The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
56
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sequence length |
141
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structure length |
141
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Chain Sequence |
VLSASDKTNVKGVFAKVGGSAEAYGAETLERMFTAYPQTKTYFPHFDLHHGSAQIKAHGKKVAAALVEAANHIDDIAGALSKLSDLHAQKLRVDPVNFKLLGHCFLVVVAIHHPTLLTPEVHASLDKFMCAVAKELTAKYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of Cormorant (Phalacrocorax carbo) hemoglobin
rcsb |
| molecule tags |
Transport protein
|
| molecule keywords |
Hemoglobin subunit alpha-A
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| total genus |
56
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| structure length |
141
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| sequence length |
141
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-02-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1C7B B; 2D60 B; 1X9F B; 5E6E A; 1XZV B; 1G08 B; 1CO8 A; 4NI1 A; 3S66 A; 4F4O B; 1LFQ B; 1YG5 A; 2AUO A; 2MBW A; 1NPF A; 1FLP A; 2EKU A; 1HBB B; 5MBN A; 3GKV B; 3G4Y A; 5JDO D; 3GYS B; 1COH B; 1NQP B; 3QQQ A; 4KMW A; 3WCU A; 1HGA B; 1HDS B; 1DWS A; 1O1K B; 2HHE B; 2AUR A; 1M9P B; 3OO4 B; 1GLI B; 1XY0 B; 2WTH A; 3NFE B; 1JZL A; 1MWC A; 2AA1 A; 1QSI B; 3MYN A; 4U8U C; 2D2N C; 3UHQ A; 1V4W A; 1LTW A; 1IWH B; 2Z6S A; 4HBI A; 3GDJ A; 3HHB A; 2GTL C; 5SW7 A; 3MKB B; 1HGC A; 1NS6 A; 1YCB A; 3BJ1 B; 4F68 A; 3WCT B; 3KMF C; 3A59 B; 2LH7 A; 4N8T A; 3WCV C; 1G0A A; 3QJE A; 4BJA A; 1VXE A; 3PI9 A; 4NK1 A; 5C6E B; 2MYD A; 2H35 A; 3LQD A; 1YHU D; 1DUO A; 3ZJH A; 3BA2 A; 1NGK A; 1WLA A; 5CNG A; 1DLY A; 1MBO A; 1NWN A; 4N7N A; 4IRO A; 3E5O A; 3LR7 A; 1RQ4 A; 3G53 A; 1GBU A; 1YIH A; 3HXN B; 1BZ1 A; 3UH7 A; 1JP9 A; 3GQP A; 1HBG A; 3ZJR A; 1MZ0 A; 1NEJ A; 1AJ9 B; 3UHS A; 1WVP A; 1D8U A; 2W72 C; 1Y4B B; 2V1H A; 3G4W A; 3WCU B; 1YGD A; 1EMY A; 3D1A B; 1A6N A; 1MBA A; 4ZVB A; 2NSR A; 1PBX B; 4M4B A; 1LHS A; 5HLU A; 1HBR B; 3BJ3 A; 1A01 A; 1LUE A; 1HBI A; 1MKO A; 3BJ2 A; 2MGC A; 3HHB B; 2GRF A; 3R5I A; 5SW7 B; 2WTG A; 2MHB A; 3TM3 A; 5CMV A; 1NS6 B; 2ZFO D; 3ZJS A; 1MOD A; 4F6B A; 4FWZ A; 2XYK A; 2V1K A; 3UHT A; 3WCW C; 4N7P A; 4OOD A; 1MTK A; 1G0A B; 3PI9 B; 4FC3 A; 3U3E A; 2H35 B; 2O5M X; 1RQA B; 2HBC