The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
56
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sequence length |
146
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structure length |
146
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Chain Sequence |
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Characterization of hemoglobin bassett (alpha94Asp-->Ala), a variant with very low oxygen affinity
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxygen transport
|
| molecule keywords |
Hemoglobin alpha chain
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| total genus |
56
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| structure length |
146
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| sequence length |
146
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-09-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YE2 B; 4DWU A; 2ZSP A; 4OOD A; 3MOU A; 6HBW B; 1DUK A; 2QU0 A; 2DN2 B; 1FCS A; 1MOH A; 1Y45 A; 5EET A; 1CH7 A; 1MLK A; 1X9F C; 2W72 C; 5CN4 A; 3EDB A; 1MLL A; 1MLJ A; 3DHT B; 2G3H A; 1DUO A; 1JWN A; 1BAB B; 4B3W A; 1A4F A; 1J3Z B; 1MTJ A; 2IG3 A; 1RPS A; 1Y0D B; 1CQX A; 3WCT B; 1PMB A; 3WCP B; 3CY5 A; 2ZSZ A; 3VRE A; 1UIW B; 2DHB A; 3HF4 B; 1HV4 B; 1NAZ A; 1CH5 A; 4KJT A; 2QSS A; 1DO7 A; 1B86 B; 3UH3 A; 3BCQ B; 4WJG A; 1JZK A; 1YHR B; 3MYM A; 1G0A B; 2DN2 A; 2ZLW B; 5ILE A; 2O5O X; 1UFJ A; 1A6M A; 4MAX A; 1DLY A; 4OF9 A; 1JF3 A; 3DHT A; 2ZFO C; 5D1V A; 1BZP A; 1BAB A; 1S56 A; 3PI3 A; 3HHB A; 4U8U C; 1J3Z A; 2HZ1 A; 1EMY A; 5MBA A; 3UHV A; 3WCT A; 4O35 A; 1H97 A; 1BZ6 A; 1X9F D; 1A6N A; 2OH8 A; 1UIW A; 1MTK A; 3HF4 A; 1HV4 A; 3QM9 A; 3GQR B; 1JL7 A; 3KUN A; 1GBU B; 3HRW A; 1B86 A; 3BCQ A; 2AV3 A; 3TLD A; 2LH3 A; 3A2G A; 5CNB A; 1YZI B; 1YHR A; 2NRM A; 3ZOM A; 4MQH B; 1MCY A; 5KDQ B; 1YHU A; 1URV A; 1YMA A; 1ABY B; 5HU6 B; 2MYC A; 1O1N B; 1YFF A; 1URY A; 1Y8I B; 3VAU A; 1OUU B; 2HZ3 A; 2D2M D; 4MQJ B; 3PI9 A; 1NEJ B; 2D2N A; 2SPN A; 1CP0 A; 4IT8 A; 1GDK A; 1YCB A; 2ZT3 A; 1HBR A; 1COH B; 3UHY A; 2FAL A; 3MYN A; 3ZJS A; 1J40 B; 1SHR B; 2ZFO D; 1RQ3 A; 1XZ2 B; 1GDI A; 4F6G A; 1QPW A; 2V1J A; 2C0K A; 3PIA B; 3GKV A; 2WTH A; 2NSS A; 3G52 A; 1YZI A; 3A59 B; 3NML A; 4MQH A; 4L7Y B; 3B75 B; 4FC3 B; 2XYK A; 1VXG A; 3ARJ A; 3GYS B; 1KD2 