2D2M | Genus

Total Genus 58

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	58
sequence length	140
structure length	140
Chain Sequence	VCNRLEQILVKTQWAQSYGEAENRAAFSRDLFSELFNIQGSSRALFSGVGVDDMNSAAFTAHCLRVTGALNRLISQLDQQATINADLAHLAGQHASRNLDASNFAAMGQAVMSVVPTHLDCFNQHAWGECYERIASGISG

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__6079563376928121__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__6079563376928121__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2D2M/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__6079563376928121__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"6079563376928121","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2D2M/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__6079563376928121__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen storage/transport
publication title	Structure of an extracellular giant hemoglobin of the gutless beard worm Oligobrachia mashikoi. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Giant hemoglobin, A1(b) globin chain
total genus	58
structure length	140
sequence length	140
ec nomenclature
pdb deposition date	2005-09-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	2d2mA00

1A00A 2ZLUA 3NMLA 3NFEA 1F63A 1LFLB 5HU6B 3UHZA 1NS9B 1J3FA 1FN3B 1FDHG 1JP6A 3QJCB 1NQPB 1YGDB 1BINA 1YH9A 5E29A 2ZSNA 1J7WB 3OO5B 1G08B 5KDQA 1BIJA 2BLJM 2SPOA 1A6KA 107MA 1CG5B 2MGJA 1YHEA 1C7CB 3IA3B 1XZ5A 4F6IA 1V4XB 4HRRB 5CHRA 3D1KA 1YOGA 3BJ2B 2ZSTA 3LB1A 3MJPA 2OHAA 1YFFB 2GRFA 3ARKA 3WCPA 1MNHA 2VLXA 112MA 3MBAA 1JEBA 1PBXB 2VLZA 1BJEA 1HDSA 1QSHB 1LJWB 2FRIX 3QJEA 4U8UA 2VM0A 3QJBB 4MQHA 1Y4BA 3WR1B 2QMBA 1FSLA 1MYGA 5EE4D 1NS6B 3PI4A 1NZ3A 1MLOA 1MYZA 3PELA 1XXTB 4F6DA 1XZ2A 1Y7DB 1N9XA 2ZFBA 2ZSSA 1Y09B 109MA 2IG3A 1HBHB 4O4TA 4O2GA 4X0LA 5D1VA 1ECAA 1RQAA 1XZ7B 3MYMA 1QXDB 2RI4B 1YEQB 3WI8A 106MA 1C7DB 1JWNA 