3A5G | Genus

Total Genus 59

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	59
sequence length	152
structure length	152
Chain Sequence	AFVGLSDSEEKLVRDAWAPIHGDLQGTANTVFYNYLKKYPSNQDKFETLKGHPLDEVKDTANFKLIAGRIFTIFDNCVKNVGNDKGFQKVIADMSGPHVARPITHGSYNDLRGVIYDSMHLDSTHGAAWNKMMDNFFYVFYECLDGRCSQFS

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__2913268852202884__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__2913268852202884__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3A5G/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__2913268852202884__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"2913268852202884","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3A5G/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__2913268852202884__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen transport
publication title	pH-dependent structural changes in haemoglobin component V from the midge larva Propsilocerus akamusi (Orthocladiinae, Diptera) pubmed doi rcsb
molecule keywords	Hemoglobin V
total genus	59
structure length	152
sequence length	152
ec nomenclature
pdb deposition date	2009-08-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	3a5gA01

2H35B 1NQPA 2LHBA 3G53A 3K9ZA 5JDOF 1Y31A 2AUQA 2MGCA 4YU3B 2NSSA 3D1KA 1HACB 5AZRA 4FWYA 2H8DA 2MGEA 1OUTA 1YVTB 1LH5A 1DO7A 3A5AA 5ILEA 1K1KB 3WCVD 5KKKA 1V4XB 2QMBA 2ZSSA 1MNKA 1Y35B 3WCWC 3D1KB 3R5IB 3UHRA 5IKSA 2R80A 3GKVA 3MBAA 3V2VA 1CIOA 2MBWA 1HGAB 2MGDA 2W6VA 1Y0DA 4B3WA 1WLAA 1CH7A 3CY5B 1DXCA 2QMBB 5F0BA 2R80B 1O1NA 3H57A 1J7SB 1HABB 2O5LX 2D2NA 1GDKA 1CG8A 5HU6A 3K8BA 1CH4A 1DUKA 1Y2ZA 1NAZA 4L2MA 1ECNA 1Y7CA 3ZOMA 1Y85A 2R4XA 5E6EB 1UIWA 2D5ZA 3GDJA 3PIAA 4ESAB 3BA2A 1G9VB 1A0ZA 1DO3A 1THBA 2Z6TA 4MXLA 1SDLA 1H1XA 1YG5B 1R1YA 3HYUA 1NS6A 1XZUA 3HHBA 2MYAA 1QSHA 1UIWB 1Y8KB 1GDIA 3GDJB 3UHKA 2CMMA 1A0ZB 3BJ3A 1THBB 