B; 1Y4P B; 1A9W A; 1ABY A; 5HU6 A; 1HGC A; 4O1T A; 2QFN A; 3ASE A; 1LH7 A; 2ZLX B; 2EB9 A; 2FRK X; 3RGK A; 3MJP B; 5JOM A; 3WCW A; 3QZX A; 2MGG A; 1NEJ A; 1RSE A; 1HSY A; 1S0H B; 2GLN A; 1HDA B; 1COH A; 5JGG B; 1Y5J B; 1QXE B; 1MYG A; 1LHS A; 1HBH B; 3WCT C; 1Y7D B; 1J52 A; 3QM8 A; 3PIA A; 1O1O B; 1DXU B; 1DXT A; 1YOH A; 1RQA B; 3VHB A; 4B4Y A; 3R5I A; 5HY8 B; 1NXF A; 1O1L B; 3B75 A; 1VXC A; 4F6J A; 1BZ0 B; 5CN6 A; 1KD2 A; 1V9Q A; 3O7N A; 3EDA A; 3D1K B; 3UHQ A; 2WTG A; 3MJU A; 1NWN A; 1D8U A; 1LH5 A; 1YEQ B; 112M A; 2H8F B; 1MBS A; 3MJP A; 3MKB B; 2MGE A; 1IT2 A; 1K0Y B; 3UHC A; 1S0H A; 3O89 A; 4XDI A; 1X3K A; 2ZST A; 4YU3 B; 107M A; 1S69 A; 1IWH B; 2ZLU B; 3AT6 B; 5JGG A; 1MBI A; 3LQD B; 2HBC B; 1Y5J A; 1YEO B; 1CPW A; 1Y83 B; 2Z8A A; 2G11 A; 3ZH0 A; 1HBH A; 2G10 A; 1XZV A; 104M A; 1GDL A; 1OFJ A; 1DXU A; 1HBB B; 1RQA A; 1EBC A; 1YDZ A; 5HY8 A; 3BJ3 B; 1G08 B; 4TYX A; 3H57 A; 3ZJL A; 1J7Y A; 2O5S X; 3D1K A; 5ILP A; 1EWA A; 3LR7 A; 5KKK A; 3SZK A; 1YEQ A; 2H8F A; 3FS4 B; 1J41 B; 3MKB A; 2VYZ A; 1IDR A; 1HGA B; 3WFX A; 5CNC A; 1K0Y A; 1Y4G B; 3ECZ A; 1Y0T B; 2ZT0 A; 3G4R A; 1Y35 B; 1UFP A; 1OUT B; 1YG5 B; 2RI4 B; 3PI2 A; 2ZLU A; 2Z85 A; 1XY0 B; 3A9M A; 3AT6 A; 3ECX A; 3LQD A; 1YEO A; 1Y83 A; 2SPM A; 1YGD B; 3D1A B; 2BLH A; 5CN9 A; 1DXC A; 4X0L B; 1A01 B; 1C40 B; 2LH2 A; 2AUO A; 2H8D A; 1Y0A A; 2ZWJ A; 3AQ9 A; 1HBB A; 4VHB A; 3NFE B; 4HSX A; 3BJ3 A; 1DWR A; 2H35 B; 1OR6 A; 2OIF A; 4MQI B; 1L2K A; 5HLX A; 3ZJH A; 3UHT A; 1CH2 A; 2QLS B; 1LH1 A; 3P5Q A; 5ILM A; 1MLU A; 3FS4 A; 1HAB B; 2QMB B; 2D6C A; 1SI4 A; 4UZV A; 1LFT B; 3GQG B; 1Y85 A; 1Y4G A; 2G14 A; 1Y0T A; 2GRH A; 5MBN A; 2EF2 A; 3WCU B; 3K9Z A; 1OUT A; 3OO4 B; 1AJH A; 2RI4 A; 1FHJ A; 3ODQ B; 1M9P A; 3UH5 A; 3PI8 B; 1YGD A; 2ZSN A; 3D1A A; 1ABW B; 4NI1 B; 4X0L A; 1A01 A; 5KER B; 1MOD A; 1C7B B; 1UMO A; 2ZLV B; 2GRZ A; 1CH4 A; 3ECL A; 4PQB A; 1Y2Z B; 2O5T X; 1BJE A; 2H35 A; 1YMB A; 1LH3 A; 1V4X A; 3ZJO A; 2MYA A; 5JDO F; 3G53 A; 4MQI A; 3UGZ A; 4NXC A; 3S65 B; 5HBI A; 1JL6 A; 2ZSQ A; 3PT8 B; 1F5O A; 2QLS A; 3OJ1 A; 1HAB A; 1JP6 A; 2VRY A; 2QMB A; 2QSP A; 2R4Y A; 5HLQ A; 1LFT A; 1N9I A; 1VXF A; 5E6E A; 2V1E A; 3WCU A; 2VLZ A; 2PEG A; 3WR1 B; 1I3E A; 1MOB A; 3UBV A; 1XXT B; 1A3N B; 3PI8 A; 4NI1 A; 5KER A; 1SDL A; 1C7B A; 2ZLV A; 4AVE A; 7HBI