The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
59
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sequence length |
151
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structure length |
151
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Chain Sequence |
TTLTNPQKAAIRSSWSKFMDNGVSNGQGFYMDLFKAHPETLTPFKSLFGGLTLAQLQDNPKMKAQSLVFCNGMSSFVDHLDDNDMLVVLIQKMAKLHNNRGIRASDLRTAYDILIHYMEDHNHMVGGAKDAWEVFVGFICKTLGDYMKELS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
pH-dependence crystallographic studies of the oxygen carrier hemoglobin II from Lucina pectinata
rcsb |
| molecule keywords |
Hemoglobin II
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| molecule tags |
Oxygen transport
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| total genus |
59
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| structure length |
151
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| sequence length |
151
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-11-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4MQH A; 3IC2 B; 2ZLW B; 2GDM A; 3IC0 B; 2DC3 A; 4C0N A; 4UZV A; 2V1I A; 2O5B X; 2QSP B; 3EU1 A; 4O2G A; 3V2V A; 1BZ6 A; 1QSH A; 1VHB A; 2WTG A; 5MBA A; 3WHM B; 1A4F B; 3GQP B; 3BJ2 B; 1YVQ A; 1GDK A; 1S5Y A; 3IXF A; 1SDL A; 1MLJ A; 2XKG A; 1Y0W A; 2DN2 A; 2GRF A; 1MOB A; 2NSS A; 3LR9 A; 1LFZ A; 1MLS A; 4H2L B; 3PIA B; 2FRK X; 1AJ9 B; 1HDS A; 1Y7C B; 106M A; 3R0G A; 1MDN A; 1Y4P A; 3TM9 A; 2LH5 A; 3OZW A; 3W4U A; 1JZM A; 2BW9 M; 1HJT A; 2ZWJ A; 4LPI A; 1DKE B; 1MLH A; 5HY8 B; 5CNG A; 2V1K A; 1Y4F B; 102M A; 4MAX A; 1VXE A; 1MYM A; 5E29 A; 1NS9 A; 3OVU C; 2R1H A; 3D7O B; 1O1N A; 1LFV B; 4XS0 B; 1HBR A; 1Y5J B; 1IBE A; 1MKO A; 4FC3 B; 1JF4 A; 2Z85 A; 1A9W E; 1S0H A; 1XZU B; 1YHU B; 5CMV A; 1NZ2 A; 1AJH A; 2ZS0 C; 1YEN B; 1YEO B; 3WCV B; 1FAW A; 1Y4V A; 3B75 A; 1XYE B; 1YE0 A; 4BJA A; 2ZLX A; 4YU4 B; 3WCT C; 1JZL A; 3OK5 A; 2Z6N A; 4NK1 A; 1Q1F A; 2ZLV B; 1MYH A; 1MLR A; 1HV4 B; 1Y85 A; 2NSR A; 1Y35 A; 3GQG B; 4VHB A; 3HF4 A; 3UHZ A; 4MQJ A; 1X9F D; 4ILZ A; 3VRE B; 5HU6 A; 3GDJ A; 3NMM A; 4M4B B; 1BAB A; 3CIU B; 4HSW A; 3MJP A; 3ZOL A; 1T1N A; 1YGD B; 1NEJ A; 3NG6 B; 2DXM B; 4MPM A; 1YZI B; 4B4Y A; 5EOH A; 1QPW B; 3MN0 A; 1MYZ A; 1MLG A; 1ECN A; 2MGH A; 1DWS A; 2ZFO D; 3QJB A; 1CH9 A; 3PT7 A; 4MBN A; 1YHE A; 