The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
57
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sequence length |
146
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structure length |
146
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Chain Sequence |
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Determination of Pathways for Oxygen Binding to Human HbA
rcsb |
| molecule tags |
Oxygen transport
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Hemoglobin subunit alpha
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| total genus |
57
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| structure length |
146
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| sequence length |
146
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-01-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3VRG B; 1Y83 B; 3LR9 A; 2MGH A; 1R1X B; 3A59 B; 4G1V A; 4H07 A; 1JZM A; 3IC2 B; 3WCT A; 1Y7D A; 1VXB A; 1HBH A; 2ZS1 A; 2ZLW A; 3HYU A; 3S66 A; 1Y4Q A; 5E29 B; 4NI1 A; 1V75 A; 1IRD B; 4F6I A; 1HHO B; 5CHQ A; 1YH9 B; 1Y85 A; 2GRF A; 1YEQ A; 1GCV B; 1Y35 B; 1KFR A; 2QRW A; 1HBA A; 1V4X A; 2QMB A; 1X46 A; 1GCW B; 3UHG A; 2QU0 B; 1K1K A; 1K0Y B; 3A2G A; 2HBE B; 2FRK X; 3S1J A; 3EOK A; 1XY0 B; 1O1P B; 4FC3 B; 3LHB A; 3NG6 A; 4N7O B; 1CQ2 A; 3MOU A; 1F5O A; 1XXT A; 3KMF C; 1MBA A; 3EU1 B; 1FSL A; 1CLS A; 1IDR A; 3MJU A; 3ORD A; 4L2M A; 3MKB A; 5MBA A; 3CY5 B; 1HAB B; 2ZT2 A; 1T1N B; 1YOI A; 4F6F A; 1MLH A; 3GQP B; 3UHH A; 1HBR A; 1URY A; 2VLY A; 1N9F A; 1XZU B; 1LFV B; 1MLJ A; 2OIF A; 1VXH A; 3ONZ A; 4C0N A; 1MTK A; 1VRF A; 2NX0 A; 4JYQ A; 2WTH A; 1YHR A; 1X3K A; 1NWN A; 1MOA A; 1Y4G A; 3S65 B; 2IG3 A; 5HLX A; 1Y0T A; 1RQA A; 4HRT B; 1RQ4 B; 2EVK A; 2SPO A; 4XS0 B; 2ZST A; 1GZX B; 1BVD A; 1MLQ A; 1DXV A; 1UVY A; 1Y4R B; 3NMM B; 5CND A; 4NS2 A; 2EF2 A; 2JHO A; 1DKE B; 1LH3 A; 2HBG A; 109M A; 2VRY A; 4MQH B; 1MLG A; 3VRE A; 1SPG A; 4YU4 B; 1CP5 A; 3QM9 A; 5CNC A; 1W92 A; 1N9H A; 1MLF A; 2DN1 B; 4H0B A; 3H58 A; 1VXA A; 3A0G A; 1ITH A; 3VAU A; 2PGH B; 1Y4P B; 3LB1 A; 1NPG A; 4F6G A; 1MLM A; 3WTG A; 3UHS A; 1L2K A; 1DXT B; 2W6V B; 1KR7 A; 107M A; 3FS4 A; 2NSS A; 3VRF A; 1J7Y A; 1XYE B; 1NIH A; 2GNW A; 1Y0W A; 3OJ1 A; 4YU3 B; 1YIE B; 3AT6 A; 1BZ6 A; 2IN4 A; 3QMA A; 