3UHI | Genus

Total Genus 65

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	65
sequence length	145
structure length	145
Chain Sequence	SVYDAAAQLTADVKKDLRDSWKVIGSDKKGNGVALMTTLFADNQETIGYFKRLGDVSQGMANDKLRGHSITLMYALQNFIDQLDNPDDLVCVVERFAVNHITRKISAAEFGKINGPIKKVLASKNFGDKYANAWAKLVAVVQAAL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__986879388573732__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__986879388573732__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3UHI/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__986879388573732__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"986879388573732","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3UHI/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__986879388573732__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen storage, oxygen transport
source organism	Scapharca inaequivalvis
publication title	Cooperative macromolecular device revealed by meta-analysis of static and time-resolved structures. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Globin-1
total genus	65
structure length	145
sequence length	145
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date	2011-11-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	3uhiA00

1DUKA 2HBEB 5JDOD 1YENB 3OZVA 4NK2A 1ABWA 2D2MB 2M6ZA 3DUTA 3TM9A 3UGZA 1LFTA 5CN6A 1MLFA 3PELB 1Y01B 4M4AB 1Y09B 3ONZA 1X9FA 1T1NB 1AJGA 3RJ6A 1MWBA 1YGDB 2V1JA 3EDBA 3IC0B 1O1JA 1A9WE 3UBCA 3CIUB 4MQKA 1Y7DA 4FH6A 1OFKA 1MDNA 1JL6A 5B85A 3NG6B 3QJEA 1HDBB 1GCVB 2MYCA 1Y0WB 1OFJA 3KUNA 1DUOA 2QSSB 3IC2A 1XYEB 1MODA 3D17A 1XZ4A 2G0RA 2HHBA 5CN9A 3HXNB 1G09B 1YHRB 1A4FB 1ABYA 2DHBA 4ODCA 3PI9B 1JEBA 2XYKA 1NEJB 4ROMB 1Y83B 2LH5A 3ECXA 4ILZA 2DN3A 1K0YB 1IT2A 1CPWA 1VXCA 1HV4B 3O7NA 1G0BB 2H8DB 4NS2A 1B86B 3QM7A 4H07A 1G0AA 1HHOA 3UHWA 1QXEA 105MA 1MBSA 5F0BA 2ZT2A 1YHEA 2Z85A 4MQKB 3UHDA 3OZUA 