B; 1MLU A; 3M38 A; 5ILM A; 1JWN A; 1CG5 A; 3NL7 A; 3S65 A; 4N7N B; 1BVD A; 2ZLV A; 1RQ4 B; 1GBU B; 3ZJM A; 1BIN A; 3AT5 B; 4G1V A; 5MBA A; 3DHR B; 1B0B A; 2QFK A; 1VXB A; 1CP5 A; 3QM9 A; 1NEJ B; 1BIJ A; 2OHA A; 3GK9 A; 5KER A; 3QJB B; 5CN9 A; 3IXF A; 3ECX A; 3OK5 A; 109M A; 1YH9 A; 3MYM A; 1NZ3 A; 3WR1 A; 1GDI A; 1O16 A; 1DO3 A; 1HDA A; 5KKK A; 5JDO F; 2MHB B; 1FDH G; 1HBS B; 4IT8 A; 1NIH A; 1A3N A; 1O1P A; 2IN4 A; 1JZM A; 1SI4 A; 2VYY A; 5JOM A; 1XZ2 A; 2QU0 B; 1O1L A; 1YEU A; 2R80 B; 4FC3 B; 1MLS A; 104M A; 3DHT B; 1RPS B; 5M3S A; 2QMB B; 1PMB A; 1DXU A; 1I3E A; 4MQC A; 3UGY A; 103M A; 1CG5 B; 3NL7 B; 3S65 B; 1YOI A; 2ZS0 B; 2ZLV B; 3MOU A; 4F69 A; 3G4U A; 3G4R A; 1VWT B; 1LA6 B; 1CO9 A; 1A0Z A; 1BZ0 A; 5CHR A; 2MGI A; 3PT8 A; 4HSW A; 3P5Q A; 4C0N A; 2ZWJ A; 4L7Y A; 2VHB A; 5JGG A; 1IDR A; 1WMU A; 3UHR A; 4TWU A; 3HYU B; 1LJW A; 1DWT A; 3EDB A; 1SPE A; 1MBI A; 2HBE A; 2VM0 A; 1J7Y B; 1HDA B; 1C40 A; 2ZS1 A; 1X9F D; 4NZI A; 4TWV A; 1NIH B; 5CNF A; 2HBG A; 3NML A; 1O1P B; 3UH3 A; 4ROL A; 3PIA B; 1XZ2 B; 1K0Y A; 1AJG A; 1KD2 A; 1LHT A; 2LHB A; 1YGF A; 1K1K A; 3A9M A; 2O5T X; 1HBH A; 4YU3 B; 1O1O B; 3QQR A; 1JW8 A; 1JZK A; 1CH5 A; 1G0B B; 4QAU A; 2MGD A; 2HHB A; 1HSY A; 1LH6 A; 1R1Y A; 1VXC A; 1A0Z B; 1BZ0 B; 2R4Y A; 1Y2Z B; 1BAB A; 3WCT D; 1GDL A; 1ABS A; 2OH9 A; 4L7Y B; 1WMU B; 1LJW B; 1F5P A; 3UHE A; 2MGE A; 1J7W B; 1HCO A; 1F5O A; 2LH3 A; 2ZS1 B; 4FH7 A; 4MQI A; 3UHG A; 2BKM A; 4U8U A; 2D2N A; 1XZU B; 3FS4 A; 3LHB A; 1GBV A; 2GTL A; 3WFX A; 4ROL B; 1YEO A; 1GVH A; 2MYB A; 1KD2 B; 3KMF A; 1GDJ A; 3MJP A; 1K1K B; 3WFT A; 1SHR A; 1HBH B; 3WCV A; 1XYE B; 1YOH A; 1DXD A; 1Y31 A; 4B3W A; 4O4T A; 3H57 A; 3WCU D; 102M A; 1OR4 A; 1LH5 A; 2G10 A; 1Y7C A; 2W6V A; 1MGN A; 1N9X A; 3PI4 A; 1VRF A; 1CH3 A; 3UH6 A; 1FAW B; 2ZFO B; 1R1X A; 1R1Y B; 1LFV A; 4NS2 A; 1V75 B; 1Y4P B; 1CH1 A; 2BMM A; 3UHV A; 1BAB B; 3ODQ A; 2B7H B; 2GNW A; 1UVY A; 1Y0D B; 1Y5K A; 5EYS A; 1HRM A; 1A3O A; 1QXE B; 4F6I A; 1Y0T A; 4HRT A; 2W72 A; 1Y45 A; 2ZSZ A; 2QLS B; 1HCO B; 1LH2 A; 1Y8I A; 1LH3 A; 1IRD A; 1CP0 A; 1XQ5 B; 5CN4 A; 3AQ6 A; 4NI0 B; 2D2N B; 1Y83 A; 5HU6 B; 3FS4 B; 1GBV B; 1MYM A; 1OUT B; 2GTL B; 2VLY A; 2W6X A; 2ZT2 A; 4MBA A; 1Y09 A; 3OO5 B; 1YEO B; 3ED9 A; 1A4F A; 110M A; 3WCW A; 1N9I A; 2BNL A; 2XKI A; 1SHR B; 1J7S B; 1BZZ A; 3QM7 