3WCW | Genus

Total Genus 53

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	53
sequence length	150
structure length	150
Chain Sequence	SSNSCTTEDRREMQLMWANVWSAQFTGRRLAIAQAVFKDLFAHVPDAVGLFDRVHGTEIDSSEFKAHCIRVVNGLDSAIGLLSDPSTLNEQLSHLATQHQERAGVTKGGFSAIAQSFLRVMPQVASCFNPDAWSRCFNRITNGMTEGLAE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__655599981662633__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__655599981662633__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3WCW/C/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__655599981662633__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"655599981662633","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3WCW/C/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__655599981662633__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen transport
publication title	The structure of a deoxygenated 400 kDa haemoglobin reveals ternary- and quaternary-structural changes of giant haemoglobins pubmed doi rcsb
molecule keywords	A1 globin chain of giant V2 hemoglobin
total genus	53
structure length	150
sequence length	150
chains with identical sequence	G
ec nomenclature
pdb deposition date	2013-06-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
C	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	3wcwC00

1O1IA 5B84A 1BZ0B 1GCVB 1G0BB 1MNKA 3E5OA 2XKHA 2HBSA 4DWUA 1LH2A 1JZLA 4X0LA 1LHTA 1SWMA 2OH8A 1G9VB 2EB9A 2M6ZA 5CN9A 1FAWB 1Y7GB 1DO1A 3IXFA 1KD2A 1A01B 2IN4A 2O5SX 3G4UA 1YHUC 1HDBB 4MQJB 1MLQA 5M3SA 1O1MA 101MA 1AJGA 1BUWB 1MLKA 4F4OB 4XDIA 4LPIA 1DO4A 3VRGB 3EDAA 4YU3B 3A59B 3S65A 3WFWA 4G51A 3A2GA 5CN7A 2R80B 1JY7A 3GDJB 4H0BA 2Z6SA 2AUQA 2VYZA 2EVKA 3UI0A 3PI9B 1CH3A 1X46A 5HU6B 1GCWA 1DXCA 1YIEB 4MQGB 1UMOA 1FHJB 1LFVB 2ZT0A 1WMUB 3R5IA 1B0BA 3BOMB 3VRFA 2GTLC 3HEPA 1MYIA 1MYJA 3WFXA 1YMBA 2W6XA 2DC3A 3O89A 1Y09A 1MYFA 3QJBA 1ECOA 4M4BA 5CNBA 