The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
140
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structure length |
140
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Chain Sequence |
VCNRLEQILVKTQWAQSYGEAENRAAFSRDLFSELFNIQGSSRALFSGVGVDDMNSAAFTAHCLRVTGALNRLISQLDQQATINADLAHLAGQHASRNLDASNFAAMGQAVMSVVPTHLDCFNQHAWGECYERIASGISG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of an extracellular giant hemoglobin of the gutless beard worm Oligobrachia mashikoi.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Giant hemoglobin, A1(b) globin chain
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| molecule tags |
Oxygen storage/transport
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| total genus |
58
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| structure length |
140
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| sequence length |
140
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-09-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YE0 A; 4UUR A; 5CNF A; 1MNI A; 5EOH A; 1MLS A; 1LA6 A; 5CNG A; 2HBD B; 1IRC A; 2V1K A; 1XZ5 B; 3WCU B; 1H1X A; 1HGB B; 5CN6 A; 1AJ9 B; 2GTL C; 2QLS B; 1VXH A; 1CG5 A; 1GDL A; 1Y0D A; 5ILM A; 3OO5 B; 1JL6 A; 3OGB A; 1OFK A; 4DWT A; 1A6K A; 3D1K B; 1GBU B; 2ZFO C; 2ZSP A; 3SDH A; 1H97 A; 1Y2Z B; 3IA3 B; 1CG8 B; 1U7R A; 4MQC B; 2HCO A; 1BZ1 B; 5JGG B; 3WI8 A; 1FAW A; 4ILZ A; 3GKV B; 5CNC A; 1NPG A; 1Y4B A; 1XZ2 A; 1RQA A; 110M A; 1QPW B; 3AQ8 A; 4X0L B; 1BAB B; 3UBV A; 2MBW A; 1FCS A; 1EBC A; 1MLM A; 4F6F A; 1Y7D A; 1X9F B; 3LQD B; 1O1J A; 5MBN A; 1XZ5 A; 3M39 A; 3WCU A; 1HGB A; 1MBO A; 1AJ9 A; 2QLS A; 1K1K B; 3MBA A; 3G4R A; 3UHH A; 1OUU B; 3OO5 A; 3WFW A; 3IXF A; 4MPM A; 2VEE A; 3S48 C; 2ZSZ A; 4KJT A; 5JDO C; 3D1K A; 1UVY A; 1Y2Z A; 3G4W A; 2R4W A; 1DXU B; 4MQC A; 1Y7Z B; 1CO9 A; 1BZ1 A; 5JGG A; 3ZOL A; 3GKV A; 1F63 A; 1OR6 A; 2V1E A; 2QSP B; 4F6D A; 2MYD A; 1CBM A; 1MBD A; 3ZHW A; 4NI0 A; 4X0L A; 1BAB A; 1ABY B; 3AQ9 A; 2D2M D; 4MBA A; 1AJG A; 1X9F A; 3LB3 A; 3LQD A; 2GRF A; 4O2G A; 1GVH A; 1LFV B; 5CNE A; 1V4X B; 1K1K A; 1LHS A; 1V07 A; 3PEL B; 3UHN A; 5HY8 B; 1LFT B; 1OUU A; 3RGK A; 1I3D A; 5CN4 A; 5EYS A; 1IT3 A; 3HEN A; 2FRF A; 2C0K A; 1MOD A; 3B75 B; 1DXU A; 1Y7Z A; 1T1N B; 1Y01 B; 5C6E B; 5AZR A; 1JZL A; 1RQ3 A; 4KN3 A; 1CPW A; 