3V2V | Genus

Total Genus 59

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	59
sequence length	152
structure length	152
Chain Sequence	GLSDGEWQQVLNVWGKVEADIAGHGQEVLIRLFTGHPETLEKFDKFKHLKTEAEMKASEDLKKHGTVVLTALGGILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISDAIIHVLHSKHPGDFGADAQGAMTKALELFRNDIAAKYKELGFQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__477787824124746__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__477787824124746__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3V2V/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__477787824124746__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"477787824124746","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3V2V/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__477787824124746__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d033e7cfaf1fe93d6bff9e3/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d033e7cfaf1fe93d6bff9e3/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transport protein
publication title	Distal pocket control of nitrite binding in myoglobin pubmed doi rcsb
molecule keywords	Myoglobin
total genus	59
structure length	152
sequence length	152
ec nomenclature
pdb deposition date	2011-12-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	3v2vA00

111MA 3PI2A 1O1NB 1YG5B 3MN0A 4KJTA 1EW6A 3A5BA 1CH9A 3S65B 2H8FB 3OGBA 5CNEA 3GYSA 4L7YB 4AVEA 1ASHA 1S5YA 1VXGA 2HBEA 1W92A 2HBSA 2MGDA 2LH3A 1XZ4A 1HDBB 1CO9A 5CHRA 1YEOA 2Z6NB 3KMFA 1XY0B 1HSYA 1SPGA 3WCVB 1A6NA 3WCTD 1O1PA 1IRDA 1VXCA 1ABYB 4NXAA 2BKMA 3O7NA 1J7YA 4F6JA 1QI8B 3BOMA 1Y4PA 2MGFA 2D5ZA 1JL6A 1PBXA 1KD2A 1H97A 3PT8A 1Y45B 2Z8AA 1X3KA 110MA 4ROMA 1MYHA 2V1KA 2SPOA 1THBA 4KN3A 1HABA 3UHZA 1MTKA 1Y4GB 1HV4A 4F6FA 1SDLB 1COHB 3ZJMA 3ZJOA 4O1TA 3CY5B 1GJNA 1HACB 1MNOA 3D7OA 1Y8WB 1CBMA 1MYJA 5HY8B 3EOKA 1YG5A 2D5XA 1GCVB 3PT7A 2AV3A 1JW8A 2B7HB 