The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
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sequence length |
153
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structure length |
153
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Chain Sequence |
VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Visualizing breathing motion of internal cavities in concert with ligand migration in myoglobin
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Myoglobin
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| molecule tags |
Oxygen transport
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| total genus |
64
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| structure length |
153
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| sequence length |
153
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1IBE A; 1Y7G A; 1NS6 B; 1Y35 B; 4NI0 A; 1COH B; 3CY5 A; 1YEN A; 1YVQ A; 4N7O B; 1BIJ B; 1HBI A; 1FHJ A; 5E29 A; 2EB8 A; 4MAX A; 3UHH A; 5F2A A; 5CNC A; 2AUQ A; 1XZ7 A; 1OJ6 A; 3ARJ A; 1MBI A; 3D17 A; 3HYU A; 4FWY A; 1DO3 A; 2MGB A; 3DHT B; 1RPS A; 4NS2 A; 3DR9 A; 4YU3 B; 1YHU B; 1CO8 A; 2ZFB B; 3WR1 B; 3WCW A; 1V4X A; 1BZ1 B; 1O1O A; 1Y83 A; 1AJ9 A; 1MNI A; 3HEP A; 1ECD A; 3ZH0 A; 2E2Y A; 1RQ3 B; 1J7W A; 2BLH A; 3GDJ A; 2DXM A; 1KR7 A; 2EKU A; 1VXD A; 1CG5 A; 1JP6 A; 1HBA A; 1Y22 B; 1DWS A; 5HLQ A; 2VYY A; 1Y8H B; 1MYZ A; 1CIK A; 1QSH A; 3S1J A; 1SPG A; 2V1I A; 2VEB A; 1LFT A; 1O1K B; 1DXU A; 1OUU B; 1YIE A; 1YGD B; 3O89 A; 1MBS A; 1Y85 B; 1DWR A; 3AT6 A; 2AUP A; 1O1M B; 2ZSY A; 3VRE A; 4N8T A; 3UHB A; 1Y7Z B; 1YDZ B; 1A01 B; 1HDS B; 2PGH B; 2ZLT A; 4XS0 B; 2YRS A; 1IWH A; 3VAU A; 2VLY A; 1MKO B; 3PI8 B; 4HRR B; 2HHE B; 2D2N B; 3LB3 A; 2ZSP A; 1THB A; 1MOB A; 3MJP B; 1J7Y A; 3ZJL A; 4AVE A; 2FAM A; 1NPF A; 4KJT A; 1CP0 A; 1HRM A; 5C6Y A; 1YFF B; 3UHN A; 3ECZ A; 3K8B B; 1LFQ B; 1XQ5 A; 3MBA A; 3MKB A; 6HBW A; 1CBM A; 1VRE A; 3WFW A; 3LQD B; 1LJW A; 3MN0 A; 2M6Z A; 4FH7 A; 2IN4 A; 1UT0 A; 4F69 A; 2GTL B; 2GL3 A; 112M A; 1Y4Q A; 2FRK X; 2VLX A; 2DHB A; 3DUT B; 3VRG A; 2HBE A; 3PI2 A; 3V2Z A; 1BZ0 A; 5KER B; 2HHD A; 1MLO A; 1DO7 A; 1A4F B; 1LTW A; 1MNJ A; 1G0A B; 1I3D A; 1JZM A; 3D1K A; 2GKN A; 4MQC B; 1YG5 A; 2HBS B; 4F6B A; 1XZU A; 1LFV B; 1YHU D; 