The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
60
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sequence length |
141
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structure length |
141
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Chain Sequence |
VLSPADKTNIKSTWDKIGGHAGDYGGEALDRTFQSFPTTKTYFPHFDLSPGSAQVKAHGKKVADALTTAVAHLDDLPGALSALSDLHAYKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLACHHPTEFTPAVHASLDKFFTAVSTVLTSKYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure and biophysical characterization of the Cerdocyon thous, a Canidae from Brazil.
rcsb |
| molecule tags |
Oxygen storage/transport
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| molecule keywords |
hemoglobin alpha chain
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| total genus |
60
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| structure length |
141
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| sequence length |
141
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| chains with identical sequence |
C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-10-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1UVX A; 1YHR B; 1BUW A; 2ZLX A; 2BNL A; 1Y8W B; 1VRE A; 4MQK A; 1GCV B; 1UX8 A; 5EV5 A; 4L2M A; 4F68 A; 1OUU B; 4NXA A; 2ZLU B; 2QU0 A; 3ECX A; 1SDL B; 1S5X A; 5KER A; 1F5O A; 3GDJ B; 3GKT A; 3S65 B; 1YFF B; 3A0G A; 1IRD A; 3ZOM A; 3IC0 B; 1LH3 A; 1CG5 B; 3ARJ A; 3BCQ B; 2D2N C; 4N7P A; 1X46 A; 1YEN B; 1Y85 B; 4MQI B; 4ROM A; 3U3E A; 2BLH A; 109M A; 3G4Y A; 2KSC A; 3A5A A; 1LFQ A; 1MYT A; 2BKM A; 1A6K A; 1DO4 A; 1VRF A; 1HGA B; 1CLS A; 1XZV A; 2Z8A A; 2IG3 A; 1Y4Q B; 1MOC A; 3WI8 A; 1V75 A; 1Y8W A; 1GCV A; 3UHD A; 3PI9 B; 2ZLU A; 3HYU B; 2QMB B; 1SDL A; 3HHB B; 3WHM B; 1AJ9 A; 2HHD A; 1W92 A; 3PI3 A; 3EDB A; 3WCW C; 3BCQ A; 2W6Y A; 1YEN A; 1Y85 A; 4MQI A; 1HRM A; 2EB8 A; 4PQB A; 3AQ8 A; 1Y5F A; 1WMU B; 4M4A B; 1LJW B; 3G46 A; 3BJ3 B; 3RJ6 A; 1DO1 A; 1SPE A; 1D8U A; 3B75 A; 3NML A; 5HU6 A; 3PI4 A; 4O35 A; 4LPI A; 2EKT A; 1LH2 A; 1XZU B; 2MGE A; 1YEQ A; 1HGA A; 3S1J A; 2MYA A; 5CNE A; 1YVT B; 1F5P A; 1Y4Q A; 1COH B; 3QJC B; 3A9M A; 1EMY A; 2VLY A; 1LHT A; 3PI8 A; 3PI9 A; 4FWX A; 5ILP A; 3HXN B; 2NSR A; 3HYU A; 1AJG A; 3S48 C; 2QMB A; 1S5Y A; 1DWS A; 2OH8 A; 3S1I A; 1Y01 B; 3UHH A; 1EWA A; 4MXL A; 4MAX A; 1BVD A; 1BZ6 A; 