4G51 B; 1DXD A; 3ZJP A; 4NXA A; 2YRS B; 1GDK A; 1ABY A; 4IT8 A; 4FWX A; 1Q1F A; 1MOA A; 1N9I A; 4GZG A; 1OBM A; 2VLX A; 3UHG A; 1YEU B; 1SDL B; 1CIK A; 2BNL A; 4F6B A; 1EMY A; 1Y35 B; 1MLQ A; 1SDK B; 1U7S A; 1YEO A; 5EV5 A; 1LFV A; 2OH9 A; 3TM3 A; 3PT8 A; 1VXG A; 2MGI A; 1LFL A; 3PEL A; 4B3W A; 3WTG B; 2Z6S A; 4G1V A; 4UIQ A; 1Y22 B; 5HY8 A; 3LR9 A; 1LFT A; 3UHQ A; 3CIU B; 2ZT3 A; 1Y31 A; 1HGA B; 5SW7 A; 3ODQ B; 3MJP A; 1UFJ A; 4MU5 A; 2ZS0 C; 4O1T A; 2ZSO A; 3B75 A; 3A9M A; 1COH B; 4KMV A; 1URV A; 1T1N A; 3WFT A; 5C6E A; 2EVK A; 2G0Z A; 1J40 B; 4VHB A; 2JHO A; 2YRS A; 1O1N B; 1MNO A; 2IG3 A; 3ARL A; 3UH7 A; 1BBB B; 1YIE A; 1J3Z B; 4FC3 B; 2BWH A; 1YEU A; 1SDL A; 2HBF B; 2O5M X; 1Y35 A; 1SDK A; 2ZSN A; 5EET A; 1L2K A; 1HLM A; 3R0G A; 1LH1 A; 4NZI A; 1DWS A; 1J7W A; 3LHB A; 5CN9 A; 3WTG A; 3OK5 A; 3WCW C; 1CO8 A; 1Y22 A; 2GRH A; 1IRD B; 3ZJL A; 3HF4 A; 2MYB A; 4F6G A; 4WJG A; 3GKT A; 3UH6 A; 2G10 A; 1HGA A; 3FH9 B; 2BLH A; 2D2N C; 4MQK A; 3HEO A; 3ODQ A; 3RJ6 A; 1VRE A; 1CLS B; 1COH A; 3IC2 B; 1JZM A; 3G4Y A; 1MBN A; 3OO4 B; 3DUT B; 1O1N A; 1DO7 A; 3ZJR A; 1YDZ B; 3NG6 B; 4H2L B; 1VXA A; 3G46 A; 1EW6 A; 1J3Z A; 4TWU A; 4FC3 A; 1MLK A; 109M A; 2VLY A; 1NZ5 A; 2HBF A; 4YU4 B; 3GLN A; 4HSX A; 4N7P B; 3GYS B; 5IKS A; 1DUK A; 1Y0C B; 1SPG B; 4FWY A; 1IRD A; 3K9Z A; 4HSW A; 1A9W A; 1Y7G B; 1CIO A; 2MGF A; 3QQR A; 3FH9 A; 1OFJ A; 3TM9 A; 1HBG A; 2V1I A; 3M3B A; 3A59 B; 3PI9 B; 2ZSY A; 1CLS A; 3IC2 A; 3NML A; 1YCA A; 2HBS A; 3LB2 A; 2GKM A; 2G3H A; 4BJA A; 3OO4 A; 3DUT A; 2XYK A; 3GK9 A; 2R4Z A; 2MHB B; 1DXV B; 3WCU D; 3EDB A; 2GTL B; 3GDJ B; 1MOC A; 1YDZ A; 1MDN A; 1SI4 A; 3NG6 A; 4H2L A; 3D1A B; 2LHB A; 3D17 B; 3WCP B; 4YU4 A; 1BZ6 A; 1Y8H B; 4QAU A; 2QMB B; 1J3F A; 1Y0A B; 3MVC A; 2ZFO B; 1JDO A; 2BW9 M; 4N7P A; 1OJ6 A; 5MBA A; 3GOU B; 5EYJ A; 1V4W B; 3GYS A; 2ZSQ A; 1MOH A; 1Y0C A; 3MYN A; 1Y83 B; 5EQM A; 1Y5K B; 1HSY A; 1XCH A; 3KUN A; 4ODC B; 1YH9 B; 2ZFB B; 2VYW A; 4FWZ A; 3A59 A; 1YGD B; 4DC7 A; 3KMF A; 1MLG A; 1S5Y B; 5CN7 A; 1YFF B; 5B84 A; 1YGF B; 1X9F D; 1MBI A; 4WCH D; 1M9P A; 2MHB A; 1DXV A; 3RJN B; 1HBH B; 3GDJ A; 1IDR A; 1LH3 A; 2DN1 B; 2GL3 A; 2OHB A; 1TU9 A; 3ZJN A; 3D1A A; 2FRK X; 3D17 A; 2MYA A; 1Y8H A; 3QM6 A; 1Y0A A; 2PGH B; 3WCT C; 1MYH A; 2KSC A; 3GOU A; 3LR7 A; 6HBI A; 4NK2 A; 1OR4 A; 1Y83 A; 1Y5K A; 1ECO A; 