The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
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sequence length |
141
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structure length |
141
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Chain Sequence |
VLSAADKTNVKAAWSKVGGHAGEYGAEALERMFLGFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKAHGKKVADGLTLAVGHLDDLPGALSDLSNLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLSTLAVHLPNDFTPAVHASLDKFLSSVSTVLTSKYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Three dimensional fourier synthesis of horse deoxyhaemoglobin at 2.8 Angstrom units resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxygen transport
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| source organism |
Equus caballus
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| molecule keywords |
HEMOGLOBIN (DEOXY) (ALPHA CHAIN)
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| total genus |
35
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| structure length |
141
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| sequence length |
141
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1973-11-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YHU A; 3G4Q A; 1YEN B; 1EW6 A; 3AQ5 A; 1YVQ B; 5SW7 B; 3QJC A; 2D2N D; 3GDJ B; 1Y4V A; 4U8U A; 1JP6 A; 1J7W A; 1O1I B; 2EKU A; 1NPF A; 1IDR A; 2QMB B; 2XKG A; 3UHC A; 1NXF A; 1GJN A; 2DN2 B; 2PGH A; 4C0N A; 3WCV C; 1VXD A; 1J7Y A; 3CIU B; 2QSS A; 1QSH A; 1QSI B; 1X9F A; 1A0Z A; 1YE0 A; 2ZSX A; 2AUR A; 3QM5 A; 1A9W A; 5C6Y A; 3VRF B; 4OF9 A; 1A4F A; 2HHB A; 1YIE A; 4H2L B; 4F6F A; 1YCB A; 3OO4 B; 3AG0 A; 1FHJ B; 3WCT A; 4AVD A; 3HEP A; 1NEJ A; 1T1N A; 2R4X A; 3A0G A; 3VRG B; 4NZI A; 1UFJ A; 1HLB A; 1XZ2 A; 2QRW A; 3BJ1 B; 3LB2 A; 1VXF A; 4YU4 B; 1YGF B; 1HGB B; 1Y4B A; 1C7B B; 4KMW A; 3UHV A; 2FAM A; 1A01 A; 1ABS A; 108M A; 3QJE B; 4FC3 B; 2W31 A; 1R1X B; 1S6A A; 5HLQ A; 1Y4P A; 2HBF B; 4ZVB A; 5CMV A; 1Y0W A; 2XKH A; 3WI8 A; 2FRK X; 4VHB A; 2D2M C; 4F4O B; 1RTE A; 1YDZ A; 1CH9 A; 1GCV B; 3ODQ B; 3PI8 A; 3SZK B; 2W72 B; 1Y4G A; 1YHU B; 1K0Y B; 3GQP A; 4NK1 A; 1C40 A; 1HSY A; 1JF4 A; 1Y8I B; 1HV4 A; 2QFN A; 2ZT4 A; 1Y4V B; 2D6C A; 1UT0 A; 1J7W B; 3GQG B; 1DWS A; 5AZR A; 1MLM A; 2MGB A; 1NAZ A; 5HY8 A; 4AVE A; 3UBC A; 1SDL A; 2PGH B; 1VXH A; 3D1K A; 1J7Y B; 2QSS B; 1QSH B; 