2OHB | Genus

Total Genus 66

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	66
sequence length	154
structure length	154
Chain Sequence	MVLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFWSEAIIHVLHSRHPGNFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__196683321707413__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__196683321707413__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2OHB/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__196683321707413__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"196683321707413","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2OHB/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__196683321707413__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen storage/transport
source organism	Physeter catodon
publication title	Ligand pathways in myoglobin: A review of trp cavity mutations. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Myoglobin
total genus	66
structure length	154
sequence length	154
ec nomenclature
pdb deposition date	2007-01-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	2ohbA00

3QJBB 2G11A 1HDSB 1Y4FB 3H57A 1YVQB 4KMWA 5CN4A 3LQDA 3BJ3B 1Y4GA 2ZT3A 1MOAA 3LHBA 2DN2B 2GDMA 2AUPA 1G0AA 1Y5KB 3HXNA 2R4ZA 3G4UA 109MA 1JY7B 2RI4A 1C40A 5CN9A 103MA 1Y35B 1PBXA 1MNJA 3NG6A 1Y0CA 2BW9M 1F65A 3WFTA 1BBBA 1GLIA 2RAOB 3V2ZA 1FCSA 2MGDA 4U8UA 1NPGA 1Y8WA 1JW8A 1NGKA 3BCQA 2D2NA 1DTIA 1HBBA 3LB4A 1Y45A 2QFNA 3HF4B 4NK1A 3PI8B 2R4XA 5EE4D 1JEBB 2FRKX 3K8BA 1HBHB 2D2MC 4ROLB 3LB3A 1XZ5A 1JP6A 4JYQA 2HHDA 1CH4A 2O58X 4FH7A 1GBUB 3E4NA 4TYXA 1CBMA 2DN3B 1DO4A 3UHNA 1IRDB 1MWBA 1GBVB 1LH6A 3WCWB 1MNHA 2MGFA 2HBCB 3FS4A 1A9WE 1Y7ZB 3WCWD 2GRHA 1EBCA 1G09B 3H58A 1A0UA 3WHMB 1T1NB 1LJWA 1BINA 1Y09B 3PIAB 1RVWA 2HBEA 5HU6A 1QI8B 3WCTD 1BZ0B 1I3DA 2FRIX 2VYWA 1IWHA 1ASHA 2ZLTA 3G46A 3ECZA 