The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
61
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sequence length |
153
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structure length |
153
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Chain Sequence |
VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDIWIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGNFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Ligand migration pathway and protein dynamics in myoglobin: a time-resolved crystallographic study on L29W MbCO.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Myoglobin
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| molecule tags |
Oxygen transport
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| source organism |
Physeter catodon
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| total genus |
61
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| structure length |
153
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| sequence length |
153
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-07-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4MQG A; 3PI9 A; 1LFY B; 1HSY A; 4DWT A; 3S1I A; 4X0L A; 110M A; 1L2K A; 2ZSR A; 3A5A A; 1DTM A; 1ABY B; 4ZVB A; 5SW7 B; 5C6Y A; 1EWA A; 1G09 B; 3BCQ B; 3A59 A; 2YRS A; 3E5O A; 1LJW B; 2O5T X; 1S56 A; 5E6E B; 4HRR B; 1EW6 A; 2GNV A; 3D17 A; 1Y0W B; 5HLU A; 1BAB A; 2HBS A; 3BJ1 B; 5KKK A; 4H0B A; 1YHE A; 3EDA A; 1MDN A; 1O1P B; 1QSI A; 1R1Y A; 4NXC A; 3GQG B; 1AJG A; 5EYJ A; 4G1V A; 3WCU A; 2LH5 A; 1X9F A; 1MYH A; 1Y35 A; 5EU2 A; 3S48 C; 1NS6 B; 4MQH A; 2W72 B; 1Y8H A; 1G0A B; 5EOH A; 3VRF A; 2VRY A; 4QAU A; 1JW8 A; 5CN8 A; 3ARK A; 3OZW A; 3UHH A; 3OO5 B; 1SPG B; 3MOU A; 2MGA A; 3W4U B; 2B7H B; 1A0Z A; 3D4X B; 5CND A; 4YU3 B; 3H57 A; 1HGC B; 1Y8K B; 3UHN A; 4IRO A; 2ZSZ A; 2XKG A; 1A01 B; 1MNO A; 2LH3 A; 1DTI A; 1FN3 A; 1OR4 A; 3WCW A; 3UHE A; 1YE0 A; 4L7Y B; 3NFE B; 1XXT B; 1Y7G A; 1A3O B; 1G0B A; 1I3E A; 3WCT C; 5AB8 A; 1IRD A; 3PI4 A; 3EDB A; 4HSW A; 1LFL A; 2H35 B; 1GBV A; 1RQ4 B; 1RQ3 A; 2RAO A; 1M9P B; 1YZI B; 4U8U D; 2ZFB A; 2D2N B; 3B75 A; 1J40 B; 5F0B A; 4N8T B; 1J41 B; 2O5O X; 1J7S B; 1YIE A; 2QRW A; 4BJA A; 1YH9 A; 1I3D A; 3WHM A; 1Y2Z A; 2PGH A; 5CHQ A; 5ILR A; 1DXD A; 1YMA A; 1H97 A; 1COH A; 3V2Z A; 1HCO B; 1SI4 A; 1HDA B; 2D5Z B; 