3WHM | Genus

Total Genus 55

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	55
sequence length	143
structure length	143
Chain Sequence	HLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__598709698568326__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__598709698568326__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3WHM/B/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__598709698568326__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"598709698568326","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3WHM/B/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__598709698568326__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Heme-binding protein
publication title	Crowning Proteins: Modulating the Protein Surface Properties using Crown Ethers. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Hemoglobin subunit alpha
total genus	55
structure length	143
sequence length	143
chains with identical sequence	F
ec nomenclature
pdb deposition date	2013-08-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	3whmB00

1VREA 1EW6A 1LH2A 1J40B 1MLQA 1OFJA 1LFTA 1C40A 2WTGA 2ZSZA 4NXCA 1NEJA 1BBBB 2D5ZB 4UURA 2VYYA 2ZSOA 1YHRB 3UHUA 2HBEB 3G4WA 1XZ7A 3VRGA 1OUUA 2XKGA 1Y4VA 3AT5B 1Y46A 2O5MX 1NWIA 1MCYA 2ZT2A 3D4XA 2QMBA 1BZ1A 1Y0TB 4MXLA 3WCWA 1YH9A 4F4OA 2HCOB 5CNBA 2QLSB 1Y22B 5JDOF 1MKOA 3LB3A 2EKUA 2MGHA 1I3EA 1IBEA 3NFEA 3OO5B 3FH9A 1OUTB 2BKMA 1RQ4B 4NI0B 1SPGB 1DKEA 1YVTA 1Y4FB 5JDOE 1Y01B 4MQHB 3ZJNA 3A59A 1FN3A 1YOHA 2ZFOD 3AQ8A 2G11A 5JOMA 3UH7A 1O1IA 1DXTB 2QU0A 3UHNA 1V4UB 1CIKA 1IT2A 4YU3A 4U8UB 1LH7A 4KJTA 3A5BA 5JDOD 2ZLTA 1HV4A 5E6EB 1XZ4B 1XZVA 3A2GA 1YEQA 2D2MB 4X0LA 2PEGB 1LTWA 1MTKA 3D17A 5AZQA 1MZ0A 1HBRB 1M6CA 2DN1B 3VHBA 2OH9A 3NG6B 1MBDA 1VXCA 1CG5A 2GNVA 2W72C 1UIWB 3MKBB 3SDHA 1Z8UB 3ORDA 4OF9A 3WCTC 1FLPA 3B75A 1HBHA 4PQ6A 2ZLXB 