The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
54
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sequence length |
141
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structure length |
141
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Chain Sequence |
VLSGTDKTNVKGIFSKISSHAEEYGAETLERMFITYPQTKTYFPHFDLHHGSAQIKAHGKKVANALIEAVNHIDDISGALSKLSDLHAQKLRVDPVNFKLLGQCFLVVVAIHHPSALTPEVHASLDKFLCAVGAVLTAKYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of Ostrich (Struthio camelus) hemoglobin in oxy form
rcsb |
| molecule keywords |
Hemoglobin subunit alpha-A
|
| molecule tags |
Oxygen storage, oxygen transport
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| total genus |
54
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| structure length |
141
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| sequence length |
141
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| chains with identical sequence |
C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-01-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3EDB A; 1NIH B; 3QM5 A; 4HSX A; 3QJE A; 5EE4 D; 1S61 A; 5ILM A; 2XKH A; 3UH5 A; 4HHB A; 1DLY A; 3AQ8 A; 1S0H A; 5CND A; 108M A; 1Y5K A; 1LFY B; 3KUN A; 1L2K A; 1MYI A; 1YOI A; 1XZV A; 3HRW A; 1Q1F A; 1MKO B; 4B3W A; 2VRY A; 5EET A; 1J3Z A; 2MGA A; 3G4V A; 1Y4P B; 1K0Y B; 1JZM A; 3VRE A; 2G0V A; 3CY5 B; 1S5X B; 1Y4G B; 5KDQ A; 1Y31 A; 1C7B B; 2W6W A; 1VHB A; 4M4B B; 4FC3 B; 1HV4 A; 2W72 A; 1G08 A; 1QSI A; 4JYQ A; 3V2Z A; 4DC7 A; 3ZJP A; 4XS0 A; 4MQH B; 1V4X B; 1XZU B; 1O1M A; 1COH B; 3GQG A; 1FHJ A; 1Y0C A; 1NWN A; 1MYM A; 3GKV A; 1A6G A; 3UHE A; 3M3B A; 1A3O A; 2ZSR A; 1BZ0 B; 2BKM A; 2AA1 B; 2WTG A; 2OHB A; 2VM0 A; 4WCH D; 1LFY A; 1A6N A; 2LH3 A; 2ZFO A; 3A59 B; 1DXT B; 1WLA A; 1MKO A; 3R5I A; 4F6G A; 3QM6 A; 1UX8 A; 1YOH A; 1MWC A; 5JOM A; 3FS4 B; 2EVP A; 1Y4P A; 2MGL A; 1K0Y A; 1MTI A; 3CY5 A; 1S5X A; 1C7B A; 1RVW A; 3IC2 B; 4MQG B; 2ZST A; 1Y35 A; 2MGK A; 3UHK A; 3OJ1 A; 4MQH A; 1V4X A; 1X3K A; 3UHR A; 4ILZ A; 1XZU A; 1MNH A; 1DKE A; 1MNI A; 2D2N C; 3KMF C; 5JGG B; 1ABY B; 2HBF A; 1QXD A; 1JPB A; 1LH7 A; 3V2V A; 2DXM A; 1BZ0 A; 1MTK A; 3PIA A; 1SDL B; 1XXT B; 2R50 A; 3FH9 B; 4O1T A; 2D2M D; 1MOC A; 2QSS B; 2D5X B; 4L2M A; 4OF9 A; 1CQX A; 2FRK X; 5AZQ A; 1DXT A; 1Y4V B; 5E6E B; 1YHE B; 2ZT2 A; 