1UIWA 1MGNA 2MGKA 3FH9A 3WTGB 2SPOA 1ABWB 5E83B 3ZJOA 2ZLXA 2ZS0D 1YMAA 1BZPA 2RI4A 5EOHA 1OUUA 5C6EB 1Y0TA 1MODA 1VHBA 5MBAA 1J7YB 1URVA 1JW8A 1CH1A 3KMFA 1BZ1A 1X9FC 3HRWA 1A6NA 1GDLA 3MJUA 1CQ2A 4N7OB 1MLJA 1QI8A 1Y2ZB 1CIKA 3K8BB 1HACA 1R1XB 3WFTA 1NWIA 3NL7A 1LFYA 5CN8A 1MOBA 3UBVA 1V9QA 1O1JA 4MQCB 1XZVA 1DXDA 1XXTB 1MYGA 2WTGA 3NMMA 1ECDA 1G08A 4MQIA 3OO4B 1C40A 2D2MB 1Y4GB 1HCOB 2GKNA 4IROB 3WCVC 2W72B 3WHMA 1YE0A 1S5YA 1SPEA 1IWHA 1Y5JB 2R4YA 1HBHB 5CN4A 1YEUB 2HBCB 1BIJA 2MBWA 2ZLTB 1A9WA 3QJDB 1LH7A 4HSWA 1IT2A 1HBAA 3UH6A 2QMBA 5EUIA 1OBMA 1IOPA 3PELA 2ZSPA 1XZ7B 2SPMA 4FWYA 1VXCA 1MLFA 1C7DB 4OODA 1IDRA 3PI4A 1BABA 1OJ6A 1Y7ZA 5CNFA 1F63A 3E4NA 1YHRB 1B86A 2OHBA 1O1LA 2XKIA 4DC8A 2GRFA 2DN2A 1TESA 2LH2A 1VWTB 1XZ4A 2HBDA 3D4XB 1QSIB 5HLQA 1NIHA 3A5AA 1MBIA 2MYCA 1IBEB 2GNWA 3WCTD 1HDSB 3D17B 2VYWA 1O1IB 2R1HA 1LJWB 1MYTA 4NK1A 1RQ4B 3B75B 1Y46B 2LH6A 3BJ2B 4X0LB 1MWDA 3IC0A 1LHSA 1YHEB 3PI8A 3W4UA 1C7BA 4NS2A 1KD2B 1V4XA 2ZS0A 2HCOA 4PQBA 1Y4QA 1DXUA 4VHBA 5CNEA 3KUNA 5JGGA 1S5XA 1NEJA 1OR4A 2AV0A 2ZLUB 2ZSYA 4FC3A 3QJCA 1MOAA 1JY7B 1L2KA 1Y5FA 1GZXA 3QZZA 1HBGA 1VRFA 1Y7CA 3PI1A 1J7WA 2V1IA 1MLOA 1EMYA 1NGKA 3V2ZA 4NI1B 1N9XA 3ZJQA 1DTMA 3AQ6A 3WCPA 1ABSA 3G4YA 3ODQB 2D2ND 2H35A 3WCWB 1BBBB 5HLXA 3RGKA 2W6VB 4SDHA 1GDIA 1Y4BA 1GDKA 5EYSA 1Y09B 1G0AA 1HBIA 1Y4PA 4M4BB 2SPNA 2FRFA 5EQMA 1HDAA 3FH9B 4ZVAA 1NZ5A 1LH3A 2ZLXB 1A3NA 1J7SA 1N9HA 1Y0CB 1MBAA 2AURA 1OUUB 4HRTB 1Y0TB 2VM0A 1V75A 1YIHA 3ED9A 1Q1FA 2LH3A 1LA6B 2DN3A 1CG5B 1BZ1B 1YGDA 1MBNA 1FSXB 3MJUB 1DO7A 1Y85A 1YDZA 1N9IA 4HSXA 4F6BA 3HXNB 2G0ZA 5CNDA 3LHBA 1N9FA 1YVQA 5CHRA 2MB5A 5AZQA 1O1JB 1YE2A 2FALA 3MKBB 1XZVB 3NMMB 1MKOB 1G08B 4MQIB 1C40B 3VAUA 4MQHB 4MQKB 3M39A 5ILRA 2ZLWA 1FLPA 2ZSQA 3ZJNA 5EE4D 2AUOA 4FWZA 2ZT1A 1YENA 4M4AA 5JOMA 2V1HA 5JDOE 1BIJB 1M9PA 110MA 1Y7DA 2MHBA 3TLDA 1R1YA 4H07A 3EU1B 5E29A 1O16A 3WR1A 3GQPA 2ZWJA 1HBAB 1VXEA 3HHBB 3LB3A 