The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
54
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sequence length |
144
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structure length |
144
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Chain Sequence |
HLTAEEKSLVSGLWAKVNVDEVGGEALGRLLIVYPWTQRFFDSFGDLSTPDSVMSNAKVKAHGKKVLNSFSDGLKNLDNLKGTFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPQVQAAYQKVVAGVANALAHKY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure and biophysical characterization of the Cerdocyon thous, a Canidae from Brazil.
rcsb |
| molecule keywords |
hemoglobin alpha chain
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| molecule tags |
Oxygen storage/transport
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| total genus |
54
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| structure length |
144
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| sequence length |
144
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-10-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XCH A; 2ZFB A; 1ABY A; 1LA6 A; 1ECN A; 3PI9 A; 5ILM A; 1V75 A; 1YGD B; 1BUW A; 1YGF A; 2G12 A; 1G9V B; 2O5L X; 3AQ9 A; 1IT2 A; 3D4X B; 3O89 A; 2GNW A; 2O5S X; 1BZR A; 3QM6 A; 1HLB A; 2HHD B; 2MB5 A; 1DM1 A; 2QSP A; 1M9P A; 3LB4 A; 1YOG A; 1IRD A; 3ONZ B; 1SHR A; 2MHB B; 3UHN A; 1QPW A; 1X9F D; 2ZLU A; 2GTL A; 2IG3 A; 2ZSZ A; 4NI1 A; 1RVW B; 1GCV A; 4FC3 A; 2ZT4 A; 1Y8I A; 1CH3 A; 1CQX A; 1V4U A; 3DHT A; 1OR4 A; 1DXD A; 4HRT B; 1HJT A; 3UHT A; 1MYZ A; 1HBA A; 2CMM A; 2D5X A; 2GRZ A; 1BBB B; 2DXM A; 1Y35 B; 3NL7 B; 3UHK A; 3NFE A; 2BMM A; 3ZHW A; 5B84 A; 1BZ1 A; 2G11 A; 2NRM A; 1JPB A; 3IC2 B; 1YVQ B; 2PEG A; 2R4W A; 3QJE A; 3WHM B; 1CH5 A; 3LR9 A; 3G4U A; 3QQR A; 2JHO A; 1XZU A; 2AUO A; 3EDA A; 1YCB A; 3G46 A; 4MAX A; 1CG8 A; 1OUU A; 3LR7 A; 1CBM A; 3MYN A; 3ZJO A; 2DC3 A; 1NZ2 A; 1N9F A; 1Y2Z B; 1UFP A; 1GZX B; 1YFF B; 3GKV B; 1X9F B; 3UHZ A; 1JZL A; 1KR7 A; 4H2L B; 1AJ9 B; 1J3F A; 5C6E B; 4NI0 B; 1YGD A; 3MN0 A; 3S66 A; 1MYG A; 1MOB A; 5HLX A; 4MBA A; 2BLI A; 2ZT3 A; 1G9V A; 3D4X A; 3W4U B; 4C44 A; 2H8D B; 1JP6 A; 3UHU A; 2HHD A; 3KUN A; 1SI4 A; 1K0Y B; 1XZ7 B; 3ONZ A; 5D1V A; 2MHB A; 3S48 C; 2ZS0 B; 3IA3 B; 3UH5 A; 1HGC A; 3OJ1 A; 4M4A B; 3LHB A; 3BJ2 B; 1RVW A; 2D2M C; 3AQ5 A; 3A5A A; 1ABS A; 