The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
55
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sequence length |
147
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structure length |
147
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Chain Sequence |
VDWTDAERSAIVGLWGKISVDEIGPQALARLLIVSPWTQRHFSTFGNLSTPAAIMGNPAVAKHGKTVMHGLDRAVQNLDDIKNTYVTLSVMHSEKLFVDPDNFRLLADCITVCVAAKLGPAVFSADTQEAFQKFLAVVVSALGRQYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Trout Hemoglobin Crystal Structure at 1.35 Angstroms Resolution.
rcsb |
| molecule keywords |
Hemoglobin subunit alpha-4
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| molecule tags |
Oxygen storage/transport
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| total genus |
55
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| structure length |
147
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| sequence length |
147
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-12-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3ECX A; 2VM0 A; 1NEJ A; 1UIW B; 1HAC B; 2MGG A; 1G08 A; 3ZHW A; 1JW8 A; 3M39 A; 2HZ1 A; 1DXC A; 1FHJ B; 2VYZ A; 1O1K B; 3SZK B; 2G12 A; 5JDO F; 2EKT A; 3P5Q A; 3PI1 A; 3GQG B; 5HY8 A; 1I3D A; 1Y35 A; 2SPM A; 3IC0 A; 3LB3 A; 3UHI A; 1HLM A; 1CBL A; 1QXE B; 1G09 A; 1JF4 A; 1FSX A; 2PEG B; 2GTL C; 1ECA A; 1DLW A; 2HCO A; 1YFF A; 1Y4P A; 3WFT A; 1CO8 A; 3PI2 A; 2AUQ A; 1DO1 A; 2G3H A; 1Y5F B; 1NWN A; 1O1L B; 1YGF A; 2DN1 B; 1MYT A; 1V4U A; 2NSR A; 5CNB A; 5EUI B; 1CP5 A; 3WFX A; 5CNE A; 1MLL A; 2ZS1 D; 4XDI A; 1MNI A; 5M3S A; 1LH1 A; 3QM8 A; 1LUE A; 1RPS A; 4HRT A; 1IWH B; 4YU3 A; 1Y2Z B; 2BMM A; 3CIU A; 1J7W A; 1LFL A; 1S61 A; 3UI0 A; 1EBT A; 3SDN A; 3LR7 A; 2VEE A; 3ZJN A; 3MYN A; 1Y7Z B; 2SPO A; 112M A; 2HBF A; 1OR6 A; 2RI4 B; 4MQJ A; 1YZI A; 3OO5 B; 2AV3 A; 4M4B B; 1YE2 B; 5EYS A; 2Z8A A; 3AT6 B; 1F5O A; 1HGA B; 3MJP B; 3WR1 B; 3WCV B; 1YVQ B; 1O1O B; 1LH2 A; 1G9V A; 1MBD A; 2GRZ A; 1YVT A; 1DXU A; 1EBC A; 2ZLU A; 1V75 A; 4MQK A; 3ZJH A; 3NFE A; 4LPI A; 1LFZ A; 2W6V A; 1J3F A; 2MGH A; 2C0K A; 5EE4 D; 3QQQ A; 1MOH A; 1RVW B; 1HCO B; 2O5S X; 4WCH D; 1DO3 A; 2Z6N A; 4DC7 A; 1OJ6 A; 1UVY A; 1CH7 A; 3E55 A; 3UGZ A; 1GCW B; 1OUT A; 111M A; 1YH9 B; 4MBN A; 3AQ6 A; 5E29 B; 1A9W E; 5KKK A; 4PNJ A; 3VRF A; 3UBV A; 1BIJ B; 1CLS