The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
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sequence length |
153
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structure length |
153
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Chain Sequence |
VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Visualizing breathing motion of internal cavities in concert with ligand migration in myoglobin
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Myoglobin
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| molecule tags |
Oxygen transport
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| total genus |
64
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| structure length |
153
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| sequence length |
153
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3A0G A; 3WCV C; 1YGF A; 1YEO B; 2M6Z B; 2HBC B; 3TLD A; 1Y31 A; 3UHI A; 1CP0 A; 1O1M B; 3DHR B; 1ABW B; 5C6E A; 3MVC A; 2G3H A; 3B75 B; 1SDK A; 1LFQ A; 1NPF A; 1UIW A; 2O5L X; 2FRF A; 3SDH A; 1Y2Z A; 3K8B A; 1Y8H A; 1YOG A; 1G9V A; 1Y5F B; 2Z6N A; 1HBR B; 3AT5 A; 4N7P A; 1NZ5 A; 2AUR A; 2MHB B; 1CH3 A; 1Y4B B; 2O5S X; 2Z6T A; 3BJ1 B; 1DO4 A; 2H8D B; 1RQ4 A; 1B86 B; 1UC3 A; 2VYZ A; 4HRT A; 3A59 B; 1XZ2 A; 5CNC A; 2ZS1 D; 1A9W E; 1XQ5 A; 3GQR A; 4MXL A; 1YH9 A; 3UHY A; 1MBO A; 1YG5 A; 2W6X A; 3S66 B; 1J7S A; 1YIE B; 2FRJ X; 3NL7 A; 1YEN A; 1MTI A; 2VEB A; 3QM8 A; 5EV5 A; 2PGH A; 1ECA A; 1M6C A; 2HBG A; 4NI1 B; 1Y0C A; 1XXT B; 5F0B A; 3E5O A; 1OUT A; 1LUE A; 5JDO E; 5EUI B; 1SPG B; 1LFY B; 1Y5K A; 1BVC A; 3UHK A; 1Y83 B; 2ZS0 C; 106M A; 1QSH A; 2NX0 A; 2ZFO A; 3OGB A; 4MBA A; 1Y01 B; 1HGA A; 2ZS1 B; 4H07 A; 1VRF A; 2BLI A; 1YGF B; 2DXM A; 3LQD B; 4H0B A; 2MGL A; 110M A; 1FHJ B; 1S6A A; 2ZLU A; 1JF4 A; 2ZSO A; 5C6E B; 1GBV A; 3UHB A; 1QI8 B; 3RJN B; 1HBA A; 1SDK B; 2ZLV B; 1HBS B; 1WMU A; 2GNV A; 3D7O A; 3K8B B; 2QMB A; 3R5I A; 1YVT B; 2Z6N B; 3GDJ B; 1GBU A; 1Y22 A; 1J3Z A; 1J40 B; 3AT5 B; 1DXD A; 4G1V A; 3WCP A; 1NEJ A; 2CMM A; 1B0B A; 4F68 A; 1YEQ A; 3QM6 A; 4N7N A; 5CND A; 2KSC A; 4BJA A; 2GTL D; 1NPG A; 1DXC A; 4HRT B; 2LH3 A; 2OHB A; 1XZ5 A; 1K0Y A; 1JL6 A; 3GK9 A; 1D8U A; 3AQ8 A; 2O5O X; 3D1A B; 1YEU B; 4FC3 B; 3ZJP A; 4QAU A; 2ZWJ A; 1MLS A; 