3ZJJ | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
sequence length	190
structure length	190
Chain Sequence	IPGYTYGETENRAPFNLEDLKLLKEAVMFTAEDEEYIQKAGEVLEDQVEEILDTWYGFVGSHPHLLYYFTSPDGTPNEKYLAAVRKRLSRWILDTSNRSYDQAWLDYQYEIGLRHHRTKKNQTDNVESVPNIGYRYLVAFIYPITATMKPFLARKGHTPEEVEKMYQAWFKATTLQVALWSYPYVKYGDF

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__81296521395333__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__81296521395333__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3ZJJ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__81296521395333__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"81296521395333","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3ZJJ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__81296521395333__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Iron-binding protein
source organism	Methanosarcina acetivorans
publication title	Structure and Haem-Distal Site Plasticity in Methanosarcina Acetivorans Protoglobin. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PROTOGLOBIN
total genus	75
structure length	190
sequence length	190
chains with identical sequence	B, C
ec nomenclature
pdb deposition date	2013-01-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF11563	Protoglobin	Protoglobin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	3zjjA00

2D2MC 1SI4B 1BZ1B 2OLPA 5EOHA 4PQCA 1JZKA 1YFFA 3ECXA 1DKEB 1WMUA 3UH3A 3MOUA 2G12A 5HLUA 1Y4BA 3MVCA 1OBMA 5HU6B 3DUTB 3BJ3B 1V4XA 4DWUA 108MA 1MLSA 1XZ7A 1NZ4A 106MA 1CH5A 4B4YA 1FN3B 3QJBA 1HBAB 1HCOA 3D7OA 1XZVA 1F65A 2QLSA 3GQPA 2R4YA 1YOHA 1JP9A 3V2VA 2WTGA 1A3NB 3KMFC 3VAUA 3G53A 3PI8A 1SPEA 2W6VA 4HRTB 2MHBB 2ZFBB 1H1XA 3G52A 5JOMA 1FAWB 1YENB 2HBFA 1CG5B 2DN2A 1YEUA 1A3OB 1DWSA 2GL3A 4ILZA 1EW6A 1XZUB 2ZWJA 1JZLA 3D1AA 3PIAA 3A2GA 1Y5KB 2MBWA 3PI9A 3QM7A 1Y22B 2ZSNA 1YEOA 1QSIB 1Y0AA 1D8UA 3ZJSA 1GJNA 4M4BB 3GQRA 1GLIB 2ZT2A 1J40B 2EB8A 2G0XA 2W72C 4F6DA 1M6MA 1Y7GA 4FH7A 2D5XA 4F68A 2O5QX 1MWCA 3OO4A 3OO5A 3IC0B 3WI8A 3S65B 2SPOA 2CMMA 1WVPA 1KR7A 1CMYA 1Y4FB 1XY0B 3DHTB 2H35B 1SDLA 4XS0B 3BJ1A 2HCOB 5F0BA 2IG3A 3ZHWA 1RQ3A 3GDJA 1XQ5B 1VRFA 1THBA 1CH9A 4MQJB 5CNGA 1DXCA 