1VRFA 2V1GA 4HHBB 2W6VB 3D4XA 3S1IA 1ECAA 1RSEA 2Z85A 2HBSB 3ZJMA 3GQRB 5ILPA 3GK9A 3P5QB 1HABA 2LH7A 1JL7A 2ZLUA 4XS0A 1Y4VB 3WFUA 1WVPA 3ODQA 1NIHA 3MVCA 5EUIA 1DTMA 1DO3A 1MLKA 4UZVA 3UHIA 1SHRB 3OGBA 1R1YA 1J41A 5C6EA 1HV4B 1OUUA 2R4WA 1Y7DB 1CLSA 1QPWB 4M4AA 3HENA 1HLBA 1ABYA 4KN3A 1MTIA 4TWVA 1YHRA 2KSCA 1MYJA 3TLDA 1OFJA 1X3KA 3DR9A 1MTKA 2SPOA 1UIWA 1YMAA 1LFZB 4TWUA 3ZH0A 4YU4A 1B0BA 1SPGB 2AV0A 1MYTA 4MQIB 2MYAA 2HHBA 5KERB 1X9FA 1A0ZA 1G0BA 3DHRB 4H2LA 3D1AB 3WCPA 2GLNA 1JF3A 3S65B 3W4UA 3OO5B 3MBAA 3GDJA 1J40A 3GKVB 4HSXA 1NZ5A 1HDBA 1CQXA 1XZ2B 1YZIB 4N7NA 1Y0WB 3ONZB 1MNOA 3MJUB 2GTLA 3A5BA 3RGKA 2H8FA 1HACB 4MU5A 3AT6B 3WCUA 1UFJA 1MLMA 5CNFA 1CG8A 3UHKA 1DXUB 3DHTB 3PT7B 4YU3B 1MGNA 1YEUB 1Y5FB 4N7OB 4HRTB 1J3ZA 3PI9B 4HBIA 3NMMA 3MN0A 4M4BA 1SDKA 1Y7CA 5JDOD 1V4WB 3ZHWA 1LH7A 4O4ZA 1WMUA 1MTJA 1QXDA 3CIUA 5EE4C 2M6ZA 1CIOA 1UC3A 1Y4GB 1Y83A 1F63A 2AUOA 1O1PA 2DHBA 2GNVA 3D7OB 3SZKA 3ZJNA 1G0AB 3K9ZA 1YH9B 2LH5A 1LFLB 4OODA 4F6FA 2R50A 3HXNB 4PQCA 1Y8KA 1F5PA 1LFYA 1YCBA 2RI4B 5KDQA 1C40B 1MLLA 1BIJB 1HLMA 3FH9A 5CNGA 4O4TA 3NG6B 1Y0CB 1BUWA 4WJGA 2EVKA 1BBBB 1DUKA 3WCTC 1QXEB 1XYEA 4U8UB 1HBRA 4NS2A 2G0VA 2ZSRA 3BCQB 2D2NB 1XY0A 1Y45B 1SWMA 3QJCA 1HBGA 1C7CA 5CN8A 1O1NA 3K8BB 1HRMA 2Z8AA 2PEGA 3S66A 1XZ5B 1QSHB 2HHDB 3UHBA 1DXTA 1EBTA 3CY5A 1AJHA 3HHBA 3QM5A 2BKMA 3FS4B 1KR7A 5D5RA 1YDZB 1N9XA 1BZPA 3MYNA 2V1EA 1A0UB 1LJWB 2XKIA 1RVWB 1MLUA 2HBEB 5HU6B 5EYSA 4ZVBA 1JF4A 1NEJA 3QZXA 5HLQA 4PNJA 1IWHB 3BJ2A 2ZLTB 2GKMA 3GOUA 4NXAA 4WJG1 5KKKA 2XYKA 2D5XB 4H07A 2VHBA 3D4XB 2NX0A 1A3OB 3GYSA 1YE2B 2W72C 2V1JA 2MYCA 4F6BA 4NZIA 1HABB 2ZLUB 4XS0B 3BA2A 112MA 3ODQB 1NIHB 5CHQA 5EUIB 1HHOA 2G12A 1XXTA 1C7DA 1CMYA 1K1KA 1J41B 5C6EB 2MHBA 1CLSB 4IROA 1L2KA 2HBDA 2SPNA 4M4AB 3B75A 1YHUD 1J7YB 1ABYB 106MA 5CN7A 1S5YB 3DUTA 1YHRB 1MOBA 3LB2A 3UH7A 1IT3A 2ZFBA 1YENA 5CNEA 1UIWB 