2HBF A; 1XQ5 A; 1IRD A; 3UHE A; 1DXV B; 3BJ1 A; 2AUO A; 4IT8 A; 3PI1 A; 4M4A B; 1HGB A; 3H58 A; 1IT2 A; 2C0K A; 1Y0T B; 5EU2 A; 1Y7Z A; 3BJ3 A; 1HGA B; 1YVT B; 2HHD A; 2ZFB A; 1LHT A; 1Y4R A; 4L2M A; 3VHB A; 5KDQ B; 1GCV A; 1DLY A; 3A59 B; 3KMF C; 112M A; 1M9P A; 2KSC A; 5HBI A; 2D5Z A; 3G4Q A; 2SPL A; 4GZG A; 1B86 A; 1MYG A; 4MQH B; 4PNJ A; 1BVD A; 1G09 A; 3G4Y A; 2MBW A; 3ZJS A; 2ZT1 A; 2R4Z A; 1CP5 A; 1J52 A; 1G08 B; 1GBV B; 1EWA A; 2G0S A; 5HLQ A; 2MGA A; 2MYB A; 4NI0 B; 2W72 B; 4HSX A; 1V4U B; 3RJN B; 3PI2 A; 1JDO A; 2GTL D; 3AQ8 A; 1DLW A; 3D1K B; 1OFJ A; 2AA1 A; 1BZ1 A; 1NPG A; 3KUO A; 1G0A A; 4ODC A; 3AT5 A; 2ZSN A; 1C7B A; 4G1B A; 3ZJJ A; 3QJD B; 4N7N B; 5ILE A; 2HHE A; 1QXD A; 5D5R A; 2B7H B; 1X9F C; 5IKS A; 2H35 B; 3V2Z A; 2V1J A; 2H8D B; 1J7S B; 1NS9 B; 4JYQ A; 2R80 B; 3WFU A; 1JWN A; 2AUQ A; 4OF9 A; 3GKV B; 3O89 A; 1MGN A; 1Y01 B; 3BCQ A; 1O1J B; 1R1Y A; 1Y5F B; 3M3B A; 2PEG A; 2V1F A; 1SI4 B; 4L7Y A; 1OUT B; 1JP8 A; 1J41 A; 1UX9 A; 5SW7 B; 4FWY A; 1XZ2 B; 1JY7 A; 1ASH A; 1FN3 B; 1SPE A; 1SHR B; 1YDZ B; 1VXG A; 3EDA A; 3VRG A; 1QXE B; 5ILP A; 1V5H A; 3WR1 A; 1A9W A; 3WCW B; 1URV A; 2MGK A; 2ZS1 B; 2D2M A; 1CH1 A; 1XXT B; 1Y8W A; 2GL3 A; 1Y8H A; 1YHU D; 1DXU A; 1T1N B; 3WI8 A; 1ECO A; 2MGB A; 3WCV D; 1MLN A; 3HEP A; 1NIH A; 4HHB A; 2MGC A; 1RTE A; 1LH7 A; 1CG5 A; 1LA6 A; 1HAC B; 1A0U A; 3PI8 A; 1EW6 A; 2O5Q X; 1BZZ B; 1CMY A; 1UMO A; 1VWT A; 1J3Z A; 2VYY A; 1N9I A; 1A6G A; 3MJU B; 3G46 A; 3FS4 B; 3OZU A; 1CH7 A; 1J3Y A; 2D2N A; 2ZST A; 3HHB A; 3PEL B; 1YHR B; 4AVE A; 2GTL C; 1YEV B; 1XZ5 A; 3S66 A; 1A3N B; 1K1K A; 2PGH B; 1D8U A; 2OH9 A; 4F68 A; 4MQG A; 4MQC A; 1YE2 B; 3MKB B; 3E55 A; 3HYU A; 2R4Y A; 4OOD A; 5JGG A; 1KD2 B; 1Y0A A; 1SPG B; 1HBH A; 3ARL A; 2SPO A; 2GNV A; 2HBC A; 1CLS B; 4O4Z A; 3DR9 A; 1VRE A; 1BBB A; 1DO7 A; 1WLA A; 1NS6 A; 3UHU A; 3A0G B; 1RQ3 A; 5CN7 A; 2G11 A; 1O1M A; 1ABY B; 1CH3 A; 3ONZ A; 1O1O B; 3NFE A; 1UIW B; 1MZ0 A; 1WVP A; 2O5S X; 2ZSY A; 3GOU B; 3PI9 A; 3D17 B; 1LFQ A; 5EUI A; 1C40 B; 1JEB B; 1RSE A; 4TYX A; 2ZSR A; 3PT8 B; 3BOM B; 1RVW A; 1YCB A; 1WMU B; 4DWT A; 5AZQ A; 3BA2 A; 4C44 A; 4X0L B; 5E6E A; 2GLN A; 1HBB B; 2LH6 A; 1IDR A; 2HBS A; 1THB B; 3E4N A; 1CG8 B; 3UGY A; 2HBE B; 5CNB A; 2BWH A; 4NS2 A; 3G4U A; 3OO4 A; 1V4W A; 3S65 B; 2M6Z A; 3SZK A; 3QJE B; 1YHU C; 1O1L A; 1C7C B; 1UT0 A; 4PQB