1G9VB 3PI9B 4ESAB 3LQDB 1UMOA 2O5LX 3QJCA 1YGDA 2LH7A 1EBCA 2ZS0A 4NI1B 2ZLTB 1AJHA 4TWUA 1VXBA 2G10A 5EYSA 1BZZA 3WFXA 3OO5A 3QJDB 3UHWA 1FHJB 1Y0AB 1CG5A 1H1XA 2EB8A 1OUUA 3WFUA 3TM9A 2GL3A 3BJ2A 2NRMA 3EDAA 2ZFOC 2R1HB 1YFFA 1DXVA 3AQ8A 2D60B 3WCTA 1YZIA 2XYKA 1PBXA 4YU4A 1LJWA 4IROA 2HBDB 1A3NB 4XDIA 3UHGA 3WR1A 3OZVA 1Y2ZB 1W92A 1NS6A 3QQRA 4UIQA 5SW7A 3ZJHA 1UFPA 1XXTA 3G4YA 3WCUD 3ZJOA 1Y09A 2QU0A 2QRWA 1YMCA 1VXCA 1Y35A 5IKSA 3QM5A 4NK1A 5ILEA 3GYSB 2QFKA 1CLSB 5JOMA 105MA 2D2MA 2HHDB 5B84A 1IWHB 3GDJB 1H97A 1YEQA 3DUTB 2AUOA 2ZSRA 4UZVA 1NGKA 1Y4FA 3PI9A 3UHEA 1MLJA 3P5QA 1HABB 4ESAA 1V75B 3WTGA 2V1FA 1DXTA 2ZLTA 3D4XA 1HJTA 1COHB 4WCHD 1MLFA 2BWHA 3A5BA 2FAMA 1DXCA 1FHJA 1Y0AA 3GQGA 1HBAB 1JPBA 2QSPB 2FALA 6HBIA 3IC2A 1A6NA 1SPGB 1S5XA 3W4UA 3QM9A 4UURA 1BZ6A 3D1AB 3ED9A 1Y0CA 1HCOA 1K0YB 1MNOA 2HBDA 1HBRA 3WFWA 1MOBA 2AA1B 1A3NA 2R4ZA 1Y2ZA 3PI8B 3WCUB 4F6BA 1LUEA 3ZJLA 2O5BX 3GLNA 1MWBA 3RJNB 1GLIB 4MQJB 1KD2A 3GKVB 4HBIA 1YEVB 3DHTB 2W6WA 1CBMA 5ILMA 3GDJA 5E83B 3PIAA 1C7BA 3V2VA 5B85A 4MQCB 3CIUB 3ZJSA 1XZVB 1DTIA 1COHA 2MYEA 2V1EA 3MJUB 4L7YB 1URYA 2V1HA 1M9PB 1SWMA 3LB4A 3S1JA 2VRYA 3R0GA 1MBAA 2G3HA 1Y85B 2G0XA 2EKTA 1OR4A 1YG5B 3K3UA 4DC7A 1Y7GA 1YIEB 2V1GA 5JDOC 4MQIA 2DXMB 1OFKA 3ONZB 1HLMA 2OH9A 1Y5FB 3IC0B 3NMMB 1YMAA 2ZFOD 1LHTA 1MDNA 5AZRA 5CNBA 1A0ZA 4F6GA 2G14A 1HRMA 2AA1A 2PEGB 1A6MA 1IT2A 3PI8A 1YENB 1I3EA 4PQ6A 2D6CA 3UHBA 1YEOB 4MXKA 5JDOF 3UH5A 2XKGA 3OVUC 1J3YB 1YHRB 1GLIA 1JL7A 3GKVA 3DHTA 3ZHWA 1HGCB 3ASEA 1Y5JA 5E83A 1CO8A 5AB8A 4HHBB 1SDKB 4MQKB 1SHRB 2DN3B 2Z8AA 1NWNA 104MA 4MQCA 1D8UA 2BKMA 3QM6A 4FWXA 2SPNA 1XZVA 1UX9A 3NG6B 1Y31B 1J40B 3MJUA 1HGBB 4L7YA 1IRDB 2LH3A 1Y85A 3GQRB 1OBMA 1A6GA 1DO4A 3BCQB 2ZT1A 1JP8A 1U7SA 5CN7A 2ZLWA 3K8BB 2DXMA 3ONZA 1ABYA 2ZFOB 3ODQB 3NMMA 1XQ5A 2AV0A 3VRFA 5KERB 3M3AA 3HRWA 2H35B 2XKIA 1CIKA 1L2KA 2V1JA 1YENA 2HBCA 2GNWA 1YEOA 2OLPA 