A; 5HBI A; 1A6G A; 3LR9 A; 4ZVA A; 2O58 X; 2WY4 A; 2FRK X; 3PI2 A; 2W6V B; 2ZSQ A; 3QJD A; 2DHB B; 2VLX A; 3ONZ B; 1R1X B; 2W6W A; 1LFV B; 1NZ2 A; 3VAU A; 1Y0C B; 3UI0 A; 3SZK A; 1CH7 A; 107M A; 1Y4G A; 3ODQ B; 1Y5K B; 3IC2 B; 1A3O B; 1NPG A; 2MGK A; 3ZJI A; 5HLX A; 1KFR A; 1YHR A; 1CLS A; 4ODC A; 1RTE A; 4SDH A; 1Y0T B; 1Y45 B; 3OZW A; 3NMM A; 3K3U A; 3AQ9 A; 4DC8 A; 3UBV A; 1HV4 A; 3ZHW A; 3D7O A; 1IRD B; 3MN0 A; 2FRF A; 1O1I A; 1O1J A; 1HGB A; 1XZ5 A; 3NG6 B; 4HRR A; 3D1K B; 1B86 A; 1ABY A; 2RAO B; 1Y09 B; 1HHO B; 1A4F B; 2YRS A; 1A9W E; 3WCW B; 3MJU A; 1V4X A; 1Y5J B; 1MBD A; 3DR9 A; 1MNK A; 2W6Y A; 3HRW A; 2VLZ A; 1Y8H A; 3VRF A; 1H1X A; 1CQ2 A; 5HLQ A; 1V4U B; 4H2L B; 7HBI A; 1EBC A; 2M6Z A; 5EUI A; 1IBE A; 2VYW A; 1C7D B; 5AZQ A; 3UHD A; 3ZJP A; 2G0S A; 3UHU A; 1S6A A; 4PQB A; 3SZK B; 1H97 A; 2KSC A; 1Y4G B; 1MYI A; 2GRH A; 2Z8A A; 3AT6 A; 1MNH A; 2E2Y A; 4MQH A; 1CLS B; 1YEN A; 1MOA A; 1DXV B; 3E4N A; 1Y46 A; 3NMM B; 4GZG A; 1JEB A; 3QM8 A; 5CN6 A; 1J3Y A; 1XZ5 B; 1A6K A; 1XXT A; 1YZI A; 6HBW A; 3K9Z A; 3QZZ A; 1ABY B; 3WHM B; 1J52 A; 5EYJ A; 2MGG A; 1LFZ B; 3MJU B; 1V4X B; 1Y4F A; 1BJE A; 1CMY A; 1EBT A; 1Y5F A; 1SDK A; 3VRF B; 3BCQ A; 3E5I A; 2ZLU A; 4O4Z A; 1YE0 B; 2MGF A; 2FRJ X; 1ABW A; 1YCA A; 1J40 B; 3DUT A; 2M6Z B; 4MAX A; 5EUI B; 5EQM A; 1O1M A; 1S61 A; 3CY5 A; 5E6E B; 2AUP A; 1Y22 A; 2ZS1 D; 2PGH A; 3GQR A; 3M3B A; 1MTJ A; 2D2M C; 1SDL A; 1S5X A; 4NI1 B; 3RGK A; 3S66 B; 1SPG A; 1YG5 B; 4F6F A; 1N9H A; 1YEN B; 1OFJ A; 5EV5 A; 4MQJ A; 1YEQ A; 1Y8K A; 2V1E A; 4YU4 A; 3ZJN A; 1MYH A; 1J3Y B; 4MBN A; 5C6Y A; 1Y7G A; 4B4Y A; 1MYJ A; 1CG8 A; 2AA1 B; 1V4W B; 1Y35 A; 1Y4R A; 3VHB A; 3ZH0 A; 3GDJ B; 3S48 C; 2NX0 A; 1HGC B; 1Y4F B; 1BUW A; 1Y4V A; 1CMY B; 2BWH A; 1I3D A; 1Y5F B; 4N8T B; 1MWD A; 3CIU A; 2OLP A; 3QJE B; 1YDZ A; 1FHJ A; 3DUT B; 3A0G A; 3LQD B; 1FSX A; 2ZT0 A; 3UHY A; 3QZX A; 1X3K A; 1S5Y A; 2QSS A; 1OFK A; 1Y22 B; 3WFW A; 4MU5 A; 3GQR B; 1BZ6 A; 4IRO B; 2SPO A; 4U8U D; 2D2N D; 2BLH A; 3TM9 A; 1YIH B; 1ECA A; 1BZ1 B; 3R0G A; 2GTL D; 3AG0 A; 3UBC A; 3GQP B; 1JP6 A; 4PQC A; 1CQX A; 6HBI A; 1JF3 A; 3WCV D; 1MCY A; 1XZ7 A; 1YGD B; 3PI1 A; 4FH6 A; 5F2A A; 4M4B B; 2DN2 A; 2SPM A; 3BJ3 B; 1FN3 A; 2ZLT A; 1A01 B; 1MKO B; 3BJ2 B; 3QMA A; 1JL7 A; 1Y4R B; 2DC3 A; 3R5I B; 1UIW A; 3OZU A; 4N7P B; 1YOG A; 