1JF3A 3EU1B 3LQDA 4L7YA 5CMVA 2DN3B 3PI2A 1VHBA 1BBBB 2DHBB 5CNEA 1VXDA 3LR9A 3EDAA 1CO8A 1MKOA 1LFZB 3BOMA 1DM1A 3PI4A 3MBAA 1LFTB 1YG5B 4C44A 2GDMA 2FRFA 2HZ1A 1Y4GA 1BUWA 2D2NA 1KD2A 1BINA 1X9FC 1MLHA 3E5OA 1GDLA 4ROLB 4AVDA 2MGDA 1YGFB 2ZSRA 1A6GA 1F63A 3ARKA 3ONZA 1MBIA 3RGKA 3PT7A 3ODQB 3NMMA 1CP5A 1B86B 2V1JA 3QJDB 4NI0B 1MGNA 1X46A 4F6FA 4SDHA 1G9VB 2DN1B 1O16A 1JL6A 5B84A 3BJ2B 5HY8A 3GLNA 4MQHA 4F6JA 2ZSTA 1YHUA 2ZLVB 1NS6A 4JYQA 2MGMA 1I3EA 3NL7A 4TWUA 1T1NA 3ED9A 4FWYA 2XKGA 1HLBA 1UFPA 1HBSA 1BIJB 1V4UB 1QPWB 4HHBA 2HHEA 1CBMA 1K0YA 3B75B 3QZZA 2GTLA 2ZS0B 1DXDA 1MWDA 4F69A 1HDBA 1YMAA 2FRIX 3V2ZA 2ZT0A 1S0HB 2Z6SA 109MA 2QU0B 4H2LB 1Y4PB 5KERB 3TLDA 1J3ZB 1A0ZB 2D2MB 1MLNA 1LFLB 2M6ZA 1SPGB 1DUOA 4N7OB 4YU4A 2EB9A 3AT5A 1MOHA 1MLMA 2FRKX 2Z6TA 3CIUA 1BZ0A 1Y31B 1JEBA 1YVTA 2O5TX 1IRDB 1LFYA 2GTLD 3GYSA 2DXMA 2YRSA 1LUEA 2SPLA 1IT2A 3A59B 1IT3A 3QZXA 3QM9A 2SPNA 1C7CB 4N7NA 1MYZA 1NPFA 2ZLXA 3G4RA 1YHRA 4H07A 1COHB 2ZFOC 1CIOA 1HDSB 4NK1A 2BMMA 2OHBA 1Y35B 2G10A 3RJ6A 1IBEA 1YVQA 1FDHA 1MLJA 5HLXA 1Y4QB 1Y45A 2AA1A 1HHOB 1Y8HB 2XYKA 3ZJRA 5EYJA 2GRZA 1O1OA 3UHYA 1G0AA 1O1NA 1DXTB 3FH9B 2Z6NB 2FALA 1MYFA 1OUUB 2NRLA 5KDQB 3MJUA 1EMYA 3VRGB 1QXEB 1HABB 2PGHA 3H58A 2HZ3A 103MA 3GQGA 2MGEA 2IN4A 1NZ5A 2E2YA 2H8FB 2V1KA 1MBCA 3UBCA 4HSWA 3PI1A 3G4YA 2W72B 1SHRB 1G09A 4N8TB 1AJ9A 5ILMA 1Y85A 3ZOLA 1VXEA 3NFEB 4N7PB 2ZLWB 1MYMA 3K3UA 1S5XA 1NQPB 1V9QA 1QXDA 3WCVC 3ZJLA 2ZLTA 4YU3A 1W92A 1RPSA 2HBCB 1MLOA 1C7BB 1Y7DA 1NWNA 1U7RA 4PNJA 2OH8A 1Y0TA 5AB8A 3S66A 1Y4VA 1A01B 1YGDB 1HDAB 4C0NA 1GCWB 4TYXA 1A4FA 1XZ2B 2MGFA 1HRMA 3HF4A 1QSHB 1UX9A 1A00B 1Y8IB 2EVKA 2AUQA 1YMCA 1X9FD 1YE0B 5E29A 3UHNA 4HRRA 3P5QB 1SI4A 1BZ1A 4NI1B 3QJCB 5IKSA 1N9IA 1MBAA 2MGKA 1V75B 1FDHG 1N9XA 1O1PB 1FSLA 1LHTA 1CQ2A 5HU6A 3DUTA 1U7SA 3BJ3A 2OH9A 1MBOA 4O2GA 3IC2B 1X9FB 1GBVB 5M3SA 3M3BA 2ZS1D 1FN3A 1HJTA 2LH1A 1HBAA 3NG6B 3WCUD 2MGBA 3EOKB 1A0UB 2W31A 104MA 1CLSB 1XXTA 1ECAA 3GKVB 1N9HA 1A3NA 4F6GA 1AJHA 2QMBB 3WFXA 4HRTA 2MHBA 1FAWA 2ZT4A 1YENA 4WJG1 1DWTA 1CG5A 4BJAA 1URVA 1A3OA 1H97A 1XZUA 1HV4B 1EWAA 3AQ5A 2AV0A 5F2AA 3ECZA 3UHSA 1Y5KA 1HBRB 1DUKA 1Y22A 3WR1B 1QI8B 1QSIA 3UHHA 5EV5A 1J7WA 1NEJB 1ASHA 2H8DB 4M4BA 