2GTL | Genus

Total Genus 52

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	52
sequence length	147
structure length	147
Chain Sequence	DCCSYEDRREIRHIWDDVWSSSFTDRRVAIVRAVFDDLFKHYPTSKALFERVKIDEPESGEFKSHLVRVANGLKLLINLLDDTLVLQSHLGHLADQHIQRKGVTKEYFRGIGEAFARVLPQVLSCFNVDAWNRCFHRLVARIAKDLP

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5091098069304874__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5091098069304874__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2GTL/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5091098069304874__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5091098069304874","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2GTL/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5091098069304874__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen storage/transport
publication title	Lumbricus erythrocruorin at 3.5 a resolution: architecture of a megadalton respiratory complex. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Extracellular globin 4
total genus	52
structure length	147
sequence length	147
chains with identical sequence	E, I
ec nomenclature
pdb deposition date	2006-04-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	2gtlA00

3GQPB 1AJHA 2HZ2A 1YEUA 1HDAB 1X9FB 3BJ1A 3ODQA 1HGAB 1FN3B 2DN3B 3DHTA 3WFTA 3G4YA 1A01A 2D5XB 3MJUA 4HRRA 3HYUA 1V75A 4ROLA 2VLXA 1C7CA 3A0GB 1YH9B 4F6DA 2ZWJA 1RQAA 1JL7A 3ECLA 4MQKB 2G14A 2ZSZA 3D1AB 1G09B 1S5YB 2GNVA 1BABB 1L2KA 2WTGA 3WCWB 4G51B 2OHAA 2OH8A 2ZSXA 1FSXB 1LFZA 1HBIA 2ZS1C 1MYTA 1HHOA 2BLIA 4L7YB 1XZ2B 4FC3A 1FHJB 3GKVA 3BJ2B 1BINA 3QM7A 1DKEA 2ZT4A 3EDAA 1FAWB 3QM9A 2DN2A 3OO5B 2ZLWA 2MGJA 3D4XA 1YHRB 4NS2A 4U8UD 1G0AB 4O1TA 4FH7A 3RJNB 1TESA 1MLMA 5MBNA 3BCQA 3GLNA 3VRGA 4OODA 5EYSA 1MWBA 2LH2A 3UH6A 1O1JA 1NGKA 1UFPA 1Y2ZA 1A00B 1XZVB 1H1XA 2ZSRA 1B86A 1ECNA 4TWUA 3PI8A 2HBDB 3FH9A 1JZKA 