The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
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sequence length |
153
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structure length |
153
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Chain Sequence |
VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Visualizing breathing motion of internal cavities in concert with ligand migration in myoglobin
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Myoglobin
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| molecule tags |
Oxygen transport
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| total genus |
64
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| structure length |
153
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| sequence length |
153
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-08-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2NSR A; 4IT8 A; 1MNH A; 4KN3 A; 2D5Z A; 1HAB A; 1VRE A; 4MQC A; 2G14 A; 3UHX A; 3PT7 A; 1DXV B; 1M9P B; 3IC0 A; 3QQQ A; 1XZ2 B; 1YEQ B; 1XZ7 B; 1RQ4 B; 1LH7 A; 1SDK B; 1NEJ A; 4UUR A; 1DXC A; 1G09 A; 1DWR A; 2BLI A; 2DC3 A; 3M3A A; 1LUE A; 3UHG A; 1GZX B; 1K1K B; 1UIW A; 1MLU A; 3HF4 A; 3NG6 B; 1NPG A; 2Z8A A; 3ECX A; 2VLX A; 3AT6 A; 1CH9 A; 3UHH A; 1MTJ A; 1JP9 A; 5KKK A; 1HBI A; 4H2L B; 1YE2 B; 4KMV A; 3TLD A; 1YHU A; 1YEN B; 4DWU A; 1YGF B; 1FN3 B; 2V1F A; 2PGH A; 3WFU A; 4MXK A; 4F6I A; 1YMB A; 3RJN B; 3UHE A; 1CH4 A; 2GKM A; 1Y8K A; 1S5Y A; 2HBE B; 2BWH A; 1A6G A; 2ZSS A; 3BJ1 B; 1MLK A; 1PMB A; 1COH B; 3M3B A; 2ZSZ A; 2W6V A; 2O5L X; 2QMB B; 1XYE B; 5CNB A; 3ZJI A; 3QZX A; 1ITH A; 1MYI A; 3GLN A; 1X3K A; 1BUW A; 1DWS A; 4F6J A; 1BZZ B; 4N8T A; 1XZ5 B; 2MHB A; 5CN6 A; 5CMV A; 4MPM A; 1YCB A; 1MLG A; 4JAC A; 1Y0C A; 3WCW A; 2KSC A; 4NI0 B; 1BZR A; 1YEV A; 2GL3 A; 2QFN A; 3ARJ A; 2ZS0 B; 3G4Y A; 2W72 A; 2HBC B; 1V4U A; 2JHO A; 2ZLT A; 1FAW B; 4OOD A; 1HV4 B; 4MQG A; 3DHT A; 3UHW A; 4NI1 B; 1LFL A; 1C7C A; 3K3U A; 1YEU B; 1J3Y B; 2CMM A; 1Y4Q B; 1X9F C; 3MOU A; 2DHB A; 1A00 B; 1Y31 A; 3H57 A; 1MBD A; 2NRM A; 3NFE B; 5EYS A; 1Y4R B; 3EOK A; 1TU9 A; 2O58 X; 2Z6N A; 1BZ0 B; 1IRC A; 4B4Y A; 3FH9 A; 4N7N A; 1DXT B; 1IOP A; 4ROM B; 1VRF A; 1GCW B; 3S66 A; 1CG8 B; 3WCV B; 1J7W B; 3S1I A; 3WI8 A; 1DLY A; 3AG0 