3KUNA 3ZJIA 1GZXB 1J40A 1SDKB 2GKNA 1PMBA 1S69A 1IWHB 5JDOF 3WCWC 2MGIA 6HBWB 2AUPA 1R1YB 1GDKA 2W6YA 3UH7A 3FS4B 1UMOA 2V1EA 4HBIA 5HAVA 3UHBA 3IC0A 3S65A 3ZH0A 2VRYA 1YH9B 3HHBB 1MBSA 5EE4C 1GDIA 1UFJA 1Y4FA 1XY0A 1R1XB 3DHTA 2H35A 2LH5A 3MJPB 4XS0A 1HBBB 1MNOA 1ABYB 1XQ5A 2QSSB 1Y7CB 1HLMA 4MQJA 1S6AA 1RQ4B 2DN3A 2MGCA 1C7DB 1MZ0A 2B7HB 1RQAA 2ZSQA 1BBBA 2HBDB 2ZFOB 2DHBA 1DO1A 5C6EB 1A6MA 4FH6A 1CIKA 1BZZB 1LA6B 2Z8AA 1V5HA 4TWVA 3ZOMA 1LFQA 2RI4B 1LFZA 1C40B 3BCQB 1LFTA 3HEOA 5CHRA 2HBSB 4G1BA 2VLZA 3SDNA 3W4UA 3ORDA 4O4TA 1OR4A 1JY7B 1JZMA 1BZ6A 1YDZB 2V1IA 2MGGA 3MYMA 3UHGA 4ROLA 4G1VA 3UHUA 1YGFA 1HGCB 3WCVD 3HRWB 3ODQA 2QFNA 1Y0DB 2RAOB 2GLNA 3AT6B 2Z85A 3QJDA 4NI0A 3UHRA 4LPIA 5JDOC 3PELA 1BZPA 1G9VA 2DN1A 3WTGB 2KSCA 5D1VA 1KFRA 3BJ2A 2HBEB 1F5PA 1ECOA 1XZVB 3A5BA 2QLSB 2W6XA 1YHEB 3QJEB 1MYHA 4ROMB 3ARLA 3WCVB 3ZJNA 3QQRA 5EUIB 1NIHB 2LH6A 5E83A 2OIFA 3DR9A 2VYZA 1QPWA 2ZSPA 1HSYA 1CH7A 1J7SB 1DTMA 1MOAA 1UIWB 3AG0A 2R50A 1S0HA 3PIAB 5CN8A 1Y2ZB 2QU0A 3UHIA 1DO7A 1LFVB 4U8UC 4H2LA 3MN0A 5KERA 1J3ZA 2D2MA 1OJ6A 3OK5A 1N9FA 2O5BX 1SPGA 4N7OA 2MGJA 1MNKA 4B3WA 2G0SA 4UURA 5CN6A 4KMWA 1Y31A 1IRDA 4MBAA 1I3DA 4ESAB 2ZS0D 1ABWB 5B85A 4KN3A 3UHXA 1C7CA 1OFKA 1LHSA 3NMLA 2HHBB 1XYEB 1J3FA 1CG8B 1SDLB 1COHA 2LH2A 1HDSA 5HLQA 2V1GA 2D2MD 3G4QA 3WCPB 1RQ3B 1Y35A 4O1TA 1RVWB 2O5LX 1G08A 3KMFA 1Y4QA 2ZSOA 1HHOA 1O1MB 1Y8HA 4NXAA 6HBIA 2G0ZA 2MB5A 1O1LB 3VRFB 3WCWD 1IRCA 1M6CA 1YEQA 1DXTA 1YZIB 3FH9A 2Z6NA 1OUUA 5KDQA 1BABB 2R1HB 2R80B 1QXEA 1HABA 7HBIA 1S56A 2C0KA 4ODCB 1VXAA 2H8FA 3WFTA 1OUTA 5EETA 4MXKA 3WCTC 2MGLA 3R5IB 1Y0WB 4MAXA 2GRHA 1SHRA 1JW8A 4N8TA 3WCWB 2R4ZA 3K8BB 3NFEA 3U3EA 4N7PA 2ZLWA 1XZ5B 1BVDA 1J7YA 3G46A 2BLHA 1NQPA 2HHDB 4WJGA 2QRWA 1ITHA 1NS9B 1TESA 5C6YA 3D4XA 4MXLA 3HXNB 1LJWB 2HBCA 3GOUB 1C7BA 3TM9A 1MLRA 4XDIA 1GBUB 4O4ZA 1BVCA 1FLPA 1A01A 4OF9A 2MYAA 1YGDA 1HDAA 1GCWA 1Y8WB 1XZ2A 1QSHA 1T1NB 1A00A 1JPBA 4M4AB 1ECDA 1Y8IA 2SPMA 3GKTA 1HBHB 4UIQA 3UHWA 4PQ6A 3P5QA 1K0YB 1DLWA 4NI1A 1MYGA 1VWTB 4MPMA 3VREB 3QJCA 1F5OA 1WLAA 1IDRA 5AZQA 3K9ZA 3PI3A 1HGBB 1V75A 1O1PA 5JDOD 1Y4RB 4X0LB 1ECNA 4MQKB 3OGBA 1Y0CA 2EVPA 1XCHA 3IC2A 1X9FA 1GBVA 3WFUA 2BNLA 3QM6A 1HACA 3S1JA 1FSXB 4IT8A 