The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
152
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structure length |
152
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Chain Sequence |
VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Characterization of the Fleeting Ferric Peroxo Species in Myoglobin: Experiment and Theory
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Myoglobin
|
| molecule tags |
Oxygen binding
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| total genus |
66
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| structure length |
152
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| sequence length |
152
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-08-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5D5R A; 4XS0 B; 1NQP A; 1YH9 B; 2HCO A; 1VXE A; 1DLW A; 1HHO B; 2AA1 A; 1DTM A; 1S69 A; 4KMV A; 1HBI A; 2DXM A; 1GDI A; 1LJW B; 1Y22 B; 3MYN A; 1GBU B; 1BZ1 A; 2ZLT A; 4ROM B; 1I3E A; 1Y0T B; 3AQ7 A; 2Z6S A; 2HBC B; 3UBV A; 4HRR A; 1THB B; 4YU3 A; 1JDO A; 5HBI A; 1MNI A; 1Y8W B; 1NEJ B; 1YOG A; 4KN3 A; 1O1O A; 3PEL A; 1JW8 A; 1S5X A; 1BBB A; 1HSY A; 1ECN A; 1HGC B; 3IC0 A; 1ASH A; 5HLX A; 1DM1 A; 1NZ2 A; 1COH B; 1HGB A; 3D17 A; 4AVD A; 1A6G A; 3EDA A; 4UUR A; 2ZS1 D; 3PI8 B; 1CMY B; 1D8U A; 2W72 C; 1MLG A; 1XZU B; 1Y35 B; 1Y0D A; 3QZZ A; 3IA3 B; 3HC9 A; 1CH2 A; 2SPO A; 3LB2 A; 4MQH B; 1Y5F A; 1JY7 A; 2GRZ A; 1X9F C; 1CP5 A; 5EE4 D; 1DXV A; 1RPS B; 3ARL A; 4L2M A; 3BOM A; 2VYY A; 2FAM A; 3D4X B; 3EDB A; 1MKO B; 4ZVB A; 1DUK A; 2HBS B; 3MBA A; 1DXT A; 4ILZ A; 1JF4 A; 2ZLU B; 3AT5 A; 4WJG A; 4H2L B; 1BUW A; 3HHB B; 3LB3 A; 3NG6 A; 1CH7 A; 1PBX B; 1QXE B; 3ARK A; 2W6V A; 2R1H B; 1BZR A; 1CP0 A; 1RSE A; 2GNV A; 1Y09 B; 1LA6 A; 2MBW A; 3GOU A; 3R0G A; 3A9M A; 1Y4Q A; 3EOK A; 3WCW D; 1YEU B; 3K9Z A; 4YU4 A; 1HBB A; 2V1H A; 1O1L B; 4MQI B; 1CG5 A; 1MOC A; 3UH5 A; 1DO4 A; 2HHB A; 3MOU A; 1J7W B; 1GDJ A; 1OR4 A; 5JDO E; 1G9V A; 1CLS B; 1YCB A; 1QPW B; 3S66 A; 1GCV B; 3R5I A; 3G52 A; 4MQG B; 1NPF A; 1Y7Z B; 5EOH A; 5B84 A; 1LFQ B; 1IBE A; 1MBA A; 3SZK B; 1YHR A; 4MQJ B; 1VXC A; 2D2N D; 2RAO A; 1M9P B; 1CO9 A; 3DUT B; 1Y01 B; 4UIQ A; 1O1I A; 1BIN A; 2ZLX B; 2DN3 A; 3BJ3 B; 3UI0 A; 1YIH A; 1JP9 A; 2DHB A; 4ROL