2HBFA 2MYCA 2BKMA 1SDLB 4PQ6A 4XS0A 1AJGA 2LH5A 5CNBA 1VXEA 1XZUB 1SI4B 3HHBB 1QSHB 2ZS1C 3MJPB 3G4UA 3WTGA 1OFJA 1Y45A 1NEJB 4MBNA 2HBFB 2R50A 4XS0B 1L2KA 4UIQA 5CN5A 1UX9A 4XDIA 1Y5KB 1N9IA 2QFKA 2V1IA 3IXFA 2G0ZA 1JW8A 4MQJA 2RI4A 4UURA 1HBAA 1O16A 4MQIA 2HZ2A 2VYZA 3QJEB 1RTXA 1YHEB 3PT8A 4X0LB 3OGBA 2XKHA 4O1TA 4MQJB 3G4VA 1F65A 5B84A 5CHRA 3WFTA 3LR7A 1S5XA 1IBEA 1BZ1A 2D60B 3G46A 2QU0A 1LFQA 1NWIA 2MYDA 2VYYA 4PNJA 2AA1A 1IRDA 1IT2A 4N7OA 3WCVA 1Y46A 1JZLA 4L7YB 3UHHA 1SDKB 3WCPA 1BZZA 1S5XB 1BZ1B 1O1JA 1Y4RB 2W6YA 1IRCA 1M6CA 2ZSPA 5EETA 3LB1A 1AZIA 1MYHA 4SDHA 1YVQB 1LH7A 1Y0CA 4N7OB 3QZXA 3OO4A 1Y46B 4B4YA 2BW9M 1BZZB 1B86A 2ZLTA 3OJ1A 1O1JB 1WMUB 2Z6NB 1V5HA 4C0NA 5KERB 4G51A 4OODA 3ODQB 1Y0CB 1V4UA 3UH3A 2O5MX 1YIEB 4G1VA 2ZLTB 1Y0TA 3HEPA 3WHMB 1J3FA 3ARLA 1GBVB 2BMMA 4O35A 3UH5A 3B75A 1CH3A 1N9HA 1C7CB 3GYSA 3UHDA 1PBXA 1FCSA 3PT7A 3ONZB 1OUUA 1MLRA 4MQCB 1JDOA 3M3AA 2IN4A 1DLWA 3GLNA 2NRLA 2O5TX 2QLSB 1SPGB 3QJBA 3ZJQA 1IT3A 3AQ9A 3UHVA 3VRFB 1RPSA 2VM0A 1DTIA 2R4YA 2HHEA 1V4WA 1R1XA 1OUUB 1W92A 4U8UD 5E83B 1JY7A 1N9FA 1Y4PA 2G3HA 3KMFC 3PI9A 2V1GA 5CNDA 3QJBB 1LA6A 3NMMA 3BCQB 4ROLB 2H8FB 3A2GA 2HHEB 1LH1A 1YEQA 1PMBA 4HRRB 3DHRA 1JY7B 105MA 1MTIA 1A4FA 3EU1A 5HBIA 2RAOA 3NMMB 3UHEA 2HBDA 1NS9B 4MQGA 2ZSNA 2VEEA 1DO1A 2ZFOC 1DTMA 1VRFA 2ZSYA 2MGHA 4MQHA 1O1LA 1KD2B 1F63A 1MWDA 3WCTD 1FSXB 1JP9A 3EU1B 1I3DA 2BLHA 1A00B 3UH6A 2HBDB 2ZLVB 1MYMA 2R1HA 3EDBA 2BWHA 1HRMA 3MJUB 111MA 3VREA 3A5GA 4YU4A 4IROA 4MQHB 2VHBA 1O1LB 1MBIA 1C40A 1C7BA 1F5OA 4KMWA 3ZJJA 3BJ1A 2R1HB 3WFUA 3OZUA 5CHQA 4F6GA 2W31A 3D7OA 4YU4B 3RJ6A 1XZ7B 4HHBA 3MOUA 2NX0A 2MYEA 1O1PA 1XZ5B 3BJ1B 1LJWA 2B7HB 3MKBA 4C44A 4HSWA 3BJ2A 2ZS0B 3FS4B 2HZ1A 3ZH0A 1Y5FA 1EMYA 2GNWA 1HDSA 1FSLA 1O1PB 1MLGA 1OR4A 1LJWB 4NXCA 1AJHA 1J41A 2Z8AA 1DO4A 1Y5JA 3WR1B 2MHBA 1DXTB 3S65A 3TLDA 3MYNA 1LTWA 1EBCA 5HLQA 1HDSB 2VRYA 2ZSTA 3IC2A 1J3YA 