1YENA 1V75A 5CNDA 1A0UA 1UVXA 2ZLVB 1A4FB 1S5YB 1S5XB 1HGAA 1HHOA 2HBDB 1AJHA 1X46A 1CLSA 1G09B 1DO4A 2DC3A 3G4UA 1WVPA 1HGBA 2E2YA 1SHRB 4DWTA 3AT6B 6HBIA 3ARKA 4IROB 1Y85A 1AJ9A 3BJ1A 2D2NA 2AUOA 4N7OB 3ZJOA 1IT3A 5HLXA 2ZS1D 4TYXA 2V1KA 1DWSA 1MODA 1MYHA 1IBEB 1XZUB 1YEVA 1O1JB 4ESAA 1GDKA 1HGCA 1ECOA 3HF4A 2H35B 3K8BA 3VRFB 1XCHA 3WCUC 1H1XA 1QXEA 1QXDB 2XYKA 5B84A 1B86A 2XKIA 1UC3A 1DWRA 1DO1A 5SW7A 3EDAA 3UHCA 5F2AA 5KDQA 1CH4A 1NQPA 4L2MA 1OR4A 1MLMA 5KKKA 5HU6A 5CN7A 3S66A 3WCWD 4UZVA 4SDHA 1G0AA 2BW9M 3HYUB 2QU0B 2H8FB 5D5RA 2EB9A 3ONZB 2Z85A 2O5OX 4F6JA 7HBIA 1IRDB 1MYFA 1V4XA 3AQ7A 3G53A 2SPOA 3EU1B 3QJCA 3OO4A 5IKSA 4X0LB 1Y09A 1YHUC 4AVEA 2R1HB 3NL7A 1S69A 2H8DB 1LFLB 1N9XA 1AJGA 3WCPB 1Y7DA 1X9FB 1NS6A 2D60A 2ZSSA 3ASEA 1BUWB 1O1PA 1GBVB 2VRYA 4G1VA 1XYEA 3UHTA 1WMUA 3ZOLA 1G0BA 5CHQA 1YGFA 1OR6A 3GYSA 2FRJX 3GOUB 3ZJQA 2MGFA 1BZZB 1GLIB 2MBWA 3IC0B 2NSSA 1GCVB 2GNWA 1ASHA 5EE4C 5EYSA 1FHJB 2VM0A 3MJUA 1CH2A 2DN2B 1X3KA 2DXMA 1J3ZA 1LH3A 1HHOB 2FRKX 4FC3B 2HHEB 1HBAA 1OJ6A 5KERB 5JGGA 3PI9A 1ECNA 1MOBA 4KMVA 1A9WA 1XXTB 105MA 1J7YA 3GQRA 1NAZA 1Y31A 1A6KA 5ILPA 2LH2A 1MWDA 2BLJM 3VAUA 4ROMB 5CNEA 1MLNA 2VLZA 2SPLA 3GDJA 2MYDA 1MNHA 4NI1B 1CP0A 1MNJA 2HBCA 3HEPA 1Q1FA 5C6EA 1MBIA 3OJ1A 4O4TA 3HF4B 110MA 1DXCA 1FSXB 3PELA 1JWNA 4M4BA 3ZJMA 4MAXA 3FS4A 1TU9A 1Y4BA 1HJTA 2ZS1C 2DHBB 2YRSB 4HRRA 1RQ3A 3MJPA 3D1AB 1JZKA 1NQPB 1CBLA 1A6MA 1J40A 4NK2A 2GTLB 1BZPA 1BVDA 1G0AB 2D2ND 4XDIA 1ITHA 1BBBA 2D5ZA 2G0ZA 1YHRA 2BNLA 2HBEA 1DLYA 3PIAB 1Y4RB 2JHOA 1VXDA 2V1HA 2BLIA 1CH7A 1YIEB 3AT5A 3W4UB 3WCVD 1LUEA 1I3DA 1Y5FB 2HBGA 3ECLA 3IC2B 1FDHA 4G51B 1RQAB 2LH7A 1JF4A 3ZOMA 1FDHG 3NL7B 4B3WA 1Y0TA 1Y7CB 3WR1B 1CO9A 3O89A 2XKHA 2HCOA 3QM8A 4FWXA 4JYQA 3R0GA 3S1IA 2QLSA 1Y22A 2ZT0A 1N9FA 3KMFC 3UHVA 3OO5A 2O5LX 3ZJSA 1Y45B 1R1XB 4NI0A 107MA 1SPGA 1Y7GB 5ILMA 1MNOA 1Y4FA 1VWTA 1YE2B 3NMMB 2LH5A 