A; 1N9I A; 3MN0 A; 4HRR B; 1YH9 B; 3D1K A; 1ABY B; 1DTI A; 1FSX B; 2HCO A; 4MQK A; 3KUO A; 1SPG A; 1JL7 A; 4TWU A; 1HBB A; 1MWC A; 3WTG A; 1O1O A; 3OK5 A; 3PI8 B; 1V07 A; 2HHD A; 2D2M B; 1CMY B; 110M A; 3WCT C; 4MAX A; 4ZVA A; 1NIH A; 4SDH A; 3VRF A; 2H8F A; 4ESA A; 5ILM A; 3UBV A; 1BZ1 B; 3UH6 A; 1MLQ A; 5JGG A; 2SPL A; 3ORD A; 2DXM A; 2AUQ A; 2HBS A; 1Y0T A; 1LFY B; 4UZV A; 2MYB A; 2IG3 A; 1EBC A; 102M A; 3HC9 A; 3ZJQ A; 2O5B X; 1BIN A; 2ZST A; 1GDI A; 3NMM A; 3UGZ A; 1MOC A; 4U8U D; 1CBM A; 3PI4 A; 1ABW B; 3UH3 A; 1Y0W A; 2QSS B; 2D2N B; 2R80 B; 3BCQ B; 1AJ9 A; 4MQJ A; 4M4A B; 3ZJJ A; 2HHE B; 2ZT4 A; 1Y8I A; 1DXU A; 1RSE A; 1N9H A; 5EU2 A; 3PT8 B; 2OH8 A; 1Y4P B; 1G0A A; 4N7O B; 1RVW A; 3WFX A; 1Y35 B; 4NS2 A; 1HCO B; 2C0K A; 1IBE A; 1WMU A; 2V1I A; 3PI3 A; 4HRT B; 1F65 A; 5HLX A; 1HAC B; 1DXD A; 1MLO A; 3LQD B; 1MTK A; 1S0H B; 1Y4B A; 1FDH A; 1Q1F A; 1X9F A; 1S61 A; 3GDJ A; 1B86 A; 3UH7 A; 1V75 A; 1SWM A; 1A4F B; 1YHE B; 4YU4 A; 2HZ1 A; 1C7D B; 3HYU A; 2ZFB B; 1O1M B; 1OR6 A; 1UVX A; 1Y5K B; 3P5Q B; 5C6E A; 1HDA B; 1GBV A; 4L7Y B; 3WCU A; 5EYJ A; 2V1H A; 1MOH A; 3OGB A; 1Y09 A; 1YEO B; 4M4B A; 3SDH A; 2QRW A; 2V1G A; 2RI4 B; 1O1J B; 1BIJ B; 1OUU A; 1Y8W A; 2LH3 A; 2PEG B; 1URV A; 3EU1 A; 1QSI B; 1YIE A; 4F4O B; 2HHB A; 3MJU B; 3PEL A; 1NQP B; 2ZLU A; 4MBA A; 1JF3 A; 1HDB B; 2HBF A; 1L2K A; 1T1N B; 1UX8 A; 2QSP A; 1MLS A; 1FSL A; 2LHB A; 1EWA A; 3WR1 B; 1BAB B; 2B7H A; 3O7N A; 4FWX A; 2HBD B; 1DWT A; 3WCU D; 1IDR A; 2GTL D; 1MZ0 A; 3ZJP A; 1YOG A; 1J7S A; 4WCH D; 4XS0 B; 1AJH A; 3WCT A; 6HBW B; 3LB1 A; 3HXN B; 1GBU A; 3NML A; 3LB2 A; 1CG5 B; 2HZ3 A; 2O5S X; 1RQA A; 3OJ1 A; 1MYG A; 1PBX A; 3ONZ B; 1NZ2 A; 3DUT A; 2DN1 B; 5HY8 A; 2GNW A; 1Y7C A; 3ZJL A; 2RAO A; 1QI8 A; 1Y45 B; 1VXG A; 1CLS A; 3OZU A; 3GOU B; 3K8B A; 1Y0A B; 2NSS A; 1MYH A; 1YZI A; 2QLS A; 3M39 A; 2D5X A; 4ROL A; 1DKE A; 2XKG A; 4G51 B; 1S56 A; 3ODQ B; 3HHB B; 1NS6 A; 5CN5 A; 5JDO D; 1JP8 A; 2HZ2 A; 5MBA A; 2G12 A; 4G1B A; 1DLW A; 1HDS A; 5E6E A; 1HBS B; 1MLR A; 4WJG 1; 2WTG A; 2VM0 A; 1A0Z B; 2HBG A; 1MBC A; 1JY7 B; 2ZLV A; 3WHM A; 1YG5 B; 2MBW A; 1YVQ A; 1MBN A; 1GVH A; 1VWT B; 3CY5 B; 1HGA B; 3BOM B; 1MDN A; 1XCH A; 1CH5 A; 4KMW A; 5SW7 B; 2H35 B; 2R4X A; 2MYD A; 3A9M A; 1Y2Z B; 1BVC A; 5CNF A; 5CNG A; 2ZFO D; 1V5H A; 1MYF A; 1CQX A; 