3FS4 A; 1MTJ A; 1Y83 B; 1ECO A; 5HU6 B; 3A5G A; 1C7D B; 3BOM A; 3HEO A; 1IRD B; 1MLU A; 2QRW A; 4MQG A; 1Y09 B; 4N7N B; 4F4O B; 2VHB A; 2GDM A; 1V75 B; 4KN3 A; 1UFJ A; 3WCV A; 2R80 A; 1BZR A; 1G0A B; 1NS9 B; 1HHO A; 3BJ2 B; 1MLK A; 3D1A B; 1XQ5 B; 1ABY A; 1MCY A; 2DN1 B; 1GVH A; 1IBE B; 2G0R A; 1IWH B; 2QSP A; 1BVD A; 1O1O A; 2BMM A; 1YG5 B; 3PT7 A; 1FSX B; 1HLB A; 1LFQ A; 1Y0T B; 1AJ9 A; 2DC3 A; 2ZLT B; 1S5Y A; 2GTL D; 2HCO B; 1A00 A; 1Y7G B; 1MYF A; 1Y83 A; 4MPM A; 1DO3 A; 1C7D A; 2B7H A; 1Y46 A; 1R1Y B; 2EB9 A; 3UHV A; 3WHM B; 1Y09 A; 1Y4F B; 1V07 A; 4F4O A; 3UHW A; 1YHU D; 1JY7 B; 4U8U C; 3UHS A; 3QJD B; 1NS9 A; 1CH7 A; 1YEV B; 3BJ2 A; 2MGB A; 1J41 A; 4ROL A; 5E83 B; 4WJG 1; 2ZLX A; 3RGK A; 1XQ5 A; 1BZ1 B; 1HGC A; 1A01 B; 1Y4Q B; 3QJC B; 1YH9 A; 1MLO A; 1IWH A; 1CIO A; 2ZT4 A; 2VLX A; 3WCU C; 1FAW A; 3ZOL A; 5SW7 A; 2HBS A; 2ZLT A; 4AVD A; 1KR7 A; 1Y7G A; 4C0N A; 4NS2 A; 1Y4R B; 1M6M A; 1Y7Z B; 1MBS A; 109M A; 3HYU B; 1XY0 B; 2MYC A; 1YIE B; 3DHR B; 2GRH A; 3WHM A; 2ZS0 D; 1JY7 A; 3UHG A; 4HRR B; 1HBA B; 1MBD A; 2LHB A; 1VXB A; 4O2G A; 1VXD A; 1MOH A; 1YGD A; 3GOU B; 1LH6 A; 1MWD A; 4N8T A; 4NI1 B; 1Y4Q A; 3QJC A; 3MN0 A; 1NZ2 A; 1G0B A; 1CMY B; 1RPS A; 2FRI X; 1MNO A; 4C44 A; 3MJU B; 1Y8I B; 2ZFO C; 3HXN B; 3NFE B; 2QLS B; 1MLJ A; 2NSS A; 2FRJ X; 1HCO A; 1THB B; 1Y4R A; 2G0X A; 1Y7Z A; 3G4W A; 1NGK A; 3HYU A; 1SPG B; 1XY0 A; 1YVQ A; 1O1P B; 1JEB A; 1YIE A; 3PI2 A; 1J52 A; 4G1B A; 1OUU B; 3PI9 B; 3QJB B; 5HY8 A; 4MXK A; 2HHE B; 3WI8 A; 1HBI A; 4ZVA A; 1KD2 B; 2BNL A; 5IKS A; 4MQC B; 1JL6 A; 2GKM A; 2MB5 A; 1TES A; 4NI1 A; 1LH5 A; 1X9F D; 1SPE A; 4JAC A; 3HC9 A; 1ECA A; 3MOU A; 3MJU A; 1GLI B; 1AJG A; 3ZJH A; 3HXN A; 5EOH A; 2QLS A; 1LA6 B; 1MGN A; 4TYX A; 3H57 A; 3MVC A; 1LFT A; 1SHR A; 3DHT B; 3GYS A; 4MXL A; 1SDK B; 2R1H B; 1Y7D A; 1SWM A; 1OUU A; 2LH7 A; 1C40 B; 1Y7C B; 1XYE A; 1Y5F B; 1S56 A; 3A0G A; 3S1J A; 5EQM A; 2HHE A; 3WCV C; 2MGM A; 1DTM A; 5CNF A; 1V9Q A; 5CN4 A; 4FWX A; 3P5Q B; 1KD2 A; 3ZJN A; 3AT5 A; 5EUI B; 1BIJ B; 3WCW A; 5E29 A; 2ZWJ A; 1Y45 B; 4F6J A; 4MU5 A; 1QXE B; 1GBU A; 1F65 A; 3E5I A; 1U7S A; 1V4U B; 3E55 A; 1V4W B; 2ZSS A; 2HZ2 A; 1RQA A; 4ODC A; 1C7C B; 3ODQ A; 3GQP B; 1GLI A; 3ARJ A; 1XCH A; 1EMY A; 1DTI A; 1LA6 A; 2VLY A; 2M6Z B; 2IN4 A; 1LTW A; 1MLQ A; 111M A; 1IDR A; 3ED9 A; 3DHT A; 3ARL A; 2NSR A; 1IT2 