1JEBA 5EUIB 1JZKA 5AZRA 3HYUB 1XZ2A 1VREA 2BLHA 2V1KA 2R4ZA 3AQ9A 1BABB 3UHDA 3OZWA 3G46A 4N7NA 5KERA 1NQPA 3KUOA 5E6EB 3UHQA 1ASHA 1HGAA 1VXGA 1CH9A 1ABYB 3QQRA 3ARLA 5JDOD 2BMMA 2D2NA 1MLLA 2B7HA 1RVWA 4HHBA 2DN1A 1HGBA 3QM9A 4XS0A 3IC0B 3PI8B 2LH5A 1A0UA 3W4UB 1LFQB 1YHUB 1C7BB 3NFEA 1K0YB 3ZJSA 1S6AA 3DUTA 2G10A 1V4XB 3QJEB 3OO5B 2O5BX 5CNGA 2HCOB 1KR7A 3FS4A 4MXLA 4UZVA 4F68A 1AJHA 2O58X 3E5IA 2EVPA 1ITHA 4NI0A 1HV4B 1S5XB 1NEJB 3GKVA 5KDQA 1BZZA 1JWNA 2NRLA 1GLIB 2H8FA 5EYJA 3UHTA 2Z6NB 1GZXB 2AUPA 2RAOA 4ESAB 1Y7CB 2Z6TA 1J7WB 4WCHD 1YFFA 3PT8B 2GTLB 3DHTA 1Y45A 2CMMA 1YCBA 3AT6A 3V2VA 1O1KB 1JP6A 4F6GA 5SW7A 2ZT3A 2H8DA 1SPGB 1FCSA 3A5GA 3G53A 1V4WA 2MGBA 2ZFOD 3HEOA 1MOHA 3E55A 1NXFA 1O1OA 1RTEA 2YRSB 3PIAB 1S69A 109MA 3AG0A 1G09B 4O1TA 3NG6B 1NZ4A 3GYSB 4ODCA 3UHXA 3UGYA 1A3NB 1J7SB 1CP5A 1X9FB 2MGLA 1Y5KB 1RPSA 4F6FA 1SDKA 1MNOA 1YIHB 1MNHA 1MLSA 1SDLA 1CBLA 5HY8B 2VEEA 1QPWA 4ROLA 2ZS0C 3OJ1A 1YGDB 1J41A 1MBSA 3S66A 3MYNA 5EETA 1YEOA 4H2LA 1EWAA 1CO9A 1YVQB 1J3YA 2OHAA 3SDNA 1YE2B 2O5MX 2AV3A 3DHRB 2BNLA 3WCVB 3WCUD 3QQQA 3GQRB 2IG3A 2GRHA 1V4UB 1Y4FA 1XZUA 3PI2A 1CQXA 1LFZB 4ROMB 1Y8IB 4M4AB 4MAXA 3LR7A 1WVPA 4N7PB 5HLUA 1BZRA 1DXTA 4DWTA 1UT0A 1R1YB 1CH5A 2ZT2A 1XY0A 1JP9A 1JEBB 4AVEA 1FSLA 3GQGA 3UBCA 1XZ2B 1FN3A 1Y8WB 1A3OB 3BA2A 3BCQA 1DKEA 5KERB 2G12A 1NQPB 2ZFBA 3IA3B 1HHOB 1HGAB 1OUTB 3M3AA 1FDHG 1PMBA 5JDOF 3MYMA 1XZ5A 3LQDA 4F69A 3UHNA 5CNCA 2B7HB 1S0HB 3WFUA 2ZFOA 2HHBA 2G3HA 3AT5B 3S48C 2PGHB 3ECZA 3OZUA 2BLIA 1HGBB 3ZOLA 3ARKA 1DM1A 1QXEA 3WCTC 1Y22A 1Y8HA 1J3ZA 1QSHA 3NFEB 1Y0DA 3DUTB 4FWXA 2GLNA 1CIOA 1PBXB 3MVCA 1HGCA 1O1NA 4WJG1 1BZ6A 3FS4B 2G14A 1LH1A 4PQ6A 1XQ5A 1NPFA 1GBUB 1JL7A 3GKVB 1MWBA 1YH9B 1Y8KA 2H8FB 1EW6A 1XYEA 1MLUA 1M6MA 2RAOB 2QLSB 2EF2A 1T1NA 2LHBA 3ONZA 1YFFB 1HSYA 1RSEA 3AT6B 1SI4A 5ILMA 3WCUA 1GBVB 1JZMA 1YOGA 1NS9A 1HBBA 2EB8A 2QSPA 1V4WB 2V1EA 107MA 1HABA 1MTJA 2HBSB 4B4YA 1MOCA 