1QSIB 2D2MC 4O35A 1V4UB 1Y4FB 1Y85A 3RGKA 3DUTB 1O1IA 1DUKA 5CN5A 1Y35B 2MGDA 1Y4GA 1XZUB 2G3HA 6HBWB 4MQCA 1VXDA 1Z8UB 2MGEA 2MYCA 4FWXA 1YCAA 1O1KA 5AZRA 1I3DA 5ILMA 1DXVB 3D17A 1YE2B 2QFNA 1J3ZA 1MBIA 3UHCA 1Y5JA 3CY5B 4NZIA 4MQHA 3PT7A 1CH9A 3PT8A 1SDLA 3V2VA 1X9FD 1YHEB 1RQ3A 4H2LA 2VLZA 1MLHA 2HBFA 2OIFA 3HENA 1Y45B 2PEGA 1NAZA 1NQPB 1F65A 1Y7DA 1LJWB 1YOGA 4ILZA 4KMWA 5JDOD 4IT8A 1BIJB 1MLUA 1GJNA 2DHBB 3LB4A 3QJDB 1SPGB 3WCWD 2R50A 1JF3A 2XKGA 1QXDA 3MOUA 1DO4A 3VAUA 1S61A 1MNJA 1AZIA 3BJ1B 3DHTB 2RAOB 1O1MA 5EUIB 4DWTA 3OZWA 1A01B 3SDHA 4HRRB 5EV5A 3HYUB 2G0VA 2NSSA 2ZSPA 4KN3A 3ECXA 4N7PB 2D5ZA 1K1KA 1J41B 1Y09A 2HBSA 4U8UC 1Y0DA 5E83A 3IC0A 3ZJNA 1SI4A 1JZMA 2QFKA 1C7DA 1HBAB 2GNWA 1LFVB 2HCOA 1SHRA 1CBLA 2GDMA 1Y4QA 1CQ2A 2C0KA 1HDSA 1BBBA 1HBGA 5F2AA 4F4OA 6HBIA 1VHBA 3GDJA 1Y4RA 4F6JA 1IT2A 1DO1A 2MBWA 4F6IA 2LH1A 2ZLWB 3ZJOA 1R1YB 3IC2A 3NMLA 2AA1A 5CN9A 1IRCA 1RPSB 2MYBA 1J40B 1MTIA 1OFKA 3BCQB 3QJCA 1GDJA 3VRGB 1Y5KA 4SDHA 3VREB 2FRIX 3MKBA 1C40A 2XKHA 1YEQA 5CMVA 1Y0WA 1Y2ZB 2MGCA 106MA 112MA 104MA 4YU4B 1URYA 3NMMB 2YRSA 4BJAA 3WCUC 3P5QA 1B86B 4XS0B 3PI8B 1A3NB 3WR1B 3E5OA 2W6VA 3GQGA 5EU2A 1KD2B 1O1IB 3QJBA 2ZS0A 1KFRA 1O1LB 3AQ5A 1Y4GB 3UHKA 1YIHB 4MQCB 1EW6A 1ABSA 1XZ5A 4C44A 5B84A 5JGGA 1YFFA 1LH7A 4NI1A 2D6CA 1J3ZB 1Y01B 1Y5JB 4UIQA 4G1BA 4ODCA 1SPEA 4MQHB 3PT7B 3CIUA 3ZJPA 1PBXA 2R4XA 1VREA 2HBFB 3PIAB 2BLJM 2ZFOC 1DWTA 2ZLVA 3M38A 4MQJB 1QXEB 1YVQA 3VHBA 4FWZA 1G08B 3ONZA 2O5LX 5E29B 3OK5A 1RQ4B 3S65B 1AJ9B 3QM5A 3NL7A 4FH6A 1RVWA 1YDZA 3EDBA 1HGCB 4YU3B 1KR7A 1YOHA 3PI9A 5SW7A 3K8BA 2DN1B 1O1MB 3WCUA 1NWIA 2VM0A 1MBDA 2R80A 2D2MB 3KUNA 4LPIA 3H57A 2ZFBA 1B0BA 1Y83A 3IC0B 1SI4B 2GLNA 3LB1A 3AT5A 1MGNA 1LFYB 1VXGA 3QQQA 2HCOB 1MBAA 1YZIB 4X0LA 1GZXA 2ZLTB 108MA 1T1NB 2ZLXB 1HDSB 1BBBB 1W92A 3UHWA 1CMYB 4F4OB 2LH5A 1Y4RB 2ZFOA 3AT6B 4HBIA 2B7HA 2VYWA 2V1JA 2AV0A 1HBRA 110MA 3IC2B 