The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
60
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sequence length |
141
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structure length |
141
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Chain Sequence |
VLSPADKTNIKSTWDKIGGHAGDYGGEALDRTFQSFPTTKTYFPHFDLSPGSAQVKAHGKKVADALTTAVAHLDDLPGALSALSDLHAYKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLACHHPTEFTPAVHASLDKFFTAVSTVLTSKYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure and biophysical characterization of the Cerdocyon thous, a Canidae from Brazil.
rcsb |
| molecule keywords |
hemoglobin alpha chain
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| molecule tags |
Oxygen storage/transport
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| total genus |
60
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| structure length |
141
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| sequence length |
141
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| chains with identical sequence |
C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-10-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4ROM B; 1SDL A; 3QJD A; 5D1V A; 4HRR A; 1O1I B; 1A6M A; 1BZ1 B; 1IBE A; 1HGA A; 3HRW A; 1J52 A; 4MBN A; 4MQK B; 3A0G B; 2DXM A; 1MYJ A; 1YIH A; 4FWY A; 2BW9 M; 1SDK B; 2NSR A; 5JDO E; 3VRE A; 1XXT A; 1ABY B; 1HHO A; 2WY4 A; 1A3N B; 1VXG A; 1MDN A; 1Y46 A; 1MLH A; 3ONZ A; 1HCO B; 4ZVB A; 2W6V A; 1Y4Q B; 4JAC A; 1O1K A; 2NX0 A; 2R1H A; 1LHS A; 1A01 B; 1S61 A; 1CH9 A; 2QLS B; 1LH2 A; 1MBI A; 2QSP A; 5CNF A; 4N8T B; 5HLQ A; 1O16 A; 2DN1 A; 1RQ3 A; 1YIE A; 3PT8 B; 3QJE B; 4ROL B; 1MGN A; 2ZT3 A; 3QM8 A; 1CP0 A; 1UVY A; 4G51 A; 1PMB A; 2D60 B; 3K8B A; 3A5B A; 1CH7 A; 1Y5J B; 3DHR A; 1AJ9 B; 1NZ2 A; 2QSS A; 1NQP A; 5KKK A; 1YCB A; 2XKI A; 2HHB B; 1BZ0 B; 5EOH A; 4F6B A; 1HBR B; 3HF4 A; 3BOM A; 1YEQ B; 4MQH A; 2R4W A; 2H8D B; 1YEU A; 2G0X A; 3AT5 B; 3GQG B; 1YGD A; 1KR7 A; 3ARL A; 1KD2 B; 4F6D A; 1DWS A; 3R0G A; 1HDS A; 2HBD B; 3ODQ A; 4MQG A; 1FSX A; 3D1A B; 3QM5 A; 4MAX A; 4YU4 A; 2BK9 A; 2GNW A; 2VM0 A; 1FAW B; 3A5A A; 2GDM A; 3GKT A; 3BJ2 B; 2O58 X; 1B86 A; 3MYM A; 1A6K A; 4N7O A; 1RQ4 A; 6HBI A; 1XZ4 A; 1XZU B; 1A0Z B; 1V07 A; 1CG8 A; 3IC0 B; 2H8F A; 1O1N A; 4F6G A; 3WTG B; 3PI3 A; 3MJP B; 4KJT A; 3HHB A; 4NI1 B; 3GDJ B; 