1TU9 A; 1X9F B; 1YE0 B; 2MGK A; 2VLZ A; 4UZV A; 4UIQ A; 1A4F B; 2ZLV A; 2HHB B; 2HHE A; 4NI1 B; 4XDI A; 4N7O A; 1BAB A; 1ECD A; 1MBI A; 5CNF A; 1UX9 A; 3A5G A; 1S5Y A; 3HF4 B; 5C6E A; 3ZJH A; 1NWI A; 3S65 A; 3AT5 A; 3ED9 A; 2Z6N B; 1YEQ A; 1NEJ B; 1Y0D A; 4NI0 A; 1T1N B; 2H35 B; 1YVT A; 3A0G B; 1GCW A; 4KN3 A; 1VWT A; 5E29 A; 2BLI A; 1MTJ A; 4LPI A; 1J41 A; 1XZ2 B; 1ECO A; 1FLP A; 2KSC A; 1Y4B B; 1YZI A; 1UC3 A; 4PQ6 A; 3W4U B; 1BZP A; 1ABW A; 1KFR A; 5D1V A; 3OGB A; 1J7S A; 1LFL A; 1RPS A; 1LFQ A; 1Y4P B; 1J3Y A; 5ILE A; 3VAU A; 1WMU A; 1MWB A; 1Y0W B; 2C0K A; 3MJP B; 2R4Y A; 2VYZ A; 2VRY A; 3VHB A; 5EV5 A; 1JZK A; 1GDL A; 2D2M D; 2ZS0 A; 4MBA A; 1CBM A; 3QQQ A; 1J40 A; 2FAL A; 3PI8 B; 3QQR A; 1NGK A; 1N9X A; 3G4U A; 3GQP B; 3SDN A; 4IT8 A; 3QZZ A; 5AZQ A; 3QMA A; 3WFU A; 1DTM A; 5HY8 B; 1LA6 B; 2GL3 A; 1SDL B; 3A5A A; 1O1O B; 3D1K B; 1FDH A; 1HBR A; 1LFZ A; 1QXE A; 2VHB A; 1LH6 A; 2OIF A; 4ROL A; 3QJD A; 3PI9 B; 1A6G A; 2HHE B; 3DHR B; 4PQB A; 3OO5 A; 1O1J A; 1BAB B; 4N7O B; 1O1M B; 3WCU C; 3MYM A; 2ZLU A; 5C6E B; 1A3N A; 3ZJM A; 3S65 B; 3AT5 B; 4O1T A; 1YEQ B; 2HZ1 A; 1Y0D B; 2ZS1 B; 4NI0 B; 1J3Z A; 2DN1 A; 5CN4 A; 3AQ6 A; 1YVT B; 1GCW B; 3QM9 A; 2O58 X; 3B75 B; 2D5Z B; 3WCW A; 4L7Y A; 1KR7 A; 5HLX A; 3FS4 A; 3ORD A; 5F0B A; 3ZJO A; 3WFT A; 2AUQ A; 2QLS A; 1A3O A; 1Y4R A; 3WHM A; 1YZI B; 1Y8W B; 3UHY A; 1SPG A; 1Y8K A; 1YOH A; 1HAB B; 3MVC A; 105M A; 1J7S B; 1LFL B; 2ZT3 A; 1MLR A; 2NSR A; 1G08 B; 1SWM A; 1MDN A; 1OR4 A; 3UHD A; 3OZU A; 1MWC A; 3LB4 A; 2OHB A; 1V4U B; 3WCV B; 3UHT A; 3LR9 A; 1BUW A; 1DUO A; 3D1A A; 1MLH A; 1N9H A; 1J40 B; 3UHN A; 1O1N A; 4YU3 A; 1G9V B; 5B85 A; 5EQM A; 2W72 C; 1V4X A; 1YHU C; 4C44 A; 5ILP A; 2SPN A; 1HGA A; 4U8U C; 4MQG A; 2B7H A; 1JDO A; 1XYE A; 3ECX A; 1MTI A; 2VEE A; 1IBE B; 1BZ0 A; 1CH4 A; 3UHR A; 4JAC A; 4MXK A; 1LFZ B; 3WCP B; 1HHO A; 1CG5 A; 3QJD B; 1GBU A; 2O5Q X; 2BNL A; 2YRS A; 4TYX A; 1Z8U B; 3K3U A; 1CO8 A; 1MLJ A; 3KMF A; 1YEO B; 4L2M A; 3U3E A; 3BOM A; 3WCT C; 1Y7G B; 1A3N B; 1XZ4 A; 3G46 A; 1J3Z B; 2DN1 B; 1URV A; 1O1L A; 1Y0A A; 3UHI A; 4ODC A; 2EKT A; 1C7C B; 2HBC B; 2DXM A; 2R50 A; 1EBT A; 1XZV A; 1M9P B; 1UIW A; 3VRE A; 1Q1F A; 1Y4R B; 1CH3 A; 1CLS A; 6HBW A; 1SPG B; 1CQX A; 5HBI A; 1MYT A; 1MLF A; 3MBA A; 1BIJ A; 5EET A; 1B86 A; 1DLY A; 2PEG A; 1DTI A; 1YMC A; 3ARL A; 4KMV A; 1Y22 A; 2DHB A; 1HBS B; 3TM3 A; 2MGM A; 5KKK A; 