3PT7A 2QU0A 3GOUA 2D2NC 1K1KA 2MGEA 2M6ZB 5B85A 4ODCB 4F6DA 3AQ7A 3BJ1A 4GZGA 2PEGA 1JPBA 1MBCA 1MLRA 4G1BA 1IRCA 1O1MB 4O4TA 3EOKA 3TM9A 1SDLB 4KMVA 2ZS1C 4ROLB 2MYAA 3NMLA 1COHA 3S65B 4G51B 1J41B 2BK9A 4JACA 2D5ZA 1NZ3A 2FRJX 3H58A 1YEVA 1LUEA 1J3YB 3G52A 3P5QA 4KN3A 1GCWB 4YU4A 1DWRA 4QAUA 1EBTA 1UVXA 2ZSSA 3R5IB 3VRFB 2AA1A 2QRWA 2LH1A 1J40A 2O5LX 1CP0A 1Y01B 2G11A 4N8TA 1EBCA 1Y0AA 4L7YA 4HBIA 3SZKA 1HJTA 2HBEA 4MBAA 2HBFA 1DXTB 3QJBB 1O1PA 2HBGA 1CH4A 1THBA 1WLAA 2D5XA 5EE4C 1XY0B 2QFKA 2VEBA 1UIWB 3ZJMA 4MU5A 1DUKA 2O5TX 2ZS1D 3OGBA 3GQGB 1BZ0A 1G0BA 3ARJA 4TWUA 1NZ2A 2MGHA 1FN3B 2RI4B 3D1KA 1A00A 1CLSA 2O5QX 2D2MD 3HC9A 3S1IA 1TU9A 2NX0A 3DR9A 3LR9A 1HRMA 1MYHA 3HRWB 3UGZA 3ASEA 2FRKX 3UHGA 2G0RA 1QI8B 3LQDB 1U7SA 2C0KA 1HACB 1H1XA 1BUWA 3NL7B 1LFYB 4F4OA 3WCTA 3A59A 1C7CA 1V07A 4TYXA 1UVYA 3GLNA 3GDJA 3S1JA 1Y22B 1J3ZB 5JDOC 3UHWA 1SHRA 2V1JA 1IRDA 3PI9A 4NXAA 1Y0DB 3WHMB 5MBNA 1YE0B 1S5YB 3QM6A 1IWHB 1YIEA 1HGCB 1FHJA 1O1NB 1UC3A 3AQ8A 1UFPA 1YVTA 1ECNA 1BVCA 3BOMA 4ILZA 1CMYA 111MA 1MYMA 3AQ5A 2QMBB 5HAVA 3PELB 2W6WA 3QZXA 1LFLA 4KMWA 1BVDA 1XYEB 1Y7ZB 3ZJJA 2GRZA 2HZ3A 1ECAA 1T1NB 3ONZB 1B86B 1O1LB 2DN2B 1LTWA 1BINA 3SDHA 1Y4VA 1XZ4B 1Y0WA 2HBDB 1NS9B 3CIUA 1NIHB 3ZHWA 1HBBB 3UHVA 3QM8A 3UHIA 1LH5A 1UX9A 2R1HB 5ILEA 2FAMA 3PT7B 2QU0B 4MBNA 1Y35A 2E2YA 3K8BA 1R1XA 2WTHA 2ZFOC 3ORDA 4MQCA 2HHEA 1YGFA 2ZS1A 2ZS0B 3UHHA 1Y4QB 1DXUB 3QMAA 1Y31A 2D2MA 5JGGB 6HBWA 3WCWD 2VRYA 3M3BA 2W72A 7HBIA 1HBHA 1COHB 1YEUA 2HBCA 1YEQA 4FC3B 3QJCB 2ZLTA 1AJ9A 5CN6A 4MPMA 3QJDA 5ILPA 1CH2A 1Y5FB 2MGMA 1MTIA 1RQAA 1GJNA 1DXVA 1NPGA 1MBDA 2QSSA 1DWTA 3A0GA 3P5QB 1V5HA 2V1GA 2AA1B 2HZ2A 1MNJA 3WCPB 4N8TB 2H35B 1YHRA 2G0SA 3WCUC 4AVDA 1Y4BB 2HBEB 2R4WA 1OR6A 2HBFB 3UHSA 2ZSXA 1G0AB 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3WCWC

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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