3E55 A; 2D5X A; 1YDZ B; 3GQG A; 1DWR A; 4F6G A; 5AB8 A; 2G0V A; 5E29 A; 3HF4 A; 2MGA A; 2QSS B; 4AVD A; 1LFT A; 2G0R A; 4O2G A; 2W31 A; 1JY7 A; 2ZST A; 1Y01 B; 4ESA A; 1Y8W A; 1DLW A; 1S0H A; 3WCW D; 3PI8 A; 1XZ4 A; 1BIJ B; 3WI8 A; 5KER B; 2BLI A; 1OJ6 A; 1DUK A; 5E83 A; 1Y4Q A; 3ZOM A; 1AJH A; 3BOM A; 1MLK A; 2DN2 B; 1YH9 B; 3WR1 B; 5B84 A; 1BZP A; 1RQ3 A; 2ZFB A; 3IC0 A; 4WJG 1; 4UUR A; 4MXK A; 3WFU A; 2PEG A; 3A5G A; 3S1J A; 1KR7 A; 1A3N B; 1DM1 A; 1BBB A; 1V07 A; 4G1B A; 1SI4 B; 4HHB A; 1O1L B; 1NAZ A; 3RJ6 A; 1YEU B; 1ECD A; 1F63 A; 2V1G A; 3UHZ A; 1DXU B; 4MQC B; 4NK2 A; 3EOK A; 1Y85 A; 2DXM A; 5JDO E; 1LFT B; 1MBS A; 2Z6T A; 4H0B A; 5CND A; 4ESA B; 1Y8W B; 2D5Z A; 1YVT A; 1CBM A; 1RSE A; 108M A; 2V1J A; 1S0H B; 3S1I A; 4JAC A; 3PI8 B; 3W4U A; 2LH1 A; 1MTI A; 5CHQ A; 3PT8 B; 2AV3 A; 3P5Q B; 2HZ2 A; 1A0U A; 5E83 B; 1Y0W A; 5JGG B; 1MBN A; 1Y4Q B; 2MB5 A; 2HBE B; 3QJC A; 1C40 B; 1JL6 A; 5EE4 C; 1RQ3 B; 3IC0 B; 1NS9 A; 1RTX A; 1S56 A; 3ORD A; 2G3H A; 3VRG A; 1QI8 A; 1MOH A; 4MQK A; 1K0Y B; 4HHB B; 1MLG A; 2HBD A; 2FAM A; 5D1V A; 1YGF B; 3O7N A; 1Y0A A; 2VEE A; 2HHD A; 3IA3 B; 1HBA A; 4O35 A; 2O5Q X; 1DKE A; 5HAV A; 1G9V A; 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3BJ1 A; 1DXC A; 1LH1 A; 3A5A A; 3A59 A; 1V9Q A; 1O1N A; 3LB3 A; 1URY A; 1Y7Z A; 3UHN A; 1OR6 A; 4X0L B; 1YHR B; 4ODC B; 2R4W A; 4MQG A; 3HEO A; 2ZSS A; 2ZT3 A; 1LFL A; 1CH2 A; 1GCW B; 1FDH A; 3ZJQ A; 2O5L X; 1HV4 B; 2ZFO C; 4JYQ A; 3D7O B; 3UHW A; 1O1I B; 1O1J B; 1HGB B; 2Z6N A; 3HXN A; 2MGB A; 3HEP A; 2HZ1 A; 4G51 A; 1GZX B; 1L2K A; 4HRR B; 1YFF A; 2G12 A; 1B86 B; 2R4Z A; 3FH9 B; 3LB1 A; 1UVX A; 5HY8 B; 1AJ9 A; 2YRS B; 1MYF A; 2BLJ M; 1Y4B A; 1HAB A; 1X46 A; 3G4V A; 1V5H A; 2BK9 A; 3D1A A; 3VRE B; 2NRL A; 3HRW B; 1A6M A; 3PT7 A; 1Y8H B; 1PBX A; 1HDB B; 1HBR A; 1JDO A; 3A5B A; 2RI4 A; 1IBE B; 2EVK A; 112M A; 1QPW A; 2R4X A; 1N9F A; 3MVC A; 2MGM A; 3K8B A; 1O1N B; 106M A; 1UFP A; 5ILP A; 1ECO A; 1UX8 A; 2MYA A; 5CNE A; 3UGZ A; 1Y7Z B; 3AT6 B; 1RQA A; 2HBC A; 4MQH B; 1CPW A; 1T1N A; 4MQG B; 5EOH A; 1Y46 B; 1LFL B; 1JEB B; 2LH5 A; 2MYE A; 2DN3 A; 1IOP A; 2ZSO A; 2Z6N B; 4G51 B; 1YZI B; 1XXT B; 6HBW B; 1YFF B; 1S69 A; 2OHB A; 3AT5 A; 3DHR A; 105M A; 2DN1 A; 3ECZ A; 2HBF A; 5ILR A; 1HAB B; 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