A; 1J7W A; 1HBB A; 3ECX A; 4ROM B; 1SDK A; 3VRF A; 1NXF A; 2PEG A; 1OJ6 A; 1CH3 A; 3UHI A; 1Y5F A; 4G51 B; 3MKB B; 3OO5 B; 5JDO F; 2ZT0 A; 3P5Q A; 2ZS1 B; 1Y8W B; 1BIJ A; 1Y45 A; 1Y22 B; 1QXE A; 2VYW A; 4TWU A; 1HGA B; 2R4W A; 1V4U A; 1NWI A; 2ZT3 A; 3S65 B; 3WCT C; 1CIK A; 1DWT A; 2VEE A; 5ILR A; 3GQP A; 1LJW A; 1OUT A; 2D2N D; 1MNJ A; 1LFZ A; 2VYY A; 2PGH B; 3GKT A; 2AV0 A; 2FAL A; 4F6D A; 1HRM A; 3D4X A; 1NEJ B; 4ROM A; 3ZJJ A; 4NXC A; 2D5Z A; 1UC3 A; 2SPO A; 3SZK B; 1YEQ B; 1UX9 A; 1HBH B; 1PBX B; 2H8F B; 3D17 B; 5CNG A; 4G51 A; 1CBM A; 2W31 A; 3OO5 A; 1NPF A; 1BZZ A; 3UHN A; 3IXF A; 1B86 A; 105M A; 1F5P A; 1ECD A; 3GDJ B; 2D2M A; 2RAO A; 1Y22 A; 5B84 A; 1WMU B; 1Y8H B; 2GTL B; 3LR7 A; 3ZHW A; 2V1J A; 3IC0 B; 1GBV B; 3G52 A; 3UHH A; 3S65 A; 1ABS A; 3PEL A; 4MQK B; 1Y4B B; 1XZ5 A; 2XKI A; 3QZX A; 4OOD A; 3UH7 A; 3TM9 A; 3NMM B; 2BLI A; 5KER B; 3LB2 A; 4H0B A; 1YE0 B; 1NIH A; 1YHU B; 2Z6S A; 2PGH A; 3D1K B; 3PI8 B; 3O89 A; 5M3S A; 2R4Z A; 1GCW B; 1MBA A; 2BWH A; 1CO8 A; 1G9V B; 1BBB B; 1YEQ A; 1PBX A; 5HLQ A; 2GLN A; 1GCV B; 3BCQ B; 1YEU B; 1Y4G A; 1A0Z B; 3HHB B; 3GDJ A; 1Y5J B; 1NQP B; 1WMU A; 4M4B A; 4MQJ B; 4FC3 A; 2GTL A; 1HLM A; 4F6F A; 2C0K A; 4U8U D; 2AV3 A; 4F68 A; 1COH A; 3PT8 B; 3B75 B; 2HBD B; 1VRE A; 1FN3 B; 3U3E A; 1YE0 A; 5HLU A; 2ZS0 B; 5MBN A; 2YRS B; 1N9X A; 2AA1 A; 5CHQ A; 3EDA A; 1GCW A; 2EKU A; 1FDH G; 2ZS1 D; 3UHT A; 3WCU D; 1A3N B; 3A59 A; 1W92 A; 1MBC A; 3ZJQ A; 5EE4 C; 1UIW B; 2BW9 M; 2LH6 A; 3ZOM A; 1HSY A; 2VEB A; 2LH1 A; 3WCW C; 3HHB A; 1A0Z A; 3UBC A; 5JDO D; 3IC2 A; 1Y5J A; 1NZ4 A; 3ONZ B; 2OIF A; 2VYZ A; 1DXV B; 1VXA A; 2ZSZ A; 1HJT A; 1HBR B; 1O1L B; 2O5B X; 3RJN B; 3PT8 A; 1YCA A; 5JGG A; 2HBD A; 4LPI A; 3NML A; 1DUO A; 2ZS0 A; 2AUP A; 1N9H A; 3D7O B; 1DXC A; 4QAU A; 1IT3 A; 1WVP A; 1SDL A; 1Y2Z B; 1XXT A; 3FH9 A; 2FAM A; 1QSH B; 1A3N A; 2QSS A; 2ZFO D; 2D5X A; 2Z6N B; 1Y4V A; 4M4A B; 5E6E A; 1YHE A; 1JZK A; 1X9F B; 5CNC A; 1YEN B; 110M A; 1O16 A; 2HHD B; 1M6C A; 1Z8U B; 1OFJ A; 1YEO B; 5HU6 A; 1IRD A; 1CLS B; 4N7N A; 2R4Y A; 3ONZ A; 4DWT A; 1V75 A; 1A9W E; 2MGI A; 1DXV A; 3UHQ A; 2EVK A; 1G0A A; 2ZLV B; 1HBR A; 1O1L A; 3D1A A; 2MBW A; 4TWV A; 1EBT A; 2DN1 A; 2EB8 A; 1IBE A; 1NS6 B; 5HAV A; 3D7O A; 4AVE A; 2ZSO A; 1YHR B; 1YZI B; 3ECL A; 1RTX A; 1YG5 A; 1FSX A; 2WTH A; 2ZLU B; 1XZ7 B; 1QSH A; 1Y0T A; 2QMB