2AA1 A; 5CNG A; 4M4B B; 2MGK A; 2ZLW B; 4MQJ B; 1XZ5 B; 1V75 B; 1Y85 B; 1NS9 A; 5AB8 A; 1Y8I B; 3MVC A; 1G9V B; 3OGB A; 1VXH A; 3OO5 A; 1EBC A; 1MNO A; 2FAM A; 3OO4 B; 2RAO B; 1COH A; 3ZJL A; 1V4W A; 4IRO A; 1GBU A; 1W92 A; 2XKG A; 1YH9 B; 1FDH A; 1ABW B; 1JZM A; 1DTI A; 1BZR A; 2C0K A; 1V5H A; 2ZSX A; 2ZST A; 1Y8W A; 3HC9 A; 2IG3 A; 1LFL A; 1YVT A; 1J3Z B; 1K1K A; 1YG5 B; 4GZG A; 1YMA A; 5HBI A; 3AT6 A; 1HBS A; 1SDL B; 2G10 A; 3QQR A; 1K0Y A; 3QJD B; 2GKM A; 1EWA A; 1Z8U B; 3WCT A; 2ZSQ A; 1IBE B; 2D5X A; 2V1F A; 1MNK A; 5JGG A; 2DXM B; 1YIH B; 3QMA A; 4HHB A; 1QSI A; 1UMO A; 1HBB A; 3UHR A; 3VAU A; 3HYU B; 1HHO B; 1DO4 A; 3OZV A; 1F5O A; 2GRH A; 3UHS A; 1S56 A; 3ONZ B; 2W72 A; 2MGF A; 4M4A B; 1DO1 A; 3ARK A; 3UGZ A; 2R1H B; 3UHC A; 1Y5F A; 3WCP A; 2V1H A; 1BZ6 A; 2BLH A; 1HDA B; 1D8U A; 1HGB B; 1Y45 A; 4MBA A; 1BUW A; 1V4X A; 5CMV A; 3O89 A; 2E2Y A; 1RQ3 B; 1N9H A; 1YIE B; 2LH1 A; 4ESA A; 4G51 B; 2HBS A; 3K8B B; 4HRT A; 5C6E B; 3DHR B; 4KMV A; 2ZSN A; 1OUU A; 1XY0 B; 1CH2 A; 1UIW A; 4MPM A; 2QSS B; 6HBW A; 2SPM A; 4F69 A; 3MBA A; 1YMC A; 1MTI A; 1FHJ B; 3BOM B; 4F4O A; 1JWN A; 3PEL B; 5E6E A; 1YEU B; 5HY8 A; 106M A; 1MWC A; 2VLX A; 4G1B A; 2R4Z A; 3ODQ B; 1Y31 A; 3ECX A; 1DM1 A; 1JDO A; 2MGD A; 3W4U A; 1BJE A; 2DN2 A; 3DR9 A; 4TWU A; 5JDO C; 2BMM A; 5E29 B; 5EU2 A; 2W72 C; 2V1J A; 4UZV A; 1B86 B; 4N7O B; 1RQ4 B; 5M3S A; 1YDZ A; 1MBO A; 1Y09 A; 3ZH0 A; 1XZ4 B; 1YZI A; 2SPL A; 4UIQ A; 3EOK B; 3G4Y A; 1YEV A; 1O1N B; 2G14 A; 3FH9 A; 3UHH A; 5JDO D; 1HRM A; 2HCO A; 3HEN A; 2G11 A; 2O5S X; 1NS9 B; 1MLF A; 1YHU B; 3A59 B; 3OO5 B; 3KMF A; 1XQ5 B; 3E4N A; 1HSY A; 2QU0 A; 2DC3 A; 3NG6 A; 2HBE A; 1V4W B; 1GBU B; 1CBL A; 1XYE A; 2Z85 A; 1SI4 A; 1XZ2 A; 2ZS0 A; 3GQR B; 3TM9 A; 3UHI A; 4TYX A; 4MQI A; 5MBA A; 1CBM A; 2MYB A; 1MLG A; 1Y7C A; 3OVU C; 1Y8W B; 1LH3 A; 1F5P A; 1YVT B; 1K1K B; 1NGK A; 1YHR A; 1NWN A; 3AT6 B; 1HBS B; 1Y4G A; 1QSH A; 1K0Y B; 3LB2 A; 1N9F A; 1C7C A; 1Y4R A; 1RQA A; 3WCT B; 2ZLX A; 1Y35 B; 3S66 B; 1LH1 A; 1V4U A; 3UHD A; 2D5X B; 2OH9 A; 1MLM A; 5JGG B; 1H1X A; 2KSC A; 1R1X A; 1WLA A; 1MLK A; 3LB4 A; 1YE2 B; 4HHB B; 1J7S A; 5CNE A; 1YOI A; 2NRM A; 7HBI A; 1YOG A; 2ZLV B; 1FN3 A; 2ZLT A; 1RTX A; 1ASH A; 1CPW A; 2VEE A; 4DC7 A; 5SW7 A; 2O5B X; 3KMF C; 3EU1 B; 5E83 B; 3V2Z A; 2W72 B; 2ZSR A; 2QMB A; 1M6C A; 5CN4 A; 1Y5F B; 3GYS B; 1Y0D A; 1X46 A; 4F6I A; 