A; 3OZW A; 3QM6 A; 3AQ5 A; 1Y2Z A; 2G0S A; 2O5M X; 5CNE A; 3K3U A; 1VXH A; 3M3A A; 2GTL B; 3GDJ A; 2BKM A; 2RAO A; 1CQ2 A; 2MGH A; 1BIJ A; 2DN3 A; 2ZSO A; 2MBW A; 1CG8 B; 1CP5 A; 1UVX A; 1C7C A; 1NGK A; 2MHB B; 5EU2 A; 3D7O A; 1HBI A; 3AQ6 A; 3WR1 A; 1Y0W B; 3UHK A; 4YU4 B; 2R80 B; 1O1P B; 1XXT A; 4M4B B; 1A3N A; 1DO3 A; 1MBD A; 4N7N A; 3UHI A; 1BIN A; 1HHO A; 4F4O A; 1HDB A; 1VRF A; 4O2G A; 3HHB B; 1Y7G A; 3PT7 A; 3ZJQ A; 3NL7 B; 1AZI A; 1V5H A; 2GNV A; 1Y4Q B; 2GTL A; 3WCV B; 1BUW B; 3UGY A; 1WLA A; 2O5Q X; 3FH9 B; 2LH6 A; 3AQ7 A; 1CG8 A; 2XKH A; 3HRW B; 1UVY A; 2EKU A; 3UHW A; 1MNJ A; 1YH9 B; 2MHB A; 4ROM B; 1YHU B; 1Y0W A; 4YU4 A; 1MLS A; 2PGH A; 1ECN A; 2R80 A; 1J3F A; 1O1P A; 1JPB A; 1KFR A; 3G4Y A; 4M4B A; 1YFF B; 3ONZ A; 2ZS1 D; 5CHR A; 1LJW B; 2V1G A; 1A0Z A; 1VWT B; 3PI9 B; 1RVW B; 2D2N B; 1F65 A; 2KSC A; 1GCW A; 3NL7 A; 1XZ5 A; 1HBR B; 1Y4Q A; 3WCV A; 2MYD A; 1BUW A; 1CMY A; 1YEV B; 4PQ6 A; 3FH9 A; 1RQ3 B; 3LB3 A; 1QPW B; 4N7O B; 1MBC A; 3ZJI A; 1CH1 A; 3KUO A; 1LFL B; 1MLM A; 1YH9 A; 3GKV B; 3GOU B; 3LB2 A; 2VHB A; 1Y4B A; 1Y8W A; 1A9W E; 1IRC A; 4ROM A; 3OGB A; 1YMC A; 1PBX B; 1IOP A; 3HEP A; 2ZS0 A; 1NPF A; 1DXV B; 2HBE A; 1GLI B; 2FRJ X; 1HGC B; 1MKO B; 1MWB A; 1YE0 B; 1LJW A; 1R1Y A; 4ESA B; 1VWT A; 1YIH B; 1Y46 B; 1LUE A; 3NG6 B; 3WCW B; 1RVW A; 5CNF A; 3E5I A; 4G1B A; 2O58 X; 3WTG B; 4DC8 A; 3A5A A; 3QM5 A; 3ARL A; 3OZU A; 3IC2 B; 1UT0 A; 2XKI A; 3UHS A; 2NX0 A; 3A0G B; 2SPL A; 4ZVB A; 3QJD B; 1YEV A; 1WMU B; 1GCV A; 3OVU C; 4ZVA A; 4N7O A; 2GTL C; 2G0R A; 1NS6 B; 1LFL A; 1DXT B; 3GOU A; 3VRG B; 4U8U D; 1BZR A; 1FDH G; 3R5I B; 2ZSS A; 4WJG 1; 1AJ9 B; 3EOK B; 1YOI A; 1N9H A; 3IC0 B; 4HBI A; 1GVH A; 1PBX A; 1VXE A; 2BW9 M; 110M A; 1DXV A; 1HBA B; 1V07 A; 3MJU B; 1GLI A; 2V1I A; 4MBA A; 2MYB A; 1MKO A; 4AVD A; 1YE0 A; 4ESA A; 1YIH A; 1Y46 A; 2MGB A; 3AT5 A; 1HAC A; 3NG6 A; 4DWT A; 1Y5K B; 3WTG A; 2VLY A; 1IT3 A; 3G4Q A; 1OR4 A; 1XQ5 A; 1OJ6 A; 3IC2 A; 2OH9 A; 3IXF A; 3A0G A; 1XZU B; 1MLQ A; 3QJD A; 1WMU A; 2V1K A; 1XZV B; 1CBL A; 1FN3 B; 3WCV C; 1QSI B; 1NS6 A; 2EKT A; 3VRG A; 1YDZ B; 1Y7Z B; 1DM1 A; 4NZI A; 1AJ9 A; 3EOK A; 3PI4 A; 1J7Y B; 3IC0 A; 2ZT4 A; 4KMW A; 3KMF A; 1HBA A; 2ZSY A; 3D4X A; 3VRF B; 4F68 A; 1LFZ B; 1YHU C; 3SZK B; 3PEL B; 5IKS A; 3RJ6 A; 5EV5 A; 1G09 B; 5AZQ A; 