3IA3 | Genus

Total Genus 46

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	46
sequence length	135
structure length	135
Chain Sequence	LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVL

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__637191238618459__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__637191238618459__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3IA3/B/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__637191238618459__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"637191238618459","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3IA3/B/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__637191238618459__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen transport
source organism	Homo sapiens
publication title	A cis-proline in alpha-hemoglobin stabilizing protein directs the structural reorganization of alpha-hemoglobin. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Alpha-hemoglobin-stabilizing protein
total genus	46
structure length	135
sequence length	135
chains with identical sequence	D
ec nomenclature
pdb deposition date	2009-07-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	3ia3B00

2D2NC 2HBDB 3ECXA 1G08A 1MCYA 1Y5JA 2ZFOC 1V75A 3NL7B 2VYZA 1FSXB 1HGCA 1VXGA 1CBLA 1COHB 2VLZA 1NWNA 4M4BA 1O1JB 5ILRA 3ECZA 3QZZA 1HCOA 1SDKA 2AUQA 3ZJOA 3PT8A 5EYSA 3AT5A 2QSPB 1A01B 3A59B 3GYSB 5ILEA 1Y46B 1GJNA 1HLMA 3WCWD 2NRMA 1A3OA 4N7NB 4XS0A 3BJ3B 3QJBA 3OO4A 3QM6A 1MYTA 3PI9A 1A6GA 2V1HA 1J40A 1XZ2A 3ZOMA 2SPLA 3WFWA 2HBSA 2G0ZA 1OBMA 1LFTA 2SPOA 5E83A 3UHDA 1MOHA 3PELA 1J41A 2EB9A 4BJAA 1UX9A 1THBB 5EE4C 2QRWA 3GOUA 1S69A 3ONZA 3WCWA 1I3DA 5B84A 3WCVB 1X3KA 1Y8KB 3VRGB 3BJ2A 4UZVA 3QJDA 1Y4QB 1O1IB 3KMFC 3GQPA 1KR7A 1Y4GB 3QM5A 4ZVBA 3G4WA 3S65A 3WCUC 3MN0A 4NI1A 4HRTB 1TU9A 5AB8A 5KDQA 1YE0B 1KD2B 3GQGB 1T1NB 2OH8A 3WFTA 