The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
52
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sequence length |
137
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structure length |
137
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Chain Sequence |
GFKQDIATIRGDLRTYAQDIFLAFLNKYPDERRYFKNYVGKSDQELKSMAKFGDHTEKVFNLMMEVADRATDSVPLASDANTLVQMKQHSSLTTGNFEKLFVALVEYMRASGQSFDSQSWDRFGKNLVSALSSAGMK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray crystal structural analysis of the binding site in the ferric and oxyferrous forms of the recombinant heme dehaloperoxidase cloned from Amphitrite ornata
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Dehaloperoxidase A
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| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Amphitrite ornata
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| total genus |
52
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| structure length |
137
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| sequence length |
137
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-06-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1S6A A; 1YEN A; 1O1M B; 3UHR A; 1Y5K A; 2Z85 A; 1QSI B; 2HBC A; 2MGF A; 1YVT A; 3IXF A; 1CLS B; 4UUR A; 2QRW A; 5EUI B; 3WCU B; 3AT5 B; 2NSR A; 2ZLV B; 1HBH B; 1NS9 A; 4UZV A; 2HBF A; 1HAB A; 1SHR A; 2VLZ A; 4G51 A; 2XKH A; 1YEV B; 1NS6 B; 2H35 A; 3PEL B; 1SDK B; 1YDZ B; 3VAU A; 1BVC A; 1VXG A; 3G52 A; 1CO9 A; 3KUO A; 3LR9 A; 1Y09 B; 1Y8H A; 2MYD A; 1Y5F A; 2W6Y A; 2V1G A; 2VLY A; 1Y01 B; 3S66 B; 5CN6 A; 1HAC A; 1NGK A; 2MGE A; 1CQ2 A; 1MLL A; 1RPS A; 3IC0 A; 3UHU A; 1HV4 B; 3G4V A; 3BJ2 B; 5ILM A; 3WCV A; 2RAO B; 3QJC B; 1HDB B; 5IKS A; 1CG5 A; 5E83 A; 1Y35 B; 1PMB A; 1EWA A; 2ZSN A; 4MBN A; 1O1P B; 5CMV A; 1VHB A; 1YE0 A; 1C7D B; 4KMW A; 1VWT A; 2GDM A; 1XQ5 B; 3ARJ A; 4HRT A; 1LH7 A; 2R4Z A; 1YHU B; 1BZR A; 3K8B B; 3UBV A; 3G4Q A; 1J7Y A; 2H8F A; 4NXC A; 1NAZ A; 2ZS1 C; 1DXV A; 5HLX A; 3VHB A; 3E4N A; 5JDO C; 2OLP A; 3WCW B; 4N7N B; 1JL7 A; 1XXT A; 3QM5 