4F4O A; 3UHY A; 1HBH B; 3QJD A; 3QM5 A; 1Y5J B; 3ORD A; 2H8F B; 1WMU A; 1XY0 A; 1OUT B; 2HZ1 A; 2R4X A; 2SPO A; 3K3U A; 1J3Z A; 1DXC A; 3M3B A; 3UH5 A; 1DWT A; 2OHA A; 2R50 A; 4WJG 1; 3WFT A; 4PNJ A; 4C0N A; 1BBB B; 2ZSQ A; 1JEB B; 1EW6 A; 4NI1 B; 4G51 A; 4NXC A; 1Y5K B; 1KD2 A; 1HJT A; 3BA2 A; 1VXC A; 3OJ1 A; 3QQQ A; 5EUI B; 1MYM A; 1DXV B; 3QZX A; 1HV4 A; 1RTE A; 3UHD A; 1J52 A; 1Y4V A; 2Z85 A; 4XDI A; 1AJH A; 4M4B A; 1X3K A; 1YGF B; 3RJN B; 1FSX A; 3LB1 A; 1LFZ A; 108M A; 1HDB B; 1DXT B; 2ZT2 A; 2QMB A; 1BVD A; 2V1H A; 1YHU C; 4MQI A; 2W31 A; 1Y0W A; 2CMM A; 1H1X A; 2NRM A; 2MGD A; 4O4T A; 2D2N D; 1CO9 A; 2W6V A; 2LH7 A; 3QJB B; 1BVC A; 1IBE B; 1YZI B; 1NIH A; 3CY5 B; 1NS6 A; 1Y35 A; 1Y0A B; 1YEQ A; 1COH A; 4MQH B; 2ZT3 A; 1HHO B; 4N7O A; 1BIJ A; 1ABW A; 2HBC B; 3M38 A; 3QZZ A; 1MBD A; 4UUR A; 4YU3 A; 3WCU B; 1TES A; 1D8U A; 4MBA A; 1V4X B; 2GTL D; 2BK9 A; 3WR1 A; 1Y83 B; 4FC3 B; 3EU1 B; 1HAC A; 1GCV A; 3S66 B; 1BZ1 A; 1VHB A; 2DXM B; 3ZJQ A; 1G9V B; 1BZZ B; 1XZV B; 1RQ3 A; 3WCT B; 3M3A A; 1T1N B; 2HBD B; 1XZ4 B; 3VHB A; 1JF4 A; 2W6X A; 2D2N C; 1QSH B; 1Y4R B; 1Y22 A; 1Y7D B; 5CNB A; 3HHB B; 1Y8H A; 1NWN A; 1DXU B; 1YEO A; 4F6F A; 1S0H B; 4O2G A; 1ECO A; 1LH7 A; 2MGG A; 4DC8 A; 1MLF A; 2VEE A; 1YGD A; 1Y85 A; 1EWA A; 2D5X B; 3VRE B; 1BZR A; 1J3Y A; 1DUO A; 1K1K A; 3UHR A; 1H97 A; 3NFE B; 1Y0D B; 3ZJR A; 3OO4 B; 2IG3 A; 1N9F A; 1Y7Z A; 1A01 A; 2GTL C; 1HDS A; 2PGH A; 4XS0 A; 4NK2 A; 3PI8 A; 2D2N A; 1THB B; 3SDH A; 3S65 A; 3MJP A; 1O16 A; 2ZS0 B; 3UHE A; 3G53 A; 1RSE A; 3E5O A; 1CBL A; 3G4R A; 1YFF A; 1MLH A; 4H07 A; 2R80 B; 3K8B A; 1LFQ A; 2G0R A; 3GKT A; 1C40 A; 1CQ2 A; 3LQD A; 2GRF A; 4WCH D; 1A9W E; 1JP9 A; 3OZU A; 3BJ3 B; 1VXF A; 3VRG B; 4MQG B; 2MGJ A; 1VRF A; 1Y45 B; 3A5B A; 1URY A; 3D1A B; 5CN6 A; 2G14 A; 3WCP B; 5KER A; 1B86 B; 1VXH A; 3D1K B; 1JDO A; 1A4F A; 3PI4 A; 1N9X A; 1EBT A; 1G0A A; 2GKM A; 1XZU B; 5C6E A; 4MQC A; 1Y8W B; 3WCU D; 3QJD B; 1LFV A; 1Y7C B; 1HBH A; 1Y5J A; 3UBC A; 1WMU B; 1UX8 A; 1GCW B; 2H8F A; 3KUN A; 2BWH A; 1OUT A; 2D60 B; 3WCT D; 5E83 A; 1GDJ A; 1A3N A; 3HEO A; 3BJ2 B; 3R0G A; 1HGA B; 1BBB A; 1UC3 A; 3TM3 A; 1U7S A; 4NI1 A; 5KDQ B; 1Y5K A; 3QMA A; 3KUO A; 3UHX A; 1V75 B; 5EUI A; 1DXV A; 4F68 A; 1S61 A; 1MBN A; 1SWM A; 3UHZ A; 2VRY A; 2BW9 M; 4TWU A; 2B7H