B; 1IT3 A; 2YRS A; 1K1K A; 1CQ2 A; 3ZJM A; 1W92 A; 1RVW B; 1B0B A; 1B86 B; 3ONZ A; 5EUI A; 4M4A B; 1F63 A; 1I3D A; 3ZJR A; 2HBD B; 5CN9 A; 1FLP A; 1UIW A; 1IRD A; 1J3Z B; 1RTE A; 4DWT A; 2G11 A; 4BJA A; 5JGG B; 3UHR A; 2MGH A; 3WTG B; 5E29 A; 2MYE A; 1BZZ B; 3QQQ A; 5E6E B; 5JOM A; 1BZ0 B; 5EYJ A; 3PI9 B; 1G0A B; 2BWH A; 3K3U A; 1YEO B; 1YVT B; 1FSX A; 1QXD B; 5KDQ A; 5C6E B; 1URY A; 1XY0 A; 1JEB A; 1A0Z B; 1C7B A; 2EVP A; 1DXD A; 2O5B X; 2O5M X; 3BCQ B; 1SDL A; 2HZ2 A; 1O1J B; 1O1K B; 1Y8K A; 5CNB A; 1J41 B; 3OVU C; 1YHE B; 3A5B A; 3G46 A; 1BVC A; 2MHB A; 1A6K A; 1MLH A; 1V5H A; 1A6N A; 4FWX A; 2PGH A; 1HGA A; 1F5O A; 1O1N A; 4WCH D; 1N9H A; 2DN2 B; 4NI1 B; 1XZ2 B; 2EF2 A; 1H97 A; 2GKN A; 3GDJ B; 1MYF A; 1L2K A; 1ABY A; 1J40 B; 1MLK A; 1CG8 A; 2QMB A; 1DO7 A; 3G4U A; 1MCY A; 3OZV A; 1SHR B; 1HAC B; 2GL3 A; 2EVK A; 1T1N A; 1MNJ A; 1XYE B; 3P5Q B; 3WFX A; 1HV4 B; 1FN3 A; 1S6A A; 4N8T B; 1HLB A; 3MYM A; 2SPN A; 1FHJ B; 2GTL C; 3WCV C; 3QJC A; 3CIU A; 1YMC A; 3FS4 A; 2B7H A; 4HHB B; 1Y83 A; 3WCU D; 1Y85 B; 2QU0 B; 1J7Y A; 1DXU B; 4U8U A; 2R4Z A; 5MBA A; 1Y5J A; 2XKI A; 2G0X A; 2D2N A; 2R4W A; 1SDK A; 2DC3 A; 5MBN A; 1MOH A; 2VEB A; 3DHR B; 4NS2 A; 1DKE B; 1MYJ A; 3QJD B; 1CPW A; 5HU6 B; 1VWT B; 1R1Y A; 2EKT A; 1MBC A; 3PI4 A; 1YE2 A; 3G4Q A; 3W4U B; 1F65 A; 1MLJ A; 1GZX A; 3D1K A; 3UHN A; 3HF4 B; 4O2G A; 4NK2 A; 4F6J A; 1S0H A; 1SPG B; 2ZSN A; 3ECX A; 2ZS0 D; 1R1X B; 2QSS B; 1SPE A; 2MGK A; 1YEV A; 1Y4V A; 1RQ3 B; 2MGD A; 1DWS A; 2ZS1 C; 3WHM A; 4MQK B; 3UHZ A; 3GQR B; 3NL7 A; 1YGD A; 2ZLV A; 3GKV B; 4L7Y B; 1YE0 B; 102M A; 1YEQ B; 3DHT B; 7HBI A; 3VHB A; 1UX8 A; 1IOP A; 3M38 A; 1LH5 A; 3HEO A; 3ODQ A; 2QSP A; 4H07 A; 4DC7 A; 1V75 A; 1K0Y A; 1DUO A; 1YHU D; 3FH9 A; 1IT2 A; 2Z6N A; 3OJ1 A; 1RQ4 B; 3DR9 A; 3V2Z A; 1JWN A; 1QI8 B; 3HRW A; 2W72 A; 4FC3 A; 1Z8U B; 3M3B A; 2ZSY A; 3ZJI A; 4ODC A; 3S48 C; 2ZFB B; 1IWH A; 1MLQ A; 3G4V A; 1MYI A; 3UHT A; 3LHB A; 1X9F A; 1MLL A; 1OUT B; 2O58 X; 2W6Y A; 1J3Y B; 2V1F A; 2D2M B; 2ZSZ A; 3GQG B; 3WCW C; 3UHD A; 5SW7 A; 4H0B A; 1MBO A; 1YDZ A; 1XZ7 A; 3MVC A; 5CN5 A; 3WR1 B; 2Z85 A; 111M A; 2OH8 A; 1A3N A; 4ESA A; 4MQC A; 4F4O B; 4M4B A; 1HDB A; 1BIJ A; 1JF3 A; 3LQD B; 1NAZ A; 3GK9 A; 1JL7 A; 2HBE A; 1YOH A; 1UT0 A; 5CN7 A; 2D5Z A; 2BW9 M; 