1CH3 A; 3UHH A; 1Y5K A; 1R1X B; 4F6F A; 3HEO A; 2Z6S A; 1NQP A; 2D2N C; 1G9V B; 3MBA A; 1HCO B; 2EVP A; 6HBI A; 3UHR A; 1XZU A; 5ILR A; 1SDK B; 5EQM A; 3S1I A; 2H8D B; 3TM9 A; 1Y0A B; 1A00 B; 1FN3 A; 3QM7 A; 1A3O A; 1LFQ A; 1MNO A; 1QSI A; 4F69 A; 1Y01 B; 1Y7Z A; 1V4W B; 4NK2 A; 4TWU A; 1XZ4 A; 1FSX A; 1DWS A; 1H1X A; 1A6G A; 2FRI X; 3VRF A; 1LFZ A; 3WCT D; 2V1F A; 1A0U A; 3P5Q B; 3PEL A; 4FH7 A; 1JY7 A; 3UHX A; 1G09 A; 2MGF A; 4MPM A; 2D60 B; 1SI4 B; 1YHE A; 1R1X A; 1Y85 B; 3HEN A; 1MYJ A; 2OLP A; 2E2Y A; 1O1I B; 1FHJ B; 5EOH A; 3WCW C; 1DKE A; 2GL3 A; 3ORD A; 4G51 B; 4ILZ A; 4KN3 A; 1MLH A; 5AB8 A; 1G9V A; 1M9P B; 1HCO A; 2HHD B; 2R1H A; 1SWM A; 1YHU D; 1SDK A; 1O1K B; 5HLU A; 1A00 A; 1CLS B; 1LA6 A; 1Y5F B; 3UHG A; 2ZFB B; 1O16 A; 1MLF A; 2LH1 A; 1V4X B; 1V4W A; 1Y8H B; 1MBA A; 3LB1 A; 1V75 B; 1LTW A; 2D2N D; 3A5B A; 1MLG A; 5E83 B; 1JDO A; 5EE4 C; 3ZJM A; 1MYT A; 1Y4F B; 2ZSX A; 3KMF C; 2QSP B; 2D60 A; 2MGL A; 1Y09 B; 5E6E B; 1O1I A; 2D2M B; 4NI0 B; 1S5X A; 4QAU A; 1UX9 A; 2PEG B; 1F63 A; 4G51 A; 1Y4R B; 3DUT B; 1ECD A; 1HDS A; 2HHD A; 1NZ2 A; 4PNJ A; 1LH2 A; 1O1K A; 1MLR A; 2W72 A; 1SDL B; 1CLS A; 2R4X A; 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1M6C A; 1WVP A; 2ZT1 A; 1A0Z B; 1T1N B; 4N7P B; 5B85 A; 2MGI A; 1KR7 A; 1SPE A; 3AQ8 A; 1GCW B; 1IBE B; 2B7H A; 4MQG B; 1GBV A; 3NMM A; 2VEB A; 3HC9 A; 3HYU B; 1XZ5 B; 1BBB B; 1TES A; 2ZLT A; 3QJC A; 4MQC A; 3GQP A; 1CMY B; 2D5Z B; 3G4W A; 5EUI B; 1XZ7 A; 3M39 A; 3QQQ A; 2GDM A; 3BJ2 A; 2G0V A; 2Z6N B; 3CIU A; 3G4U A; 1DWT A; 3QJB B; 4O4Z A; 1Y4B B; 2BLJ M; 1Y8W B; 4HHB A; 1MNI A; 1Y0C A; 5JDO D; 1RQ4 A; 1K1K A; 2SPO A; 111M A; 108M A; 1O1M B; 3UI0 A; 4F6I A; 2ZS0 B; 2HBE B; 1YE2 A; 1XYE B; 1SPG B; 2D2M C; 2FRF A; 2O5B X; 2R4Z A; 3WCU C; 1LFV A; 1OBM A; 2QFK A; 1YOG A; 6HBW A; 1R1Y B; 1N9F A; 3E4N A; 1T1N A; 4N7P A; 2IN4 A; 1J7W B; 2GKN A; 4HRT B; 1IBE A; 3S1J A; 4MBN A; 4MQG A; 3HYU A; 3UHU A; 1BBB A; 3ZHW A; 1GDJ A; 1A6K A; 1MNH A; 2D5Z A; 5F0B A; 1GCV B; 5EUI A; 1N9X A; 1Y0D A; 2Z6N A; 1DXD A; 3QJB A; 2VEE A; 4N8T B; 3WCP A; 3ZJP A; 2R50 A; 1HBS B; 3QQR A; 2VYY A; 4NXA A; 2HBF B; 4L2M A; 5CNG A; 1O1M A; 1NIH B; 1NZ3 A; 1XYE A; 3A5G A; 1SPG A; 4KMV A; 1G0A A; 2ZLW A; 3AT5 B; 1J7W A; 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