1MLN A; 1OFK A; 1MYF A; 1BUW B; 1H97 A; 2ZFB B; 2IN4 A; 3BJ1 B; 1G0A A; 1O1L B; 1JL6 A; 2AV3 A; 3QJB A; 4ESA B; 2D2N B; 3PI8 A; 2GTL A; 2AUO A; 3UHU A; 2HBS B; 4HRT B; 1MBC A; 2YRS B; 2EF2 A; 2VLZ A; 3QJC B; 2M6Z A; 1OUU B; 5CN5 A; 1UIW B; 4FH6 A; 2PGH A; 5CN9 A; 2D5Z A; 1OR4 A; 2ZS0 D; 1MYM A; 5CHQ A; 4X0L A; 3D4X A; 5ILR A; 4F4O B; 3S65 B; 5E6E B; 1PBX B; 5HY8 B; 4XDI A; 3LQD A; 3DHT A; 2Z6N A; 4H0B A; 2ZT2 A; 3GQP A; 3W4U B; 4PNJ A; 1QXD A; 2HZ2 A; 2HBG A; 2VYW A; 3ARJ A; 3ZJH A; 1Y0A A; 1C7B A; 4FC3 B; 1XZV A; 2FRJ X; 3D17 A; 1YGF A; 1YZI B; 1MYG A; 4SDH A; 1Y0C A; 1GZX A; 3RGK A; 1YEV B; 3FH9 B; 3R5I A; 2GTL C; 2HCO B; 3NL7 A; 3WFW A; 5CN8 A; 1T1N A; 5ILM A; 4YU3 B; 4O4Z A; 4MU5 A; 1Y83 B; 1SHR A; 4OF9 A; 1BBB A; 1YE0 A; 1MBS A; 2QU0 B; 2DN3 B; 1GCW A; 1DKE B; 1MBD A; 3GOU A; 1XYE B; 1SI4 B; 1XZ2 B; 2D2M A; 1GBV B; 2ZS0 B; 1MYZ A; 1DXV A; 1VXD A; 1KFR A; 2B7H B; 1BVD A; 1JPB A; 1UT0 A; 2GTL D; 1A00 A; 4MQI B; 3LB1 A; 3OZW A; 3MJU A; 1CP5 A; 2GRZ A; 1YHR B; 3LR7 A; 3PIA B; 3GKV A; 3WFX A; 1SPG B; 1G09 A; 1Y4G B; 2QFN A; 1LFQ A; 1GDJ A; 1C7C B; 1GCV A; 1RQA B; 1Y4R B; 2LH5 A; 2GL3 A; 2ZLX B; 3D7O B; 1Y0W B; 3NFE A; 1JW8 A; 1BIJ B; 4OOD A; 1R1X B; 1F65 A; 1G08 B; 1CH5 A; 1J7S B; 3WCU A; 2H35 A; 1DLW A; 1LFV B; 1LJW B; 5SW7 B; 2R4Y A; 1DXC A; 1Y8H A; 2QMB B; 1MCY A; 1J7Y A; 1Y4F A; 1RTE A; 2D2M C; 3MN0 A; 3S48 C; 2XYK A; 1CIO A; 2WTG A; 1BZP A; 1JF3 A; 3K3U A; 4NK1 A; 3VRF B; 5AZQ A; 1Y7D A; 3PI8 B; 1LH5 A; 2O5T X; 3FS4 A; 4NI0 B; 3ZJM A; 3AQ5 A; 3ZJQ A; 4DWU A; 4MXK A; 1LFZ A; 2M6Z B; 1LFT A; 1A9W E; 5ILP A; 3UHW A; 4ODC B; 1BZZ A; 1Y7G A; 2D2M D; 3D1K A; 2D5Z B; 4L7Y B; 1Y4B B; 1J41 B; 3MKB B; 3HXN B; 3PI9 A; 1A4F B; 1NWI A; 3QQQ A; 2ZSY A; 3WCU C; 4VHB A; 1QI8 A; 3GQP B; 3CY5 A; 1JZK A; 3PI4 A; 4MXL A; 3UH3 A; 1THB A; 1MTJ A; 1HJT A; 1C7B B; 1OBM A; 1XZV B; 1JF4 A; 1JP8 A; 2WTH A; 5EET A; 1O1J A; 1YGF B; 2VLY A; 4AVD A; 1LHT A; 5AZR A; 3M3A A; 1Y0C B; 1GLI A; 1NS6 A; 1MLQ A; 4HRR B; 1CO8 A; 1GZX B; 1A6G A; 3WCU D; 1MOD A; 3WCV A; 1HGA B; 3HRW B; 4N7P A; 1MWB A; 4F6J A; 3KUN A; 3R5I B; 1J3Y A; 2ZSP A; 3AQ7 A; 3NL7 B; 2RI4 A; 2V1E A; 1ITH A; 5HLU A; 2MHB A; 3VRE B; 1QXE A; 1XXT B; 1SHR B; 4B3W A; 102M A; 1Y4V A; 1EMY A; 1Y46 B; 5KDQ A; 1GCW B; 3LHB A; 2W6V B; 3KUO A; 1O1K B; 2V1I A; 3WCW A; 107M A; 1J40 A; 1I3D A; 1DXT A; 3UBC A; 1NPF A; 1Y4P A; 3S1I A; 2MGH A; 