The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
61
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sequence length |
141
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structure length |
141
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Chain Sequence |
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Determination of Pathways for Oxygen Binding to Human HbA
rcsb |
| molecule keywords |
Hemoglobin subunit alpha
|
| molecule tags |
Oxygen transport
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
61
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| structure length |
141
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| sequence length |
141
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| chains with identical sequence |
C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-01-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5JGG A; 4AVD A; 1Y01 B; 2BLI A; 4PQC A; 1UX9 A; 2V1F A; 2BW9 M; 5AZR A; 2ZS1 D; 2LH6 A; 1LA6 A; 4JAC A; 1YEV B; 4DC7 A; 1JP8 A; 4LPI A; 2ZLU B; 3NL7 B; 4TWV A; 3UHQ A; 2QLS A; 1YFF A; 4DWU A; 1YHR A; 2ZLU A; 4UIQ A; 3NL7 A; 5CNG A; 5M3S A; 1Y8K B; 2H35 B; 3QJE B; 1WLA A; 4NXC A; 4PQ6 A; 2R4W A; 4L2M A; 2GNV A; 3PI8 B; 1IOP A; 1I3D A; 2H35 A; 1LFV B; 2HBC B; 3ZJJ A; 1J7Y B; 1KD2 A; 2OH8 A; 3PT8 A; 2LH1 A; 3PI8 A; 3OVU C; 1LFV A; 2HBC A; 1J7Y A; 3S1J A; 1YCB A; 1NAZ A; 1R1Y B; 1BBB A; 3ZJO A; 3A5G A; 4HSX A; 5CND A; 4WJG 1; 1QSI B; 3LR7 A; 2M6Z B; 2Z6T A; 1Y7C A; 3HYU B; 4UUR A; 1XZU B; 2M6Z A; 1MBN A; 3PT7 B; 1JF3 A; 3DHR B; 4MQH B; 2HBS B; 1F5P A; 1XZU A; 2FRJ X; 1BZZ B; 1DWT A; 1MLK A; 1HDA B; 1JL6 A; 3UHC A; 3PT7 A; 2ZLT B; 3DHR A; 1BUW B; 2ZS0 C; 5D5R A; 1BZZ A; 1UIW B; 5KKK A; 1HDA A; 2MGA A; 1EBC A; 3BOM B; 2ZLT A; 1BUW A; 1VHB A; 1IWH B; 3A5A A; 1LFQ B; 2BLJ M; 3BOM A; 2MB5 A; 3PI9 B; 3D1A B; 2PEG B; 1LFQ A; 2NX0 A; 1MOB A; 106M A; 1CO8 A; 1GBU A; 3PI9 A; 3DUT A; 3AQ8 A; 5MBN A; 2PEG A; 3QM9 A; 2GRF A; 4XS0 B; 3ONZ B; 1ABY B; 1MLM A; 4MPM A; 3ZJL A; 1XZ4 B; 1LFZ B; 3ZJI A; 1BZP A; 4XS0 A; 3ONZ A; 1ABY A; 2ZS0 B; 1LFZ A; 2MGB A; 3A2G A; 1J7W B; 2W6W A; 4ILZ A; 4PQB A; 3MYN A; 3A9M A; 1Y4V B; 5C6Y A; 1OUU B; 2HHB B; 1OFJ A; 1J7W A; 4XDI A; 1YE2 A; 1Y4V A; 2HHE B; 1HV4 B; 4M4B A; 1Y5F A; 4X0L B; 4N7P B; 4NXA A; 1SHR