The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
62
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sequence length |
153
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structure length |
153
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Chain Sequence |
VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Visualizing breathing motion of internal cavities in concert with ligand migration in myoglobin
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Myoglobin
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| molecule tags |
Oxygen transport
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| total genus |
62
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| structure length |
153
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| sequence length |
153
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-08-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4PQC A; 5AZR A; 108M A; 3EOK B; 1LFY B; 3A5B A; 2H8F A; 1HSY A; 1RQA B; 3K8B B; 3K3U A; 5CN9 A; 1CG8 A; 1XZU A; 3B75 B; 5IKS A; 3QMA A; 1HHO A; 3MJU B; 4YU4 B; 5SW7 B; 3ZHW A; 2VYY A; 3KMF C; 1CPW A; 1HDA B; 4L2M A; 1MKO B; 3G53 A; 2QLS A; 2ZLT B; 1RQ3 A; 4X0L A; 2QU0 A; 4NI1 A; 3OZW A; 1OBM A; 1COH B; 2RAO B; 1Y46 B; 2PGH B; 2EVK A; 4TWV A; 1LTW A; 103M A; 2GRH A; 1Y8H A; 1G0A B; 3KUO A; 1BZZ B; 1N9H A; 3NG6 A; 3AQ7 A; 3QM9 A; 2RI4 A; 2H35 B; 2O5M X; 1FDH A; 4HSW A; 2OLP A; 1MDN A; 1KD2 B; 1DXT A; 4UIQ A; 1J3Z B; 1MYH A; 2WTG A; 3OZV A; 2ZSP A; 4H2L A; 1UVX A; 1XZ5 B; 2LH1 A; 1AJ9 B; 1HCO B; 1C40 A; 1DUK A; 3UHU A; 1Y5J B; 5E83 A; 4NI0 B; 3WCV A; 1WMU A; 3IC2 A; 1G09 A; 1CIO A; 4N7P B; 3VRE B; 2MGK A; 2PEG B; 3UHE A; 1VXB A; 2BK9 A; 3ZJI A; 1Y7C B; 1S61 A; 4HSX A; 1V4X A; 2W6X A; 1DKE A; 1HBB B; 2BMM A; 1GDJ A; 1CMY B; 3FH9 A; 2MGI A; 3NFE B; 1BZR A; 3AQ6 A; 4PNJ A; 4SDH A; 1O1P B; 1M9P A; 1BAB B; 1Y4F A; 1GZX B; 1VXF A; 4KMV A; 2MGH A; 1G9V A; 1O1M A; 2SPM A; 1VXE A; 3WCW B; 3A59 B; 3GQP B; 109M A; 4XS0 A; 1YOH A; 1FDH G; 1HGB A; 2H8D B; 1MOA A; 1LHS A; 2EKT A; 2HBE A; 5B84 A; 1HGC A; 1MNK A; 4U8U B; 2ZFO A; 1MLF A; 1A00 B; 1Y22 A; 1C40 B; 4L7Y B; 2W72 A; 3MBA A; 1Y35 B; 3G4Y A; 1CBL A; 1HDB B; 1MBS A; 1MLJ A; 3RJ6 A; 3GYS B; 2HBC B; 3AT6 A; 1OJ6 A; 1S5X A; 3EU1 B; 1BIJ A; 1YE2 A; 5JOM A; 1V4X B; 1CO9 