5C6EA 1Y5JB 1LHTA 1Y8HA 6HBWB 1C7DA 2M6ZB 2ZFBA 3KUOA 1CIKA 3S65B 3LQDA 1CP0A 3AT6A 4DWTA 3V2ZA 1TU9A 1ECAA 1GZXA 1MBCA 1XZ4A 1J3YB 4KN3A 3NL7A 1CG5B 2ZLWA 3CIUA 3DUTA 4U8UA 5C6EB 3G4YA 2KSCA 1C7DB 1DLYA 4ZVBA 1O1IA 1YENB 2ZS1D 1GZXB 3H58A 2AUOA 2BK9A 1UVXA 3IC0A 5EUIB 1KFRA 4U8UB 1CQXA 1RQ3B 3DR9A 1FDHG 1V75B 1O1IB 1XZVB 5EE4C 1MOBA 4MPMA 2ZSRA 1BJEA 1D8UA 1HCOB 2NRMA 3IC0B 1DXUA 1S6AA 1YHUD 3AT5A 2H35A 1YE2B 3AQ7A 3NG6B 4TWVA 4YU3A 5CN8A 2MGLA 1MOHA 3G52A 2ZLXB 1NZ3A 1VXHA 1J7WA 2V1KA 3GKTA 1HACA 3ZJOA 3AT5B 4JYQA 3ECLA 3WCTB 1K1KA 1GCVA 1MLNA 2AV0A 1V4XA 1G08A 1Y35A 2W72C 1VHBA 3R5IA 5CN9A 1J7WB 1BIJB 1HGAA 3MN0A 1UMOA 3AQ6A 1X9FD 1BZPA 2DN3B 4MQKB 1GCVB 3CY5A 4NI1A 2QRWA 1G08B 1RQAA 1Y09A 1YEUA 3PI8B 1VXGA 1GVHA 2SPNA 1J7SA 3G4QA 1HABA 1YZIB 2NSRA 3M38A 1MYZA 4M4AB 3WCWB 3OO5B 4NI1B 1SWMA 1U7RA 1RQAB 1Y09B 5E6EA 1MCYA 1YEUB 1MKOB 1V9QA 4ESAA 1NZ2A 1S56A 3GQPB 1Y7DA 2O5SX 3ZJLA 1G9VA 2GKMA 3WCUD 4ROMB 2OH8A 2OHBA 2R4ZA 1RTEA 1YG5A 1YGDA 2ZT0A 1CH5A 4F6DA 2DN1A 1MTKA 1Y8KA 1MBNA 1NPFA 1Y7DB 3G4WA 2D2MD 2O5QX 4MU5A 2D2NC 1YGDB 5D1VA 1JP8A 2DN1B 1SI4A 3MJPA 1MOCA 3QM5A 1JF3A 2HCOB 3VRGB 1ASHA 1NEJA 3VAUA 1K0YB 1MYTA 2DHBB 5EQMA 1Y0WA 2ZS1A 2FAMA 4FWXA 1RSEA 3MVCA 5CNGA 4OF9A 1HDAB 1YGFB 1Y5KA 4KMVA 3UHUA 3D4XA 5ILMA 3OZWA 3P5QA 3LB4A 4LPIA 4DWUA 1Y0WB 2ZS1B 3QJDA 3HXNB 2FRKX 2BLJM 1S5YB 1T1NB 3QJEA 1QXDA 2DC3A 3D4XB 1YHUA 1YHEA 1J3ZA 3LB2A 3P5QB 4X0LA 2LH7A 2R4WA 1ECOA 1JL7A 3QJDB 1QXEA 3QM7A 4NK2A 3G4RA 1CBLA 2D60A 1QXDB 1YHUB 1J3ZB 1BVDA 110MA 1A0UB 4L7YA 2VLXA 4H0BA 1QXEB 1SDKA 1VXFA 5CNFA 4O4TA 5AZQA 1YOGA 1WVPA 3NFEA 1Y4RA 2V1HA 3ECZA 1MWBA 1VXAA 1LH3A 2MB5A 1YVQA 1URYA 3UHTA 1X9FA 1F5PA 2XKGA 1JEBA 1VWTB 4MBAA 1J7YA 3NFEB 1WMUA 2Z6NA 1IWHA 2ZS0D 1MLFA 1SHRB 5KERA 2BLIA 1GBUA 3ODQA 5E29B 1MLSA 3D1AB 1X9FB 1HDBB 5EYJA 3ASEA 1YH9B 4AVDA 1X3KA 1JEBB 106MA 1YIEA 2ZT4A 3WCVC 3ZOLA 1J7YB 3WHMA 1XQ5B 