5IKSA 1GZXB 2NX0A 1FSLA 112MA 3A0GB 1Y0DA 1O1KB 1YEVA 2HBEB 1MBCA 1YE2A 2LH5A 4MQGA 3HHBB 1FAWB 1NEJB 3QJCA 1CLSB 3O89A 1UIWA 1GCWB 2FRJX 1Y8HA 3GQRB 1VHBA 3S1IA 4MQKA 1ECNA 3OVUC 1Y4BB 1JP9A 3PI8B 1GBVB 2AURA 1HHOB 1HDAA 1PBXA 3P5QA 4G51B 1IRDB 4MXLA 1DXUA 1VXCA 3LR9A 1NQPB 1DWRA 3NFEB 1UVYA 1MBSA 3RGKA 2D2MC 4FH6A 3IA3B 4HBIA 4O4ZA 1C7CB 2Z85A 1A9WA 1QPWB 2EKUA 3UH7A 4OODA 3G4YA 2D5ZA 1YEOA 1ABSA 2XKIA 1O1NA 1J7WB 2DC3A 5ILPA 2FRIX 4HSWA 1XXTA 1LA6A 1BBBB 3EDBA 1M6CA 4N7OA 2GKMA 4F6BA 4FC3A 1FN3B 2FAMA 2M6ZA 1SDKB 1ECOA 1DXTA 1CMYB 2G11A 2W6WA 4U8UD 1CQ2A 3PIAA 3UHBA 4PQBA 1Y7CB 3LQDA 3OO4B 1MTKA 1RPSB 1LH3A 3MYNA 1MBDA 1A0ZB 1SPGB 2DN2A 2BNLA 2MYBA 3WCTB 1G09A 3K8BB 3ZJSA 1CH1A 1LFTB 1Y2ZB 3E5IA 2YRSB 3ZH0A 2MYAA 5HY8A 1BZZA 2MGJA 2GTLA 1YOIA 2MB5A 1GCVB 4U8UA 111MA 1S0HB 3AG0A 5F0BA 2ZSPA 2Z6SA 4X0LB 1BIJB 3ZJLA 2G0SA 5CN7A 1Y7DA 1LFYB 2V1IA 1MYJA 3ZJIA 2IN4A 1HBGA 2BW9M 1VXEA 3MKBA 2LH6A 2D60B 2HZ2A 5E6EA 1HABB 4NS2A 3S65B 4F68A 1X9FC 3UBVA 4NK1A 1SWMA 5HLXA 5EV5A 4OF9A 3HEOA 3WCPA 3QJEB 1NZ2A 2MHBA 1B86B 1Y7GA 3UBCA 1HDSA 5CNGA 102MA 3TM3A 2VM0A 3M3AA 2W31A 1Y8WA 104MA 3HRWA 2SPNA 2Z6NB 4MAXA 3AQ8A 1J7YB 1AZIA 1HBHA 1UX8A 2O5MX 1BUWB 1YDZA 1HRMA 3D7OA 3AQ7A 1DXVA 2D5XB 2Z8AA 5F2AA 1HBBA 2MGCA 1IT2A 3BJ1A 4F6JA 2AA1A 2W6VA 1CIKA 3ZJJA 1YHUC 5CN9A 1MYHA 3UHHA 1HBRA 2G0RA 1YG5A 1FDHG 3P5QB 2BK9A 1DXUB 3TM9A 2ZS1D 1DTMA 4H0BA 2D6CA 3UHNA 3IC0A 1GBUA 5CN5A 2GRFA 3HXNA 2E2YA 5EU2A 1A6MA 1G0AB 4MQCB 5EUIA 3OGBA 2W72A 1Y22B 1G0BA 1Y09A 1Y0TB 1QSIA 2ZWJA 1YEOB 3E5OA 4MQIA 5CNBA 1JP8A 1Y4VA 1NWIA 3D1KA 3AT6A 1CP5A 4N8TA 1C7DA 1HACB 5C6EA 2LH1A 2ZS1A 2D2NB 1Y83B 2R1HB 3HENA 5KKKA 2ZFOB 1O16A 2ZLTB 3AQ5A 1V9QA 2HBGA 4F6DA 1MYFA 1G9VB 3D17B 2NRLA 3OJ1A 4ROLB 4F6FA 1V4WA 1O1MA 2R80B 2RAOB 6HBWB 1Y35B 4TYXA 1I3EA 3WR1B 1JL6A 3WCVD 4HHBB 1Y0CB 4TWUA 3WCWC 1OR4A 1CG8A 1VWTA 1RSEA 2PGHA 1S5XB 2ZT4A 1MBOA 2EB8A 