2W6VB 1Y7ZB 1YHRA 1MOAA 5EE4C 1MLGA 1DWSA 1MODA 2GRZA 1UIWA 2D5XB 3D17B 1XZUA 1KR7A 1BUWB 1SDKA 4MQKA 1TU9A 4NS2A 1HDBB 1SHRA 4C0NA 5CNCA 3QM8A 4H07A 3PI1A 1Y22A 1OJ6A 1Y45A 1BZPA 1DXUA 1T1NB 4M4AA 1R1XB 3ZOMA 3NG6A 3GOUB 1Y31A 1YGFB 1HGBA 1MLQA 3B75B 1IRDA 1CH3A 1O1JA 3G4WA 1YDZB 5HAVA 3LB2A 2YRSA 3HXNB 1DTMA 2EF2A 3BCQA 1YIHB 1FDHA 1EMYA 1RPSB 4FWYA 1SI4B 1UVYA 3UI0A 2ZFOA 4XS0B 3ODQA 4L2MA 2DHBB 3HEOA 1F5PA 1VREA 1NIHB 3BJ1B 1HBGA 2MHBA 4N7OA 2O5OX 1K1KB 3VREB 1A9WE 1MBOA 4TYXA 1OFJA 2Z6TA 2DC3A 1QPWB 2HBGA 3WCUC 3D17A 2R4WA 1BUWA 3HF4B 1CH5A 1O1MB 1MBCA 3UHUA 1T1NA 3WHMB 1YGFA 1MLRA 3MVCA 3B75A 2Z6NB 3UBCA 1YDZA 1MYJA 1GCWB 2MGGA 5CN8A 1KFRA 1XY0A 3HXNA 1NZ2A 1MGNA 1B86A 3UHTA 3LR7A 101MA 1HBBA 1RPSA 1SI4A 1VXEA 1Y4RB 3UH6A 1DLYA 4XS0A 1XZ4B 1V4UB 2DHBA 2AURA 1NIHA 3BJ1A 1EW6A 3H57A 2ZT2A 1K1KA 4F4OB 1Y5KB 1MBDA 3WCVA 2MYCA 4NI0A 4N8TA 2O58X 1G0AB 3UHXA 4IT8A 2LHBA 1Y4QB 3SDNA 1Y4VB 3UHHA 1LA6B 6HBWB 1QXEA 1YHUD 3PI2A 2RAOB 2PGHB 3BJ3B 1O1MA 2DN2B 1GZXA 1MTIA 1J7SB 3WHMA 1IBEB 4MQGB 4MAXA 1A0UB 2Z6SA 2O5MX 1LFLA 5HU6A 1GCWA 1NS9A 1J52A 1MBNA 1Q1FA 1FN3A 3UHDA 1AJ9B 3ZH0A 3V2ZA 1NQPA 4O35A 5EQMA 1LTWA 1Y0DB 1Y4RA 2QSSB 2ZS1D 3UHQA 1J7WA 1XZ4A 1G08A 3S66B 3VHBA 5MBNA 3O7NA 5MBAA 1VXHA 2HBEB 1ECDA 4ZVAA 1C7CA 1YVQB 3HHBB 1EWAA 1V4XA 1O1LB 4F4OA 1Y5KA 1A4FB 1WVPA 1Y8KB 4HRRA 3H58A 1WMUB 4ODCB 4G1BA 3AQ9A 2NSSA 1JZKA 3G4UA 1QSHA 3M38A 3S48C 2WY4A 3AQ5A 2AUPA 2ZLXB 2W72C 3QJBA 2VEBA 111MA 1YHUB 1JL6A 5JGGB 1GDJA 1C40B 3UBVA 4AVDA 1Y7DA 2BK9A 4F69A 3KUOA 2HBFB 1GBVB 1HBHA 1Z8UB 1VXAA 4MQGA 4ROLB 1A0UA 108MA 1XZ7A 1MNKA 3A59B 1QXDA 2RI4A 4NXAA 5CNEA 1C7DA 1MWCA 1LH6A 1G9VA 1O1OB 2G0SA 1LFTB 2G0ZA 1AJ9A 3LQDA 1NXFA 4JYQA 4NI1A 1ECNA 1UC3A 2QSSA 4HSXA 1LH2A 1A3OB 2G11A 3QJDA 3S66A 2HBEA 1MNJA 3HHBA 2FRFA 1O1LA 5CMVA 1GDLA 4ROMB 5EUIB 1V07A 3ECZA 3LHBA 2R1HA 2D60A 3LB3A 3MYNA 3D7OB 1BZ0B 1Y8IB 5E6EB 1X9FC 4FC3B 