1LFL A; 4XS0 B; 3E5I A; 5CN7 A; 1O1M B; 1VXA A; 1JW8 A; 4YU3 B; 3WCW B; 1S61 A; 3OO4 B; 2BW9 M; 3WCU C; 1JL6 A; 2O5S X; 1VXH A; 2EKU A; 4M4A A; 1LJW A; 3W4U B; 3BJ3 A; 1SHR A; 2HBE B; 1YHU A; 5KDQ B; 1HCO B; 3K8B B; 1T1N B; 5D5R A; 1FHJ B; 1A6G A; 1DXC A; 2V1H A; 3QM8 A; 1XZU A; 3VHB A; 1ABY B; 2G0V A; 2ZT2 A; 2VLZ A; 1JDO A; 3MYM A; 1YVT A; 1COH A; 3QJC A; 4FC3 A; 2AA1 B; 3G4Q A; 5JGG B; 2O5O X; 1SWM A; 1NWI A; 2V1I A; 2G12 A; 3QM6 A; 3LB2 A; 1V4W B; 1V07 A; 101M A; 3KUN A; 3NL7 B; 3A59 B; 3QZZ A; 2R4X A; 3GQG B; 3UH5 A; 3ORD A; 3SDH A; 3ZJS A; 3OO4 A; 1RQ3 B; 2G0S A; 1NS9 B; 1Y0T B; 1HBG A; 1OR6 A; 2E2Y A; 3W4U A; 3WCU B; 2O5Q X; 5HLU A; 1YG5 B; 3DHT B; 1HCO A; 1Y5J B; 3K8B A; 1JZK A; 1Y35 B; 1T1N A; 1FHJ A; 1NZ4 A; 3G4W A; 1QI8 A; 3ARK A; 1ECD A; 2G0X A; 3ZJP A; 1G0A A; 1R1Y A; 3ZHW A; 1DWR A; 1XYE B; 3UBC A; 1JY7 B; 2ZSQ A; 3IXF A; 5E6E B; 4KJT A; 1KD2 A; 2MGK A; 1YH9 B; 3GOU B; 2AA1 A; 5JGG A; 1Y8K B; 1MLG A; 3MJU B; 1GLI A; 4MXK A; 1J3Y B; 2BLJ M; 1A3O B; 3SZK B; 3K3U A; 1V4W A; 2VYZ A; 3ECZ A; 2LH2 A; 1MLK A; 3WTG B; 2RAO B; 4N8T B; 1V5H A; 4MBN A; 2O5L X; 1GDL A; 3D4X B; 1Z8U B; 3A59 A; 1DXV B; 1CH5 A; 5C6E A; 2BLI A; 1A00 B; 1RQ3 A; 4X0L B; 1PBX B; 2V1G A; 5ILE A; 3WFU A; 4ODC B; 1Y0T A; 4F6G A; 5EET A; 2MB5 A; 1UFJ A; 1IDR A; 4JAC A; 1YG5 A; 1GZX A; 1Y4G A; 3DHT A; 1Y5J A; 1Y5K B; 3LB1 A; 2QFK A; 1LA6 B; 2XYK A; 1Y35 A; 2VLX A; 1UFP A; 4H07 A; 3M3A A; 1VXG A; 1LH5 A; 1MLO A; 1RTX A; 4U8U C; 1XYE A; 1JY7 A; 5E6E A; 2D2M A; 1MLN A; 1NS6 A; 3DR9 A; 3OO5 B; 4G1B A; 1YH9 A; 3GOU A; 1RQA A; 1M6C A; 1YGF B; 3WCP B; 1Y8K A; 1HBR B; 1B86 B; 1XQ5 B; 3D1K A; 3MJU A; 2HBS B; 3UH7 A; 3CIU B; 2GKN A; 1J3Y A; 1A3O A; 3SZK A; 5CN5 A; 2W6X A; 2ZSO A; 3ONZ B; 1RPS B; 3WTG A; 4N8T A; 3VRF B; 1YCA A; 4O4T A; 1MBD A; 3D4X A; 5CHR A; 1HV4 B; 1DXV A; 2FAL A; 1Y31 B; 1X3K A; 1CP0 A; 1CPW A; 3QJE B; 1A00 A; 4X0L A; 1PBX A; 2DHB B; 1O1J B; 4ODC A; 1DM1 A; 2Z6T A; 1NXF A; 2ZFB B; 1Y4V B; 1MLQ A; 2DN3 B; 1MLH A; 2G3H A; 103M A; 1LA6 A; 1C7B B; 4G51 B; 2NX0 A; 1J7W A; 1YVQ B; 1QXD B; 1XCH A; 4DC8 A; 1YE0 B; 2G0Z A; 1DXD A; 5F2A A; 1LFV B; 2HBF B; 5MBN A; 1RVW A; 1A6M A; 3OO5 A; 4U8U B; 1MYG A; 1DWT A; 108M A; 1YGF A; 3WCP A; 2LH1 A; 3ZJM A; 3MJP B; 3G4V A; 3LHB A; 3BOM B; 1B86 A; 1XQ5 A; 1YEU B; 2HBS A; 3CIU A; 1YHE A; 4MQK B; 2LHB A; 2D2M D; 3ONZ A; 3PI2 A; 3UHK A; 1RPS A; 1MBS A; 