2HHE | Genus

Total Genus 53

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	53
sequence length	145
structure length	145
Chain Sequence	MLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__3445750269137435__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__3445750269137435__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2HHE/B/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__3445750269137435__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"3445750269137435","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2HHE/B/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__3445750269137435__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen transport
source organism	Homo sapiens
publication title	Chloride ion independence of the Bohr effect in a mutant human hemoglobin beta (V1M+H2deleted). pubmed rcsb
molecule keywords	HEMOGLOBIN (DEOXY) (ALPHA CHAIN)
total genus	53
structure length	145
sequence length	145
chains with identical sequence	D
ec nomenclature
pdb deposition date	1994-09-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	2hheB00

1URYA 2ZSYA 1YEVA 1LFTA 1S5XB 3MJPB 3WCTC 1Y85B 2ZFOC 3OJ1A 2YRSB 1B0BA 2ZLUA 1BINA 1GCWA 1LHTA 2MGCA 2MHBA 4B4YA 1Y46A 4FH6A 4N7PA 1Y0AA 4XDIA 1YHUA 1SDKA 2MYDA 2MGGA 3UHEA 4HRRB 2OH9A 3BOMB 3DHRA 3GYSB 1NGKA 1Y0CA 3QJBA 4O4ZA 4ROMA 3UHTA 2AUOA 5CNEA 3OGBA 1BABB 3VRGA 5EV5A 1XYEA 4L7YA 5EYJA 1YHUD 1BVCA 5AB8A 1MWDA 3A9MA 3WI8A 3FH9B 2MGHA 3G4VA 1JY7A 4OF9A 1EBTA 1LFQB 4TWVA 1A01B 1ECAA 3GLNA 2D2MA 1HBRA 2ZSOA 1XZUA 1YEOB 1HV4A 2ZS0B 1VXBA 1O1MB 1G0AA 3WTGB 3WCTB 1QSHB 2ZFOB 1COHA 3RJNB 1H1XA 1YOIA 1BJEA 2XKGA 5JGGB 3QJDB 1X9FC 3G4UA 2CMMA 2D2MD 3MKBA 1UT0A 3NFEA 2Z6SA 1YEQA 2H8FA 2ZSTA 3G53A 2G11A 5EOHA 1Y4GA 5HU6A 1J7YB 2DN1A 2MGJA 1A6KA 3IXFA 3E5OA 2AA1B 2W6VA 4MQJB 2HBEA 2ZSNA 1VHBA 3KUOA 1WMUB 4NK2A 