4MQHA 2GTLB 1OUUB 3RJNB 3H57A 1EBTA 1WLAA 3WFXA 1MNOA 1NPFA 3VREA 2HHBA 2OHAA 3ZJQA 4MBAA 1FHJA 5JDOE 1CQXA 5SW7A 1R1YA 2H8DB 105MA 3QMAA 1LJWB 2DN1B 109MA 1DO3A 3BOMA 1JEBB 4DC7A 1JL7A 1HJTA 1XQ5B 1LFZA 1RQ3B 3UI0A 1UMOA 4MQJB 3WCUB 1HDSB 1S5YA 3GKTA 1C7BB 3HYUB 2QMBA 3A9MA 3A2GA 1Y45A 4YU4A 3UH6A 1C40A 1CO9A 1EWAA 3M3BA 2QU0A 3DHRA 1Y0AA 2O5LX 1HGAB 110MA 1RQAA 3GKVA 3WTGB 1J3YA 2JHOA 1DKEB 2MGKA 1O1OA 2B7HA 1O1PA 2LH3A 1RTEA 1YCAA 1MNKA 1Y4PB 4UIQA 2ZSSA 5CNEA 1MYIA 2ZS0A 3OZUA 1MLKA 2BKMA 4VHBA 5CN8A 3UHRA 1UT0A 1MLUA 1XZUA 1YIEA 5JOMA 1DO7A 1S56A 4IROA 5MBAA 1LFVA 3G4UA 1MLOA 1ITHA 1DUKA 3GDJA 2D2MB 2G3HA 1BZ0B 1QSIB 4MQIB 3PT7A 3DUTA 1Y4VB 5EQMA 1YENA 1URYA 3AT6B 1LH6A 1CH9A 1V07A 107MA 1Y4FB 1QXDA 1YVTA 1PMBA 1Y85A 1QSHA 2ZLWB 1XZ4B 3D1AA 3E55A 1SDLB 1R1XA 2H35B 3R5IB 1YEQA 5EYJA 1RTXA 1CH5A 1O1MB 2ZFBA 1Y4RB 3MJUA 2WTHA 1DM1A 2VHBA 3S1JA 1V4UA 2GTLC 1MLGA 1Y8IB 3UHEA 4U8UC 2R4ZA 1MLJA 1VXDA 2BLHA 1FLPA 3DHTB 1JF3A 1CG8B 1JY7A 1NIHA 2W6YA 1A4FA 1BZ1A 4LPIA 4NZIA 2GRHA 3A5BA 1IWHA 3NMMA 2RI4A 2ZSOA 1V5HA 1HDBB 4JACA 1J52A 2HBFB 1ABYA 2GLNA 5M3SA 1YVQA 1YHEB 1MLQA 3HF4A 1XZ7A 1DXDA 1HBSA 4FWXA 2G0VA 5JDOD 1LFQB 1ASHA 4F4OB 1HBAB 1YOGA 1J7SA 4ILZA 1A3NA 1AJ9B 2H8FA 1X9FB 2PEGB 1VXAA 5HAVA 1MLNA 1EMYA 1NZ5A 1CO8A 2DXMA 1Y31A 1MLFA 2DN3A 4H2LB 1K1KA 1QXEB 4YU4B 3V2VA 1NS9B 2QLSA 108MA 2HZ3A 3CIUB 1SHRB 3FS4A 1Y0AB 2ZLXA 2MGBA 106MA 4YU3A 2ZT2A 1J3YB 5JGGB 1YEUB 2G0XA 1XZ5B 1Y5FA 4HSXA 4NXCA 1GLIB 3B75A 3EU1A 3ASEA 2W72C 2KSCA 3MJPA 1YHUB 4NI0A 3PI1A 1YZIB 2LH2A 1Y7ZA 1GDIA 1V4XA 2D2ND 1MNIA 3UHYA 2MYDA 2ZS1C 4ODCB 3W4UA 1J3ZA 1SI4A 1D8UA 5HU6A 1G08B 1Y5JB 4O2GA 1V75B 3ARLA 1YMCA 1HGCB 2OIFA 2G10A 2NSRA 1GDLA 3G53A 1S6AA 4MPMA 2ZSTA 1FDHA 1Y5KA 2GL3A 1ABWA 1A6NA 1N9HA 4M4BB 1QXDB 5CNDA 1HCOB 3PT8B 3AT5B 1QSHB 1YHRA 4KJTA 1RVWA 2ZSQA 2GRZA 4G1VA 3OZWA 1A3OB 1YEQB 4XS0B 2ZLVA 2ZSNA 3QJBB 3UHTA 3ZJMA 2MGDA 