1OFK A; 3WFX A; 3AQ8 A; 4NXC A; 1CH1 A; 4OOD A; 3QM6 A; 2ZLT A; 1IRC A; 3H58 A; 1FAW A; 3IA3 B; 1CG8 A; 3UHG A; 1O1P A; 5HU6 A; 3M38 A; 5EOH A; 2G10 A; 1R1Y B; 1YH9 A; 1XXT A; 1YHU D; 5B84 A; 3ASE A; 4BJA A; 4ROM A; 5KER A; 2ZT0 A; 1Y0T A; 2HCO A; 4MQG B; 4O2G A; 2B7H B; 3MN0 A; 1XYE B; 1OUU A; 1GDK A; 3M3B A; 2H8D B; 3ZJQ A; 3WFW A; 1EBC A; 2Z6S A; 1CMY A; 3QJB B; 2VLX A; 1X9F D; 1BZ1 A; 1CG5 B; 1GBU B; 1JL6 A; 1G0B A; 4MQC A; 2FRI X; 3BJ3 B; 3HXN A; 3A2G A; 3HRW B; 7HBI A; 1KD2 A; 3BOM B; 1FN3 B; 3GLN A; 1XZ4 B; 2LH3 A; 1IWH A; 1OUT B; 1NIH A; 2DN3 A; 5JOM A; 2Z6T A; 2AA1 B; 1O1L B; 3LQD B; 1XZ7 B; 3ZJS A; 1MLN A; 4ODC B; 4MQK A; 2MYD A; 1BZZ B; 1MOB A; 2DXM B; 1OBM A; 1A6M A; 3ZHW A; 1UIW B; 1X3K A; 3VRE B; 1RQ3 A; 1Y4F A; 3UHK A; 2XYK A; 1CLS B; 2H8F A; 6HBW B; 2QFK A; 1YHR B; 1JF3 A; 4F6B A; 3UHS A; 3GKV A; 2PEG B; 3HEO A; 1SI4 B; 1JP8 A; 4HRT A; 2HHD A; 1Y22 B; 2WTG A; 2DHB B; 3EDB A; 4M4B A; 3ECL A; 2R1H B; 1X46 A; 1HBH A; 1MYM A; 1VXG A; 4MQH A; 1V9Q A; 1YEU A; 2ZS0 C; 4N7P B; 1S5X B; 1FAW B; 1CG8 B; 5HU6 B; 3WTG A; 1MKO B; 1HCO B; 3WCU B; 2BWH A; 1Y5K A; 1YG5 A; 1HBB B; 2HCO B; 1MNK A; 1V4W A; 2MGC A; 3DR9 A; 3OZW A; 3UH6 A; 1MWD A; 1LHS A; 2OH8 A; 4N8T A; 1HAC A; 1CMY B; 1BZ1 B; 4F69 A; 1Y09 A; 1UFP A; 1SHR A; 1BBB A; 1JZM A; 1G0B B; 4MQC B; 1LFV B; 1CIO A; 1S61 A; 1CP0 A; 5JDO C; 2LH7 A; 1KD2 B; 1DO1 A; 4HHB B; 2ZFB B; 1IWH B; 2ZS1 D; 1Y85 B; 3R0G A; 111M A; 5EUI A; 3PI1 A; 1L2K A; 3PI2 A; 4MQI B; 5JGG A; 4MQK B; 3P5Q A; 1RQA B; 3WCW C; 4B4Y A; 1LH2 A; 2ZWJ A; 3PT8 A; 3GQR B; 1MLL A; 3AQ7 A; 1MYI A; 3EU1 A; 2H8F B; 1LFY A; 1ASH A; 1YHE A; 5CNG A; 1CPW A; 1BVD A; 3QJC B; 4FWZ A; 3GKV B; 4U8U B; 2EVP A; 2W6Y A; 2E2Y A; 1DXV A; 1Y2Z A; 2G0S A; 4B3W A; 4DWU A; 1HDB A; 3WCV D; 2D60 A; 1MYH A; 1HBH B; 1A0Z B; 5CNB A; 3UHH A; 1MLK A; 3EOK A; 4SDH A; 1IT3 A; 1LUE A; 4IRO A; 1YIE B; 3WTG B; 1EMY A; 2AV0 A; 2HZ3 A; 3WCT B; 1Y7C A; 2G14 A; 1HGC A; 3UI0 A; 2MYE A; 1V4W B; 3TLD A; 4JYQ A; 1Y5F A; 2O5T X; 2ZSO A; 2ZFO A; 1V07 A; 3AQ9 A; 1A0U A; 4N8T B; 2MYB A; 1EWA A; 2ZLW A; 1MNO A; 2W6W A; 1URY A; 1LH5 A; 3UHX A; 2G0V A; 2RAO A; 5KDQ A; 1NWN A; 2BLJ M; 1JPB A; 3BJ2 A; 1A01 B; 3KMF C; 3R5I A; 5JDO D; 1NS6 A; 1LJW A; 1K1K A; 1FSX A; 1OJ6 A; 1Y5J A; 1Y45 A; 5EUI B; 1MOD A; 4MQJ A; 106M A; 5JGG B; 3SDH A; 3P5Q B; 1IRD A; 2ZLX A; 3S48 C; 1YDZ B; 1JWN A; 1GLI A; 1Y4G B; 1HDA A; 5CN5 A; 