The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
63
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sequence length |
153
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structure length |
153
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Chain Sequence |
VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Visualizing breathing motion of internal cavities in concert with ligand migration in myoglobin
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Myoglobin
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| molecule tags |
Oxygen transport
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| total genus |
63
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| structure length |
153
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| sequence length |
153
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-08-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NZ4 A; 1Y7Z A; 1O1O A; 1YVT B; 5CN5 A; 2SPN A; 5C6E A; 3DHR B; 3UH6 A; 4ESA A; 3LQD B; 1NPF A; 1H1X A; 4ROL B; 5EOH A; 1DO7 A; 4TWU A; 3WHM A; 1CO8 A; 4BJA A; 1O1N B; 2O5B X; 1HGB B; 2AUO A; 3ZH0 A; 3GQR A; 4DC8 A; 2VYW A; 3PI3 A; 2D2N C; 3S48 C; 1V4X B; 5EU2 A; 1IWH A; 4G1V A; 3SZK B; 3IC2 B; 3D1A B; 1LFL A; 1GLI A; 2ZSQ A; 3A0G B; 1C7B B; 1OUU B; 1K0Y A; 3D17 B; 1VXD A; 1HDS B; 2ZS0 B; 2FRK X; 5D1V A; 1CO9 A; 3M3B A; 1ABW A; 3IC0 B; 1A4F B; 4PNJ A; 5CND A; 5SW7 A; 5JDO C; 3V2V A; 1GBV B; 2MHB B; 6HBW A; 3NL7 A; 1YIE A; 1ITH A; 1CIK A; 1HBS B; 1BIJ B; 2VRY A; 3WCW C; 3MKB A; 4VHB A; 1G08 A; 3GYS B; 2HHE A; 2LH2 A; 1R1X B; 1JP8 A; 1HDA A; 3UHD A; 3MYM A; 2HBC B; 106M A; 1JL7 A; 4M4A B; 2AUR A; 4O1T A; 1O1K B; 3DUT A; 4HRT B; 3UGZ A; 109M A; 1G0A B; 1A0Z A; 1FAW A; 2VLY A; 1TU9 A; 3R5I B; 1MLF A; 1IT3 A; 1QPW B; 3GKT A; 1MNH A; 1Y2Z A; 4G1B A; 2ZT3 A; 3ARJ A; 1J3Y B; 1OBM A; 2MGH A; 1O1J B; 1Y46 A; 3PT8 A; 2HBS A; 1YH9 B; 3WR1 B; 4N7N A; 1XY0 A; 1YEN B; 1S56 A; 2ZLU A; 1Y8W A; 1YZI A; 5ILP A; 1XZV A; 3D1K A; 1CIO A; 4JYQ A; 1J3F A; 1MWB A; 1SPG A; 1V4W A; 1NIH B; 1NS6 B; 1OFJ A; 3A59 B; 4U8U A; 3OO5 B; 2ZSO A; 1JZK A; 3OGB A; 1Z8U B; 2HHD B; 1T1N A; 2OHB A; 3VRF A; 1Y01 B; 1NZ5 A; 112M A; 3AT5 B; 1S0H A; 3G52 A; 3EDA A; 3GDJ B; 3WCU B; 1FHJ B; 3MJP A; 4KJT A; 2BW9 M; 1LFY A; 1AJH A; 3UHW A; 3NG6 B; 1X9F