3HF4 B; 1MLR A; 2HBC B; 2DN2 A; 1Y4R A; 1AJH A; 4HRT A; 1FHJ A; 3HYU B; 1FLP A; 5MBN A; 1BBB A; 1CG5 B; 1Y35 A; 3NL7 A; 2BLH A; 2WY4 A; 3QJC B; 5HLQ A; 2DN3 A; 4MXL A; 1CPW A; 1Y85 B; 2HHB B; 1Y01 B; 3IC2 A; 2O5O X; 1YVQ A; 3PT7 B; 3WHM A; 5E29 A; 1COH B; 3TM9 A; 7HBI A; 1EMY A; 4LPI A; 3LB2 A; 3V2Z A; 4KMV A; 2OH9 A; 1A4F A; 4KJT A; 3QZZ A; 1LFZ B; 1MBN A; 3QM9 A; 1Y2Z A; 4JYQ A; 4ESA A; 1YFF A; 3GKV A; 2AUR A; 4F4O B; 1BZP A; 4NI0 A; 4N7P B; 1YEU A; 2V1J A; 1YHR A; 1VHB A; 3DR9 A; 2QLS B; 1CP0 A; 2OIF A; 2NX0 A; 3A2G A; 2ZT2 A; 3GDJ A; 3WCU D; 4NK2 A; 3MVC A; 4ROL B; 3W4U A; 1EWA A; 1DUO A; 3GKT A; 3OK5 A; 4MQK A; 4G1V A; 2H8D A; 1Y4P B; 3MYM A; 3ZJR A; 1DWR A; 1K0Y A; 2G10 A; 3EU1 A; 1NPF A; 1YH9 B; 1XZ7 A; 1MDN A; 2O5Q X; 1SPG B; 4N8T B; 2ZS0 A; 4MQJ B; 1O1I B; 2G0Z A; 1YG5 B; 3BJ2 A; 108M A; 1BVD A; 1HBS B; 3HF4 A; 1MYI A; 2VLY A; 3AG0 A; 1Y4G B; 1V4W B; 2GTL C; 2W6W A; 4BJA A; 1JP9 A; 1Y5J B; 3FH9 B; 3HYU A; 3GYS B; 1DO7 A; 3ZJI A; 1YOH A; 2G0R A; 2AUP A; 3QJC A; 5CN5 A; 1Y8H B; 4TWU A; 1Y85 A; 2HHB A; 3UI0 A; 2Z6S A; 3PT7 A; 5EOH A; 1YVT B; 1MLM A; 1COH A; 1VXC A; 1O1O A; 1DKE B; 3QJB B; 2MGH A; 1O1M B; 6HBW A; 1NQP B; 3WCU B; 1LH5 A; 3DUT A; 1RPS B; 1NWN A; 1MYT A; 1GBU B; 1G09 B; 2ZFO D; 2W72 B; 1DXU B; 5KDQ B; 4AVD A; 1YEV B; 4U8U C; 1MZ0 A; 1BZ0 A; 1XQ5 A; 4F4O A; 1O16 A; 1Q1F A; 3WTG B; 2QLS A; 3ODQ B; 4PNJ A; 3LQD B; 1LFQ A; 1JY7 B; 1MLQ A; 2BNL A; 1HBI A; 4YU4 B; 3FS4 B; 2NSR A; 2FRJ X; 2HBF A; 2HBE B; 1ABW B; 1Y4P A; 1MLU A; 1DXC A; 1Y8K B; 1Y0C A; 1MYH A; 1A01 B; 1CMY B; 1SPG A; 4N8T A; 1A3O B; 4MQJ A; 5ILP A; 5CN6 A; 1O1I A; 1XYE B; 1YG5 A; 1J7W B; 4OF9 A; 1HBS A; 1NZ4 A; 2HHE B; 4MQC B; 1OUT B; 1Y4G A; 5D5R A; 1V4W A; 1T1N B; 1YE2 A; 2XKH A; 2EVK A; 4N7O B; 104M A; 3UH6 A; 1Y5J A; 4F68 A; 1S5X B; 2ZFO B; 4ROM B; 2AV3 A; 1JF3 A; 1Y8H A; 1FCS A; 1VXB A; 1UVY A; 2AA1 B; 2YRS B; 5HAV A; 1YEQ B; 1YVT A; 1J3Y B; 2H35 A; 3QJB A; 2D2N D; 5KKK A; 1O1M A; 2LH3 A; 3E5O A; 1NQP A; 2QSS A; 2GKN A; 3PEL A; 1RPS A; 1GBU A; 1QXD A; 2VLZ A; 2D60 B; 3VRG B; 1G09 A; 2PGH B; 3UHE A; 4ZVA A; 1JP8 A; 3WCT D; 2W72 A; 3QZX A; 1HGA B; 4O4Z A; 1VXA A; 3U3E A; 3ASE A; 1A9W E; 5KDQ A; 2Z6N B; 1YEV A; 3HHB A; 2FRI X; 3R0G A; 3WTG A; 1Y4Q B; 4F6I A; 1J3Z B; 3ODQ A; 4WJG 1; 3LQD A; 1L2K A; 2LH5 A; 1BJE A; 1JY7 A; 3GOU B; 5EQM A; 1GDL A; 1BAB B; 2HBS