3A9M | Genus

Total Genus 62

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	62
sequence length	152
structure length	152
Chain Sequence	AFVGLSDSEEKLVRDAWAPIHGDLQGTANTVFYNYLKKYPSNQDKFETLKGHPLDEVKDTANFKLIAGRIFTIFDNCVKNVGNDKGFQKVIADMSGPHVARPITHGSYNDLRGVIYDSMHLDSTHGAAWNKMMDNFFYVFYECLDGRCSQFS

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__4525540082643436__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__4525540082643436__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3A9M/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__4525540082643436__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"4525540082643436","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3A9M/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__4525540082643436__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen transport
publication title	pH-dependent structural changes in haemoglobin component V from the midge larva Propsilocerus akamusi (Orthocladiinae, Diptera) pubmed doi rcsb
molecule keywords	Hemoglobin V
total genus	62
structure length	152
sequence length	152
ec nomenclature
pdb deposition date	2009-10-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	3a9mA01

3RJ6A 1Y7CA 2H8DA 1LFVA 2IN4A 3GKTA 5CNGA 1GCVA 1CG5A 1CMYB 4NI0B 1MCYA 1M6CA 5CN9A 1XZ7A 3GQGB 5E83B 1ABYB 4ZVBA 1RVWB 1YHUA 3AT5A 1Y8IA 5HBIA 2MGGA 3KMFA 2ZLTA 2D60A 1Q1FA 1K1KB 1A6MA 5SW7B 1HV4A 2ZLVA 4HRRB 1L2KA 1VHBA 2DHBB 1Y2ZA 3UHKA 1BZ1A 1A0ZB 1DXTA 2GTLB 1HSYA 3SDNA 2MHBA 1MBSA 1C7BA 2QMBB 2D2MB 3ZJJA 1QSHB 3QQQA 4M4BB 1SDLB 3G46A 1UFJA 1RQ3B 3OO5A 2NSRA 3ECZA 4KN3A 4NZIA 1UX9A 4U8UD 3IA3B 2D2NC 1V07A 1OFJA 1Y4QA 1YVTB 2LHBA 3V2ZA 1Y0CA 3VRFB 3UHSA 4VHBA 1LFQA 1XZ2B 2O5TX 1YGFB 1DTIA 3S66B 1J7YB 2SPLA 4HHBA 1FN3B 1OUTA 1YGDA 2QSPB 2RI4B 1F5PA 3HEPA 4FC3A 1O1PB 2MGBA 2B7HB 3OO4B 4KMVA 2Z8AA 1HBHB 4YU3B 1DXCA 1UX8A 3ORDA 