2G11 | Genus

Total Genus 66

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	66
sequence length	154
structure length	154
Chain Sequence	MVLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDIFIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGNFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__142230884377183__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__142230884377183__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2G11/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__142230884377183__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"142230884377183","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2G11/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__142230884377183__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transport protein
source organism	Physeter catodon
publication title	Time-dependent atomic coordinates for the dissociation of carbon monoxide from myoglobin. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Myoglobin
total genus	66
structure length	154
sequence length	154
ec nomenclature
pdb deposition date	2006-02-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	2g11A00

1XZVA 1YHUD 1MCYA 1C40A 1DUKA 4FWYA 3MKBB 2W72B 2W72C 2H35B 1A9WE 3G52A 3WCTB 3WCTC 5HLXA 1EWAA 1KFRA 1A6NA 5E83A 3UHHA 3A59B 1YGFA 3WCWA 2AURA 1K1KB 1O1NA 4MQKA 1LH1A 3UGZA 1SDKB 1N9HA 4FC3B 1V9QA 1MOBA 2R4XA 2AV0A 3GQRA 2QSPB 1XZUB 3OGBA 1THBB 1LFYA 2BWHA 1QSIB 4MPMA 1K0YB 2Z6TA 3ECXA 1V4WB 1RQ3A 1RQAB 4MQIA 3DHTB 1YEVB 1Y4VA 4N7OA 3HHBB 1DO7A 1RTEA 5B84A 3WI8A 1IWHA 3GK9A 1YHUB 1YHUC 1IT3A 1DTMA 104MA 2ZT0A 2HCOA 1HRMA 2HZ3A 1Y45A 2Z8AA 1SPGA 1CH7A 3IC0B 4NK1A 1YENB 4N7PA 1YFFA 1DTIA 1O1KB 4DWTA 2C0KA 4TWVA 3ZJRA 102MA 1QPWA 1XZVB 1GZXB 1C40B 1URYA 1SDLB 3MJPA 5AB8A 1HBSA 2HZ2A 2VHBA 3CIUA 4C0NA 3HXNB 1XZ7A 4HRTB 5CN9A 2HBGA 5EUIA 1C7DA 5E83B 