The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
140
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structure length |
140
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Chain Sequence |
VCNRLEQILVKTQWAQSYGEAENRAAFSRDLFSELFNIQGSSRALFSGVGVDDMNSAAFTAHCLRVTGALNRLISQLDQQATINADLAHLAGQHASRNLDASNFAAMGQAVMSVVPTHLDCFNQHAWGECYERIASGISG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of an extracellular giant hemoglobin of the gutless beard worm Oligobrachia mashikoi.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Giant hemoglobin, A1(b) globin chain
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| molecule tags |
Oxygen storage/transport
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| total genus |
58
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| structure length |
140
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| sequence length |
140
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-09-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1UC3 A; 1HBB B; 1J52 A; 1X9F C; 1BAB A; 1JL6 A; 2EKT A; 1SDL B; 3UHD A; 2QMB B; 1YHR B; 1HBA B; 2MYE A; 4ROL A; 2R80 A; 4MQI A; 3UHS A; 2V1I A; 2QSS A; 1VHB A; 1A9W E; 5E6E A; 1BAB B; 1LFV A; 1HHO B; 1IRC A; 1Y8W B; 4MQI B; 1PMB A; 2QSS B; 3OZV A; 1CIK A; 5E6E B; 2XKG A; 1Y4G B; 1OBM A; 2OHA A; 107M A; 1MLJ A; 2HBS A; 1I3D A; 1K1K A; 3EDB A; 1FDH G; 3ZHW A; 4DWT A; 1HGA A; 2G3H A; 1Y45 A; 3OGB A; 2Z6S A; 3ASE A; 1XYE A; 3PI2 A; 1CH1 A; 2ZS0 A; 4YU3 B; 3ZJM A; 1K1K B; 1Y5J A; 1DO1 A; 1CMY B; 1MBS A; 2HBC A; 4YU4 A; 1VXH A; 1O1N A; 3G4Q A; 1J7W A; 3WFT A; 4ROM A; 3D1K A; 1XYE B; 3IA3 B; 2ZS0 B; 2D2N A; 1RQ4 A; 1VXD A; 1M9P A; 1DXT A; 2HBC B; 4YU4 B; 1DLW A; 1O1N B; 2MGF A; 3CIU B; 2MGI A; 1J7W B; 4O35 A; 1MLQ A; 4AVE A; 3HRW A; 3AQ9 A; 1RQ4 B; 1XZ4 B; 4PQ6 A; 1DXT B; 2MGD A; 1RTE A; 1Y5F A; 2D60 A; 4O1T A; 1GCV A; 3UHW A; 1S5X A; 2H8F B; 1XQ5 A; 4PQC A; 1V4W B; 2MGJ A; 3HRW B; 4TWV A; 1Y46 A; 1MDN A; 1Y0A A; 1YOI A; 1DM1 A; 1Y8H B; 2D60 B; 3WCU B; 1GZX A; 3UH7 A; 1CG5 A; 5JDO E; 3S65 A; 1CG8 B; 1XQ5 B; 1DTI A; 4HRR B; 2HZ1 A; 1ECN A; 1GZX B; 2R4Y A; 1CG5 B; 3S65 B; 1XY0 A; 1UIW A; 4G51 A; 1A6G A; 1CO8 A; 1HBS B; 3SZK A; 1SI4 B; 1VXE A; 4M4B A; 1YVQ A; 1YHE A; 1HSY A; 1Y4F A; 1YG5 A; 3OO4 A; 1XY0 B; 1UIW B; 1HAB B; 4OOD A; 5SW7 B; 3WI8 A; 