4OODA 1FLPA 1GZXA 4HRTA 1O1LB 2O5MX 3HF4A 3E5OA 3WR1A 2GTLC 1MOBA 1WMUA 4X0LA 1LA6B 2VHBA 5JDOC 1QSIA 4N7OA 1HBIA 1FSLA 2ZS1D 3NL7B 1LUEA 1OBMA 1CH2A 3ZJJA 1HDSB 3ZJRA 2D5XA 2OH8A 1ECOA 2D6CA 1UT0A 3MJUB 2GTLA 3PT8A 2E2YA 3QJDB 2W6YA 1JDOA 1HCOA 3MOUA 3WCWB 1IRDA 1BZ0A 1GDKA 5E83A 1HGBA 1S0HB 1ABSA 2HZ3A 4FWZA 1SDLB 1YGFA 1HHOB 2GNVA 4HSXA 1GDJA 1VREA 1YVQA 1JL7A 1G08A 2GRFA 2D2ND 4TYXA 3S65B 3ZOLA 1VXEA 3WR1B 2QRWA 3LB4A 1DO4A 3EOKB 1V4UB 2QMBA 4YU3A 1V9QA 1BZRA 1LFYA 4N7PB 1NZ2A 5C6YA 3U3EA 4NK1A 4TWVA 1Y8IB 4FC3A 2W6WA 3K8BB 1DXVA 1ITHA 2QSPA 2D60A 1XXTA 3DHTB 1MNOA 4O35A 1V5HA 2ZLXA 3UHHA 2ZSTA 1UIWB 1FN3B 2RAOA 2R1HA 5E6EA 5C6EB 2HBDB 1FCSA 1J7YA 1BZZB 3MKBB 4ESAA 1YGFB 2H35A 2ZSNA 1F65A 1UC3A 2FRIX 4MPMA 4MU5A 1YE2B 3UHSA 3MJPB 1HBHB 4XS0B 1GCWA 3PT7B 1RQ4B 1YH9B 1O1PB 2HBSA 1MKOA 1CH7A 2V1KA 3A2GA 1FHJA 1F5OA 3S66A 3EDAA 4C44A 3G4UA 3NMLA 4L7YB 2MYAA 1O1NB 110MA 3PI3A 3UH6A 1DM1A 3GQPA 2DN1B 3ORDA 3WCVB 1I3DA 3ECZA 1FAWB 3QQRA 4JACA 2ZS1C 2D5ZB 4L2MA 4F6DA 2HHEA 3D1AB 3ZJOA 1NS6B 2MGBA 3AT5A 3HYUB 1IBEA 1CQXA 3AQ5A 1DLWA 1K1KA 3BCQB 4XDIA 1URVA 1Y5JB 1BBBA 2HBFA 4IROB 1FSXB 1QPWB 3G4YA 2W6XA 3LB3A 3FH9A 2LH1A 1XZVB 1RTXA 1YVTB 1LFQA 2D2NC 3UHQA 1J52A 3SZKB 2NSSA 5HY8A 1MWDA 5HBIA 2ZSZA 4F6JA 1Y22A 1Y4FB 1HBRB 1V75B 3S66B 3WFWA 1D8UA 1Y35A 3OZWA 2HBCA 3B75A 1CG8A 5EU2A 2HBGA 1BABA 5E29A 1DTIA 1URYA 4MBAA 1LFZA 1Y31B 1QXDA 2VLYA 3ZHWA 2ZSPA 2QU0B 1IBEB 1MLJA 2ZLTB 1YZIB 3OJ1A 3E55A 4F4OB 3S1JA 3GKTA 3AT6B 2PEGA 4MQIB 1UVYA 2EVPA 3KUOA 1CIKA 1Y7GA 3ZH0A 1MLGA 1YHUB 1XQ5A 1JY7A 1Y0DB 3WHMA 2IG3A 4HHBB 3HEPA 1X9FD 3QQQA 4HBIA 1XZ2B 4O1TA 1YEUB 3KMFC 1C7DB 1Y0AB 1LH5A 1YFFA 3NFEB 1QI8A 1NS9B 1YE0A 3CY5B 1M9PA 4HRRA 2QLSA 3W4UB 1XZUA 1YOIA 3GKVB 3A0GA 1NAZA 3UHEA 2SPMA 1YIHA 2R4ZA 3BJ1B 1Y46A 1TU9A 2Z8AA 3KMFA 4UURA 3D7OB 1HLBA 4F68A 3MVCA 2ZFOB 1JZLA 2R80B 1NZ5A 3QJCB 3NMMB 2D2MC 1S5XA 2MGLA 3R5IA 3WCTB 1UVXA 