3NG6A 1Y0WA 2AV3A 5MBNA 4PQCA 3PI9B 3AQ9A 2ZFBB 4FWYA 1J40B 1V4UB 1XZ2B 4FH7A 2FALA 1M9PA 2DHBA 2HBSB 4HRRA 3OO5A 5HLQA 4M4AA 3M38A 4MU5A 4ESAA 3CY5A 5E83B 3U3EA 3PELB 2MYEA 1J41B 1YH9A 4F6IA 1OUTA 5EOHA 1YGDA 3GOUB 3HEPA 1CBMA 1A0UA 3ONZB 3WCWB 2RI4B 4L7YA 5HBIA 3BJ2B 1MBIA 3QJDB 1MBAA 3IC2A 3GQPB 3ARKA 1JZLA 1YVQB 4NI1B 3GLNA 5KDQB 1JZKA 1ECDA 1A00A 1MKOA 5CN6A 2HHDA 2ZLUA 3UHUA 3PI2A 4C44A 3SDHA 1Y0DB 1YEVB 3G46A 1YE2B 4MQGB 1CH7A 4N7PA 1NXFA 1UVXA 4KMVA 3HC9A 3UGZA 3BCQA 3O7NA 3QJCB 1UIWB 1XZVA 2G12A 1HGBA 1Y8HB 2ZS0C 4MQKB 1BABA 2ZLXB 2LHBA 1MTIA 3FH9A 3K3UA 1SPEA 5CMVA 1HDAB 1PBXB 3SZKA 2QSSA 1YFFA 1XY0A 3D4XA 1VXFA 1OFJA 1VREA 1O1LA 1N9IA 2QFNA 1NZ4A 1J3FA 1Y7ZB 1WMUA 2V1FA 3UH3A 2D5ZB 3WHMA 1SI4B 4WJGA 1O1NB 3ZJRA 3VRFA 1NAZA 2HBDA 2HBCA 1XXTB 1LA6B 3G4QA 3NL7A 1FSXA 4N7OB 2MGLA 4FC3B 2M6ZB 2EVKA 2BWHA 4B4YA 1OJ6A 3H58A 1COHA 1DXTB 1BZ6A 1A6KA 1XCHA 2R50A 3ZOLA 3ED9A 1O1JA 3PIAB 2QSPA 1A01A 1AJGA 3A59A 3GYSA 3LQDB 1Y46A 1YCBA 2MGEA 1VRFA 1MOCA 2GDMA 4N7NA 1DO4A 5D5RA 3BJ3A 1MODA 2DN2B 3RJ6A 1G09B 1H1XA 2W6XA 4IT8A 5AZRA 4ESAB 2BMMA 4PNJA 5HY8B 1BZZB 4TWVA 4ZVAA 3LHBA 3ZJPA 5CNCA 3G4RA 4U8UB 2V1GA 5KERA 1MLLA 1JPBA 3VAUA 4SDHA 1Y7DB 1LH1A 1F5PA 3MKBB 3WCVA 1Y8KA 1MLHA 5E6EB 3VRGA 2GKNA 1YGFA 3PI4A 1B0BA 1O1IA 2VRYA 1Y4GA 1A00B 3WCPB 2MHBB 4HRTA 3QQQA 1Y7GB 1YE0A 1HV4A 1CH2A 1IBEA 1KD2A 3GQGA 1T1NA 2MBWA 1Y8WB 3HRWB 1MZ0A 1DXCA 1HBHB 3A0GA 3GK9A 1DTIA 1O1KA 1F5OA 1YDZB 2HBEA 3D7OB 2MGFA 4GZGA 1MBNA 1A9WE 1XYEA 3HHBA 2R4WA 5JDOF 1DXVB 3LB3A 1FAWA 1HBBB 1NEJA 3BJ1B 4DWUA 2AA1B 2W6VB 1CLSA 1S61A 2QFKA 2HZ1A 3FH9B 3GQRA 1HBRB 1CP0A 1LUEA 1YG5B 1UFJA 2XYKA 3ORDA 1Y4BA 3PI8A 1GBVA 1HHOA 2V1EA 1MTJA 3ODQA 3IC0B 4G51A 1IRDA 1GBUB 1HBIA 3HXNB 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3IA3B

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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