The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
54
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sequence length |
142
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structure length |
142
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Chain Sequence |
HWTSEEKQYITSLWAKVNVGEVGGEALARLLIVYPWTQRFFASFGNLSSANAILHNAKVLAHGQKVLTSFGEAVKNLDNIKKTFAQLSELHCEKLHVDPENFKLLGNILIIVLATHFPKEFTPASQAAWTKLVNAVAHALAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystallization and preliminary X-ray diffraction study of hemoglobin D from the Aldabra giant tortoise, Geochelone gigantea.
pubmed rcsb |
| molecule keywords |
Hemoglobin D alpha chain
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| molecule tags |
Oxygen storage/transport
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| total genus |
54
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| structure length |
142
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| sequence length |
142
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-12-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3WCV D; 4KMW A; 1CLS B; 3E55 A; 2OHA A; 4MQC B; 2Z6S A; 2HCO B; 4KJT A; 3ORD A; 2WTH A; 2ZS0 C; 5CN5 A; 3E4N A; 2HHB B; 2XKG A; 2VYW A; 1XZ5 A; 2W6X A; 3QZX A; 4MXK A; 2AV3 A; 1XZ5 B; 3FH9 A; 1HGC B; 1OR6 A; 1MBD A; 1FDH G; 1AJG A; 4HBI A; 1LH3 A; 1HHO B; 1NXF A; 1QPW B; 2ZS1 D; 2MGG A; 3E5O A; 5CNC A; 3NML A; 1FSX A; 3OZW A; 5CNB A; 3UHT A; 1X9F B; 1UMO A; 1Y5K A; 1GZX B; 1YOI A; 4X0L A; 1Y5K B; 3PI4 A; 2D60 A; 4X0L B; 2RAO A; 1A6M A; 3B75 A; 4NK1 A; 3LB4 A; 5CNE A; 1L2K A; 3ZHW A; 2FAL A; 1XYE B; 2EB8 A; 4DWT A; 4F6J A; 1YDZ B; 3SDH A; 1O1P A; 3VRE B; 1EW6 A; 4MQJ B; 5CMV A; 1XZV B; 1O1P B; 1MBC A; 1O1I A; 4ROL A; 1IRC A; 1S69 A; 3QM8 A; 1Y4B A; 1M6C A; 1O1I B; 1DM1 A; 1HGB A; 1YVQ A; 1BZ1 B; 1IDR A; 1Y4B B; 2ZST A; 3AQ5 A; 1RQ4 B; 3WCU B; 1JEB A; 1F65 A; 3A9M A; 3M38 A; 2BWH A; 3BOM A; 3GQG A; 1MWC A; 2D2N A; 1DKE B; 3BOM B; 1DUK A; 1SPE A; 1MBI A; 3UGY A; 2D2M C; 1QI8 A; 4O2G A; 1Y4F A; 2O58 X; 106M A; 2RI4 A; 3QQR A; 1JY7 A; 5HLU A; 2RI4 B; 1BUW B; 5CHR A; 1IWH B; 1JY7 B; 2EKT A; 4UUR A; 3HXN A; 1SDL A; 2YRS A; 2FRJ X; 2V1J A; 1YMB A; 1SDL B; 3A0G A; 3ZOL A; 2HBS B; 2MGB A; 1C7B A; 111M A; 1OUU A; 1J3Y B; 4OOD A; 1SI4 A; 1A01 B; 3D4X A; 1D8U A; 1VXA A; 5ILR A; 3PIA A; 