5M3SA 1CH7A 1SPEA 4YU4B 1AJ9A 1YIHA 3RJNB 1VXAA 1YE0A 2HBFA 5JDOC 2HHBB 3UH3A 1X9FB 3OVUC 1G0BB 4UIQA 2MYDA 1YGDA 4H2LB 3A0GB 2DXMA 1BZZA 1UX9A 3WR1A 3ZJSA 2BNLA 5JGGA 2AV3A 3LB1A 2BWHA 3W4UB 3BOMA 2VYYA 4FWYA 1W92A 1J52A 3GDJB 5ILMA 1UT0A 1J40B 5CMVA 1FN3A 1HDBB 4N7NB 1IBEA 1MYZA 1MCYA 1MYIA 2GTLB 3VRFA 1MBNA 3PT8A 4GZGA 1S5XA 2LHBA 3UHXA 3WCUB 4MQCA 1CG8B 1MBDA 3VAUA 1V5HA 1M9PA 1XZUA 1J3ZB 1Y8IA 3HYUA 2SPLA 1SDKB 101MA 1SI4B 1C7BA 4F6DA 1WMUB 4OF9A 3D1KA 3M3BA 3QQRA 3CIUB 2ZS0C 2M6ZB 3WCVD 1Y83B 2FRFA 2ZLWA 3SDNA 4PQ6A 1O1PB 2GRFA 2DHBB 4MQKA 2ZT1A 3SZKB 2MGLA 2HZ3A 1DM1A 2V1FA 1YG5A 3GQGA 1Y8KB 3KMFA 1LFYB 2O5BX 1Z8UB 5KDQB 1KD2A 1MYGA 2H8DA 1HDAA 3UHRA 2H35A 3FH9B 1JZLA 2FRJX 4N8TA 3BJ1A 2D5ZA 4NI0A 1HGBA 5HLUA 1HBRB 5EV5A 3EU1A 1XY0B 1MLRA 3QJCB 2BK9A 3UI0A 1N9FA 1MZ0A 1O1NB 2PEGB 2ZSPA 2ZS1B 3S66B 2ZS1D 3EDBA 3VRGB 5CN6A 5AZRA 104MA 3CY5B 2MGMA 3HHBB 1R1XA 2R1HA 1HGAA 2O5SX 2FAMA 2ZSXA 1CH9A 3ZJLA 1YHUC 2O5LX 4N7PA 1CO9A 1BJEA 1GDLA 3U3EA 2NRMA 2ZS0A 5AB8A 1Y46A 1KFRA 2G3HA 2GL3A 3BJ2B 1YOIA 1FSXB 2HZ1A 3ARKA 1RTEA 1DWSA 5CNCA 1Y7GB 3GYSB 3ZOMA 2HHEA 1Y85B 2ZT0A 2MGJA 2B7HA 1OJ6A 1A6NA 3ZJQA 3G52A 1UVXA 2G10A 1COHB 3ARLA 1Y0DA 3OO4A 1MDNA 2NSSA 2EVPA 4AVEA 2C0KA 2ZFOC 1HHOB 1YVTA 1XXTB 1CH5A 1K1KB 2MHBB 4IROB 1HSYA 2HBDB 1VXGA 3B75B 1RQAB 2XKHA 1LHSA 4ESAA 2EKTA 2R80A 3DUTB 3HRWA 2G0XA 1YEOA 2QFKA 1A4FA 2GNWA 2VLYA 3ZJJA 1IRCA 4G1BA 4MBNA 1YENB 4F4OA 4SDHA 2G14A 3IXFA 2SPMA 1AJ9B 1Y22A 2EKUA 1S61A 2HBFB 3SDHA 1HCOA 3ECLA 1J7WA 1YGDB 2D2MA 1DO1A 2DXMB 1QSIA 5JGGB 3BOMB 3WCVC 3R5IB 1CQ2A 1FN3B 1IBEB 2VLZA 4DWUA 2OH9A 1XCHA 3MJPA 1O1LA 1BZRA 1Y4BA 1Y4RA 1DKEA 2MYBA 3UH5A 3VHBA 2MGCA 1NAZA 3VRFB 3PT8B 1LUEA 1S5XB 1DLYA 2NRLA 2ZSSA 4L7YA 1LFVA 2ZT4A 2ZT2A 4MQCB 2EB9A 5HY8A 2HBGA 6HBWA 5F0BA 1OBMA 1Y4QA 1ABWA 3UHYA 4X0LA 1M9PB 1XZUB 1DXVA 1A00A 1G08B 2O5OX 4MQJA 3QZZA 3O89A 3HYUB 