A; 5CNF A; 4XS0 B; 2GNW A; 5C6E B; 1BBB A; 2D6C A; 4ESA B; 2MYB A; 2ZS1 D; 1GZX B; 5M3S A; 1LFT A; 3O7N A; 5JDO D; 1MLM A; 2O5B X; 1DXU B; 4IRO A; 1S0H B; 4O2G A; 2LH2 A; 2YRS B; 3D7O B; 5KDQ B; 4NI1 A; 2G10 A; 1J40 A; 1SPG B; 3GQG B; 1MNH A; 1CP0 A; 1YVQ B; 2XYK A; 4H2L A; 3HYU B; 1YEO B; 3AQ9 A; 1YIE B; 3S65 A; 2O5T X; 3LQD A; 1HCO A; 1HRM A; 1QI8 B; 5E29 A; 1LA6 A; 1YEU A; 3QZX A; 4C0N A; 4MQI A; 1JDO A; 1NWN A; 4JAC A; 3MYM A; 2D2M A; 2MYE A; 3CIU A; 2AUQ A; 3OVU C; 1LFZ A; 1MOA A; 1A4F B; 1O1O B; 3KUN A; 1R1X B; 1XZU B; 1MZ0 A; 2MGC A; 1IRD A; 4ILZ A; 1YFF A; 3G4R A; 1LHT A; 1GBU B; 1O16 A; 104M A; 4MU5 A; 1COH A; 2HBS B; 1YEN B; 3ZOL A; 3GDJ A; 1Y5K B; 2HBC B; 1LFY A; 1HBS A; 1VRF A; 3ONZ A; 2AV3 A; 2HBF B; 2DHB B; 3OZW A; 3OO5 A; 1SHR B; 3WFU A; 3B75 A; 1Y0W A; 2HHD A; 2SPM A; 2GNV A; 3ZJJ A; 2BW9 M; 1HGA A; 1Y8H B; 3WCT A; 1F63 A; 1IBE A; 4X0L B; 3UHB A; 1YGF A; 3HHB A; 5CN8 A; 1DWR A; 1ABW A; 1RPS B; 3LR7 A; 2ZT2 A; 3MOU A; 1MCY A; 4HHB B; 3QM6 A; 1XZV A; 1DM1 A; 2FRF A; 1J3Z A; 1NZ4 A; 1MLS A; 1JY7 A; 1CG5 B; 5D1V A; 1DUO A; 5E83 B; 4DC7 A; 5EYJ A; 4JYQ A; 105M A; 1KD2 A; 1Y8I B; 1C7B A; 1DUK A; 1FDH G; 1YE0 B; 2V1H A; 3R5I A; 2D5Z B; 1VXF A; 1HBA A; 4MXL A; 1HBR A; 4HRT B; 1T1N A; 1O1J A; 2ZSX A; 2BNL A; 2OH9 A; 1Y8K A; 2H8F B; 1DXV B; 2DXM B; 3PIA A; 2VRY A; 3VRE A; 1XXT B; 4F4O A; 5EE4 C; 1BBB B; 5E6E A; 1LFT B; 2W6X A; 4IRO B; 2FRK X; 5EE4 D; 1OUU A; 4G1B A; 1UMO A; 2ZSQ A; 5HY8 B; 3NL7 B; 2JHO A; 1LUE A; 1EBT A; 3AT6 A; 4NI1 B; 3LB4 A; 3WFX A; 4NI0 A; 4H2L B; 1V5H A; 1THB A; 2BLJ M; 3PI1 A; 2NSS A; 1CH2 A; 3S65 B; 3ZJO A; 1HCO B; 1NXF A; 2GKN A; 1LA6 B; 2W31 A; 4MQI B; 2G3H A; 3EDA A; 4ROM A; 2D2M B; 1YH9 B; 1XY0 A; 1LFZ B; 5B84 A; 1NEJ A; 1MOB A; 2ZS0 A; 3G4W A; 1YFF B; 2FAL A; 2D5X B; 5EUI A; 4MQJ A; 4U8U B; 1F65 A; 1HBH A; 3WTG B; 5CNE A; 1J7W A; 3UHY A; 2V1K A; 1BZ0 A; 5C6Y A; 1YEV A; 1MLQ A; 2HBE A; 3GDJ B; 1HBI A; 5ILP A; 1DTI A; 1MOD A; 1LFY B; 1YG5 B; 1BJE A; 1HBS B; 1Y09 A; 4L2M A; 3OK5 A; 1QPW A; 2GTL A; 1FSL A; 1J3Y A; 4KJT A; 2KSC A; 3G4U A; 1K1K A; 3GOU A; 1PBX A; 3OO5 