B; 3FS4 A; 1NPG A; 3G4R A; 2HBE A; 1ABW A; 2VEE A; 3UHI A; 1HV4 B; 1CH4 A; 1Y8K A; 1A01 A; 1CMY A; 3TM3 A; 1A3O A; 2EB8 A; 1NS9 B; 1HBH B; 1Y46 B; 3RGK A; 1XYE A; 1I3E A; 1J7W A; 1OBM A; 5JDO C; 2O5M X; 3ZJJ A; 3MKB B; 1YCA A; 4VHB A; 2FRF A; 2HHE A; 4MQC A; 2D2N B; 1MTJ A; 4MQH A; 1Y0D B; 1LFL B; 1VRE A; 2ZS0 C; 3PIA A; 2G3H A; 2XYK A; 1T1N A; 3ZOL A; 4N7O A; 3ZJM A; 1MLN A; 4ODC B; 1YZI B; 1XXT B; 2ZFO A; 3WCT B; 1EBT A; 5EE4 D; 1G0A B; 1CH2 A; 3A5G A; 2MGE A; 1HAB B; 4HSX A; 1MLF A; 2V1K A; 2G0S A; 1O1J A; 2FAM A; 3P5Q B; 4QAU A; 2AA1 A; 2YRS A; 3UHR A; 2MYE A; 1YEQ A; 1DWT A; 1NWI A; 2MGI A; 1WVP A; 2VYY A; 1NIH B; 3BA2 A; 2R1H A; 2VRY A; 1YHU C; 5F2A A; 105M A; 2MGC A; 3OO4 B; 5KER B; 3AQ7 A; 5CN7 A; 1X46 A; 2ZS1 B; 5CMV A; 1EBC A; 2D60 A; 3VRG A; 2PGH A; 4IT8 A; 2ZSP A; 3ZH0 A; 3HEO A; 1J41 B; 1DO1 A; 1V5H A; 2GNV A; 1IDR A; 1EW6 A; 1HGA A; 1A0Z B; 2Z6N A; 1THB B; 5CHQ A; 1Y4Q A; 1FN3 B; 1J3Z A; 1QI8 B; 2HCO B; 1MLS A; 1LH1 A; 4L7Y B; 3GOU A; 2ZSQ A; 1HBG A; 1BAB A; 2HBS A; 3HEP A; 2QU0 B; 1Y7D B; 5CN8 A; 1HV4 A; 4FWY A; 1FAW B; 2NRL A; 5E83 B; 3ARL A; 1Y0T B; 1NS9 A; 1Y46 A; 4G51 B; 3PI8 A; 1HCO B; 1CLS B; 3MKB A; 5CNF A; 3AT5 B; 2HBD A; 2HBG A; 1FSL A; 2QRW A; 1RTE A; 1UFJ A; 2V1E A; 3A59 B; 1MLO A; 1UVX A; 4TWV A; 3IXF A; 1Y7Z B; 4ODC A; 3H58 A; 1YZI A; 2SPO A; 1DLW A; 1YEO A; 3M39 A; 2IN4 A; 3WCT A; 1NEJ B; 1LH6 A; 1G0A A; 3ED9 A; 1HGB B; 2O58 X; 1HAB A; 2ZLW B; 2G0X A; 1B86 B; 5ILR A; 3AQ6 A; 3OO5 A; 3TLD A; 3P5Q A; 2R4X A; 2OHA A; 1Y4V B; 2BLJ M; 3UHB A; 4F69 A; 3E5I A; 1NIH A; 1G0B B; 1GCW A; 1D8U A; 2Z6T A; 4DWU A; 5KER A; 1F5O A; 3ZJN A; 2G14 A; 1XZ2 B; 1U7S A; 2ZS1 A; 3UHD A; 1DO4 A; 1KD2 B; 4ZVB A; 2FAL A; 5EYS A; 1RTX A; 1J41 A; 1Y4F B; 3ECL A; 3AT6 B; 4FH6 A; 2MGJ A; 102M A; 5EET A; 4M4B B; 3G53 A; 1THB A; 1A6G A; 2BK9 A; 2GRH A; 2R80 B; 3HXN B; 3GLN A; 1QI8 A; 2W72 C; 3MJP B; 1WMU B; 2R50 A; 5C6Y A; 3OGB A; 1GBV B; 3E4N A; 1UX9 A; 2QU0 A; 3ZJQ A; 1GDJ A; 2SPM A; 3WCV D; 2Z8A A; 1LHS A; 5HY8 B; 1FAW A; 5E83 A; 1HDA B; 1Y31 B; 4G51 A; 1HCO A; 1CLS A; 3AT5 A; 3S65 B; 1V9Q A; 1GVH A; 5EV5 A; 2V1I A; 3A59 A; 1CQ2 A; 1I3D A; 1Y7Z A; 1IRC A; 1FSX B; 1NZ3 A; 1MLL A; 2ZLX B; 4SDH A; 1Y4B B; 5E6E B; 1MLJ A; 5EU2 A; 1HGB A; 2VM0 A; 4HHB B; 2ZLW A; 1LUE A; 1B86 A; 4FWX A; 3ARJ A; 4DWT A; 1Y4V A; 3UHC A; 1Y22 B; 1HHO B; 2ZFO C; 2NSS