The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
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sequence length |
154
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structure length |
154
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Chain Sequence |
MVLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDIFIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGNFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Time-dependent atomic coordinates for the dissociation of carbon monoxide from myoglobin.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Myoglobin
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| molecule tags |
Transport protein
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| source organism |
Physeter catodon
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| total genus |
64
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| structure length |
154
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| sequence length |
154
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-02-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1JP6 A; 3DR9 A; 1YMC A; 1UIW A; 2BW9 M; 2HHD B; 1VXG A; 1MBC A; 4MBA A; 3BOM A; 3LB4 A; 3GQR B; 4HSX A; 3UHD A; 1J7Y B; 2W6W A; 3HYU A; 1YE2 B; 2ZFB B; 1VXC A; 1J3Y B; 3GQR A; 3MYM A; 1YEV A; 1J7Y A; 3UHK A; 2ZFB A; 2V1G A; 1SHR A; 2ZSQ A; 3QQR A; 2VYY A; 1A01 B; 1HBA B; 4IRO B; 1LH3 A; 1ECN A; 4N7O B; 2RAO A; 3HHB B; 1JL6 A; 3ONZ B; 3CIU B; 3WFT A; 1G0B B; 1JY7 A; 3H57 A; 2QMB B; 3ZH0 A; 2VYZ A; 3HEO A; 4HRR B; 1O1J A; 1ECA A; 3NFE A; 1T1N B; 2ZS1 C; 2FAM A; 3ECZ A; 1RQ4 B; 3AT6 B; 1MLG A; 2MB5 A; 1YGF A; 2HBS B; 4G51 A; 3TM3 A; 1C7C B; 1A00 A; 3HRW A; 3IC2 B; 4F6F A; 5CNC A; 3NL7 B; 1W92 A; 2R80 A; 2FRK X; 1BJE A; 1CH5 A; 3IC2 A; 3WCU B; 1CIO A; 1GZX A; 3ZJN A; 4KJT A; 1CQ2 A; 3UHV A; 3D1A B; 1Y0C A; 5HY8 B; 1YIE B; 3UHY A; 2Z8A A; 3ZJJ A; 1J41 A; 5ILE A; 3GKV A; 2H8D B; 3HEN A; 1MLM A; 1Y5F B; 3UHX A; 1R1X A; 1AJ9 A; 1CG8 A; 2H8D A; 2VM0 A; 4ESA A; 3UGZ A; 1EMY A; 1CP0 A; 1BZ1 A; 4UUR A; 1YGD B; 1ECO A; 3MJU A; 1HLB A; 1MLL A; 3IXF A; 2LH6 A; 5HU6 A; 1HDB A; 2MGJ A; 1K0Y A; 1Y8I A; 3PT8 A; 2ZLU B; 1MLO A; 1D8U A; 1GLI B; 3ODQ A; 3UI0 A; 2DN3 A; 1LFQ B; 1YHR B; 4HRT B; 2W6X A; 3QMA A; 1XZ7 A; 1XYE A; 1YEU A; 2HHE A; 1S56 A; 2G12 A; 1MYJ A; 1YHR A; 1Y4F B; 