B; 2VLX A; 3B75 B; 1L2K A; 1TES A; 1HV4 A; 1Y0W B; 2MB5 A; 5JGG A; 2HHD B; 3QJC A; 3UHE A; 1LTW A; 1Y22 A; 3WCT B; 1YHR A; 1Y35 A; 2ZLX A; 1CG8 A; 1LH6 A; 3WCU C; 3HHB B; 2HZ3 A; 2R4X A; 2R1H B; 1O1P A; 3NG6 B; 3S1J A; 4AVD A; 2ZSR A; 1N9X A; 3CY5 A; 1YCB A; 2VYW A; 1C7D A; 1MLF A; 4ZVA A; 1XZV B; 1J3Z B; 1DLY A; 1JY7 B; 1YHU A; 3WCU D; 1NQP B; 1MTJ A; 4PNJ A; 5KER A; 1KD2 B; 1ASH A; 1GLI A; 1Y4P A; 1VXA A; 2AV0 A; 3R5I B; 2W6V A; 1HBA B; 2ZSP A; 2ZFB A; 3G4Y A; 1HGB A; 4F6D A; 1LH2 A; 1T1N B; 1SPE A; 2FRI X; 1O1J B; 5EU2 A; 3HRW B; 112M A; 2VYY A; 2MGB A; 1Y8K B; 3QJB B; 3PI2 A; 1XCH A; 3PIA B; 2FRJ X; 2D2N B; 3PI3 A; 5ILE A; 3D7O A; 4F4O B; 5KDQ A; 2ZLU A; 3GQG A; 3A59 A; 1YVQ A; 1A3N B; 1MNO A; 1A0Z A; 2AUO A; 4O35 A; 3EU1 A; 1Y4V A; 3UHV A; 3PI8 B; 4NK2 A; 1X9F B; 4GZG A; 1OUU B; 3UHZ A; 3WCW C; 1ECA A; 3ZJM A; 3AT6 B; 3QZZ A; 4H07 A; 4NI0 B; 1A4F A; 1BUW A; 3MBA A; 1THB B; 1XZU A; 111M A; 2W6W A; 3ASE A; 3WCW D; 2OHA A; 3ARL A; 3S1I A; 1GBU A; 5HLQ A; 4O4T A; 1JZL A; 4ROM B; 5AB8 A; 1JP6 A; 1OR6 A; 2HBS A; 1X46 A; 1XY0 B; 1CO8 A; 2LH6 A; 3QQQ A; 5HAV A; 3ZJL A; 1NEJ B; 1JF4 A; 1N9I A; 2ZS0 B; 3OJ1 A; 1SWM A; 3H57 A; 3SZK A; 3ZH0 A; 106M A; 4MQJ B; 2PGH B; 1J7W B; 2DHB A; 1BZ0 B; 1M9P B; 3UGZ A; 4IT8 A; 2NRM A; 1CMY B; 2HBE B; 1V4W B; 2W72 A; 1OJ6 A; 4NZI A; 1VXH A; 1BIN A; 1G9V A; 2VEE A; 1QPW B; 2GTL B; 4X0L A; 1J3Y B; 2ZSY A; 1K1K B; 4MXK A; 1XYE B; 1PBX B; 3GOU B; 1V07 A; 2ZFO C; 3FH9 B; 2BLI A; 3PI9 B; 5CHR A; 5JGG B; 4MQC A; 4HHB A; 2GRF A; 3M3B A; 1DXC A; 4DC8 A; 2MGM A; 3EOK B; 1Y22 B; 2QFK A; 1YHR B; 4TWV A; 3LB3 A; 1LFQ A; 2ZLX B; 1CG8 B; 2ZS1 A; 2ZFO D; 1EMY A; 1CH4 A; 3AQ8 A; 2ZT3 A; 1Y8I A; 3CY5 B; 2D5Z A; 1JPB A; 3UHS A; 3WFW A; 1MDN A; 3K9Z A; 2M6Z A; 1U7R A; 3DR9 A; 2HCO B; 1SI4 A; 2G0R A; 6HBI A; 1MBO A; 3RJN B; 1YZI A; 5KER B; 1O1N A; 6HBW A; 5ILR A; 1GLI B; 2DXM A; 1Y4P B; 2W6V B; 2ZFB B; 1HGB B; 3WCV C; 2MYC A; 1RVW A; 3D4X A; 5JDO F; 2WY4 A; 5MBA A; 1HJT A; 2ZSS A; 1Y7G A; 101M A; 1VXD A; 1DXT B; 1WLA A; 3WCV D; 4PQB A; 3U3E A; 5JDO E; 3D17 A; 5HY8 A; 3NL7 A; 1GDK A; 4FC3 