A; 1JZL A; 4F6I A; 2V1I A; 4WJG A; 1DO4 A; 1IRC A; 3WCW A; 1YHE B; 2MYD A; 3GQP B; 1AJ9 A; 4F4O B; 2ZFO A; 3G53 A; 1COH B; 1N9X A; 2FAM A; 3AQ7 A; 3OJ1 A; 1G0B B; 1MYJ A; 3V2Z A; 3OVU C; 5SW7 A; 1N9I A; 1HHO B; 2O5L X; 4U8U D; 1UFJ A; 2HBC B; 2ZT4 A; 3K8B B; 1MNJ A; 1Y4R B; 1SWM A; 5HBI A; 3DR9 A; 3GYS A; 5MBA A; 5ILR A; 3PT7 A; 3MJU A; 4IRO B; 2WTG A; 1SHR B; 103M A; 2M6Z B; 1C40 A; 4N7N A; 2D2N B; 3G46 A; 3R5I B; 2R80 B; 3FH9 A; 1LFT B; 5KDQ A; 2XYK A; 3S65 A; 1Y5K A; 3WCT C; 2OIF A; 1SDK B; 3AG0 A; 1A01 B; 4AVE A; 2ZS0 C; 3G4W A; 4DWU A; 1CIK A; 1DXV A; 1YIH A; 1ASH A; 1YEV B; 2AA1 B; 3HC9 A; 2MBW A; 2O5B X; 1V5H A; 110M A; 1N9F A; 3M3A A; 1Y85 B; 1Y0D B; 2MGI A; 1Y46 A; 1WMU A; 1XZU B; 1F5P A; 1J7S A; 1Y45 A; 4NI0 A; 2ZT0 A; 1CQ2 A; 2O5Q X; 3ARK A; 1DLY A; 1BAB B; 2MGE A; 1HBB B; 1HDS A; 101M A; 1IRD A; 3PIA A; 2D60 A; 1Y4Q A; 2H8F A; 1ABS A; 5EYJ A; 4G51 A; 1QI8 A; 3S48 C; 3UHU A; 4VHB A; 1LFV B; 1LH5 A; 3ZH0 A; 2GRH A; 3HYU B; 1UIW A; 2DC3 A; 1HAC A; 3BJ2 B; 1MLR A; 1MLN A; 2GTL B; 1FHJ A; 1EMY A; 1O1K A; 2HBE A; 4HBI A; 2BKM A; 1HBS A; 1YG5 B; 3LQD A; 1MYM A; 1MTK A; 4XS0 B; 1S0H B; 3WCU C; 5F2A A; 4OOD A; 1VHB A; 3ARL A; 3R0G A; 2W31 A; 3D4X B; 4H2L B; 1D8U A; 2GLN A; 2QSP A; 1YMB A; 3K3U A; 1UFP A; 1G0A B; 1A0Z A; 1A6G A; 1X9F C; 4FH7 A; 2HHE A; 1M6M A; 2QRW A; 3BJ3 A; 1DM1 A; 3GOU B; 4MQH A; 5CHR A; 2DN1 A; 1Y83 B; 3QJB B; 1J52 A; 3VHB A; 3S66 B; 1YMC A; 1M6C A; 2R50 A; 2V1G A; 4ODC B; 5C6Y A; 4JAC A; 1DXD A; 1MLG A; 1QXD B; 2GNW A; 2QLS A; 1MNH A; 1RQA A; 1YOI A; 1IWH A; 1J41 A; 1GDI A; 5JDO D; 1XQ5 B; 3NL7 A; 1V4X A; 1Y4V B; 2W72 A; 1O1N B; 1MOC A; 2ZT1 A; 1YHU C; 2NRL A; 1C7D A; 1Y7Z A; 1JY7 A; 4N7O B; 1Y09 B; 4OF9 A; 3OO5 A; 5C6E A; 3UH5 A; 4M4B A; 1YE2 A; 3OK5 A; 3QJC B; 3WCW D; 2QSS B; 3UHE A; 1KR7 A; 3ZJO A; 1GCV B; 2ZFO D; 3AT6 A; 1DUO A; 1HGA A; 2ZSR A; 3HF4 B; 2HBS B; 1MOD A; 3WR1 A; 4NXA A; 1O1O A; 3GKV B; 1Y0T B; 1J7Y B; 1GZX A; 1VXE A; 3LB4 A; 1Y0A B; 1JL6 A; 3UHV A; 2RAO A; 2Z6S A; 1DTI A; 5HU6 B; 3EDA A; 5EOH A; 1IDR A; 3EOK B; 1BZR A; 3BA2 A; 1RVW A; 2EB8 A; 4MQG B; 3VRG B; 1JP8 A; 2O5T X; 1CG8 A; 3UH6 A; 1HBR B; 1GCW A; 1MLO A; 1VXF A; 3ONZ B; 1YH9 A; 3PT8 B; 4O2G A; 4O4T A; 1VXC A; 4GZG A; 2NX0 A; 5CN5 A; 1WVP A; 4KJT A; 3NG6 B; 1LH3 A; 3VRE B; 1NZ2 A; 2HHB A; 1ECN A; 1YEU B; 3ZOL A; 1A0U B; 4U8U A; 1MZ0 