The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
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sequence length |
153
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structure length |
153
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Chain Sequence |
VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Visualizing breathing motion of internal cavities in concert with ligand migration in myoglobin
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Myoglobin
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| molecule tags |
Oxygen transport
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| total genus |
64
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| structure length |
153
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| sequence length |
153
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2G0R A; 5CHR A; 1MYG A; 1DWT A; 4O4T A; 1MWB A; 1SHR B; 1CH1 A; 5HY8 B; 1CLS A; 1O1K B; 5F0B A; 2HBE B; 1FDH A; 2HBC B; 1YVT B; 3QZZ A; 2D5Z B; 2OH9 A; 4F69 A; 1OR6 A; 1V4U A; 3ONZ A; 3LB3 A; 1XXT A; 2SPO A; 3D1K A; 4HRR A; 2W72 C; 1N9F A; 1RVW A; 1G0A B; 1BZZ A; 2BWH A; 1A0Z B; 1B86 B; 4HRT A; 1J3Y B; 4F4O A; 2R80 A; 4MQC A; 5JDO D; 1UT0 A; 3RJN B; 2B7H A; 3PT7 B; 2W6V A; 4F6B A; 1Y8K B; 3WCV B; 3PI3 A; 1VXE A; 1MOD A; 3UHZ A; 1YIH A; 5MBN A; 3VRE A; 1RTX A; 5HU6 B; 1YG5 B; 2ZWJ A; 2EVK A; 3WCT C; 1NEJ A; 2Z6S A; 3GQG A; 2IG3 A; 1C7B B; 3ZHW A; 4F6G A; 3HHB A; 3UHV A; 3KUN A; 2MYD A; 1YZI B; 4MBA A; 1LJW B; 4ROL A; 1LFL A; 3ZJO A; 1CH4 A; 2IN4 A; 1ECO A; 3D17 A; 1MLS A; 5EQM A; 2VRY A; 1Y7Z B; 3MJP B; 1YGD A; 1M9P B; 1CP0 A; 1DXV A; 1WLA A; 1O1O A; 1LFV A; 1MYJ A; 3MYN A; 4TYX A; 1VXG A; 3ARL A; 2QU0 A; 1YHU C; 3ECZ A; 1R1Y B; 3EU1 A; 3QZX A; 1RQ4 B; 3VRG A; 1S56 A; 1LFZ B; 1YH9 B; 3VRF B; 3UGY A; 3S66 A; 2H8D A; 1UFP A; 2Z85 A; 2MYC A; 4F6F A; 2FRF A; 3HXN A; 1NZ2 A; 2PEG A; 3HEO A; 1Y4Q B; 1YOI A; 1YEU A; 2M6Z B; 1Y0C B; 1YEV A; 4MAX A; 1YE2 B; 1X46 A; 3GLN A; 1CG8 A; 2EKT A; 1XZV B; 1MOC A; 2ZSX A; 4FH7 A; 3BJ1 A; 4FWZ A; 3AG0 A; 6HBW A; 2ZS1 D; 3CIU A; 1L2K A; 1HRM A; 1DXT A; 1QI8 A; 3R5I A; 1YEN B; 4NI0 A; 4KJT A; 2XKH A; 2LH2 A; 1JEB B; 4XDI A; 3UHG A; 4JAC A; 3DHT A; 3M38 A; 3ZJN A; 4NXC A; 5C6E A; 1YEQ A; 1A00 B; 4NXA A; 1BAB B; 1LHS A; 