B; 5MBN A; 2V1G A; 1FSX B; 5CHQ A; 4JYQ A; 1NZ3 A; 1MLN A; 1YMC A; 3PIA B; 1M9P B; 2QMB B; 1HBB B; 1HDB A; 1QXD A; 1DXT A; 2HCO B; 2R1H B; 4MQI B; 4M4A A; 3WCU C; 1MCY A; 4DC7 A; 1JY7 B; 4HHB B; 2R4W A; 4MBN A; 3UHW A; 2H35 B; 1MYG A; 4N7N A; 3QJB A; 5EOH A; 5ILE A; 5CNG A; 2FRF A; 3ECL A; 1YZI A; 4ZVA A; 4U8U B; 2ZS0 D; 3WCT C; 2ZSN A; 1YEQ B; 3K9Z A; 1J3F A; 1Y0A A; 1CQX A; 4MQH A; 1ABW B; 1GDL A; 1C7B B; 2OHB A; 1HHO A; 3A5A A; 1YMB A; 3D7O A; 2NRL A; 2HBC A; 2MGK A; 1MYJ A; 2OLP A; 2ZSO A; 1GCV B; 1HAC B; 3WCU A; 1CPW A; 5D5R A; 2HBG A; 4FC3 A; 3EU1 A; 3S66 A; 1G09 B; 4HSW A; 1LH1 A; 1G9V A; 1BZZ A; 2ZSX A; 2MGL A; 1XZV A; 3PI1 A; 3WCT A; 1T1N A; 2HBD A; 2GRH A; 3LR9 A; 1XZ4 A; 3QJE B; 2NX0 A; 1YEU A; 1VXE A; 1Y4R A; 2MGA A; 1YEO B; 1Y7D A; 5ILM A; 1V4W B; 3HHB A; 2ZS0 C; 1Y31 B; 1S0H A; 1SDK A; 4MPM A; 3DHR B; 3GQP B; 1MLK A; 1Y8I B; 2RI4 B; 1J3Y B; 3OO5 B; 3G52 A; 2D5X A; 1K1K B; 4FH6 A; 1DKE B; 2ZFO B; 4L7Y B; 4B4Y A; 3NFE A; 1Y0D A; 1MWB A; 4H2L B; 3OO4 A; 1NQP A; 2OH9 A; 1CLS A; 1YE2 A; 1A0Z A; 104M A; 5JGG A; 4NK1 A; 3S65 B; 3GQR B; 4NZI A; 1VXA A; 3MVC A; 1DUK A; 2G10 A; 2BLJ M; 4B3W A; 1JZL A; 3HXN B; 1Y46 B; 2XKI A; 2ZS0 A; 3A59 B; 1G0B B; 3QJC B; 1WVP A; 5JDO E; 3G4Q A; 1BUW A; 3PT8 B; 2NSR A; 1K0Y B; 103M A; 1MNK A; 2R80 A; 5JDO F; 1C40 B; 1Y0T B; 1NZ5 A; 1VXG A; 3PI3 A; 2HHB B; 2QFN A; 1GBV B; 2GNW A; 3UHS A; 1MYI A; 6HBI A; 1VWT B; 3NMM B; 2MYC A; 3BJ3 A; 1YHR B; 1KFR A; 2ZS1 B; 4U8U D; 3S1I A; 4MQG A; 1Y45 A; 1RQA B; 2C0K A; 2H8D B; 3ZJM A; 3D1A A; 2GNV A; 2MYE A; 2EVK A; 2GDM A; 3WCP A; 1B86 A; 3G46 A; 1J7S A; 1S5X A; 1YVT A; 1HSY A; 5C6E B; 1QI8 A; 3IC2 B; 1A6N A; 1HBR A; 1SDL A; 1Y8W A; 1MNO A; 4X0L B; 2G0Z A; 3UBV A; 1Y7C A; 2O5S X; 1YH9 A; 2W6W A; 1JF3 A; 1GCW A; 2MBW A; 5E83 B; 1AJG A; 1LA6 B; 3IXF A; 2D60 A; 1A3N B; 1GLI B; 3ARL A; 3ZHW A; 3BJ2 A; 1Y2Z B; 1HGA A; 2D5Z B; 2V1K A; 3RJ6 A; 5KDQ A; 3NL7 B; 1UVY A; 1A0U B; 2HBF B; 4U8U C; 1V75 A; 1FN3 B; 1X9F B; 3BCQ B; 2B7H A; 2LH5 A; 3UGY A; 2WTG A; 2ZSS A; 4UIQ A; 2ZT0 A; 111M A; 1QXD B; 3PIA A; 1M9P A; 5HLX A; 4M4A B; 1HBB A; 2HCO A; 2R1H A; 5EV5 A; 1PBX B; 3HEN A; 2Z6N B; 2XKG A; 3UH6 A; 5M3S A; 1JY7 A; 4HHB A; 5HLU A; 1Y0C B; 4N7N B; 1S5Y B; 2H35 A; 3E55 A; 5EET A; 4YU4 B; 1JW8 A; 3AT5 B; 1BJE A; 1PMB A; 5AZR A; 