2W6Y A; 1O1N A; 1MOH A; 3UH3 A; 1HLM A; 1Y4V A; 1BIJ A; 3GOU B; 1VXG A; 2H35 A; 1OR6 A; 2ZFO A; 1AJ9 B; 3ZJS A; 2G0Z A; 1YGF B; 1RVW A; 1BZR A; 1G0B B; 3WFX A; 1V5H A; 3PIA B; 1S56 A; 5E6E B; 2G0R A; 5HY8 A; 1CQX A; 1N9I A; 3BJ1 A; 102M A; 1O1J B; 1O1I A; 1SHR A; 3D4X A; 1IT3 A; 1D8U A; 2HBD A; 2DN3 B; 1GLI B; 1RQ3 A; 1NGK A; 1NQP A; 1EW6 A; 5SW7 B; 1GDI A; 3GKT A; 3QJE A; 1YOG A; 2EKT A; 4IRO B; 1SI4 B; 1QI8 B; 4HHB A; 4KMW A; 1XQ5 B; 1EWA A; 4XDI A; 1QPW A; 1NS6 B; 1DUK A; 2RAO A; 1MTJ A; 1S6A A; 2MGK A; 1HBB B; 3DHR A; 2FAL A; 1MWC A; 1VWT A; 2MYA A; 3BOM A; 2GL3 A; 1Y8K B; 1CP0 A; 1YG5 A; 2HZ3 A; 2NRM A; 1BAB B; 2DHB A; 101M A; 2ZS0 D; 3AT5 A; 1O1O A; 1LH7 A; 5KKK A; 1Y22 A; 2ZS0 C; 2GTL B; 5ILP A; 1PMB A; 4MU5 A; 3BJ3 B; 1C7B A; 2Z8A A; 2OH8 A; 4FWY A; 5JGG A; 5HU6 B; 3BA2 A; 3GYS A; 1BBB B; 1YE2 B; 1V9Q A; 3ZJI A; 2HZ1 A; 1BZP A; 1G0A A; 3NL7 B; 2XYK A; 1M9P B; 3UGZ A; 1QSI A; 1YOH A; 3NFE B; 4O1T A; 1YVQ A; 2HBC A; 1OBM A; 2ZSY A; 2M6Z A; 5JDO E; 4MXL A; 5F0B A; 5CN5 A; 1S61 A; 1Y09 B; 4MQI A; 4WCH D; 1C40 B; 4MBN A; 5D5R A; 1NZ5 A; 3PI4 A; 3WCV D; 1Y5F B; 1OUT A; 1J41 B; 3WCV C; 2D2M A; 5EU2 A; 4TYX A; 1THB A; 2VEB A; 1V4U B; 2VHB A; 1LJW B; 1YHU A; 4NZI A; 2Z85 A; 1GJN A; 3QJC B; 2GKM A; 2C0K A; 2SPL A; 5E83 B; 2AA1 A; 1DWS A; 1NZ3 A; 1JL7 A; 5CNB A; 3MVC A; 2V1I A; 4M4A B; 2CMM A; 3G4V A; 3PI9 B; 3UHR A; 1C7C B; 1MBD A; 2FRF A; 3OZW A; 1RPS B; 4F6D A; 2ZLX B; 1BZ0 A; 5KER A; 2GNV A; 2HBS B; 2MB5 A; 4AVD A; 3ARL A; 1B86 A; 1J7S B; 1JY7 A; 1HBH B; 1Y5J A; 3QJB A; 3HYU B; 2D5Z B; 1Y4Q B; 2QFK A; 4M4B A; 1GDK A; 1SDK A; 2V1J A; 3A9M A; 4FWZ A; 1G08 B; 1QXE B; 5IKS A; 1Y85 B; 1UIW A; 1Y45 A; 2QFN A; 1YEQ B; 4U8U C; 1YEO A; 1ECD A; 1DLY A; 3A5G A; 3W4U A; 3CIU A; 1UMO A; 1YEN B; 1CH5 A; 1Y8W A; 2LHB A; 2MGA A; 4AVE A; 1ABY A; 1Y31 A; 1Y7G A; 2H8D B; 1F65 A; 3HF4 A; 1XXT B; 5EET A; 1YE0 B; 3GK9 A; 2ZT3 A; 5AB8 A; 3MKB B; 3GKV A; 3K3U A; 1AZI A; 3KMF A; 4F6J A; 2AUP A; 1YCB A; 2KSC A; 1HBR B; 2DXM A; 1YDZ B; 1YFF B; 1NEJ B; 3SDN A; 4F4O B; 1YEU B; 2BWH A; 1LHS A; 2GLN A; 4UZV A; 2HHD B; 111M A; 3PI8 B; 3UBV A; 2AUQ A; 3O89 A; 3EDB A; 1A4F A; 2QLS A; 1HGB B; 1BUW B; 2G0S A; 1MZ0 A; 3M3B A; 1HAC B; 2VYY A; 3PEL A; 3QM8 A; 1ABW B; 2VLX A; 1SDL A; 3HHB B; 2O5S X; 1Y4F A; 1LH2 A; 3E55 A; 