1A3O B; 1NQP B; 2ZLW A; 1MBN A; 1Y8I A; 2MYB A; 3LB1 A; 2AA1 B; 1LH2 A; 2XYK A; 3UHY A; 2CMM A; 2MGJ A; 2G0S A; 2V1K A; 1O1M A; 1ITH A; 1BZ1 B; 2ZLT B; 4UZV A; 1JP6 A; 1IRC A; 2W6X A; 2O5O X; 5ILP A; 4MXL A; 1ECO A; 3NML A; 4HRR B; 4LPI A; 2KSC A; 4YU3 B; 2GRH A; 3HEN A; 1YIE B; 3AT6 A; 4N7O A; 2AUO A; 2GTL D; 1TES A; 1YEN A; 3WCP A; 1YMA A; 1O1O B; 3PEL B; 1S5X B; 1BBB B; 1GDK A; 3D17 B; 1J3F A; 1JL6 A; 3VAU A; 5C6Y A; 1CH3 A; 5JDO F; 1VXF A; 1Y0D B; 5HLQ A; 1WLA A; 5IKS A; 1LFT A; 3B75 B; 1MYM A; 1H1X A; 1Y5F B; 4O35 A; 1JY7 B; 2V1I A; 4B4Y A; 107M A; 4MPM A; 4DC8 A; 5CHQ A; 1CO8 A; 5D1V A; 3BOM B; 1LFV B; 3MJU A; 3SDH A; 1BVD A; 5HLU A; 3BJ1 A; 1JZK A; 1CH1 A; 2VRY A; 1DXT B; 3AT5 B; 3PI3 A; 3PIA B; 3PT8 A; 3HEP A; 5AZQ A; 1BUW B; 3MKB A; 3NG6 B; 2W6V B; 1MYZ A; 1YMB A; 3HYU A; 1GLI A; 3D7O A; 5CNG A; 5CHR A; 3NMM B; 1VXD A; 2FRK X; 1YG5 A; 1VHB A; 1DO1 A; 3TM3 A; 1LA6 B; 1NGK A; 3PT7 B; 4PNJ A; 1LH6 A; 1Y4Q B; 3ZOM A; 2LH1 A; 2WTG A; 4YU4 B; 3O89 A; 1HBB B; 1XXT A; 1LJW A; 1V4W A; 1CQX A; 4ROM A; 1Y0T A; 3UHS A; 1Y8H B; 1ECD A; 1XQ5 A; 1HCO B; 1ABW A; 3QJE A; 2HHB B; 5ILR A; 2HBC A; 1THB A; 4OF9 A; 1MLO A; 3S66 B; 1Y4P B; 2R4Y A; 1O1P A; 3R5I B; 2AUQ A; 2FRI X; 1Y8W A; 1GDL A; 1NEJ A; 3HXN B; 3WCU C; 1IBE B; 4NI0 A; 2H8D A; 1AZI A; 2OHA A; 1YHR B; 1Y0W A; 1UC3 A; 3IC2 A; 2BKM A; 1O1I B; 1BZ6 A; 3PI8 A; 1CMY A; 1J7S A; 1UVY A; 6HBI A; 1WMU A; 1HBS A; 1YIH B; 3WFW A; 3G4R A; 1Y35 A; 2NSR A; 2MGB A; 4MXK A; 2LH3 A; 2YRS B; 1SI4 A; 1K1K B; 3OK5 A; 1MLN A; 4O4Z A; 3S1I A; 4IRO A; 1Y4G A; 3ONZ B; 2GTL A; 3WCV A; 6HBW A; 5EUI B; 2HHD A; 2ZS0 C; 1NZ4 A; 2C0K A; 3UHI A; 1G0B A; 1IRD B; 4H2L A; 2HBF A; 1NS6 A; 2H35 B; 1A0U B; 4F6D A; 1FSX B; 5KDQ B; 1JEB B; 3BJ2 B; 1MLF A; 1C7B B; 3LR7 A; 1KR7 A; 2LH5 A; 1SWM A; 1LFL A; 1AJ9 A; 1SDL B; 1HDS A; 4XDI A; 1XCH A; 1S5Y A; 1Y8K B; 1GCW A; 1YEU A; 3ZH0 A; 1YHU C; 1DTI A; 3UHC A; 2OH9 A; 3A59 A; 2PGH B; 5AZR A; 1HGA B; 1YOI A; 1O1N B; 1YVQ A; 1U7S A; 1NS9 A; 1XZ4 A; 1YFF A; 2ZS1 A; 3LR9 A; 1QPW A; 4HRT A; 1MNK A; 1Y4F A; 3V2V A; 1ABY B; 1S56 A; 3UHK A; 5F2A A; 1CG8 B; 1V07 A; 2QMB B; 1Y2Z A; 1XZ5 A; 1HDA A; 4F6I A; 1UX9 A; 2ZFO C; 4MQJ A; 1CIO A; 4AVE A; 2MB5 A; 1T1N B; 1MLS A; 4MBA A; 2M6Z A; 1MDN A; 3BJ3 A; 3K8B B; 2HHE B; 2LH6 A; 