4HRTB 4DWTA 5CN9A 1HGAB 3GK9A 2G0VA 3SZKB 2V1KA 1THBB 3WCWD 3BA2A 1O1NB 3QZZA 3TM3A 1VHBA 3MKBB 4GZGA 5AZQA 1GBVA 1JP9A 1O1KB 2HZ1A 4ROLA 3GYSA 1CLSA 3A59A 2HHDA 2D2ND 1IWHA 1WLAA 3DUTA 1B0BA 2G0RA 1O1OA 1Y4PB 1LFTA 1HABA 2HHBB 3GQPB 1CBLA 1G09B 1NZ5A 1V75A 4B4YA 2OHBA 4KJTA 1V5HA 1CIOA 4ILZA 3A0GB 2NSRA 1A3OA 5HY8B 2M6ZB 1HBAA 2QSPA 2BNLA 2MGHA 1TESA 1Y8WB 1NEJB 1SPGA 3G4RA 1MYIA 2R80B 3ZOLA 2HZ2A 3D1AA 1Y8IA 5E6EA 1K0YA 4H0BA 1ECOA 1YEUB 2ZS0C 2V1IA 4FC3A 5ILPA 2HCOB 3UGZA 1U7RA 5EETA 3SZKA 3WCWB 3WCUA 1GDKA 1THBA 1O1NA 2MGBA 1MNIA 2MGCA 4MQJA 1DUKA 1O1KA 1YEVA 3ECLA 2H8FB 3DHRB 3KMFC 1MBIA 2D2NB 3ZJIA 4MBNA 3ORDA 4G51B 1BBBB 1YE2B 1Y46B 2WTGA 1RTXA 1HLBA 2HHBA 3GQPA 3QMAA 4H2LB 3CIUA 3VAUA 2ZT4A 1GVHA 1DKEB 2SPMA 1M9PA 1MZ0A 5HY8A 1YCBA 1CH2A 1N9FA 2M6ZA 5EU2A 1S61A 1YG5A 1Y8WA 2GTLC 1NEJA 1CMYB 4HSWA 103MA 1CH7A 1YIEA 2GLNA 1JW8A 2R80A 3EU1B 1LFQB 1MYMA 2QLSB 1Y5FA 3IC0A 1JDOA 1F5OA 2LH5A 2MB5A 1MYFA 1GDIA 3UHCA 1YEUA 2PEGA 1RQ4B 3QM7A 1LFYB 4YU3B 3OGBA 3A9MA 2HCOA 2W72B 3ARJA 1F65A 1BZRA 1X9FD 1J3YA 1HDAB 2ZT3A 3UHVA 2MGDA 2AV3A 1YHUC 1HGCA 1BVDA 2O5SX 1QI8B 2ZSPA 3PT7B 2R50A 1A01B 1QSIB 4G51A 5CNFA 1PMBA 1FSXB 1BBBA 1YE2A 2MGIA 4HHBA 2H8DB 1CH1A 1DLWA 4TWVA 3ARLA 1GBUB 2DN3A 1LHSA 1MYTA 1MYHA 5HLQA 1DKEA 1J40A 2O5QX 3NL7B 1UVXA 4N7NB 1RTEA 1CQ2A 2HBSB 3A5GA 3GQRA 1JZLA 2LH6A 3TLDA 2AUQA 1R1YB 2ZS1C 4WJGA 4F68A 3K8BA 1ABWB 5EOHA 1HACB 2QLSA 1O16A 3E55A 2GRHA 4JACA 3S65B 5KERA 1RQ4A 1LFYA 4YU3A 2H35A 1X9FB 5JDOE 2MYBA 2ZS0D 1YH9B 2W6VA 3S1IA 5KDQB 1HHOB 1Y7ZA 1HV4B 3HEPA 1HDAA 1YHEB 1QI8A 1XZ5B 3PT7A 2VYWA 2D5XA 4AVEA 3D1KB 1Y0WB 1FSXA 3MJPB 1HBSB 1HDBA 1V4WB 1GBUA 3EOKB 1CG8B 3UHKA 3WCTD 1HDSB 3ZJPA 4O4ZA 2MGAA 3QJEB 1R1XA 2EKUA 4OF9A 1J7YB 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2D2MA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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