3M3BA 1SWMA 3UHWA 4TYXA 2MHBA 1GLIB 2MGJA 2GRZA 1HCOA 2BLHA 1YOHA 2R1HB 2ZSTA 5JGGA 1F5PA 2ZFBA 1Y0TB 3M38A 2ZFOA 1YDZB 1LH7A 1A0ZB 5EYSA 4MQIB 1S5XB 3IC2B 3MVCA 1JZKA 5E6EA 1HGBA 4B3WA 1NPGA 3P5QA 3ZJQA 1A4FB 1Y5JB 1A3NB 1F5OA 2G0SA 1YCBA 5EYJA 1MLFA 4H07A 2HCOB 5C6YA 1T1NA 1LHTA 1CBLA 1A0UB 1C7BB 2WTHA 1CIOA 1G09B 2V1FA 5F2AA 1YG5A 2VEEA 1BVCA 1YFFB 1QSHB 1RPSA 2MGMA 5HAVA 3KMFA 1Y35A 4MBNA 2RAOB 3AT5A 3PIAA 1YGDA 5IKSA 3IA3B 1J40B 1HBSB 1LFVA 1Y4RA 1XYEA 2BK9A 1XZ7B 1MYTA 2VYZA 1C7DB 3A9MA 5F0BA 4DWUA 1Y46A 2V1JA 4F68A 2MHBB 4FH6A 1VWTA 2QFNA 3WR1B 3QQQA 2ZSRA 3UHRA 3A0GA 1AJHA 1HCOB 2HZ1A 2AA1A 2VYYA 1HABB 1MLHA 5JGGB 1HLBA 2DN3B 2W31A 4UIQA 1MLGA 2ZFBB 1Y7DB 3UHQA 3V2VA 2VLXA 3ZJSA 1FSLA 3UHSA 4LPIA 3GLNA 2G11A 1DXVA 1M9PA 3P5QB 1R1XA 3MBAA 3D17B 2B7HA 2BW9M 1BIJB 4HHBA 1T1NB 3NFEB 1PBXA 2D2ND 1BABA 4TWUA 1DXDA 1FN3B 4FWZA 3OO5A 1XZ2B 1Y22A 2G12A 3MN0A 4NK2A 4KN3A 3WHMA 5MBAA 2O5MX 1LFTA 1LJWB 3SZKA 1Y35B 1YGDB 1FHJB 3PT7A 1MBDA 1XYEB 2DN2A 2LHBA 2O5SX 4YU4B 1HDAA 2XKGA 1S6AA 2Z85A 3QM8A 1CMYB 3O89A 3H58A 1UC3A 5CN7A 2SPNA 4G51B 3V2ZA 1CH4A 2GKNA 2QFKA 3FH9A 3LB3A 2R80B 1YE0A 1YEOB 2D2NB 1F63A 4ODCB 2D2NC 1HV4B 5ILRA 1CQXA 2DN1B 4KMWA 4YU3B 4ZVBA 1HBRA 1SPEA 2RI4A 2D60A 1DXVB 1M9PB 1J7WB 1CH9A 3AQ8A 1RQ4A 1R1XB 1JF4A 1IRDA 4F6GA 2MGLA 1U7RA 3ODQA 1JP6A 3UHZA 3ONZB 1MWBA 3ED9A 3OZWA 1OUUB 3G4WA 4WJG1 3PT8B 1IT2A 4HHBB 4WCHD 4UZVA 1JY7B 5HY8A 5M3SA 3ZOLA 1MYFA 2MYDA 1BABB 1COHA 3WCUA 1GDJA 1CH2A 1BZ0A 1Y22B 1IBEA 1RVWA 4U8UA 1VXHA 1LFZA 1O1OA 1LFTB 1MOAA 3NG6B 2QSSB 2LH1A 2HHDA 5HU6A 2Z6NA 2BLIA 3MJUA 2OHAA 1O1PA 3ZJNA 3PT7B 1X9FD 2DN2B 1CH1A 1GVHA 2ZLVB 3ECZA 2OHBA 2V1IA 1BZ1A 1Y8IA 3VRFB 1O1JA 2VRYA 2ZSXA 3CY5A 2DC3A 1YIEA 1DWTA 1MWDA 1V75A 2V1KA 2ZT4A 3ZJPA 4ILZA 1YMBA 1MNIA 3BJ1A 4PQBA 3LQDA 1YCAA 1FSXA 1DXTA 1JWNA 2Z6SA 1BZ6A 4L7YB 1CH3A 4VHBA 1H1XA 4KMVA 2R4YA 2MGBA 1YHEA 1V4UA 3PI9B 1NIHA 