1S5YB 5EE4C 1BZ0A 1HJTA 1VXFA 1XXTB 2FRKX 1O1JA 1YHEB 2ZSNA 4ODCA 3BCQA 4M4AA 3E5IA 4FWXA 1CO9A 4FWZA 1FHJB 5JDOD 1GDJA 3ONZB 1FLPA 1JEBB 1Y0AA 4NI1A 1C7DB 1YIEB 2HHDB 3UHRA 1YH9B 3VRGB 4C44A 5IKSA 1HLBA 1YG5A 1DO1A 2HBSB 1I3DA 4ROLB 1JF4A 3BOMB 1X46A 1Y4PA 3PT8B 2GKNA 4MQIA 1Y7CB 4MQGA 3UHUA 1ECDA 1MYFA 1NWNA 1GCVB 1EW6A 1JZLA 3QJBA 3UGYA 1J40A 2QLSA 3NMMA 3GOUB 3AT6B 1OR4A 2ZS1B 4N7OA 2EB9A 1JZMA 2MYEA 1MDNA 1YHUB 2G10A 3AT5B 3KUOA 3ZJSA 3QM8A 3UH5A 2D60B 1N9FA 2RAOA 1VXAA 2G0VA 1NZ4A 3ZJLA 1HV4B 1MNIA 2ZLVB 3A0GA 3UHXA 5KERB 3AQ5A 3MYMA 1VRFA 1BZ1B 1J52A 4QAUA 1MBIA 1MWCA 2DN1B 2HZ2A 2H8FB 4AVDA 2AA1A 2MHBB 2MGFA 1C7BB 4UZVA 4TWUA 1A4FA 3IC2A 2SPMA 2G14A 1MNKA 3OO5B 4F6IA 1LH5A 3UHIA 3HF4B 2ZS0B 1CLSA 1Y4QB 1C40A 1MOBA 1Y46A 1Y0CB 2GRHA 2W6YA 1Y0WA 1LFQB 4LPIA 6HBWB 4HHBB 1OUTB 3UHBA 1KR7A 4FH6A 2E2YA 3GKVB 2GTLC 1NEJA 1CG8A 1DLYA 5C6EA 3UI0A 3GYSA 1MLGA 1V75A 3K9ZA 1GBUB 1AJ9A 1PMBA 1Y7ZA 3A59A 4ODCB 3BCQB 1J3ZA 1RTXA 2HCOA 3UH7A 3AG0A 4H0BA 1O1IA 1F63A 1NWIA 3H58A 1C7CA 1ABSA 1RTEA 1UIWB 4NXCA 1MLKA 1Y0AB 4NI1B 3D4XA 5JGGA 2ZFOD 1Y5JA 4HRTB 1S0HA 5KDQB 2ZSYA 1HHOB 108MA 1FAWA 3O89A 1XZVB 1MLJA 3OZWA 1Y4PB 2GNVA 3S65B 4MQIB 4MQCA 1LA6B 2LH7A 3ARJA 5CN6A 1LJWA 1W92A 1XQ5A 3QJBB 1HDSB 3BJ1A 4U8UB 1J40B 1PBXA 2QLSB 2BKMA 4WJGA 2O58X 2VLYA 4MBNA 1HGCA 1CO8A 2D5ZA 2BW9M 1JZKA 2ZLXB 5HY8A 3H57A 5E6EB 1YEUA 3S48C 1LTWA 1GVHA 3D17A 1DXDA 3ZHWA 1Y09B 1Y0TA 1X9FC 3HHBA 1YIHA 3DHTB 5ILEA 3HC9A 1MGNA 1Y4VB 1Y8WB 2RAOB 1VWTA 1YDZA 2HBFA 4F4OB 3A0GB 1Y5FA 1MYGA 1GCWA 1HDBB 1MOHA 5HLXA 2XKHA 1YEOB 4UURA 1G08A 2G3HA 4MQHB 1CMYA 3PT7A 5HAVA 1NZ2A 4NI0A 1A4FB 3GQGA 3W4UB 1NS6B 103MA 1IRCA 1CH4A 2O5BX 5EYJA 3OJ1A 1BABB 1YHUC 3NG6A 1A3NB 1RVWA 1C40B 1MLSA 1CH3A 3KMFC 3QM9A 2EVPA 2ZLWA 1Y0WB 2HBGA 1Y22B 3GDJB 1HGBA 2VLXA 1X3KA 5HLQA 3B75B 1MLNA 4L2MA 1J3YA 1OBMA 1Y31B 4HRRA 1CG8B 2QRWA 1A0ZA 3GYSB 1V75B 2GTLA 1ASHA 1GDLA 