A; 2HBF B; 1G08 A; 2SPN A; 1I3E A; 4N7N A; 4MBA A; 1G9V B; 1MLO A; 1HLM A; 1DXU A; 1CG5 A; 1DTM A; 3GQG B; 3G4Q A; 3WCP B; 1CQX A; 3OK5 A; 1GJN A; 3WFU A; 5JGG B; 1LFV B; 1DWR A; 1LFZ B; 1BZP A; 2XKI A; 4G51 A; 3QJB A; 3KUN A; 2ZT1 A; 2BW9 M; 1JP6 A; 2HBE B; 2ZLU B; 3S65 B; 3MYN A; 1J40 B; 2MYB A; 3QZX A; 1ECD A; 2AA1 A; 1EW6 A; 2GLN A; 1CP0 A; 5HU6 A; 3OZU A; 3BCQ B; 5KER A; 1DLW A; 4IRO B; 2R4X A; 3MJP B; 5EOH A; 2ZLW A; 2AUP A; 2G10 A; 1F65 A; 3GLN A; 1YIE B; 3WCV C; 5JDO F; 1S5X B; 2V1F A; 1XZ7 B; 3SDH A; 5KDQ B; 1Y8K A; 1EBT A; 1RSE A; 1BJE A; 1SPE A; 1NPG A; 1K0Y A; 2DXM A; 4MQG B; 3PIA A; 2VEE A; 1YHR A; 1XZV A; 3UHW A; 1Y4P B; 2E2Y A; 3UHG A; 6HBI A; 2O5T X; 1B86 A; 1A6G A; 1PBX A; 1Y7G A; 4ZVA A; 1N9F A; 1NS6 A; 4IT8 A; 3LR7 A; 2W6V A; 1YHU A; 1MYI A; 1HAC B; 1Y09 B; 1YG5 B; 3PI1 A; 3ARK A; 2D6C A; 3UBV A; 1XZ2 A; 2GRF A; 1IDR A; 3D7O B; 3RGK A; 1J7S B; 1K1K B; 1QXD B; 3W4U B; 3VRG B; 4HRR A; 1ABW A; 2ZFO C; 2ZLW B; 4NZI A; 5CND A; 1LFL B; 4N7O B; 2M6Z B; 3ARL A; 2W72 C; 3ZJO A; 3OVU C; 1NQP A; 1A3N B; 1Y0A A; 2C0K A; 3PEL B; 2Z8A A; 3R5I A; 3G4W A; 1V07 A; 1DWS A; 2MBW A; 1J41 A; 1MTJ A; 1DXV A; 1Y0W B; 3QJD B; 4MQH A; 1FHJ A; 1GLI B; 2W6W A; 1JZM A; 4B4Y A; 1IT3 A; 3QM5 A; 2ZFO D; 1CP5 A; 1MZ0 A; 3OJ1 A; 2VLZ A; 4MXK A; 3M3B A; 2D2M A; 5HLQ A; 3UBC A; 5CNE A; 3H58 A; 1O1O A; 1F5O A; 1VWT A; 1OR4 A; 1Y4R A; 2VYW A; 1J7Y A; 1MLR A; 6HBW A; 2GKN A; 1XCH A; 4BJA A; 5HY8 B; 1BUW A; 1IBE B; 1H1X A; 3QM6 A; 1S6A A; 1YCB A; 3ASE A; 1UFJ A; 2MB5 A; 1MCY A; 1GCV A; 2DN3 A; 1Y0C A; 3GOU B; 1XYE A; 3CIU B; 3CY5 B; 1HV4 B; 1YCA A; 3R5I B; 3UHC A; 5C6E B; 3WTG B; 1XY0 B; 3BJ2 B; 2WY4 A; 5HLX A; 1UT0 A; 3GKV B; 2QSP B; 106M A; 4FH7 A; 5EU2 A; 3UH5 A; 2ZSX A; 4YU3 A; 2NRL A; 2IN4 A; 3QQR A; 3QM8 A; 1Y85 A; 3GQR B; 2G3H A; 1C7B A; 3ZOM A; 2OHB A; 3ZJP A; 5CHQ A; 2D2M B; 1BIN A; 1JEB B; 1CLS B; 1R1Y A; 1IRD B; 3PI8 A; 1O1O B; 1URV A; 1JY7 A; 1RPS A; 2ZLX A; 3E4N A; 1BZ1 A; 3UHT A; 2Z6N B; 6HBW B; 3G4R A; 1T1N A; 1LH1 A; 3D1A A; 4JYQ A; 2D5X A; 1DTI A; 1YHU C; 2W6Y A; 1S69 A; 1ECN A; 2EKU A; 1A9W A; 2V1I A; 3ZJN A; 1MBI A; 5EUI A; 1R1X B; 2O5B X; 3NMM A; 3HEP A; 1Y01 B; 2XYK A; 1RVW A; 1GDK A; 4M4B A; 4ROM A; 1SDL A; 2XKH A; 1QXE B; 1XQ5 B; 2DHB B; 1N9X A; 2HZ2 A; 2O5S X; 1YEQ B; 1LFY A; 1L2K A; 3ECL A; 1HRM