The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
56
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sequence length |
145
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structure length |
145
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Chain Sequence |
VQLSGEEKAAVLALWDKVNEEEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGDLSNPGAVMGNPKVKAHGKKVLHSFGEGVHHLDNLKGTFAALSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVVVLARHFGKDFTPELQASYQKVVAGVANALAHKY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Water-mediated variability in the structure of relaxed-state haemoglobin
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Hemoglobin subunit alpha
|
| molecule tags |
Oxygen storage, oxygen transport
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| total genus |
56
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| structure length |
145
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| sequence length |
145
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-04-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DC3 A; 1Y7Z A; 1A9W E; 5CHR A; 1A0Z A; 3GYS B; 4X0L A; 3PEL B; 2BWH A; 2ZS0 A; 3ZJH A; 1GVH A; 4WJG A; 1Y4V B; 1WMU A; 3WCW A; 1XZ4 A; 3B75 B; 1HAB B; 2H8F A; 1HHO B; 2EVP A; 2ZS1 A; 1FAW A; 2W72 B; 1QI8 B; 1FN3 A; 5ILR A; 2G0X A; 2RI4 A; 1GCV B; 1J7Y A; 1A6M A; 2G12 A; 3MOU A; 3ZJI A; 1THB B; 3IA3 B; 4F6F A; 1Y4V A; 4G1V A; 1Y8W A; 1LH5 A; 3B75 A; 2PGH B; 1HAB A; 1IWH B; 3IC2 B; 1HHO A; 4HRT B; 2W72 A; 2FRF A; 1VXD A; 1G0B B; 5HLU A; 3QQQ A; 2MGD A; 1HSY A; 2MGL A; 1DO1 A; 2H8D B; 1NWI A; 2DN1 A; 3K8B B; 3CIU B; 3QMA A; 1CQ2 A; 1DXT A; 1JP9 A; 3M38 A; 3UHX A; 2W6Y A; 1G09 B; 2ZST A; 1LH2 A; 3A5A A; 2ZT1 A; 2PGH A; 1GJN A; 3GLN A; 1X3K A; 3IC2 A; 4HRT A; 1AJ9 B; 1UX8 A; 1G0B A; 1XZ2 B; 1Y7G B; 2O5S X; 2FRJ X; 3GKV B; 3K8B A; 1JZM A; 2G0Z A; 1XYE B; 4MQI B; 3CIU A; 3GQP A; 2R4W A; 3LB3 A; 3ZJM A; 1Y0A B; 3ORD A; 3E4N A; 1MYF A; 1G9V B; 1AJ9 A; 3MVC A; 5KDQ A; 3ZJL A; 1HGB B; 1MBC A; 1HDS B; 1NPF A; 4B4Y A; 3GKV A; 4MBA A; 2O5O X; 4QAU A; 1XYE A; 4MQJ A; 3OK5 A; 4O2G A; 2LH3 A; 1BBB B; 3VAU A; 1HDB A; 1FSL A; 3K3U A; 2C0K A; 1MLU A; 1XZV A; 3KMF C; 4VHB A; 1XZ5 A; 3MYN A; 1HGB A; 3MBA A; 2OLP A; 4N8T B; 1JP6 A; 1LH7 A; 1AJH A; 1MDN A; 1DTI A; 3UHB A; 3WCW C; 1GDL A; 1YVQ B; 1W92 A; 3SZK B; 1Y4G B; 2HZ2 A; 4NXC A; 1YFF B; 4NI1 A; 1HBA A; 2MHB B; 1MLR A; 4N8T A; 2VYY A; 2OHA A; 2BLI A; 1COH A; 1C7B B; 1BIJ B; 1O1P B; 5EU2 A; 3D7O B; 5D1V A; 2V1I A; 3QJB B; 4L2M A; 3OZU A; 2GTL B; 3SZK A; 1Y4G A; 2W72 C; 3ZJN A; 3MJU A; 1ECA A; 1MNI A; 1OBM A; 3ECL A; 3UI0 A; 2MHB A; 3ASE A; 1DXD A; 2MGE A; 3AQ5 A; 4DC7 A; 1YGF B; 3S66 A; 1BIJ A; 1O1P A; 3D7O A; 1HBB B; 1S5X B; 2HCO B; 1YEV B; 5JGG A; 3M3B A; 2GTL A; 2ZSQ A; 2ZLT B; 4KN3 A; 1FCS A; 1V75 A; 110M A; 4MQH B; 1EBT A; 1DM1 A; 2HHD B; 3UHZ A; 1MKO B; 2HBC B; 2WTH A; 4U8U B; 3SDH A; 2Z85 A; 1A01 B; 1J40 B; 1VXA A; 1VHB A; 2V1E A; 1YGF A; 2M6Z B; 1SPG B; 3BOM B; 1UVY A; 2O5M X; 1YHU D; 1G08 A; 1S5X A; 2HCO A; 1YEV A; 3GQG B; 1LH3 A; 2ZLT A; 3QJC A; 1YEU B; 1RPS B; 4MQH A; 1S0H B; 3HEP A; 1MKO A; 3HHB B; 3HRW B; 1O1K B; 2VLZ A; 2Z6N B; 5KER B; 1Y4B B; 1A01 A; 4XDI A; 1IBE B; 3UHT A; 1BZP A; 2DN3 B; 2M6Z A; 1SPG A; 3BOM A; 4MXK A; 4TWV A; 1MLJ A; 3GQG A; 1Z8U B; 3GQR B; 3WHM B; 1NEJ B; 1H1X A; 2MGM A; 1RPS A; 1GZX B; 1O1L B; 3AQ6 A; 3UHI A; 3HHB A; 1S6A A; 1MLM A; 1MCY A; 2HHE B; 3HRW A; 3P5Q B; 3LHB A; 2QFK A; 1Y5F A; 5KER A; 1Y4B A; 2D60 B; 1IBE A; 3GK9 A; 2FAL A; 4JAC A; 2ZT3 A; 1VWT B; 3D17 A; 1NIH B; 5EQM A; 1BZ1 B; 4KMW A; 1M6C A; 2IN4 A; 1YZI A; 3GQR A; 3WHM A; 1NEJ A; 3FS4 A; 3GOU A; 4NK1 A; 1JL6 A; 3UH7 A; 1Y35 B; 1OFK A; 1GZX A; 1O1L A; 2R80 A; 1M9P B; 1O1M B; 1Y5J B; 105M A; 1Y83 B; 5CNC A; 2HHE A; 1CG5 B; 5CN7 A; 1V4U B; 2D60 A; 1CH5 A; 2ZWJ A; 1J3Y B; 1VWT A; 3S65 B; 1NIH A; 4DWT A; 1J41 A; 1DUO A; 4DWU A; 1Y46 B; 1DTM A; 4ZVB A; 1YVT B; 1OUU B; 2G0V A; 1LTW A; 1H97 A; 5E6E B; 3BJ3 B; 1Y35 A; 1URY A; 1YOG A; 3WFX A; 1Y83 A; 1Y5J A; 2Z6T A; 3A59 B; 3UHH A; 1JEB B; 1BZZ A; 1MBO A; 3O7N A; 1V4U A; 1Y0W B; 2QSP B; 3G4Y A; 1Y2Z B; 2NRL A; 1QSI A; 1J3Y A; 2XKI A; 3BJ1 A; 1CH2 A; 1UX9 A; 3WCP B; 5M3S A; 1Y46 A; 3E5I A; 1J3Z A; 1CP5 A; 5E6E A; 3BJ3 A; 1QXD B; 3AT6 B; 4H2L B; 3QJD B; 3S1I A; 3A59 A; 1K0Y B; 2GL3 A; 5CHQ A; 3RJN B; 1UVX A; 1Y0W A; 2QSP A; 2H35 B; 1Y2Z A; 1LFT B; 2ZSN A; 3QJE B; 3WCP A; 2VLY A; 1BZ0 B; 109M A; 1FDH G; 5CN5 A; 4N7P B; 2HBF B; 1HAC B; 1K0Y A; 2ZFO D; 1B0B A; 3HC9 A; 2XKH A; 1OUT B; 2R50 A; 5B84 A; 106M A; 2H35 A; 3G46 A; 2G14 A; 2AV3 A; 3QJE A; 1OFJ A; 1IRD B; 1XCH A; 1MGN A; 2VEE A; 3SDN A; 6HBI A; 2O5L X; 4N7P A; 1AJG A; 5CN9 A; 4F6I A; 2EB9 A; 3AQ9 