1DXV B; 1HLB A; 4B4Y A; 1XCH A; 1NZ4 A; 1A00 B; 2QSP B; 2DN1 B; 3MJU B; 3LR9 A; 2ZLU A; 2ZFO A; 2ZS1 A; 4JYQ A; 1MTK A; 3E55 A; 3GKV B; 1IT2 A; 2O5L X; 2BLI A; 1G09 B; 3WHM A; 1X9F A; 3A9M A; 109M A; 2XKH A; 1LFQ B; 1FLP A; 1EBT A; 3BA2 A; 1GCV B; 1MNI A; 1HAC A; 1A3O A; 3UHV A; 1NQP B; 3BJ3 A; 1HAB A; 4WJG A; 1CH3 A; 1URY A; 4FWX A; 3WCV C; 2BKM A; 3HF4 B; 1OR6 A; 2O5M X; 2HHD A; 4MQH B; 1YVQ A; 1DTM A; 1VRE A; 3G46 A; 1UFP A; 2H35 B; 1YGD B; 3VRG A; 1HDS B; 1GDI A; 4MQG B; 2SPN A; 4H07 A; 2LHB A; 1FSX B; 1BVC A; 1HBA A; 4XS0 A; 4YU4 B; 5EE4 C; 1Y8H B; 1Y4F B; 3WCW C; 1WMU A; 2EVK A; 3WCV D; 3QM7 A; 3U3E A; 2FRI X; 1RSE A; 3HEO A; 1CG8 B; 3H58 A; 1GDL A; 1Y7Z A; 3MYN A; 3WR1 A; 1CQX A; 2H8F B; 2ZFO C; 1OJ6 A; 1Y7D B; 2ZS1 C; 1SPE A; 1YEO A; 2OLP A; 2HHE A; 1IOP A; 2LH6 A; 1VXA A; 2Z6T A; 1Y2Z A; 3HHB B; 1LFZ B; 2AA1 B; 1X9F C; 5EE4 D; 1LFT B; 3WCW D; 1O1I A; 3UHE A; 1BZ1 A; 1Y7G B; 2HZ3 A; 3D1K B; 4C0N A; 1A9W A; 4MQK A; 3A0G A; 3QM9 A; 1VXE A; 1JP6 A; 1COH B; 4IRO B; 1NAZ A; 2ZFO D; 2ZS1 D; 1ABY A; 1U7S A; 1TES A; 5CN6 A; 2O5Q X; 1QI8 B; 1X9F D; 4WJG 1; 1LFL B; 1THB B; 1O1O A; 3UGY A; 1EW6 A; 1G0B A; 4N8T A; 1CMY A; 1Y8K A; 3NML A; 2MYD A; 1GLI B; 1NS6 B; 2OHB A; 3QJE A; 3UH7 A; 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1HV4 A; 3ASE A; 3ZJP A; 108M A; 5CHR A; 3G4Q A; 1RVW A; 3LB3 A; 1L2K A; 2MGM A; 4NK2 A; 1MOH A; 3NG6 B; 2HBE B; 1LTW A; 3G52 A; 2ZSO A; 1AJH A; 1ECO A; 4O1T A; 3HYU A; 1NEJ A; 110M A; 1O1M A; 1DO3 A; 1S69 A; 1Y7C B; 4M4A A; 4U8U C; 1JEB A; 3BCQ A; 1ECD A; 1O1O B; 1JZL A; 1JY7 A; 1HBH A; 1HDA A; 1HGB A; 4O2G A; 2NRL A; 1G0B B; 1QSH B; 1CMY B; 3VHB A; 1Y8K B; 2OH8 A; 3ZOM A; 1R1Y B; 2GNV A; 2MB5 A; 2Z6S A; 1V4U B; 2MGE A; 2R80 B; 2PEG A; 3MOU A; 5JOM A; 5C6E A; 1GVH A; 4U8U D; 1XY0 A; 4HSW A; 1FN3 B; 2ZLT B; 1O1P A; 1HDB A; 3QM6 A; 4O35 A; 105M A; 1FHJ A; 3PEL A; 3G53 A; 2VYZ A; 3UHN A; 4O4T A; 2EB8 A; 2JHO A; 1Y0D B; 4ILZ A; 2Z8A A; 3M3B A; 1LUE A; 1QPW A; 1V9Q A; 1AZI A; 3ZJI A; 1S0H A; 1DUO A; 3UBV A; 3CIU A; 1G0A B; 2VEB A; 5E29 A; 5EV5 A; 3QJB B; 1UVX A; 2VHB A; 1IRD B; 2AUR A; 4DC8 A; 4H2L B; 1LA6 A; 3K9Z A; 2W31 A; 1DXD A; 1N9X A; 1OFJ A; 1ABS A; 3B75 B; 2GTL B; 3SZK B; 2G0V A; 3PT7 B; 1S5Y B; 1MNJ A; 4KN3 A; 3EOK A; 5EQM A; 1HLM A; 1DLY A; 1FSL A; 2PGH B; 2SPO A; 3SDH A; 3UHX A; 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