2FRJ X; 1R1X A; 1XZV B; 1M6C A; 5ILP A; 3ZJR A; 1ECO A; 1XZ7 A; 2ZLW B; 3WCW C; 1Y46 B; 4KJT A; 2MGH A; 1R1Y A; 1MLF A; 3D4X B; 1VXC A; 3NG6 A; 3OO5 B; 4F6F A; 1Y85 B; 1RPS B; 4F6B A; 1CPW A; 1DM1 A; 5D1V A; 1GLI A; 1G08 B; 3VRE A; 3BJ3 A; 3GQP A; 2VHB A; 5ILR A; 1FDH G; 1YEN A; 3VRG A; 2V1E A; 1QXE A; 3ARK A; 1H1X A; 1HBR A; 4WJG A; 1AZI A; 1Y22 B; 1Y83 B; 1JL6 A; 2HBE A; 5KDQ A; 1JEB A; 1QPW B; 1VXF A; 1U7R A; 1LFZ B; 1A3O A; 4PQ6 A; 3GYS B; 3ZHW A; 4MQH B; 2O5M X; 1LFQ A; 3DHR B; 1MOA A; 2NX0 A; 3D1A A; 1OR4 A; 4B3W A; 3RGK A; 1XZU B; 3SZK A; 1DUO A; 1HHO A; 3IC2 A; 3BJ2 B; 1LHT A; 3ED9 A; 2O5T X; 1Y8H A; 4G1V A; 1Y7Z B; 1Y0D A; 3KUN A; 5KER A; 1IRD B; 3TM3 A; 1BZZ A; 3B75 B; 3R0G A; 1J41 A; 3GQR A; 1OFK A; 1HGB B; 5HBI A; 2GRH A; 1UMO A; 4NK2 A; 3ZJM A; 3OZW A; 2GKN A; 4U8U C; 2ZT1 A; 1Y5J A; 2QU0 B; 1HAB B; 2E2Y A; 2MGB A; 3LR7 A; 4MQC B; 3DR9 A; 1UT0 A; 1JZL A; 2SPN A; 4NI0 A; 3PT7 B; 2EF2 A; 2R4Z A; 3UHT A; 3UHQ A; 1HV4 A; 1NEJ B; 3G4W A; 1LH1 A; 1YIH B; 4O2G A; 2G0S A; 1G09 B; 4NI1 A; 3ZOM A; 1J3Y A; 1MLJ A; 1UIW B; 1DO3 A; 2Z85 A; 3MBA A; 4FC3 A; 3UHN A; 1FLP A; 2ZSQ A; 3AT6 B; 2WY4 A; 1SDL A; 3NFE A; 2BLJ M; 1Y4R A; 1VXB A; 1Y4G A; 3UHI A; 2ZS0 D; 1XXT B; 2DN3 A; 1Y7G A; 2DN2 B; 1YHU B; 4YU3 B; 1Y4F A; 5EET A; 1DXT A; 1NS9 A; 2PGH B; 1MKO A; 4MQI B; 2ZS1 B; 1CG8 A; 1WLA A; 5MBN A; 1J7W A; 3MYN A; 1THB A; 1MLL A; 4X0L A; 3MJP B; 4F6G A; 3QM9 A; 1LA6 B; 1MNO A; 3W4U B; 5E83 B; 5CNC A; 1O1L A; 4PNJ A; 3A2G A; 1A6N A; 4HBI A; 3AQ7 A; 1F5O A; 3V2V A; 1MLH A; 1MLN A; 3HRW B; 1CO9 A; 3QJC A; 2H8D A; 4HHB B; 1KD2 B; 3WCV D; 5EUI A; 1HGC A; 1MBA A; 3H58 A; 1VHB A; 3WCU C; 1YDZ A; 3ZOL A; 1MBO A; 2FAM A; 1EW6 A; 2W6X A; 3A59 A; 5IKS A; 2GTL C; 1BUW B; 1OFJ A; 2V1K A; 3PIA A; 1DO7 A; 3QJB A; 1BZ1 A; 3D17 A; 2MHB B; 3KMF C; 1MLM A; 5EQM A; 1Y0C B; 3WCW B; 1YVT B; 1YEV B; 1SHR A; 2D2M D; 3LB4 A; 1O1P B; 2W72 B; 1V4U B; 2ZLT B; 3UGY A; 1C40 A; 2R4W A; 1JZK A; 1NPF A; 2XYK A; 5HU6 A; 1W92 A; 2R4Y A; 1MBS A; 2QSS A; 1MTI A; 5CN7 A; 5EOH A; 1C7B A; 5C6Y A; 1LFL B; 1A3N A; 2W6Y A; 3CIU A; 2G0V A; 4U8U A; 1OUT B; 1Y4P A; 1G0B A; 2YRS A; 5HLQ A; 4N7O A; 109M A; 1Y35 A; 3R5I A; 3EOK B; 1YGD A; 3UI0 A; 2Z6N B; 2MGK A; 1S5X A; 1NAZ A; 3FH9 B; 2D2N D; 3GKV B; 2VEE A; 5CHR A; 2VYY A; 3S66 B; 3D7O B; 1XQ5 B; 3A5B A; 