4MPM A; 1XZ5 A; 1Y35 A; 1H97 A; 1S0H A; 1V5H A; 3LQD A; 1CLS B; 1Y7D A; 1MOB A; 1X9F A; 5KDQ A; 3TLD A; 2MGD A; 4HBI A; 1V4U B; 1JF4 A; 4YU4 A; 1CH5 A; 3ONZ B; 3WCV C; 3LR9 A; 4G51 A; 1XXT B; 4HRR B; 3ZJI A; 1MYZ A; 1BZZ B; 1LFQ A; 4HRT B; 3CY5 A; 4F4O B; 2R80 B; 4MQC B; 1BIJ A; 4HSW A; 2O5O X; 2B7H B; 2YRS A; 3AQ9 A; 1CIO A; 2FRK X; 1FSL A; 2LH6 A; 2MGC A; 3NFE B; 1YIH B; 5M3S A; 5AB8 A; 3PIA A; 1NEJ B; 1M6C A; 3IC2 A; 3GQG B; 3ZOM A; 1KR7 A; 1NAZ A; 1LH7 A; 1VXD A; 3HHB B; 3M39 A; 1COH A; 5CNF A; 2ZSR A; 1XZ4 A; 1LFL B; 3S65 A; 1J7S A; 2OLP A; 3D17 B; 2BKM A; 1BBB A; 1YOG A; 1YGD B; 2SPL A; 1DXV B; 1Y4F A; 1O1O B; 1Y5K A; 1FN3 A; 1LFV B; 2G0X A; 1NZ4 A; 3GDJ B; 4PQC A; 2H8F A; 2QU0 B; 1R1X A; 1N9X A; 1RPS A; 4U8U B; 3EDB A; 3EU1 B; 3VRG B; 1MLL A; 2ZT4 A; 4HHB A; 3S66 B; 2H8D B; 3ZJQ A; 3G46 A; 3NML A; 4N7P A; 4O35 A; 3HXN B; 2PEG B; 5CMV A; 4OF9 A; 1YEU B; 2VHB A; 1YEV B; 2G10 A; 3G4R A; 1CG8 B; 4MQH A; 2SPN A; 1Q1F A; 2JHO A; 1J7Y A; 2Z6N A; 3BJ1 B; 3QQR A; 1J40 A; 1HBH A; 6HBW B; 2HBF A; 3CIU B; 3GKT A; 1FCS A; 2ZSY A; 1QI8 B; 1CQ2 A; 1HBG A; 3EOK B; 4NI0 B; 1YOH A; 1SDK A; 2R1H B; 3GK9 A; 1Y4R A; 3WCT D; 1JDO A; 3WCU A; 3MYM A; 1GDJ A; 3DHT B; 1F5O A; 1BZ0 A; 1Y0A A; 5C6E B; 2ZLW A; 1C7D A; 1YEQ B; 1BUW A; 2D5X A; 1A9W A; 1A4F A; 1U7S A; 2MGB A; 2KSC A; 3D4X A; 1GVH A; 1XZ5 B; 2MGF A; 1Y35 B; 1S0H B; 2VLY A; 1HDS A; 1MLO A; 1OBM A; 3A5G A; 3LQD B; 4F6D A; 1Y7D B; 3ZH0 A; 2GKN A; 1X9F B; 5KDQ B; 2DC3 A; 1YHU D; 3KMF A; 1Y46 B; 1CQX A; 2R50 A; 1MLG A; 1CH7 A; 2FRJ X; 5JDO E; 3B75 A; 4KMV A; 4YU4 B; 1Y4B A; 1XZ2 B; 4G51 B; 3UHK A; 3UBV A; 1GCV A; 108M A; 1LFQ B; 4H2L B; 3CY5 B; 1BIJ B; 3GQR A; 4FWX A; 1ABW A; 1MLR A; 2YRS B; 4PNJ A; 1JL6 A; 1Y45 A; 3W4U A; 1NS9 A; 4C0N A; 3PT8 A; 1D8U A; 3PIA B; 3IC2 B; 3GKV A; 3D7O A; 3WHM A; 4O2G A; 2O5Q X; 3PT7 A; 4QAU A; 1COH B; 1YFF A; 1XZ4 B; 1YGF A; 3S65 B; 1J7S B; 1BBB B; 2ZS0 A; 1MYI A; 1Y4F B; 1NS6 A; 1Y5K B; 1FN3 B; 1LH5 A; 2H8F B; 1HGA A; 102M A; 1UVX A; 1RPS B; 1YZI A; 1QXD A; 3E55 A; 1PMB A; 3RJ6 A; 1FHJ A; 1LFT A; 1Y7Z A; 4WJG 1; 4HHB B; 3QQQ A; 3WCV D; 4N7P B; 4UZV A; 3UH5 A; 3LB1 A; 1CP5 A; 5EE4 C; 1O16 A; 3ZJR A; 4MQH B; 1J7Y B; 1Y85 A; 2RAO A; 1HBH B; 109M A; 2HBF B; 1Y5J B; 1IBE A; 4VHB A; 3ZJL A; 1WVP A; 4DC8 A; 1SDK B; 3OZW A; 1UVY