1A0Z B; 3UGY A; 3WCW B; 1CH9 A; 1S5X B; 1S5Y B; 2ZSN A; 1CBL A; 1HRM A; 3ECL A; 5KDQ A; 4SDH A; 3WCU B; 5C6E B; 2ZSQ A; 1IT2 A; 1SWM A; 4HRR A; 5EQM A; 1A00 A; 2ZWJ A; 1NZ2 A; 1DXU B; 2ZLU B; 1UT0 A; 3S48 C; 3WTG B; 4JAC A; 1FAW B; 2R4X A; 1IBE A; 1GBV B; 1MBS A; 1LA6 B; 4N7N A; 1FSX A; 3MJP A; 3G53 A; 1J7Y B; 7HBI A; 1DWR A; 2BLH A; 1HDB B; 3R5I B; 2D2N B; 3QZX A; 3V2V A; 1Y5K A; 1MKO A; 4PQ6 A; 1O1K A; 3O7N A; 4X0L A; 1O1N B; 1HGA B; 2H8F A; 1F63 A; 1MWD A; 1EBT A; 2D5X A; 1YMC A; 3PI3 A; 2OH9 A; 1LFT A; 3ZOM A; 1KD2 B; 1XCH A; 1BZ1 A; 1HDA B; 1QSH A; 3QQR A; 5JOM A; 3H57 A; 4L7Y A; 2YRS A; 3DR9 A; 1HCO A; 3BJ1 B; 1DO3 A; 1JEB B; 1GDJ A; 1Y0C A; 2QSS B; 1Y46 B; 4MQK B; 3BJ2 A; 3M39 A; 1Y01 B; 3BCQ B; 3LB4 A; 1RQ3 B; 1SPE A; 2GKN A; 2BNL A; 1MYF A; 1NQP B; 1XZV B; 4MQJ A; 1FN3 B; 3OO5 B; 3HC9 A; 1IWH B; 1X9F B; 2GDM A; 3LQD B; 1HGC B; 2G10 A; 2ZT0 A; 4MQG A; 1CMY A; 2Z6S A; 4OF9 A; 4ODC B; 3OO4 A; 3QM7 A; 3SZK A; 2NSR A; 1DO7 A; 2LH3 A; 2RI4 A; 3B75 A; 6HBW B; 1J7W B; 2G3H A; 103M A; 2RAO B; 1LFL A; 1J40 A; 3WR1 A; 1DTI A; 5EE4 D; 3GLN A; 2R4Z A; 3ZJN A; 5EE4 C; 4NXA A; 1A6G A; 1XZ5 A; 1PBX A; 2QSP B; 3OZV A; 1C7D B; 3D17 A; 1DXC A; 4KN3 A; 1G9V A; 3QJD A; 2GRZ A; 1FDH G; 4MQC A; 1ECA A; 3PT8 B; 3DUT B; 3WFW A; 3AT5 B; 2EVP A; 1DXD A; 3WFT A; 1CH1 A; 2W72 B; 1HBS A; 3G46 A; 1S0H A; 3GDJ A; 1A3O A; 1V4W A; 2ZS0 A; 1LFY A; 1MNH A; 2Z6T A; 3DHT B; 2SPM A; 1YMA A; 2GTL D; 2XKH A; 1JP6 A; 1EBC A; 4ESA B; 1DO1 A; 2BMM A; 3HEP A; 2FRI X; 2GTL C; 3PI2 A; 2BLJ M; 1JL6 A; 2PEG A; 1NS9 A; 1LFQ A; 1Y8I A; 2HBF B; 4UIQ A; 2HCO B; 1A3N A; 1RSE A; 1MNJ A; 2XKI A; 3G4Q A; 4N8T A; 5HLU A; 2W31 A; 3ZJQ A; 2MGB A; 2NRL A; 3WCV A; 1Y0D A; 1UX9 A; 2ZSO A; 3UHC A; 2OLP A; 3AQ5 A; 2O5M X; 4HSX A; 4FWX A; 1YZI B; 1YVT B; 1HDS B; 4ROL B; 2MGI A; 1Y4B B; 3AQ6 A; 1FHJ A; 1CG8 A; 2MGJ A; 1Z8U B; 3U3E A; 3G4W A; 1B0B A; 2R1H B; 3OK5 A; 1A01 A; 3GQR A; 2GRH A; 3QJB B; 108M A; 1CG5 A; 1R1Y A; 2V1K A; 3E4N A; 3FH9 B; 4O2G A; 1Y83 A; 3P5Q B; 1OFK A; 1R1X A; 110M A; 3A59 A; 1FDH A; 4VHB A; 3UH5 A; 2Z6N B; 3ZOL A; 3E5O A; 1MOB A; 4U8U A; 1Y2Z B; 2LH1 A; 2O5T X; 4F6B A; 1IRD A; 5AZQ A; 2G12 A; 2V1G A; 2BLI A; 4TWU A; 1YH9 A; 2ZSR A; 1COH A; 1HV4 B; 1Y35 A; 2OHB A; 4G51 B; 1GCW A; 2QU0 A; 1K0Y A; 1XZ4 B; 1CIO A; 3UHU A; 