A; 4F6B A; 1WVP A; 2ZLU B; 1YMA A; 4ROL A; 3A59 B; 4WJG A; 1A0Z B; 3EU1 B; 1LJW A; 1Y4V B; 1B86 A; 1N9F A; 1Y5J A; 1YEQ B; 2LH7 A; 3MKB B; 1I3D A; 3HEP A; 2CMM A; 1Y7C B; 1RQ3 A; 1UC3 A; 1YOH A; 2V1F A; 3A0G A; 1YH9 A; 1BUW B; 3HEO A; 4MPM A; 3AQ5 A; 1GCW A; 4H0B A; 1ABY B; 3ODQ A; 2AUP A; 2D5X A; 2B7H A; 3OZV A; 4U8U A; 1A6K A; 3WTG A; 1MGN A; 3BCQ B; 1W92 A; 2WTH A; 3UHK A; 1Y0A A; 4MQH A; 3ORD A; 2MYA A; 3K3U A; 2MGK A; 1ECN A; 3D1A B; 1YG5 A; 2Z6N A; 1V75 B; 3SZK B; 3ZJS A; 3NMM A; 1Y0T B; 2BLH A; 1DLW A; 1O1L B; 1ECD A; 3DHR A; 1TU9 A; 1H1X A; 2D2M C; 3IA3 B; 1Y0C B; 3UHT A; 1MBI A; 1HSY A; 4FH7 A; 2W72 B; 1G9V B; 1XZ2 B; 5AZQ A; 3GQP A; 1Q1F A; 2QFN A; 2D2M D; 1XZ7 A; 2R1H A; 3NG6 A; 1ITH A; 3GQR A; 3TM3 A; 4MQC B; 3DHT A; 1BIJ B; 2AUR A; 1Y85 B; 3TLD A; 3O89 A; 1BZP A; 1NQP A; 3UGY A; 102M A; 1LFQ B; 3VRG B; 2ZS1 B; 1MWB A; 2LHB A; 3QQR A; 3BOM A; 1YGD A; 2AA1 B; 1JZM A; 2V1I A; 4DWT A; 110M A; 4M4A B; 5CNB A; 4M4B A; 3KMF A; 4O1T A; 2M6Z B; 1MLR A; 2HBG A; 1SI4 B; 1URY A; 4HBI A; 3WCT C; 3HRW A; 1DWS A; 3ECX A; 1S56 A; 1VXB A; 1YZI B; 1O1N B; 1A00 B; 1CH9 A; 2ZST A; 3QJB A; 6HBW B; 4MBA A; 3BJ1 A; 4LPI A; 2D2N A; 2G0X A; 1JL6 A; 2ZLT B; 1CIO A; 1V9Q A; 3WCT D; 3WHM B; 5F2A A; 1HHO A; 1DWT A; 1RVW B; 3D4X B; 1MWC A; 1AJ9 A; 4YU3 A; 2IN4 A; 1A3N A; 1Y4Q A; 3V2Z A; 1Y7G B; 3PI8 A; 3UHQ A; 3UH5 A; 1VXC A; 1X9F A; 2G14 A; 1MLJ A; 2BK9 A; 3D17 B; 3MJP A; 5CNC A; 2O5S X; 4FC3 B; 1UVY A; 1QXE A; 1LHS A; 3QJE A; 2GRH A; 4ROL B; 2MHB A; 3PT8 B; 2C0K A; 1LJW B; 1B86 B; 1Y5J B; 2RI4 A; 1NPG A; 2HHE A; 2ZT1 A; 1UVX A; 5B85 A; 1MKO B; 3M3A A; 2Z6S A; 1MYH A; 1JF3 A; 1RQ3 B; 3EDB A; 1MNJ A; 3A0G B; 1H97 A; 1GCW B; 2MGI A; 1U7S A; 1HDA B; 3AQ7 A; 3UHX A; 3ODQ B; 2B7H B; 1G09 B; 1Y46 B; 3ZJQ A; 1Y8W B; 4MQK A; 2PGH A; 1IT3 A; 1FDH A; 5HU6 B; 1RQ4 A; 1Y0A B; 4MQH B; 1M9P A; 2DN2 A; 3UHC A; 1MNK A; 1R1Y A; 1A6G A; 1CMY A; 1O1I A; 1NIH B; 1V4W A; 2EVK A; 7HBI A; 2Z6N B; 3LHB A; 1Y4F A; 3NMM B; 2QLS A; 1FN3 B; 1MYT A; 1MYF A; 4QAU A; 3DHR B; 3QJD A; 1XYE A; 4VHB A; 5KKK A; 3FH9 A; 3PI9 A; 1MBS A; 2ZLW B; 3UHH