3UHH | Genus

Total Genus 63

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	63
sequence length	145
structure length	145
Chain Sequence	SVYDAAAQLTADVKKDLRDSWKVIGSDKKGNGVALATTLFADNQETIGYFKRLGDVSQGMANDKLRGHSITLMYALQNFIDQLDNPDDLVCVVEKFAVNHITRKISAAEFGKINGPIKKVLASKNFGDKYANAWAKLVAVVQAAL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__0584301469445117__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__0584301469445117__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3UHH/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__0584301469445117__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"0584301469445117","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3UHH/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__0584301469445117__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen storage, oxygen transport
source organism	Scapharca inaequivalvis
publication title	Cooperative macromolecular device revealed by meta-analysis of static and time-resolved structures. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Globin-1
total genus	63
structure length	145
sequence length	145
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2011-11-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	3uhhA00

2VHBA 3B75A 2HBFB 5MBNA 4OODA 2Z6NB 3PELB 4ESAB 1MGNA 5E6EA 4UURA 3UHDA 2ZSTA 2VLZA 4IROB 1O16A 1YE0B 1HBSB 1IRDA 1G0AA 1N9HA 3UHYA 5EUIA 1LFZA 3D7OB 1NZ3A 2MGHA 5E29B 4ILZA 2VM0A 1KR7A 2BW9M 2D60A 2DN3A 1IWHB 4U8UD 1Y0WB 2G0VA 1NPGA 1RPSB 1MYGA 3ZHWA 3WR1B 4UZVA 1YVTB 1XCHA 1DO1A 1C7BA 1QI8B 4FH6A 2W6VB 3QM8A 1A01B 5ILEA 4TWVA 1SHRA 1MLKA 1F65A 3PIAA 4F6IA 2G0ZA 1J7SB 3BJ1B 1C40A 1UVXA 1BUWA 1GBUB 2XKGA 3M3AA 7HBIA 1MLFA 2D2ND 1MNJA 2G12A 3UHSA 1Y0TB 101MA 3EDAA 2W72B 4PNJA 2R4ZA 1HCOA 1YVQA 1G9VB 1ECAA 1Q1FA 1YHUB 2IG3A 1S0HB 1Y4QA 1BVCA 3HRWB 4NI0A 2QSPA 5EQMA 5HLUA 1CIOA 1OUUA 2NX0A 3ECZA 3ODQA 5CNDA 3WCWB 3RGKA 4H0BA 4MQGA 1RVWA 1A0UA 2ZT1A 3NMLA 3OK5A 1SPEA 1NPFA 1DXTA 2AA1A 3GQGB 1Y7ZA 3QQRA 5MBAA 1V4UB 4HSXA 1LFVB 1SI4B 1SPGB 1J3FA 1Y85B 1S69A 1HABA 1GCVB 3UHXA 1CH5A 2Z85A 5EOHA 4YU3B 3U3EA 1IDRA 3D4XB 1DLYA 1F63A 3MJPB 2MYDA 3PT8B 1X3KA 