A; 2D5Z B; 3K8B A; 3M39 A; 4O4T A; 3A5A A; 1HBR B; 1MLS A; 3V2Z A; 1YHU D; 3D17 B; 4MU5 A; 3B75 A; 3EDB A; 3DHT B; 3MJU A; 4YU4 A; 1V9Q A; 5SW7 A; 2ZT2 A; 1CBM A; 1HDA A; 3O7N A; 1MKO A; 1EBC A; 1HJT A; 1MBA A; 3OO5 B; 4M4A B; 2ZLT A; 4O4Z A; 1BVC A; 1UVY A; 2VRY A; 2ZS0 B; 3S48 C; 1MOC A; 1MYJ A; 1COH A; 4N8T B; 2MGM A; 1Y46 A; 2PGH A; 2RAO A; 1BZ6 A; 2AUO A; 1BZZ A; 3SZK B; 2D2M C; 1AJH A; 1Y4G B; 3D1A B; 4MQI B; 3UI0 A; 2D5X B; 3WHM B; 1HLB A; 2H35 A; 1SI4 B; 5C6Y A; 1KD2 A; 3QJE B; 1J3Z A; 1YDZ A; 3G46 A; 3NMM B; 1RVW B; 101M A; 4ROM B; 1SDL B; 3MYM A; 1V4U B; 1AJ9 A; 1HCO A; 1J3Y A; 1O1I A; 1S0H B; 1Y5J A; 3BJ1 A; 4NI0 A; 2D2M D; 1XXT B; 4UZV A; 1OUT B; 2MHB B; 4N7P A; 1A0U A; 3VRE A; 1M6C A; 2PEG A; 3GDJ B; 1YOG A; 3LB1 A; 1A4F A; 1Y7C A; 1YFF A; 3VHB A; 2HHD B; 1NZ2 A; 1HBB A; 1AJG A; 1CMY A; 1YGF B; 3NFE A; 3R0G A; 1RQ4 B; 1MYT A; 3P5Q B; 1O1P A; 2R4W A; 1MNJ A; 1BAB A; 1GZX A; 3PT7 B; 1MBN A; 1MOH A; 3UGY A; 2R1H B; 1OFJ A; 1TU9 A; 2V1J A; 4WCH D; 1S5Y B; 3WCW A; 3A59 A; 3GQP A; 1NS9 A; 1A6M A; 5HBI A; 1YDZ B; 3WI8 A; 3AQ8 A; 2H8D A; 1X3K A; 5AB8 A; 3BOM B; 1FCS A; 3ORD A; 3E55 A; 1CQ2 A; 2HBD B; 1MOD A; 2D60 B; 4U8U A; 1W92 A; 2HBS A; 1A00 A; 1J3Y B; 1O1I B; 4L7Y A; 3IXF A; 1SPG B; 2ZSN A; 2ZS0 D; 1CH3 A; 1OR6 A; 1VRF A; 3BJ1 B; 1Y35 A; 1MLM A; 1HDB A; 1A0U B; 1DO3 A; 3GYS A; 2FAL A; 1JF4 A; 2HBC A; 3WCU B; 1A4F B; 2B7H B; 3EU1 A; 1O1L A; 1CH9 A; 1YFF B; 3RJN B; 1Y8I B; 3UGZ A; 2HBF A; 1V75 B; 4PQ6 A; 3ZH0 A; 2OIF A; 1WLA A; 3MOU A; 3UHS A; 1OUU B; 1THB B; 2R50 A; 3GQG A; 1PMB A; 3WCP A; 5JGG A; 1J3F A; 1LFV A; 1LFZ A; 1NS9 B; 3BJ3 B; 2QRW A; 1LJW B; 3DR9 A; 5KKK A; 1QI8 A; 1YE0 B; 2ZLU A; 3S65 A; 1J40 A; 5CNC A; 2ZSS A; 3HXN B; 3HF4 B; 3IA3 B; 2GTL B; 4MQK B; 2HBS B; 3UHV A; 105M A; 5ILP A; 3BCQ A; 1UX8 A; 4IRO A; 3MJP A; 3DUT B; 2G0S A; 1YIE A; 4F68 A; 1XZ7 A; 5EQM A; 1O1L B; 5KDQ A; 3VRF B; 4UUR A; 4MQC B; 4MQG A; 1IRC A; 1Y4P A; 5JDO C; 5HLU A; 1YVT A; 5CN6 A; 1YEU B; 5EE4 C; 1JL6 A; 3ZJQ A; 1DUO A; 4FC3 A; 1YZI B; 1CIK A; 1NIH B; 107M A; 1Y09 A; 1HAC A; 1QI8 B; 1YG5 A; 3WCW C; 4B3W A; 1UMO A; 1Y31 A; 1GCW B; 2LH6 A; 3S1I A; 2MGE A; 2ZSR A; 5B85 A; 5EYJ A; 2BKM A; 3TLD A; 3D7O A; 5JDO D; 1Y45 B; 1J7S A; 1K1K A; 1QXD A; 3W4U A; 3VRG A; 4U8U C; 3A0G B; 1LFL A; 4N7O A; 2NRM A; 3HEN A; 4O2G A; 