A; 3DUT A; 1Q1F A; 2H8D A; 1LFQ B; 5HLQ A; 2MGK A; 1U7R A; 1Y7G A; 3PI8 B; 1HRM A; 3G4R A; 1YHE A; 3GQP A; 4F4O A; 1S5X B; 3D1A B; 3ZOM A; 1URV A; 3KMF C; 2HZ3 A; 2PGH A; 5CN6 A; 3ECL A; 1HHO A; 3S1I A; 1MLS A; 1Y8K B; 5CN7 A; 1LFY B; 1Y4R A; 3WTG A; 3WCT B; 4HHB B; 1MLK A; 3EU1 B; 1LHT A; 1YE0 B; 1BZP A; 4NS2 A; 3QJD A; 6HBW A; 2ZS0 B; 4IRO A; 1MLJ A; 1NIH B; 1SHR A; 1J3Y B; 3QJE B; 3PEL B; 1XYE A; 2M6Z A; 2MYB A; 1LA6 B; 2D2N A; 2IG3 A; 1Y7D B; 4F6F A; 3R5I A; 2R80 A; 2ZLT A; 1KFR A; 1O16 A; 3G52 A; 5EQM A; 3OO4 B; 1BBB B; 1DXT B; 1EWA A; 3WCP B; 4ZVA A; 1ABY A; 1NQP B; 3LB2 A; 2XKH A; 1FN3 A; 1SDK A; 1A01 A; 1QSI B; 2LHB A; 3ARJ A; 1MBS A; 1Y8W B; 5EET A; 1Y31 A; 2AA1 A; 1QPW B; 3MKB B; 1TES A; 3UHW A; 1Y85 A; 5CHQ A; 1Y0D A; 2HBD B; 1Y5J B; 2ZSZ A; 3W4U B; 2ZS1 B; 2BNL A; 5CNF A; 1OUU B; 5B84 A; 1OBM A; 2OH8 A; 1XZ4 B; 1BAB A; 2FRI X; 3MN0 A; 1HBB A; 4NK2 A; 1HBH A; 2BLH A; 2G11 A; 1F63 A; 2MYA A; 2HHD A; 2DN3 B; 3HRW B; 3AT5 B; 3G4Q A; 3E4N A; 1IT3 A; 3UHG A; 1Y4G A; 1K0Y B; 1JEB A; 3HYU A; 1CQX A; 1B86 A; 3WCU B; 1C7C B; 1GBU B; 3BJ2 A; 2G0S A; 3BJ1 A; 1XZV B; 1O1M B; 2MHB B; 1DKE B; 2W6W A; 3GLN A; 2G0Z A; 1X9F B; 3U3E A; 1XXT A; 2R1H B; 2ZLV B; 1Y4F A; 2OHA A; 3NML A; 1YEQ B; 3QMA A; 4FH6 A; 2D6C A; 3MVC A; 3UHB A; 1S0H A; 1MNO A; 1XZ2 A; 1MDN A; 3D4X A; 4H2L A; 4KMW A; 3ZJI A; 3FS4 B; 2FRF A; 1SDL A; 4M4A A; 1G0A A; 5E83 B; 3DHT B; 1B0B A; 1HGC B; 1HAB A; 3DHR B; 1CH2 A; 4N8T B; 1VXD A; 1CG5 B; 3WCV D; 4F6B A; 2MGJ A; 3KUN A; 1CBM A; 1IOP A; 1V9Q A; 1M9P B; 3S66 A; 2VYW A; 4NXC A; 1CO9 A; 2VHB A; 3AQ9 A; 1YHU B; 3WHM A; 3MBA A; 2R4Y A; 2ZLW A; 3HEO A; 7HBI A; 4N7P B; 4QAU A; 1A9W A; 1R1X B; 2D2M C; 1O1N A; 1X3K A; 3QM7 A; 3H58 A; 3HEP A; 1MTI A; 1Y0W B; 1RQ3 B; 4N7O A; 1Y09 A; 5CMV A; 5D5R A; 5MBN A; 3QJC A; 2QSS A; 4ILZ A; 3UHC A; 2ZSY A; 3ODQ B; 1GCV A; 1BZ1 B; 5CNG A; 6HBI A; 2FRJ X; 1JF3 A; 1YHR B; 1THB B; 1PBX A; 1FLP A; 1A3O B; 2HBS A; 1Y8I B; 3PI4 A; 1Z8U B; 1URY A; 4UIQ A; 3LR9 A; 3GKV A; 3WFW A; 1Y0T A; 1J7Y A; 4FWY A; 1LJW B; 4F6D A; 1YOH A; 5E6E B; 1Y01 B; 1MYG A; 2B7H B; 1Y35 B; 2VYY A; 1GBV B; 1MLU A; 1G09 B; 2D2N D; 1GLI A; 2DXM A; 1HBR A; 1FDH G; 1S6A A; 1XZ5 A; 3ONZ A; 1CH5 A; 2G0X A; 1R1Y B; 1SPG A; 3OZW A; 2IN4 A; 4B3W A; 2OHB A; 3NG6 A; 3RGK A; 3VRE A; 1SI4 B; 1YEU A; 4ROM B; 1VWT A; 1MBN A; 1JPB A; 2G0R