2Z6T A; 1Y2Z A; 3R0G A; 1CMY B; 1C7D A; 2MYC A; 7HBI A; 1LH1 A; 4NXC A; 1NEJ B; 1PBX A; 1CMY A; 2C0K A; 2MBW A; 3ZJO A; 1BAB B; 1NAZ A; 3MN0 A; 2V1I A; 2ZSN A; 1MOA A; 1DO7 A; 1GDL A; 1DXU A; 3PIA B; 5CN7 A; 3O7N A; 3D17 A; 2CMM A; 2MGG A; 1G08 B; 2QSP B; 3PIA A; 1DXC A; 4DWT A; 4H07 A; 1Y4P B; 1MLS A; 1O1N A; 1OJ6 A; 1G08 A; 1YH9 B; 3UBV A; 3WR1 B; 2HZ2 A; 2QLS B; 3D4X B; 1O1L B; 5MBA A; 2D60 A; 3WCV B; 1YH9 A; 1FAW A; 2ZLV B; 1F5P A; 1MWD A; 1J52 A; 5E6E B; 1JPB A; 3UH5 A; 3ZOM A; 1CPW A; 2VRY A; 2MYA A; 2B7H B; 1GVH A; 1RQA A; 5B85 A; 1WMU B; 2ZLV A; 2RI4 A; 5E6E A; 1ABW A; 1XXT B; 1BIN A; 1HBR B; 1QXE B; 1GDJ A; 3BJ2 B; 3EU1 A; 4MQG B; 4MBN A; 101M A; 1YE0 B; 1SI4 B; 2G0V A; 3AQ6 A; 3BJ2 A; 4ODC B; 4MU5 A; 1QPW B; 1X9F C; 1YG5 B; 1Y7Z B; 1Y5K A; 3D7O B; 4H2L A; 3S65 B; 3K8B A; 2M6Z A; 4ODC A; 1ABS A; 2BWH A; 2H35 B; 4F4O B; 1Y7Z A; 1Y09 A; 3S65 A; 1YZI B; 4O4Z A; 1IRC A; 2H35 A; 1GBU B; 5CN6 A; 1HGA A; 111M A; 4FWY A; 2XKI A; 4MQJ B; 1IWH A; 4MQK B; 4F69 A; 3S1I A; 2MGK A; 1NWN A; 1MYZ A; 1DXT B; 1X46 A; 1DKE B; 5CNG A; 1NS6 A; 3ZJM A; 1Y7C A; 2EKT A; 4F6I A; 4YU4 B; 1HGC A; 1Y8K B; 1ABY B; 1WLA A; 2XKH A; 4NI0 B; 1BZ0 B; 5ILP A; 2LHB A; 1HV4 B; 1J3Z B; 1A4F B; 2NSR A; 2D2N B; 2AV3 A; 5ILM A; 4MQC A; 2D5X A; 1UVY A; 1BZ0 A; 1O1M A; 1J3Z A; 3QM6 A; 5CN5 A; 4LPI A; 3PI9 A; 1A3O B; 3QZX A; 2DN2 B; 1GDK A; 2DN1 A; 1O16 A; 1NZ2 A; 2IN4 A; 1HGB A; 2ZLX A; 1HBI A; 2O5M X; 3WTG B; 5CN4 A; 1GBV A; 5CNF A; 1UVX A; 3GKT A; 1BVC A; 1LFZ B; 3WTG A; 1YFF A; 1TES A; 2LH1 A; 1LFZ A; 1A0Z A; 3DHR B; 4PQC A; 1MWB A; 2WTH A; 3UHS A; 1CBL A; 3AQ5 A; 2EVK A; 1GCV B; 3DHR A; 4F6G A; 1MLK A; 3VRE B; 3QJC B; 2OLP A; 2LH2 A; 3GOU B; 3EDB A; 1DTM A; 4ZVA A; 1DUO A; 1Y4B B; 1HAB B; 3MBA A; 3EOK B; 2ZS1 B; 1YIH B; 1M6C A; 3DHT A; 2LH3 A; 3UHQ A; 2BLI A; 3EOK A; 3WCT C; 2ZS1 A; 3ARJ A; 1COH A; 3GQP B; 2ZT1 A; 3ARL A; 1XZU A; 1YMA A; 5F2A A; 1ECD A; 2OHA A; 4MQI A; 1Y35 B; 1NIH B; 3TM9 A; 3OO5 B; 4FC3 B; 1O1O A; 1HBH B; 1YEQ A; 3VRG A; 3P5Q A; 1NIH A; 3OO5 A; 1JP9 A; 5KDQ B; 1ASH A; 3QJB A; 5IKS A; 2PGH B; 2SPL A; 1O1I B; 1Y22 A; 3ZHW A; 2PGH A; 2G14 A; 4SDH A; 1M9P B; 4HHB B; 2LH5 A; 5ILR A; 1Y0A B; 1J40 A; 1MNH A; 2HBC B; 1MTJ A; 4IT8 A; 3A2G A; 1M9P A; 1YHE A; 2W31 A; 4M4B B; 2ZS0 A; 1LFL A; 1K1K B; 1MKO B; 1DO3 A; 1MLU A; 2W6V A; 2ZSO A; 3FH9 B; 4FH6 A; 1MBD A; 2EVP A; 1MKO