1LH6A 1CO9A 2AA1B 1RTEA 3SZKA 2HBCB 1X46A 1QI8A 1WMUA 3QM6A 3UHVA 1NEJA 1CLSB 2MGFA 1JEBA 5C6YA 1J3YB 1C40B 3ZOLA 3G4QA 1Y0WB 4WCHD 1JZLA 1HBHA 3WCPB 2H8FA 1Y5FA 2G0SA 1MLQA 1CH1A 3HF4B 1ABWA 1NWNA 5CNCA 1OFJA 5HU6B 1Y8WA 1HDBA 4PQBA 2QU0B 2VEBA 1Y8IA 3WFWA 1Y0AA 4U8UB 1Y4VA 1XZ5B 1UMOA 3UHYA 3QZZA 1XY0A 1YGDB 1YIEA 1SWMA 3ZJQA 3EU1B 3GK9A 3UHSA 1GCVA 4ODCB 1HV4A 2G11A 3CIUB 1HSYA 4F69A 3EOKA 4UZVA 5EETA 3TM9A 1MWCA 2SPNA 4MQGB 1IOPA 4ROMB 1MNIA 4HSXA 2AV3A 1BVDA 1HBBB 2V1KA 1Y46B 2M6ZA 1YVQB 1JPBA 2HBGA 3ONZB 3G4UA 1VXEA 2H35B 2GRFA 3VRFA 3B75A 3NL7B 1FLPA 2EKUA 1O1OB 2ZLUB 2MGIA 4TYXA 3NFEA 2AUQA 3S66B 2RI4B 5CNFA 4MQIB 1J7WB 1NZ5A 5SW7B 3K8BB 1MNHA 3WCUB 2O5MX 2R80B 1BZ1A 4B4YA 2CMMA 1HACB 5JOMA 2D60A 4TWVA 3E55A 1MYHA 101MA 3IA3B 2ZFBB 4O2GA 1G0BA 1U7RA 1HLMA 3AT5B 4G1VA 3TLDA 1HGBA 1DXUB 3UHBA 1A0UB 1GZXB 1URVA 3DHRB 3BJ3B 1NS9B 2D2NA 2BNLA 3LB2A 1LFTA 3PI1A 3A2GA 2ZFOB 5ILEA 4NI0A 1JY7B 2ZS0D 1BZZB 1C7BA 2ZSQA 3QZXA 3SZKB 3RJ6A 2VHBA 4DWUA 2BW9M 1XZ7A 3ARJA 3UH3A 4IROA 2HBEB 3BA2A 3W4UA 1IBEA 3ZH0A 1QPWA 3QJEB 2R1HB 1BUWA 2V1EA 2WTHA 2H8FB 1Y5FB 3PELB 3NG6A 4GZGA 1Y8WB 1O16A 3UGYA 1HDBB 2Z85A 1J52A 3BOMB 1HLBA 5KDQA 1Y0AB 2SPLA 1Y4VB 2O58X 4NXAA 1MYIA 3HHBA 1YIEB 3G4WA 1BZPA 4ZVBA 5AZQA 1OJ6A 1Y7GA 1YEOA 1GCVB 3LR9A 1CG5B 1MOAA 1HV4B 2NSRA 5EQMA 2MGLA 4N7OA 1A6NA 1DUOA 1LFQA 1OUTA 2EF2A 1YENB 1DXDA 3WCUD 3ASEA 3LQDA 5KERA 1S5XA 1TU9A 1XXTA 1FDHG 1LHSA 1LH2A 5CNDA 2W6WA 1YG5A 2PGHA 4VHBA 5F0BA 3A59A 1BZ0A 1CP0A 1UVYA 4DC8A 1MLKA 1Y31A 1VXBA 3HRWB 1NS6A 3WHMA 3D7OA 1UFJA 3UBCA 1YEUB 5HAVA 3ODQB 4MBAA 2ZFOD 1YGFA 2DC3A 3MJUB 3QMAA 1V75B 4ROLB 1C7CB 3ED9A 5E6EA 1V4XA 1NXFA 1COHA 3WFXA 2ZS0C 1MKOA 1OBMA 1NIHA 1RQAB 3MYNA 1YE0A 1O1NA 1MWDA 1Y0TA 4H0BA 1G0BB 1IT3A 1Y4BA 2O5TX 2SPOA 5ILPA 1HGBB 1LFZB 2OHBA 2W31A 4ESAA 5HLXA 2MYDA 1HHOB 2OH9A 4FC3B 1F63A 3GKVB 3LB3A 1OR4A 2JHOA 1BJEA 5KKKA 5CN6A 1DKEB 1MTJA 1LFLA 