2ZSX A; 1NWN A; 4NZI A; 1VXG A; 1XZV A; 2GRF A; 1Y0A B; 3QM7 A; 5CNF A; 3CIU B; 3FS4 B; 3RGK A; 1CBM A; 3ORD A; 1Y83 B; 2GLN A; 3S1J A; 1J7Y B; 2RI4 B; 5F0B A; 4U8U B; 1HAB A; 1N9F A; 1Y5J B; 1FAW A; 3GYS A; 2D2N B; 4MBN A; 1HLM A; 1NIH B; 1SDK B; 1BAB B; 110M A; 1Y7C B; 3WTG A; 2AV3 A; 3UHU A; 2MYA A; 5E6E A; 1R1Y B; 2VM0 A; 1OR6 A; 3PI2 A; 3WCW A; 3PI9 A; 2D60 B; 1YE2 B; 1G0A A; 4TWV A; 1MLU A; 2OLP A; 3UHX A; 1MTJ A; 1Y46 A; 1GZX B; 1YVT A; 3D1K B; 5CNC A; 3OGB A; 2ZT0 A; 2ZT3 A; 1FDH G; 1MYT A; 3UHG A; 3BCQ A; 1O1J A; 2ZT4 A; 1G08 B; 105M A; 1QSH B; 1NPG A; 3WCT D; 1YHE A; 1V4X A; 1Y5K A; 2DN1 A; 1OFK A; 1YEV B; 1Y4V B; 4X0L A; 3D1A A; 3RJ6 A; 1M6C A; 1BJE A; 3A2G A; 2WTH A; 1MTK A; 1C40 A; 1YGD B; 2D5X A; 1RQA B; 2ZLV B; 3GDJ A; 1N9X A; 1VXB A; 1RTX A; 2ZSS A; 4F69 A; 1MNH A; 4N7P A; 2IG3 A; 2V1J A; 3GQP A; 3SDN A; 3ODQ B; 1SHR A; 2QSP B; 1EMY A; 1DWT A; 3QJB A; 1V75 B; 2D2M D; 2G14 A; 1XYE A; 3E5O A; 3AG0 A; 3A0G B; 3G4Y A; 3FH9 B; 1DO3 A; 1HBA A; 1NZ5 A; 2Z6N B; 1V4U A; 1HBR A; 1NZ3 A; 3HRW B; 2W72 B; 3OO5 B; 4FC3 B; 1WVP A; 1A4F B; 2H8F B; 3BA2 A; 1IWH B; 3G4W A; 1Y85 A; 3QM9 A; 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1MOA A; 3HYU B; 1GLI B; 3KUO A; 1LH3 A; 3CY5 A; 4QAU A; 1Y45 A; 2NRM A; 1A3O A; 1DXV B; 1MWC A; 2SPL A; 2ZST A; 3QM5 A; 1XXT B; 4F6F A; 1V4W B; 1YHU A; 2VHB A; 1HBH A; 1XQ5 B; 4C44 A; 1ABW B; 3QJE B; 3WI8 A; 4O4T A; 1O1P B; 1KD2 A; 1YIE A; 1AJH A; 1UFP A; 1YGF A; 3VRG A; 1C7D A; 2G0R A; 4NI0 B; 2H8D B; 3U3E A; 2HBG A; 2QLS A; 1MNO A; 1Y0W B; 4G51 A; 2ZFO A; 3IC2 B; 3GOU B; 1LFY A; 1J7S B; 2BMM A; 3EOK B; 4XS0 A; 1YH9 A; 1WMU B; 1HBS B; 1HHO A; 1CH5 A; 2FAL A; 108M A; 2EB9 A; 1PMB A; 1Y22 A; 3B75 A; 1SI4 B; 1CG5 B; 1GBU A; 4SDH A; 1VRF A; 1LH1 A; 3OZU A; 3KUN A; 2HZ3 A; 1DLY A; 4IRO B; 1Y4G B; 2G3H A; 1ECA A; 1G9V B; 2SPM A; 1CBL A; 3UGZ A; 2GTL B; 3WCV B; 6HBW B; 2HHD B; 1LFV A; 5HAV A; 3WCT C; 1NWI A; 1HGC A; 1G0B B; 1COH A; 2LHB A; 1A9W A; 2RAO B; 3PIA A; 1EBT A; 2HBF B; 3E55 A; 2QRW A; 1NS6 B; 2DN3 B; 1XZU A; 2DHB B; 1AJG A; 3NMM A; 2LH2 A; 4MQH A; 3ARJ A; 1EWA A; 4ZVA A; 3UHH A; 1LFL B; 1AJ9 B; 1HDS B; 3PT7 A; 1NXF A; 1S5Y B; 2V1E A; 1GCW B; 1RPS A; 2D2M C; 3D4X A; 1MKO A; 3A59 B; 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