1Y4PA 1J41A 3E5IA 1MLMA 1BUWB 1K0YA 1A0ZA 1C7CB 1YCBA 104MA 1BBBA 2W72C 1LH7A 2R80B 3ZJRA 2QSSA 4AVEA 110MA 1A9WE 1S61A 1XZ7B 2ZLXB 3OVUC 2HBFA 4MXLA 3AT5A 103MA 3UBVA 2GKMA 3IC0A 4MQIA 2BLIA 4YU3B 2SPLA 1A9WA 1MWCA 1C40B 3QM9A 1Y8KA 1V4UA 2QMBB 1EMYA 3DR9A 1OBMA 1FDHG 4H2LA 1LH6A 1N9FA 4HHBB 1XZVB 1QXEA 1IWHB 2GTLA 4MBNA 3IC2B 2W72B 106MA 111MA 4O35A 3BJ1A 1ECNA 1MLLA 1YE0A 2ZS1A 107MA 3HRWA 2EKTA 5HLXA 3LQDA 1MBAA 2GTLD 4O2GA 1LHSA 1LTWA 1J40B 2ZS1D 3ZJPA 1IBEB 1NWNA 1H97A 1HHOA 1Y35B 2HHBB 3TM3A 1LFVA 1MYMA 2MB5A 3BJ3A 1DO3A 1MCYA 1O1PB 1NS9A 1YE2A 1DXVB 3O7NA 1JP9A 2R1HB 1NIHB 2BMMA 3WFWA 1OUTB 2MYAA 5E29A 1S5XA 3MJPA 3MOUA 2AUPA 1Y85A 1XCHA 1XZ2A 1DLYA 3AT6A 2GKNA 3ZH0A 2VYYA 1PBXB 1YH9A 3GQGA 1YMBA 3LHBA 1RSEA 3TM9A 1UMOA 2MGAA 5KKKA 3BJ2B 1FCSA 3BOMA 1Y8WA 4U8UA 3UHVA 4TYXA 1RVWB 1MOBA 1YHRB 108MA 4G1VA 4VHBA 1CLSB 1LFQA 2LH5A 1A01A 4U8UD 4F6IA 3M3BA 1IT2A 2DXMB 3UI0A 1CP0A 1YCAA 1GBUB 1HLBA 1HBHB 1VXEA 5SW7B 3WTGA 1MTKA 1KR7A 5C6YA 1J3YA 3WCTA 2FRJX 1DLWA 3HXNB 1J52A 2O5TX 2V1GA 3ORDA 3OK5A 1WVPA 1ABYB 1T1NB 5JGGA 2DN2A 3D4XA 5CN6A 1VXDA 3FS4B 2QSPB 1J7YA 2BLJM 3ED9A 3WCTD 1O1IA 4DWUA 3ZJIA 105MA 4ROLA 1J7WB 1QPWB 4HBIA 1NAZA 1BVDA 1JWNA 1A3OB 1HACA 2ZT2A 1JPBA 1XZ4B 1V4XB 1BUWA 3PI8A 4G51B 1ASHA 2NSSA 1C7CA 1CH2A 5HBIA 5EYSA 1YZIB 2RI4B 2GNVA 1XY0B 5HY8A 2R80A 1A4FA 1HBBA 1VXCA 1Y2ZB 1MNJA 5EETA 3AQ9A 1SPGB 4N7NB 1S6AA 1CH3A 1GDLA 1UIWB 1C40A 4C0NA 4N7OB 5CHQA 1LJWA 2HBSA 2QLSA 2BW9M 1FSXB 1ABWA 2FRFA 1AJGA 4OODA 3ZJHA 1C7DB 4FWYA 1XXTA 4X0LB 3AQ7A 1XZVA 3MJUB 3D1KA 1MYFA 1Y09B 2G3HA 1FN3B 4NXAA 5EE4D 1TESA 3HYUB 3KMFC 1A00B 1MYTA 5KDQB 2GLNA 2DC3A 3AQ8A 1Y5KA 109MA 2ZSPA 2VM0A 2MYEA 4WJG1 1GZXA 1SWMA 2GRZA 1I3EA 1J40A 3G4QA 1IBEA 2H8DB 4JACA 1YVTB 2G10A 2Z6TA 2EF2A 2O5LX 1O1PA 3EDBA 1HBAB 1DXVA 1O1JA 1YENA 3U3EA 1RQAB 4FC3A 1OUTA 1G9VB 1GCVB 5CHRA 1CH1A 1MLRA 2D5ZB 