A; 101M A; 1X3K A; 1UX8 A; 103M A; 1HSY A; 5MBA A; 3UGZ A; 1HAB B; 1HV4 A; 4X0L A; 3M3B A; 2FRI X; 2W6V A; 3WCT A; 3HEP A; 1J3Z B; 2AUO A; 1YOI A; 3K3U A; 5CN5 A; 1VWT B; 4MQJ A; 3GKV B; 3ZJQ A; 1BZ0 B; 1YHU D; 4MU5 A; 1J3Z A; 3PI3 A; 1VWT A; 3KUN A; 2GTL C; 1BZ0 A; 1SDK B; 2WY4 A; 4NI0 B; 3M39 A; 1SPG B; 3GDJ A; 3WR1 B; 1H97 A; 1SDK A; 1LH1 A; 2O58 X; 1LFY B; 4NI0 A; 5HY8 A; 1SPG A; 3IC0 B; 1V5H A; 1QI8 B; 102M A; 5ILP A; 3AQ5 A; 1MOC A; 1LFY A; 1FHJ A; 3IC0 A; 1QI8 A; 1SPE A; 3ZJH A; 2LHB A; 3UHK A; 2ZSO A; 2G0V A; 1GLI A; 1LTW A; 3FS4 B; 1B86 B; 3UHI A; 1QPW A; 1F63 A; 2GTL B; 3FS4 A; 3QJB A; 4TYX A; 3ECX A; 1B86 A; 4F6G A; 2AV3 A; 2NRL A; 2GTL A; 1Y8I B; 3UHN A; 1OFK A; 5EV5 A; 1Y0W B; 5CN8 A; 1TES A; 1Z8U B; 3OK5 A; 1Y8I A; 1HBR B; 1MNI A; 1X9F D; 1RPS B; 1CH3 A; 1YVQ B; 3UHD A; 1J3F A; 1Y0W A; 2V1I A; 1HBB B; 3BA2 A; 4O4T A; 1S69 A; 1Y46 B; 1YVQ A; 4B4Y A; 1JL7 A; 4KMV A; 1HBB A; 2QU0 A; 4MBA A; 1NPF A; 1DXC A; 1MLU A; 1NZ4 A; 3ZOM A; 1IT3 A; 2ZSR A; 3R5I B; 5D1V A; 2MGE A; 1XY0 B; 2ZT4 A; 2HZ2 A; 1JZL A; 3HHB B; 1PMB A; 2VHB A; 1Y0A B; 5HLX A; 3ZHW A; 1B0B A; 1YEU B; 4ROL A; 2B7H B; 1IT2 A; 2OHB A; 109M A; 1MYZ A; 1CQX A; 3U3E A; 4MAX A; 3MVC A; 2C0K A; 1S5Y B; 1EMY A; 3RGK A; 2XKG A; 2B7H A; 1MYF A; 1AJG A; 3D4X B; 1PBX B; 1XZ2 B; 2GRH A; 2DC3 A; 1OR6 A; 2MBW A; 1S5Y A; 1JWN A; 1XZ5 B; 1YEN B; 1JDO A; 1JF4 A; 1NZ5 A; 1XZ2 A; 1X46 A; 1CG8 A; 3P5Q B; 1OJ6 A; 1BVD A; 1VRF A; 4B3W A; 1DUO A; 1YEN A; 3QJC B; 1T1N B; 1GJN A; 1O1M B; 5CNE A; 3P5Q A; 1XYE B; 5KER B; 3LB1 A; 1YIE B; 3QJC A; 1T1N A; 2R4Z A; 1JW8 A; 1DXT B; 1XYE A; 4MQG B; 5KER A; 1RQ4 B; 1YIE A; 4BJA A; 5CN7 A; 4MQG A; 2YRS A; 2AA1 B; 3D1K B; 3UH5 A; 3E55 A; 2HBF A; 1CP0 A; 1MLJ A; 3WFT A; 1K1K A; 3RJN B; 2Z85 A; 1DO3 A; 2R4X A; 2AA1 A; 3K8B B; 4MQI B; 1IBE B; 4F6D A; 3EU1 B; 5JDO F; 2DN3 B; 2GL3 A; 105M A; 3AQ7 A; 1A0U B; 5EE4 C; 4MQI A; 1HJT A; 2VYW A; 1U7R A; 1XZV B; 1M9P B; 2DN3 A; 1A0U A; 1XQ5 B; 3ZJM A; 1MNK A; 4FWZ A; 1LH7 A; 1XZV A; 2AUQ A; 2ZST A; 3WCW C; 1BZ1 B; 1HGB B; 2GRZ A; 1ECO A; 1XQ5 A; 3D7O B; 4N7O B; 3G4Q A; 1L2K A; 1BZ1 A; 2JHO A; 2MYD A; 1Y8W A; 5JDO C; 1HGB A; 2VEB A; 1Y45 B; 3D7O A; 2VEE A; 6HBW B; 2O5O X; 3ECL A; 1M6M A; 1UVY A; 5E83 B; 1Y45 A; 2O5Q X; 3LB2 A; 1CH5 A; 2SPM A; 2R1H B; 2ZT0 A; 5CHQ A; 6HBW A; 