1Y7ZB 3A59B 4O4TA 1J3ZB 1J41B 2D2MA 2HCOB 1QSHA 1LFZB 1SDLA 2ZSSA 1RQ3A 2DC3A 3G4WA 3PI3A 4KJTA 5CN4A 1YVTA 5JGGB 2BLJM 1OUUB 2MGEA 3TM3A 3VRFA 1Y5JB 5CNFA 1YGFA 1J7YA 1FAWB 2VM0A 4XDIA 4G1VA 1FN3A 4HSWA 1O1KB 2EKUA 1SPGA 1O1PA 1YMCA 4B3WA 1COHA 3ECXA 4YU3A 1EBTA 2SPOA 1Y4BA 3HRWB 1S5YA 1YOGA 1ITHA 1LJWB 1XXTA 3A5AA 4O1TA 3DUTA 1PBXB 1H97A 2FRFA 4FWYA 1TU9A 1HGCB 1BZRA 2D5ZB 1FHJA 5CHRA 5HY8B 1MYHA 1Y4FB 1MBCA 3D17B 1C7DA 1MKOA 1YIEA 5EU2A 2HHDA 5EOHA 1G0BB 3G4RA 1RQ4A 5KKKA 1CQ2A 2W6VB 1NQPA 3M39A 3UH3A 2R80B 3A9MA 2W6XA 1DUOA 1BZZA 2HBSA 3HENA 1HCOA 1GCWB 4ROLA 3PT8A 2H35A 3ECLA 1G08B 5D1VA 2MGMA 3PT7B 3ZJRA 1HABB 1J7SB 1MLQA 1S61A 3LHBA 4WCHD 3GOUA 3AT6A 1CIOA 2ZS1A 2MGLA 104MA 1DWRA 2ZFOB 3NG6B 4H2LA 1QI8B 2ZLWB 2GRFA 1YE2B 109MA 1A00A 1BINA 2HBDA 3OK5A 1HGBB 4HBIA 1CH7A 1J3YB 1YMAA 3PI2A 3QZZA 2GRZA 1AJGA 5KERA 5D5RA 3G4VA 3AQ8A 2DN1A 2H8FA 2ZFBA 5ILRA 3WCUD 1BIJB 3LB1A 1MLRA 2Z6SA 2MGAA 1JL6A 1MOCA 1MBOA 2HHEA 1HGAB 4NK1A 5MBNA 4JACA 2EVKA 2DN2A 1F5OA 4PQBA 1OR6A 2PGHA 5CNBA 3BA2A 1MLMA 3K8BA 1Y45B 1SHRA 3HF4A 2ZS0A 2OIFA 1NZ3A 5E29B 5C6YA 101MA 1TESA 3LR7A 1VREA 1A0UB 5B85A 6HBWA 3BJ3B 3EDBA 5EETA 1LH3A 3OZVA 3D1AB 1SPGB 3GKVA 1YCAA 2LH3A 1COHB 3A5GA 2XKGA 1Y4BB 1GBUA 1NGKA 1D8UA 3DUTB 1DO3A 2ZLUB 2VEEA 1KFRA 4F6FA 4N7PB 5CNCA 1Y7DB 2NX0A 3UHGA 1THBB 1BVCA 2HZ3A 4TYXA 1JY7B 1BVDA 3AQ6A 1UIWA 5JDOE 3QM7A 4ZVAA 1LH1A 1JP8A 1MKOB 1LUEA 2OHAA 1MYMA 3IXFA 1RQ4B 2AUOA 1CH1A 1H1XA 1YZIA 1NQPB 2FRIX 3NFEA 4HRTA 5KDQA 3UHQA 1MLHA 1HHOA 1VXGA 4MPMA 3MVCA 1BZZB 1XZVA 4DWUA 3UHZA 1HCOB 1DXVA 3G52A 3WI8A 2W6WA 3S65A 1YOIA 2GDMA 2H35B 1LA6A 4UIQA 1Y7GB 1QXDA 3S1IA 2MB5A 1M6MA 1HDSA 4U8UA 4XS0B 1K0YB 1OJ6A 1VXDA 2ZLXA 4HSXA 2ZSOA 2VYZA 5E6EA 4H2LB 4OODA 1ABWA 1Y09A 3ZJPA 3DHTA 1A00B 1MODA 106MA 2MGDA 1BZ6A 3EOKA 2HBDB 1Y85B 1Y4VA 1Y8WA 1YE0A 3QJEB 4O2GA 2V1GA 1CIKA 3K3UA 3P5QB 4F4OA 2W72B 1UT0A 1HDBA 2G0SA 1YEOA 