3V2V A; 1Y85 B; 5B85 A; 3ARJ A; 1XZV A; 1A9W E; 1Y4V A; 2GLN A; 2MHB B; 4XS0 A; 3RJN B; 2EVK A; 1UMO A; 1B86 B; 4HRT B; 3ZJO A; 1QXE A; 2WTH A; 1RVW B; 1A00 B; 1YEU B; 1LFV A; 2HBE A; 3UH6 A; 4JAC A; 1Y4B A; 1CLS B; 3LQD B; 2HBC A; 4ROM B; 3HF4 A; 1LHT A; 1VRE A; 1HDB A; 1NZ3 A; 1Z8U B; 4NI0 A; 2V1K A; 2G3H A; 1CIK A; 1NGK A; 1NWI A; 1Y7Z A; 1XYE B; 3NG6 B; 3IC2 A; 1BBB A; 1J7Y A; 2MYB A; 1F5P A; 3ZJM A; 102M A; 1DWR A; 2ZS1 D; 4F6B A; 2ZLT A; 1Y4R B; 1NZ4 A; 2ZLV B; 2LHB A; 2VYY A; 1Y0T B; 3G4Y A; 1EMY A; 4MQJ A; 107M A; 1BZ0 A; 1HBB A; 1MLG A; 1JZM A; 3VRE B; 3IC0 A; 1HBR A; 3OK5 A; 1YHU C; 1FDH G; 3A59 B; 2G14 A; 2AUP A; 2E2Y A; 2LH1 A; 3MJP B; 2GL3 A; 1PBX B; 3D17 B; 1Y4Q A; 4JYQ A; 2HBS B; 2DN2 A; 1YHE B; 2W6Y A; 1DLY A; 3SZK A; 5CN9 A; 3WCV A; 2O58 X; 2GKN A; 3K9Z A; 4MQK B; 3PI8 A; 2FRK X; 1YMB A; 2D2M A; 3UHC A; 3ZJL A; 1Y35 B; 1OUU A; 2LH7 A; 2GTL A; 2MYA A; 1Y8H B; 1WMU A; 4HHB A; 1XZ2 A; 1LHS A; 3AT6 B; 2XYK A; 3BJ2 A; 3QM7 A; 1BIJ A; 2M6Z B; 1LFT B; 4TYX A; 1C40 B; 1DXT A; 1ABS A; 1YHR B; 1DO1 A; 1Y0A B; 4F69 A; 3D1A B; 1SDL A; 4IRO B; 2QSS A; 3O7N A; 1Y5F A; 1BVC A; 1MKO A; 4XDI A; 1MOB A; 1MWB A; 4F6F A; 2HBG A; 1FN3 B; 2MGB A; 2VLZ A; 1JZK A; 1MOD A; 3QZX A; 3WCW B; 1VHB A; 1BJE A; 1Y7G B; 3ZJP A; 1MWD A; 3VAU A; 4AVE A; 1IRD B; 3OO4 A; 1LFL B; 3IA3 B; 3M38 A; 2D5X A; 3MJU A; 2PEG A; 1RQ3 B; 2RAO B; 1V75 B; 5AZQ A; 1UVY A; 4NK2 A; 3UHD A; 1S5Y A; 1LFY A; 3CIU B; 4ESA B; 2HBD B; 1YIE B; 2ZT1 A; 1ABY A; 3WHM B; 1CBM A; 2HHE B; 1YFF A; 1ABW B; 2Z85 A; 3ONZ A; 5SW7 A; 2GRZ A; 1G09 A; 3UHQ A; 5ILP A; 1KR7 A; 3AQ7 A; 1LJW A; 4HRR A; 3E5I A; 1VXA A; 1Y0W A; 1MNJ A; 1THB B; 3VHB A; 1Y4V B; 2MGE A; 5EYS A; 1O1P A; 3TLD A; 1O1O A; 1CPW A; 2VYW A; 1IT2 A; 3BOM B; 2FRI X; 2BK9 A; 3DUT B; 1LFV B; 3LB1 A; 1CH9 A; 1O1K B; 2O5B X; 3GDJ A; 1A6G A; 1C7C B; 2LH6 A; 1YEQ B; 3HF4 B; 1DKE A; 1Y22 A; 1HDB B; 2V1G A; 2MGI A; 1JF3 A; 1JY7 A; 3OO5 A; 1SPG A; 1BBB B; 1J7Y B; 2W6W A; 2B7H A; 4FWZ A; 4F6D A; 2QLS B; 4YU3 A; 3PIA B; 1HGC A; 3KUO A; 2ZLT B; 1HDS A; 1F63 A; 2EB9 A; 1A01 A; 1T1N B; 1CH1 A; 1HBH A; 1MOC A; 4MQJ B; 2MGM A; 3NFE A; 1XXT A; 1BZ0 B; 1QXD B; 1HBB B; 1YCA A; 3HEP A; 1A3O A; 3AG0 A; 3ZJR A; 1YHU D; 2D6C A; 1O16 A; 2H35 A; 3QQR A; 1RQ4 A; 3UH7 A; 1M9P A; 2BMM A; 1J40 A; 4N8T A; 1J41 A; 1J7S A; 2DN2 B; 1KFR A; 3WCV B; 1UX9 A; 2ZST A; 3UHB A; 3PI8 B; 