2QSP A; 3VRF A; 5KER B; 3UGZ A; 1UVY A; 1O1K B; 112M A; 1URY A; 5EE4 D; 1N9H A; 1Y31 A; 3ZOL A; 2VM0 A; 3QJE A; 2MGL A; 1HSY A; 3BJ1 B; 2DHB A; 1O1J A; 4N7P B; 1DUO A; 1Y4V A; 2GNW A; 3S66 B; 1UT0 A; 4KMV A; 1C7B A; 4G51 A; 1YVQ A; 1QXD A; 4YU4 B; 1YE0 A; 2MYD A; 3UH6 A; 3DUT B; 1LFV A; 5SW7 B; 2MYC A; 1V4X B; 4ILZ A; 4IT8 A; 3MYN A; 3WFT A; 1HBH B; 5ILR A; 5JDO E; 1A4F A; 4U8U A; 2JHO A; 1G08 B; 3QJB B; 2D60 A; 3HEP A; 3MJP A; 1MLF A; 1JF4 A; 3BOM A; 1OJ6 A; 2WY4 A; 2CMM A; 1V75 B; 1YEU A; 1GVH A; 1VHB A; 3OZU A; 102M A; 1J7S A; 1Y4R A; 1CH3 A; 3UHU A; 1YIH B; 2SPO A; 1Y0C A; 3VAU A; 4FH7 A; 1O1K A; 1HGB B; 1AJ9 B; 1A01 A; 2HHD B; 1XZ5 B; 4H2L A; 2GL3 A; 2HZ3 A; 3ZH0 A; 3BJ1 A; 1Y7C A; 2Z85 A; 1NQP B; 1QSI A; 2NRM A; 5CNB A; 4OOD A; 2ZSN A; 1DLY A; 2MGB A; 1YHU C; 1Y5F B; 4NZI A; 3UHZ A; 1MNI A; 3S66 A; 3UGY A; 4OF9 A; 1CH4 A; 4JYQ A; 3B75 B; 5HU6 B; 4YU4 A; 4UZV A; 3UHC A; 1FAW B; 3DUT A; 3UHX A; 5SW7 A; 1V4X A; 3AQ7 A; 1UC3 A; 1DXU B; 4O4Z A; 1HDA A; 1HBH A; 1HGC B; 1YEQ B; 1CH1 A; 1BZZ B; 2EB9 A; 3GLN A; 3QJB A; 1G08 A; 4DWU A; 3MN0 A; 3MOU A; 4WJG 1; 4O1T A; 1MNO A; 1J7Y A; 2AV0 A; 1I3D A; 3PI8 B; 1NWN A; 4U8U D; 4KMW A; 1YIH A; 2AUO A; 1S5Y B; 4N7O A; 4VHB A; 1MWC A; 3A2G A; 3AQ5 A; 1HGB A; 2ZSY A; 6HBI A; 1XZ5 A; 3RGK A; 1LFL B; 5CMV A; 1QSH B; 3UBV A; 3ED9 A; 3BA2 A; 1NQP A; 4F6F A; 1SPG B; 1CG8 A; 2AUQ A; 2QLS B; 1SHR B; 1YHU B; 1Y4P B; 1FAW A; 1G09 B; 2MYE A; 4HHB B; 3EU1 B; 1DTI A; 1DXU A; 3ODQ B; 3QMA A; 4MQJ B; 1UX9 A; 1HGC A; 5EU2 A; 1JP8 A; 1BZZ A; 4FC3 B; 5AZR A; 1CIO A; 3UHG A; 1VXB A; 2RI4 B; 1N9I A; 2O5B X; 4AVE A; 1MBA A; 5AZQ A; 1GDJ A; 1FSL A; 5CNF A; 4DWT A; 3ZJJ A; 1Y0W B; 1Y2Z B; 4NK1 A; 1RTE A; 2ZSR A; 3ECL A; 1QSH A; 1CQX A; 2ZLW B; 2FRJ X; 2SPL A; 1MOH A; 1Y46 B; 1MWB A; 3UHS A; 1SPG A; 1MOD A; 1HAC B; 3E55 A; 1YOI A; 4NXC A; 4MU5 A; 2H8D A; 3PEL B; 2MGC A; 2QLS A; 1Y4P A; 1YZI B; 1XZ2 A; 1CQ2 A; 3D7O B; 1Y45 B; 3QQQ A; 3ASE A; 1MLU A; 1G09 A; 1A0Z A; 4HHB A; 3EU1 A; 3ODQ A; 3BJ2 B; 4MQJ A; 1MTJ A; 1QI8 B; 3QQR A; 2WTH A; 2D2M C; 2ZSP A; 1G0A B; 1R1Y B; 1OUT A; 4M4B A; 5CN4 A; 1HDS A; 1JPB A; 1KD2 B; 1JP6 A; 3WCV C; 2ZLT B; 5EE4 C; 2RI4 A; 1NEJ A; 1MDN A; 1CBL A; 1GLI B; 3LB3 A; 1S0H B; 2ZLV B; 1HJT A; 1Y7D A; 1Y0W A; 1Y2Z A; 1NPF A; 5CN9 A; 1S69 A; 3UHT A; 1LFY B; 1UMO A; 2R50 A; 1A3N B; 3PIA B; 1ASH A; 2ZLW A; 1DXT B; 1Y46 A; 3VRE B; 