3PT7 A; 2HBF B; 1HV4 B; 3PIA B; 4JYQ A; 4XDI A; 3PT7 B; 1VXH A; 1Y8K A; 1GBU A; 3OJ1 A; 1HAB A; 1DO1 A; 1J41 A; 2QLS A; 1Y8K B; 1O16 A; 3NG6 A; 1HAB B; 1VRF A; 3LB1 A; 3HEP A; 2SPL A; 4H07 A; 1VHB A; 2V1F A; 1LH5 A; 2ZLT A; 1QSH A; 2ZLT B; 3DHR B; 5CNG A; 1UX9 A; 1BZ6 A; 5AZQ A; 4M4A A; 3FS4 A; 3WCT D; 4YU4 B; 2QMB A; 2BMM A; 3WHM A; 3IC2 A; 1NEJ A; 1QSI A; 3WCP B; 2EVK A; 2GTL B; 2M6Z A; 3IA3 B; 3QJB B; 1QSI B; 3GK9 A; 3AT5 B; 3AQ9 A; 2MBW A; 2ZSR A; 5C6E B; 1O1N A; 1Y8H A; 3ZJQ A; 1LH6 A; 1Y7C A; 1O1N B; 1Y8H B; 3GQR A; 1JWN A; 1MWB A; 3VAU A; 1LJW A; 3GQR B; 5EE4 C; 1S56 A; 2H8D A; 1YEV A; 2G0S A; 4SDH A; 1CH2 A; 1YOG A; 1HBI A; 1G0B A; 2ZFO A; 2ZS1 C; 4ODC A; 4TYX A; 2DXM B; 1G0B B; 3UH7 A; 2HBG A; 3DUT A; 3ZJH A; 4PQ6 A; 3PT8 A; 4VHB A; 3OVU C; 1DUO A; 1BZ0 A; 4N7N B; 3QJD A; 4L2M A; 1BZ0 B; 1YG5 B; 5AB8 A; 3QJC A; 4N7P A; 2ZSO A; 3G46 A; 1PBX B; 1LA6 A; 1CP5 A; 2D5X B; 1YHU A; 4NI0 B; 5ILM A; 5JDO D; 2ZS0 A; 1OJ6 A; 2ZS0 B; 3GKV B; 2BKM A; 2MGM A; 1Z8U B; 4NXA A; 3G52 A; 3M3A A; 1MLL A; 3CIU A; 2LH7 A; 3S1J A; 3LR7 A; 1MOC A; 3M3B A; 1YHE B; 2GKM A; 2H8F A; 4HRT A; 1I3D A; 4U8U C; 2H8F B; 4HRT B; 1GCW A; 1QXE B; 3V2V A; 1Y8I B; 1GCW B; 2QSP A; 5SW7 A; 3GOU B; 1LH1 A; 2ZFB A; 3UHI A; 5SW7 B; 1LFQ B; 1BZZ B; 2ZFB B; 2DN3 B; 2D2N C; 3QM5 A; 2PGH B; 1JDO A; 3CY5 A; 6HBI A; 2QU0 A; 5CN6 A; 3OO5 A; 2QU0 B; 4O1T A; 1BBB B; 1RPS A; 1V4U A; 3UHD A; 3MKB A; 1XXT B; 2ZSX A; 1HDS A; 4NZI A; 1CMY B; 1Y45 A; 2MYE A; 2SPO A; 1UVX A; 3W4U B; 1MYZ A; 1XZU A; 1GDK A; 3QZZ A; 1Y09 A; 2VYZ A; 1RQ3 A; 1HBH A; 1MBO A; 1H97 A; 1Y7Z B; 1HBH B; 1H1X A; 4ESA B; 1C40 B; 1Y31 B; 1HGA A; 1CH9 A; 1RVW B; 2FRK X; 1LFZ A; 2GRZ A; 4MPM A; 1N9H A; 1A3O A; 1Y4P B; 1MLH A; 1A3O B; 2D2M A; 3D1A B; 2D2M B; 1BVC A; 1LFL A; 2XYK A; 3LB3 A; 1XZ7 A; 5E6E B; 1LFL B; 1FAW B; 1XZ7 B; 3WCW D; 1Y4Q B; 3S1I A; 5C6Y A; 1YIH A; 4HRR B; 3MJP B; 1J7W A; 1YIH B; 2BLJ M; 3UHG A; 4PQC A; 2G0R A; 1BAB A; 1CH1 A; 1N9I A; 2MHB A; 2O5O X; 1NZ2 A; 2R4Z A; 3HRW B; 2ZSS A; 3A5G A; 1J7S B; 1Y83 B; 3PI8 A; 1Y22 A; 1LTW A; 4HSW A; 2HHD A; 3EOK B; 5MBA A; 2HHD B; 3KUN A; 4O4T A; 2DHB A; 4XS0 A; 1V75 A; 3RGK A; 1LFV A; 4TWV A; 2DHB B; 104M A; 1IT3 A; 1UIW B; 4FWX A; 3HYU B; 1MLN A; 2HZ1 A; 3D17 A; 1IOP A; 1Y0T B; 1KR7 A; 2O5B X; 3BJ2 B; 1MBS A; 1EMY A; 1Y46 A; 3AT6 B; 2LH5 A; 1O1K A; 2ZFO C; 3ZJI A; 4NI1 