1GCV A; 2SPL A; 1Y09 A; 2D5Z A; 3HRW B; 3QJB A; 1QI8 B; 1FAW A; 2VEB A; 1MBN A; 1CMY B; 1OUU B; 1MLU A; 2GTL B; 5CN6 A; 3HYU B; 2MHB A; 2XKI A; 1BZZ B; 1SHR B; 2AA1 A; 1B86 A; 4HRT A; 3BJ2 B; 2LH2 A; 1BIJ B; 1XZ7 A; 1RVW A; 1A00 A; 1V9Q A; 1DXT B; 3ZH0 A; 1CLS A; 3LQD A; 1A6M A; 4FWY A; 4ROM A; 1CH7 A; 2HZ3 A; 2BNL A; 1MKO B; 1MYJ A; 1WLA A; 1VXD A; 3MVC A; 2ZS0 C; 2VM0 A; 3WFW A; 2QFN A; 4B3W A; 1IRC A; 1HBA B; 1XYE A; 3NG6 A; 1MOH A; 2ZLV A; 2D5X B; 3MJU B; 2PEG B; 2AV0 A; 1EBT A; 1JDO A; 1HLB A; 1Y0T A; 1V4U B; 1S5Y B; 1Y83 A; 2OHA A; 5HU6 A; 3AQ8 A; 5MBA A; 3VRE A; 1N9F A; 1Y01 B; 2VLY A; 1OUT A; 1YFF B; 3ONZ B; 1NIH A; 2D60 A; 2HBF A; 1LUE A; 1O1I B; 1H1X A; 2MYC A; 1XZ4 A; 1Y0D B; 2MBW A; 4NI1 B; 1YEN B; 3QM6 A; 4M4A B; 2HCO B; 1MZ0 A; 3MJP A; 1PBX A; 2R4Y A; 2H8D A; 3NMM B; 3HEN A; 4LPI A; 4F68 A; 3VRG A; 1EBC A; 1Q1F A; 2ZT2 A; 2MGL A; 1Y5K B; 2R1H A; 3ZJI A; 1SWM A; 1O1O B; 4MQK A; 1GCW A; 3GKT A; 2ZT3 A; 3UI0 A; 1Y5J B; 3OZU A; 2DN1 B; 2NSS A; 3GDJ B; 5CN7 A; 2DC3 A; 4ZVA A; 3KMF A; 2ZSS A; 1B0B A; 1N9I A; 2C0K A; 4G51 A; 1DKE B; 5JDO C; 2OH9 A; 1Y22 B; 1CG8 B; 3MYM A; 3AT6 A; 1MOA A; 3WCU C; 1X9F C; 1JY7 B; 3A2G A; 3ZJQ A; 1HRM A; 2M6Z A; 1LFT A; 1AJ9 A; 1JEB A; 1C40 A; 2G0Z A; 1YHR A; 1LH3 A; 1Y0A A; 2V1I A; 3D1A A; 1HDS B; 1Y4P B; 1F5O A; 5HBI A; 1JZL A; 1C7D B; 3DR9 A; 1CP0 A; 2HZ1 A; 1HBH B; 1DXU B; 3UHU A; 2MGH A; 1MLS A; 1Y4F B; 4H2L B; 3R0G A; 2ZFO C; 4NZI A; 1Y46 B; 2NSR A; 5E83 B; 3KUN A; 3OGB A; 3UBC A; 1YIH A; 3D7O B; 3WCP A; 1IBE B; 3UHY A; 1V75 A; 1VRF A; 2V1H A; 1RQA A; 3CIU A; 3R5I B; 4ESA A; 4U8U B; 2MGG A; 2HBD A; 1Y7D B; 1LH6 A; 1YVQ B; 2HHE A; 2G10 A; 4M4B A; 1ABW A; 2R4Z A; 2HHD B; 2GKM A; 1GCV B; 3AT5 B; 1Y09 B; 3QJB B; 1FAW B; 5HLQ A; 3QJE A; 2ZSQ A; 1Y7C B; 1DM1 A; 1THB A; 4WCH D; 1Y31 B; 3QM9 A; 3A0G A; 3O89 A; 1DXV A; 1VXC A; 1MLM A; 2AA1 B; 2AUQ A; 3BOM A; 3GK9 A; 2WTG A; 3DUT A; 1XZ7 B; 2AV3 A; 2ZLW B; 2Z6S A; 5CHR A; 103M A; 1TES A; 4F6I A; 1O1K A; 3WFT A; 1C7C A; 1JWN A; 6HBI A; 3ODQ A; 3EOK B; 1YEQ A; 1MYI A; 2EKT A; 2ZS0 D; 1HHO A; 4DWU A; 2ZSN A; 5EET A; 1QSH B; 4AVD A; 2AUR A; 1YE2 B; 1CG5 B; 1Y45 B; 3WTG B; 1FSL A; 2QLS A; 2ZSY A; 1HGA A; 1U7S A; 3PIA A; 2NRL A; 1HAC B; 3G4U A; 2BLH A; 3DHR A; 1NQP A; 1RTE A; 1N9H A; 1T1N A; 2ZS1 B; 2QSP A; 4MQI A; 5HY8 B; 1Y83 B; 1RTX A; 3K3U A; 5D1V A; 5HU6 B; 4FWX A; 1QXD A; 