1IRD B; 1R1Y A; 3A9M A; 4M4A A; 1MKO B; 1ITH A; 5ILP A; 2G11 A; 3WFX A; 3UHR A; 2QFN A; 1NWI A; 2V1J A; 1BIJ B; 3GYS A; 1WVP A; 3BJ2 B; 2YRS B; 1AZI A; 2ZFB A; 1SWM A; 1S56 A; 2IN4 A; 2OLP A; 3VAU A; 4MQK B; 2GTL B; 4PQ6 A; 1NS9 A; 1Y09 A; 2W72 A; 1DXV B; 4MXK A; 5CNF A; 1MOA A; 2ZLU B; 5ILE A; 111M A; 1GBV B; 1YEV B; 3PI1 A; 1HAC B; 4O35 A; 1S69 A; 3H58 A; 3HXN B; 1Z8U B; 3M3B A; 1A6G A; 3D7O B; 1CH4 A; 3UHS A; 1MTK A; 3M38 A; 2D2N A; 5SW7 A; 1J3Z B; 4YU3 A; 5AZR A; 1YDZ B; 4UZV A; 3WCU C; 1HBH B; 1CG5 B; 3AQ5 A; 1C7D A; 2R1H B; 1MCY A; 2D2M D; 1C7C B; 1HBI A; 3G52 A; 1VHB A; 1YHR A; 2HBS A; 4N8T B; 2ZSX A; 2OH9 A; 4ROM B; 2HHB B; 3D17 A; 1YHU D; 1YMC A; 1CO9 A; 1SPE A; 3NMM A; 1MLH A; 1XZ5 B; 1K0Y B; 3HEN A; 3KUN A; 2ZLX A; 5CHQ A; 1YIH B; 2VEE A; 2WY4 A; 5JDO F; 1J7Y B; 3HEO A; 1XZU B; 1A01 A; 1Y7C B; 4WJG 1; 1O1J B; 3KMF A; 5E29 A; 1ECO A; 4MBN A; 1ABS A; 5KDQ A; 1V75 B; 1O1I A; 3G4U A; 3UBV A; 1YHE A; 2D2M B; 3GYS B; 2O5Q X; 1A4F B; 1XZV B; 1Y0W B; 2D60 A; 3ECL A; 1PMB A; 2ZSY A; 5HAV A; 3D1K B; 1YHU B; 4M4B A; 4ROL A; 1IRC A; 4PQB A; 2MB5 A; 1LH7 A; 4TWU A; 4U8U D; 3U3E A; 1MYI A; 2D5Z B; 5EYJ A; 2MBW A; 1HV4 A; 3VRF A; 1CH2 A; 1CBL A; 3CIU A; 1X9F C; 3OO5 B; 1UT0 A; 1LA6 A; 2D2N B; 1O16 A; 3BA2 A; 3UHU A; 1GDJ A; 1VXH A; 3PT7 A; 4HHB A; 3V2V A; 5E6E B; 5CN7 A; 1Y8W A; 4C44 A; 3LR9 A; 3ECX A; 3WHM B; 3EU1 A; 1VWT A; 3G53 A; 1DXU A; 2O5B X; 1MOD A; 1URV A; 1G08 B; 4U8U B; 4FWX A; 1Y4F B; 1YVQ B; 1Y85 A; 3P5Q B; 1H97 A; 4SDH A; 4F6B A; 5MBA A; 2R4Y A; 2V1G A; 3E5I A; 4XS0 A; 1J7W B; 3NG6 B; 3D4X B; 1URY A; 1V9Q A; 3E55 A; 1YZI B; 4X0L A; 3UHE A; 1LFV A; 5JDO D; 6HBI A; 1DLW A; 4YU4 A; 1O1I B; 1S5Y B; 5KER B; 1VXB A; 2HCO B; 1LFZ A; 2D60 B; 3ECZ A; 3MJU A; 109M A; 3S65 A; 3HYU A; 2R4Z A; 2ZLW A; 3W4U B; 3BCQ B; 4MQC A; 1A3N B; 1QSI A; 3LB2 A; 1DO1 A; 4ROL B; 3DR9 A; 1CG8 A; 1MLK A; 1BZ6 A; 4VHB A; 1GCV B; 1S0H A; 1MYT A; 1J3F A; 4O4T A; 2FRI X; 1YGD B; 1HDA B; 3VRF B; 3WCT D; 3DHT A; 3CIU B; 1HLB A; 2BK9 A; 1NXF A; 1YMB A; 2PEG A; 1RQA A; 2QSP B; 1HGC B; 5HY8 B; 1MNO A; 1T1N A; 1YE0 B; 1QPW B; 3GKV A; 1VXC A; 5JGG B; 1BZ1 B; 1KD2 A; 1IOP A; 1VXD A; 4PQC A; 1G0A B; 1RSE A; 1LTW A; 1DXU B; 3BJ3 A; 3BOM A; 3G4Y A; 3VRG B; 1MLN A; 2AA1 A; 1PBX B; 1LH5 A; 2R50 A; 5M3S A; 3A5A A; 1R1X A; 3AQ6 