3ASEA 1BZ0B 1GDLA 3S65A 1B86B 3M39A 3ORDA 2G12A 3AQ9A 1HGBA 2EKTA 1A6MA 1QSHB 1MLJA 2V1JA 1O1OA 1RQAB 108MA 2LH2A 3M3AA 1N9HA 106MA 1XY0A 4XS0A 1DXUA 3UGZA 1MLSA 3ZHWA 1OBMA 3ONZB 3WCVD 3GQRB 1ABYA 5HBIA 4MQIB 1CH2A 1J41A 1J7SB 3ECXA 1QI8A 3OZUA 3UHXA 4MQCB 4N7NB 3PI8B 3WCUB 2GKNA 1LA6A 4TWVA 1XQ5A 2EB8A 4DC8A 4HHBB 3A5AA 1MWCA 2QLSB 3G4UA 1CG5A 1R1YB 4NS2A 3CIUA 4NZIA 3K9ZA 1LFYB 3ECZA 1JP9A 2GRZA 3NG6B 1YCBA 2VLYA 3QJCA 3GLNA 1VHBA 1G9VA 1HACA 1Y8WA 7HBIA 5HY8A 1MBSA 2G11A 3FS4B 3G4VA 3D17A 1MLQA 1JL7A 5ILRA 1GBUB 3A9MA 1MKOB 2ZLVB 1Y4QA 3HHBB 2VYZA 4YU3B 5C6EB 2D60B 2FRKX 1RQ4B 1QSHA 1IT3A 4SDHA 2OHAA 4MBAA 5M3SA 5B85A 3MYMA 1CLSA 4ZVBA 3SDHA 3BCQB 4VHBA 3ONZA 3NL7A 1CH1A 4MQIA 5CN6A 1J7SA 1IRCA 4KMVA 2M6ZA 1HGAB 2OHBA 2HBGA 2GNWA 3PI8A 4N7NA 1C7CA 2MYCA 2ZT2A 3WCUA 1MTIA 4NXCA 1LH1A 4F6BA 1Y4VB 3AT6B 1J3YB 3WCUD 4HHBA 1FSXB 1GCWB 1EBCA 3TM3A 3LB1A 2QLSA 1O1IB 4U8UB 1R1YA 2QU0A 1VXEA 2EVPA 2FRIX 1LFYA 2GTLA 4MQHB 2GLNA 5SW7A 2AUQA 2O5BX 3MKBB 3A59B 1Y5FA 2PEGA 1GDIA 2LH1A 1Y8KB 1XZ2B 1GBUA 1JEBA 1MKOA 2ZLVA 1JZMA 1GVHA 1DTMA 1NS6A 3ZJNA 1RQ4A 3VREA 4BJAA 112MA 1QSIA 4F6DA 4FH6A 2O5MX 3ODQB 1FAWB 3PI3A 1OUUB 1LH2A 1YDZB 3HXNB 1QPWB 2MYDA 1TESA 3E5IA 3R0GA 3H57A 1MLKA 2R4XA 2XKGA 1J7WB 1MLLA 3GQGA 3UH3A 3TLDA 1Y5JA 1CQ2A 3S48C 2VHBA 1Y4VA 2PGHB 1OUTA 5JDOD 1YIHA 2VRYA 4HRTB 1GCWA 4B4YA 2E2YA 5CNFA 3FH9B 2D2MB 1Y0AB 3OK5A 1BVDA 1NZ2A 4U8UD 1LHTA 3EU1A 4F4OA 2LH7A 2HBFA 3D1KA 1MYIA 2FRJX 2GTLC 1LH3A 4PQCA 1K0YB 1LFLB 2W6VB 1CQXA 2EVKA 2Z6SA 3BJ1A 1Y0WA 1Y8KA 1BZZA 1M6MA 2GL3A 1AJHA 3UHVA 1ECDA 4JACA 2MHBB 1IBEB 3UHDA 3UHNA 1OJ6A 2XYKA 1MLUA 1YOGA 1N9IA 3ODQA 3S66B 4KMWA 4O4TA 4NI1B 1O1LB 2G3HA 3UI0A 4WCHD 3HXNA 1S6AA 2SPLA 1XXTA 1Y01B 2HHEB 1OFJA 3ZJIA 1YHRB 2MGKA 3RJ6A 1I3EA 1F63A 1YH9A 1YEVB 3HF4A 3ZOLA 1Y85B 3OO4B 4IT8A 3S1JA 3K3UA 2PGHA 1Y7ZB 3UBCA 2ZS0A 3OZVA 5EYSA 4HRTA 3QJBB 1Y2ZA 2ZLXA 1MYMA 3FH9A 1UMOA 2RAOB 5EE4D 