5JDOD 2HBDA 1JZKA 1HBIA 6HBWA 3WFXA 4B3WA 4HRTA 1A3NB 1J7WB 1Y46A 3SZKB 1FDHG 2W6YA 2ZSYA 3UGYA 1CLSB 1DWSA 2RI4B 1FHJA 5HY8A 1V75B 1RQAA 5ILPA 4X0LA 1X9FB 2ZFOC 1VXAA 1THBB 2NRMA 1Y0DA 1H1XA 1OR6A 1JF4A 1GZXB 1MLOA 2GDMA 2ZFOA 1XZ2B 1YDZA 2LH7A 2EKUA 1AZIA 1A3OA 1HGAA 1NIHB 2O5BX 1CIKA 4O4ZA 4MAXA 3G4WA 3BJ2A 3ZJSA 2AUPA 2O5OX 1ABYA 3TM9A 2VLYA 2ZLTA 1BZPA 1LFQA 3MJUA 1Y8WB 1X46A 5JDOE 1O1MA 2BNLA 3UHRA 1HACB 4L7YA 1ASHA 1DXVB 4NXCA 1MLQA 4F6JA 1HGCA 1XZ7B 1JZLA 3UHQA 3IC0B 2V1GA 3RJ6A 1FSXB 4XS0A 1Y5KB 1DLWA 5AZRA 1XXTB 2IN4A 2BMMA 2D5XB 104MA 1BVDA 1C7DA 1Y4RB 1XZVA 3QMAA 3QM5A 3R5IB 3V2VA 4WCHD 3UHCA 2R50A 1NWNA 2QLSA 4HRRB 3AT5B 1SDKA 2ZSQA 1JPBA 1RQ3A 1DO4A 1R1YB 1O1NA 1MBSA 5E83B 3UH3A 1UC3A 2HHBB 3A0GA 1YEVB 4TYXA 3MYNA 3MKBB 1DO3A 1YGFB 1FN3A 3OO4A 4DC8A 5C6EA 110MA 1QPWA 3GQPA 2O5MX 3WFUA 1S5XB 4ZVAA 1EW6A 1BINA 3LQDB 1YG5A 3ECXA 4YU4B 1TU9A 1LJWA 1J41A 3HHBB 1LHSA 1QXDA 3LB3A 2D2MB 1NS6B 2D5ZA 2Z6TA 1LA6A 2ZS1A 1NXFA 1HBHA 3QJBB 1LH1A 1PBXB 1J3ZB 1FAWB 1YHRA 1MNHA 5F0BA 1HHOB 3VREB 2B7HA 1S5YB 4PQBA 1DXUA 1O1PB 3GDJA 3LR9A 1URVA 3WCVA 3ZJNA 2RAOB 3QJCA 2HZ2A 3S65B 1OR4A 3NFEA 1CH9A 2DC3A 1HDSB 3R0GA 2H35B 3WCWD 3WTGA 3B75B 2MGGA 3G46A 5D5RA 106MA 3ED9A 3K8BA 2V1EA 5E6EB 2MGCA 2ZSSA 3D17A 3UHWA 1Z8UB 3GQRA 1UIWA 2R4YA 4MQKA 1IRDB 1G0AB 4ROLA 3OVUC 3UHHA 2GNVA 5EUIB 1LFZB 3MBAA 1LHTA 3G53A 3ONZA 3VHBA 1BZ1A 2W31A 2DN3B 2D60B 1CMYA 3S1JA 1F5OA 3AT6A 4F4OA 2HZ1A 1O1KA 1MLSA 3QQQA 1C7BB 2QU0A 1SDLA 1NZ5A 2ZLVA 1Y7CA 1G09A 1SHRB 5CNCA 1MDNA 3PIAB 1FSLA 1HBGA 2BLJM 3BOMA 1C40B 1X9FD 3M38A 1BUWB 2BLIA 5ILMA 2MYCA 1LFTA 3E4NA 3KUOA 3A5AA 1HCOB 1YVQB 1O1OB 2DN2A 4LPIA 1YIEA 1CG5A 1YENA 1B0BA 1YCBA 1Y4QB 1W92A 1YIHA 3ZJOA 1QSHA 2G0RA 1BIJA 1T1NA 1Y8IB 3UH5A 1LUEA 2MGAA 4MBAA 4NI0B 2GL3A 2QSPB 1Y0CA 1DUOA 1OUUB 2ZLWA 3W4UA 3ODQB 3MVCA 4MQGB 2EF2A 4G1BA 1RVWB 1DXCA 3HENA 4DC7A 2OIFA 1A0UB 1DUKA 1A4FA 2O5SX 1DXTB 2ZSRA 1CQ2A 2AA1B 2V1IA 4H07A 1Y7ZB 4ROMA 1VREA 3QJDA 4ODCA 1NGKA 1G08B 1HABB 3MYMA 1CO8A 1MOCA 2YRSA 3LB4A 3TM3A 3EOKA 4MQCA 3AQ8A 2HBDB 4M4AA 5CN9A 6HBWB 1K0YA 3KUNA 5CN7A 4HRTB 3MOUA 1CBLA 3S1IA 1Y09A 1MYZA 2EVPA 1Y46B 1VWTA 4L2MA 4U8UC 1BZ0A 1MYMA 2ZSZA 1FHJB 5HY8B 