2ZFOA 4KJTA 3S1JA 1GDJA 3ZJIA 1C7BB 3D1KB 3UHGA 1YIEA 3VREB 3UHWA 3K3UA 1GCVA 3MYMA 1RPSB 3QQQA 2ZLWB 2AA1A 1MLNA 3ED9A 1A6GA 4MQKB 5HAVA 4MXKA 2QLSA 1YGFB 2QU0A 4JACA 1J3YA 2PGHA 4DC8A 1YG5B 1NWIA 3GQGB 2G0ZA 3LQDB 5B85A 1NWNA 1KD2B 1MWCA 2H8DB 1HDAB 3ASEA 2MGBA 2OIFA 1OR4A 1O1OA 1CPWA 2XKGA 3M39A 3ZJRA 2Z6NA 1M6CA 2D5ZB 4NI0B 1HGBB 5HBIA 3WCWC 1O1KA 1MLSA 1NQPA 1YEVA 3EU1B 2QMBA 1PBXB 1FAWA 3S48C 2MB5A 3M38A 4IT8A 2V1IA 1YOGA 4MXLA 3AT5A 3OZVA 4NXCA 3ZJOA 1GLIB 5E83A 1GJNA 1HGCA 4U8UD 1THBA 1Y8WB 4UURA 3UHCA 2D2ND 1JDOA 1HBBB 2G0SA 3QM6A 2R1HB 1HGAB 5EETA 2ZLVA 3G53A 4N7PB 2DC3A 5EYJA 3WFXA 1CH3A 2W6YA 2VLXA 1Y5JA 1Y46B 5CNBA 1MLHA 1BZ6A 1URVA 7HBIA 2GKNA 3D17A 1MBOA 2HHEB 3PI8A 1CH1A 1F5OA 3V2VA 1JEBA 1CBLA 1V4XA 1D8UA 1LFQA 1Q1FA 2ZSOA 1BABA 1MBCA 1HBAA 1MLQA 4G1VA 1J3FA 3OO4B 110MA 1NZ4A 1CIKA 1LHTA 1YVTB 2V1KA 5HLXA 2OHAA 3ZOLA 3WCWA 2MGIA 1A6KA 2CMMA 5F2AA 1T1NA 3PIAA 4ESAB 4HRRA 2R80B 3WCTA 1Y0TA 1BZ0A 3HRWB 2Z6TA 1YEOB 1A4FB 4MBAA 1R1YB 1OUUB 1URYA 1GDIA 4HHBA 1O1JA 1EWAA 1Y22B 111MA 1DXDA 1GDKA 4MPMA 1HCOB 3A9MA 1ABSA 1J7WB 1GVHA 2D2MB 1MYFA 3PELA 1DWTA 4MQHA 5IKSA 3QMAA 4ODCA 2W6WA 3NMLA 108MA 1XQ5A 2LH6A 4FH6A 1A0ZB 1X9FD 1O1LB 1Y4BB 1Y4RB 1DKEB 1BVDA 3WCPB 1HV4A 3WTGA 5D1VA 4AVDA 4L7YB 1LFVB 3QM9A 4MQGA 2ZSTA 4NK2A 3QJDA 5HY8B 5ILRA 6HBWB 1Y8HA 1H1XA 1ABWB 2GTLD 1CP5A 1DXVB 1A00B 1ITHA 4ILZA 4MQJB 1IT2A 3EOKA 4O1TA 2MBWA 3M3AA 2H8FB 4MQIA 2MGEA 1FSLA 3WCUD 2W72A 3OJ1A 5KERA 1ECDA 1LA6A 3UHTA 3G4WA 1GCVB 1Y2ZA 1LFTA 1BZ1A 102MA 3NMMB 4U8UC 4M4BB 2AA1B 1VXFA 3A59A 1Y7CB 2D2NC 5B84A 2JHOA 1Y0WA 3ONZA 2QU0B 1XZ4A 3MJUA 1VXCA 1QXDB 1J3YB 1OR6A 1MBSA 3IC2A 1MBIA 2AURA 1A9WA 1VWTA 5E6EA 2IG3A 1G9VA 2VEBA 1AJGA 1JZKA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2OHBA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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