D; 3AQ5 A; 3IXF A; 1XZU B; 3ASE A; 1GCW A; 2G0V A; 1Y45 A; 1Y4Q A; 3QMA A; 5E83 B; 1N9X A; 2Z6N A; 1LHS A; 1YHU B; 1MLH A; 1VRE A; 1BZ1 B; 1ECA A; 1MLL A; 3PT7 A; 1NS9 A; 1HGA B; 2GDM A; 1LH2 A; 102M A; 1LH5 A; 1GZX A; 1IRD A; 2D5Z B; 4KN3 A; 2LH3 A; 1C7C B; 104M A; 2ZLT A; 1NWN A; 1C40 A; 1Y7D A; 5EV5 A; 1Q1F A; 1O1I A; 2OH8 A; 1HBA A; 1XYE A; 3ECL A; 2D2M C; 3KUO A; 1XZ2 A; 3A5A A; 4FC3 A; 3ZOL A; 4F69 A; 5E6E B; 2MGK A; 3H58 A; 1XQ5 B; 3WFW A; 1KD2 A; 1DXT B; 5CNB A; 1BZR A; 5MBA A; 3UBC A; 1HBG A; 1F63 A; 4MQH B; 2ZS1 D; 1MYG A; 5ILE A; 1LFQ A; 1LA6 A; 1HBI A; 1Y7C A; 2D2M B; 1PBX B; 2ZT1 A; 1MKO B; 5HBI A; 4WJG A; 4OOD A; 3UHX A; 1IBE A; 3KMF A; 1Y0C A; 5EET A; 2ZT0 A; 3GOU A; 4M4B B; 1MTJ A; 1DWT A; 1RPS A; 3HEN A; 3ONZ B; 1DXD A; 1FLP A; 1X46 A; 1MLJ A; 3ARL A; 2GTL A; 1Y83 B; 1VWT B; 1UFP A; 4MQC B; 5M3S A; 4MQK B; 3EOK B; 2QFK A; 4AVE A; 3WCV C; 2H8D B; 2OH9 A; 3LB1 A; 1G0B B; 1UIW B; 1J40 A; 1MLU A; 3QJC A; 1F5P A; 2FAL A; 2IN4 A; 3ZJR A; 4IRO A; 3MJU B; 5IKS A; 4NZI A; 4WCH D; 1XXT B; 1YVT A; 2V1F A; 3DHR A; 1CG5 A; 2V1G A; 1MBO A; 1MBC A; 3D7O A; 2ZSP A; 1SWM A; 1XZ7 B; 4ROL A; 3SDN A; 1YG5 B; 1Y09 B; 1HGB A; 1BZ6 A; 4F4O B; 1Y4P B; 3FH9 B; 1Y4F B; 2MGA A; 4C44 A; 3UHV A; 1V4X A; 1G09 B; 2W6X A; 4N7P A; 1AJ9 B; 3SZK A; 1OR4 A; 3D1A A; 1C7B A; 1OUU A; 1BZZ B; 2O5S X; 3LR9 A; 4FH6 A; 3D17 A; 1MBS A; 3G4V A; 1VHB A; 2NRM A; 3VRG A; 1BBB B; 1DXU A; 1YOH A; 3UH3 A; 1DO4 A; 4U8U C; 2B7H B; 3P5Q A; 3GKV A; 4YU4 B; 1CP5 A; 3LHB A; 1YEQ B; 1HDB A; 1A00 B; 2EB9 A; 3WCT D; 2FRI X; 1RVW B; 4SDH A; 2BK9 A; 1MLM A; 1JPB A; 2KSC A; 1QSH A; 3PI4 A; 4F6B A; 2FAM A; 1YEU B; 1LH1 A; 1BIJ A; 2R80 A; 1A0U B; 5KKK A; 3UHN A; 1RQ3 B; 3GYS A; 3ZJP A; 1GBU A; 1FCS A; 1MYH A; 1Y8I A; 2MB5 A; 3HXN B; 1NWI A; 3G4R A; 1A6K A; 1L2K A; 1NAZ A; 3BA2 A; 1IDR A; 1O1K A; 1S5X B; 1BZP A; 2QSP A; 2GLN A; 3QZZ A; 1Y0D A; 2HCO A; 2GRF A; 1V75 B; 3UHZ A; 1CMY B; 3PI8 B; 1HBB B; 1CG8 B; 4F6F A; 3NMM B; 5EYS A; 4HHB B; 2IG3 A; 1Y5F B; 1J3Y A; 1MYM A; 1YE2 A; 2G11 A; 2XKI A; 1O1J A; 3ZJS A; 2HZ3 A; 2HBE B; 1VXH A; 1JY7 B; 4N8T B; 2E2Y A; 1YH9 A; 2VHB A; 3WR1 A; 1N9F A; 1MLS A; 1YEN A; 4NI1 B; 4N7O A; 1X3K A; 4YU3 B; 2EB8 A; 1J7W B; 1CH9 A; 1X9F B; 1NIH A; 2ZT2 A; 1EBC A; 1TES A; 3KMF C; 3M39 A; 1NS6 A; 3A59 A; 3OO5 A; 5CN9 A; 1J7S