1L2KA 3LHBA 1HGAA 1MYMA 3WHMB 3WCWD 2VLXA 2HBEA 1Y0CB 107MA 5EYJA 1YFFB 2ZWJA 2DN2B 2CMMA 2WY4A 2D2MA 1V07A 3AQ6A 1R1YB 1CMYB 3RGKA 5CNCA 1Y2ZB 5KKKA 1VXGA 2G11A 1MLHA 3G52A 3PELA 2C0KA 1XY0B 3A0GB 1Y09A 4U8UB 1MNJA 4NI1B 3A5GA 1T1NA 3GK9A 1YGDA 4NZIA 3PIAB 1GDLA 2MGFA 1XCHA 3CIUA 1NPFA 1GLIB 3R5IB 5EUIB 3H58A 1JW8A 1IWHA 3NG6A 1HDBA 1GCVA 1Y0WA 3VRGB 4MBNA 4DWTA 2QSSA 2VEBA 1A3OB 1J7WB 1HBSB 1CH9A 1XYEA 1BINA 106MA 3BOMB 2ZLWB 3HXNA 1M6CA 5KDQB 1G09A 1V4WB 1YHRA 1A4FA 1GBUB 3HRWB 1YDZB 3PI9A 2ZSRA 3HHBB 3BJ3B 1NEJA 4MQHB 5ILPA 1HBBB 4ROLA 1G9VB 1MYFA 4ROMA 1Y83A 1J3FA 1K0YA 3AQ9A 1WLAA 2JHOA 1VXAA 5AB8A 1HV4A 1G0BA 2H8DA 1A3NA 3VREB 1B86A 103MA 1S56A 2BW9M 1MZ0A 1UX8A 1SDKB 2LH2A 1CBLA 1SPEA 1A0UB 2VM0A 5EETA 3EU1B 1A01B 1IWHB 1YMAA 3GOUB 1O1LA 4PQBA 1MBAA 1LA6A 2MGGA 3G4RA 3WCWC 1PBXB 1JZKA 1HSYA 5HLXA 1OUTB 1X3KA 2DXMB 1LHSA 3NL7A 1Y8WA 3UHUA 3QM6A 3OK5A 1HDSA 1MYJA 5ILEA 4H2LB 5EOHA 2R50A 1F5PA 1JPBA 1Y8HB 3MJUA 4ROLB 1A9WA 3QJDA 1VXHA 3WCWA 1NXFA 1JP9A 2AUPA 1S0HA 1HBAB 7HBIA 1A3NB 1SDLA 4AVDA 2BWHA 4WJGA 3G46A 1MWCA 5HU6B 1J7SB 3OGBA 5CN4A 1O1KA 3GQGA 1DTMA 3ARKA 4M4BB 1BJEA 2G0VA 3WI8A 2MBWA 5CNDA 1J3YB 1NZ4A 2BK9A 101MA 3P5QB 1MLOA 3S65A 3BA2A 6HBIA 3GDJB 2AA1B 4ZVAA 1VRFA 1XZ7A 3EOKA 2LH7A 1V4UA 2YRSB 2BKMA 4LPIA 6HBWB 2HCOB 4DWUA 111MA 4N7PA 3PI8B 1Y8WB 2BMMA 2LHBA 1Y8IA 3AQ8A 2O5OX 3K8BA 1YHUD 3OVUC 112MA 3HENA 3DHTA 1FDHA 1UIWA 1FN3A 2MGDA 2GRZA 3VRFB 5C6EA 1MTIA 2HBDA 1WVPA 1BZZA 3MKBA 1COHA 1Y4BB 2ZSXA 5EQMA 3WCVC 5M3SA 1YE2A 1O1KB 3MJPA 3GQGB 1MYTA 2VRYA 1HBHA 2MB5A 4XS0A 3PT7A 1RQ4A 1YH9A 3IA3B 1O1PA 2ZS0B 2MGJA 3QM9A 2V1GA 2VLZA 3WTGB 4L7YA 3G4QA 4F6FA 1XZ7B 1O1NA 2PGHB 1Y7ZB 2DN1A 2SPNA 3WCVA 1ASHA 1FAWA 3UH5A 3UGYA 2D5ZA 1EBTA 1XZ5B 1DO1A 5IKSA 3LR7A 2GDMA 1HDAB 2HZ1A 3D1AA 1NS6A 3HYUA 3MN0A 1BUWA 1YIEA 4N8TB 4IT8A 3BCQA 1Y5KB 3RJNB 3S48C 3A5AA 2V1IA 3A9MA 1Y5JA 3UHXA 3UH3A 1O1OB 1COHB 2LH6A 4IROA 