1YE2 B; 3BJ2 A; 1IRD A; 1DUK A; 4MPM A; 3SZK B; 1ABY A; 4M4B B; 1YVQ B; 4FWX A; 1YHE B; 1FHJ A; 5MBA A; 1Y4F B; 2OHB A; 3OO4 B; 3HEO A; 2LH5 A; 2XKH A; 1D8U A; 3QM8 A; 1YCA A; 2DXM A; 3BJ2 B; 1IRD B; 3EOK A; 1V75 A; 1NXF A; 2NSS A; 2G0X A; 3ECX A; 1XCH A; 2ZLW B; 4O4Z A; 1OR4 A; 1Y8K A; 2D5Z A; 1UVX A; 2ZS0 D; 4FC3 A; 3R5I B; 1WMU A; 1FCS A; 1JL7 A; 2PGH B; 3WR1 A; 1NWN A; 1Y7C A; 2D5Z B; 1KD2 A; 3LQD A; 3IC0 A; 5HU6 B; 3W4U B; 4FC3 B; 1IT2 A; 1WMU B; 5AZR A; 5JDO D; 110M A; 4L7Y B; 5EYS A; 1Y7C B; 1KD2 B; 2AA1 A; 3IC0 B; 5CN7 A; 1YEU A; 1YEO B; 3HHB A; 1GDL A; 1YEN B; 2W6X A; 1YHU C; 3A9M A; 5CMV A; 5CN8 A; 1OUU B; 3QQQ A; 3WCU D; 4F6J A; 2MYC A; 3WFW A; 1MYZ A; 2AA1 B; 2BKM A; 1YCB A; 3ZJJ A; 3MJU A; 3BCQ A; 5AZQ A; 5CHR A; 1YEU B; 1YDZ A; 2W72 C; 2ZSS A; 2Z8A A; 1J3Y A; 5EUI A; 1AJH A; 1YMA A; 1HDA B; 1BZ1 A; 1NZ3 A; 3KMF A; 1QSI A; 1BBB A; 1IWH A; 4U8U A; 1FDH A; 102M A; 3BCQ B; 2W6Y A; 1YDZ B; 2O5T X; 2AV3 A; 2ZLT A; 2OLP A; 109M A; 5EUI B; 4HRT A; 1GVH A; 4XDI A; 1O1M B; 1OJ6 A; 2NX0 A; 3FH9 A; 1BZ1 B; 2ZFO A; 1N9F A; 1QSI B; 1LFZ A; 1BBB B; 3IC2 A; 4HHB A; 5ILP A; 1IWH B; 1XZ7 B; 4U8U B; 2O58 X; 2MGB A; 1H1X A; 5MBN A; 3D4X A; 1S6A A; 3ZJQ A; 1UX9 A; 4HRT B; 1MTI A; 3AG0 A; 2VYY A; 1A0U B; 1CH9 A; 1BZP A; 1DUO A; 1MYG A; 2ZFO B; 4HHB B; 1QSH A; 3ZH0 A; 2OH9 A; 4FH7 A; 3D4X B; 1K0Y A; 5HY8 A; 2ZSQ A; 1A01 A; 1HDS A; 2D5X A; 3AQ5 A; 3VRE B; 3A5B A; 1QSH B; 2JHO A; 1QI8 A; 1SPG A; 3GDJ A; 4NK1 A; 1K0Y B; 5HY8 B; 1MNO A; 1EBC A; 1VXG A; 3EDA A; 2MYA A; 1A01 B; 1Y83 A; 5EET A; 2D5X B; 2ZT1 A; 3MKB A; 2MGK A; 3UH6 A; 1BZR A; 1MZ0 A; 1HGC B; 1QI8 B; 1SPG B; 1KFR A; 4F6F A; 3A0G B; 3WCP B; 3ZJI A; 1Y83 B; 3MKB B; 1GDK A; 3WCT A; 1Y7D A; 1HV4 A; 4N8T B; 112M A; 2ZS1 C; 1I3E A; 1EMY A; 3UHN A; 1F5P A; 1U7S A; 2QU0 A; 1FSX A; 1A3N A; 3WCV A; 2KSC A; 3ORD A; 1YIE A; 1HV4 B; 3NML A; 1YMC A; 2HZ2 A; 4N7O A; 5EE4 D; 2VYZ A; 2QU0 B; 1BJE A; 1FSX B; 4F68 A; 5EU2 A; 2MGA A; 3WCV B; 1LH7 A; 1V4U A; 1MKO B; 3S48 C; 1YIE B; 2D2M A; 4N7N A; 3WCW A; 1MBD A; 3BJ3 A; 4N7O B; 2SPM A; 1S56 A; 1BUW B; 3QMA A; 1LUE A; 3GQP B; 2H8D A; 1V4U B; 5HAV A; 2D2M B; 3WFU A; 1MLM A; 2EVK A; 4JAC A; 4N7N B; 4U8U D; 3WCW B; 1Y4R A; 3BJ3 B; 5E83 A; 5M3S A; 1MYM A; 3BJ1 A; 1WVP A; 108M A; 1TES A; 3ONZ A; 5CNE A; 3FS4 A; 1SHR A; 2H8D B; 1NS6 B; 1SWM A; 1QPW A; 