A; 1Y4R B; 1Y2Z B; 2D60 A; 3WCU B; 2MGK A; 1JZK A; 1X9F C; 2LH5 A; 3AT6 A; 3QM9 A; 1BZ0 B; 1Y0A B; 2ZLW B; 1IDR A; 1C7D B; 2OHA A; 3BJ2 A; 1BUW B; 4LPI A; 2D5X B; 1S61 A; 5E6E B; 1JZM A; 3D4X B; 5D1V A; 2R4Z A; 1YHE A; 3UHS A; 1MGN A; 3HEP A; 1HDS B; 1LUE A; 1DO3 A; 1VXH A; 4B3W A; 1HV4 A; 2HCO A; 1BAB A; 3B75 B; 2LH1 A; 1Y4B B; 1UC3 A; 4L7Y B; 4TWV A; 1N9H A; 3GOU B; 1GCV B; 1V4X B; 1QPW A; 1NPG A; 4JYQ A; 1EMY A; 2VYY A; 3AQ7 A; 1JPB A; 1HGB A; 1RSE A; 3GQR B; 1ABW B; 6HBI A; 2VYW A; 3H57 A; 1Y45 B; 3ED9 A; 3W4U B; 1NS9 B; 1RQ3 A; 2ZLT B; 3PT8 B; 1HBR A; 2GDM A; 3PI4 A; 3GKV B; 3D7O B; 2C0K A; 3WHM B; 1A3O A; 2MGH A; 1YFF B; 1A01 A; 1VXF A; 1YGF B; 2LHB A; 3NFE A; 1MBO A; 2GTL C; 2ZS0 B; 5AZR A; 2RI4 B; 1EWA A; 3M3A A; 5CN6 A; 1K1K B; 1MLN A; 1NS6 B; 1Y83 A; 4ROM A; 1QSI B; 2OH8 A; 1HGA B; 3WFU A; 3A0G A; 1BZ1 A; 2E2Y A; 2SPM A; 1XZU A; 2GRF A; 1QXD B; 1F63 A; 1O1N A; 105M A; 1FHJ B; 1LFT B; 2DXM A; 4IRO A; 3HC9 A; 3QJC A; 1BZ6 A; 1MNI A; 1DTI A; 2VM0 A; 1HDB A; 3UH3 A; 3WR1 A; 3WI8 A; 3H58 A; 3GDJ A; 4XS0 A; 106M A; 1EBT A; 5CN4 A; 1C40 A; 3V2Z A; 3WCU C; 4U8U A; 2MHB A; 2WTG A; 2QFK A; 1YMC A; 1CO8 A; 1Y85 B; 2RAO B; 1J41 A; 2ZLU B; 3BOM A; 5EU2 A; 1MOH A; 3HRW A; 1A3N A; 5JGG A; 1IBE B; 3QM8 A; 3GYS A; 5HLX A; 1URY A; 2PGH A; 2D60 B; 4ODC A; 2D2N A; 3KMF C; 3AT6 B; 2R4X A; 2V1J A; 2ZSZ A; 3BJ2 B; 1T1N B; 1URV A; 1O1I A; 1UIW A; 2MYA A; 3EOK A; 2R1H A; 1YHE B; 3IXF A; 3QM6 A; 1JP8 A; 2AV3 A; 2MB5 A; 1YEO B; 1NQP A; 3DHR A; 1A0U A; 1GDK A; 1VXB A; 2HZ3 A; 103M A; 5ILR A; 2DHB A; 1DXU A; 3WCW A; 1HV4 B; 3UH7 A; 2HCO B; 1DUK A; 3S1I A; 1Y0W A; 1V9Q A; 2R4W A; 1MBA A; 2D2M A; 5CNB A; 5CNE A; 1QPW B; 4C44 A; 1DLW A; 2V1H A; 1IT2 A; 2HBD A; 5EE4 D; 3HYU A; 1HGB B; 1Y46 A; 1GZX A; 7HBI A; 5CNG A; 2MGL A; 3BJ3 B; 1XZ2 A; 1RQ3 B; 2ZS0 C; 1HLM A; 1MBC A; 1HBR B; 1A6G A; 1J3F A; 4N7O B; 2DN2 A; 5EYS A; 1BVD A; 2QFN A; 4H2L A; 2ZFO A; 1PBX B; 1JY7 A; 4TWU A; 1LH3 A; 1MLF A; 1MBN A; 1MYT A; 1CH9 A; 1A3O B; 1X9F D; 1I3E A; 1A01 B; 3NG6 A; 3AQ8 A; 3KUO A; 1EBC A; 1HGC A; 5HBI A; 3MOU A; 3OZV A; 104M A; 1XCH A; 1Y83 B; 4ROM B; 2DN3 A; 3HEN A; 3A0G B; 1BZ1 B; 1XZU B; 3QJB B; 3PI8 A; 1S5Y A; 1HBB B; 1NGK A; 1O1N B; 1MLH A; 1ITH A; 1MTJ A; 2DXM B; 2AA1 A; 4IRO B; 3QJC B; 2BK9 A; 1MNH A; 5SW7 A; 1HDB B; 