1RQAB 3A2GA 2PEGA 2EVKA 1CP5A 1Y0DB 4F68A 2ZT2A 3NL7A 1D8UA 1CH4A 2ZFOB 2D2MD 1A0ZA 1YDZB 2EKTA 1JEBA 3DR9A 1A3OB 1HGAB 1WVPA 4KMVA 1YE2B 2D2NC 1B86A 4M4BA 3G52A 5HBIA 3BJ2B 2GRFA 2BK9A 2VEEA 2D2NA 2ZLTB 3GYSA 1A6MA 1LFQB 3ZJRA 3MJUB 1O1MB 3GOUA 4L7YB 3UHVA 1A9WE 4HHBA 1MBOA 3WCUC 3G4YA 1HGCB 1Y4BA 4XS0B 1DKEA 1MLLA 1ITHA 3WCUA 4FWYA 2BWHA 4O1TA 1UFJA 1C7DB 2DN1A 2O5LX 1XZVB 1MWCA 4QAUA 3ZJLA 5CNFA 3TLDA 1MBNA 2QLSB 1SDKB 1U7SA 1O1NB 1Y8HA 3WI8A 1Y83A 1J3YA 3A0GB 3QZXA 3O7NA 4N7OA 1Y4PA 1OJ6A 1XYEB 1EMYA 2OHAA 1FN3B 3E55A 3PI1A 2GTLC 3OO4B 1RQ4A 1JP6A 1QPWB 5JDOC 2ZT0A 1EWAA 3GQPB 1JZMA 1UMOA 2PGHB 2GTLA 1V9QA 2ZLUA 2G0XA 3IC2A 1YG5B 1MYTA 3A9MA 3DHRA 1LJWB 4O35A 5CNBA 1J41B 2AURA 1QXDB 2D5ZB 1LA6B 2ZS1B 3BA2A 2MYEA 3D1AA 2HZ3A 1LFYA 3ARJA 1YHRB 2AV3A 1M9PA 3PI3A 1MOAA 1OFJA 1DXUB 1TESA 3GDJB 1YMCA 3KMFC 4N7PA 5KERB 1HV4A 4MQJA 1ABWA 3WCVB 5JGGA 3QJCB 1YOHA 4SDHA 1H97A 3NFEB 1YOGA 2R1HA 5HLXA 3HF4A 2HBSA 4F6FA 1CBMA 3WTGB 2MGJA 2FRKX 4NK1A 3MN0A 3PT7A 3K8BB 1XZ4A 1S56A 1JF3A 112MA 3GQRB 1UIWB 4MQHA 4MQKB 2QRWA 4ROLB 3SDNA 3HEPA 1LFLA 1HBBA 2W6WA 3ONZB 1BZ1B 1UT0A 2LH5A 1MKOA 3RJNB 1CMYB 5D1VA 3S66A 1Y5FA 1VXDA 3AT6B 4WJGA 4WJG1 4F4OB 3NG6A 1O1KB 2QU0B 1SDLB 2MGMA 1AJGA 1BJEA 2VYYA 2ZLVB 1Y7CB 4G1VA 1G09B 2BLHA 1N9XA 3EU1A 1LTWA 5B84A 1IT2A 5CHRA 3D1KA 3BOMB 3ARLA 3UHTA 1K1KA 1VHBA 2MGBA 3WR1A 5KDQA 3LB2A 2ZT3A 3NMMA 1LFTB 2W6VA 3BCQA 3OGBA 1BZRA 2ZS0C 1S6AA 1J7YA 1MZ0A 1EBTA 2DN2B 5HLQA 5CMVA 2ZS0A 1YIEB 1LH2A 1CG5B 1YENB 1HLBA 1CH2A 1JL7A 3UHBA 3UI0A 1GBUA 1KFRA 1YIHB 2W72C 5EYSA 1MBCA 2HBEA 1QSHB 3FH9A 2XKHA 1BIJB 1T1NB 1YEOA 3M39A 4H2LA 1MOHA 1Y0CB 2ZLWB 3W4UB 2ZSOA 2GKMA 1BZZA 1MYHA 1IBEA 3DHTA 5HU6A 1A4FB 1GBVA 1V5HA 4NK2A 4ROMB 1GDKA 3O89A 3QJDB 4B4YA 1BZ6A 4ODCB 3WCWC 5EE4C 2MYBA 2MGDA 3HYUA 3A59A 2YRSB 2GLNA 3WFWA 1BBBA 2FALA 1OBMA 3BJ3A 3EOKB 1XZUA 3WCTC 1CH7A 1O1JA 2H8FA 4MQCB 1XQ5A 1YHUD 1OUTA 3HXNA 3HEOA 3G4VA 4M4AB 1Y4FB 1COHA 1K0YB 4NXAA 1Y8KB 1DWTA 3WCTA 3PI9A 4N8TA 2SPNA 1Y09B 5CN6A 4C44A 1VWTB 4KMWA 111MA 1WMUA 3UBCA 3AQ5A 1NEJA 2V1KA 4MPMA 3UHNA 5AZQA 2H8DA 1BZ0B 4MBNA 4N7NA 1F5PA 2PEGB 2WTHA 1ABSA 1Y5JA 2C0KA 3NL7B 1A0ZB 1MBDA 2ZS1D 1JEBB 1DTIA 4HSWA 