1GBVA 5CN6A 1IWHB 1BZRA 3WCUA 3QJCB 1GBUB 4FC3A 1MYJA 2ZSXA 4ZVAA 3E55A 1BUWB 1C7CA 3ONZA 3ED9A 3QQQA 4MQCA 4M4BB 2D2MA 3WCUB 112MA 2QLSA 4FC3B 1SPGA 1MYIA 1LH2A 3KUNA 1HGCB 5MBNA 3VRFA 1LH6A 2YRSA 1COHB 1O1KA 1A6MA 5E83A 2C0KA 1IOPA 1HGBA 2D2MB 2D5XB 4NZIA 5HY8B 2HBEA 5EYSA 3BCQA 5EV5A 1A6GA 2JHOA 4ROLA 1YOHA 2H8FA 3UHNA 1G09A 2SPMA 2YRSB 2HBCB 4HRRA 3HENA 1O1KB 1YE0B 1HGBB 1YEOA 3M3BA 2HBEB 1LFVB 1NS9A 3GQGA 1G09B 1Y8IA 3ECXA 4G1BA 1YFFB 1YEOB 1NIHB 1KD2A 1FSXA 1VXCA 1A6KA 3NMLA 3S66B 5JDOC 1A00A 1UVYA 2ZLVA 1A6NA 2QSSA 1HLMA 1XY0A 3GQGB 5F2AA 1FAWB 4H2LB 2OH9A 1Y8IB 1MNJA 2OIFA 2EKUA 1CP5A 3MJUA 2HHBB 1UFJA 3W4UA 1MLOA 2ZT2A 2LH6A 2ZWJA 2HBSA 1GCWA 3ZJPA 3QM8A 2QSSB 1XY0B 4DC8A 2ZSZA 1CO9A 3W4UB 2OLPA 1XZ7A 1EWAA 1IDRA 1NWNA 2GRZA 3D17A 5HAVA 1DKEB 2HBSB 1GCWB 3UHZA 1XZ5A 2WTHA 3A0GA 2B7HA 3A59B 1Y01B 2ZT3A 3VHBA 1Y4QB 1MNOA 2ZS0A 3FS4A 1RVWA 2D6CA 3D17B 1YEVB 1MNHA 3WCWD 2LH1A 1YMAA 3BOMA 3A0GB 1S69A 1LFZB 1HLBA 1MTJA 1LHSA 3WR1A 3WFWA 2AURA 1RVWB 1DXTA 1CQ2A 3GK9A 5AB8A 1U7SA 2DXMA 1DWRA 3LR9A 3ARKA 3BOMB 1KR7A 1MBOA 3PELB 3WI8A 101MA 2G0SA 6HBWA 2M6ZA 1ECDA 1CH1A 4N7NB 1MLHA 2MGKA 2DXMB 3FH9A 1OJ6A 1CG5A 3IA3B 1OBMA 4PQBA 1BVCA 1QPWA 1YDZB 5EOHA 1MWCA 1YENA 2LH2A 3UHBA 1YOIA 3FH9B 3UH7A 1Y8WB 1XYEB 3HRWB 3HC9A 5JOMA 5EUIA 1MOAA 1RQ3A 2V1FA 1JZMA 1V75A 1QPWB 2WY4A 1XZVA 1MDNA 1MYFA 2HHDB 1QSIA 1Y4BA 2GRHA 4F6BA 1HCOA 1HBSB 2VLYA 2ZSQA 1YE2A 4F69A 3HF4B 1HBRB 2GTLC 3NG6A 3K3UA 2VYWA 5KDQA 3A9MA 1QSIB 5JDOE 1Y4BB 2ZLXA 1M6MA 5JGGA 4O2GA 1GLIB 3AQ5A 1HSYA 1MBAA 108MA 4NS2A 1GDLA 3ZHWA 5MBAA 1YCBA 4BJAA 3WCTA 1YMBA 5KDQB 1J40A 3SZKB 1A3OB 5JGGB 3WFXA 1CH2A 3RJNB 1BIJA 1DXVB 1CLSB 2V1JA 1HJTA 1LFTA 1BABB 1JZKA 1G0BA 2DN3A 2W72A 4MQKA 1J40B 1N9XA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3A5GA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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