3BOMA 1HLMA 1KD2B 1HBBA 1UFPA 3ZJIA 2AUQA 1CG5A 2QU0B 1S5YB 3KUNA 3ZOMA 1Y4QB 1ECDA 3WCTD 1NXFA 2DHBB 3TLDA 5B85A 3OVUC 2MGCA 4HRRB 1GBUB 1VXGA 1WMUA 1DO4A 1I3DA 2O5TX 5HY8B 5JDOD 3LHBA 1CO8A 1XXTB 1LH6A 1OBMA 1X9FB 2G3HA 1X9FC 1IBEB 2ZS0A 1HBHB 1LFZB 3S48C 111MA 1NS9A 1YEUA 1YHRA 3MYNA 2BLJM 2MGHA 2WY4A 3AQ9A 1WLAA 5ILMA 4X0LA 3VHBA 5HU6B 1C7CB 1O1IA 1QI8B 1MTJA 2V1GA 4MQCB 3GYSB 2O5OX 3NMMA 1VXCA 1DM1A 3WFXA 3AT6B 1ABWB 2BKMA 2MYBA 3BJ2B 2HBEA 2LH2A 1Y0DB 1BZ1B 1Y8IB 3UHXA 2BMMA 1O1JB 2G0RA 1J3ZA 2YRSA 1Y8WB 2ZS1A 1CPWA 2GTLD 1Y8HA 4FWXA 4AVDA 3B75B 2D2MD 1Y83B 2W6WA 2CMMA 3QJBA 1BZRA 1DXTB 3PI8B 3OK5A 1AZIA 1CLSB 3M3AA 1J41A 1NAZA 1UX8A 2D5XB 1FAWA 3ZJMA 1SHRA 4ESAA 2ZSOA 1NIHB 1W92A 1Y7GA 2HHEA 1UVXA 4MQJB 5JDOC 2G14A 1AJGA 3UH3A 4ROLB 1MBCA 1DKEA 3FS4B 1MBIA 3UGYA 1Y0WA 1VXDA 3GKTA 1YEQA 1OFJA 2ZSYA 2D5ZA 2MGDA 3WCWD 1LFQB 101MA 2H8DA 3EOKB 2DXMA 1YVTB 1YVQA 3R0GA 2FRFA 4HSWA 1MLJA 1QXEA 1Y0CA 1A6MA 4QAUA 2VLZA 1Y5KB 3S65A 1NS9B 1YHRB 1S0HA 4X0LB 1G9VB 2GTLB 1ITHA 2GTLC 3QM7A 3QJDA 3ASEA 2VEBA 2PEGA 2D2MB 1BZZA 2D2MC 2GL3A 1Y4BA 2AV3A 3PELA 1XZ5A 1J3YA 1MOCA 3GKVA 4NI0A 5CNDA 3LB2A 4F6FA 1XZ4A 1J3ZB 2YRSB 2ZLWA 1X46A 2FRJX 1Y0AA 3D1AA 1IDRA 1MNHA 3QM5A 2SPLA 1NQPA 5HBIA 3VREA 3E5IA 1RSEA 3EU1A 3W4UA 1J41B 1BJEA 4XDIA 2H8FA 1YGFB 1I3EA 3GQGA 3WCWB 3WCWC 1O1NB 2HBSA 4MQKB 2HHEB 1CQ2A 1B86A 2GRFA 3ZHWA 2GKMA 4JACA 1DKEB 3GQRB 2BNLA 1Y0WB 1HBIA 1HACA 1JZMA 3ARKA 1YEQB 4NXAA 4NI1A 3G4UA 1ECAA 1LHSA 1LFYB 3GOUA 1J7YA 2W6VA 3AQ6A 1YOIA 2VYWA 1RQ3B 3UHCA 1NS6A 3UHVA 1Y4VB 4M4AA 4N7OB 1YVQB 1JPBA 5CNGA 1Y0CB 1X3KA 4N7NA 4H2LA 1LTWA 2PGHA 1IWHB 2HBCA 2R4ZA 1MNJA 3WTGA 3D7OA 2ZFOD 2ZLUA 3UHTA 1GCVA 2KSCA 1Y45B 1SPGB 2PEGB 3DUTA 1OUTA 3QQRA 2V1HA 4N7PB 4KJTA 5EOHA 1MLMA 1XZ5B 1J3YB 1J7SA 5ILPA 2O5QX 4NI0B 4NZIA 1QPWB 108MA 1DXCA 1CH5A 2NSRA 1A3OA 110MA 2ZLTA 2OLPA 2D6CA 3MJPB 1O16A 4ROMA 3LB4A 3CIUB 1YMCA 