2ZFO D; 4X0L A; 2G0S A; 2HHD B; 1MWD A; 1Y4R B; 3S1J A; 1VXF A; 2FRK X; 4G1B A; 1MYI A; 3P5Q A; 3BJ1 B; 3VRG A; 2BW9 M; 3EU1 A; 2B7H B; 1EBT A; 3ONZ B; 1MYF A; 1MOD A; 1AJ9 B; 3FS4 B; 2CMM A; 1SHR B; 1QPW B; 3ECL A; 4M4A A; 4HSX A; 4IRO B; 3V2Z A; 1A3O A; 1XXT A; 3P5Q B; 3DUT A; 3VRG B; 1JF3 A; 3CY5 A; 1XZV A; 1MWB A; 4MQC A; 1FSL A; 2W31 A; 1G0B A; 3RGK A; 5EV5 A; 1X9F A; 1S5Y A; 1BVC A; 1XXT B; 3DUT B; 1MLN A; 3CY5 B; 3M38 A; 5ILE A; 1YOH A; 2O5L X; 2RAO B; 4MQC B; 3UHU A; 2ZSX A; 1B0B A; 5F2A A; 1HLM A; 2ZST A; 1X46 A; 2DN1 B; 1G08 A; 1S5Y B; 2WTG A; 3NMM A; 1HJT A; 3PI4 A; 1MLF A; 5CN5 A; 3UHG A; 1HAC A; 1Y31 A; 4ROL B; 2R80 B; 3G4V A; 3NMM B; 2SPO A; 4MAX A; 1O1J A; 2BLI A; 1DXU A; 1LFV B; 2GTL C; 2ZLX A; 1HAC B; 2G11 A; 3WCV D; 1MYJ A; 3K3U A; 2GRZ A; 2V1G A; 1IOP A; 3ED9 A; 1GLI A; 1HBH A; 1O1J B; 2BNL A; 1Y22 A; 1DXU B; 2ZLX B; 1PBX A; 104M A; 1V4X A; 1FLP A; 2HBS B; 2D2M D; 1GLI B; 3WFX A; 3WCW D; 1HBH B; 2LHB A; 1HGA B; 1Y45 B; 2IN4 A; 1PBX B; 1V4X B; 2G10 A; 2GKM A; 3SDN A; 1Y5J B; 3HC9 A; 4WJG 1; 3SDH A; 1URV A; 1B86 A; 3LB4 A; 3G46 A; 2DHB A; 4MXL A; 2W6W A; 4UIQ A; 4ROM B; 1BIJ A; 1ECD A; 2IG3 A; 3D1K B; 5C6E A; 1UMO A; 2GNV A; 4MU5 A; 2D2N B; 5KDQ A; 1M9P B; 1HDB A; 1YEQ A; 1B86 B; 4WJG A; 2DHB B; 1BIJ B; 4B3W A; 1JP9 A; 1MTK A; 2MYD A; 3OZW A; 5C6E B; 5JDO C; 4L2M A; 1HCO A; 1YEQ B; 1MOC A; 1Y5F B; 2R1H A; 5HLU A; 3D7O A; 3LR9 A; 2QLS A; 4O4T A; 1GCV B; 2O5O X; 2ZFB A; 1S5X B; 5CN9 A; 4VHB A; 3UH5 A; 3ODQ A; 3WCU C; 1NIH A; 1Y46 B; 1HCO B; 4MQG A; 1Y0A B; 1OR6 A; 2R1H B; 4NI0 A; 1DWS A; 3D7O B; 3UHY A; 2QLS B; 3VRF A; 2V1J A; 1JZK A; 1N9H A; 1LH6 A; 3HYU A; 3ODQ B; 1NIH B; 3OJ1 A; 6HBW A; 4MQG B; 3KUN A; 1UVY A; 1V07 A; 1SPE A; 5KKK A; 1R1X A; 2VLX A; 3VRF B; 1Y4B A; 4NK2 A; 1IDR A; 1A0Z A; 5AB8 A; 1S61 A; 1J7Y A; 3NFE A; 3HYU B; 4G51 B; 3G4R A; 1DKE A; 3DHR A; 3V2V A; 5D1V A; 2OH8 A; 3GOU A; 1Y4V A; 2HHB A; 2V1E A; 1MBO A; 1YG5 B; 3B75 A; 1Y4B B; 3G4W A; 1A0Z B; 2LH3 A; 2QSP A; 3GQG A; 3ZJO A; 1J7Y B; 3NFE B; 1DKE B; 1DLY A; 3DHR B; 3UHK A; 1ABY B; 3GOU B; 5EYJ A; 3MN0 A; 1FHJ B; 1MLO A; 2WY4 A; 1Y4V B; 2EKU A; 5CN6 A; 1JEB A; 6HBI A; 2QSP B; 2AV0 A; 3GQG B; 3QJD A; 1OFK A; 3A5A A; 3AQ7 A; 1LA6 A; 1RQ3 A; 1J3F A; 3UHE A; 2DXM B; 3EOK B; 2ZSN A; 1V75 B; 4WCH D; 1J40 A; 5E29 A; 1QXE A; 2ZSR A; 1MNK A; 4H07 A; 