A; 1BZ0 A; 2VM0 A; 5EOH A; 5E83 B; 5CNG A; 1QXE A; 5CN4 A; 1Y85 B; 1V4X A; 1NQP A; 1WLA A; 1YCA A; 2EB9 A; 1A0U A; 2SPN A; 2H8F A; 2HHD A; 1OR6 A; 3WCV A; 1LFV B; 1OFJ A; 2AUP A; 4MPM A; 1QXD B; 4DC8 A; 1TU9 A; 5CN5 A; 2GL3 A; 3HHB B; 1EBC A; 2ZT1 A; 2ZSP A; 2ZLW B; 1GZX B; 3VRE A; 1QSI B; 3EOK A; 1AJ9 B; 2GDM A; 1LH2 A; 3WR1 B; 5CN8 A; 1JEB A; 4FWY A; 1DLY A; 1FSX B; 3SZK B; 3FH9 A; 2HHE A; 1VXA A; 4G51 A; 1JY7 B; 1DXT A; 3LB4 A; 1Y4R B; 1CQ2 A; 1XZ7 A; 1J41 A; 3QM7 A; 2HBE A; 2B7H B; 3PIA B; 1Y4V B; 4MQG A; 3WCW C; 2PEG B; 1RQA B; 2BLH A; 5JOM A; 4F6J A; 1RQ3 B; 1MLR A; 2MYC A; 3PI4 A; 1MLO A; 2OH8 A; 1DKE B; 2C0K A; 1IWH A; 1Y0D B; 2R80 B; 2BWH A; 2NRM A; 3QJB A; 2V1K A; 2RI4 B; 2MGB A; 1OBM A; 1Y4G A; 1SDL A; 2HZ3 A; 4MQI A; 4KMV A; 1HBG A; 3BOM B; 4NXC A; 1CLS A; 1G0B B; 1YE2 A; 1ECN A; 3MN0 A; 1O1P B; 3GKT A; 1A0Z A; 1CP5 A; 4ILZ A; 1MOH A; 3WTG B; 2ZS0 A; 4H2L A; 2AV0 A; 1QXE B; 2LH1 A; 4AVD A; 5EYS A; 1A6M A; 2DN2 A; 3A0G B; 2MGM A; 3K9Z A; 1Y8I A; 2DHB A; 5CN9 A; 1NGK A; 1GCW A; 1Y46 A; 2VLX A; 2GTL C; 5MBN A; 2H8F B; 1Y31 B; 5KKK A; 2ZT4 A; 1SHR A; 2G0S A; 2HHD B; 3G4Q A; 3ARK A; 2W6W A; 2MGG A; 1CH9 A; 2G0X A; 3GLN A; 1LFQ B; 1UIW B; 1MNK A; 3UHX A; 1Y2Z B; 4KJT A; 1CPW A; 1V4W A; 2MGA A; 1Y8H B; 1G9V B; 3QZX A; 1BUW A; 2XKH A; 5EU2 A; 3OJ1 A; 3ODQ A; 3PI3 A; 1LHT A; 1HBB A; 1FN3 A; 3VRE B; 3AQ7 A; 1ABY A; 5C6Y A; 2BLJ M; 1JWN A; 1DO7 A; 2O5T X; 3H57 A; 4N7P B; 1A00 A; 1JEB B; 3PEL A; 1X46 A; 2FRK X; 1CIK A; 1IBE A; 4ZVB A; 2LH5 A; 1THB A; 1MOC A; 1DTM A; 3GQP A; 1RQ4 B; 2ZFO D; 4ZVA A; 1A3O A; 1DXT B; 2ZS0 D; 4NZI A; 1HJT A; 4F6D A; 1F65 A; 4F69 A; 4O4Z A; 1XZ2 B; 2HBE B; 1N9F A; 1XQ5 B; 1HDB A; 1MBD A; 3GQR B; 1YH9 B; 1V4U A; 5EET A; 2ZSN A; 1YG5 B; 4HSW A; 2ZSR A; 3DUT A; 3MBA A; 1J7S B; 1Y4Q A; 3NL7 B; 1YEN B; 4NXA A; 2QSS A; 4F4O A; 2BNL A; 2WTG A; 2PGH B; 1IT3 A; 3ZJN A; 1Y0A A; 1F5O A; 1Y0C B; 2SPL A; 3QJC A; 3UH3 A; 2NSS A; 2ZSZ A; 1OUT B; 2ZLT A; 4KMW A; 3ZJI A; 2MYE A; 1Y4G B; 1LJW A; 1S5X A; 1MBI A; 4NK1 A; 1J52 A; 4MQI B; 1Y5K B; 3UHG A; 3HRW A; 1YE2 B; 3PT8 A; 1QSH B; 2R4X A; 2D2M C; 1MWC A; 2ZFO B; 3UHD A; 2ZS0 B; 3QMA A; 1HGA B; 1HLM A; 1CH1 A; 1I3D A; 1HAB A; 3MYN A; 1C40 A; 1MWB A; 1XY0 A; 1YHU C; 2DXM B; 1Y8I B; 2DHB B; 1NZ4 A; 3GQG A; 3UHH A; 5ILM A; 4TYX A; 