2HHE A; 3WR1 B; 1JP9 A; 4XS0 B; 1NXF A; 2LH7 A; 4X0L A; 3PI9 B; 4FWY A; 3SZK A; 1C40 B; 1HBA A; 2AV0 A; 3AQ5 A; 2NRM A; 3UHW A; 2GL3 A; 2W72 A; 2MHB B; 5CND A; 1OUT A; 5EYJ A; 4ZVB A; 2NX0 A; 1J41 B; 1GLI A; 2AUR A; 3BOM B; 3GQP B; 3HRW B; 4OOD A; 2NRL A; 1A3N B; 1Z8U B; 5JGG B; 3O89 A; 3G4V A; 1UX8 A; 1MWD A; 1WMU A; 3GYS B; 3AQ6 A; 3QJD B; 2AUQ A; 1X3K A; 3MJU A; 3BA2 A; 2PGH B; 1GJN A; 1LHT A; 3FS4 A; 4NK2 A; 4ODC B; 1K0Y A; 1YMB A; 3UHX A; 1CBM A; 5JDO F; 1Y7C A; 1CMY A; 2D2N B; 1DXD A; 1Y8H A; 1YCA A; 4HSX A; 1DWS A; 1VHB A; 1Y8W B; 2BMM A; 4FH6 A; 1F5P A; 5F2A A; 1UX9 A; 1RTE A; 1Y5J A; 4MQI A; 1O1I B; 2GTL D; 1UIW B; 2VEE A; 1VWT B; 5B84 A; 1Y2Z A; 1DM1 A; 1NQP B; 1NIH A; 3DHR B; 1V4W A; 1A0U B; 3A5B A; 2GRH A; 5ILE A; 2DHB B; 1DXU B; 4ZVA A; 3WCP A; 3WCW B; 5E6E A; 1Y0W B; 2HHB A; 1LA6 A; 1MBI A; 2D2M B; 1Y0T A; 5CN7 A; 1N9I A; 2MGM A; 2HBD B; 2ZSP A; 3HYU B; 5E29 A; 1MDN A; 1ECA A; 3WCU D; 1TU9 A; 110M A; 1DUO A; 1GZX B; 3IC0 A; 1HAB A; 2HBG A; 1DO1 A; 1VXC A; 2MYB A; 4L7Y A; 1J7W A; 3GOU A; 1V4X A; 3SDN A; 3UHE A; 2DN2 B; 1YVQ A; 2ZFO B; 4N7N A; 1IRC A; 1ASH A; 1JY7 B; 1SDL A; 3ZOL A; 3UH6 A; 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2HHB B; 2W6Y A; 1LA6 B; 2QMB A; 4ILZ A; 1Y0T B; 1DLY A; 1YEO A; 1O1J A; 2FAM A; 2ZFO C; 5E29 B; 1JP6 A; 3ZJP A; 4F6I A; 1Y4P A; 2GKM A; 2FRI X; 2DN1 A; 3IC0 B; 1HAB B; 3OK5 A; 5CNC A; 1HLB A; 1J7W B; 1M6M A; 5ILP A; 3P5Q A; 1YVQ B; 2XKI A; 1MWC A; 1Y5F B; 3PEL A; 4N7N B; 3UHH A; 1KFR A; 1SI4 A; 4B4Y A; 2HBS B; 3LB4 A; 1ABY A; 1SDL B; 1THB A; 3PI1 A; 2G0S A; 1XQ5 B; 2BNL A; 3G4Q A; 1G09 A; 1G08 B; 4ESA A; 2G3H A; 3LR7 A; 1Y8I A; 4G1B A; 3A9M A; 3BJ3 A; 2ZLV B; 5B85 A; 1IWH B; 1QXE B; 4MQG B; 4MQJ A; 4DC7 A; 1VRF A; 4N7O A; 3OO4 B; 2G0Z A; 2R4Y A; 2HZ2 A; 1PBX A; 3A5A A; 1OR4 A; 3WTG B; 1HHO A; 5KER A; 2OHB A; 1MNO A; 3ZJS A; 101M A; 3IA3 B; 1FAW B; 5D5R A; 1HAC B; 2V1F A; 1AJ9 B; 1JF3 A; 1FSX A; 3QM7 A; 3UHD A; 1BZR A; 3OO5 A; 4NI1 A; 1Y22 B; 1Y31 B; 3QJB A; 2O5M X; 1Y01 B; 4MQK B; 1G9V A; 5CN5 A; 3A59 B; 1HBB A; 4M4A A; 1Y09 A; 1S5X B; 2HHD B; 2EB8 A; 1DXC A; 2NSR A; 5CN9 A; 1J3Z B; 3PI9 A; 1XY0 B; 2WTH A; 5EUI A; 1MLM A; 1MNK A; 1RQA B; 2QSP B; 1IOP A; 5MBA A; 1HDA B; 1YE0 A; 3GQP A; 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