B; 3AT6 A; 2BLH A; 2DXM B; 2ZLX A; 1Y4B B; 3AT5 A; 1UX8 A; 3QQQ A; 4PQB A; 3WCU A; 2GTL C; 1FHJ A; 1C7D B; 1YEV B; 1YCA A; 1SHR B; 2ZST A; 3NG6 A; 1SDK B; 3QJB B; 1XZ5 B; 3G4W A; 2HZ2 A; 3HEO A; 1JP6 A; 1VXB A; 5JGG B; 1CLS B; 1DWR A; 1LTW A; 3AQ6 A; 4DC7 A; 1HJT A; 5E83 A; 3S1J A; 2ZLV B; 1DXV B; 1FSX B; 3ODQ B; 1HGC A; 1MYI A; 3PI9 A; 6HBI A; 1MTK A; 1Y0T B; 1YVQ B; 3E4N A; 1BZ1 A; 1ABY B; 1UT0 A; 4G51 B; 1SDL B; 3ORD A; 2DN3 B; 1Y35 A; 2QMB B; 2D5Z A; 1MGN A; 2ZS1 B; 2ZSX A; 3CIU B; 1LFT B; 2HHB A; 3GQG A; 4O2G A; 1MOB A; 2D5X B; 2XYK A; 3FS4 A; 2GRH A; 1JZM A; 4MQJ B; 1URY A; 1SI4 B; 5E6E A; 2O5Q X; 1XQ5 A; 2HBF B; 1DXT A; 1V9Q A; 2ZS0 C; 1LFZ B; 1NZ2 A; 4MQH A; 4X0L B; 4MQI A; 3S66 B; 3QM7 A; 3UHK A; 2D2M A; 1PBX A; 1HCO A; 1K1K A; 1MKO A; 2VYZ A; 2MGG A; 2ZSY A; 2QU0 B; 1LH3 A; 2G12 A; 4M4B A; 4C0N A; 2VLX A; 3AQ8 A; 3ONZ A; 5EE4 D; 2MGJ A; 4F6D A; 1NEJ B; 2Z6S A; 5B84 A; 1Y22 B; 1Y7G B; 1A9W A; 2SPO A; 3QJE B; 1DO3 A; 1QXD B; 1VWT A; 4MQK A; 3EOK A; 2EKU A; 2AV3 A; 3GQP B; 1O1L B; 1U7R A; 1J3Z B; 2H8D A; 1G0B A; 1UIW A; 2RAO B; 3WFT A; 3MJU A; 3QQR A; 3UI0 A; 3HF4 B; 1XXT A; 2QRW A; 4NXC A; 1YGD B; 1MLO A; 2ZFO D; 3WCV A; 4PQ6 A; 1Y4V B; 3OVU C; 3OK5 A; 1H97 A; 1XZ7 A; 3QM9 A; 4H0B A; 4KMW A; 1MNK A; 3WFX A; 1JZL A; 3OO4 B; 2OLP A; 3FH9 A; 4H2L B; 2FRJ X; 4AVD A; 1G09 A; 1MLQ A; 3NFE B; 1AJ9 A; 1MLR A; 1QXE B; 3WCT B; 1OFK A; 1MYZ A; 1BZZ A; 1FN3 A; 2R50 A; 1MBD A; 1BBB A; 1CH3 A; 1XZ4 B; 2D60 B; 1GDK A; 2B7H A; 3O89 A; 1UX9 A; 5EUI A; 2QSS B; 2ZT4 A; 1LJW B; 1THB B; 1DTI A; 2H35 A; 3B75 B; 1CH5 A; 1A00 A; 3WCU C; 3E5I A; 4TYX A; 1RVW A; 1CH4 A; 1V5H A; 3W4U B; 2EVP A; 1G9V A; 5CN7 A; 3MN0 A; 3HHB B; 1CH1 A; 3WTG B; 1HLM A; 2G3H A; 1YEU A; 3K8B B; 5HU6 B; 1A0U A; 1COH B; 1RQ3 A; 1EWA A; 3PI2 A; 2R1H B; 1YHU C; 1PMB A; 3HXN A; 1J41 A; 3VRE B; 1BAB A; 3PIA A; 3K9Z A; 2LHB A; 2MGB A; 1A6N A; 2GL3 A; 1DUO A; 2PGH B; 1UFJ A; 3UGY A; 2H8F B; 2ZFB B; 2Z85 A; 1M6M A; 3WCP A; 3ZJI A; 1HBR B; 3OZV A; 3NMM A; 1YE0 A; 1Y4R B; 1Y0A A; 2DHB A; 1YMB A; 3TM3 A; 1JY7 A; 1O1P B; 3GK9 A; 3KUN A; 1Y85 A; 4NI1 A; 1WMU A; 1SPE A; 1HV4 B; 1Y8K B; 1MBN A; 2O5L X; 1HAB B; 1MYF A; 1J7W A; 1X9F A; 1DWS A; 5HLU A; 3BJ3 A; 5CN6 A; 1Y7Z B; 3UHT A; 2MGL A; 3UHS A; 1O1O B; 1J7S A; 4KMV A; 5KDQ B; 1FDH G; 2DXM A; 1Y4B A; 2ZLW B; 