1TES A; 1GDL A; 1HBA B; 1M6M A; 2H35 A; 1LFT A; 3UGZ A; 1WMU B; 1Y35 A; 2QMB B; 3R5I B; 4HRR A; 1MYF A; 1MYG A; 3ODQ B; 1YMA A; 1MYH A; 2DC3 A; 1JF3 A; 2VLZ A; 1GBU B; 1Y22 B; 1OUU A; 1FN3 B; 1Y0T A; 1NWN A; 1MLM A; 1Y7Z A; 1FSL A; 3ZJJ A; 3WCP B; 1NEJ B; 1GVH A; 2OIF A; 2XKI A; 1YEQ B; 3WCU A; 3PI9 A; 3OO4 A; 3RJ6 A; 4JYQ A; 4N7N B; 1IT2 A; 1NAZ A; 4OF9 A; 1V5H A; 3R0G A; 2Z6S A; 1UVX A; 1NS6 A; 1LH6 A; 1HDS A; 1V07 A; 1HDB B; 1Y45 A; 4U8U C; 1N9H A; 2VLY A; 1MYZ A; 2QSS B; 1K1K A; 1VXG A; 4G1B A; 1R1Y B; 4M4A B; 2RAO A; 4OOD A; 3AT6 A; 3EDA A; 1GLI A; 6HBW A; 1X3K A; 1JP9 A; 3MJP A; 2VYW A; 2ZLT B; 1MLQ A; 2D2N D; 1S5X B; 3NFE A; 3ZJQ A; 2D5X A; 3OZW A; 2HBD A; 1FAW A; 2ZFB B; 4ESA A; 2VRY A; 3PT8 B; 3G4R A; 1G09 A; 1DM1 A; 3QZZ A; 1CMY A; 1AJH A; 1NS9 B; 1Y09 B; 2W72 B; 1UVY A; 3UH7 A; 1O1K A; 1C40 B; 1FLP A; 2GRH A; 1J3Y A; 1XY0 B; 3QJE A; 4MQH A; 3ZJM A; 4UUR A; 3UI0 A; 1JP8 A; 1Y8K A; 1FDH A; 3ONZ A; 1MOB A; 1UX8 A; 4ODC A; 2DN1 A; 1LH3 A; 1JZM A; 1OFK A; 1Y35 B; 1BVD A; 4FWZ A; 2GRZ A; 3UHQ A; 2HZ2 A; 3FS4 A; 1X9F A; 2LH7 A; 5SW7 B; 5JDO C; 4YU3 B; 3MKB A; 3A5B A; 2AUQ A; 4O1T A; 1C7D B; 2VHB A; 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4YU4 B; 2R4W A; 2LHB A; 2ZS1 A; 5D5R A; 1U7R A; 1MZ0 A; 1HSY A; 5HLX A; 3LQD A; 1LFZ B; 1EW6 A; 1Q1F A; 3MJU B; 4DC7 A; 3S65 B; 1VRE A; 4L7Y B; 3HYU B; 3WFU A; 1FHJ A; 4MQJ A; 1HGB A; 4MQC B; 1QI8 A; 3UHW A; 4IRO A; 1CG8 B; 3QM5 A; 2ZLV A; 1JZK A; 1HBS A; 3ZH0 A; 2QFK A; 3KUO A; 2E2Y A; 1YVT A; 4F6G A; 2WTH A; 3AQ9 A; 3GOU B; 1S0H B; 2EVP A; 3GDJ A; 1J40 A; 1JL7 A; 1HHO B; 3DHT B; 1F63 A; 1SI4 A; 2Z8A A; 1CQX A; 1CH5 A; 4NI0 B; 1U7S A; 107M A; 1T1N B; 3WCV D; 3WCW A; 1GDK A; 1FCS A; 3GKV B; 3OZU A; 2MGJ A; 1LH1 A; 2GRF A; 1KD2 B; 1O1N B; 1OR4 A; 3D1A A; 1YEU A; 3G4V A; 4FC3 A; 4DWU A; 3BJ3 B; 1JDO A; 2SPO A; 2AA1 B; 1IRD A; 1MKO A; 3O89 A; 1BAB A; 1R1X B; 1BZ0 B; 7HBI A; 2G14 A; 5D1V A; 1Y7D B; 1V4X B; 1NQP B; 1BIJ A; 1HRM A; 2ZFO C; 3BJ2 A; 1A0U B; 2YRS A; 103M A; 2MGD A; 1MBA A; 3V2Z A; 3IC0 A; 2QLS A; 3QJD A; 3WCV B; 4MQK A; 2G12 A; 3HF4 A; 1A6N A; 2GTL A; 2Z85 A; 2ZSS A; 2G10 A; 102M A; 1DXV A; 3G46 A; 4LPI A; 3UGY A; 3WCW D; 1F5P A; 4MQJ B; 1N9I A; 1HGB B; 1YEV A; 1HAC A; 2GKM A; 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