A; 1RQ4 A; 5EV5 A; 3UHR A; 1A3O B; 3UHN A; 1QXE B; 4ESA B; 1OUT A; 4HSX A; 1A0Z B; 2VYW A; 1LFL A; 1RSE A; 4H07 A; 1IRD A; 2Z8A A; 5SW7 B; 2W6V B; 3DR9 A; 4FWX A; 2VHB A; 3QM8 A; 1WMU B; 1UFP A; 1Y01 B; 1LA6 A; 2H8F B; 1Q1F A; 1MNO A; 1XXT A; 3KUN A; 3KMF A; 1A3O A; 2MGF A; 1QXE A; 2RI4 B; 4ESA A; 3UHW A; 1QSH B; 1J7Y B; 3HYU A; 3BJ2 A; 5SW7 A; 2W6V A; 1Y0C B; 1Y8W B; 5CND A; 4FH7 A; 1LFY B; 3M3A A; 3LR9 A; 2VRY A; 2SPL A; 2OH8 A; 4OOD A; 1YMC A; 1K1K A; 1V4X A; 5EYS A; 2DN1 B; 111M A; 1QSH A; 4PNJ A; 1RVW A; 2GRH A; 1GDJ A; 1DXT B; 1HCO A; 4N7O A; 1MWC A; 2V1K A; 5IKS A; 2DHB A; 1Y0C A; 3UBV A; 1DWT A; 2LH1 A; 3UHK A; 1IT3 A; 1LFY A; 2R4X A; 4MAX A; 2D5Z A; 3A9M A; 4F68 A; 1DXU B; 1SI4 A; 1U7R A; 1YCB A; 5F0B A; 3ECX A; 3GQP B; 1M6M A; 2ZFO A; 7HBI A; 1DO7 A; 1O1N A; 3ZOL A; 1MOA A; 2ZLV B; 3QQR A; 3PI1 A; 3WCV D; 2MGJ A; 2QMB B; 3E5O A; 2LH5 A; 1DUK A; 5KDQ B; 1HGA B; 1DXU A; 3V2Z A; 3A5B A; 1FHJ A; 4MQJ B; 1I3D A; 2AV0 A; 1F5P A; 5HU6 B; 2ZLV A; 3OO5 A; 1MWD A; 1HDB B; 1MOC A; 1CH9 A; 2MYE A; 3UH5 A; 1XZV B; 2QMB A; 4MQG A; 3G4U A; 2B7H B; 3D1A A; 4ZVA A; 1XZ5 B; 4FH6 A; 1YOH A; 1Y22 A; 3E55 A; 1HGA A; 103M A; 1X9F D; 4NS2 A; 4HSW A; 1DWR A; 2HBD B; 5HU6 A; 2QFN A; 4AVE A; 4F4O B; 2HHB B; 1C7D A; 1GCW A; 2BMM A; 5EOH A; 2B7H A; 1Y8I B; 1J52 A; 3AG0 A; 4NI1 B; 1EWA A; 4O35 A; 3BA2 A; 1HBA B; 5JDO D; 5CMV A; 3WI8 A; 5CNB A; 1PMB A; 1JF3 A; 4ILZ A; 1COH B; 1SDL B; 2GKN A; 2HBD A; 1O1O B; 4YU4 A; 1YGD B; 3MJU B; 4F4O A; 2HHB A; 4JYQ A; 1Y8I A; 2BLJ M; 1DO3 A; 1Y85 B; 2HBS A; 1CPW A; 5F2A A; 1YOI A; 2MB5 A; 2ZSP A; 1VXC A; 5CNF A; 2ZSY A; 2ZSZ A; 1MLF A; 1SDL A; 3S66 B; 1LFZ A; 1MLQ A; 1O1O A; 3AT5 A; 5JGG B; 1YGD A; 2DXM B; 1XZU B; 1MBN A; 1V75 B; 3ZJO A; 1FDH A; 3UH3 A; 1S61 A; 1CLS A; 5E29 B; 2PEG B; 1Y85 A; 2QLS A; 4OF9 A; 3WR1 A; 2RAO B; 1I3E A; 2ZFO C; 4LPI A; 4IRO A; 1N9H A; 1OR6 A; 3PI8 B; 1EMY A; 3D4X B; 1G08 B; 3UBC A; 4WJG 1; 2DXM A; 3QJC B; 4NXA A; 1BJE A; 1XZU A; 3G4V A; 4C0N A; 3WCT D; 1XY0 B; 2V1G A; 3ARL A; 5E29 A; 2PEG A; 3PI4 A; 1TES A; 2BLH A; 2RAO A; 3MN0 A; 3QZZ A; 1S5Y B; 2AUP A; 1MLN A; 1CO9 A; 1Y45 B; 1FSX B; 3PI8 A; 3R5I A; 3D4X A; 1F63 A; 1Y8K B; 1RTX A; 3NMM B; 1SPE A; 2D5X A; 3LR7 A; 3HF4 B; 1XY0 A; 1CH1 A; 5MBN A; 1MLH A; 2NSR A; 1HRM A; 1MYG A; 4YU3 B; 1OR4 A; 1YMB A; 2V1H A; 4G51 A; 1Y5F B; 1S5Y A; 3DHT A; 1URV A; 