B; 1A6K A; 1YCA A; 1MWD A; 1HBA A; 1YEO A; 3DHT B; 1Y0W A; 1DLY A; 4WJG A; 1HBA B; 1THB B; 2BW9 M; 1Y0W B; 5KDQ B; 2DN1 A; 1JF3 A; 2FRF A; 1S5Y A; 1BZP A; 1UX8 A; 5JDO C; 1G08 B; 2VEB A; 5E83 B; 4ROM B; 1YH9 A; 4C44 A; 1DXV B; 1S0H A; 5F2A A; 1HAC B; 1YZI A; 1MOH A; 1YH9 B; 2V1H A; 1U7S A; 1S0H B; 1MYI A; 3SZK B; 5EYJ A; 1HBG A; 4WJG 1; 1QXD B; 2R4Y A; 1Y35 A; 1YHU C; 1F63 A; 1HLB A; 5D1V A; 1C7C A; 2ZS1 A; 1JP9 A; 1CQX A; 2CMM A; 1UFP A; 2MGL A; 3ZJL A; 4O35 A; 3WFX A; 3UI0 A; 3FH9 B; 1R1Y A; 3E5I A; 1AJ9 A; 2HBD A; 1WMU A; 3WTG A; 1R1Y B; 5EOH A; 1AJH A; 1NZ3 A; 1AJ9 B; 5F0B A; 2HBD B; 2O5M X; 1VXB A; 5E29 A; 3NL7 A; 3QM6 A; 2G12 A; 3NL7 B; 1YMA A; 4ILZ A; 4M4B A; 1FSX B; 1YFF A; 1SPG A; 4LPI A; 4M4B B; 3RJN B; 1YFF B; 3ZOM A; 1B86 A; 1WVP A; 1R1X A; 3VHB A; 4HSX A; 1EBC A; 1B86 B; 2GRH A; 4OF9 A; 3ONZ A; 6HBW A; 1HDA A; 1NAZ A; 1NIH A; 3BA2 A; 3ONZ B; 2AUR A; 3HEO A; 2D60 B; 2Z6N A; 3EU1 A; 1CQ2 A; 2RAO B; 2O5Q X; 2XKH A; 3A2G A; 3B75 B; 1J3Z A; 3UHR A; 4HHB A; 4MU5 A; 1CIO A; 4H2L A; 3K8B A; 1GBV A; 2BK9 A; 1N9F A; 1Y2Z A; 2LH3 A; 4H2L B; 1GBV B; 1DWS A; 1NGK A; 4ZVB A; 4U8U A; 1Y2Z B; 1NZ5 A; 2G11 A; 1X9F D; 4U8U B; 4ROL B; 1HGB B; 1YVQ B; 1MTK A; 2MGF A; 1JEB B; 1F5P A; 3IXF A; 3GQG B; 3VRF A; 2D2N B; 4F6G A; 3VRF B; 1QI8 B; 1W92 A; 1Y4F B; 1YEU A; 1DXD A; 1HLM A; 3A59 A; 2V1I A; 1X3K A; 4FC3 A; 3R5I A; 3HXN B; 1GDL A; 1CG5 A; 1VXG A; 3GDJ A; 4GZG A; 1KFR A; 2OIF A; 2YRS B; 1A00 A; 7HBI A; 3A0G B; 1GDI A; 3S66 A; 3WCU D; 2NSS A; 2ZLX A; 2OLP A; 1DTI A; 2HBC A; 1DXT A; 1C7B B; 2GNV A; 1YVT A; 2ZLX B; 2EVP A; 1OUU B; 5KKK A; 1SI4 B; 1DTM A; 2AUP A; 3IC0 A; 2NRM A; 1FN3 A; 2AA1 A; 1V4X A; 3D4X B; 2D6C A; 1V4X B; 2ZSN A; 1X46 A; 5CN4 A; 5EUI A; 1ECD A; 1DO7 A; 1FHJ A; 3D1K A; 2PEG A; 1GBU B; 1XQ5 A; 2QLS B; 1J41 B; 3GYS A; 2DN2 A; 1FHJ B; 2HZ2 A; 3NG6 B; 3GYS B; 1KD2 A; 4MQG A; 2LH2 A; 3D7O A; 4MQG B; 1N9X A; 5JDO E; 1YEN A; 2R4X A; 105M A; 1QSH B; 1FSL A; 1V5H A; 1MLJ A; 1A9W E; 2GNW A; 1HDB A; 3WFT A; 3G4Y A; 1MOB A; 1MOA A; 3U3E A; 4MQK A; 3WCV C; 2ZT1 A; 3FS4 B; 4M4A B; 1YCB A; 2QMB B; 3ODQ A; 3WHM B; 3IC2 B; 2R1H A; 3UHQ A; 1NEJ B; 2R1H B; 2M6Z B; 1J7Y A; 3H57 A; 1SWM A; 1IRD A; 1J7Y B; 5HY8 A; 3BJ1 A; 1BJE A; 4UIQ A; 3BJ1 B; 3MYN A; 1Y7C B; 5CN8 A; 1TES A; 3WR1 A; 1LJW B; 5HU6 A; 1OBM A; 5AZR A; 2H8D B; 1MLO A; 1YEV B; 1MLF A; 3G4V A; 4PNJ A; 1ITH A; 4MQH A; 1C7D A; 4FH6 A; 1YHR A; 2QRW A; 2ZFO B; 4ODC B; 3PI9 A; 1MZ0 A; 2GTL D; 1CH7 A; 2W72 C; 3DUT B; 4FWY A; 1UT0 A; 1HCO A; 3PT8 B; 2G10 A; 1M9P A; 3ZJN A; 1Y0C A; 3QJD B; 4PQB A; 2BLH A; 1LHT A; 1Y0C B; 1J52 A; 1VRE A; 1Y8W A; 3G4U A; 1F5O A; 1MTJ A; 2V1K A; 3QJC B; 2IG3 A; 1A9W A; 1MKO A; 4MBA A; 4G1V A; 2B7H A; 4N7P B; 1A0Z A; 1YGF A; 3BJ3 A; 3ZH0 A; 1DO3 A; 3UHX A; 1YGF B; 1LA6 B; 4MQI A; 107M A; 1YHU B; 1X9F C; 3MOU A; 1Y7G A; 2ZT0 A; 1FCS A; 1CP0 A; 2MYD A; 1IBE A; 2G3H A; 1RSE A; 3ZJO A; 1O1O A; 1O1L A; 1BZR A; 1O1J A; 3CIU B; 3NMM A; 3TM3 A; 1G9V A; 1G9V B; 2QFK A; 2E2Y A; 2OH9 A; 1Y5F A; 1A0U A; 2QSP B; 3HHB A; 1XZ4 A; 3ECX A; 2ZS0 D; 2VYY A; 4F6F A; 2JHO A; 3ZJP A; 3CY5 B; 1HRM A; 1CH3 A; 1MDN A; 3ARJ A; 2V1G A; 2HHE A; 3OO5 B; 1DXC A; 2HHE B; 2ZSY A; 4NS2 A; 1RPS B; 1V4U B; 3MKB B; 4N7O A; 1JZK A; 1GLI A; 1HDS B; 5B85 A; 1GLI B; 3LB2 A; 1YIE A; 1CH4 A; 3OK5 A; 4N8T A; 3AQ8 A; 1Y45 B; 1O1M A; 2HBE A; 2GRF A; 4N8T B; 1M6M A; 1XZU B; 1NS9 A; 3QJE A; 3AQ6 A; 1Y09 B; 1K0Y A; 3QJE B; 1RQ3 B; 1ECO A; 4B3W A; 2SPN A; 4YU3 A; 5HBI A; 1HGA B; 4G1B A; 4YU3 B; 1BIJ A; 1LFZ B; 1BIJ B; 2ZLV A; 1EBT A; 4TWU A; 1DLW A; 1MNI A; 3ZJR A; 1G09 A; 3OO4 A; 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2ZS1 B; 1Y85 B; 4MQC A; 2HCO A; 1GDJ A; 2W72 A; 2W72 B; 1URY A; 2HHB A; 1ECA A; 3WTG B; 1WMU B; 1ECN A; 3GLN A; 1DWR A; 1HGC A; 1MNJ A; 5E29 B; 5HAV A; 5ILP A; 1JP8 A; 1MYG A; 5EE4 D; 2MGD A; 1HHO A; 1NPG A; 1SPG B; 1CPW A; 1QPW A; 3ASE A; 1R1X B; 1WLA A; 1YGD A; 2QSS A; 6HBW B; 2HZ3 A; 1X9F A; 1ABS A; 3K3U A; 1MBA A; 1HDA B; 1NIH B; 3UHC A; 1YGD B; 1FLP A; 2QSS B; 1MNO A; 2Z6T A; 3R0G A; 4F68 A; 1GZX A; 2Z6N B; 3EU1 B; 1JP6 A; 1JW8 A; 1J3Z B; 2D5Z A; 5KER A; 2ZSZ A; 4HHB B; 5KER B; 2D5Z B; 3K8B B; 4KMV A; 3ECZ A; 1LFY A; 4B4Y A; 1LFY B; 3NFE A; 1XYE A; 1Y4V A; 1ABY A; 4BJA A; 1YDZ A; 3ARK A; 3NFE B; 3VRE A; 4KN3 A; 1XY0 A; 1Y4V B; 1ABY B; 1OUT A; 4MQJ A; 1XZV A; 3WCW C; 1XY0 B; 1LH7 A; 1OUT B; 1MYT A; 1BZ1 A; 3ECL A; 2MGC A; 1RQ4 A; 3WCU A; 1MLM A; 1DKE A; 112M A; 1YEU B; 3G4W A; 1DWT A; 2BNL A; 3UHZ A; 1MLR A; 3A59 B; 2WY4 A; 3SDN A; 2OHB A; 1AZI A; 1NWN A; 4U8U D; 4FC3 B; 3R5I B; 1CG5 B; 2VHB A; 3GDJ B; 2DC3 A; 1PMB A; 1BUW A; 1K1K A; 1Y0D A; 5EU2 A; 1A00 B; 1IWH A; 3HEN A; 4H0B A; 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