1MNO A; 5HY8 B; 2W72 C; 2SPM A; 2VEE A; 5CNG A; 1A3N B; 4FWZ A; 3WHM B; 1SHR A; 3OZU A; 1SDK A; 1XZ5 A; 4ZVB A; 3CY5 B; 2NSS A; 1CLS A; 5HLX A; 4WJG 1; 1ECD A; 3ARK A; 3QJD B; 1DTM A; 101M A; 3ED9 A; 4NXA A; 1J52 A; 1DXV A; 1FSX A; 2W72 B; 3ZJN A; 2OHA A; 3ODQ A; 3UHC A; 1B86 A; 1Y0T A; 1YVQ A; 4ROM B; 1ABY A; 1MOD A; 4QAU A; 1GDJ A; 4G51 A; 3UHU A; 5D5R A; 1YFF B; 1QSI B; 1SDL A; 2GKM A; 1U7S A; 4MXL A; 2ZS1 A; 3CIU A; 1RQ4 B; 1LFT A; 4UZV A; 2MGD A; 2V1E A; 3LQD A; 3QM6 A; 1WLA A; 1LHT A; 1Y8H B; 2QLS B; 3AQ9 A; 4MQJ A; 3SDH A; 4MQG B; 1O1N A; 3NL7 B; 2PEG B; 1SI4 A; 5HAV A; 1JWN A; 2BMM A; 2HBF A; 2D2N D; 4ILZ A; 4X0L A; 2WY4 A; 1G08 B; 3S66 A; 1NQP B; 3G46 A; 1Y5J B; 3DHT B; 3D4X B; 4ZVA A; 3IC2 A; 5KER B; 1Y31 B; 3K3U A; 3PEL B; 3A0G A; 2OIF A; 3E55 A; 1YOI A; 2QU0 A; 2ZS0 A; 1HDS A; 2O5M X; 4ODC B; 4NK1 A; 3DUT B; 4HRR B; 2R4Z A; 1VRF A; 3IC0 A; 1NEJ A; 1Y22 A; 1Y7G A; 1A0Z B; 2ZFO B; 3QJE A; 1A4F A; 4MXK A; 5JDO D; 3LB3 A; 2M6Z B; 1B0B A; 3GQP A; 1O1L A; 1Y2Z B; 1J3Z A; 5CHQ A; 5ILR A; 1GBV A; 2MHB A; 2MYA A; 1Y46 B; 3HF4 A; 2BWH A; 3WCW D; 1NPG A; 1XY0 B; 1YGD A; 3LB4 A; 3MOU A; 1HBS A; 5JOM A; 1XZV B; 5JDO E; 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1LUE A; 3WI8 A; 1DM1 A; 1C7C A; 5CN8 A; 4HSX A; 1A01 B; 1DLW A; 3O7N A; 1HV4 A; 2RI4 B; 5EYJ A; 1J40 B; 1EW6 A; 3ZJQ A; 1BIN A; 1BVC A; 2QFN A; 1HAB A; 1UVX A; 5AZR A; 1Y0W B; 2HZ1 A; 2CMM A; 4L7Y B; 1EBT A; 5KDQ A; 1CG5 B; 5CNE A; 3PI1 A; 1GCV B; 2ZLW A; 1MDN A; 2W31 A; 1DKE B; 3D7O B; 3BCQ B; 1MOA A; 2W6V B; 5HY8 A; 2Z6T A; 5E29 B; 1A3N A; 3ZJJ A; 1S69 A; 1LFV B; 2MYE A; 1YHE B; 3CY5 A; 2R4X A; 4B3W A; 3QJD A; 1DLY A; 4TWV A; 1A9W E; 2W72 A; 4N7P B; 2GKN A; 2W6W A; 3WCV D; 1Y83 A; 4MQC A; 1N9H A; 2EF2 A; 1YOG A; 2G0X A; 2GNW A; 5AZQ A; 1HHO B; 4ROM A; 1YEO B; 2D2N B; 2DN1 B; 4IT8 A; 1YFF A; 1QSI A; 3VRG B; 1DXU B; 5MBN A; 1MCY A; 1MBA A; 1RQ4 A; 3P5Q B; 4MBA A; 3GKV B; 3TLD A; 1HAC B; 2FRF A; 105M A; 1HDB B; 1Y8H A; 2MGI A; 2QLS A; 4XS0 B; 1YG5 A; 2NRL A; 1Y09 A; 3A9M A; 2LH1 A; 3WCT C; 4MQG A; 2PEG A; 3G4U A; 4F4O A; 1Y4P A; 1QSH B; 3RJ6 A; 1YMC A; 1Y4F A; 2R80 B; 2ZWJ A; 1NQP A; 1Y5J A; 3DHT A; 1GBU B; 3D4X A; 4O35 A; 2GNV A; 1Y8I B; 5KER A; 1Y31 A; 3V2Z A; 3PEL A; 2MYD A; 1MBI A; 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