A; 104M A; 2ZT3 A; 3E5I A; 1A6N A; 3PI8 A; 1U7S A; 1IBE A; 5JGG B; 2V1K A; 1S5Y B; 1H1X A; 2V1H A; 3D1A A; 2VLZ A; 4KN3 A; 1NGK A; 3QM5 A; 1NZ5 A; 3A2G A; 2ZS1 C; 1C7B A; 3G4Y A; 3TM9 A; 3UH3 A; 1VRE A; 1K1K A; 1O1I B; 3M3B A; 4UUR A; 4O4Z A; 4YU3 B; 3UBC A; 1O1P B; 1J7W B; 5IKS A; 1LFL B; 2KSC A; 4HHB A; 2EVK A; 1YE0 A; 1GDK A; 4F6J A; 3SZK A; 1Y7C B; 1VXA A; 2ZS0 A; 3RJ6 A; 3GQG A; 1CH1 A; 1J3Y A; 3QJE A; 1BVD A; 1H97 A; 1Y0C B; 1LA6 A; 1CP0 A; 1ECD A; 1QXE A; 4AVD A; 4MQJ B; 1YZI B; 2MYC A; 1UMO A; 2PEG A; 2D5X B; 2GTL D; 2V1J A; 2ZLX B; 1NQP A; 4MQC B; 4TYX A; 2VRY A; 1NZ3 A; 4H07 A; 1BUW B; 4ESA B; 1XZ7 B; 1QSI A; 2QMB B; 1YIE B; 1A3N B; 2MGC A; 1Y8W A; 1MYI A; 1Y5F A; 3A0G B; 1QPW A; 2OH9 A; 1YVT B; 1XCH A; 1O1L A; 3QM9 A; 4MU5 A; 2ZWJ A; 4ROL B; 2SPN A; 2ZLU B; 1V75 B; 3UHY A; 3NFE B; 2AUP A; 2FAL A; 1FDH A; 2ZSP A; 3HEN A; 5EUI A; 1VRF A; 2YRS B; 1DWS A; 5EE4 C; 1XZ4 A; 2Z6T A; 108M A; 4HRR B; 102M A; 1BZ0 B; 2H35 B; 3QM6 A; 3S1J A; 4UZV A; 3LB1 A; 1OUT B; 1Y2Z A; 2DN3 A; 1MOA A; 3AT5 A; 3D7O B; 1BZ6 A; 4NI1 B; 4MAX A; 3VRF B; 2NRM A; 1QSH B; 1HSY A; 1UT0 A; 3MOU A; 1I3E A; 3WCU A; 1GBU A; 2ZSQ A; 2RI4 A; 3QQR A; 1XZV A; 3WCW B; 1O1M A; 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3H57 A; 1LTW A; 1A6M A; 1LFT A; 2HBE B; 5E6E A; 1LH6 A; 3WCT D; 3UHT A; 1VXG A; 5CN4 A; 1ABW B; 1HBS B; 2Z85 A; 1HBA B; 2B7H A; 1J3Z B; 5CN8 A; 3LQD B; 2ZFB B; 4X0L B; 1GBV A; 2ZS0 D; 4TWU A; 3A5G A; 3ZJJ A; 5CN9 A; 4MQI B; 4PQB A; 5HLX A; 2G10 A; 4DWT A; 1YEV A; 1DUK A; 3ZJP A; 1R1Y A; 1DWT A; 2QSP B; 3KMF A; 1VXH A; 1A0Z B; 3ASE A; 3UHZ A; 2HHE B; 4SDH A; 1SI4 A; 1XZU A; 3BJ3 B; 4ROM A; 2XKI A; 2VEB A; 4MQH B; 5ILE A; 3HXN B; 3D17 B; 5AZR A; 5JGG A; 1MLF A; 1S5Y A; 3G4V A; 4HSX A; 5HAV A; 1J40 B; 1OFJ A; 2HBG A; 4FWZ A; 5JOM A; 3PI3 A; 1MOB A; 1LFV A; 5HLU A; 1YDZ B; 1O1I A; 2QLS B; 1RQA B; 4PQ6 A; 1J41 B; 1BIN A; 1Y4B B; 1O1P A; 2ZSO A; 2GTL A; 5JDO C; 2MGL A; 3NL7 B; 4MXK A; 3ED9 A; 109M A; 1V4X B; 1Y7C A; 4MBA A; 2VLX A; 3OGB A; 3PI9 B; 2W72 B; 1YG5 A; 1S56 A; 1C7D B; 1Y0C A; 1JY7 B; 2G0V A; 3ECZ A; 3WCU D; 5C6E B; 4XS0 A; 1PMB A; 2D5X A; 2GDM A; 2ZLX A; 2D5Z B; 3M38 A; 1NZ4 A; 1MTJ A; 4MQC A; 3WCW C; 1CMY B; 1X9F D; 4HSW A; 3BOM B; 2ZFO C; 1BUW A; 3UHH A; 4ESA A; 1XZ7 A; 1Y22 B; 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