2M6Z A; 4ROL B; 5EE4 D; 1GBU B; 1A3N A; 3MKB B; 1C7D B; 3PEL A; 3WCW D; 2G0X A; 2FRJ X; 1VXG A; 4KJT A; 3UHB A; 1Y0W A; 2WTH A; 1S56 A; 3QJD A; 1GLI A; 3UHI A; 2R80 A; 3S66 B; 1DXD A; 1KR7 A; 2ZSO A; 1MLH A; 5E29 B; 1WVP A; 4U8U D; 1SHR A; 2SPL A; 2MGA A; 1YVT B; 1LH3 A; 1Y5F B; 1LH2 A; 3ZJS A; 4FC3 B; 3QJC B; 2KSC A; 1U7S A; 1Y5K A; 2MGJ A; 4XDI A; 3FS4 B; 3UHY A; 1Y31 B; 4ZVB A; 1RTX A; 5ILR A; 5HY8 A; 1IBE A; 3UH6 A; 1FSL A; 2BLJ M; 4ESA B; 3D1K B; 2HCO B; 1HBA B; 5CNB A; 5CHR A; 1Y2Z B; 1GDL A; 3GOU A; 4DWT A; 3UHD A; 7HBI A; 1H97 A; 3CIU A; 3AT5 B; 4F6B A; 4NS2 A; 3CY5 A; 1HV4 A; 1QSI B; 4NK1 A; 5C6E A; 1VRE A; 3WTG A; 1XY0 A; 1A0Z A; 1BZ0 B; 3BJ2 A; 3H57 A; 1CO8 A; 4ODC B; 1MLL A; 3GKV A; 2R80 B; 2QSP A; 1JWN A; 1QSH B; 5CN7 A; 1SHR B; 3HRW A; 4FH6 A; 3GQR A; 3QZZ A; 3LHB A; 2MYC A; 1V5H A; 1JEB A; 1CLS A; 2MGF A; 1IRD A; 3V2V A; 1YEV B; 1Y5K B; 2IG3 A; 1O1K B; 4MPM A; 4C44 A; 1EMY A; 1GDI A; 2Z6N A; 2G14 A; 1JP8 A; 1YIH B; 3WCT B; 2R4Z A; 3AQ9 A; 1V4W B; 1MNO A; 4NXA A; 2D2N B; 1G0B B; 3GKT A; 2OH8 A; 1R1X A; 5EET A; 2NSR A; 3GK9 A; 1F63 A; 2OHA A; 1QXE A; 1XQ5 A; 2DHB A; 1O16 A; 1YEQ A; 1MNI A; 3PI3 A; 3VAU A; 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2HBD A; 1FLP A; 1UIW B; 2D60 A; 2AUR A; 1NWI A; 1NEJ B; 1Y7D A; 2MGG A; 1SPG A; 4HRT A; 1YEO B; 4G1V A; 2ZS1 D; 4KN3 A; 1Y8W B; 4MQJ B; 1KFR A; 5E6E B; 2ZFB B; 3PI9 B; 2MYE A; 1JZL A; 2HZ1 A; 3WCU A; 2B7H A; 3G52 A; 1ITH A; 1HBH B; 1LFT B; 3DHR B; 1Y0T B; 3ZJL A; 1Y8I A; 2ZSY A; 1V75 A; 2MYD A; 3LB3 A; 1C7C B; 1FAW A; 1UC3 A; 3AG0 A; 2ZSQ A; 4QAU A; 1ECO A; 1OUU A; 3ZJH A; 2ZS0 C; 1THB A; 3NML A; 111M A; 1YH9 B; 4DWU A; 3LQD B; 1Y7Z A; 5CN4 A; 3SDN A; 3BJ3 A; 4H0B A; 1BVD A; 1LJW A; 1XZ4 B; 2HHB B; 1YE0 A; 3AQ5 A; 4TYX A; 2Z6T A; 1Y4B B; 3D4X B; 3HXN A; 3HF4 A; 4DC8 A; 2GTL A; 1A6N A; 1IOP A; 4MQK A; 2V1K A; 1Y7D B; 2G11 A; 4HRT B; 1NWN A; 1YGD B; 1MYM A; 1UX9 A; 1J7W B; 3DUT A; 1LA6 A; 4AVD A; 1MTK A; 2BWH A; 1LHT A; 1VXA A; 1UFP A; 4F4O A; 3UH7 A; 3VRF A; 2H8F B; 1CH4 A; 2V1E A; 4MQC A; 3UHQ A; 3ECX A; 1FAW B; 1CG8 B; 1MWD A; 3E5I A; 3UHX A; 1XZU B; 4VHB A; 2AUQ A; 1HHO B; 2VYZ A; 2QLS B; 1YEU A; 1MLG A; 1Y7Z B; 1RQ3 B; 4X0L B; 1DM1 A; 2QU0 B; 3LR9 A; 4NI1 B; 1YZI A; 2EVP A; 1FSX A; 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