 1U7S A; 2MGA A; 1DXT A; 3WR1 A; 3EU1 B; 4KJT A; 3TLD A; 1OBM A; 1LA6 B; 1GCW A; 5EUI A; 2LH6 A; 3QZX A; 2MGJ A; 1QSH B; 2G12 A; 1JF3 A; 3R0G A; 1CH3 A; 3GYS B; 1Y4R B; 5EV5 A; 1YHU B; 6HBW B; 5E83 B; 2XKH A; 1HGC B; 2C0K A; 3UHW A; 3OJ1 A; 1MTK A; 2LH7 A; 1YVT A; 2SPL A; 1Y22 A; 1FAW A; 4O4T A; 3E55 A; 2DHB A; 4HRR A; 5HU6 A; 2WTH A; 1XXT B; 3A59 A; 2MGH A; 1FAW B; 1XZ7 B; 1Y4B B; 1HCO B; 4F6J A; 2ZWJ A; 1Y7C B; 1MLK A; 1CP5 A; 1NQP B; 1MOA A; 1Y4G B; 1MLS A; 1NXF A; 1HBG A; 2MYD A; 3WCT C; 1Y45 B; 4HHB A; 3EDA A; 1FSX A; 3VRG A; 3PI2 A; 1F65 A; 2OHB A; 1MNH A; 1Y4Q B; 3VRG B; 4JAC A; 2D2N B; 4MQH A; 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1CG8 A; 1V9Q A; 1HGB A; 1CH1 A; 1YOH A; 3OZW A; 1RQ3 A; 1HBA A; 2RI4 B; 1MWB A; 1GBU B; 3WI8 A; 2FRI X; 7HBI A; 1Y4F A; 1LFT B; 2MGD A; 1YGF A; 4MBA A; 4MAX A; 1HBA B; 3ODQ A; 4NI1 A; 3ZOL A; 2HBD A; 3DHR A; 5B84 A; 1XY0 B; 3D1A A; 1FSL A; 3ARJ A; 1THB A; 3BJ2 B; 3VAU A; 2MGB A; 1URV A; 3IC2 B; 4M4A B; 1A4F A; 4B3W A; 3MYM A; 2R4X A; 1Y8I A; 1MYZ A; 5CHQ A; 1M6M A; 2HHD B; 1MYG A; 1CH2 A; 1ABS A; 1RVW B; 4M4B B; 3CY5 B; 3G4R A; 3G4W A; 2R4W A; 5CN8 A; 1MCY A; 2R80 A; 1RTE A; 3UHN A; 4XS0 B; 3HEN A; 3QJD A; 1YCB A; 2QMB A; 2VEB A; 2VYY A; 1XZU B; 2QSP A; 1O1O B; 2AUQ A; 5CN5 A; 4NXC A; 1CO9 A; 2ZLX A; 3MJP A; 4MQC A; 5JDO C; 1A3N B; 2GKM A; 2DN2 B; 1MKO A; 1BUW A; 4H2L A; 1HAB A; 1Y46 B; 3GDJ A; 3UGZ A; 1A3O A; 1C7C A; 3E5O A; 4MQK B; 3OK5 A; 2HHE A; 3GDJ B; 1YEV A; 3HF4 B; 1A3O B; 3NFE B; 2ZT0 A; 4OOD A; 1UFJ A; 2ZSP A; 2D5X A; 1C7C B; 1OUT A; 3OZU A; 1MLF A; 1XZ4 A; 1GLI A; 2DN1 A; 1CLS A; 3PT7 B; 1SI4 B; 2AUO A; 1M6C A; 1GBV B; 1DKE B; 1DXV B; 3SDN A; 3QQR A; 1MYI A; 1IRD A; 3HEP A; 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