3GOU A; 1LFY B; 1YHE B; 1C40 B; 1HV4 B; 3D4X A; 5EYS A; 5ILM A; 1YGD A; 1HDB B; 2D60 B; 3HC9 A; 3NL7 A; 1QPW A; 1DM1 A; 3UHU A; 2ZSR A; 1O1K A; 4IRO B; 2ZLV B; 2O5S X; 4ESA A; 1LTW A; 1XZ5 A; 1S5Y B; 1Y7C B; 2BW9 M; 2LHB A; 1HGC B; 3M3A A; 1Y46 A; 3MKB A; 1Y5F B; 3PI4 A; 2ZFO B; 1VWT B; 1A0U B; 5E29 B; 1HBI A; 1MNJ A; 2ZLW B; 3ZJL A; 1J41 B; 2G3H A; 3KUN A; 2FRF A; 2RAO B; 5KDQ B; 3BJ2 B; 1RVW A; 1S56 A; 3S1J A; 1ABW B; 1JW8 A; 1U7S A; 1NS6 B; 1LJW B; 1K1K B; 1RPS B; 2HZ2 A; 1FSX B; 1LFQ B; 1J3Y B; 2SPO A; 5ILR A; 2AUO A; 1J52 A; 1GZX A; 1WMU B; 2ZT1 A; 1DXC A; 2GKM A; 3D17 A; 5D5R A; 4MQJ B; 4HSW A; 1Y4Q A; 2LH1 A; 1IRD B; 1MLS A; 2ZLX B; 2ZS0 B; 1H97 A; 3FH9 A; 2GDM A; 1GLI B; 3K8B A; 3O89 A; 3RGK A; 5CN9 A; 3DUT A; 1HDA B; 1NZ4 A; 1CH5 A; 1RSE A; 1A6K A; 1YGD B; 3HEN A; 4WJG A; 2NSS A; 3NL7 B; 1QPW B; 2O5O X; 1HBR B; 1QXE B; 4ROL B; 4TWV A; 1O1K B; 1YEV A; 4ESA B; 3OO5 B; 1O1J B; 3A9M A; 2LH5 A; 2V1F A; 1MLU A; 2NX0 A; 3WCU D; 1XZ5 B; 1UVX A; 3ZJJ A; 2LH6 A; 2ZLU B; 2MGJ A; 1JL7 A; 4F6G A; 1S0H A; 3ONZ A; 1FCS A; 1Y46 B; 3MKB B; 3UHW A; 109M A; 2G0X A; 3OZV A; 4ZVA A; 1A00 A; 2V1K A; 3WCW B; 4L7Y B; 1A6N A; 2V1G A; 1Y7Z A; 4G51 A; 2GTL A; 3FS4 B; 1MLQ A; 3IC2 A; 1VRE A; 2QLS B; 1A3O B; 1HDS A; 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3OK5 A; 1HDS B; 3GYS B; 1BZ6 A; 2HBS A; 5E83 A; 2LH2 A; 1BIJ B; 2Z85 A; 2ZSQ A; 1B86 B; 4F4O A; 5CNE A; 3S66 A; 3HYU A; 3GKT A; 2V1E A; 4ILZ A; 3TM9 A; 1K0Y A; 3M39 A; 4PQC A; 1Y8I A; 1JEB A; 3ZJI A; 1LFT B; 2GKN A; 2ZLT B; 1LH3 A; 1O1P B; 3GQG A; 2DC3 A; 1YH9 B; 2QU0 A; 1XXT B; 1NS9 B; 1SDK B; 4ROM B; 3GK9 A; 1PBX A; 5KER B; 1Y0T B; 2RI4 A; 5CN6 A; 2EF2 A; 2QSP A; 1OUU B; 1DXT B; 4NI1 A; 2AUP A; 3ZJN A; 3PEL B; 3G4V A; 1F65 A; 4XS0 B; 1RQ4 B; 1NZ2 A; 1C7D B; 2XKI A; 3HF4 A; 1MOH A; 1I3D A; 2MGI A; 2Z6N A; 2H35 A; 3QM8 A; 110M A; 3HXN B; 3ARJ A; 1DKE B; 2VEB A; 3ARK A; 2W6V B; 3UHZ A; 2ZSY A; 4M4A A; 3AT6 A; 1MBD A; 1G0A B; 1NIH B; 2DN3 B; 3HHB A; 1QI8 B; 1GBV A; 1COH A; 2ZSP A; 2ZFO D; 1QXD B; 1Y0C B; 1XZU B; 2D2N A; 3WR1 A; 1N9F A; 3W4U A; 1DXU B; 4O35 A; 1VXC A; 2ZSZ A; 3UGZ A; 1RQ3 B; 1N9I A; 1Y4F B; 3MJP A; 3ECZ A; 1F5O A; 101M A; 2HBS B; 1MCY A; 5E83 B; 2MBW A; 2O5M X; 3NG6 A; 1MTK A; 3S66 B; 3HYU B; 4HRT B; 1V75 A; 2HHD B; 4M4B B; 1JY7 A; 1CQ2 A; 4UUR A; 4KJT A; 4MQH B; 5E6E A; 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