3NG6A 2NX0A 1G0BA 4IROB 2O58X 1K1KB 3EOKA 1MNJA 1UT0A 1A0UA 4F6IA 3UGZA 3QMAA 1DXVB 3QM8A 4JACA 1Y83B 4MQIB 1CLSA 2AURA 3UGYA 2WTHA 2FRJX 4F4OB 3GKVA 1URYA 2QMBA 3O89A 3HYUA 1YHRB 1RTEA 1CH3A 3D1KB 2XKHA 4GZGA 1J41B 1DXUB 1M9PB 2ZS1A 4U8UD 1S5YB 4G51B 1HV4A 4MQCB 3WCUA 5CNBA 2MGHA 1JDOA 1CO9A 1TU9A 3CY5B 1HBRA 1OR6A 1Y45B 3WR1A 1QI8A 1MOBA 2LH7A 1DKEA 2ZSXA 3WHMB 2R4WA 5E6EB 5MBNA 1NEJA 2H8DA 1JP8A 5ILRA 1MLQA 1Y8KB 1GZXA 3MJUB 1SDKA 3R0GA 1A9WE 1IWHA 2GRFA 1Y46B 1LH3A 3GQGB 1R1YA 4U8UB 1HGAB 1L2KA 2W6WA 107MA 1YEVB 3FS4A 1J52A 4L2MA 1UVYA 2ZT3A 1A9WA 4HSXA 3ZJPA 1YH9A 5EYSA 1J3YB 3HHBA 2NSRA 3DHRB 1R1XA 2VHBA 2WY4A 3MJPA 2OHAA 1HBBA 2LHBA 3MKBB 3SZKB 3QQQA 3ZJMA 1Y7CA 3D17B 2ZFBA 3A0GB 1RQ4A 1LH5A 4YU3B 3UHDA 1DO3A 1C7DA 3QM5A 1OFJA 2HBDA 3LR7A 3LB4A 1Y0TB 5SW7B 1V07A 3ECLA 1AJGA 1BZZA 2D60B 1LA6A 2PEGB 2RI4A 2BWHA 2AUOA 2JHOA 4FC3B 4ZVAA 5ILPA 1Y7ZB 4H0BA 4PQBA 1GLIA 3BCQA 2D2NC 3ZJOA 2HBSA 1O1JB 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2QFN A;  1Y0D B;  2RAO B;  2GLN A;  3AT6 B;  2VJT A;  4XXI A;  2Z85 A;  3QJD A;  4NI0 A;  3UHR A;  4LPI A;  5JDO C;  3PEL A;  1BZP A;  1G9V A;  2DN1 A;  3WTG B;  2KSC A;  5D1V A;  1KFR A;  3BJ2 A;  2HBE B;  1F5P A;  1ECO A;  1XZV B;  1HA7 A;  3A5B A;  2QLS B;  2W6X A;  1YHE B;  3QJE B;  1MYH A;  4ROM B;  3ARL A;  3WCV B;  3ZJN A;  3QQR A;  5EUI B;  1DDT A;  2I88 A;  1NIH B;  2LH6 A;  5E83 A;  2OIF A;  3DR9 A;  2VYZ A;  1QPW A;  2ZSP A;  1HSY A;  1CH7 A;  3RQR A;  1J7S B;  1DTM A;  1MOA A;  1UIW B;  3AG0 A;  2R50 A;  1S0H A;  3PIA B;  1GH0 A;  5CN8 A;  1Y2Z B;  2QU0 A;  3UHI A;  1DO7 A;  1LFV B;  4U8U C;  4H2L A;  3MN0 A;  5KER A;  1J3Z A;  2D2M A;  1OJ6 A;  3OK5 A;  1N9F A;  2O5B X;  1SPG A;  4N7O A;  2MGJ A;  1MNK A;  4B3W A;  2VJR A;  2G0S A;  1CPC B;  4UUR A;  5CN6 A;  4KMW A;  1Y31 A;  1IRD A;  2C7L A;  4MBA A;  1I3D A;  4ESA B;  1JBO A;  2ZS0 D;  1ABW B;  5B85 A;  4PO5 B;  4KN3 A;  3UHX A;  1C7C A;  1OFK A;  1LHS A;  3NML A;  2HHB B;  1XYE B;  2JLF A;  1J3F A;  1CG8 B;  1SDL B;  1COH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3ZJJA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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