2W31A 1HBHA 2D2MD 1Y4BB 4MQKA 5ILPA 1FDHA 2QSSA 2V1GA 2RI4B 1IWHA 1LFLA 5KKKA 1R1XB 1LFVB 2Z6TA 3PIAA 3IC2B 1A00B 1AJ9B 1YE2A 1IBEA 1OR6A 1Y8IB 1Y4RB 3W4UB 2ZLWB 3G52A 3WCTB 3WHMB 2D6CA 1A4FA 1JZLA 5AZQA 1UIWA 1O1LA 5JGGB 1YIEB 1Y46B 1B0BA 4O35A 3GKTA 1BVCA 2ZSXA 2HHEA 2D2NA 1YZIB 2ZLTA 1YHRA 1ITHA 1GLIB 2HCOB 1XZ7B 2GNVA 1C40B 1D8UA 3HYUB 1CBLA 1Y7ZA 1C7DA 3SZKA 5E83B 2ZFBB 2G0XA 2ZT3A 1NZ3A 2RAOA 4UZVA 1MLFA 1H1XA 1S5XB 2ZS0C 1Y4BA 1CIOA 1G09B 2W6XA 3UHRA 2R4ZA 3ZOMA 1G08B 4G51A 3G4WA 4MBNA 3WFXA 5EU2A 1XZ5B 1YVQB 1SHRB 1LHSA 3OJ1A 3QQRA 1VXFA 1YEQB 3ECLA 5JDOF 3UH6A 1G0AB 6HBWB 3UHHA 1R1XA 3IC2A 1G0BA 4M4AB 2ZSYA 1AJ9A 4YU4B 3MJPB 3GOUB 2XKHA 1XYEB 1NWNA 2ZLUA 4UURA 1EMYA 3WCTA 3E4NA 5HU6A 2HZ1A 1YENB 5JGGA 1VXBA 1O1MB 4B3WA 4ROLB 2V1HA 3PI9A 3MYNA 1URYA 1YZIA 1BZPA 1VWTB 1GLIA 4F68A 1BZRA 2O5QX 2HCOA 4HRRB 1RTEA 2O58X 1C40A 1HRMA 1SI4A 1BUWA 3HYUA 3OZWA 3UHYA 3G4RA 1Y83B 3WCWC 1UFJA 2DHBB 3A0GB 3DHRA 3PELB 4NI0B 5CMVA 1O1KA 1Y8HB 1X9FB 1S5XA 1UFPA 1YFFA 1G09A 1O1NA 2WY4A 1CH3A 1G08A 2ZFOB 1NPGA 3GDJB 4F6IA 1CO8A 2C0KA 2OH9A 1CH4A 1DUOA 1XZ5A 1YVQA 2H8FA 105MA 2AUOA 1CG8B 3OO5B 3A5GA 4L7YA 1G0AA 5HLUA 6HBWA 1V4UB 4PNJA 1YMCA 1DKEB 1F65A 2QRWA 2EB9A 3G4QA 3MJPA 1MGNA 2QFNA 1RPSB 4FWXA 1MBAA 4N7OB 1HDBA 1V07A 2Z6NA 1Y22B 1LUEA 1DUKA 3WCVA 3KMFC 2H35B 1YENA 2AA1B 1CH7A 1A0UB 1MLRA 3UHWA 1O1MA 3DHTB 1YMAA 4ROLA 1UX9A 1FCSA 1IT2A 3D4XB 3WTGB 1HGCB 1Y45A 4TWUA 3UGYA 4N7PB 1Y0CB 4F6GA 2HZ2A 5E29B 3M38A 1Y4GA 2DHBA 5B84A 1O16A 1SDLA 1COHA 1S61A 1FLPA 1X9FA 2O5TX 3CY5A 2W72B 2ZS1B 4MAXA 5HLXA 1X9FD 1GCVA 4L2MA 1BABB 1FHJB 1A0ZB 2B7HA 2ZFOD 5EOHA 3E5OA 1BZ0A 3UHIA 1B86A 1PMBA 1CG8A 2FRFA 3TM9A 2EKUA 1IDRA 1BINA 1DKEA 2G0SA 4NK2A 2MGCA 1RQAA 4ODCB 5EV5A 1UT0A 5ILEA 4N7OA 2IN4A 3DR9A 1M9PB 3IA3B 1VREA 1Y22A 5HAVA 2GRFA 5CNGA 4PQ6A 2H8DB 1XZVB 5CHQA 3GQRA 4MQGB 2AA1A 1CP5A 2V1IA 2MB5A 5JOMA 4TYXA 1JP6A 3ZJQA 3MOUA 4MQCA 5EUIB 3UHUA 3QM6A 