3H58 A; 4U8U A; 1MOC A; 3A0G B; 1MLM A; 3WI8 A; 3D7O B; 3PI9 A; 1C7B A; 1Y01 B; 5CN4 A; 2AV0 A; 1GJN A; 4ROM A; 102M A; 1OR6 A; 4IRO A; 3OGB A; 3EDB A; 1MOH A; 1NEJ B; 3G4U A; 1J41 B; 1UIW B; 4JAC A; 2V1J A; 3R5I B; 3OVU C; 5SW7 B; 2QU0 B; 3WTG B; 2ZS1 D; 2ZLU B; 3PEL B; 1LFL B; 2SPM A; 1M6C A; 1G09 A; 1R1X B; 1OBM A; 2V1E A; 2G0V A; 4LPI A; 2QFK A; 4OOD A; 4ESA B; 2MGE A; 3FH9 B; 1YEU B; 3B75 B; 3QJE A; 5CNF A; 2Z6S A; 1BZ6 A; 2DC3 A; 1V4W A; 3WCV A; 1J40 B; 1SDK B; 2Z8A A; 2QSS B; 1Y31 A; 3DHR A; 1HCO A; 1UMO A; 2D2M A; 3GQP A; 3O7N A; 5ILP A; 4MU5 A; 2OH8 A; 1A6G A; 1Y8I A; 1Z8U B; 4C44 A; 5EYJ A; 5CN8 A; 1W92 A; 2RI4 A; 1O1L B; 1CH9 A; 3OO5 A; 5CN5 A; 3UGZ A; 3W4U B; 4F6I A; 1NQP B; 105M A; 1DKE A; 2ZFO A; 1CLS B; 1YE2 B; 4L7Y A; 1A0Z B; 1JL6 A; 1O1P A; 4H2L A; 1Y4B B; 2ZSZ A; 2MB5 A; 5JGG B; 3QM8 A; 2ZS1 C; 110M A; 3GQR A; 2VHB A; 3LB4 A; 1C7D B; 1CH3 A; 1X9F D; 1MLJ A; 5IKS A; 3HXN A; 1Y46 A; 1BUW B; 2DN2 B; 2W72 B; 1ECN A; 3A59 A; 1G0B A; 3QJC A; 3QM6 A; 1LH5 A; 1HBG A; 1MGN A; 1YMA A; 3PT8 A; 1JL7 A; 1K0Y A; 3AQ5 A; 5E6E B; 1MBA A; 1Y0T A; 2AUO A; 4MQK B; 5CND A; 2HHB A; 1NPG A; 1F65 A; 1GBV A; 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4ROM B; 4IRO B; 2QSP B; 3GLN A; 1F5P A; 3HRW B; 1O1N B; 1YOI A; 1Y5F A; 5HBI A; 1RVW B; 3ASE A; 1GZX B; 2DN3 B; 3G4W A; 3UHG A; 1NEJ A; 1J41 A; 1UIW A; 1NXF A; 3R5I A; 2MGI A; 5SW7 A; 2QU0 A; 3WTG A; 5ILR A; 4N7P B; 1YEV A; 1MNH A; 2MYB A; 2ZLU A; 3PEL A; 1LFL A; 1R1X A; 1MBC A; 3GQG A; 1Y09 A; 3SZK B; 1EBC A; 1QPW B; 3ZJP A; 4ESA A; 3UI0 A; 2FRJ X; 2GLN A; 3FH9 A; 5EE4 C; 2MGC A; 3FS4 B; 3B75 A; 3WHM B; 3WCV B; 1MYF A; 4OF9 A; 1CIO A; 1J40 A; 1HCO B; 2D2M B; 2QSS A; 2W72 C; 4F6G A; 2ZWJ A; 3AQ7 A; 5HU6 B; 2G11 A; 3ZJJ A; 1GDI A; 1O1L A; 4NXA A; 1F5O A; 3W4U A; 1O1P B; 1XZ5 B; 2QLS B; 1Y4B A; 1UFP A; 4KMV A; 1AZI A; 1FAW B; 5CN7 A; 1GBU B; 1NWI A; 1A6K A; 1YCA A; 2OIF A; 1C7D A; 1MLR A; 1NGK A; 1C7C B; 3GOU B; 1RQ4 B; 2DN2 A; 3OZV A; 2W72 A; 3H57 A; 4GZG A; 1WLA A; 2EKT A; 1CMY B; 3G4V A; 2V1F A; 1SHR B; 1MZ0 A; 1MTJ A; 5E6E A; 2MGH A; 4MQK A; 1V4U B; 2BNL A; 109M A; 2Z6T A; 1HAB B; 1XXT B; 2AV3 A; 3SDN A; 1HBS A; 3HF4 B; 3PT7 A; 1IT3 A; 5EYS A; 1LFY B; 1CG8 B; 4IT8 A; 1NS9 A; 4ZVB A; 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