1EW6A 1PBXA 2G0VA 3OZVA 5E6EA 1SI4B 3LB1A 2LH1A 3LB3A 2ZT4A 2LH7A 1FLPA 1VXAA 1N9XA 2EKUA 3GOUB 1S0HB 1CO8A 3WCWC 3GQRB 3ZJSA 1OR4A 2V1FA 3S48C 4PQ6A 2ZT1A 1Q1FA 2OLPA 1A0UA 3D1AB 4MQHB 3WCUC 2HHDB 2E2YA 1S69A 4PQBA 1Y8IB 4PNJA 2VYZA 1HBHA 1HDAB 2XKHA 1Y7DB 1MLNA 3HXNA 1HGBB 3G4RA 3ZJNA 3UHKA 1ABYA 3QZZA 3UH7A 3GQPB 7HBIA 4G1BA 2VHBA 3GDJA 1Y7GB 2OIFA 1YIHB 1NQPB 3ZHWA 1Y4VB 2PEGB 1MGNA 1J3ZA 1AZIA 2MGKA 2FALA 5HAVA 3WCWB 2R50A 3DUTA 1A3OA 3NG6B 4MQKB 1XZ4A 3UHSA 1YGFA 1HCOB 3S66A 2B7HB 3PELB 3WCUB 1YZIA 2VLZA 1UX9A 1MOHA 3D17B 1NZ2A 1KD2B 1Y2ZA 1V75B 1HJTA 1NXFA 1LA6B 3HF4A 1UVYA 3PI9A 1LFYB 1Z8UB 1SHRA 3OZUA 1HGCA 2HBDA 1MBNA 1MYZA 3WFXA 3ZJJA 4N7OA 1RTEA 4F4OA 1Y0WB 1G08B 2C0KA 1JF4A 1O1OA 1FSXA 3PI1A 1HBSB 3PIAB 1G0BB 2HHEB 1C7DA 2VLYA 1MTJA 2PGHB 1BZ1A 4X0LA 3W4UB 1SDLB 1IOPA 1K1KA 3MJUA 2EB9A 4F6GA 3B75B 1Y4RB 1YDZB 2BKMA 1W92A 3AQ5A 2QFKA 1A3NA 1IRDB 3UHYA 3DHTB 4KMVA 1HDSB 1O1KA 5F0BA 2D5XB 3S65A 1X3KA 3CIUA 2H8DA 2OHAA 1YVTA 4M4BB 3WCVA 1YGDB 1U7RA 1VWTA 1WLAA 1HBAA 1MBDA 1O1LB 2ZFBB 1Y83A 3EDAA 2VYWA 4O4TA 4UIQA 1LFLB 3OO5A 3MYNA 1Y4QB 1GBVB 1YVQB 1GCVA 4B3WA 3EOKB 1HBGA 3R5IA 3WCVD 1Y31B 1MNHA 1UX8A 3WCPB 1SI4A 3MBAA 3D7OB 4ODCB 1Y4BB 1CG8B 3TLDA 3HEPA 1QXDB 3VRFB 3GQRA 1X9FB 5CMVA 1HBIA 1XQ5B 1Y45A 3V2ZA 3ZJQA 1HGAA 1C7BB 4MQHA 3PI4A 3ARKA 3UHGA 3ECLA 2WTGA 2QU0B 1FAWB 2EVPA 2WTHA 2O5OX 1BZ6A 1Y7DA 2H35A 3ODQA 1BZ0B 3GQPA 1YG5B 2HBCB 4F69A 1DXUA 3UHHA 1HABA 1CH9A 3ZOMA 4ILZA 1YIHA 1NQPA 2ZT3A 3PT7B 1LFZA 1Y4VA 1N9HA 1UC3A 3WCWA 1QSIB 3NMMB 4IT8A 4MQCB 1Y0DA 1NZ3A 5D5RA 2Z6NB 5MBNA 1JEBB 1NZ5A 3UH5A 1Y7CB 1F65A 2B7HA 2MBWA 1Y7ZB 1JDOA 2ZSSA 4FWXA 101MA 3BA2A 2ZSXA 2M6ZA 1KD2A 3QZXA 1LA6A 1R1YB 4YU4B 2D60B 2LH6A 1DKEB 2NRLA 3WHMB 2YRSA 1S56A 2DN3B 1YOHA 1MYJA 3UHRA 1V9QA 1G08A 2FRKX 4MU5A 1MLQA 4HRRA 1NEJB 3GYSA 3CY5B 1RPSB 1MBSA 2BK9A 1CQ2A 2GL3A 1MOCA 2HHEA 3QM6A 5CNGA 