3BJ2 B; 2DHB A; 5E83 A; 1DUK A; 1CQ2 A; 2D6C A; 2RAO B; 2R1H A; 2BK9 A; 3UHB A; 3BJ2 A; 4YU4 B; 1VRE A; 2ZSY A; 1S6A A; 2ZT2 A; 1Y31 A; 2RAO A; 3MKB B; 3ZJP A; 1C7D A; 4MXK A; 2VYZ A; 3WCW B; 1G0A B; 2Z6N B; 3NMM B; 3MKB A; 1HDS B; 2ZFO C; 3WCW A; 1G0A A; 2Z6N A; 3NMM A; 5KDQ B; 3W4U B; 1GDL A; 1Y0D B; 1MZ0 A; 1BAB B; 2VLY A; 1NS6 B; 3E5O A; 2EB8 A; 1MYM A; 1NGK A; 1S0H A; 3W4U A; 1A9W E; 3GOU B; 4OOD A; 2EKT A; 2SPO A; 4ZVA A; 1MOA A; 3QQR A; 1NS6 A; 5C6E A; 3HEO A; 1MLO A; 1FAW A; 3GOU A; 4N7N B; 3WCP B; 3BJ1 B; 4HRT A; 1Y22 B; 1O1N A; 1DO7 A; 2EVP A; 3WCP A; 3BJ1 A; 1YEO B; 2MGI A; 1HHO B; 2ZFO B; 1MLN A; 2FAM A; 1YEO A; 1MBI A; 2HBD B; 2MHB B; 2G11 A; 2W31 A; 1HHO A; 3V2Z A; 2ZFO A; 1NQP B; 3MBA A; 3HXN B; 1Y85 B; 4NS2 A; 2QSP B; 1XZ7 B; 3AT6 B; 2G14 A; 1Y4P B; 1YEV A; 2W6X A; 3G52 A; 1J52 A; 1NQP A; 1Y85 A; 1BIJ B; 1XZ7 A; 1MLG A; 4DC8 A; 2E2Y A; 3MOU A; 3MJP B; 1CBM A; 2MGM A; 2MGD A; 4ROM B; 2NSS A; 1BIJ A; 2KSC A; 1Y8K A; 2FRK X; 3MJP A; 2ZWJ A; 3QJE A; 4ROM A; 5EET A; 2AV0 A; 1MYI A; 3G4R A; 3S65 B; 1CO9 A; 1BIN A; 1YE0 B; 2G0S A; 4FWY A; 3S65 A; 1Y4R B; 1HDB B; 1YE0 A; 1N9X A; 1FSL A; 3G4V A; 1HBS B; 3HRW B; 1Y4R A; 1HDB A; 1R1Y A; 2MYA A; 3G46 A; 4ODC B; 1HBS A; 3HRW A; 1QSI A; 1YZI B; 1J40 B; 3HYU A; 3PI4 A; 1NEJ B; 1YZI A; 4MQH A; 2HBS A; 1NEJ A; 1YOH A; 5HLU A; 2ZLV B; 1A00 B; 1Y4B B; 1Y7D B; 1JP6 A; 3O7N A; 2ZLV A; 1A00 A; 1UIW A; 1Y4B A; 1MYH A; 3EDB A; 1Y7D A; 2SPN A; 2W72 C; 1GZX B; 2GLN A; 1IWH A; 2HZ1 A; 3ZOL A; 1GZX A; 1DWS A; 1Y7G B; 4FC3 B; 5JOM A; 3D1A A; 2OLP A; 3KMF C; 1G09 B; 3BJ3 B; 3AQ6 A; 4M4A B; 2BLH A; 3KUO A; 4C0N A; 5CN9 A; 1GCW B; 1YMC A; 3BJ3 A; 1YEQ B; 3G4W A; 3SDH A; 1XZ4 A; 1Y09 B; 4M4A A; 3GK9 A; 3B75 B; 1VXC A; 1GCW A; 5HLQ A; 1DXU B; 4L7Y B; 1QSH B; 4DWT A; 2ZS0 A; 1Y09 A; 3B75 A; 1LFL B; 1G0B B; 1YH9 B; 1DXU A; 2W72 B; 3EDA A; 1QSH A; 1DM1 A; 5B84 A; 2ZSX A; 1S61 A; 1LFL A; 108M A; 1OUU A; 2HHB A; 2D5Z B; 2W72 A; 2LH2 A; 1URV A; 3WFU A; 2HHE A; 4N7P A; 110M A; 1K0Y B; 2H8F B; 2D5Z A; 2G0R A; 1GBV B; 3QM6 A; 1HAB A; 3PI1 A; 4U8U C; 1FDH G; 1K0Y A; 1RTE A; 1Y8H B; 2H8F A; 4JYQ A; 1GBV A; 3UHW A; 3GKV A; 2ZS0 D; 3GKT A; 1HRM A; 2V1K A; 1NS9 B; 1HCO B; 2ZT1 A; 2MYE A; 1FN3 B; 3GQG B; 4TWU A; 1NS9 A; 3UHY A; 1R1X B; 3QQQ A; 4NK2 A; 3MYM A; 1FN3 A; 3AG0 A; 3GQG