3NL7 A; 3UHV A; 112M A; 2G0S A; 1OUT B; 2HHB A; 1NIH B; 2D60 B; 1VWT B; 1OJ6 A; 4OF9 A; 2HBF B; 3HXN B; 4PQB A; 1XZ4 B; 4HSX A; 1YHU A; 4MU5 A; 1ECA A; 1FSX B; 1MYM A; 3H58 A; 3A5B A; 1FCS A; 3AQ5 A; 5D5R A; 3G4Q A; 4O2G A; 2H8D B; 3UHR A; 1MWC A; 1A3N B; 1LFQ A; 4C44 A; 1R1X B; 3VRG B; 4MBA A; 1UT0 A; 4ILZ A; 2R1H B; 3HEO A; 1GCW B; 3UHW A; 3UHT A; 1YDZ B; 3HRW A; 1D8U A; 1Y0C B; 1QI8 A; 2O5Q X; 1CMY A; 1O1M A; 4G51 B; 5JDO D; 3BJ3 A; 1J52 A; 1MLQ A; 3HYU A; 3MYN A; 1BZZ A; 4N7O B; 1SHR A; 2D2M C; 3WCU D; 1X9F D; 4WJG A; 3RJ6 A; 1AJ9 B; 1JEB B; 2XKH A; 3UHK A; 2ZLX B; 5EV5 A; 1HV4 A; 2CMM A; 3MKB A; 3TM3 A; 3GOU A; 2H8F B; 2ZFO D; 2WY4 A; 1HBA A; 2R80 A; 3WCT D; 1S0H A; 5EQM A; 1G08 B; 5E29 A; 1MLF A; 3P5Q A; 1C7B B; 1YIH B; 1O1J B; 3WCP B; 2GRH A; 1MTJ A; 3AQ9 A; 1PMB A; 1J7W B; 1S5X A; 1V4U A; 4ODC B; 1RQA B; 4GZG A; 3UH3 A; 3LB4 A; 2MGK A; 4M4B B; 1DO3 A; 1CH5 A; 1O1I A; 1GJN A; 1Y0D A; 4NI1 A; 1YEN A; 5C6E B; 4M4A A; 1X46 A; 3ZHW A; 2HCO A; 1OFJ A; 2EB8 A; 3QJE B; 1YEV A; 5HAV A; 3NMM A; 1FHJ B; 4O1T A; 3A0G B; 1NEJ B; 1DXV B; 1Y5K A; 1YMC A; 1UC3 A; 5CNB A; 1Y5J A; 3GQR B; 1A4F A; 3M39 A; 2DN1 A; 2O5L X; 1DO7 A; 2R4X A; 4PNJ A; 1UVX A; 4OOD A; 1LH1 A; 4H07 A; 4IT8 A; 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1S0H B; 1CG5 A; 1Y45 A; 2DHB B; 5M3S A; 3WTG A; 5E29 B; 3P5Q B; 109M A; 1BZR A; 1HAC A; 3G4V A; 5AZR A; 2ZS1 A; 2Z6T A; 4MAX A; 1V07 A; 1S5X B; 5HY8 A; 106M A; 2GDM A; 1V4X B; 3G4W A; 1NWN A; 4MQC A; 3TM9 A; 2DXM A; 4TWV A; 2VLX A; 2GNW A; 2NRM A; 3LB2 A; 1VWT A; 1LH2 A; 1HAB A; 2MGJ A; 2GRF A; 3HXN A; 1ASH A; 2FAM A; 1FSX A; 4N7P A; 1YEV B; 4KJT A; 1A6N A; 1HLM A; 1A3N A; 1R1X A; 4KN3 A; 3G4R A; 3DHT B; 2G11 A; 2HZ2 A; 5IKS A; 1GVH A; 111M A; 3GYS B; 1A4F B; 1YOI A; 1NPG A; 1DWS A; 1YDZ A; 2OHB A; 2MYD A; 3CY5 B; 1Y0C A; 1GZX B; 3UHI A; 1LA6 A; 4FH6 A; 2W6V B; 1O1L B; 4N7O A; 1KD2 B; 1MLJ A; 3HHB B; 2R4W A; 5EE4 C; 3QJC B; 3KMF C; 1MBI A; 1RSE A; 3UHG A; 1CQX A; 1CH2 A; 2ZLX A; 3K8B B; 2V1J A; 1K0Y B; 1W92 A; 1UIW A; 1X3K A; 3PT8 B; 2H8F A; 4NS2 A; 2EVP A; 1A0U A; 5KDQ B; 3ZOL A; 1J3Y B; 1G08 A; 4UUR A; 1U7R A; 2ZFO A; 1C7B A; 1MLH A; 2MYE A; 1O1J A; 3HC9 A; 3WCT A; 1DWT A; 3WCW C; 5ILE A; 2DN3 B; 1HBS A; 1J7W A; 3D1K B; 3OVU C; 4ODC A; 1O1N B; 2O5M X; 5JDO F; 4YU4 B; 1G9V A; 1MYZ A; 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