1URY A; 4C0N A; 1VXA A; 3QJD B; 1G09 A; 1Y8K B; 2AUP A; 4MBA A; 2BWH A; 1LH3 A; 2D2N D; 3ARJ A; 1J40 B; 4C44 A; 1QXE B; 1Y0T A; 4PNJ A; 2LH2 A; 3PI1 A; 1DXV A; 1MNH A; 3WR1 B; 1G09 B; 1CLS A; 1FN3 A; 1BZ6 A; 4QAU A; 3LQD B; 2G0R A; 1YHU A; 1G0A A; 2MB5 A; 1U7R A; 2HHE A; 4ZVA A; 1Y0T B; 3ARK A; 3HXN A; 2W72 A; 3LR7 A; 1FN3 B; 2LH6 A; 2XKI A; 1MLK A; 1G0A B; 1S69 A; 1OFJ A; 3HHB B; 2HHE B; 3D17 A; 1UX8 A; 4BJA A; 3HXN B; 1DWT A; 1MBN A; 1UFP A; 1DO4 A; 2GKN A; 3MJU B; 1EW6 A; 1J7S A; 3NG6 A; 1J3Y B; 4JYQ A; 3D17 B; 3VAU A; 1CO9 A; 1MGN A; 3E5I A; 3ZOL A; 2VYW A; 1COH A; 1NEJ A; 2ZLT B; 2GLN A; 3NG6 B; 3UBC A; 4MQJ A; 4AVD A; 1Y4Q A; 4F6D A; 1O1L A; 3FH9 B; 3H58 A; 1X3K A; 1LFZ B; 3IC2 B; 5CNB A; 5KER A; 1DXC A; 1ASH A; 2EVP A; 1A6N A; 3HEP A; 1COH B; 1NEJ B; 1H97 A; 1YZI A; 3PI8 A; 1HBI A; 4MQJ B; 3O7N A; 4ODC A; 1Y4Q B; 1O1L B; 2H35 A; 3S1I A; 4F6G A; 2PEG A; 1HBG A; 3ZJS A; 1JWN A; 1BZZ A; 1MOH A; 2Z6N A; 1HDS B; 3OK5 A; 1YIH A; 2QFK A; 4MBN A; 1Q1F A; 1VRE A; 1DWR A; 3IXF A; 3GDJ B; 5EQM A; 5JOM A; 2AUQ A; 3PI3 A; 1BZZ B; 3A2G A; 2DN3 A; 1MOA A; 3UHV A; 2ZT0 A; 2G12 A; 2Z6N B; 2ZT2 A; 2ZS1 A; 5JGG A; 4UUR A; 1YIH B; 2VHB A; 2G0Z A; 1NZ5 A; 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3MYN A; 2ZS1 D; 1HHO A; 1LHT A; 1CPW A; 4NS2 A; 5CND A; 1G08 B; 3WCT D; 2GTL A; 4HSW A; 1Y8W A; 1DO7 A; 3D1A B; 5CHQ A; 1Y4G A; 2QFN A; 3OO5 A; 1Y31 B; 1JZL A; 2GTL B; 2C0K A; 3LB3 A; 2FAL A; 2O5Q X; 3UHB A; 2D6C A; 1AJG A; 3UHI A; 1JY7 A; 3OO5 B; 4YU3 A; 1DO3 A; 1CMY A; 2EF2 A; 1Y22 B; 3E55 A; 1JY7 B; 1O1K A; 101M A; 2GDM A; 3ECZ A; 2MHB A; 2SPL A; 1HGB A; 2AUR A; 1RTX A; 3UBV A; 1HBR A; 1YE0 A; 2ZS0 C; 3CIU A; 1O1K B; 4KN3 A; 2MHB B; 3M3A A; 1JW8 A; 2ZLV A; 1YH9 A; 1HGB B; 1XZ4 A; 3QJC A; 2VLZ A; 1HBR B; 1YE0 B; 2D2N C; 1CBM A; 1ABS A; 2H8F A; 1V4W A; 1ABW A; 1GJN A; 3HEN A; 4SDH A; 2ZLV B; 1YH9 B; 1YGD A; 5KDQ B; 2EB8 A; 1W92 A; 1HDB B; 3QJC B; 1Y8H A; 3WCU A; 1MCY A; 1NWI A; 5JDO F; 2ZSP A; 1R1Y A; 1CG8 A; 3QZZ A; 1ABW B; 3ZJN A; 3UI0 A; 4HRR A; 5D5R A; 2MGC A; 1X9F D; 4FWY A; 1YGD B; 1NPG A; 1Y8I A; 1GDJ A; 3LHB A; 1Y0D A; 2ZFB B; 2V1H A; 4DWU A; 2FRJ X; 1ITH A; 1IBE A; 1Y0C A; 1R1Y B; 4F6I A; 2R4X A; 1HBS A; 1YMB A; 4NI0 B; 1GDI A; 2GRF A; 1NZ2 A; 1Y8I B; 1SI4 A; 3PEL A; 4KJT A; 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