1AJHA 1BABA 3LR7A 5JDOE 2D2NC 4KN3A 2IG3A 3FH9A 1G09B 1GJNA 1CMYB 2EVKA 1AJ9B 3SZKB 1V07A 4F6JA 4MPMA 2SPOA 1IRDA 1YEOA 2ZS0A 4PQCA 1O1MA 1MLFA 1MLGA 1QSHA 2ZFOA 1Y4FB 1OUUB 3QJDA 3P5QB 2O5SX 5JDOD 2V1IA 4KMWA 1LH1A 2ZS0D 1O1NB 4MQGB 3WR1B 3RGKA 2ZFOD 2AA1A 1UFJA 4NI1B 3V2VA 2OHBA 1M6MA 2ZFBA 1CG5B 1LFLA 4MQJA 3VAUA 1GVHA 1Y4QA 1WMUA 2RAOB 1S5YB 3UHDA 1Y31A 3UHZA 1YHUC 1YFFB 3RJ6A 1FSLA 2ZLTB 1ECDA 1NS6B 4M4AB 3QJEB 1Y4BA 1XZ7A 1CG8A 2ZLXA 4C44A 1MKOB 4UZVA 5B84A 1QXDA 1BIJB 3G52A 2HBGA 2ZLVB 1VREA 1X9FA 5CN5A 1XQ5A 4YU3A 1THBB 2JHOA 3PI3A 2D2MC 2QMBA 2MGLA 3ECXA 1LFTB 2MGFA 2QU0A 5KERB 1FAWA 4H0BA 1CQXA 1X9FD 2G0ZA 4BJAA 1LH2A 3MYMA 1PMBA 2NSRA 2W6XA 3QMAA 3SDNA 1BZ0A 1DM1A 1Y0AB 2D6CA 4HHBA 3HENA 1SDKB 1YG5A 1CH5A 2HBCA 2AV0A 1IWHA 1TU9A 4XS0B 3LB2A 3IC2A 3HHBB 3PT8B 2W72A 2Z85A 1Y0CB 3QJBB 1J3FA 3OZWA 1N9IA 3OO4B 4L7YB 1B86B 1QSIA 3NMMA 4NK1A 4ESAB 1DWRA 1JY7B 1QI8B 3UHWA 2HCOB 1DO7A 2D2MB 1JEBA 1Y7ZA 1XZUB 1RQ3B 1Y35A 2HHBA 1G0AB 1YMAA 2W6YA 3H57A 1COHB 2R1HA 3UHQA 1NIHA 1YOGA 3LB4A 4N8TB 3MKBB 3NFEB 3AG0A 5ILMA 3WHMA 1Y4GB 3MN0A 2W6VB 3UHUA 4MAXA 5ILEA 2GNWA 1DO4A 3BJ2A 2VLXA 1F5PA 5CN7A 1RPSA 1J41B 3A5AA 1A0ZB 1MLHA 2GTLC 2QFNA 1DUKA 1BBBB 1A6GA 5MBAA 2QSSB 1LUEA 1RVWA 2ZS1C 1G09A 1YHRA 1CLSA 2ZLWB 3SZKA 4WJGA 1MYHA 5JDOF 2HBFB 2DXMA 1GBUA 4HRTB 1R1XB 2MYBA 5SW7A 1YMCA 4MQIB 5HLUA 3K3UA 1V4UB 2HZ1A 4H07A 1T1NA 1OUUA 3QM5A 3UHBA 1M6CA 3ECZA 1MLOA 1O1NA 3FS4A 5E83B 2QSPA 4MQGA 4H2LB 3S1IA 1CBMA 1J7WA 1QPWA 3O89A 1MTIA 4DC7A 2GTLB 1MWBA 3UHIA 2RAOA 1V4XA 3A59B 4G51A 3EU1B 1YE0B 1MZ0A 1VXHA 4QAUA 3HRWB 2RI4A 2O5BX 3LQDB 1XY0A 2LH3A 1LH5A 4U8UC 3HC9A 1CH4A 4M4AA 1M9PB 3QJEA 1MBOA 1V4WB 3UGYA 1SPGA 4N7NA 1F5OA 5ILRA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2HHEB

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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