1MODA 1X9FC 4AVEA 4IT8A 1LH5A 3QM9A 1B86B 1YEQA 4M4BB 3UH7A 1X9FA 1QSIA 5C6YA 3QZZA 4DWUA 3WCVD 2SPOA 2WTGA 1Y2ZA 3K9ZA 3GYSB 3WFTA 2VYZA 1PMBA 3GOUB 1NIHA 4NI1A 2M6ZA 4HHBB 2QSSA 3WHMA 3K3UA 1ECDA 2HHEA 2R80A 102MA 1Y01B 3ZOMA 1DKEB 1Y4GA 4VHBA 3WCUB 4KN3A 2DN1B 1HDBA 1CO9A 1HSYA 1N9IA 1YGDA 1GLIA 5EYJA 1Y8HB 1Y7GA 1Y83B 1J3YB 1JP8A 3ORDA 2NSSA 1Y4PB 4N7OB 1RQ4B 3UHKA 1MOBA 4FWZA 1NQPA 1Y35A 2GTLB 1HGBA 1V4WA 1MYIA 5EETA 3IC2B 1MLUA 2ZSPA 3DHRB 1YZIA 2DHBA 2G11A 2MBWA 2MGFA 2HCOA 1AJ9A 3D1AB 1MLHA 1HBAA 3DUTA 3GKTA 4O4TA 3AQ7A 1M9PB 1YEUA 3SDHA 1RTXA 2MGEA 1O1LA 4N7PB 2V1JA 2XKIA 1HV4B 1ABWB 5JGGB 5AB8A 3FS4A 1YH9A 2G0SA 3ZJIA 2W6XA 1Y31A 3IA3B 1CG8A 1L2KA 2ZSXA 1A6NA 2R1HB 3HF4B 108MA 1Y7DA 2HBSB 4G51A 1JY7A 1XY0A 1RSEA 2D6CA 4DWTA 3A5BA 3PT7B 4U8UA 1XZ4B 1O1IA 1RTEA 4X0LB 4KJTA 1JDOA 4MQHB 1A00A 1U7RA 1Y0AA 1LFLB 1HBBB 3G4UA 2LH1A 3OZWA 3ZJJA 1YHEA 1S61A 1NZ2A 4TWUA 2ZLXA 1VXCA 4F69A 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4PQ6A 1C7CA 1YEQB 2HBFA 1QSIB 2Z6NA 3PELA 2AUQA 4ESAA 1LH6A 3G4RA 1Y2ZB 4F6BA 4IROA 1VXGA 1YE0A 1HBSA 1J52A 3GLNA 3D7OA 4PQCA 4MXLA 4NI1B 2M6ZB 5E29A 1YE2A 2QSSB 3WHMB 1MLRA 2FRIX 1IWHA 1Y0WA 1RPSA 2HHEB 2R80B 2OH9A 1YVTA 1MLMA 1Y4GB 2JHOA 1QI8A 1UX8A 2ZFOD 3ZJMA 1A01A 1HDBB 1YGDB 5CNGA 1GLIB 1J7SA 3BJ1A 2GRZA 1Y7GB 4JYQA 1DWRA 4BJAA 2OH8A 2OLPA 5M3SA 6HBIA 1Y0TA 2W72A 3H57A 1YHUC 2LH3A 3HC9A 1G9VA 1NQPB 1Y35B 3M3BA 3AQ6A 1HGBB 1V4WB 3UHEA 1CP0A 1YHUA 1IRCA 2VYWA 1S0HA 1JL6A 1LH3A 1NWIA 1YZIB 1XYEA 2MGLA 2DHBB 2HCOB 3HRWA 1CH3A 3IXFA 2ZS0D 3ZJQA 1AJ9B 2PGHA 1JWNA 1HBAB 2MB5A 1URYA 3DUTB 3WCWA 3ZH0A 1YEUB 1O1LB 3S48C 1YMBA 2ZS1C 3GQGA 3GK9A 3FS4B 1YH9B 1MTJA 3ECLA 1V4UA 1Y31B 4FWXA 1LFVA 3ZJPA 1SI4A 1CG8B 1SPGA 1UX9A 2CMMA 1Y85A 1NZ4A 1GCVA 3UHUA 1Y7DB 3UHGA 4G51B 1YOIA 1JY7B 4YU3A 1EBCA 4JACA 1XY0B 3D4XA 1ECNA 2XYKA 3WCVC 3MJPA 1VXBA 1UFPA 1YMAA 3PT8A 1ECOA 4U8UB 5EU2A 5F2AA 1O1IB 2G3HA 5KERA 3QM7A 2SPMA 3UHIA 4OF9A 1A00B 1Y0AB 1OFKA 1YHEB 1FDHA 1A3NA 3H58A 1IT3A 1J7WA 3SZKA 2G10A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3UHHA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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