A; 1IWH A; 1CIO A; 1Y46 B; 3WCU B; 3LB1 A; 3WCV C; 1Y8K B; 4TWV A; 4WJG A; 1Y2Z A; 3QJC B; 1A00 A; 1YFF A; 3H57 A; 1HAB B; 1A01 B; 1GVH A; 2ZLT B; 4NZI A; 2DN1 B; 4UUR A; 2IG3 A; 1N9F A; 1LFL A; 1LHS A; 1Y09 A; 1QI8 A; 1RQA B; 1GLI A; 1YGF B; 1NQP A; 1YIE B; 1DXC A; 2VHB A; 1GBU B; 1YH9 A; 2EKU A; 1GZX B; 1VXF A; 4HRT B; 1YEU A; 2BLH A; 1ABW A; 2HCO A; 3S1I A; 3PI3 A; 2V1H A; 1J7W B; 3MVC A; 4ROL A; 3K8B B; 2D60 B; 2VM0 A; 1HCO A; 1B0B A; 1FSX B; 1Y0D B; 1BIJ B; 2FRI X; 1CQ2 A; 1A0U B; 1Y4Q B; 4MU5 A; 1Y7D A; 2WY4 A; 3WTG A; 1MLQ A; 3ODQ A; 3RGK A; 4NXA A; 2EVP A; 5EE4 D; 2ZS0 A; 4NI1 B; 2EB9 A; 3WCW D; 3WCT A; 1TU9 A; 3OGB A; 2ZS1 D; 3ORD A; 1CP0 A; 3QM9 A; 4ESA A; 1G0B A; 4N8T A; 1O1P A; 1S69 A; 5JOM A; 3EOK B; 2MGG A; 3QQR A; 1U7S A; 2VYW A; 1Y83 B; 1DXT B; 3GYS B; 1K0Y A; 1O1I A; 5CNF A; 4U8U B; 1SDK B; 5JDO F; 3HRW A; 5KER A; 3ZJP A; 1Y4G B; 1PBX B; 1O1K B; 1C7D B; 1LH3 A; 2AUP A; 4F6B A; 1XY0 B; 1MYT A; 1O16 A; 1Y45 B; 1DO3 A; 3QZX A; 3D1A B; 1Y5K B; 2W72 C; 5E83 B; 5CN6 A; 3R5I B; 2XKH A; 3UH5 A; 1HHO B; 4G51 B; 3ONZ B; 4FH6 A; 3UHN A; 4F4O A; 1MYJ A; 1COH A; 1JPB A; 3WCP A; 1V4X A; 2RI4 B; 1YCA A; 3UHG A; 1UX8 A; 5ILR A; 2QMB B; 1LFT A; 1YMA A; 1JZK A; 2HZ1 A; 1YIH B; 2W6X A; 1VRF A; 3OJ1 A; 1MNI A; 2W6V A; 1Y0C B; 5C6E A; 3QM5 A; 1J7Y B; 3GQR B; 1YMB A; 4DC7 A; 3GLN A; 3KMF A; 2QLS B; 3QZZ A; 3ZJL A; 3FH9 A; 3ZJR A; 1GCW B; 1V75 A; 2ZLU B; 1NZ4 A; 4YU3 B; 4IRO B; 1CH4 A; 1LH1 A; 2HHB B; 3VRF A; 3LB2 A; 2Z6T A; 5EET A; 1MNJ A; 2G0X A; 3AT6 A; 2LHB A; 2QSS B; 1GDJ A; 1HBS A; 2RAO A; 2YRS B; 1Y31 A; 6HBI A; 4MQI B; 1A0Z A; 1G9V A; 3UGZ A; 5F0B A; 3HXN B; 2HBD A; 1RPS A; 1N9H A; 1Y7G B; 3TM3 A; 3WCW C; 1XZV A; 1LFY B; 1OUU A; 1R1X A; 4N7O A; 2H8F B; 6HBW A; 3P5Q A; 2WTH A; 2ZS1 C; 4KJT A; 1BZP A; 1Z8U B; 2FAL A; 3WCU D; 1Y22 A; 3ASE A; 3WFX A; 3TLD A; 3AQ7 A; 1MLM A; 4TWU A; 3EU1 B; 1HDA A; 1QSH B; 1HBA A; 1X9F A; 1RQ4 A; 4FWX A; 3E5O A; 1YVQ B; 1S5Y B; 1HDB A; 1SDL B; 1Y0W B; 2DN2 B; 4DC8 A; 1LFZ B; 3E5I A; 1HDS B; 1J40 A; 3EDB A; 2DHB A; 4HRR A; 1BUW A; 1VXC A; 2OIF A; 2QU0 A; 1Y4P B; 1FDH A; 3ARJ A; 3DHT A; 3DHR A; 2ZFO A; 4N7P A; 3DUT A; 2FRJ X; 1F65 A; 3IA3 B; 3WCT B; 3W4U B; 1XZ7 A; 3OO5 A; 2D2M D; 1G0B B; 3LR7 A; 5CN4 A; 1FHJ A; 2LH7 A; 2MGM A; 1DWT A; 3PI4 A; 3UH3 A; 1A6K A; 1JL7 A; 1MBN A; 3G52 A; 5E29 B; 1HGC A; 1OR4 A; 