1OUT B; 1G0B B; 1CBL A; 4O4Z A; 3A5B A; 1S0H B; 1YH9 A; 5EUI B; 3UBC A; 2ZFB A; 2O5S X; 1YGD A; 2O5Q X; 1Y4G B; 1A0Z B; 4ESA B; 2O5O X; 3A5G A; 1PBX B; 3MN0 A; 1S5Y A; 3QM5 A; 1YFF A; 1YGF A; 2V1J A; 1G08 A; 106M A; 1MTJ A; 2HZ3 A; 2G0X A; 3PI1 A; 1Y8K B; 3S65 B; 4MQI B; 1LFY B; 1S56 A; 4TWV A; 1HGC A; 1S61 A; 1QSI B; 2MGA A; 4IRO B; 3AT5 A; 1HBS B; 5CMV A; 2H8F B; 1A00 A; 5AB8 A; 1O1P B; 2D2M C; 2MB5 A; 1IWH B; 3G4Q A; 1GLI B; 1O1I B; 5ILP A; 1A9W E; 2ZWJ A; 4N7O A; 2AUQ A; 3ZJI A; 1DXT B; 2LH6 A; 3MKB B; 5EE4 D; 3MOU A; 1G0B A; 1XY0 B; 1G0A B; 2FAM A; 2E2Y A; 1S0H A; 1YOG A; 2DXM A; 3HRW B; 3S1J A; 1MLJ A; 2DHB B; 1J52 A; 1A01 A; 1ASH A; 1YHU C; 3D4X A; 1V5H A; 3KUO A; 4ESA A; 104M A; 1Z8U B; 1PBX A; 1DO1 A; 1YVT B; 4ROM B; 1ABS A; 2VRY A; 4PQC A; 1NWN A; 1HBI A; 2ZT2 A; 2ZSX A; 3SDN A; 3UHU A; 3S65 A; 4MQI A; 1LFY A; 1TES A; 3QQQ A; 1XZV B; 3OVU C; 1VXD A; 4TYX A; 1HBS A; 1VXC A; 2H8F A; 3BOM B; 1RPS B; 1O1P A; 1IWH A; 1Y0W B; 1GLI A; 4PNJ A; 2ZS0 B; 3G52 A; 1O1I A; 1YIH B; 1MYZ A; 1NIH B; 3A2G A; 1DXT A; 1Y46 B; 2W6W A; 1BVC A; 3MKB A; 1BZP A; 1G0A A; 1JEB B; 3HRW A; 3K8B B; 1WMU B; 2BK9 A; 1Y4F B; 2DHB A; 1MBC A; 1O1M B; 1GCV B; 1YEN B; 1J7S B; 1SWM A; 4AVD A; 3UHY A; 2HBD A; 2ZT1 A; 2D60 B; 4ROM A; 3H57 A; 2AUR A; 2W31 A; 3UH3 A; 2ZT0 A; 3WCW B; 2W6V B; 2R4X A; 1Y5J B; 1XZV A; 4N8T B; 3UHV A; 2W72 C; 2Z85 A; 1UMO A; 1GBU A; 2VM0 A; 1NZ3 A; 3UHD A; 3BOM A; 1NXF A; 2D2N B; 3UH5 A; 1RPS A; 3PI4 A; 1BZ0 B; 1CG8 A; 2ZS0 A; 1YE2 B; 2MGE A; 1J7Y B; 1NIH A; 1EBT A; 1CH9 A; 1Y46 A; 1JWN A; 112M A; 3A5A A; 5B85 A; 1F65 A; 1AZI A; 3QMA A; 5E83 B; 1QPW A; 4FH7 A; 3K8B A; 1WMU A; 1C7D B; 2SPO A; 2GNW A; 1O1M A; 1YEN A; 1J7S A; 1A3N B; 3MJU B; 3UHT A; 1FLP A; 2VLZ A; 5JDO F; 1HJT A; 2PEG B; 2D60 A; 1MYT A; 2AA1 B; 3PI8 B; 1Y4V B; 1HRM A; 4PQB A; 3H58 A; 1C40 B; 1AJH A; 3PT7 B; 2W6V A; 2NSS A; 1Y5J A; 4N8T A; 1KD2 B; 5JDO E; 3UHE A; 1MOB A; 2HZ2 A; 1I3E A; 1J7Y A; 2QSP A; 5E83 A; 2QU0 B; 1C7D A; 2GTL D; 1Y8W B; 2MGH A; 3MJU A; 2ZT4 A; 4C0N A; 3QM8 A; 1MWD A; 1YEV B; 3PI2 A; 5KKK A; 2PEG A; 2AA1 A; 3DHT B; 1Y4V A; 3WFX A; 1V4X A; 1G09 B; 2ZFO D; 1CH5 A; 3QJC B; 5CHQ A; 1C40 A; 3PT7 A; 4NI1 B; 1IOP A; 1KD2 A; 3V2V A; 1A4F B; 1S69 A; 7HBI A; 2G0V A; 3M38 A; 3PIA B; 4U8U C; 3NL7 B; 101M A; 3UGZ A; 4G51 A; 1NS9 B; 2MGB A; 1R1Y B; 2QU0 A; 