A; 1RQ3 B; 1OR4 A; 2GKM A; 2QSS B; 2ZSX A; 5KER A; 2BLH A; 1V4U A; 4MAX A; 3QM5 A; 3G4U A; 4G1V A; 5JDO D; 1UIW B; 1IRD A; 3TLD A; 3BOM B; 1NPF A; 3HYU B; 2VLX A; 3KMF A; 1SWM A; 1UFP A; 5JDO C; 1YEV B; 1FLP A; 3BJ3 A; 4MXK A; 4TWV A; 1HHO B; 1SHR B; 1HHO A; 4G1B A; 1HBB B; 2RAO B; 3ZJI A; 1CG5 A; 1L2K A; 1Y31 A; 2ZS1 D; 1JY7 B; 1TU9 A; 2VHB A; 1JDO A; 4F6J A; 3S66 A; 1O1J B; 1HBB A; 1HDA A; 2GDM A; 1YVT A; 3NFE B; 3G4W A; 3ECL A; 4MQH A; 1YGF B; 4G51 B; 2Z85 A; 1A00 B; 1MYG A; 3HRW B; 1YOG A; 1DLY A; 4X0L A; 2R80 B; 2GLN A; 5AZR A; 1Z8U B; 2O5S X; 1HJT A; 4DC8 A; 2G0S A; 1GZX B; 3IA3 B; 1G9V B; 1DO1 A; 1M6M A; 1HBS A; 1HDS A; 104M A; 1F63 A; 2ZST A; 1Y0C B; 4NK1 A; 1G9V A; 1CO9 A; 4C44 A; 5EU2 A; 109M A; 1VRF A; 4MPM A; 4M4A A; 1X9F B; 1J41 B; 3HC9 A; 4JYQ A; 3GKV B; 2YRS A; 4FH7 A; 1R1X B; 1X9F A; 1AJ9 B; 2DC3 A; 1CG8 B; 4ESA B; 2R1H A; 1BZ1 B; 1DXV B; 3MJU B; 2ZS0 D; 3WFW A; 2QU0 A; 105M A; 1KD2 B; 1WVP A; 1DXV A; 3A9M A; 5HU6 B; 2G10 A; 1HDB B; 1K0Y B; 2G3H A; 1Y0D A; 1Y8I B; 1KD2 A; 3PT8 B; 5JOM A; 3ODQ B; 1V5H A; 2DN3 B; 2ZS0 C; 1NZ3 A; 1DXD A; 5HLQ A; 3UHU A; 1DWR A; 1RPS B; 1H97 A; 2EKU A; 1XZ7 B; 4DC7 A; 1VXD A; 5C6E A; 1XYE B; 1YEU B; 2HHE B; 3UHN A; 4UZV A; 1V07 A; 1Y8W A; 3WI8 A; 1RPS A; 2ZFO A; 3PT7 A; 1MTI A; 1Y2Z B; 1MLF A; 1A3N A; 1C7D B; 3SDN A; 1CH7 A; 3HEP A; 2ZT2 A; 1NXF A; 1PBX B; 1LA6 A; 3UGY A; 3UBC A; 1Y0W A; 4PQ6 A; 1FHJ A; 2R50 A; 1U7S A; 3KMF C; 4OF9 A; 2D2M A; 2FRJ X; 3MOU A; 1Y7D A; 5EYS A; 1OFJ A; 1A0U A; 1DXU B; 5EYJ A; 3D17 B; 1MYI A; 2MGA A; 3BJ1 A; 4ROM A; 2GRZ A; 2HBF B; 2O5T X; 1EW6 A; 1NZ4 A; 5JGG A; 1O1N B; 2HBF A; 3UHB A; 3WFX A; 4FWZ A; 3B75 A; 1QXD A; 1JZM A; 2D60 B; 3GK9 A; 4NI1 A; 2XYK A; 1FAW B; 1A9W A; 1MBN A; 1H1X A; 2AUQ A; 1QSI B; 1OFK A; 1RQA B; 5CHQ A; 2RI4 B; 4XS0 A; 1ABW B; 1X3K A; 3MYN A; 1QSI A; 2E2Y A; 1IOP A; 3A5A A; 3LHB A; 3EU1 B; 2GKN A; 2V1K A; 1HAC A; 3K3U A; 1YEN A; 1CLS A; 1XZV A; 1X9F D; 1B86 B; 3PEL A; 4AVE A; 3WCT A; 5CND A; 1SDK B; 1BIJ A; 1B86 A; 1Y5K B; 3UHC A; 4H2L B; 1UX9 A; 3K8B B; 2M6Z B; 4O1T A; 4ROL A; 112M A; 1SDK A; 1Y09 B; 2ZT0 A; 2MHB B; 2LH7 A; 2IG3 A; 3OVU C; 3AQ8 A; 1Y7G A; 4YU3 A; 3ECX A; 4PQB A; 1HGA B; 1Y4V A; 1F5O A; 2H8F B; 2MYE A; 1IDR A; 3CY5 A; 3UHH A; 2GTL A; 4O2G A; 2MHB A; 3RGK A; 3NML A; 4OOD A; 1IWH B; 3AT5 A; 3PI3 A; 4U8U A; 3O89 A; 1OUU B; 3QQQ A; 110M A; 