2HBE A; 4NI0 B; 4O4Z A; 5CN8 A; 1XY0 A; 1LFZ B; 1O1P A; 4FC3 A; 2ZLV A; 4WJG 1; 4N7O A; 1MYM A; 5EUI B; 3D1A B; 4F68 A; 3PT7 B; 1LH5 A; 2ZSX A; 4KJT A; 1J3Z B; 1FLP A; 4NXC A; 5EYS A; 1TU9 A; 4G1B A; 1BZZ B; 3CY5 A; 1T1N A; 2ZT4 A; 3GQP A; 3K8B B; 3ODQ B; 1XZU A; 1LFV A; 3WCP A; 2LH6 A; 1Y0A B; 2ZFB B; 1SDL B; 3K9Z A; 1Y4F B; 1Y7Z B; 4HSW A; 1YIH B; 2O5O X; 5D1V A; 3S65 A; 2WTG A; 1XZ7 A; 3WCW D; 4HRT A; 1RQ4 A; 4N7P B; 2D60 B; 3WCW C; 1O1M B; 1O1L B; 3WCU D; 2MYE A; 2V1E A; 3NMM A; 3UHK A; 1YHE B; 1DKE A; 3WCU C; 1UFP A; 1GBU B; 1VRE A; 2O58 X; 3WHM B; 4BJA A; 1OFJ A; 4MQH A; 1Y7C B; 3IC0 B; 2WY4 A; 1UC3 A; 4YU4 A; 3UHB A; 2ZLT B; 1Y5K B; 1MKO B; 3M3A A; 1CO8 A; 3A5B A; 4X0L B; 1Y4P A; 2B7H A; 2OHA A; 1CH2 A; 1DXT A; 2W6V A; 2D2N D; 2ZT1 A; 1DM1 A; 2D2N C; 3WCT B; 6HBI A; 106M A; 1Y7D B; 4L7Y B; 2ZS1 B; 2ZLW B; 2BKM A; 3S66 B; 1JF4 A; 4PQB A; 1HCO B; 1YIE A; 4NI1 B; 1V75 B; 2V1H A; 3GOU A; 3HXN A; 1EMY A; 3ZJL A; 5CN7 A; 1AJ9 A; 1HBA B; 1V4X B; 2QMB B; 4MQJ B; 2SPN A; 1YGF A; 1YEV A; 1K1K B; 112M A; 1G0B A; 3PIA A; 3EOK B; 1HJT A; 1LH1 A; 5E6E A; 5HAV A; 3NG6 B; 2MBW A; 1X9F D; 1CLS B; 2DN3 A; 1X9F C; 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4M4A A; 4DC7 A; 4UUR A; 3PI9 A; 1CG5 B; 1R1Y B; 3RJ6 A; 5HY8 B; 2D6C A; 3SDH A; 3AQ7 A; 3R0G A; 1O1I B; 1SHR B; 1RPS A; 3D4X B; 2ZLX A; 2HBD B; 1HBG A; 2HBS A; 4U8U B; 5ILR A; 1VXC A; 1J7S A; 4DWT A; 1IRC A; 2D5Z A; 4KMV A; 3QJE B; 3ZHW A; 1G08 A; 1QXE A; 4HHB B; 1COH B; 1DO4 A; 1QPW B; 2HHB A; 3G4U A; 1JZK A; 2R4W A; 1VXF A; 1YEN A; 1J3Y A; 3DHR B; 2ZLV B; 2LH5 A; 1VWT B; 1J3F A; 3BOM B; 2H8D A; 1YG5 B; 1YE0 A; 1Y8H A; 3ZJP A; 1YGD A; 3UHW A; 2DHB B; 5HBI A; 2AV3 A; 3AQ9 A; 3UHX A; 1O1O B; 1Y22 B; 1A0U A; 2FAM A; 1JPB A; 1YDZ A; 2MYC A; 1YFF A; 1NEJ A; 3WCP B; 1C7B B; 4F4O A; 1YEU A; 5JGG B; 5JDO D; 2MGM A; 2HHD A; 3GYS B; 3PI8 A; 1G0A B; 5JDO C; 1RTE A; 3D1K A; 1Q1F A; 1JP8 A; 3S1I A; 1QSI B; 1JF3 A; 3UHY A; 2EB9 A; 1YVQ B; 1HGB A; 2HBC B; 1ABS A; 1BUW A; 3G4R A; 2M6Z B; 1UVX A; 1MYJ A; 4DC8 A; 1HAC A; 1XZ7 B; 3ZJO A; 1U7S A; 2MGG A; 1NXF A; 1QXD A; 1ABW A; 4MQI B; 1N9X A; 3HHB A; 1OUT B; 3TLD A; 3ED9 A; 4LPI A; 2D2M B; 1WMU A; 1CBM A; 2MYD A; 1A0Z A; 1THB B; 3PI1 A; 3WCW A; 1A9W E; 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