1HBR B; 1Y8W A; 2BMM A; 2RI4 B; 3EU1 B; 1YEV A; 5HU6 B; 1QI8 B; 1THB B; 1HV4 B; 3NFE B; 3WCT B; 3DHT A; 1CH2 A; 2G0R A; 2MGC A; 4MXK A; 1YMC A; 5E6E B; 2AUO A; 5JDO D; 1DLW A; 1G09 A; 5HAV A; 4HHB B; 3W4U B; 4XDI A; 1UIW B; 3ZJQ A; 3CIU A; 2Z6N B; 2NX0 A; 2IN4 A; 3ZH0 A; 5KDQ B; 1M6C A; 2ZLU B; 1A0U B; 3WCV C; 1LH5 A; 2QRW A; 5ILE A; 1KR7 A; 1BUW B; 4ROL B; 2QFN A; 108M A; 2H8D B; 2W6X A; 4YU3 B; 3NL7 A; 1J40 A; 2HBC B; 4N7N B; 3QM7 A; 1N9H A; 3VRE B; 1ECN A; 3D7O B; 1GZX B; 1NS9 A; 3GQP B; 1CP5 A; 4NXC A; 1HBR A; 1O1K B; 1BBB A; 2ZLT B; 1NZ2 A; 2V1G A; 1LFQ B; 2MGK A; 1WVP A; 2RI4 A; 5CHR A; 1EWA A; 1URY A; 1UX9 A; 3EU1 A; 5HU6 A; 1QI8 A; 1MLU A; 1THB A; 1HV4 A; 5C6Y A; 3ARK A; 1YVQ B; 3WCT A; 3BJ2 B; 2GNV A; 1N9F A; 2Z8A A; 2D2M B; 1MZ0 A; 3DHR B; 5E29 B; 4HHB A; 1ECD A; 1LJW B; 1UIW A; 2ZS1 B; 2HHD B; 1ITH A; 1JY7 B; 1LFZ B; 2Z6N A; 3E4N A; 1NQP B; 5KDQ A; 1YHE B; 1J41 B; 2ZLU A; 1A0U A; 2ZST A; 4ROL A; 3HXN B; 2EKT A; 3EOK B; 1NS6 B; 3ZJO A; 1YHU B; 4YU3 A; 2HBC A; 4N7N A; 3LB1 A; 3VRE A; 3D7O A; 1GZX A; 3GQP A; 3G53 A; 1LH2 A; 1O1K A; 1UT0 A; 2MYE A; 2ZLT A; 4PQ6 A; 1HDB B; 2ZLX B; 1YOH A; 1VXE A; 2ZSS A; 1Y09 B; 1DWR A; 3ECX A; 1SPE A; 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2R1H A; 1C7B A; 1MTK A; 1OUT A; 2QFK A; 1ABW A; 5EUI A; 4F4O A; 3VRG A; 2R50 A; 1RSE A; 1Y4G A; 2HCO B; 2OHA A; 1A0Z A; 5JOM A; 111M A; 4L7Y B; 1GCW A; 1Y4B B; 1XZ2 B; 1Y7C B; 2RAO B; 2VYZ A; 1YEQ A; 2ZLW A; 2AUP A; 1PMB A; 4NK1 A; 3U3E A; 1NZ4 A; 2VEB A; 3KMF C; 1Y85 B; 102M A; 1JF3 A; 1Y8K A; 1RVW B; 1S6A A; 1IT2 A; 1XZ7 B; 1Y7D B; 1Y0T A; 2EVP A; 1O1J B; 2EKU A; 1QSI A; 1X3K A; 4IRO A; 1RTE A; 1QXD A; 1BVD A; 1GDJ A; 1O1O A; 3GQG A; 4U8U B; 3E55 A; 5HLU A; 2QSS A; 2FAL A; 4M4B B; 2O5T X; 1XY0 A; 2OIF A; 2R4Y A; 3BJ1 B; 4SDH A; 3UGY A; 1HBA B; 4F69 A; 1BIJ B; 4L7Y A; 3BA2 A; 5CNB A; 2G12 A; 1YVT A; 1Y7C A; 1FN3 B; 2RAO A; 1FDH A; 1JL7 A; 4NI0 B; 4MQH B; 4AVE A; 3WCT D; 1UVX A; 1Y85 A; 1VHB A; 1RVW A; 1XZ7 A; 2NRM A; 4MQG B; 4OOD A; 1XXT B; 2SPL A; 1QSH B; 3AQ5 A; 3EDA A; 3QZX A; 4HBI A; 1QXE B; 3WCV B; 1Y0W A; 3ZJS A; 3QZZ A; 1MTI A; 1MLN A; 4U8U A; 1YIH A; 1DLY A; 2R80 B; 4M4B A; 3UI0 A; 107M A; 3A0G B; 2WTH A; 1JEB A; 4MAX A; 3BJ1 A; 1Y4F A; 2ZLV B; 3K3U A; 1V4U B; 1GCV A; 5D5R A; 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