1IT3A 1HBRA 3G4UA 2MGJA 2ZFBB 5CN8A 7HBIA 5F2AA 1JWNA 4TWVA 1N9XA 3D1KA 4MQHA 1XZ5B 2HHEB 1NPFA 2DN2B 2PGHB 3W4UA 1NS6A 4NXAA 3K8BB 4PNJA 1KD2B 1MYIA 1SHRB 1BABA 1A3NA 3GQRB 3ZJIA 1I3EA 1ECNA 1Y8KB 3CIUB 1EWAA 4N7NA 3AQ9A 1Y22A 3GDJA 3B75A 1YMBA 1MYJA 3E5OA 1Y31A 3ARLA 2DXMB 1MYZA 4GZGA 5M3SA 1YOHA 1V4WA 2D2MC 3HYUA 2G0RA 1RPSB 1SDKB 3R5IB 5HU6B 3LQDA 1Y4GB 2LH5A 4X0LB 1FDHG 1J41A 1LFZA 3E4NA 3OZUA 4IROA 5CN5A 1ECOA 1UVXA 2VLZA 4F6JA 4MQJA 3FS4B 2GL3A 1V9QA 1DKEA 3VREB 1N9HA 1OUUA 1YZIB 3WCTD 3NFEB 2HBEA 1XZ4A 2MYDA 1O1KA 2ZSTA 3WCUB 1DXVB 3WCPB 1QPWB 2W31A 1HRMA 1IDRA 1B86B 1MBNA 1QXDB 3HRWA 2HBCB 1MWBA 3G4QA 3MJUA 1CH5A 2R1HB 1JDOA 2V1IA 2O5QX 4ILZA 1ABWB 1G0AB 1Y4FA 2WY4A 3NL7A 3PIAA 1VXBA 3ZOLA 5EUIA 1A6NA 1G0BA 3EOKB 1Z8UB 1MTJA 1MLFA 1YE0B 2W6VA 2R80A 2LH6A 1VXHA 1CH9A 1FDHA 1V4XB 4F6BA 1HBRB 2WTHA 3TM9A 2CMMA 2R4YA 3D1KB 1UFPA 2VHBA 1HABA 1J7SA 2ZS1C 1NS9A 111MA 3WFTA 3UBVA 1WLAA 2NRMA 2BMMA 3GK9A 2BLIA 1Y4RB 2O5MX 2ZFOA 3WCTA 3QJCA 4AVEA 3TLDA 3MBAA 1HDAB 2G0ZA 1QI8A 3WR1B 4N7NB 3OGBA 5JDOF 1YE2A 1LFLB 4N8TA 3MYNA 3UGZA 3MKBA 3PI4A 5CHQA 1MNOA 1DWSA 2OH8A 1NAZA 1NPGA 1V4WB 3UHVA 1CQXA 3HYUB 1BIJA 1DUKA 3OVUC 3LQDB 3ZJHA 1A3OA 5MBAA 1HGAA 1WVPA 4IROB 3ZJNA 1F65A 4MAXA 3UHEA 1X9FD 2ZS0C 5JOMA 1U7SA 4MQJB 4PQCA 1Y45A 1O1LB 4PQ6A 1DKEB 1A01A 5E29A 4IT8A 3WCWD 2ZT4A 4MQKB 5AB8A 2HBEB 1XZ4B 1A0UA 2AURA 2OH9A 3QJDA 1V4UB 1YENA 3BJ3A 3LR9A 1BUWB 2ZSXA 3D1AA 1JW8A 4ESAB 2BNLA 5HLUA 2O5SX 1V5HA 2FAMA 3WHMA 2G0XA 1MNJA 2ZLUA 2XYKA 1CBLA 4N7PA 3MJUB 1YVQB 1Y7DA 1R1XA 2NSSA 1THBA 1JY7A 1JP6A 4OF9A 3LB3A 3NL7B 1SWMA 5CN7A 3PIAB 3ODQA 2FRJX 5EUIB 2O5OX 1HBSB 1A6GA 2V1JA 1CH2A 1Y0DB 1ECAA 2V1EA 1CP5A 2ZWJA 3QM6A 3O7NA 1NXFA 1N9IA 3PI1A 3ASEA 2V1HA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3A9MA

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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