2MGIA 2ZLWB 4MQHA 2EF2A 3P5QB 1MTJA 5JGGB 1J7WA 2W72B 3M39A 3MYNA 3HXNA 3OZWA 1GVHA 3WCTB 1DXTA 1BZRA 1J7YB 2ZSRA 112MA 1A9WE 4MQCB 1SI4B 1YMBA 2G10A 1D8UA 3LB4A 1DUKA 1F63A 3K3UA 5E6EA 1PMBA 1XZ4A 2VEEA 2D2MA 1VXEA 2PEGA 1JZLA 4H07A 1NZ4A 1HBRA 2DN1A 5ILEA 4N7NB 5MBAA 1Y4BB 1JL7A 2Z6SA 3NG6A 1DO7A 4HRRB 3EOKB 4N7PA 1BABB 3UHXA 2ZS0D 1Y4GB 1HLMA 1UIWA 3VREB 3MKBA 1DXDA 1MLRA 1EWAA 1MNKA 1HDAB 3HHBA 2AURA 4ODCB 1QPWB 2ZLXA 3MOUA 2C0KA 1AZIA 3DHTB 1MBOA 2ZLVA 3WCUB 1A4FA 1S5YA 4MQGB 1S5XA 1JDOA 2HBDA 1MNIA 3QJBB 1YEUB 5CN5A 1LFZB 1G09A 4FWZA 1H97A 1HLBA 1COHB 1G08A 1JZMA 3OGBA 2HHBB 3UHGA 3G46A 1SHRA 1VXGA 1NIHB 3AT6A 3UBVA 1S61A 4IROA 3SZKB 1O1NB 1MLOA 2AA1B 3GQPB 4N7OA 1UX9A 3ZJIA 2GTLC 3WCVC 1CQ2A 1XZUA 2MGEA 4PNJA 3AQ6A 1O1JA 3RJ6A 2MYCA 1Y0DB 2H35A 3VRFA 1YG5B 3QM9A 1RPSB 1VWTB 1JP6A 1YHUB 3TM9A 3QJDB 4FWYA 1QXDA 2D6CA 1CH9A 4H0BA 1JW8A 1S56A 106MA 1J7WB 1Y8IB 1Y0AB 3MN0A 3HXNB 1GCWB 1YZIB 3HYUA 1V07A 2B7HA 2H8FA 3ONZA 2W6WA 1CIOA 1MGNA 1IRDA 2OIFA 1LH5A 2HZ2A 3EU1A 5HAVA 1U7RA 1GZXB 2VYZA 4MQJA 3UH3A 1HDBA 1Y4PB 1V5HA 2R1HA 1A01B 2H8DA 1FAWB 1LFLA 1QSIB 3WCPA 4DWUA 1Y0WB 2GKNA 1X9FA 3HRWB 4ROLB 1DXUA 2O5TX 2LH1A 1BUWA 1GBVA 4N7PB 2R4YA 3WFUA 1HBSA 3PI8B 2Z6NB 2WY4A 3MVCA 1XY0B 1Y0CB 3GOUA 4ILZA 6HBWB 4U8UD 2R4XA 3RGKA 1BZZA 1GLIA 3HHBB 3IC0A 1GCVA 4HSWA 1DWTA 1HABB 1XZ5B 1FHJA 2ZSTA 3M38A 1CH5A 2DN2A 4HBIA 1URYA 1MYIA 1MLGA 3PI4A 1GDIA 1RVWB 2QSSB 2ZS0C 4FC3A 2HHEA 2ZS1B 2MYEA 3U3EA 3M3AA 3E55A 5KERA 1URVA 1G08B 3KUNA 4MQKB 1QI8B 1XXTA 2V1IA 1MLLA 5CN9A 2MGBA 1NPGA 1UT0A 4ROMA 3DUTA 1C7CB 5CNGA 1MBCA 4NI1A 1FSLA 1B0BA 2QRWA 5EV5A 3UHEA 4F68A 2NSRA 1KR7A 1NZ5A 3ZJPA 1O1KB 3UGZA 1FSXA 1T1NB 1J52A 5EQMA 1PBXA 3UBCA 2DN3A 5D1VA 3BJ3B 3D7OB 4DC8A 3G4YA 2DHBA 2GRHA 5CNFA 2YRSA 3D1AA 3A5GA 3H57A 3A5AA 4VHBA 3WHMB 2GTLA 2MGJA 3LB2A 1NPFA 1THBB 2B7HB 1MWBA 2HBSB 1Y35B 1Y2ZB 3E4NA 3PIAA 1Y4RA 