1MKO B; 5C6E B; 5M3S A; 1ECN A; 1FLP A; 1TES A; 1HAC A; 3EDA A; 1XZ4 B; 3PEL A; 2LH7 A; 2HBC B; 1GZX B; 1Y4G B; 1YZI A; 2Z6N A; 3D7O A; 1Y45 A; 1Y7Z A; 1WVP A; 4WCH D; 3GQP B; 3H57 A; 3K9Z A; 3BJ2 A; 3MBA A; 4FWY A; 1Y09 B; 1BZR A; 5F0B A; 1TU9 A; 1YHU D; 1C40 B; 1CH7 A; 2BMM A; 2D2M B; 1NS6 B; 2HZ1 A; 1RQA B; 1X9F C; 2ZLT A; 1IWH B; 1HBA A; 1WLA A; 1HDB A; 3FS4 B; 2HBG A; 3WCV B; 3D1K B; 2MGI A; 1S0H A; 2ZLV A; 3OGB A; 3UI0 A; 1F63 A; 1H1X A; 3P5Q A; 1LFY A; 3UHR A; 1A3N A; 3PIA A; 4G1V A; 2B7H B; 1O16 A; 4DC7 A; 1MWD A; 2SPM A; 4HSX A; 1DXT A; 1JWN A; 2V1F A; 3VRE A; 1MOA A; 1MKO A; 2OLP A; 3AT6 B; 1YDZ B; 1XZ7 B; 1XZ4 A; 1HLB A; 1MNJ A; 2D5X B; 1N9F A; 2HBC A; 2ZT1 A; 2M6Z A; 3IA3 B; 1CO8 A; 2LH3 A; 3GQP A; 1J7W B; 4TWU A; 1YMB A; 2GLN A; 2ZT0 A; 4AVD A; 1Y09 A; 2OH9 A; 2VEE A; 2FRI X; 3KMF A; 1C40 A; 4IRO A; 1VXF A; 2MGM A; 1CIK A; 2XKI A; 1RVW B; 4F6D A; 2V1J A; 1K0Y B; 1MYI A; 4HSW A; 1IWH A; 3QZX A; 1V4U B; 2EF2 A; 1X9F B; 3FS4 A; 3WCV A; 1AJH A; 2Z6S A; 1EBT A; 1YHE B; 1YMC A; 3WCT A; 2FRK X; 1DTM A; 1O1P B; 1MCY A; 2QSP B; 4NI1 A; 1CBM A; 2B7H A; 1YGD B; 5B84 A; 5E29 B; 3AT6 A; 3PT8 B; 1S6A A; 5ILM A; 1YDZ A; 1MBC A; 5CN8 A; 1XZ7 A; 1O1I B; 7HBI A; 2HHE B; 5CN6 A; 1JP9 A; 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4N7O B; 1BIJ B; 2D5Z A; 2ZS1 A; 1X9F D; 1MYZ A; 2BK9 A; 4C44 A; 3WR1 A; 1HBB A; 3G52 A; 3GKV A; 1C7C A; 1YEV A; 1XY0 B; 5JOM A; 1CG8 B; 3AG0 A; 3GQR A; 1FSX A; 1C7D A; 4NI0 A; 2HBD B; 4NS2 A; 2DN1 A; 4TYX A; 1OFK A; 1IOP A; 3D17 A; 2H35 A; 1YMA A; 1KR7 A; 1JZL A; 2MGF A; 1HBS A; 1H97 A; 1YIE A; 2D6C A; 2R4Y A; 1LFT B; 4PQ6 A; 2PGH A; 1QXE A; 1LH6 A; 1K1K A; 3GYS A; 5EQM A; 1CO9 A; 4XDI A; 2LH6 A; 1YEO B; 1DUK A; 3VRG B; 4N7N A; 3IC2 A; 4F4O A; 4FWZ A; 4MQH B; 3UHY A; 2W72 A; 2ZS0 A; 1S56 A; 1NGK A; 3A5G A; 2FRF A; 1J41 B; 1NIH B; 4ROL B; 1BIJ A; 1LFZ B; 1YHR A; 4ZVB A; 1MYF A; 2W31 A; 1J3Z B; 107M A; 104M A; 1OUU A; 1ITH A; 1XY0 A; 3O89 A; 4PQC A; 1EW6 A; 2VYW A; 1URV A; 1GCW B; 2ZS1 D; 3ZJL A; 1M9P B; 3GDJ A; 1L2K A; 2H8D B; 1EBC A; 2HBD A; 2R80 B; 3S65 A; 1YFF A; 4PNJ A; 4QAU A; 3IC0 A; 4MQG B; 1XZ2 B; 3D1A B; 1CG5 A; 6HBW B; 1N9X A; 3LR7 A; 2ZFO C; 2D2N B; 1LFT A; 2OIF A; 2ZWJ A; 1A0Z B; 3OK5 A; 105M A; 1IT2 A; 4WJG A; 1MGN A; 1OUT B; 4M4B B; 1HDS B; 5KKK A; 1YEO A; 3VRG A; 1MLJ A; 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