A; 3WR1 A; 5EU2 A; 1R1X A; 1HGC B; 2O5L X; 1J7S B; 3WCT D; 4U8U B; 1UFP A; 1S5X B; 1VXD A; 2VRY A; 2V1J A; 4U8U A; 1S5X A; 1A6K A; 1G08 B; 104M A; 3ODQ B; 1O1P B; 1MTJ A; 1G08 A; 1S56 A; 1QXD B; 3ODQ A; 3ED9 A; 2ZFB B; 3GYS B; 4MQC B; 3D17 B; 1O1P A; 1UT0 A; 5EOH A; 1CBL A; 1NZ2 A; 2XKI A; 1QXD A; 3ECZ A; 2ZFB A; 3GYS A; 5F0B A; 4AVE A; 3D17 A; 2O5S X; 2HBE B; 1BJE A; 4C44 A; 1DKE B; 2ZSP A; 2D5X B; 2R80 B; 1HBR A; 1RPS A; 3E4N A; 2HBE A; 1IRC A; 3NML A; 1YVT B; 4WCH D; 1LH6 A; 1COH B; 1ABW B; 1Y46 A; 4F68 A; 1MYG A; 2VLX A; 1Y4Q B; 1WMU B; 4MXL A; 3OO5 B; 3ZJS A; 1YVT A; 1A4F B; 4FH6 A; 3BCQ B; 3WCV C; 1JY7 B; 5CNF A; 1COH A; 1ABW A; 3ARJ A; 1MBA A; 1ABS A; 5F2A A; 1RQA B; 1MBO A; 1Y4Q A; 3OO5 A; 2GTL D; 3R5I A; 2HZ3 A; 1A4F A; 1HLB A; 3BCQ A; 1JY7 A; 1YOG A; 2EF2 A; 1IRD B; 3WCU C; 1RQA A; 1XY0 A; 1EW6 A; 4NK1 A; 4NZI A; 3HHB A; 5B85 A; 3E5I A; 3OGB A; 1Y0A A; 2EKU A; 2GNW A; 3K9Z A; 2DN2 B; 1YEU A; 3UHX A; 3HF4 B; 4OF9 A; 4PNJ A; 2MGF A; 3HF4 A; 3G4U A; 3VRF B; 1O1O B; 2D2N C; 3D4X A; 1HBG A; 1O1I B; 1PBX A; 3UHE A; 1XXT B; 3WCV B; 1IDR A; 1XZ5 A; 3VRF A; 1O1O A; 1MDN A; 2W6Y A; 1O1I A; 1O1K B; 1A6N A; 4HRR B; 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4KN3 A; 1CLS B; 5HU6 A; 1MLQ A; 1QXE A; 1JZK A; 1A0Z B; 1CMY A; 1NXF A; 1CLS A; 5EE4 D; 4KMW A; 1A0Z A; 1Y0C B; 3S48 C; 4N7N A; 4F6F A; 2EVK A; 1Y22 A; 2CMM A; 1Y0C A; 2VM0 A; 3WCW D; 1CIO A; 1AZI A; 3G4Y A; 1Y83 B; 1MLL A; 1Y83 A; 5JDO D; 1CPW A; 4VHB A; 1MKO B; 3SZK B; 2HBD A; 2MHB A; 1JEB B; 1YHE B; 2WTH A; 1LA6 B; 3HXN A; 2QSP A; 1MKO A; 3SZK A; 1JEB A; 3AT6 A; 1YHE A; 1Y4P A; 1LJW B; 2QLS B; 1HBH B; 3ASE A; 1YFF B; 3UHH A; 1Y2Z B; 2HBG A; 1YHR B; 1LJW A; 1DLY A; 1J3Y B; 1HBH A; 3OJ1 A; 1Y2Z A; 2NRM A; 2O5M X; 1G9V B; 1J3Y A; 1GCV B; 2ZFO D; 1F5O A; 4F6J A; 1KD2 B; 1I3E A; 3UHS A; 3PT8 B; 3VAU A; 1KFR A; 3OZU A; 1CIK A; 1G9V A; 1GCV A; 1DWR A; 3LR9 A; 3PI2 A; 4F4O B; 3ZJR A; 3OZV A; 3TM9 A; 1BBB B; 4HSW A; 2MGL A; 1MNJ A; 3NFE B; 3R0G A; 3ORD A; 4F4O A; 1A3O B; 1ASH A; 1Y7C B; 4ODC A; 3PIA B; 3NFE A; 1HBA B; 1J40 A; 2R50 A; 5CN4 A; 1A3O A; 2NSR A; 3PIA A; 1YGD B; 1HLM A; 1HBA A; 1DXD A; 1VXG A; 3UHR A; 1MNO A; 3DR9 A; 2SPL A; 1YGD A; 1Y0T B; 1YHU C; 3CY5 B; 1MYJ A; 4UZV A; 4NI1 B; 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