1LA6A 1GJNA 4MBAA 2ZT4A 2ZFOC 3PI2A 1YIEA 3BCQB 3W4UA 5E29B 1MLJA 1ABYA 4WJGA 1CG8B 2M6ZB 4MQJB 1Y5FA 1HBIA 3IC2A 2OHBA 1HDBB 4G51A 1RQAA 1Y7CA 1JY7B 3WR1A 2OHAA 2HHDB 2AUQA 1DXUB 3EDBA 4HRTB 2G12A 5JDOC 4FH7A 2ZSQA 1HBSB 1YHEA 3NMLA 111MA 3BJ2A 1R1YB 5AB8A 4ZVAA 1BZ6A 3G4QA 1JP8A 1S0HB 1N9HA 1Y45A 1R1XA 1KD2B 1HBGA 1Y7GA 1YGDB 2FAMA 1JL6A 1Y4QB 1LHSA 1YE2A 3NMMA 1S6AA 3QZZA 3PT7B 4F6DA 2NRMA 1O1MA 2ZLWA 3BOMB 3ZJLA 4B4YA 2R80B 3ECXA 104MA 2ZSNA 2WTHA 3P5QA 4ZVBA 2W72A 1X9FD 2VYWA 1MLUA 3WCTA 3ZHWA 2NRLA 2EB8A 4IT8A 2VEBA 3DUTB 1UVYA 1MYZA 1MLKA 1DM1A 1O1OA 2GL3A 3UHRA 1C7DB 3PT8A 2O5SX 4MQCA 1SI4A 4NK1A 1GDJA 1A0ZB 3PI1A 1MBAA 3DR9A 4G1BA 1MOHA 4UIQA 1SWMA 4O35A 1PBXB 2DN3B 2IG3A 4N7NA 2V1EA 2BLHA 2KSCA 3EOKA 1BABA 1SDLB 5E83B 1NXFA 5HY8B 1Y4GA 4XS0A 1YCBA 3OZUA 3VREA 4WJG1 1A6NA 3WCVB 1HDAA 3KUOA 4ODCA 1HBBA 1YDZA 1QPWA 1FCSA 1Y8WB 4F6FA 3DHTA 2MYAA 3TLDA 2ZFBB 2MHBB 1LA6B 3WCUA 1LFYB 2GRFA 4MQGA 3CY5B 3QJBA 3QZXA 1YEUA 1A3NB 1LFZA 3WCWC 1ABWB 1ABYB 1COHA 2HHBA 1VXHA 1V4WB 2G0RA 1NIHA 2BK9A 3E5OA 4JACA 1XZ2A 4M4AA 3SZKA 1O1NA 2AA1A 2ZLUB 3GQPA 103MA 1YHEB 2LHBA 3BJ2B 2OH8A 3WFXA 108MA 1DO3A 4LPIA 1SDKB 2ZFOA 5AZRA 1Y0DA 3ED9A 1ECDA 1K1KB 1A3OB 1YG5A 1RPSA 1NZ2A 1YHUA 3QJDA 1JEBB 4NXAA 2O5QX 2RI4B 3MBAA 3S1JA 2O5BX 1YMCA 1Y8IA 2QFNA 101MA 1Y0AA 1GCWA 3UI0A 1MLSA 1YZIA 1DLWA 2NX0A 2QSPB 3LHBA 2W6YA 4KMWA 2W6VB 1GBUB 1LFQB 1O16A 1O1OB 1CH3A 1LHTA 1IWHB 3PT8B 1JF3A 2ZS0B 1GZXA 1Y8HB 1UFPA 3UHYA 2OLPA 1Y4PA 1LJWB 1YEOB 1MYMA 1A01A 3GQGB 1FAWA 4MPMA 1QSIA 1Y0WA 1HACB 3HRWA 4ROLA 1EMYA 2V1JA 1O1LB 2MYBA 1Y8KB 5EYJA 1CMYB 1HCOB 5EUIB 3PI8A 2Z6NA 4XS0B 3WCTD 2MGLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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Chain Sequence

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Chord Diagram

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