1FSXA 1QPWA 3LB2A 1O1MB 2O5LX 1XZVA 1Y4GB 1Y8KB 2FRKX 4U8UD 1YVTA 4MQGB 1GDIA 3HC9A 5ILMA 3SZKA 3LB1A 1A6GA 1C7CB 2IN4A 1UX9A 4DC8A 1S61A 1Y4FA 1HBRA 1EWAA 1V75A 1MBNA 1YEVA 5F2AA 1CLSB 2SPOA 1LFLB 4C0NA 1HABB 2Z6SA 1CP0A 1YEQB 2ZLUB 3ZJMA 1AJHA 5JGGB 3FS4B 2W6VB 1UFPA 1DKEB 1Y31A 3WCPA 1YHUC 2G0ZA 1J41B 1CG5B 2QU0A 1BUWB 1CP5A 2ZLTA 1YZIA 1Y7CB 3UHZA 1NIHB 4F4OA 1YIEB 4PQ6A 1HACB 4G1BA 1YCAA 3AG0A 1YOHA 1N9XA 3AT6A 4MQIA 2D2MD 3SDHA 1MNKA 1LFVB 2GRHA 2ZT3A 2ZFBB 1LH3A 1ECAA 1ECNA 1YHUA 1RVWB 4ZVBA 1Y0DA 4HHBA 1F63A 2MGKA 1XZ2A 1A6MA 2XKHA 1YEUA 1C7DA 1Y0AA 4N7NB 3ASEA 2AURA 3AQ7A 3NFEA 1A6KA 3PI2A 1NS9A 3CY5A 1YEVB 3GQRB 3IXFA 2ZFOC 3W4UA 1Y5FB 3GKVA 3WCTC 3VHBA 3ARLA 3GYSB 3WFUA 1CH1A 4NXAA 4F6GA 1LH6A 2BLJM 3UHIA 3WCPB 3BJ1A 1LH2A 3ZJPA 2RI4B 3D7OA 2Z6NB 1S5YB 1R1XB 1N9IA 2ZFOA 1C40A 2R80A 1Y85B 3QJCA 5JDOF 3NMMA 3QMAA 1Y4PB 2DC3A 1A0ZB 3WCTA 3G53A 1MLKA 1JP6A 5EV5A 3ZJSA 1LJWB 2ZLVB 4U8UC 104MA 2G3HA 1Y0CA 2MHBB 2ZS1B 1O16A 2BLIA 1DXUB 2DN2A 3PI1A 3WCUA 2O5QX 1NGKA 3DR9A 1LH7A 2MGHA 1R1YA 1CMYA 3A5BA 3ZJLA 4UIQA 1Y2ZA 1MNHA 5AZRA 4VHBA 2AV3A 3LQDB 3ODQB 1XY0A 1EW6A 4U8UA 1GVHA 4NI1A 1C7BB 3MYNA 1J3ZA 1N9HA 1MYIA 5B84A 4QAUA 3PIAA 5CNFA 1C40B 1SWMA 2GKMA 1GLIA 1JZMA 1Y45B 5EUIA 1QSHB 2H8FB 3ZJIA 3UHGA 4YU4B 3VRGA 1RQAB 3ZJQA 2VYWA 4G51B 1V4XB 1A3OA 1J7WA 1HBSA 1YG5A 2G14A 3BOMA 2ZLWA 4F6BA 5KDQA 3QM5A 1V4WA 3WCUB 1DXDA 1GBUA 1SPGB 1MLSA 3HRWA 1Y4QB 1YEOB 3UBVA 1YDZA 4MQJB 3OO4B 1N9FA 3UI0A 3HHBA 3BJ3A 4MQHA 1HBBA 1NWNA 1HLMA 1G9VA 1HBGA 1FDHG 3K3UA 1CH5A 2ZT4A 2ZS0D 2AUOA 4NI0B 4O4ZA 1J3ZB 1MLNA 3VREA 1RQ3B 3G4VA 3VAUA 1Y0TB 2G12A 1MLLA 3M3BA 2HHDB 4NXCA 1SDKA 4O4TA 1GBVB 3QJBB 4MQCB 1IT3A 3M38A 1A0UA 2EVKA 3EU1A 3V2ZA 1A01A 1NQPB 4TWUA 3UHNA 3GOUA 5AZQA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3UHIA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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