3WTGA 1HGCA 5KDQB 3AQ5A 3GKVB 1F5OA 1QXDB 2G0ZA 4M4BB 3HRWB 1NXFA 1V4WB 2EF2A 4N7PA 2MGIA 3HC9A 1Y0CA 1YVTB 2DC3A 3WR1B 1VXHA 4WJG1 3NG6A 3VAUA 1LFTB 1VRFA 1AJGA 1MOCA 4FH7A 1DXVB 2W72A 3RJNB 2ZS1A 2DN3B 1NEJB 3FS4A 1JPBA 2ZS1D 1BABA 1FHJA 1A0ZA 3QM8A 2KSCA 1MLOA 3AQ7A 3HHBA 1MTJA 1XZUB 2YRSB 4YU3A 5C6EA 2D60A 1QXEB 1MBOA 4DWTA 4ILZA 4F69A 3QZZA 4H0BA 3K8BB 1LH6A 3LQDB 1YHUB 3E55A 1M9PA 1Y7DB 4MQJB 2MGBA 3BCQA 1YE0B 5CN7A 3NMMB 4NK1A 3WFUA 3R5IB 3BJ3B 2GRHA 1HGAA 1Y4FB 1S0HB 1GBVB 3AT6A 1J3YA 1LH7A 1GZXB 1QXDA 3UHKA 4M4BA 1FSXA 1Y0DB 1A6KA 103MA 3HRWA 5CNBA 3WCUC 1V4WA 1O1IA 4U8UA 1DWSA 3WR1A 4X0LB 4XDIA 4ESAB 1WMUB 4MQHA 3ZJPA 1LFTA 3LB4A 1LFZB 3QM5A 2BMMA 1WVPA 2BK9A 3VHBA 4FC3B 4MPMA 2DN3A 5F2AA 3LR7A 5CN9A 3MKBA 2ZSNA 3A59A 2AURA 4HSWA 1YGDB 1S69A 1XZ2A 2G14A 5AB8A 2YRSA 1JDOA 1J52A 2MGMA 1LFQB 3RGKA 3IXFA 2W6YA 3QM9A 1FAWA 1ABWB 1YHUA 1OUUA 1RVWB 1BZ1B 1YHUD 3B75B 1Y7DA 1JZKA 1YDZA 3LB3A 3EDBA 109MA 4MQJA 1QPWA 1RQ3B 1V4XB 1UC3A 2MGEA 3QJDB 2GKMA 3R5IA 1BIJB 2AV0A 2SPMA 3UHBA 1J7WA 3BJ3A 2R4YA 1A3OB 1BBBB 1UVXA 1NQPB 2NRLA 3QQQA 1GBVA 3UH7A 3ED9A 1MLGA 4OF9A 1Y0DA 1N9FA 3VRGB 2D2MA 1HLMA 1Y0AA 3WI8A 1HBSB 4X0LA 3IC0B 1HHOB 1LFZA 4MU5A 1HLBA 1DO1A 4U8UC 2IG3A 1NS9B 1NIHB 5CN8A 3UHCA 3KUNA 1OR4A 1K0YA 2W6VA 3ARKA 1YHEB 1JY7B 3O89A 3UHQA 2BLHA 2BW9M 2BNLA 2OIFA 3QMAA 1NGKA 1X46A 2MHBA 3GYSB 1HDAB 1CP0A 1L2KA 1O1JB 3UHSA 5MBNA 2FALA 1CIKA 3S66A 1ABWA 5EYJA 4NI1A 4PQBA 1BZ1A 3B75A 2WTHA 2GDMA 1MOHA 1N9XA 1V4XA 1YEOB 2DN1B 3QJDA 4UIQA 2HBDB 1SPGB 1MZ0A 3BJ2B 1MNIA 3UHGA 4N8TB 3G46A 1O1PB 1NQPA 1YEVA 2LH5A 3OVUC 2HZ3A 1Y85A 3OO4A 5HLQA 3ZH0A 1J7YB 2MYBA 3BOMB 3AQ8A 3V2ZA 1NAZA 1HCOB 4C44A 3QJBA 1YGFB 3PT8B 2HHBB 3VRGA 1CMYB 3PI4A 1IOPA 1BJEA 1DLWA 2OH8A 1HHOA 2D2MC 1THBB 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3V2VA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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