A; 1C40 B; 1IOP A; 2HZ1 A; 2MGA A; 4FH6 A; 2QSP A; 2ZS0 C; 3EOK A; 1IRC A; 1A6M A; 1OBM A; 3GQP B; 1FHJ A; 1UX9 A; 1XZ7 B; 3GQR B; 1M6M A; 3DHT B; 2ZS0 D; 1HBB B; 3PI4 A; 3A5B A; 2HCO A; 2GTL C; 2ZSO A; 1GJN A; 4G1V A; 3BOM B; 1YGD B; 3UI0 A; 1Y45 B; 3ED9 A; 2MGJ A; 1BZ1 A; 2BWH A; 2EB8 A; 4M4B B; 2GTL D; 1OUT A; 5CN7 A; 3ECL A; 1Z8U B; 3BJ1 B; 1DXT A; 3ZHW A; 1DXD A; 1ABS A; 1CPW A; 4N7P A; 3ECZ A; 1S5X A; 2R80 A; 1HHO B; 1DTM A; 3UHN A; 2PEG A; 1S5Y A; 1CQX A; 1YHE B; 1YHU C; 1AJ9 B; 3UHW A; 3AG0 A; 4YU3 B; 2ZT0 A; 1Y4Q B; 2NX0 A; 2O5L X; 1YEQ A; 3MKB A; 2EB9 A; 4MQG B; 1Y7C A; 1YHU D; 3MJP B; 1OFJ A; 1QXE B; 3QJE B; 3MVC A; 3QM9 A; 1M6C A; 1V4X A; 2MHB B; 5HLU A; 3A5A A; 5CN4 A; 2RI4 B; 1ABY A; 2HHE B; 1DO7 A; 2FAM A; 3BCQ A; 2G0Z A; 2QMB A; 1G0A B; 1MTK A; 1BAB A; 2Z8A A; 2IG3 A; 4WCH D; 3P5Q A; 3D1A A; 1ECO A; 1V75 A; 1NZ5 A; 4YU4 A; 1Y0T A; 1G08 A; 1O1L A; 4MQK B; 3GLN A; 2GLN A; 1I3E A; 1LH3 A; 1MYI A; 1RQ4 B; 1MWD A; 1UIW B; 1Y4R A; 2GL3 A; 1WMU A; 2DN2 B; 4NK1 A; 1Y0C A; 1Y4G A; 1R1Y B; 1GBV A; 1O1I B; 1XZ2 A; 3FS4 B; 1Y4F B; 1A01 A; 3GK9 A; 2SPL A; 2QLS B; 3W4U A; 3DUT B; 2QSS B; 1A9W A; 3QJD B; 3QM8 A; 2EF2 A; 2GKM A; 1K0Y A; 1XZ5 A; 1Y7D B; 2R4Y A; 1BIJ A; 3GKV B; 1GDL A; 1Y85 A; 3M39 A; 2QSP B; 2Z6T A; 1JWN A; 1AJG A; 1HGC A; 5EET A; 1QXD A; 1RQA B; 1LH5 A; 3HF4 A; 3VRG A; 1MLH A; 1FHJ B; 1DO3 A; 2MBW A; 2LH5 A; 3HEN A; 2AA1 A; 1Y31 B; 4TYX A; 4M4A A; 2W72 C; 1RSE A; 1GVH A; 4L7Y A; 1FSX B; 2MGH A; 1A00 A; 4HSX A; 5CN5 A; 1GDJ A; 3WR1 A; 1UX8 A; 3UH6 A; 1VXE A; 1FLP A; 2OIF A; 1MOC A; 1YCA A; 1LFL B; 3UHD A; 5MBN A; 1NZ3 A; 1A9W E; 1RTX A; 1S69 A; 1BZ1 B; 1EW6 A; 1YOI A; 3WI8 A; 1IT2 A; 1CH5 A; 2ZLT A; 1GDI A; 3LB2 A; 3WHM A; 1OUT B; 3LB1 A; 1FAW A; 1G0B B; 2HZ2 A; 2EKT A; 4OOD A; 2XKI A; 1IWH B; 2QU0 B; 1HDS B; 3MN0 A; 1CP5 A; 1YIH B; 4B3W A; 1X3K A; 2HHB B; 4N7P B; 1MBC A; 1S5X B; 2R80 B; 1MYZ A; 2PEG B; 1J52 A; 1S5Y B; 1URV A; 3ZJR A; 2E2Y A; 3PT8 A; 4HSW A; 3IC2 B; 1O1K B; 2O58 X; 1V4U A; 1MKO A; 1LH1 A; 1MLK A; 1JZK A; 4WJG 1; 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