2H8F A; 1A9W E; 2ZT4 A; 3MVC A; 2ZFO D; 3G4R A; 3R5I B; 1OUU A; 1LTW A; 2D6C A; 3ZOL A; 1CP5 A; 1Y45 B; 1XZ2 B; 3R5I A; 1NS6 B; 1Y7C B; 2R4X A; 2ZFO C; 1HGC B; 1DTI A; 2V1F A; 3LB3 A; 3A0G A; 1Y45 A; 5HBI A; 1XZ2 A; 1NZ5 A; 3QM7 A; 1XY0 B; 2D2M D; 4MQC B; 1LFT B; 1UC3 A; 4B3W A; 1OUT A; 2D5X B; 3GQG B; 1XY0 A; 1AJH A; 1O1M B; 4F6B A; 1LFT A; 3GQG A; 3PI9 B; 2O58 X; 1MYT A; 2D2M C; 4F68 A; 4N7N A; 2DN1 B; 5EV5 A; 1CH4 A; 1HGB B; 2ZLX B; 3V2Z A; 1FDH G; 1RTX A; 1GBV B; 1HRM A; 4N8T A; 1QI8 A; 2ZSZ A; 2MGF A; 1YFF B; 1VXE A; 5C6Y A; 5CNE A; 5EUI A; 3OK5 A; 1QSH A; 102M A; 1C7B A; 1A0Z B; 2O5O X; 2BNL A; 1SDL A; 1BBB B; 3WFU A; 1MLR A; 5EE4 C; 1MLJ A; 1O1P A; 1S69 A; 1Y5J A; 1MOB A; 1BBB A; 2GNW A; 1LFY A; 3LQD A; 3IC0 A; 3H58 A; 5MBN A; 1OR6 A; 2GNV A; 1FN3 A; 4L7Y A; 3UHT A; 3WCT D; 2FRI X; 5HLX A; 3DHT B; 2AA1 A; 1XZ4 A; 1BZ6 A; 5CN8 A; 2BKM A; 3OJ1 A; 1COH B; 1MBA A; 1G0A A; 2G0R A; 2NSS A; 1XZU B; 5E83 A; 1KFR A; 1C40 A; 1DO4 A; 4MQI B; 1Y83 A; 2GTL D; 4U8U D; 1O1O B; 1YEQ B; 3VRG B; 3P5Q B; 3ASE A; 2FRF A; 3AQ7 A; 1YCA A; 2R4W A; 3ORD A; 2OH8 A; 3M39 A; 1MYH A; 1N9F A; 1JEB A; 2GTL C; 1BVD A; 3A5B A; 5JDO E; 1MOH A; 1LHT A; 3QJB B; 4U8U C; 3E5O A; 4L2M A; 3HF4 A; 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2KSC A; 2HBD B; 3DUT B; 5KKK A; 1YE2 A; 1GCW B; 1YMB A; 2QFK A; 4N7P B; 2HBD A; 4X0L B; 2GRF A; 1J3Y A; 3DUT A; 1GCW A; 1F65 A; 4N7P A; 3U3E A; 5HAV A; 1HBS B; 4O35 A; 1HDS B; 1AZI A; 1HCO B; 1MTK A; 1A01 A; 1HBA A; 2FAL A; 4IRO A; 1MLQ A; 1LH7 A; 4N7O A; 4M4A B; 3HHB A; 3ONZ A; 3CIU A; 2GRH A; 1G0B A; 2QMB A; 1HCO A; 3RJN B; 1DM1 A; 5M3S A; 2ZSY A; 4HRR A; 1CH9 A; 2YRS B; 1T1N A; 1RQ4 A; 3UHZ A; 3AT6 A; 2BK9 A; 2HBS A; 1C7C A; 2R1H B; 2OH9 A; 2VEB A; 2GL3 A; 2HBE B; 3ARK A; 3E5I A; 1Y4G B; 3NL7 A; 2QU0 B; 1MNK A; 4O4T A; 2HZ1 A; 2HBE A; 1HSY A; 3WCU A; 1Y4G A; 1Y0D B; 3D1A A; 3V2V A; 5EQM A; 2HHB B; 1R1Y B; 3QZZ A; 1KR7 A; 3UHI A; 4HSW A; 5HY8 A; 1YIE A; 4NZI A; 5C6E B; 2HHB A; 1R1Y A; 4C0N A; 1Y8W B; 2ZFO B; 3PT7 B; 2NRM A; 3G4V A; 2VEE A; 1I3E A; 1A3N B; 4GZG A; 1Y5F A; 1LA6 B; 1A6G A; 1Y0W B; 3VHB A; 1VHB A; 1YGD A; 1SPG B; 1IT2 A; 1FHJ B; 3OZU A; 2VLZ A; 3WCW D; 3ZJS A; 1LH2 A; 1UFJ A; 2W72 C; 4VHB A; 1MBI A; 4NS2 A; 1MZ0 A; 1SPG A; 2D2M B; 5JDO F; 3G4Q A; 1Y7D B; 1YHU D; 1B0B A; 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