3PI3 A; 112M A; 1Y45 A; 3D17 B; 1BZ6 A; 1V5H A; 108M A; 1FSX A; 1GDK A; 3ARK A; 1MTK A; 1Y8K A; 1YZI B; 1A4F A; 2BW9 M; 3NMM A; 4HBI A; 2W6X A; 3WCU D; 3FS4 B; 3GOU B; 3HF4 A; 1LJW A; 3UHE A; 2MGB A; 2R80 B; 3OZV A; 4YU3 A; 1GLI B; 3EU1 A; 3S48 C; 1MWB A; 2EKT A; 1JZL A; 3H57 A; 5ILM A; 3DHR B; 2D2N D; 1J41 B; 4ROL B; 3ZJS A; 4H0B A; 3LQD B; 1MYM A; 1ECO A; 1R1Y A; 5D5R A; 1VXB A; 1VXG A; 2GKM A; 1YHE B; 2MYA A; 1GLI A; 1BZZ B; 1MYI A; 1OJ6 A; 2G0S A; 1XQ5 B; 4GZG A; 5AZQ A; 5JOM A; 1CH3 A; 2G3H A; 3G52 A; 1QSI B; 3BJ1 B; 1MLK A; 3DHR A; 2MGK A; 1CP0 A; 2HZ1 A; 4ROL A; 1MLG A; 3LQD A; 3NL7 A; 1J3Z B; 1YEO A; 4ROM B; 3S1J A; 1CH4 A; 1YHU B; 1GBU A; 2O5Q X; 1YHE A; 2FRK X; 3WCT A; 1HBG A; 1XQ5 A; 3IC0 A; 4MBN A; 3OO4 A; 3DUT A; 1NGK A; 5AB8 A; 2FRI X; 2GLN A; 1YIH A; 1JL7 A; 2R4Y A; 4MXL A; 4UIQ A; 4IT8 A; 3NML A; 1O1I B; 2EKU A; 2Z6S A; 1NZ2 A; 1CBM A; 1Y4R A; 4ROM A; 2ZS0 D; 1YHU A; 4F69 A; 1NS6 B; 1YCA A; 3WCW D; 1N9I A; 2R1H A; 2ZS1 D; 3NFE A; 1BIN A; 3KUO A; 1MNH A; 3EDA A; 2VLX A; 3W4U A; 1X9F C; 1N9X A; 1NXF A; 3MJP B; 1JDO A; 1A0U B; 1YE0 B; 1LH1 A; 1O1I A; 1G0A A; 3FH9 A; 4ODC A; 3PIA B; 3MKB B; 4FC3 A; 4M4B B; 1Y31 B; 3WTG B; 3A0G A; 2D2N B; 1SDK B; 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3ODQ B; 1NPG A; 3D1K A; 1O1N B; 2NRM A; 1YHU C; 2AUQ A; 2BK9 A; 1DLY A; 2DN2 B; 3UHC A; 4MPM A; 3VRE A; 2ZT0 A; 3UGY A; 3GYS A; 3PEL A; 1JW8 A; 1U7S A; 1ECN A; 3OJ1 A; 2AA1 B; 1YE2 B; 2GRF A; 1FHJ B; 1KFR A; 1R1X B; 1VXF A; 3NG6 A; 3ONZ A; 3ODQ A; 1CH7 A; 5HBI A; 1J3F A; 5KKK A; 1QI8 A; 3OO5 B; 2AUR A; 2FAM A; 2MGG A; 2DN2 A; 1GCV A; 2V1J A; 3WCU C; 4MQG B; 3D1A B; 3ARJ A; 1UT0 A; 1Y22 B; 2WY4 A; 1HLB A; 1JY7 B; 1Y4P B; 2O5T X; 2D2M D; 2W6W A; 2SPM A; 5HLX A; 1THB A; 2AA1 A; 3HEN A; 1YE2 A; 1ASH A; 5CN6 A; 2ZLU B; 1R1X A; 3OZW A; 5EYJ A; 1YG5 B; 1IWH A; 2D2N C; 3UHD A; 1HBI A; 1F5O A; 3QM6 A; 2H8D A; 4MU5 A; 1C7D B; 1GCW B; 1NZ4 A; 1PBX B; 1IRC A; 2GTL D; 1MOB A; 1JY7 A; 1MLO A; 1Y4P A; 2E2Y A; 2ZLW B; 1G09 A; 1DWS A; 104M A; 1Y7D B; 1UIW B; 2ZLU A; 1BVD A; 1UC3 A; 1YG5 A; 4YU4 B; 1X46 A; 1MTI A; 4MQC B; 2XYK A; 5CNE A; 1XZ2 A; 2KSC A; 1A00 B; 1Y7G A; 3VHB A; 3VRF B; 1PBX A; 1DKE B; 4B3W A; 4FWY A; 4MQI A; 2HBS B; 1DXC A; 3ZH0 A; 2ZLW A; 2MBW A; 4U8U D; 1Y7D A; 1UIW A; 1Y0A A; 1MYT A; 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