1Y4B A; 2EF2 A; 2R1H B; 1O1N B; 3G53 A; 5C6Y A; 1Y8I A; 3SDH A; 1HBR B; 2DN3 A; 1IBE B; 3NL7 A; 1MKO B; 4JAC A; 1H97 A; 3CY5 A; 3KUN A; 4MQK A; 1S0H B; 3A2G A; 1MYF A; 1YEQ A; 2IN4 A; 1MWB A; 1YOI A; 1RTX A; 2D5X A; 2ZFO C; 1FAW B; 1QSI A; 1Y4V B; 3B75 B; 1YE0 B; 1S5X A; 2ZLX B; 4DWU A; 1J3F A; 1VXH A; 2Z6S A; 3A5A A; 2Z6N B; 1CBM A; 3UH6 A; 1F5P A; 1Y85 B; 1BVC A; 2QFN A; 2G0Z A; 1Y35 B; 3K9Z A; 1UFJ A; 5ILM A; 2NRM A; 1A3O A; 2G0V A; 4U8U D; 1XZ4 A; 3HF4 B; 4MXK A; 2MHB A; 4MQJ B; 1NAZ A; 1BZ0 A; 5HU6 B; 3ZJH A; 2GTL A; 3GDJ B; 3WFT A; 3NMM B; 1BAB B; 4KN3 A; 2JHO A; 3MJP B; 5HLX A; 3ARK A; 4PQ6 A; 1NEJ B; 2ZSP A; 1MBA A; 3IC2 A; 2ZLW A; 3IC0 A; 3ZOM A; 1JL6 A; 3GK9 A; 1HSY A; 4G1V A; 2QSP A; 3WCU C; 1LTW A; 3WHM A; 3QJB B; 1A4F A; 3BJ2 A; 3PT7 B; 1YHE B; 2HBF B; 5B85 A; 1XQ5 B; 1DUK A; 1IRD B; 2HBG A; 1CH2 A; 4H2L A; 3PIA A; 1AJ9 A; 1Y7C A; 3BJ1 B; 3ZJO A; 3MBA A; 4H0B A; 1MOD A; 4WCH D; 1HGB B; 2GKM A; 1NWN A; 2GRH A; 1MYI A; 1Y31 B; 1Y7Z B; 3BJ3 B; 2HHD B; 3UH7 A; 2ZFB B; 1YMC A; 1UFP A; 4MXL A; 1Y4R B; 1DKE A; 1GCV B; 3A5B A; 5HY8 A; 3MYM A; 1LH2 A; 1OUU B; 1Y4F A; 6HBW B; 1M9P B; 5EV5 A; 2D5Z B; 2D6C A; 4QAU A; 4ZVA A; 1B86 B; 4AVD A; 2AUR A; 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5JDO D; 1NGK A; 3UHD A; 1HBG A; 1G08 A; 2V1G A; 1CMY B; 1GBV A; 1VWT B; 4KMW A; 3U3E A; 2MYA A; 4ROM A; 4NI0 A; 1J3Z B; 3AG0 A; 2ZSO A; 1VXA A; 2W72 A; 1V4U A; 1BJE A; 3UBV A; 1A6N A; 2ZSS A; 1J3Y B; 2D2N B; 3HHB B; 3D1K A; 1VXD A; 2LH3 A; 2XYK A; 1XZ5 B; 3S66 B; 1K1K B; 3MYN A; 3M39 A; 2ZT0 A; 2MGF A; 4PQC A; 3QJD A; 4N7N A; 1BZR A; 4MQG B; 4MQC B; 2EKT A; 3HYU B; 3UHH A; 2B7H A; 5JGG B; 3UHK A; 3S1J A; 2H35 A; 1V07 A; 5HLU A; 1URY A; 3UHY A; 1Y0A B; 2H8D A; 1J7S A; 1JP9 A; 2R80 A; 1HBH B; 1MNK A; 1BIN A; 1JW8 A; 1YOG A; 2HBC B; 3GKV A; 2AV3 A; 4F6F A; 4B3W A; 1BBB B; 4F6D A; 2CMM A; 110M A; 2Z8A A; 2VYZ A; 1DTI A; 1NS6 B; 1O1J A; 3UHS A; 1Y5F A; 1MCY A; 1RQ3 B; 2O5M X; 1O1M B; 2W31 A; 1SI4 A; 5D1V A; 3NFE B; 1HBI A; 2O5L X; 1OUT A; 1MWC A; 3ZHW A; 2ZT2 A; 5SW7 A; 1XZ2 A; 3PI9 B; 1LFQ B; 5EUI B; 1FN3 A; 1SHR A; 1YDZ A; 1V9Q A; 1RVW B; 1QXE A; 1MLU A; 2ZSQ A; 5E6E B; 3UHX A; 3WCW A; 2O5T X; 1ECD A; 3UHW A; 5EQM A; 2HBS B; 1OBM A; 2ZS1 A; 1MNH A; 2OHB A; 1XXT A; 4UIQ A; 2QFK A; 1MBC A; 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