1LFTB 1XYEA 2MYEA 2DN2B 3D4XB 3M3AA 3LHBA 1VXCA 1UVXA 2MGKA 4N8TA 1O1PA 1X3KA 1MLNA 105MA 1XZ7B 1XQ5A 1CIKA 3UHDA 1GDIA 1O1JB 2R4WA 3OJ1A 2V1IA 1Y7ZA 1J7YA 1WLAA 1BUWB 1ABYA 1WVPA 4AVDA 1A6GA 3FH9B 3GKTA 1A6KA 1Y85B 2WY4A 1SDKA 3SDNA 1S56A 1M9PA 1O1KB 1IWHA 3D17B 2FALA 2G0ZA 1GLIA 1MNOA 1V5HA 2QSPA 3PT8B 1SDLB 1Y7GB 1YEOB 1RQ3B 4H2LB 1CQXA 4N7OB 1LFQB 5M3SA 3IXFA 4JACA 2PEGB 1HABA 1U7SA 3G53A 3LQDB 1DWSA 2O5QX 109MA 1OUUA 1Y7DB 1XXTB 3R5IA 2G10A 3ZJSA 3ZJRA 3G46A 1VXFA 2Z6NA 3UHGA 3MN0A 1A3OA 1DXCA 1A4FA 3GYSA 3A59B 2AUPA 1BZ0B 103MA 2V1FA 1JF4A 1QXDB 1CG8A 1NS6B 3WHMB 4N7NA 1CH7A 4MXLA 1R1XA 2D2ND 5HY8A 1V4WA 2LH6A 2BKMA 1MBOA 4HHBA 1CIOA 2OLPA 1MCYA 1HDAA 1MLLA 1V4XB 1N9HA 2DN3A 1COHB 1DM1A 2D5ZB 1MKOB 1K1KB 2O5SX 1Y09B 2HBSB 4M4BA 1Y0DB 5E83B 2Z6SA 2D5XA 2LHBA 1O1NB 1C7DB 1S6AA 1UIWA 4NXCA 2FRFA 3OO4A 2MGGA 2ZSOA 1SHRB 1VRFA 1Y4QB 2EB9A 4MQKA 4MBNA 4ESAB 1V07A 7HBIA 2MB5A 3GDJB 2GKNA 4QAUA 4WJG1 5CNEA 1FSXA 2EVPA 1YVTA 1A0ZA 1A6MA 1FHJA 4MPMA 5EE4C 1MOHA 3BJ2A 3UBVA 2DXMA 1VXHA 4MXKA 4N8TB 2MHBA 3OO5A 5CHRA 3QJCB 1Y5KB 2IG3A 1YHRA 1PMBA 2MYAA 3PI3A 4KJTA 3MKBB 2W72C 1YEQB 3UHUA 3UI0A 2GTLC 4F6BA 1RSEA 1MLFA 1K0YA 1MYZA 2YRSB 3P5QB 2NRLA 1YHUC 2QMBA 1CBMA 2W6VB 1A00A 3GQGB 1MLOA 3QJBB 1XZVA 2ZS0B 1SDKB 1M9PB 4F6FA 3ZJHA 5JGGB 1YFFB 2HBDA 1IWHB 3R0GA 1QSIA 4NI1B 1V4UA 1Y4FA 3DUTA 3ZJIA 1DO3A 2NRMA 6HBWA 2HHDA 1CPWA 3HEOA 1F5PA 1PBXB 1J7SA 5CNBA 1DXVA 1YE2A 1A9WA 1OR6A 1Y7CA 4HSWA 2D2NC 1BZ6A 3AG0A 5ILRA 3WCTC 3UHRA 1HABB 1LTWA 2ZLVB 3D1KA 4NK1A 2NX0A 3KUOA 3LR7A 2ZT2A 1GCWA 3ZHWA 2Z6NB 1CO8A 1NQPA 2HHEA 4H07A 1NZ3A 5CHQA 2GKMA 1A4FB 1Y8HA 3GYSB 4B3WA 2W72A 1DTMA 1RVWB 1THBA 1YDZB 1BIJA 1VWTA 2DHBA 1R1XB 3WTGA 2GTLA 3E5IA 1NPGA 1NZ4A 1V4WB 3PI9B 3S1IA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2GTLA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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