1KR7A 1YH9A 5EUIB 1HDSA 2NRLA 1GDKA 1BUWA 1FDHG 3UHKA 2HHBA 1B0BA 3A5BA 3M39A 1N9FA 1J3FA 5JOMA 1B86B 1MLSA 1HGAA 2V1EA 1LFLA 2R50A 1JZLA 1BZPA 1HACB 2G0VA 2ZT2A 1VHBA 2MGKA 4NI1B 3K9ZA 5KERA 1Y2ZA 2W6VB 2ZFOB 2ZFOC 3BJ3A 2OH9A 1JP9A 4MQGA 1TU9A 4M4AB 2MYAA 3S1IA 5KKKA 5E6EB 1HGBB 1G08A 2HBFA 4N7NB 2EKUA 1MKOA 2ZSZA 3TM3A 1OFKA 2G0XA 3HYUA 2HBCB 2XKHA 1Y01B 1G0BA 3S66A 3ZJLA 1JL6A 3DUTB 1OUTB 4JYQA 1YG5B 3HF4A 1MBOA 5CN5A 1RPSB 1HGCA 3KMFC 4XS0A 4F6DA 2ZLTB 2NX0A 3AT5B 1NZ2A 3G4QA 3OZUA 3PIAB 4M4BA 4MU5A 1LFVB 3EDAA 5HLQA 1MNKA 3DR9A 1Y4RB 1GBVA 5KDQA 1YH9B 1HDSB 4O4TA 1Y31A 3WFUA 1Y09A 1Y46B 3NL7A 4DC8A 1GCWA 1VWTB 2VM0A 1NWNA 3A0GB 2AA1B 1O1MA 3D4XA 4N8TA 1V4XA 2W6XA 2O5BX 1YZIA 5E29A 2FALA 1MLLA 1OR4A 1Y4GA 2NRMA 1YE2A 3OJ1A 1NZ4A 1ECOA 1CIKA 3UH7A 4MQGB 1MGNA 3QMAA 1M6CA 1YOGA 3HENA 3LB1A 1NZ3A 1G08B 2MYEA 2OIFA 1DO3A 2B7HB 3HYUB 2HBDA 1MLNA 3G4VA 4HBIA 3LR9A 3S66B 1L2KA 1PBXB 1DLYA 3GQPA 3GDJA 1MTKA 1Y8KA 1AJ9A 3OO5B 1MZ0A 3HF4B 6HBWA 1OJ6A 1FCSA 3WHMB 1HGCB 103MA 1Y7CA 1MBSA 1HBAA 3UH6A 3SZKB 1BBBA 1GDLA 1LH2A 3UHGA 4IROA 3WCUD 4G1BA 3HRWA 1MYGA 5KDQB 3SDNA 5CHRA 1NGKA 4U8UD 1MNOA 3BCQA 3K8BA 2G10A 1A00A 1HDAB 1Y09B 5SW7A 1Y5FA 4AVEA 3G53A 1HHOA 2GDMA 1ABYA 2JHOA 1MYHA 1O1LA 2ZWJA 3D4XB 4B4YA 1V4XB 5CN8A 1GJNA 3ZJHA 5E29B 2GLNA 1DXUA 4C44A 1HDBA 2XKIA 3FH9B 1YE0B 5EV5A 1VRFA 5C6EA 3MKBA 112MA 2W72A 1EBTA 3ZJJA 3EDBA 3HEPA 1LH3A 2O5LX 1HBRB 1N9XA 2D60B 2RI4B 1Y4FA 1RQ4B 1IRDB 1S56A 1Y4PA 3ODQB 2MGGA 3A59A 3E55A 1SDKA 1MYMA 2NSSA 2AUPA 1COHB 2OH8A 3WCUB 3WCUC 1BZ0B 2ZSQA 2QSPA 1DUOA 2ZT1A 1RVWB 1THBA 3KUOA 1N9IA 4U8UB 4U8UC 5ILEA 1CP5A 1MYZA 1O1OB 3OO4A 1HBAB 3WCVA 3PI2A 1K0YA 2HHDB 1V4WA 2Z6NB 1R1YA 1RQAA 3MJUB 3DHTA 1YEVA 2E2YA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2G11A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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