1URY A; 1ABS A; 1J40 A; 4IRO B; 1GCV A; 5F0B A; 1B0B A; 3D1K B; 2ZFO C; 3PI9 A; 2MGD A; 1A4F A; 1MYZ A; 1NWN A; 1C7D A; 3EDA A; 3ZJH A; 4MQK B; 2QFK A; 3SDN A; 1SPG B; 1Y5K A; 3WCP B; 1O1O B; 1YFF A; 1G9V A; 1O1I A; 2HHD B; 2M6Z A; 2ZLX A; 1NIH B; 3AT5 A; 1V4W A; 2H8F B; 1QSI A; 4F4O A; 5JGG B; 1T1N A; 5CN4 A; 2DXM B; 3QZZ A; 3ARL A; 1OJ6 A; 3UHD A; 3EDB A; 1Y0T B; 1MWB A; 2HBD A; 4QAU A; 1FHJ A; 1A0U A; 1S69 A; 1LFV A; 3VHB A; 1DUK A; 1Y5F B; 4XS0 A; 1GDK A; 2D60 B; 3HXN A; 4NXA A; 3NMM B; 1YOH A; 1O1N A; 2SPM A; 1A6K A; 1HLB A; 2GTL A; 4O1T A; 1LHS A; 5CN9 A; 1YMA A; 1AJ9 B; 2LH1 A; 4MQJ B; 1SI4 A; 4NXC A; 3QM5 A; 1Y8I B; 3E5O A; 1DXU B; 1O1K B; 3KMF A; 1UFP A; 3QM8 A; 3TM9 A; 1LTW A; 3PI2 A; 4FH7 A; 4VHB A; 1Y45 A; 1G0A B; 1RVW B; 1RQ3 A; 4MXL A; 2G0X A; 4GZG A; 1LFT B; 5EV5 A; 1HBH A; 3ECZ A; 4ODC A; 1HRM A; 2OHB A; 1WMU B; 3HHB A; 1BZP A; 1Y4V A; 2LH7 A; 3UHZ A; 2AA1 A; 1EMY A; 3QM6 A; 4ILZ A; 1CQ2 A; 1X9F B; 1VWT A; 1J3Z A; 3CY5 A; 7HBI A; 3GDJ B; 1XY0 A; 1B86 B; 1NZ3 A; 1V4X B; 1V75 B; 1MOB A; 1A01 B; 1CH1 A; 1SPE A; 1U7S A; 2MGL A; 3MKB B; 5AZQ A; 3GQG A; 1K0Y B; 1QSH B; 2R1H A; 3UHS A; 1YE0 A; 1IT3 A; 5C6E B; 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2ZSP A; 3A0G B; 3BJ1 A; 4OF9 A; 1COH A; 5HLU A; 2VEB A; 4C44 A; 1YIH A; 2QMB A; 1BVD A; 1XYE A; 1R1Y B; 4F69 A; 2D2N C; 1JWN A; 1QXD B; 1VXA A; 1GLI B; 4HSW A; 1XZ5 A; 3VRE B; 1XXT A; 3UHR A; 3BJ3 B; 3G46 A; 3GQP B; 3UHB A; 1MOD A; 2DN2 A; 2XKI A; 4YU3 A; 1F63 A; 2D5Z B; 3VRG B; 1OBM A; 3AQ9 A; 1QXE B; 1RTE A; 1JW8 A; 4DC8 A; 2ZS0 A; 3E55 A; 4MQI A; 2HBC A; 2ZS1 A; 3IC0 B; 1HBR B; 1FAW A; 3LB3 A; 3MJP A; 1LA6 A; 3W4U A; 2GDM A; 2EKT A; 1MWD A; 4FH6 A; 5D5R A; 5E83 A; 1ECN A; 4H07 A; 1UVY A; 1YEU A; 5KDQ B; 1JEB B; 3V2Z A; 2Z6T A; 4JYQ A; 1Y4Q A; 1YHU D; 3HF4 B; 1A3O B; 1A00 A; 1LFQ B; 2OLP A; 3HRW A; 3D1A B; 2ZS1 D; 4HHB A; 1KD2 A; 3SZK B; 3G4U A; 1HHO B; 3GK9 A; 3IC2 B; 104M A; 1BZ0 A; 2MGG A; 3HEN A; 2FRK X; 2BLH A; 1A9W A; 1Y8H B; 1Y0D B; 5KER B; 4ROM A; 1GCW A; 1J41 B; 3GQR B; 3WCV A; 2MGC A; 2VRY A; 1Y5J B; 4HRR A; 1ASH A; 1YH9 A; 4F68 A; 1GDL A; 1YVT A; 1Y8K B; 1S5Y B; 1ABY A; 1O1P A; 1FSX A; 2EVK A; 2GRZ A; 2W6V B; 3PI8 A; 2D2M A; 1CMY A; 1HLM A; 2ZT3 A; 2OIF A; 4AVE A; 4MU5 A; 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