B; 5B85 A; 1CQ2 A; 2Z6N A; 2HCO A; 2QFN A; 1RQ4 B; 3UH6 A; 1JWN A; 1DO1 A; 1YEO A; 1EBC A; 2V1H A; 3G4Q A; 1DO4 A; 2IG3 A; 2D2M C; 1EWA A; 6HBI A; 1ITH A; 1R1Y A; 4FH7 A; 1Y4F A; 2W72 C; 1CLS A; 3UHZ A; 5AZR A; 5CNE A; 1N9I A; 1YVT B; 3TM3 A; 1B0B A; 3SDH A; 4KMW A; 4IRO B; 2H35 B; 2SPN A; 3QJD A; 2ZLV A; 1YEV A; 3PI4 A; 4HBI A; 5E83 A; 2DN2 B; 1BZ1 A; 106M A; 1A9W A; 1O1I B; 3GQR B; 1GDK A; 1A01 A; 3WTG B; 2HHB B; 4YU4 B; 4X0L B; 1DXU B; 2ZFB B; 3BJ1 B; 2OH9 A; 1CH2 A; 1S69 A; 1YHR A; 2OHA A; 1J7S B; 1HAB B; 1MLR A; 3UHC A; 2MHB B; 1BUW B; 5CN6 A; 1A6M A; 1XZ7 A; 1VXF A; 2CMM A; 2D60 B; 1HBG A; 3ZJR A; 4MBN A; 2G12 A; 3LB4 A; 3EOK B; 3DHR A; 2D2N B; 1G09 B; 2V1E A; 1Y8K B; 1J40 B; 3M39 A; 4HRR A; 1LH1 A; 1NAZ A; 2H35 A; 1HBA A; 4ESA B; 1V5H A; 101M A; 4PQB A; 3GOU A; 4G1V A; 1YIH B; 1O1I A; 2HZ3 A; 3GQR A; 3HEN A; 2ZLW B; 3S1I A; 4YU4 A; 1DXU A; 1H97 A; 3EU1 B; 5EV5 A; 3LR9 A; 2NRL A; 1CMY A; 3QM9 A; 1MZ0 A; 1LFL B; 1J7S A; 2MHB A; 3WCT D; 1PMB A; 1Y8I A; 1Y01 B; 1R1X B; 3NFE A; 4NK2 A; 3LB1 A; 1MLL A; 3M38 A; 3LQD B; 1THB A; 3ORD A; 3PI1 A; 1SPG A; 3EOK A; 2E2Y A; 4IT8 A; 1O1P A; 3ZJS A; 3W4U B; 1Y8K A; 1HDA B; 3PI9 A; 3QJB A; 1J40 A; 4L7Y B; 3ARK A; 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3WCW D; 1BJE A; 2ZFO B; 3CIU B; 1HGA A; 3R5I B; 1A0U B; 1OFK A; 3BA2 A; 1X46 A; 5CN9 A; 3ZJL A; 3A5B A; 4FH6 A; 1CH1 A; 4SDH A; 3UGY A; 1LHS A; 1RVW B; 1Y85 B; 2HBE B; 2Z85 A; 2MGH A; 2W6V B; 4NK1 A; 1GDL A; 1Y35 B; 1XZ2 B; 1BIN A; 4PNJ A; 1CH5 A; 112M A; 3MYN A; 1O1N B; 1YOG A; 1CG5 A; 3AQ5 A; 1NZ3 A; 1NPG A; 1DKE B; 1NEJ A; 3SZK A; 1HBH A; 2QFK A; 2GNV A; 1H1X A; 1QXD B; 1F63 A; 2H8F A; 2HBF B; 2O5L X; 3D17 A; 1DM1 A; 2DXM B; 3S66 A; 4B4Y A; 1MOD A; 4MQI A; 4PQ6 A; 3PIA B; 3K8B A; 3G46 A; 3CIU A; 3VAU A; 1Y8H A; 5EYJ A; 3IC0 A; 1GBV A; 1A0U A; 1VXG A; 3K9Z A; 1URV A; 4F6B A; 2H8D B; 2GRZ A; 2KSC A; 2MYB A; 4MQK A; 5ILE A; 1Y4B A; 1VRF A; 1FCS A; 3BOM B; 2RI4 B; 3NMM A; 1O1J B; 1MYJ A; 1Y85 A; 5KER A; 1HBS B; 2QU0 B; 2HBE A; 2W6V A; 1MOA A; 7HBI A; 3ECZ A; 1XZ2 A; 1YHU A; 2O5T X; 3WCV B; 3D1K A; 4H07 A; 2O58 X; 1O1N A; 3PI8 A; 2R80 B; 1ABW B; 3OZW A; 1BZP A; 1HHO B; 102M A; 3H58 A; 3AQ9 A; 1KFR A; 1G9V A; 1BBB A; 1GDI A; 1A4F B; 1MLF A; 103M A; 4GZG A; 2G0S A; 1FSL A; 3MJP B; 2QSP B; 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