A; 2D6C A; 1MNJ A; 4PQC A; 1G0B A; 1URY A; 3VRE B; 1SWM A; 1DWS A; 1Z8U B; 1KD2 A; 1LFY B; 2MBW A; 3ECX A; 5CN4 A; 1RQ4 B; 1MLK A; 3G4V A; 2ZLT B; 1DXT B; 3ZJH A; 1GZX A; 3UHH A; 4HBI A; 3AT6 A; 1DTM A; 1O1N B; 1X9F A; 2D5Z B; 4H2L A; 1AJ9 A; 4M4B A; 111M A; 1PBX B; 1FDH A; 5C6E A; 1A3N B; 3UBC A; 2OH8 A; 2R80 A; 1BZZ B; 1XY0 B; 3D17 B; 3HXN A; 3VRF B; 3MJP A; 4PQB A; 1GBV A; 4GZG A; 2MGM A; 1GDI A; 1RQ3 B; 3OZW A; 3D1A B; 5HY8 A; 1MNI A; 5F0B A; 1HDA A; 4M4A A; 1Y7C B; 3V2V A; 1ECA A; 4F6G A; 1VXF A; 107M A; 3S65 A; 1F65 A; 2HBC A; 5MBA A; 1YOI A; 4MBN A; 2XKG A; 4NXC A; 1FSX A; 3HEN A; 3ZJL A; 1CG5 A; 2R4Z A; 1Y4B A; 1HBB B; 4NS2 A; 1MBI A; 1DUK A; 4HHB A; 1F63 A; 3WCP B; 2MYA A; 4G1B A; 3SDH A; 1Y8W B; 2D2M D; 3HC9 A; 2ZSO A; 1LH3 A; 1HHO A; 1NS6 B; 1MOA A; 1JDO A; 1IT3 A; 3WCT C; 4N7N B; 3ZJS A; 1BIN A; 3ZOM A; 2GL3 A; 1LFZ A; 3VRE A; 2KSC A; 103M A; 5AZR A; 3IC0 B; 4MQG B; 1LFY A; 2B7H B; 1RQ4 A; 2ZLT A; 1DXT A; 3EDB A; 3RJN B; 1MNK A; 2D5Z A; 2W6X A; 2DN1 B; 3CY5 B; 4MQI B; 1K1K B; 4FH7 A; 1PBX A; 2ZLV B; 2V1H A; 3WCW D; 4N7P A; 2ZS1 C; 4B4Y A; 1W92 A; 1TES A; 3D17 A; 1BZZ A; 3VRF A; 3UGZ A; 4H07 A; 1S5Y B; 1HBR B; 1UX8 A; 3PI3 A; 4ILZ A; 4ROL A; 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2FRK X; 3WFU A; 1DTI A; 2BKM A; 3A0G B; 4YU3 B; 1G08 B; 2GRF A; 4NK1 A; 3G4Q A; 3WCW A; 1HBA B; 1DLY A; 1JWN A; 1J3Y A; 1XZV A; 1M6M A; 1BZ1 B; 3QJD A; 1LTW A; 1LFT A; 2HZ1 A; 1ASH A; 1MBS A; 3EOK B; 2ZT1 A; 2ZSR A; 1H1X A; 1Y5K A; 5AB8 A; 1O1K B; 1YIE A; 2W6V B; 3MBA A; 1MBC A; 4U8U B; 3NMM B; 4UZV A; 4KN3 A; 2VYW A; 1MYF A; 5EYJ A; 1YHE A; 2EB9 A; 2V1G A; 3D7O B; 2MYD A; 1GJN A; 3K9Z A; 4MXK A; 3M3B A; 1Y0W A; 1A6K A; 3S66 B; 2MGF A; 3QM5 A; 5CNC A; 1Y45 A; 1ECD A; 1J7Y A; 2ZWJ A; 2EVP A; 1MOC A; 1C7B A; 1JF4 A; 1HBH A; 3SDN A; 1Y0A B; 3PI2 A; 1SI4 B; 3ARK A; 1HAC A; 2D2N A; 1MLH A; 4O1T A; 3WFT A; 1Y0D A; 3GQR A; 1HDS A; 1LFL A; 1HGC B; 3R5I B; 1VWT A; 1XZ5 A; 4JAC A; 1J40 B; 1XXT A; 3B75 A; 1UT0 A; 3PT8 B; 110M A; 4IRO B; 1JL7 A; 2DN2 B; 3WI8 A; 1UIW B; 1Y4R B; 4DC8 A; 3A0G A; 4YU3 A; 1G08 A; 1FHJ B; 5JDO D; 109M A; 1Y7G B; 1S0H B; 2V1F A; 5IKS A; 1MWC A; 2QFN A; 2DN3 B; 2ZST A; 3UHQ A; 3SZK B; 2ZS0 D; 3OO4 A; 3K3U A; 1IOP A; 3UGY A; 5HU6 B; 2E2Y A; 1CH7 A; 5E29 B; 1YMB A; 3EOK A; 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